Debian Med Imaging Development packages

CImg biblioteket er en C++-værktøjskasse, som tilbyder simple klasser og funktioner til at indlæse, gemme, behandle og fremvise billeder i din egen C++-kode. Det består blot af en enkelt teksthovedfil CImg.h, som skal inkluderes i dit kildeprogram. Det indeholder nyttige billedbehandlingsalgoritmer til at indlæse/gemme, skalere/rotere, filtrere, objekttegne (tekst, linjer, ansigter, ellipser ...) osv.

Billeder instantieres gennem en klasse som er i stand til at repræsentere billeder i op til 4 dimensioners bredde (fra 1-D skalar-signaler til 3-D volumener af billedpunkter med vektorværdier), med skabelontyper for billedpunkter. Det forudsætter et minimalt antal af biblioteker: Du kan kompilere det kun med standardbiblioteker for C. Intet behov for eksotiske biblioteker og komplekse afhængigheder.

DICOM er en standard for billede-opbevaring, beskrivelse, og netværksstyring. Det er meget udbredt til medicinsk billedhåndtering.

Denne pakke inkluderer header-filerne og de statiske biblioteker brugt til oprettelse af programmer som gør brug af CTN-biblioteket.

G'MIC er en åben ramme med alle funktioner for billedbehandling, der tilbydere flere forskellige brugergrænseflader til at konvertere, manipulere, filtrere og visualisere generiske billeddatasæt, fra 1D scalarsignaler til 3d+t-sekvenser for flerspektrale volumetriske billeder.

Denne pakke indeholder den uafhængige gmic-binære fil.

Berkeley Advanced Reconstruction Toolbox (BART) er en fri ramme til billedrekonstruktion for Computational Magnetic Resonance Imaging.

Denne pakke tilbyder teksthoveder og statiske biblioteker.

BioSig er et bibliotek for adgang til filer i flere forskellige biomedicinske dataformater (inklusive EDF, BDF, GDF, BrainVision, BCI2000, CFWB, HL7aECG, SCP_ECG (EN1064), MFER, ACQ, CNT(Neuroscan), DEMG, EGI, EEG1100, FAMOS, SigmaPLpro, TMS32). Den fulde liste over understøttede filformater er tilgængelig på http://pub.ist.ac.at/~schloegl/biosig/TESTED .

Denne pakke tilbyder hovedfiler og det statiske bibliotek.

Hjælper forskere og klinikassistenter med nemt og hurtigt at samarbejde i prototypefremstillingen af CAMI-programmer, som har medicinske billeder, kirurgisk navigation og biomekaniske simuleringer.

Denne pakke indeholder udviklingsfiler krævet til at bygge CamiTK-programmer. Denne pakke tilbyder også CamiTK-guideprogrammet til at oprette nye udvidelser.

CIFTI (Connectivity Informatics Technology Initiative) standardizes the file formats for storage of connectivity data. These formats are developed by the Human Connectome Project and other interested parties.

CiftiLib is a C++ library for CIFTI-1 and CIFTI-2 file I/O, supporting both on-disk and in-memory access. It also provides facilities for reading and writing generic NIfTI-1 and NIfTI-2 files.

This package provides the development files.

EDFlib er et programmeringsbibliotek for C/C++ til at læse/skrive EDF+/BDF+-filer. (Læser også ældre EDF/BDF-filer). EDF betyder European Data Format (europæisk dataformat). BDF er 24-bit versionen af EDF.

Teksthoveder og delte biblioteker for edflib.

Grassroots DICOM er et C++-bibliotek for DICOm-medicinske filer. Den omsluttes automatisk om python/C#/Java (med swig). Den understøtter RAW,JPEG (med og uden kvalitetstab),J2K,JPEG-LS, RLE og deflated.

Teksthoveder og statiske biblioteker for libgdcm. Disse er ikke krævet for at bruge GDCM, men er krævede for at bygge udvidelsesmoduler eller programmer som lænker mod libgdcm.

