Debian Med Imaging Development packages

La libreria CImg è un toolkit C++ che fornisce semplici classi e funzioni per caricare, salvare, elaborare e visualizzare immagini nel codice C++ dell'utente. Consiste di un solo file header CImg.h che deve essere incluso nei sorgenti del programma. Contiene utili algoritmi di elaborazione delle immagini per caricare/salvare, ridimensionare/ruotare, filtrare, disegnare oggetti (testo, linee, superfici, ellissi, ...), ecc.

Le istanze delle immagini sono create da una classe capace di rappresentare immagini con fino a 4 dimensioni (da segnali scalari 1-D a volumi 3-D di pixel con valori vettoriali), con tipi di modelli a pixel. Dipende da un numero minimo di librerie: lo si può compilare con le librerie C standard. Non sono necessarie librerie esotiche o dipendenze complesse.

DICOM è uno standard per la memorizzazione, annotazione e condivisione di immagini. È ampiamente usato in ambito medico.

Questo pacchetto include i file header e la libreria statica usati per creare programmi che usano la libreria CTN.

G'MIC è un'infrastruttura completa e aperta per l'elaborazione di immagini che fornisce svariate interfacce utente diverse per convertire, manipolare, filtrare e visualizzare insiemi di dati generici di immagini, da segnali scalari 1D, a sequenze 3D+t di immagini volumetriche multispettro.

Questo pacchetto contiene il binario autonomo gmic.

Berkeley Advanced Reconstruction Toolbox (BART) è un'infrastruttura libera e open source per la ricostruzione di immagini di risonanza magnetica computazionale (Computational Magnetic Resonance Imaging).

Questo pacchetto fornisce gli header e le librerie statiche.

BioSig è una libreria per accedere a file in svariati formati di dati biomedici (inclusi EDF, BDF, GDF, BrainVision, BCI2000, CFWB, HL7aECG, SCP_ECG (EN1064), MFER, ACQ, CNT(Neuroscan), DEMG, EGI, EEG1100, FAMOS, SigmaPLpro, TMS32). L'elenco completo dei formati di file gestiti è disponibile all'indirizzo http://pub.ist.ac.at/~schloegl/biosig/TESTED .

Questo pacchetto fornisce i file header e la libreria statica.

Aiuta i ricercatori e i clinici a collaborare in modo facile e rapido allo scopo di prototipizzare applicazioni CAMI (Intervento medico assistito dal computer) che gestiscono immagini medicali, navigazione chirurgica e simulazioni biomeccaniche.

Questo pacchetto contiene i file di sviluppo necessari per compilare applicazioni CamiTK. Fornisce anche l'applicazione per assistente di configurazione di CamiTK per creare nuove estensioni.

CIFTI (Connectivity Informatics Technology Initiative) standardizza i formati di file per l'archiviazione di dati di connettività. Questi formati sono sviluppati dallo Human Connectome Project e altre parti interessate.

CiftiLib è una libreria C++ per I/O su file CIFTI-1 e CIFTI-2, con gestione di accesso su disco e in memoria. Fornisce anche funzionalità per leggere e scrivere file NIfTI-1 e NIfTI-2 generici.

Questo pacchetto fornisce i file di sviluppo.

EDFlib è una libreria di programmazione per C/C++ per leggere e scrivere file EDF+/BDF+. (Legge anche i file EDF/BDF di vecchio tipo.) EDF sta per European Data Format. BDF è la versione a 24 bit di EDF.

Header e librerie condivise per edflib.

Grassroots DiCoM è una libreria C++ per file medicali DICOM. È inglobata automaticamente in Python/C#/Java (tramite swig). Gestisce RAW, JPEG (con e senza perdita di dati), J2K, JPEG-LS, RLE e deflated.

Librerie statiche e header di sviluppo per libgdcm. Non sono necessari per usare GDCM, ma sono necessari per compilare plugin o programmi che linkano libgdcm.

GDF (General Dataformat for Biosignals, formato di dati generico per biosegnali) è pensato per fornire un'archiviazione generica per segnali biologici come EEG, ECG, MEG, ecc.

Questo pacchetto fornisce i file header.

GIFTI è un formato di file basato su XML per dati della superficie corticale. Questa implementazione IO di riferimento è sviluppata dalla Neuroimaging Informatics Technology Initiative (NIfTI).

