Debian Med Psychology packages

This package installs a plugin for Orthanc, the lightweight, RESTful Vendor Neutral Archive for medical imaging. This plugin adds support for neuroimaging in Orthanc, notably to easily convert from DICOM to NIfTI.

Selon ses auteurs, Praat permet de « faire de la phonétique par ordinateur ». Au travers de son interface graphique, plusieurs fonctionnalités d'analyse de la parole sont disponibles : spectrogrammes, cochleogrammes, et l'extraction de l'accent de hauteur (accent musical) et des formants. La synthèse articulatoire, ainsi que la synthèse à partir de l'accent de hauteur, des formants, et de l'intensité sont également disponibles. Les autres caractéristiques sont la segmentation, l'étiquetage en utilisant l'alphabet phonétique, et le calcul des statistiques. Praat est configurable et extensible grâce à son propres langage de programmation et contient des interfaces pour communiquer avec d'autres programmes.

Psignifit permet d'ajuster des fonctions psychométriques à des jeux de données tout en gardant le contrôle d'un grand nombre de paramètres. Les données peuvent être lues depuis des fichiers texte ou à l’aide de l'entrée standard.

Le programme effectue le calcul des intervalles de confiance ainsi que de des tests de qualité de l'ajustement.

Ce paquet fournit la version en ligne de commande.

Remarque : il s’agit de l’ancienne version 2.x de psignifit.

PsychoPy fournit un environnement de création de stimuli psychologiques en utilisant le langage Python. Il combine la puissance graphique d'OpenGL avec la facilité de la syntaxe Python pour donner à la psychophysique un paquet de contrôle et présentation simple et libre des stimuli.

Le but est de fournir, pour le scientifique débordé, des outils pour contrôler le temps et le fenêtrage, ainsi qu'un ensemble simple de stimuli et de méthodes pré-empaquetés. PsychoPy fournit :

 – un EDI graphique dans un langage de script puissant (Python) ;
 – un constructeur d’interface graphique pour un développement rapide de
   séquences de stimulation ;
 – une utilisation de l’accélération matérielle (OpenGL) ;
 – une intégration avec Spectrascan PR650 pour une calibration facilitée
   des moniteurs ;
 – des routines simples pour des méthodes expérimentales de stimuli
   graduels ou constants, mais aussi par ajustement de courbes ou
   auto-amorçage ;
 – des interfaces graphiques simples (ou complexes) à l’aide de wxPython ;
 – des interfaces simples pour des manettes de jeu, des souris, des cartes
   sons, etc., à l’aide de PyGame ;
 – une lecture de vidéo (MPG, DivX, AVI, QuickTime, etc.) comme stimulus.

BioXTAS RAW un programme graphique en Python pour la réduction et l’analyse de diffusion des rayons X aux petits angles (SAXS – Small Angle X-rays Scattering). Ce paquet est conçu pour des données biologiques SAXS.

BioXTAS RAW fournit un remplacement aux programmes source proches comme Primus et Scatter pour l’analyse basique de données. Parce qu’il calibre, masque et intègre des images, il fournit aussi une alternative aux pipelines de faisceau de synchrotron que les scientifiques installent sur leur propre ordinateur et utilisent à la maison et sur la ligne de faisceau.

Ce paquet fournit des fonctions pour lire et écrire des données stockées par d'autres logiciels de statistiques comme Minitab, S, SAS, SPSS, Stata, etc.

Ce paquet fait partie d'un ensemble de paquet recommandés par R et fournis avec les sources de R lui-même.

Ce paquet fournit diverses procédures utilisées en psychométrie et en évaluation, dont :

 –⋅le Kappa de Cohen et le Kappa pondéré (tests de l'accord entre
   évaluateurs) ;
 –⋅l'alpha de Cronbach (un test de fiabilité des questions) ;
 –⋅Focused Principal Components Analysis (analyse en composantes
   principales focalisée) ;
 –⋅coefficients de corrélation intra-classe ;
 –⋅le Kappa de Light (test de l'accord entre N évaluateurs) ;
 –⋅représentations schématiques et graphiques des composantes
   principales.

This GNU R package provides a general purpose toolbox for personality, psychometric theory and experimental psychology. Functions are primarily for multivariate analysis and scale construction using factor analysis, principal component analysis, cluster analysis and reliability analysis, although others provide basic descriptive statistics. Item Response Theory is done using factor analysis of tetrachoric and polychoric correlations. Functions for analyzing data at multiple levels include within and between group statistics, including correlations and factor analysis. Functions for simulating and testing particular item and test structures are included. Several functions serve as a useful front end for structural equation modeling. Graphical displays of path diagrams, factor analysis and structural equation models are created using basic graphics. Some of the functions are written to support a book on psychometric theory as well as publications in personality research.

Ce paquet fournit des fonctions de GNU R utiles pour la théorie de la corrélation, la méta-analyse (généralisation de validité), la fidélité, l’analyse d’item, la fiabilité inter-juges et l’utilité classique.

Recursive partitioning based on psychometric models, employing the general MOB algorithm (from package partykit) to obtain Bradley-Terry trees, Rasch trees, rating scale and partial credit trees, and MPT trees.

An assortment of functions that could be useful in analyzing data from psychophysical experiments. It includes functions for calculating d' from several different experimental designs, links for m-alternative forced- choice (mafc) data to be used with the binomial family in glm (and possibly other contexts) and self-Start functions for estimating gamma values for CRT screen calibrations.

PyEPL est un générateur de stimuli et une boîte à outils d'enregistrement des réponses servant à générer des expériences en psychologie (ainsi qu’en neurosciences, recherche en marketing et autres).

Il fournit

 – présentation : stimuli visuels et auditifs ;
 – enregistrement des réponses : manuel (clavier/manette) et sonore
(microphone) avec horodatage ;
 – sync-pulsing : synchronisation de tâches comportementales avec du
matériel d'acquisition externe ;
 – flexibilité de l'encodage de diverses expériences grâce à l'utilisation
de Python comme langage de description ;
 – exécution rapide d'éléments critiques du fait d'appels aux
bibliothèques compilées liées.

Cette boîte à outils est là pour constituer une alternative à une large variété de produits E-Prime du commerce.

Ce paquet fournit PyEPL pour les versions prises en charge de Python.

This package contains a Python module to validate BIDS (Brain Imaging Data Structure) datasets. It does not contain original bids-validator command line tool (written in JS).

La boîte à outils de modélisation neuronale est un paquet de développement logiciel pour construire, simuler et analyser des réseaux de grande étendue à différents niveaux de résolution.

PyNWB is a Python package for working with NWB files. It provides a high-level API for efficiently working with Neurodata stored in the NWB format.

Neurodata Without Borders: Neurophysiology (NWB:N) is a project to develop a unified data format for cellular-based neurophysiology data, focused on the dynamics of groups of neurons measured under a large range of experimental conditions.

Ce métapaquet installe les paquets de Debian qui peuvent être utiles pour accomplir des expériences relatives aux stimuli physiques et leurs effets psychologiques.

Cette sélection de paquets concerne les logiciels d’exécution de stimulus. Pour d’autres logiciels concernant l’analyse des données obtenues, l’utilisateur recourra à science-neuroscience-cognitive, med-imaging en fonction du domaine concerné. De plus, il regardera dans les paquets de science-bci car ceux-ci fournissent souvent des structures de boucle incluant la fourniture de stimulus.