GDF (General Dataformat for Biosignals) er lavet for at tilbyde et generisk lager for biosignaler, såsom EEG, ECG, MEG etc.

Denne pakke tilbyder teksthovedfilerne.

GIFTI er et XML-baseret filformat for kortikale overfladedata. Denne reference IO-implementering er udviklet af Neuroimaging Informatics Technology Initiative (NIfTI).

Denne pakke tilbyder hovedfilerne og det statiske bibliotek.

ITK er et programværktøjssæt, i åben kildekode, for udførelse af registrering og segmentering. Segmentering er processen med at identificere og klassificere data fundet i en digitalt samlet repræsentation. Typisk er den samlede repræsentation et billede indhentet fra medicinske instrumenter såsom CT- eller MRI-skannere. Registrering er opgaven med at justere eller finde ligheder mellem dataene. For eksempel, i det medicinske miljø, kan en CT-skan justeres med en MRI-skan for at kombinere informationen indeholdt i begge.

Denne pakke indeholder udviklingsfilerne krævet for at bygge dine egne ITK- programmer.

ISMRMRD-formatet kombinerer en blanding af fleksible datastrukturer (XML-teksthoveder) og faste strukturer (svarende til C-structs) til at repræsentere MRI-data.

Derudover specificerer ISMRMRD-formatet også et billedteksthoved for lagring af nykonstruerede billeder og det medfølgende C++-bibliotek, der tilbyder en passende måde at skrive sådanne billeder til HDF5-filer sammen med generiske arrayer for lagring mindre veldefinerede datastrukturer, f.eks. coil-sensitivitetskort eller andre kalibreringsdata.

Denne pakke tilbyder udviklingsfilerne.

This library implements an efficient minimum cut/maximum flow algorithms on graphs that can be used for exact or approximate energy minimization in low-level vision. The algorithm provides a high performance that makes near real-time performance possible. This package provides the development files for the library.

This project stands for Medical Image Conversion. Released under the (L)GPL, it comes with the full C-source code of the library, a flexible command line utility and a neat graphical front-end using the GTK+ toolkit. The currently supported formats are: Acr/Nema 2.0, Analyze (SPM), DICOM 3.0, InterFile 3.3 and PNG.

Static library, include files and documentation for developers.

libmia comprises a set of libraries and plug-ins for general purpose 2D and 3D gray scale image processing and basic handling of triangular meshes. The libraries provide a basic infrastructure and generic algorithms, that can be specialized by specifying the appropriate plug-ins. This package provides the development files for the library.

This library implements handling for landmarks and 3D view positioning for optimal landmark visibility, and in-and output of these landmarks. This library is part of the MIA tool chain for medical image analysis. This package contains the development files - headers, shared libraries, and pkg-config files.

This package contains the library and headers for libminc2 and libminc_io.

The Minc file format is a highly flexible medical image file format. Minc version 1 is built on top of the NetCDF generalized data format. Minc version 2 is built on top of the HDF data format. This library handles both formats. In each case the format is simple, self-describing, extensible, portable and N-dimensional, with programming interfaces for both low-level data access and high-level volume manipulation. On top of the libraries is a suite of generic image-file manipulation tools. The format, libraries and tools are designed for use in a medical-imaging research environment : they are simple and powerful and make no attempt to provide a pretty interface to users.

Niftilib is a set of i/o libraries for reading and writing files in the NIfTI-1 data format. NIfTI-1 is a binary file format for storing medical image data, e.g. magnetic resonance image (MRI) and functional MRI (fMRI) brain images.

This package provides the header files and static libraries of libnifti2.

Odil udnytter C++-konstruktioner til at tilbyde en brugervenlig API for forskellige dele af DICOM-standarden. Inkluderet i Odil er undtagelsesbaseret fejlhåndtering, generisk adgang til datasætelementer, JSON- og XML-repræsentation af datasæt og generisk implementering af beskeder, klienter og servere for forskellige DICOM-protokoller.