Questo pacchetto fornisce i file header e la libreria statica.

ITK è un toolkit open source per la registrazione e la segmentazione. La segmentazione è il processo di identificazione e di classificazione di dati provenienti da un campionamento digitale, tipicamente un'immagine acquisita da strumentazioni mediche come scanner per la tomografia (CT) o la risonanza magnetica (MRI). La registrazione è l'allineamento o lo sviluppo di corrispondenze fra dati. Ad esempio, in ambiente medico, una scansione CT può essere allineata con una scansione MRI per combinarne le informazioni.

Questo pacchetto contiene i file di sviluppo necessari per compilare proprie applicazioni ITK.

Il formato ISMRMRD combina una miscela di strutture dati flessibili (intestazioni XML) e strutture fisse (equivalenti alle struct del C) per rappresentare dati MRI.

Inoltre, il formato ISMRMRD specifica anche un'intestazione per le immagini per memorizzare le immagini ricostruite e la libreria C++ di accompagnamento fornisce un modo comodo per scrivere tali immagini in file HDF5 insieme ad array generici per memorizzare strutture dati definite meno bene, es. mappe di sensibilità degli avvolgimenti o altri dati di calibrazione.

Questo pacchetto fornisce i file di sviluppo.

This library implements an efficient minimum cut/maximum flow algorithms on graphs that can be used for exact or approximate energy minimization in low-level vision. The algorithm provides a high performance that makes near real-time performance possible. This package provides the development files for the library.

Questo progetto riguarda la conversione di immagini medicali. È rilasciato sotto licenza (L)GPL e viene fornito con il completo codice sorgente in C della libreria, una flessibile utilità a riga di comando e una bella interfaccia grafica che usa il toolkit GTK+. I formati attualmente gestiti sono: Acr/Nema 2.0, Analyze (SPM), DICOM 3.0, InterFile 3.3 e PNG.

Libreria statica, file include e documentazione per sviluppatori.

libmia comprende un insieme di librerie e plugin per elaborazione di uso generico di immagini 2D e 3D in scala di grigi e per la gestione di base di reticoli triangolari. Le librerie forniscono un'infrastruttura di base e algoritmi generici, che possono essere specializzati specificando i plugin appropriati. Questo pacchetto fornisce i file di sviluppo per la libreria.

This library implements handling for landmarks and 3D view positioning for optimal landmark visibility, and in-and output of these landmarks. This library is part of the MIA tool chain for medical image analysis. This package contains the development files - headers, shared libraries, and pkg-config files.

This package contains the library and headers for libminc2 and libminc_io.

The Minc file format is a highly flexible medical image file format. Minc version 1 is built on top of the NetCDF generalized data format. Minc version 2 is built on top of the HDF data format. This library handles both formats. In each case the format is simple, self-describing, extensible, portable and N-dimensional, with programming interfaces for both low-level data access and high-level volume manipulation. On top of the libraries is a suite of generic image-file manipulation tools. The format, libraries and tools are designed for use in a medical-imaging research environment : they are simple and powerful and make no attempt to provide a pretty interface to users.

Niftilib è un insieme di librerie di I/O per la lettura e la scrittura di file dati nel formato NIfTI-1. NIfTI-1 è un formato binario per l'archiviazione di immagini mediche, tipo risonanza magnetica (RMN) o immagini cerebrali da RMN funzionale (fRMN).

Questo pacchetto fornisce i file header e le librerie statiche di libnifti2.

Odil sfrutta i costrutti C++ per fornire un'API facile da usare per le diverse parti dello standard DICOM. In Odil sono inclusi: gestione di errori basata su eccezioni, accesso generico a elementi di insiemi di dati, rappresentazione standard JSON e XML di insiemi di dati, implementazione generica di messaggi, client e server per i vari protocolli DICOM.

Questo pacchetto contiene i file di sviluppo.

Questo è un metapacchetto che fornisce il pacchetto necessario per lo sviluppo di OpenCV (Open Computer Vision).

La libreria Open Computer Vision è una raccolta di algoritmi e codice d'esempio per vari problemi relativi alla visione artificiale. La libreria è compatibile con IPL (Image Processing Library di Intel) e, se disponibile, può usare IPP (Integrated Performance Primitives di Intel) per ottenere prestazioni migliori.

