Debian Med Project
Help us to see Debian used by medical practitioners and biomedical researchers! Join us on the Salsa page.
Summary
Psychology
paquets Debian Med pour la psychologie

Ce méta-paquet dépend d'une collection de logiciels qui peuvent être utiles pour la recherche en psychologie.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Med to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Med mailing list

Links to other tasks

Debian Med Psychology packages

Official Debian packages with high relevance

orthanc-neuro
Neuroimaging plugin for Orthanc
Versions of package orthanc-neuro
ReleaseVersionArchitectures
sid1.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie1.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
bookworm1.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 7 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

This package installs a plugin for Orthanc, the lightweight, RESTful Vendor Neutral Archive for medical imaging. This plugin adds support for neuroimaging in Orthanc, notably to easily convert from DICOM to NIfTI.

Please cite: Sebastien Jodogne: The Orthanc Ecosystem for Medical Imaging. J Digit Imaging (2018)
praat
programme pour l'analyse et la synthèse de la parole
Versions of package praat
ReleaseVersionArchitectures
bookworm6.3.07-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye6.1.38-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster6.0.48-1amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,s390x
sid6.4.07+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64
trixie6.4.05+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el
stretch6.0.23-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.4.0-1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package praat:
fieldlinguistics
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitmotif
works-withaudio
x11application
Popcon: 20 users (14 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Selon ses auteurs, Praat permet de « faire de la phonétique par ordinateur ». Au travers de son interface graphique, plusieurs fonctionnalités d'analyse de la parole sont disponibles : spectrogrammes, cochleogrammes, et l'extraction de l'accent de hauteur (accent musical) et des formants. La synthèse articulatoire, ainsi que la synthèse à partir de l'accent de hauteur, des formants, et de l'intensité sont également disponibles. Les autres caractéristiques sont la segmentation, l'étiquetage en utilisant l'alphabet phonétique, et le calcul des statistiques. Praat est configurable et extensible grâce à son propres langage de programmation et contient des interfaces pour communiquer avec d'autres programmes.

Please cite: Paul Boersma: Praat, a system for doing phonetics by computer. Glot International 5(9/10):341-345 (2001)
Screenshots of package praat
psignifit
ajuster et essayer des hypothèses sur les fonctions psychométriques
Versions of package psignifit
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.5.6-3.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.5.6-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie2.5.6-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
bookworm2.5.6-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.5.6-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.5.6-3amd64,armel,armhf,i386
buster2.5.6-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package psignifit:
fieldstatistics
interfacecommandline
roleprogram
Popcon: 5 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Psignifit permet d'ajuster des fonctions psychométriques à des jeux de données tout en gardant le contrôle d'un grand nombre de paramètres. Les données peuvent être lues depuis des fichiers texte ou à l’aide de l'entrée standard.

Le programme effectue le calcul des intervalles de confiance ainsi que de des tests de qualité de l'ajustement.

Ce paquet fournit la version en ligne de commande.

Remarque : il s’agit de l’ancienne version 2.x de psignifit.

Screenshots of package psignifit
psychopy
environnement pour créer des stimuli psychologiques en Python
Versions of package psychopy
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.83.04.dfsg-2all
sid2023.2.4+dfsg-3all
trixie2023.2.4+dfsg-3all
bullseye2020.2.10+dfsg-2all
upstream2024.1.0
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

PsychoPy fournit un environnement de création de stimuli psychologiques en utilisant le langage Python. Il combine la puissance graphique d'OpenGL avec la facilité de la syntaxe Python pour donner à la psychophysique un paquet de contrôle et présentation simple et libre des stimuli.

Le but est de fournir, pour le scientifique débordé, des outils pour contrôler le temps et le fenêtrage, ainsi qu'un ensemble simple de stimuli et de méthodes pré-empaquetés. PsychoPy fournit :

 – un EDI graphique dans un langage de script puissant (Python) ;
 – un constructeur d’interface graphique pour un développement rapide de
   séquences de stimulation ;
 – une utilisation de l’accélération matérielle (OpenGL) ;
 – une intégration avec Spectrascan PR650 pour une calibration facilitée
   des moniteurs ;
 – des routines simples pour des méthodes expérimentales de stimuli
   graduels ou constants, mais aussi par ajustement de courbes ou
   auto-amorçage ;
 – des interfaces graphiques simples (ou complexes) à l’aide de wxPython ;
 – des interfaces simples pour des manettes de jeu, des souris, des cartes
   sons, etc., à l’aide de PyGame ;
 – une lecture de vidéo (MPG, DivX, AVI, QuickTime, etc.) comme stimulus.
The package is enhanced by the following packages: python-pyoptical
Please cite: Jonathan W.Peirce: PsychoPy—Psychophysics software in Python. Journal of Neuroscience Methods 162(1-2):8-13 (2007)
Screenshots of package psychopy
python3-bioxtasraw
traitement de données biologiques de diffusion des rayons X aux petits angles
Versions of package python3-bioxtasraw
ReleaseVersionArchitectures
bookworm2.1.1-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el
sid2.2.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el
upstream2.2.2
Popcon: 0 users (1 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

BioXTAS RAW un programme graphique en Python pour la réduction et l’analyse de diffusion des rayons X aux petits angles (SAXS – Small Angle X-rays Scattering). Ce paquet est conçu pour des données biologiques SAXS.

