Debian Med Project
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Summary
Physics
paquets Debian Med pour les physiciens du domaine médical

Ce méta paquet dépend d'une collection de logiciels et de documentation utiles pour les physiciens du domaine médical en radiothérapie, imagerie de diagnostics et domaines associés.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Med to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Med mailing list

Links to other tasks

Debian Med Physics packages

Official Debian packages with high relevance

biosig-tools
outils de conversion entre différents formats de données médicales
Versions of package biosig-tools
ReleaseVersionArchitectures
trixie3.9.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x
sid3.9.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm2.5.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
forky3.9.0-1amd64,arm64,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye2.1.2-4amd64,arm64,armhf,i386
upstream3.9.1
Debtags of package biosig-tools:
interfacecommandline
roleprogram
useconverting
Popcon: 10 users (5 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Ce paquet, basé sur la bibliothèque BioSig, fournit des outils en ligne de commande comme :

 – save2gdf : convertisseur entre différents formats de fichiers, dont SCP-
   ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF, EDF, BDF, CWFB ;
 – biosig2gdf : convertisseur de fichiers de données biosig en GDF pour
   simplifier l’analyse et le chargement par des langages de script (par
   exemple loadgdf.{py,r}) ;
 – rec2bin, bin2rec, heka2itx, save2aecg, save2scp : outils de conversion
   basés sur save2gdf ;
 – biosig_fhir : empaquetage de données biosignal en fichier de modèle
   binaire HL7/FHIR ;
 – physicalunits : convertisseur pour encoder et décoder les unités
   physiques en suivant ISO 11073-10101.
Please cite: Alois Schlögl and Clemens Brunner: BioSig: A Free and Open Source Software Library for BCI Research. (eprint) Computer 41(10):44-50 (2008)
gdf-tools
bibliothèque d’E/S pour les signaux biomédicaux – assistants
Versions of package gdf-tools
ReleaseVersionArchitectures
trixie0.1.3-11.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x
forky0.1.3-12amd64,arm64,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x
sid0.1.3-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye0.1.3-8amd64,arm64,armhf,i386
bookworm0.1.3-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gdf-tools:
roleprogram
Popcon: 10 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GDF (General Dataformat for Biosignals – format général de données pour les signaux biomédicaux) vise à fournir un stockage générique pour les signaux biomédicaux, tels EEG, ECG, MEG, etc.

Ce paquet fournit l’outil livré avec la bibliothèque (gdf_merger).

Please cite: Alois Schlögl: GDF – A general dataformat for BIOSIGNALS. The Computing Research Repository abs/cs/0608052 (2006)
octave
langage GNU Octave pour calculs numériques
Versions of package octave
ReleaseVersionArchitectures
experimental10.2.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye6.2.0-1amd64,arm64,armhf,i386
bookworm7.3.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie9.4.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x
forky9.4.0-1amd64,arm64,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x
sid9.4.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package octave:
fieldmathematics
roleprogram
suitegnu
Popcon: 546 users (580 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Octave est un langage de haut niveau (presque entièrement compatible avec Matlab®), d'abord destiné aux calculs numériques. Il fournit une interface pratique en ligne de commande, pour résoudre de façon numérique les problèmes linéaires et non linéaires.

Octave peut être étendu à l’aide de fichiers C++.

The package is enhanced by the following packages: liboctave-dev octave-dev octave-doc texmacs-bin
Please cite: John W. Eaton, David Bateman, Søren Hauberg and Rik Wehbring: GNU Octave version 4.2.0 manual: a high-level interactive language for numerical computations. (2016)
Registry entries: SciCrunch 
r-base
système de calcul statistique et de graphique GNU R
Maintainer: Dirk Eddelbuettel
Versions of package r-base
ReleaseVersionArchitectures
bullseye4.0.4-1all
trixie4.5.0-3all
forky4.5.1-1all
sid4.5.1-1all
bookworm4.2.2.20221110-2all
Debtags of package r-base:
devellang:r
fieldstatistics
roledummy, metapackage
suitegnu
Popcon: 60 users (55 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

R est un système de calcul statistique et de graphiques. Il est composé d'un langage ainsi que d'un environnement d'exécution avec des graphiques, un débogueur, un accès à certaines fonctions système et la possibilité d'exécuter des programmes stockés dans des fichiers de script.