OpenCV fornisce tipi di dati e operatori portabili di basso livello e un insieme di funzionalità di alto livello per l'acquisizione video, l'elaborazione e l'analisi di immagini, analisi strutturale, analisi del movimento e inseguimento di oggetti, riconoscimento di oggetti, calibrazione di videocamere e ricostruzione 3D.

Open IGT Link è un semplice protocollo di rete pensato per tracker, robot e altri dispositivi per inviare dati all'applicazione principale. Alcuni dispositivi potrebbero anche accettare comandi.

Alcune applicazioni d'esempio sono:

• guida stereotassica per la chirurgia usando sensori ottici della posizione e software per la visualizzazione di immagini medicali;
• guida per video-chirurgia usando MRI in tempo reale e software per la visualizzazione di immagini medicali;
• interventi assistiti da robot usando dispositivi robotici e software di pianificazione chirurgica.

Questo pacchetto contiene i file di sviluppo necessari per compilare le proprie applicazioni IGT.

OpenSlide è una libreria C che fornisce una semplice interfaccia per leggere immagini whole-slide, anche conosciute come slide virtuali.

Le immagini whole-slide, conosciute anche come slide virtuali, occupano molto spazio, sono immagini ad alta risoluzione usate in patologia digitale. Leggere queste immagini tramite strumenti o librerie per immagini standard è problematico, poiché questi strumenti sono tipicamente progettati per immagini che possono essere comodamente decompresse in RAM o in un file swap. Le immagini whole-slide di norma eccedono la dimensione della RAM, occupando spesso decine di gigabyte quando sono decompresse. In aggiunta, le immagini whole-slide sono tipicamente a multi-risoluzione e solo una piccola quantità di dati delle immagini può essere necessaria ad una determinata risoluzione.

Questa libreria attualmente gestisce:

• Aperio (.svs, .tif),
• Hamamatsu (.vms, .vmu, .ndpi),
• Leica (.scn),
• MIRAX (.mrxs),
• Sakura (.svslide),
• Trestle (.tif),
• TIFF generiche affiancate (.tif).

Questo pacchetto contiene i file di sviluppo necessari per compilare applicazioni OpenSlide.

PAPYRUS 3.0 file format based on the new DICOM 3.0 Standard addresses the open interchange of medical images in files or on removable storage media. This specific implementation of the DICOM standard is intended as a generic solution for interchange of multi-modality medical images on removable media. It can also be used for convenient exchange of image data between different computer systems through industry standard file transfer mechanisms. Finally it can also be used for storage and archival of medical image data in a DICOM compatible format.

This package contains the libraries needed to run PAPYRUS 3.0 applications.

Sight (Surgical Image Guidance and Healthcare Toolkit) ha lo scopo di facilitare la creazione di applicazioni basate su diagnostica per immagini. Include varie funzionalità quali elaborazione di immagini digitali 2D e 3D, visualizzazione, realtà aumentata e simulazione di interazioni mediche. Viene eseguito su molti ambienti diversi (Windows, Linux, macOS), è scritto in C++ e fornisce la creazione rapida di interfacce utilizzando file XML.

Sight era conosciuto in precedenza come FW4SPL. È stato rinominato nel 2018 in primo luogo per rendere più chiaro il suo scopo e in secondo luogo in quanto parte di un grande cambiamento nella progettazione e nel governo del team di sviluppo.

Questo pacchetto contiene i file di sviluppo.

Teem è un gruppo coordinato di librerie per rappresentare, elaborare e visualizzare dati scientifici raster. Teem comprende strumenti a riga di comando che permettono di applicare velocemente le funzioni della libreria a file e flussi, senza dover scrivere codice. Le librerie più importanti e utili in Teem sono:

• Nrrd (e lo strumento a riga di comando unu che ne fa uso) gestisce una gamma di operazioni per trasformare dati raster a N dimensioni (ricampionamento, ritaglio, estrazione, proiezione, istogramma, ecc.), così come il formato di file NRRD per memorizzare array e le loro meta-informazioni;
• Gage: veloci misurazioni basate su convoluzione in posizioni di punti arbitrari in insiemi di dati di volume (scalare, vettore, tensore, ecc.);
• Mite: uno strumento di rendering ray-casting multi-thread con funzioni di trasferimento basate su qualsiasi quantità misurabile da Gage;
• Ten: per stima, elaborazione e visualizzazione di campi tensoriali di diffusione, compresi metodi di trattografia di fibre.

