Debian Med Project
Help us to see Debian used by medical practitioners and biomedical researchers! Join us on the Salsa page.
Summary
Physics
Debian Med - Pakete für Medizinphysiker

Dieses Metapaket enthält Abhängigkeiten für eine Sammlung an Software und Dokumentation, die für Medizinphysiker in den Bereichen Strahlentherapie, Bildgebende Diagnostik oder ähnlichen Bereichen nützlich sind.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Med to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Med mailing list

Links to other tasks

Debian Med Physics packages

Official Debian packages with high relevance

biosig-tools
format conversion tools for biomedical data formats
Versions of package biosig-tools
ReleaseVersionArchitectures
trixie2.6.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye2.1.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm2.5.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386
sid2.6.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
stretch1.3.0-2.2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.9.3-2amd64,arm64,armhf,i386
Debtags of package biosig-tools:
interfacecommandline
roleprogram
useconverting
Popcon: 10 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Based on BioSig library, this package provides command line tools, such as

  • save2gdf: converter between different file formats, including but not limited to SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF, EDF, BDF, CWFB.
  • biosig2gdf: converts biosig data files into GDF, to simplify parsing and loading by scripting languages (e.g. loadgdf.{py,r})
  • rec2bin, bin2rec, heka2itx, save2aecg, save2scp: several converter tools based on save2gdf
  • biosig_fhir: packs biosignal data into HL7/FHIR binary template file.
  • physicalunits: converter for encoding and decoding of physical units according to ISO 11073-10101
Please cite: Alois Schlögl and Clemens Brunner: BioSig: A Free and Open Source Software Library for BCI Research. (eprint) Computer 41(10):44-50 (2008)
gdf-tools
IO library for the GDF -- helper tools
Versions of package gdf-tools
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.1.3-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.1.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.1.2-2amd64,armel,armhf,i386
buster0.1.2-2.1amd64,arm64,armhf,i386
bookworm0.1.3-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie0.1.3-11.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid0.1.3-11.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package gdf-tools:
roleprogram
Popcon: 9 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GDF (General Dataformat for Biosignals) is intended to provide a generic storage for biosignals, such as EEG, ECG, MEG etc.

This package provides the tool shipped with the library (gdf_merger).

Please cite: Alois Schlögl: GDF – A general dataformat for BIOSIGNALS. The Computing Research Repository abs/cs/0608052 (2006)
octave
GNU Octave - Sprache für numerische Berechnungen
Versions of package octave
ReleaseVersionArchitectures
bullseye6.2.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid9.2.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie9.2.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm7.3.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster-backports5.2.0-3~bpo10+1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster4.4.1-5amd64,arm64,armhf,i386
stretch-backports4.4.1-4~bpo9+1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el
stretch-backports4.4.0-3~bpo9+1s390x
stretch4.0.3-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie3.8.2-4amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package octave:
fieldmathematics
roleprogram
suitegnu
Popcon: 563 users (240 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Octave ist eine (zum größten Teil zu MATLAB® kompatible) höhere Programmiersprache, die hauptsächlich für numerische Berechnungen gedacht ist. Sie stellt eine komfortable Kommandozeilenschnittstelle zur numerischen Lösung linearer und nichtlinearer Probleme bereit.

Octave kann dynamisch mittels vom Anwender bereitgestellter C++-Dateien erweitert werden.

The package is enhanced by the following packages: liboctave-dev octave-dev octave-doc
Please cite: John W. Eaton, David Bateman, Søren Hauberg and Rik Wehbring: GNU Octave version 4.2.0 manual: a high-level interactive language for numerical computations. (2016)
Registry entries: SciCrunch 
paw
Physics Analysis Workstation - ein grafisches Analyseprogramm
Versions of package paw
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.14.04.dfsg.2-9.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.14.04.dfsg.2-9.1amd64,arm64,armhf,i386
jessie2.14.04.dfsg.2-9amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package paw:
fieldphysics
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitxlib
useviewing
x11application
Popcon: 8 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

CERNLIB ist eine Sammlung von Datenanalysewerkzeugen und -bibliotheken für den Einsatz in physikalischen Experimenten, aber auch mit Anwendungen für andere Felder wie den Biowissenschaften.

PAW ist ein interaktives Programm, das interaktive grafische Präsentationen sowie statistische und mathematische Analysewerkzeuge bereitstellt. Es ist dafür gedacht, um mit Objekten zu arbeiten, die Physikern geläufig sind; etwa Histogramme, Ntuple, Vektoren, usw.