BioXTAS RAW fournit un remplacement aux programmes source proches comme Primus et Scatter pour l’analyse basique de données. Parce qu’il calibre, masque et intègre des images, il fournit aussi une alternative aux pipelines de faisceau de synchrotron que les scientifiques installent sur leur propre ordinateur et utilisent à la maison et sur la ligne de faisceau.

r-cran-foreign
paquet GNU R pour lire/écrire des données issues d'autres systèmes de stats
Maintainer: Dirk Eddelbuettel
Versions of package r-cran-foreign
ReleaseVersionArchitectures
bookworm0.8.84-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.8.86-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie0.8.86-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
jessie0.8.61-1amd64,armel,armhf,i386
stretch0.8.67-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.8.71-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.8.81-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package r-cran-foreign:
devellang:r, library
fieldstatistics
roleapp-data
suitegnu
useconverting
Popcon: 758 users (477 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Ce paquet fournit des fonctions pour lire et écrire des données stockées par d'autres logiciels de statistiques comme Minitab, S, SAS, SPSS, Stata, etc.

Ce paquet fait partie d'un ensemble de paquet recommandés par R et fournis avec les sources de R lui-même.

r-cran-psy
procédures GNU R pour la mesure psychique
Versions of package r-cran-psy
ReleaseVersionArchitectures
sid1.2-1all
trixie1.2-1all
bookworm1.2-1all
bullseye1.1-5all
buster1.1-4all
stretch1.1-2all
jessie1.1-1all
Debtags of package r-cran-psy:
devellang:r, library
fieldmedicine, statistics
interfacecommandline
roleshared-lib
scopeutility
useanalysing, viewing
Popcon: 18 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Ce paquet fournit diverses procédures utilisées en psychométrie et en évaluation, dont :

 –⋅le Kappa de Cohen et le Kappa pondéré (tests de l'accord entre
   évaluateurs) ;
 –⋅l'alpha de Cronbach (un test de fiabilité des questions) ;
 –⋅Focused Principal Components Analysis (analyse en composantes
   principales focalisée) ;
 –⋅coefficients de corrélation intra-classe ;
 –⋅le Kappa de Light (test de l'accord entre N évaluateurs) ;
 –⋅représentations schématiques et graphiques des composantes
   principales.
Remark of Debian Med team: r-cran-psy is orphaned upstream.

Hint to users of statistical psychological software. This package seems to be orphaned upstream. There are several related packages at CRAN for instance. See the list of prospective packages below and drop the Debian Med team a note if you are interested in one of them.

r-cran-psych
GNU R procedures for psychological, psychometric, and personality research
Versions of package r-cran-psych
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.0.12-1all
bookworm2.2.9-1all
stretch-backports1.8.12-1~bpo9+1all
buster1.8.12-1all
trixie2.4.1-1all
sid2.4.1-1all
upstream2.4.3
Popcon: 58 users (43 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

This GNU R package provides a general purpose toolbox for personality, psychometric theory and experimental psychology. Functions are primarily for multivariate analysis and scale construction using factor analysis, principal component analysis, cluster analysis and reliability analysis, although others provide basic descriptive statistics. Item Response Theory is done using factor analysis of tetrachoric and polychoric correlations. Functions for analyzing data at multiple levels include within and between group statistics, including correlations and factor analysis. Functions for simulating and testing particular item and test structures are included. Several functions serve as a useful front end for structural equation modeling. Graphical displays of path diagrams, factor analysis and structural equation models are created using basic graphics. Some of the functions are written to support a book on psychometric theory as well as publications in personality research.

r-cran-psychometric
théorie psychométrique appliquée avec GNU R
Versions of package r-cran-psychometric
ReleaseVersionArchitectures
bookworm2.3-1all
sid2.4-1all
bullseye2.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie2.4-1all
Popcon: 8 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Ce paquet fournit des fonctions de GNU R utiles pour la théorie de la corrélation, la méta-analyse (généralisation de validité), la fidélité, l’analyse d’item, la fiabilité inter-juges et l’utilité classique.

