Debian Med Project
Help us to see Debian used by medical practitioners and biomedical researchers! Join us on the Salsa page.
Summary
Typesetting
Wsparcie przy składaniu i wydawaniu publikacji medycznych w Debianie

Metapakiet instaluje pakiety, które mogą być pomocne przy składaniu publikacji i wydawaniu ich w zakresie opieki medycznej i biologii strukturalnej.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Med to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Med mailing list

Links to other tasks

Debian Med Typesetting packages

Official Debian packages with high relevance

king
Interaktywny system do tworzenia trójwymiarowej grafiki wektorowej
Versions of package king
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.21.120420+dfsg-1all
buster2.23.161103+dfsg1-3all
bullseye2.23.161103+dfsg1-4all
bookworm2.24+dfsg2-1all
trixie2.24+dfsg2-2all
sid2.24+dfsg2-2all
stretch2.23.161103+dfsg1-1all
Popcon: 7 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

KiNG (Kinemage, Następna Generacja) jest interaktywnym systemem do tworzenia trójwymiarowej grafiki wektorowej. Obsługuje szereg prymitywów graficznych, co czyni go idealnym narzędziem do różnego rodzaju grafów, wykresów i innych ilustracji; mimo, że pierwotnie został zaprojektowany do wyświetlania wielocząsteczkowych struktur dla biofizycznych badań. KiNG opiera się na Mage, JavaMage oraz na koncepcji "kinemage" (kinetyczne obrazy), aby zapewnić w pełni funkcjonalną aplikację Javy z przyjaznym użytkownikowi interfejsem i zintegrowanymi funkcjami edycji. Plik o rozszerzeniu .jar z programem KiNG można użyć wewnątrz strony internetowej jako aplet lub obiekt Javy, w celu umożliwienia łatwego dostępu do obrazów kinemage albo zarządzania plikami za pośrednictwem przeglądarki.

texlive-latex-extra
??? missing short description for package texlive-latex-extra :-(
Versions of package texlive-latex-extra
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2020.20210202-3all
stretch2016.20170123-5all
bookworm2022.20230122-4all
trixie2024.20241115-1all
buster2018.20190227-2all
sid2024.20241115-1all
jessie2014.20141024-1all
Debtags of package texlive-latex-extra:
made-offont, tex
roleapp-data
usetypesetting
works-withfont, text
works-with-formatpdf, tex
Popcon: 4503 users (1828 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git
Screenshots of package texlive-latex-extra
Remark of Debian Med team: For biologists specifically texshade.sty is interesting

The texlive-latex-extra package contains a lot of interesting LaTeX styles for different purposes. As a biologist you are most probably interested in

 TeXShade: http://www.uni-kiel.de/Pharmazie/chem/Prof_Beitz/texshade.htm

You might like to install texlive-latex-extra-doc as well and read the documents in

 /usr/share/doc/texlive-latex-extra-doc/latex/texshade/
texlive-science
??? missing short description for package texlive-science :-(
Versions of package texlive-science
ReleaseVersionArchitectures
sid2024.20241115-1all
stretch2016.20170123-5all
buster2018.20190227-2all
bullseye2020.20210202-3all
bookworm2022.20230122-4all
trixie2024.20241115-1all
jessie2014.20141024-1all
Debtags of package texlive-science:
fieldbiology, chemistry, electronics, mathematics, physics
made-oftex
roleapp-data
sciencepublishing
usetypesetting
works-withgraphs, text
works-with-formattex
Popcon: 2978 users (1034 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git
Remark of Debian Med team: For biologists specifically biotex.sty and textopo.sty are interesting

The texlive-science package contains a lot of interesting LaTeX styles for different sciences. As a biologist you are most probably interested in

 TeXTopo: http://www.uni-kiel.de/Pharmazie/chem/Prof_Beitz/textopo.htm

You might like to install texlive-science-doc as well and read the documents in

 /usr/share/doc/texlive-science-doc/latex/textopo/

Official Debian packages with lower relevance

biber
Much-augmented BibTeX replacement for BibLaTeX users
Versions of package biber
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.9-3+deb8u1all
buster2.12-2all
bullseye2.16-1all
bookworm2.18-1all
trixie2.20-2all
sid2.20-2all
stretch2.7-2all
Popcon: 487 users (227 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

The biblatex package by Philipp Lehman is becoming the definitive citation management tool for LaTeX users. Biblatex has relied on the venerable BibTeX program only for sorting and generating a very generic .bbl file without any formatting instruction. Everything else is taken care of by biblatex, which provides a powerful and flexible macro interface for authors of citation styles.

