Debian Med Physics packages

Questo pacchetto, basato sulla libreria BioSig, fornisce strumenti a riga di comando, come:

• save2gdf: converte tra diversi formati di file inclusi, ma non limitati a, SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF, EDF, BDF, CWFB;
• biosig2gdf: converte file di dati biosig in GDF, per semplificare l'analisi e il caricamento da parte di linguaggi di scripting (es. loadgdf.{py,r});
• rec2bin, bin2rec, heka2itx, save2aecg, save2scp: diversi strumenti di conversione basati su save2gdf;
• biosig_fhir: impacchetta dati biosignal in file modello HL7/FHIR binari;
• physicalunits: convertitore per codifica e decodifica di unità di misura fisiche secondo la ISO 11073-10101.

GDF (General Dataformat for Biosignals, formato di dati generico per biosegnali) è pensato per fornire un'archiviazione generica per segnali biologici come EEG, ECG, MEG, ecc.

Questo pacchetto fornisce lo strumento incluso con la libreria (gdf_merger).

Octave è un linguaggio di alto livello (per la maggior parte compatibile con Matlab®) orientato principalmente al calcolo numerico. Fornisce una comoda interfaccia a riga di comando per risolvere numericamente problemi lineari e non.

Octave può essere esteso dinamicamente con file C++ forniti dall'utente.

CERNLIB è una suite di strumenti e librerie per l'analisi dati, pensati per l'uso in sperimentazioni di fisica ma applicabili anche ad altri campi come ad esempio le scienze biologiche.

PAW è un programma interattivo che fornisce strumenti per presentazioni grafiche interattive e per analisi matematiche e statistiche. È progettato per lavorare su oggetti familiari per i fisici, come istogrammi, file evento (n-tuple), vettori, ecc.

Il programma, per funzionare in modo corretto su architetture a 64 bit, include le librerie CERN statiche poiché il modo in cui è stato progettato non è totalmente compatibile con tale architettura.

CERNLIB è una suite di strumenti e librerie per l'analisi dati, pensati per l'uso in sperimentazioni fisiche ma applicabili anche ad altri campi come ad esempio le scienze biologiche.

Questo pacchetto include Paw++, un programma interattivo per l'uso nelle analisi e nelle presentazioni grafiche. Paw++ è lo stesso programma di PAW (nel pacchetto "paw"), ma con un'interfaccia grafica più gradevole, basata su Motif, compilata con Lesstif in Debian.

Il programma è staticamente collegato alle librerie CERN su architetture a 64 bit per poter funzionare correttamente, poiché il suo disegno non è propriamente un 64 bit pulito.

R è un sistema per il calcolo statistico e per la grafica. Consiste di un linguaggio e di un ambiente eseguibile con grafica, un debugger, l'accesso a certe funzioni di sistema e la capacità di eseguire programmi memorizzati in file script.

La progettazione di R è stata pesantemente influenzata da due linguaggi già esistenti: S di Becker, Chambers e Wilks e Scheme di Sussman. Di conseguenza il linguaggio risulta avere un aspetto molto simile a S e l'implementazione e la semantica sottostanti sono derivate da Scheme.

Il cuore di R è un linguaggio interpretato che permette salti e cicli ma anche la programmazione modulare tramite le funzioni. La maggior parte delle funzioni visibili all'utente sono scritte in R. L'utente può interfacciarsi con procedure scritte in C, C++ o FORTRAN per l'efficienza, come fanno molte delle funzioni principali di R. La distribuzione di R contiene funzionalità per un gran numero di procedure statistiche e per i calcoli matematici applicati sottostanti. C'è anche un ampio insieme di funzioni che forniscono un ambiente grafico flessibile per la creazione di diversi tipi di rappresentazione dei dati.

Inoltre, diverse migliaia di "pacchetti" d'estensione sono disponibili dal CRAN, Comprehensive R Archive Network, molti dei quali sono disponibili come pacchetti Debian con nome "r-cran-".

Questo è un metapacchetto che facilita la transizione dall'organizzazione dei pacchetti pre-1.5.0 con il pacchetto r-base più grande. Una volta installato, questo pacchetto può essere tranquillamente rimosso e apt-get aggiornerà automaticamente i suoi componenti in futuro. Questo pacchetto è fornito per dare la possibilità agli utenti di installare poi solo r-base-core se preferiscono così.

BioSig è una libreria per accedere a file in svariati formati di dati biomedici (inclusi EDF, BDF, GDF, BrainVision, BCI2000, CFWB, HL7aECG, SCP_ECG (EN1064), MFER, ACQ, CNT(Neuroscan), DEMG, EGI, EEG1100, FAMOS, SigmaPLpro, TMS32). L'elenco completo dei formati di file gestiti è disponibile all'indirizzo http://pub.ist.ac.at/~schloegl/biosig/TESTED .

Questo pacchetto fornisce i file header e la libreria statica.

Questo pacchetto contiene i collegamenti Octave per la libreria BioSig. Il suo scopo principale è un'interfaccia di I/O per svariati formati di file biomedici compresi, ma non limitati a, SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF, EDF.

CERNLIB è una suite di strumenti e librerie per l'analisi dati, pensati per l'uso in sperimentazioni fisiche ma applicabili anche ad altri campi come ad esempio le scienze biologiche.

Questo pacchetto include script d'esempio da usare con PAW o Paw++ e script test per assicurarsi che i programmi PAW o Paw++ funzionino correttamente. Si possono eseguire gli esempi e i test con il programma incluso paw-demos.

Questo pacchetto fornisce i collegamenti Python 3 per la libreria BioSig. L'obiettivo principale consiste in un'interfaccia di I/O ad una varietà di formati di file biomedici che include, ma non si limita a, SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF e EDF.

La correlazione multiple-tau è calcolata su scala logaritmica (vengono calcolati meno punti dati) ed è perciò molto più veloce della correlazione convenzionale su scala lineare come "numpy.correlate".

Un riferimento online è disponibile su http://paulmueller.github.io/multipletau

GATE incorporates the Geant4 libraries in a modular, versatile, and scripted simulation toolkit which is adapted to the field of nuclear medicine both in PET (Positron Emission Tomography) and SPECT (Single Photon Emission Computer Tomography). It allows the accurate description of time-dependent phenomena such as source or detector movement and source decay kinetics. The ability to synchronize all time-dependent components allows a coherent description of the acquisition process. It makes it possible to perform realistic simulations of data acquisitions in time.

OpenViBE enables to design, test and use Brain-Computer Interfaces (BCI). OpenViBE is a software for real-time neurosciences (that is, for real-time processing of brain signals). It can be used to acquire, filter, process, classify and visualize brain signals in real time.