Questo pacchetto fornisce i file header di Teem necessari per compilare programmi C++ che usano Teem per fare visualizzazioni 3D.

VIGRA (Vision with Generic Algorithms, visione con algoritmi generici) è una libreria per visione artificiale che pone particolare attenzione sugli algoritmi flessibili, perché gli algoritmi rappresentano la principale conoscenza pratica in questo campo. La libreria è stata di conseguenza creata usando programmazione generica come introdotta da Stepanov e Musser ed esemplificata nella Standard Template Library C++. Mediante la scrittura di pochi adattatori (iteratori e metodo di accesso per immagini) è possibile usare gli algoritmi di VIGRA nelle proprie strutture dati, all'interno del proprio ambiente.

Questo pacchetto contiene i file di sviluppo e gli header necessari per compilare programmi e pacchetti che usano VIGRA.

Vistaio is a library that handles loading and storing of data in a cross-platform manner. Its virtue is that the otherwise binary files provide an ascii header that makes it easy to get information about the contens of a file. It supports a variety of data types like images, vector fields and graphs. This is the development package containing the header files, and pkg-config script, and man pages.

VolPack is a software library for fast, high-quality volume rendering with this features:

• Renders data sampled on a regular, three-dimensional grid.
• Supports user-specified transfer functions for both opacity and color.
• Provides a shading model with directional light sources, multiple material types with different reflective properties, depth cueing, and shadows.
• Produces color (24 bits/pixel) or grayscale (8 bits/pixel) renderings, with or without an alpha channel.
• Supports arbitrary affine view transformations.
• Supports a flexible data format that allows an arbitrary C structure to be associated with each voxel.

This is the development package.

Questo pacchetto contiene un insieme di classi per gestire file e metadati DICOM dall'interno di VTK, e alcuni programmi di utilità per interrogare e convertire file DICOM.

Header di sviluppo.

Il Visualization Toolkit (VTK) è un sistema software open source per la computer grafica 3D, l'elaborazione e la visualizzazione di immagini.

Questo pacchetto fornisce i file header VTK richiesti per compilare programmi C++ che utilizzano VTK per fare visualizzazione 3D.

Libxdf is a cross-platform C++ library for loading multimodal, multi- rate signals stored in XDF files. Libxdf is used in the biosignal viewing application SigViewer. It can also be integrated into other C++ applications.

This package contains the header files and the static library

Berkeley Advanced Reconstruction Toolbox (BART) è un'infrastruttura libera e open source per la ricostruzione di immagini di risonanza magnetica computazionale (Computational Magnetic Resonance Imaging).

Questo pacchetto fornisce i collegamenti Octave per BART.

DICOM (Digital communications in medicine) è uno standard per informazioni originariamente creato per trasferire immagini, che ora ha a che fare con un'ampia gamma di dati medici.

Questo pacchetto fornisce funzioni per leggere e (infine) scrivere file DICOM in Octave, un software per calcolo scientifico. Le funzioni nel pacchetto sono pensate per avere usi simili alle funzioni dicom in Matlab Image Processing Toolbox. In Octave esse sono separate: la maggior parte degli utenti del pacchetto per immagini non userà dicom e la sua dipendenza potrebbe essere considerata un problema.

Questo pacchetto di componenti aggiuntivi di Octave fa parte del progetto Octave-Forge.

GDF (General Dataformat for Biosignals, formato di dati generico per biosegnali) è pensato per fornire un'archiviazione generica per segnali biologici come EEG, ECG, MEG, ecc.

Questo pacchetto fornisce i collegamenti Octave per libgdf.

ODIN è un'infrastruttura per immagini da risonanza magnetica (MRI). Copre l'intera catena di strumenti di MRI, dall'acquisizione di dati a basso livello alla ricostruzione dell'immagine. In particolare, ha l'obiettivo di una rapida prototipazione di sequenze MRI. Le sequenze possono essere programmate usando un'interfaccia di programmazione C++, orientata agli oggetti, di alto livello. Fornisce strumenti avanzati di analisi delle sequenze, come il disegno interattivo di traiettorie nello spazio k, un'interfaccia utente per un ciclo compilazione-link-test veloce e un potente simulatore di MRI che gestisce differenti campioni virtuali. Per una ricostruzione dell'immagine veloce e flessibile, ODIN contiene un'infrastruttura di elaborazione dati molto personalizzabile e multi-thread.