Biber offers a large superset of BibTeX functionality for BibLaTeX users. In addition it offers full UTF-8 (Unicode 6.0) capabilities, fully customisable sorting, output to GraphViz to help visualise complex crossrefs, support for remote data sources, structural validation of the data against the (customisable) data model, and a lot more.

bibus
Bibliograficzna baza danych
Versions of package bibus
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.5.2-4all
buster1.5.2+dfsg-1all
jessie1.5.2-4all
Debtags of package bibus:
interfacex11
roleprogram
sciencebibliography, publishing
uitoolkitwxwidgets
useorganizing, typesetting
works-with-formatbib, odf
x11application
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Bibus jest bibliograficzną bazą danych, zaprojektowaną z myślą o współpracy z LibreOffice/Openoffice.org. Umożliwia bezpośrednie wstawianie cytatów oraz formatowanie indeksu bibliograficznego do dokumentów Openoffice.org Writer. Główne zalety programu to:

  • hierarchiczna organizacja odnośników zgodna z kluczami zdefiniowanymi przez użytkownika;
  • zaprojektowanie pod kątem obsługiwania wielu użytkowników (współdzielenie baz danych pomiędzy użytkownikami);
  • wyszukiwarka obsługująca wyszukiwanie w locie;
  • dostęp on-line do PubMed;
  • import rekordów z PubMed (Medline), EndNote/Refer, RIS oraz BibTeX.

Bibus domyślnie używa bazy danych SQLite (poprzez moduł SQLite3 dostępny w Pythonie > 2.5), jednak obsługuje również bazy danych MySQL. Aby obsługiwać bazy danych MySQL, należy zainstalować pakiet python-mysqldb.

Screenshots of package bibus

Desktop tools that help inserting references in LibreOffice, or help managing PDF collections. This list is probably incomplete.

jabref-plugin-oo
??? missing short description for package jabref-plugin-oo :-(
Maintainer: gregor herrmann
Versions of package jabref-plugin-oo
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.10+ds-3all
upstream5.15
Debtags of package jabref-plugin-oo:
roleplugin
sciencebibliography
suiteopenoffice
works-with-formatbib
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Desktop tools that help inserting references in LibreOffice, or help managing PDF collections. This list is probably incomplete.

kbibtex
Edytor BibTeX dla środowiska KDE
Versions of package kbibtex
ReleaseVersionArchitectures
trixie0.10.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid0.10.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm0.9.90-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.9.90-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.8.1-1amd64,arm64,armhf,i386
stretch0.4-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.4-4amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package kbibtex:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitqt
useediting
works-withdtp, text
works-with-formatbib
x11application
Popcon: 45 users (29 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Aplikacja do zarządzania bibliograficznymi bazami danych w formacie BibTeX. KBibTeX może być używany jako niezależny program, lub też osadzony w innych aplikacjach KDE (np. jako edytor bibliograficzny w Kile).

KBibTeX może przeszukiwać zasoby online (np. Google Scholar) za pomocą konfigurowalnych adresów URL wyszukiwania. Umożliwia też importowanie kompletnych zestawów danych z NCBI Pubmed. Ponadto, obsługuje tagowanie odniesień za pomocą słów kluczowych i zarządza odniesieniami do plików lokalnych.

Pliki BibTeX mogą być eksportowane do formatu HTML, XML, PDF, PS i RTF przy użyciu wielu stylów cytowania.

r-cran-qqman
R package for visualizing GWAS results using Q-Q and manhattan plots
Versions of package r-cran-qqman
ReleaseVersionArchitectures
sid0.1.9+dfsg-1all
buster0.1.4-6all
bullseye0.1.4-7all
bookworm0.1.8+dfsg-1all
trixie0.1.9+dfsg-1all
stretch0.1.2-1all
Popcon: 5 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

qqman is an add-on package for the R statistical environment. This package provides functions for visualizing Genome-Wide Association Studies (GWAS) results using Manhattan plots and Quantile-Quantile plots.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 248469