La conception de R a été fortement influencée par deux langages existants : le S de Becker, Chambers et Wilks et le Scheme de Sussman. Le langage obtenu est très proche en apparence du S, alors que l'implémentation sous-jacente et la sémantique dérivent du Scheme.

Le cœur de R est un langage de calcul interprété qui permet les branchements et les boucles ainsi que la programmation modulaire en utilisant des fonctions. La plupart des fonctions visibles par les utilisateurs sont écrites en R. Il est possible d'utiliser des procédures écrites en C, C++ ou FORTRAN pour plus d'efficacité, et la plupart des fonctions internes de R le font. La distribution R contient des fonctionnalités pour un large panel de procédures statistiques et de calculs mathématiques appliqués sous-jacents. Elle contient également un grand nombre de fonctions qui fournissent un environnement graphique flexible pour créer différents types de présentations des données.

De plus, plusieurs milliers de « paquets » d’extension sont disponibles à partir de CRAN (Comprehensive R Archive Network), aussi que sous forme de paquets Debian appelés « r-cran- ».

Ce paquet est un meta-paquet pour faciliter la transition de la configuration du paquet pre-1.5.0 avec le paquet principal r-base. Une fois installé, ce paquet peut être supprimé en toute sécurité, apt-get continuera à mettre à jour automatiquement ses composants dans les futures mises à jour. Fournir ce paquet est un moyen donné aux utilisateurs de n'installer que r-base-core s'ils le souhaitent.

The package is enhanced by the following packages: texmacs-bin
Screenshots of package r-base

Official Debian packages with lower relevance

libbiosig-dev
bibliothèque d'entrées sorties de données biomédicales –⋅fichiers de développement
Versions of package libbiosig-dev
ReleaseVersionArchitectures
bookworm2.5.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.9.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
forky3.9.0-1amd64,arm64,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x
trixie3.9.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye2.1.2-4amd64,arm64,armhf,i386
upstream3.9.1
Debtags of package libbiosig-dev:
develexamples, library
roledevel-lib
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

BioSig est une bibliothèque pour accéder à des fichiers dans plusieurs formats de données biomédicales (incluant EDF, BDF, GDF, BrainVision, BCI2000, CFWB, HL7aECG, SCP_ECG (EN1064), MFER, ACQ, CNT(Neuroscan), DEMG, EGI, EEG1100, FAMOS, SigmaPLpro et TMS32). La liste complète des formats de fichiers pris en charge est disponible à l'adresse http://pub.ist.ac.at/~schloegl/biosig/TESTED.

Ce paquet fournit les en-têtes de développement et une bibliothèque statique.

Please cite: Alois Schlögl and Clemens Brunner: BioSig: A Free and Open Source Software Library for BCI Research. (eprint) Computer 41(10):44-50 (2008)
octave-biosig
liaisons Octave à la bibliothèque BioSig
Versions of package octave-biosig
ReleaseVersionArchitectures
bookworm2.5.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.9.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye2.1.2-4amd64,arm64,armhf,i386
trixie3.9.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x
forky3.9.0-1amd64,arm64,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x
upstream3.9.1
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Ce paquet fournit les liaisons Octave à la bibliothèque BioSig. Son objectif principal est de fournir une interface d'entrées sorties à une grande variété de formats de fichiers biomédicaux, comprenant entre autres SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF et EDF.

Please cite: Alois Schlögl and Clemens Brunner: BioSig: A Free and Open Source Software Library for BCI Research. (eprint) Computer 41(10):44-50 (2008)
python3-biosig
liaisons Python⋅3 à la bibliothèque BioSig
Versions of package python3-biosig
ReleaseVersionArchitectures
trixie3.9.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x
forky3.9.0-1amd64,arm64,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x
sid3.9.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm2.5.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.1.2-4amd64,arm64,armhf,i386
upstream3.9.1
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Ce paquet fournit les liaisons Python⋅3 à la bibliothèque BioSig. Son objectif principal est de fournir une interface d'entrées sorties à une grande variété de formats de fichiers biomédicaux, comprenant entre autres SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF et EDF.