Questo pacchetto fornisce i collegamenti Python 3 per la libreria BioSig. L'obiettivo principale consiste in un'interfaccia di I/O ad una varietà di formati di file biomedici che include, ma non si limita a, SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF e EDF.

BioXTAS RAW is a GUI based, Python program for reduction and analysis of small-angle X-ray solution scattering (SAXS) data. The package is designed for biological SAXS data.

BioXTAS RAW provides an alternative to closed source programs such as Primus and Scatter for primary data analysis. Because it can calibrate, mask, and integrate images it also provides an alternative to synchrotron beamline pipelines that scientists can install on their own computers and use both at home and at the beamline.

Brian è un simulatore per reti neurali spiking guidato dal tempo. È progettato con un'enfasi su flessibilità ed estensibilità, per lo sviluppo rapido e l'affinamento di modelli neurali. I modelli dei neuroni sono specificati dall'utente con insiemi di equazioni differenziali, condizioni di soglia e condizioni di ripristino (date come stringhe). L'attenzione è principalmente su reti di modelli di neuroni a compartimento singolo (es. neuroni di tipo Hodgkin-Huxley o integra-e-spara con perdita). Le funzionalità includono:

• un sistema per specificare quantità con dimensioni fisiche;
• integrazione numerica esatta per equazioni differenziali lineari;
• integrazione di Eulero, Runge-Kutta ed esponenziale di Eulero per equazioni differenziali non lineari;
• connessioni sinaptiche con ritardi;
• plasticità a breve termine e a lungo termine (plasticità dipendente dalla tempistica degli spike);
• una libreria di componenti modello standard che include equazioni integra-e-spara, sinapsi e correnti ioniche;
• strumenti per fare automaticamente il fitting di modelli di neuroni spiking su registrazioni elettrofisiologiche.

Conversione da DICOM a NIfTI con la funzionalità aggiuntiva di estrarre e riassumere i metadati dai DICOM sorgenti. I metadati possono essere inseriti in un'estensione dell'intestazione NIfTI o scritti come file di testo formattato come JSON.

Questo pacchetto fornisce il pacchetto per Python 3.

DIPY is a software project for computational neuroanatomy. It focuses on diffusion magnetic resonance imaging (dMRI) analysis and tractography but also contains implementations of other computational imaging methods such as denoising and registration that are applicable to the greater medical imaging and image processing communities. Additionally, DIPY is an international project which brings together scientists across labs and countries to share their state-of-the-art code and expertise in the same codebase, accelerating scientific research in medical imaging.

Here are some of the highlights:

• Reconstruction algorithms: CSD, DSI, GQI, DTI, DKI, QBI, SHORE and MAPMRI
• Fiber tracking algorithms: deterministic and probabilistic
• Native linear and nonlinear registration of images
• Fast operations on streamlines (selection, resampling, registration)
• Tractography segmentation and clustering
• Many image operations, e.g., reslicing or denoising with NLMEANS
• Estimation of distances/correspondences between streamlines and connectivity matrices
• Interactive visualization of streamlines in the space of images

This package contains the Python 3 version.

Grassroots DiCoM è una libreria C++ per file medicali DICOM. È inglobata automaticamente in Python/C#/Java (tramite swig). Gestisce RAW, JPEG (con e senza perdita di dati), J2K, JPEG-LS, RLE e deflated.

Collegamenti Python alla libreria GDCM DICOM.

Imageio è una libreria Python che fornisce una facile interfaccia per leggere e scrivere un'ampia gamma di dati di immagini, inclusi immagini animate, video, dati volumetrici e formati scientifici.

Questo pacchetto fornisce la libreria per Python 3.

MIA è costituito da un insieme di strumenti, librerie e plugin per l'elaborazione generica di immagini 2D e 3D in toni di grigio e manipolazione di base di reticoli di triangoli. Le librerie forniscono un'infrastruttura di base e algoritmi generici, che possono essere specializzati specificando i plugin appropriati. Questo pacchetto fornisce i collegamenti Python 3.