Das Programm ist gegen die CERN-Bibliotheken der 64-bit Architekturen statisch gelinkt, um dort die Funktion des Programms zu gewährleisten, da PAW nicht für 64-bit entwickelt wurde.

Screenshots of package paw
paw++
Physics Analysis Workstation (verbesserte Lesstif-Version)
Versions of package paw++
ReleaseVersionArchitectures
buster2.14.04.dfsg.2-9.1amd64,arm64,armhf,i386
stretch2.14.04.dfsg.2-9.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.14.04.dfsg.2-9amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package paw++:
fieldphysics
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitmotif
useviewing
x11application
Popcon: 3 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

CERNLIB ist eine Sammlung von Werkzeugen und Bibliotheken zur Datenanalyse, entworfen zur Anwendung bei physikalischen Experimenten. Es ist allerdings auch in anderen Anwendungsbereichen wie der Biologie einsetzbar.

Diese Paket enthält Paw++, ein interaktives Programm zur Analyse und grafischen Präsentation. Paw++ ist das gleiche Programm wie PAW (im Paket »paw«), aber mit einer benutzerfreundlicheren grafischen Oberfläche auf Basis von Motif (in Debian gegen Lesstif kompiliert).

Auf 64-Bit-Architekturen ist das Programm statisch gegen die CERN-Bibliotheken gelinkt, um eine ordnungsgemäße Funktion zu gewährleisten, obwohl es nicht sehr sauber für 64-Bit entworfen wurde.

r-base
GNU R - ein System für statistische Berechnungen und Grafiken
Maintainer: Dirk Eddelbuettel
Versions of package r-base
ReleaseVersionArchitectures
buster3.5.2-1all
stretch3.3.3-1all
bullseye4.0.4-1all
bookworm4.2.2.20221110-2all
trixie4.4.1-3all
sid4.4.1-3all
jessie3.1.1-1+deb8u1all
jessie-security3.1.1-1+deb8u1all
Debtags of package r-base:
devellang:r
fieldstatistics
roledummy, metapackage
suitegnu
Popcon: 57 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

R ist ein System für statistische Berechnungen und Grafiken. Es besteht aus einer Sprache mit grafischer Laufzeitumgebung und einem Debugger. Der Zugriff auf bestimmte Systemfunktionen und die Ausführung von Skriptdateien ist möglich.

Der Entwurf von R wurde stark von zwei existierenden Sprachen beeinflusst: S von Becker, Chambers & Wilks und Scheme von Sussman. Während die resultierende Sprache ein S ähnelndes Aussehen hat, stammt die Semantik und die interne Implementierung von Scheme ab.

Der Kern von R ist eine interpretierte Programmiersprache, die Verzweigungen und Schleifen sowie modulare Programmierung unter Verwendung von Funktionen ermöglicht. Die meisten dem Anwender zugänglichen Funktionen von R sind in R geschrieben. Der Anwender kann zur Effizienzsteigerung in den Sprachen C, C++ oder Fortran geschriebene Funktionen einsetzen, was auch viele Grundfunktionen von R ausnutzen. Die R-Distribution enthält Funktionalitäten für eine große Zahl statistischer Verfahren und die zugrunde liegenden mathematischen Berechnungen. Es gibt auch eine Vielzahl von Funktionen, die zusammen eine flexible grafische Umgebung für die Erzeugung vielfältiger grafischer Darstellungen bilden.

Zusätzlich sind mehrere tausend Erweiterungs-»Pakete« beim Comprehensive R Archive Network (CRAN) verfügbar. Viele von ihnen sind auch als Debian-Pakete verfügbar, deren Namen dem Schema »r-cran-« folgen.

Dieses Metapaket vereinfacht den Übergang von dem Paket-Setup vor 1.5.0 mit seinem größeren »r-base«-Paket. Einmal installiert, kann es gefahrlos entfernt werden und apt-get wird automatisch seine Komponenten bei zukünftigen Upgrades aktualisieren. Die Bereitstellung dieses Pakets ermöglicht Anwendern, nur r-base-core zu installieren, wenn sie dies wünschen.