r-cran-psychotree
GNU R recursive partitioning based on psychometric models
Versions of package r-cran-psychotree
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.15-3-2all
sid0.16-0-1all
trixie0.16-0-1all
bookworm0.16-0-1all
Popcon: 9 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Recursive partitioning based on psychometric models, employing the general MOB algorithm (from package partykit) to obtain Bradley-Terry trees, Rasch trees, rating scale and partial credit trees, and MPT trees.

r-cran-psyphy
functions for analyzing psychophysical data in GNU R
Versions of package r-cran-psyphy
ReleaseVersionArchitectures
sid0.3-1all
trixie0.3-1all
bullseye0.2-2-1all
bookworm0.2-3-1all
Popcon: 5 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

An assortment of functions that could be useful in analyzing data from psychophysical experiments. It includes functions for calculating d' from several different experimental designs, links for m-alternative forced- choice (mafc) data to be used with the binomial family in glm (and possibly other contexts) and self-Start functions for estimating gamma values for CRT screen calibrations.

Official Debian packages with lower relevance

python-pyepl
module pour coder des expériences psychologiques en Python
Versions of package python-pyepl
ReleaseVersionArchitectures
buster1.1.0+git12-g365f8e3-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.1.0+git12-g365f8e3-2amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package python-pyepl:
devellang:python
hardwareinput, input:keyboard, input:mouse, video
interfacecommandline, x11
officepresentation
roledevel-lib, program
scopesuite
soundplayer
usemonitor, playing, viewing
works-withpeople
x11application
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

PyEPL est un générateur de stimuli et une boîte à outils d'enregistrement des réponses servant à générer des expériences en psychologie (ainsi qu’en neurosciences, recherche en marketing et autres).

Il fournit

 – présentation : stimuli visuels et auditifs ;
 – enregistrement des réponses : manuel (clavier/manette) et sonore
(microphone) avec horodatage ;
 – sync-pulsing : synchronisation de tâches comportementales avec du
matériel d'acquisition externe ;
 – flexibilité de l'encodage de diverses expériences grâce à l'utilisation
de Python comme langage de description ;
 – exécution rapide d'éléments critiques du fait d'appels aux
bibliothèques compilées liées.

Cette boîte à outils est là pour constituer une alternative à une large variété de produits E-Prime du commerce.

Ce paquet fournit PyEPL pour les versions prises en charge de Python.

The package is enhanced by the following packages: python-pyoptical
python3-bids-validator
validator for the Brain Imaging Data Structure (BIDS) datasets
Versions of package python3-bids-validator
ReleaseVersionArchitectures
sid1.14.4-1all
trixie1.14.4-1all
bullseye1.6.0-1all
bookworm1.9.9-1all
Popcon: users ( upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

This package contains a Python module to validate BIDS (Brain Imaging Data Structure) datasets. It does not contain original bids-validator command line tool (written in JS).

python3-bmtk
paquet de développement pour construire, simuler et analyser des réseaux de grande étendue
Versions of package python3-bmtk
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.0+git20210109.8572664+ds-1amd64
bookworm1.0.6+ds-1amd64
trixie1.0.8+ds-2amd64
sid1.0.8+ds-3amd64
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

La boîte à outils de modélisation neuronale est un paquet de développement logiciel pour construire, simuler et analyser des réseaux de grande étendue à différents niveaux de résolution.

python3-pynwb
Python library for working with Neurodata in the NWB format
Versions of package python3-pynwb
ReleaseVersionArchitectures
sid2.5.0-1all
trixie2.5.0-1all
buster0.5.1-1all
upstream2.6.0
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

PyNWB is a Python package for working with NWB files. It provides a high-level API for efficiently working with Neurodata stored in the NWB format.

Neurodata Without Borders: Neurophysiology (NWB:N) is a project to develop a unified data format for cellular-based neurophysiology data, focused on the dynamics of groups of neurons measured under a large range of experimental conditions.

science-psychophysics
paquets pour la psychophysique de Debian Science
Versions of package science-psychophysics
ReleaseVersionArchitectures
bookworm1.14.5all
jessie1.4all
sid1.14.5all
stretch1.7all
bullseye1.14.2all
buster1.10all
trixie1.14.5all
Debtags of package science-psychophysics:
rolemetapackage
suitedebian
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Ce métapaquet installe les paquets de Debian qui peuvent être utiles pour accomplir des expériences relatives aux stimuli physiques et leurs effets psychologiques.

Cette sélection de paquets concerne les logiciels d’exécution de stimulus. Pour d’autres logiciels concernant l’analyse des données obtenues, l’utilisateur recourra à science-neuroscience-cognitive, med-imaging en fonction du domaine concerné. De plus, il regardera dans les paquets de science-bci car ceux-ci fournissent souvent des structures de boucle incluant la fourniture de stimulus.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 236909