Questo pacchetto è progettato per analisi nello spazio dei sensori e delle sorgenti di dati MEG e EEG, incluse analisi nel dominio della frequenza e tempo-frequenza e statistiche non parametriche.

NiBabel fornisce accesso in lettura e scrittura ad alcuni formati di file comuni per neuroimmagini e file medicali, inclusi: ANALYZE (plain, SPM99, SPM2), GIFTI, NIfTI1, MINC, così come PAR/REC. Le varie classi per formato per immagini danno accesso pieno o selettivo alle informazioni delle intestazioni (metainformazioni) e l'accesso ai dati dell'immagine è reso disponibile attraverso matrici NumPy. NiBabel è il successore di PyNIfTI.

NiPy is a Python-based framework for the analysis of structural and functional neuroimaging data. It provides functionality for

• General linear model (GLM) statistical analysis
• Combined slice time correction and motion correction
• General image registration routines with flexible cost functions, optimizers and re-sampling schemes
• Image segmentation
• Basic visualization of results in 2D and 3D
• Basic time series diagnostics
• Clustering and activation pattern analysis across subjects
• Reproducibility analysis for group studies

Nipype interfaccia Python con altri pacchetti per neuroimmagini e crea un'API per specificare una completa catena di elaborazione dati per analisi in Python. Attualmente ha interfacce per SPM, FSL, AFNI, Freesurfer, ma potrebbe essere estesa ad altri pacchetti (come lipsia).

Nitime is a Python module for time-series analysis of data from neuroscience experiments. It contains a core of numerical algorithms for time-series analysis both in the time and spectral domains, a set of container objects to represent time-series, and auxiliary objects that expose a high level interface to the numerical machinery and make common analysis tasks easy to express with compact and semantically clear code.

OpenSlide è una libreria C che fornisce una semplice interfaccia per leggere immagini whole-slide, anche conosciute come slide virtuali.

Le immagini whole-slide, conosciute anche come slide virtuali, occupano molto spazio, sono immagini ad alta risoluzione usate in patologia digitale. Leggere queste immagini tramite strumenti o librerie per immagini standard è problematico, poiché questi strumenti sono tipicamente progettati per immagini che possono essere comodamente decompresse in RAM o in un file swap. Le immagini whole-slide di norma eccedono la dimensione della RAM, occupando spesso decine di gigabyte quando sono decompresse. In aggiunta, le immagini whole-slide sono tipicamente a multi-risoluzione e solo una piccola quantità di dati delle immagini può essere necessaria ad una determinata risoluzione.

Questa libreria attualmente gestisce:

• Aperio (.svs, .tif),
• Hamamatsu (.vms, .vmu, .ndpi),
• Leica (.scn),
• MIRAX (.mrxs),
• Sakura (.svslide),
• Trestle (.tif),
• TIFF generiche affiancate (.tif).

Questo pacchetto contiene il modulo Python 3 necessario per eseguire applicazioni OpenSlide.

pydicom è un modulo in Python puro per l'analisi di file DICOM. DICOM è uno standard (http://medical.nema.org) per comunicare le immagini medicali e le informazioni relative, come rapporti e oggetti di radioterapia.

pydicom rende facile la lettura di file DICOM in naturali strutture pythoniche per una facile manipolazione. Gli insiemi di dati modificati posso essere nuovamente scritti su file in formato DICOM.

Questo pacchetto installa il modulo per Python 3.

pyxnat è una semplice libreria Python che si basa sull'API REST fornita dalla piattaforma XNAT a partire dalla sua versione 1.4. XNAT è un database estensibile per dati di neuroimmagini. L'obiettivo principale è di facilitare la comunicazione con un server XNAT per usare come plugin strumenti esterni o script Python per elaborare i dati. Ha:

• funzionalità di navigazione delle risorse;
• accesso in lettura e scrittura alle risorse;
• ricerche complesse;
• cache su disco dei file richiesti e delle risorse.

Il pacchetto torchvision consiste in insiemi di dati popolari, architetture modello e trasformazioni comuni di immagini, per visione artificiale.