Screenshots of package r-base

Official Debian packages with lower relevance

libbiosig-dev
I/O library for biomedical data - development files
Versions of package libbiosig-dev
ReleaseVersionArchitectures
trixie2.6.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
stretch1.3.0-2.2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386
buster1.9.3-2amd64,arm64,armhf,i386
sid2.6.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye2.1.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm2.5.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package libbiosig-dev:
develexamples, library
roledevel-lib
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

BioSig is a library for accessing files in several biomedical data formats (including EDF, BDF, GDF, BrainVision, BCI2000, CFWB, HL7aECG, SCP_ECG (EN1064), MFER, ACQ, CNT(Neuroscan), DEMG, EGI, EEG1100, FAMOS, SigmaPLpro, TMS32). The complete list of supported file formats is available at http://pub.ist.ac.at/~schloegl/biosig/TESTED .

This package provides header files and static library.

Please cite: Alois Schlögl and Clemens Brunner: BioSig: A Free and Open Source Software Library for BCI Research. (eprint) Computer 41(10):44-50 (2008)
octave-biosig
Octave bindings for BioSig library
Versions of package octave-biosig
ReleaseVersionArchitectures
bookworm2.5.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.1.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie2.6.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
buster1.9.3-2amd64,arm64,armhf,i386
stretch1.3.0-2.2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386
sid2.6.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

This package provides Octave bindings for BioSig library. Primary goal -- I/O interface to variety of biomedical file formats, including but not limited to SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF, EDF.

Please cite: Alois Schlögl and Clemens Brunner: BioSig: A Free and Open Source Software Library for BCI Research. (eprint) Computer 41(10):44-50 (2008)
paw-demos
Physics Analysis Workstation Beispiele und Tests
Versions of package paw-demos
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.14.04.dfsg.2-9all
stretch2.14.04.dfsg.2-9.1all
buster2.14.04.dfsg.2-9.1all
Debtags of package paw-demos:
develexamples, testing-qa
fieldphysics
interfacecommandline, x11
roleprogram
x11application
Popcon: 4 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

CERNLIB ist eine Sammlung von Werkzeugen und Bibliotheken zur Datenanalyse, entworfen zur Anwendung bei physikalischen Experimenten. Es ist allerdings auch in anderen Anwendungsbereichen wie der Biologie einsetzbar.

Dieses Paket enthält Beispielskripte für PAW oder Paw++ und Testskripte zur Überprüfung der Programmfunktionalität. Die Beispiele und Tests können mit dem enthaltenem Programm paw-demos abgespielt werden.

python3-biosig
Python3 bindings for BioSig library
Versions of package python3-biosig
ReleaseVersionArchitectures
sid2.6.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm2.5.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.1.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.9.3-2amd64,arm64,armhf,i386
trixie2.6.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Popcon: 0 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

This package provides Python3 bindings for BioSig library. Primary goal -- I/O interface to variety of biomedical file formats, including but not limited to SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF, EDF.

Please cite: Alois Schlögl and Clemens Brunner: BioSig: A Free and Open Source Software Library for BCI Research. (eprint) Computer 41(10):44-50 (2008)
python3-multipletau
multiple-tau algorithm for Python3/NumPy
Versions of package python3-multipletau
ReleaseVersionArchitectures
sid0.4.1+ds-1all
trixie0.4.1+ds-1all
bookworm0.3.3+ds-4all
jessie0.1.4-1all
stretch0.1.7+ds-1all
bullseye0.3.3+ds-3all
buster0.3.3+ds-1all
Popcon: 10 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Multiple-tau correlation is computed on a logarithmic scale (less data points are computed) and is thus much faster than conventional correlation on a linear scale such as numpy.correlate

An online reference is available at http://paulmueller.github.io/multipletau

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

gate - wnpp
Geant4 Application for Emission Tomography
Responsible: Nicolas Spalinger
License: LGPL
Debian package not available

GATE incorporates the Geant4 libraries in a modular, versatile, and scripted simulation toolkit which is adapted to the field of nuclear medicine both in PET (Positron Emission Tomography) and SPECT (Single Photon Emission Computer Tomography). It allows the accurate description of time-dependent phenomena such as source or detector movement and source decay kinetics. The ability to synchronize all time-dependent components allows a coherent description of the acquisition process. It makes it possible to perform realistic simulations of data acquisitions in time.

openvibe - wnpp
platform for the design, test and use of BCI
License: LGPL
Debian package not available
Language: C++

OpenViBE enables to design, test and use Brain-Computer Interfaces (BCI). OpenViBE is a software for real-time neurosciences (that is, for real-time processing of brain signals). It can be used to acquire, filter, process, classify and visualize brain signals in real time.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 243344