Please cite: Alois Schlögl and Clemens Brunner: BioSig: A Free and Open Source Software Library for BCI Research. (eprint) Computer 41(10):44-50 (2008)
python3-multipletau
algorithme multiple-tau pour Python3/NumPy
Versions of package python3-multipletau
ReleaseVersionArchitectures
trixie0.4.1+ds-1all
forky0.4.1+ds-1all
sid0.4.1+ds-1all
bookworm0.3.3+ds-4all
bullseye0.3.3+ds-3all
Popcon: 8 users (50 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

La corrélation multiple-tau est calculée à partir d’une échelle logarithmique (moins de points de données sont calculés) et est donc plus rapide que la corrélation conventionnelle à partir d’une échelle linéaire telle que « numpy.correlate ».

Une documentation est disponible sur http://paulmueller.github.io/multipletau

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

paw
Physics Analysis Workstation - a graphical analysis program
Versions of package paw
ReleaseVersionArchitectures
VCS1:2.14.04.dfsg.2-10all
Versions and Archs
License: free
Debian package not available
Git
Version: 1:2.14.04.dfsg.2-10

CERNLIB is a suite of data analysis tools and libraries created for use in physics experiments, but also with applications to other fields such as the biological sciences.

PAW is an interactive program providing interactive graphical presentation and statistical and mathematical analysis tools. It is designed to work on objects familiar to physicists such as histograms, event files (Ntuples), vectors, etc.

The program is linked statically against the CERN libraries on 64-bit architectures in order to function properly, as its design is not very 64-bit clean.

paw++
Physics Analysis Workstation (Lesstif-enhanced version)
Versions of package paw++
ReleaseVersionArchitectures
VCS1:2.14.04.dfsg.2-10all
Versions and Archs
License: free
Debian package not available
Git
Version: 1:2.14.04.dfsg.2-10

CERNLIB is a suite of data analysis tools and libraries created for use in physics experiments, but also with applications to other fields such as the biological sciences.

This package includes Paw++, an interactive program for use in analysis and graphical presentation. Paw++ is the same program as PAW (in the "paw" package), but with a more user-friendly Motif-based GUI, compiled against Lesstif in Debian.

The program is linked statically against the CERN libraries on 64-bit architectures in order to function properly, as its design is not very 64-bit clean.

paw-demos
Physics Analysis Workstation examples and tests
Versions of package paw-demos
ReleaseVersionArchitectures
VCS1:2.14.04.dfsg.2-10all
Versions and Archs
License: free
Debian package not available
Git
Version: 1:2.14.04.dfsg.2-10

CERNLIB is a suite of data analysis tools and libraries created for use in physics experiments, but also with applications to other fields such as the biological sciences.

This package includes example scripts for use by PAW or Paw++, and test scripts to make sure that the PAW or Paw++ programs behave correctly. You may run the examples and tests with the included paw-demos program.

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

gate - wnpp
Geant4 Application for Emission Tomography
Responsible: Nicolas Spalinger
License: LGPL
Debian package not available

GATE incorporates the Geant4 libraries in a modular, versatile, and scripted simulation toolkit which is adapted to the field of nuclear medicine both in PET (Positron Emission Tomography) and SPECT (Single Photon Emission Computer Tomography). It allows the accurate description of time-dependent phenomena such as source or detector movement and source decay kinetics. The ability to synchronize all time-dependent components allows a coherent description of the acquisition process. It makes it possible to perform realistic simulations of data acquisitions in time.

openvibe - wnpp
platform for the design, test and use of BCI
License: LGPL
Debian package not available
Language: C++

OpenViBE enables to design, test and use Brain-Computer Interfaces (BCI). OpenViBE is a software for real-time neurosciences (that is, for real-time processing of brain signals). It can be used to acquire, filter, process, classify and visualize brain signals in real time.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 267670