VIGRA (Vision with Generic Algorithms, visione con algoritmi generici) è una libreria per visione artificiale che pone particolare attenzione sugli algoritmi flessibili, perché gli algoritmi rappresentano la principale conoscenza pratica in questo campo. La libreria è stata di conseguenza creata usando programmazione generica come introdotta da Stepanov e Musser ed esemplificata nella Standard Template Library C++. Mediante la scrittura di pochi adattatori (iteratori e metodo di accesso per immagini) è possibile usare gli algoritmi di VIGRA nelle proprie strutture dati, all'interno del proprio ambiente.

Questo pacchetto esporta la funzionalità della libreria VIGRA in Python 3.

Interfaccia R a nifticlib (nifticlib-2.0.0) (lettura/scrittura di immagini di volumi ANALYZE™ 7.5/NIfTI-1)

CAMP è una libreria di riflessione multiuso sviluppata da Technogerma Systems France (http://www.tegesoft.com). Fornisce un'astrazione per la maggior parte dei concetti di alto livello del C++:

• classi;
• enumerazioni;
• proprietà;
• funzioni;
• oggetti;
• variabili. Facendo il wrapping di tutti questi concetti con strutture astratte, CAMP fornisce un ulteriore livello di flessibilità ai programmi e gli permette di esporre completamente le loro strutture di dati durante l'esecuzione. Molte applicazioni possono sfruttare CAMP per automatizzare compiti che altrimenti richiederebbero un'enorme quantità di lavoro. Per esempio, CAMP può essere usata per esporre e modificare gli attributi degli oggetti in un'interfaccia utente grafica. Può essere usata per fare collegamenti automatici di classi C++ per linguaggi di scripting come Python o Lua. Un'altra applicazione possibile sarebbe la serializzazione di oggetti in formato XML, di testo o binario, oppure si possono anche unire tutti questi esempi per fornire un'interfaccia potente e uniforme per manipolare oggetti esternamente al codice C++.

Questo pacchetto contiene i file necessari per lo sviluppo.

eegdev is a library that provides a unified interface for accessing various EEG (and other biosignals) acquisition systems. This interface has been designed to be both flexible and efficient. The device specific part is implemented by the means of plugins which makes adding new device backend fairly easy even if the library does not support them yet officially.

The core library not only provides to users a unified and consistent interface to the acquisition device but it also provides many functionalities to the device backends (plugins) ranging from configuration to data casting and scaling making writing new device backend an easy task.

This library is particularly useful to handle the acquisition part of a Brain Computer Interface (BCI) or any realtime multi-electrode acquisition in neurophysiological research.

This package contains the files needed to compile and link programs which use eegdev. It provides also the headers needed to develop new device plugins. The manpages and examples are shipped in this package.

FreeImage è un progetto per libreria C/C++ Open Source per gli sviluppatori a cui piacerebbe gestire i popolari formati grafici per immagini, come PNG, BMP, JPEG, TIFF e altri, come richiesto dalle odierne applicazioni multimediali. FreeImage è facile da usare, veloce, con gestione sicura dei thread e multipiattaforma (funziona su Linux, Windows a 32 bit e Mac OS X).

Questo pacchetto contiene gli header e le librerie statiche necessari per sviluppare programmi che usano FreeImage.

This is the reference library for ICS (Image Cytometry Standard), an open standard for writing images of any dimensionality and data type to file, together with associated information regarding the recording equipment or recorded subject.

This package contains the libraries needed to build ICS applications.

Liblimereg allinea automaticamente l'una con l'altra due immagini con un contenuto simile. Date due immagini 2D l'algoritmo restituisce i parametri della trasformazione rigida identificata per il migliore allineamento possibile (spostamento, rotazione). Ci sono anche funzioni per una trasformazione rigida delle immagini (spostamento, rotazione) e per creare una immagine differenza a partire da due immagini.

Questo pacchetto contiene la libreria statica e i file header.

Niftilib è un insieme di librerie di I/O per la lettura e la scrittura di file dati nel formato NIfTI-1. NIfTI-1 è un formato binario per l'archiviazione di immagini mediche, tipo risonanza magnetica (RMN) o immagini cerebrali da RMN funzionale (fRMN).

Questo pacchetto fornisce la documentazione di riferimento dell'API della libreria.

xdffileio is a library that provides a unified interface for writing and reading various biosignal file formats in realtime (i.e. streaming). It has been designed to provide a flexible, consistent and generic interface to all supported file formats while minimizing the overhead the function calls: the heaviest operations (type casting, scaling and formatting) are offloaded into a separated thread. This design makes its particularly suitable to be directly used in a data acquisition loop (like in electrophysiology recording or in Brain-Computer Interfaces (BCI)).

The genericity of the interface makes trivial various operations like transformation of a recorded file or its conversion to another file format. xdffileio currently supports EDF, BDF, GDF1 and GDF2 file formats and more will be added in future.

This package contains the files needed to compile and link programs which use xdffileio.

Le immagini e i metadati possono essere letti da file TIFF, BigTIFF, OME-TIFF, STK, LSM, NIH, ImageJ, MicroManager, FluoView, SEQ e GEL.

È gestito solo un sottoinsieme della specifica TIFF, per lo più immagini in scala di grigi e RGB(A) senza compressione e con compressione senza perdita di dati con interi a 2**(da 0 a 6) bit e 16, 32, 64 bit in virgola mobile, che sono comunemente usate nelle immagini bio-scientifiche. Nello specifico, non è gestita la lettura di dati immagine JPEG/TIFF compressi o di metadati EXIF/IPTC/GPS/XMP. Solo i record delle informazioni primarie sono letti dai formati immagine STK, FluoView, MicroManager e NIH.

Il formato TIFF (Tagged Image File Format) è sotto il controllo di Adobe Systems. BigTIFF permette di avere file più grandi di 4 GB. STK, LSM, FluoView, SEQ, GEL e OME-TIFF sono estensioni personalizzate definite, rispettivamente, da MetaMorph, Carl Zeiss MicroImaging, Olympus, Media Cybernetics, Molecular Dynamics e il consorzio Open Microscopy Environment.

The Vascular Modeling Toolkit is a collection of libraries and tools for 3D reconstruction, geometric analysis, mesh generation and surface data analysis for image-based modeling of blood vessels.

This package contains header files and shared library links.

The Vascular Modeling Toolkit is a collection of libraries and tools for 3D reconstruction, geometric analysis, mesh generation and surface data analysis for image-based modeling of blood vessels.

This package provides the Python interface for vmtk.

Emotive is an interface to a budget Emotiv EPOC EEG headset.

Bio-Formats is a standalone Java library for reading and writing life sciences image file formats. It is capable of parsing both pixels and metadata for a large number of formats, as well as writing to several formats.

Bio-Formats's primary purpose is to convert proprietary microscopy data into an open standard called the OME data model, particularly into the OME-TIFF file format.

The goals of CTK are as follows:

• Provide a unified set of basic programming constructs that are useful for medical imaging applications development
• Facilitate the exchange and combination of code and data
• Document, integrate, and adapt successful solutions
• Avoid the duplication of code and data
• Continuously extend to new tasks within the scope of the toolkit (medical imaging) without burdening existing tasks

This package provides the CTK header files required to compile C++ programs that use CTK.

OpenMEEG consists of state-of-the art solvers for forward problems in the field of MEG and EEG. Solvers are based on the symmetric Boundary Element method [Kybic et al, 2005], providing excellent accuracy, particularly for superficial cortical sources. OpenMEEG can compute four types of lead fields (EEG, MEG, Internal Potential and Electrical Impedence Tomography).

This package provides static libraries and header files.

OpenSlide is a C library that provides a simple interface to read whole-slide images also known as virtual slides.

Whole-slide images, also known as virtual slides, are large, high resolution images used in digital pathology. Reading these images using standard image tools or libraries is a challenge because these tools are typically designed for images that can comfortably be uncompressed into RAM or a swap file. Whole-slide images routinely exceed RAM sizes, often occupying tens of gigabytes when uncompressed. Additionally, whole-slide images are typically multi-resolution, and only a small amount of image data might be needed at a particular resolution.

This library currently supports:

• Trestle (.tif)
• Hamamatsu (.vms, .vmu)
• Aperio (.svs, .tif)
• MIRAX (.mrxs)
• Generic tiled TIFF (.tif)

This package contains the java module needed to run OpenSlide applications.

VIA is a volumetric image analysis suite. The included libraries provide about 70 image analysis functions.

This package provides the header files and static libraries of vialib, vxlib and viaio.

Collection of various Perl module used by other MNI software packages.