Denne pakke indeholder udviklingsfilerne.

Dette er en metapakke, der tilbyder udviklingspakken nødvendig for udvikling af OpenCV (Open Computer Vision).

Open Computer Vision Library er en samling af algoritmer og eksempelkode for diverse computer vision-problemer. Biblioteket er kompatibelt med IPL (Intels Image Processing Library) og, hvis tilgængeligt, kan det bruger IPP (Intels Integrated Performance Primitives) for bedre ydelse.

OpenCV tilbyder datatyper og operatorer på lavt niveau, der kan flyttes samt et sæt af funktioner på højt niveau for videooptagelse, billedbehandling og analyse, strukturel analyse, bevægelsesanalyse og objektsporing, objektgenkendelse, kamerakalibrering og 3D-rekonstruktion.

Open IGT Link er en simpel netværksprotokol lavet for trackere, robotter og andre enheder til at sende data til hovedprogrammet. Nogle enheder kan måske også acceptere kommandoer.

For eksempel kan programmer inkluderer:

• Stereotaktisk kirurgisk vejledning ved hjælp af optisk positionssensor og programmer for medicinsk billedvisualisering.
• Intraoperativ billedvejledning ved hjælp af realtids MRI og programmer for medicinsk billedvisualisering.
• Robotassisteret indgriben ved hjælp af robotenhed og kirurgiske planlægningsprogrammer.

Denne pakke indeholder udviklingsfilerne krævet for at bygge dine egne IGT-programmer.

OpenSlide er et C-bibliotek, som tilbyder en simpel grænseflade til at læse whole-slide-billeder også kendt som virtuelle dias.

Whole-slide-billeder, også kendt som virtuelle dias, er store, højopløste billeder brugt i digital patologi. Læsning af disse billeder med normale billedværktøjer eller biblioteker er en udfordring, da disse værktøjer typisk er designet for billeder som komfortabelt kan udpakkes i RAM eller en swap-fil. Whole-slide-billeder overgår normalt RAM-størrelsen og fylder ofte en masse gigabyte, når de er udpakket. Derudover er whole-slide typisk i flere opløsninger, og kun en lille mængde af billeddata er krævet ved en bestemt opløsning.

Dette bibliotek understøtter i øjeblikket:

• Aperio (.svs, .tif)
• Hamamatsu (.vms, .vmu, .ndpi)
• Leica (.scn)
• MIRAX (.mrxs)
• Sakura (.svslide)
• Trestle (.tif)
• Generic tiled TIFF (.tif)

Denne pakke indeholder udviklingsfilerne krævet for at bygge OpenSlide-programmer.

PAPYRUS 3.0 file format based on the new DICOM 3.0 Standard addresses the open interchange of medical images in files or on removable storage media. This specific implementation of the DICOM standard is intended as a generic solution for interchange of multi-modality medical images on removable media. It can also be used for convenient exchange of image data between different computer systems through industry standard file transfer mechanisms. Finally it can also be used for storage and archival of medical image data in a DICOM compatible format.

This package contains the libraries needed to run PAPYRUS 3.0 applications.

The Surgical Image Guidance and Healthcare Toolkit aims to ease the creation of applications based on medical imaging. It includes various features such as 2D and 3D digital image processing, visualization, augmented reality and medical interaction simulation. It runs on many different environments (Windows, Linux, macOS), is written in C++, and features rapid interface design using XML files.

Sight was formerly known as FW4SPL. It was renamed in 2018, firstly to make its purpose clearer, and secondly as part of a major change in design and in the governance of the development team.

This package contains the development files.

Teem er en koordineret gruppe af biblioteker til at repræsentere, behandle og visualisere videnskabelige rasterdata. Teem inkluderer værktøjer for kommandolinjen, som tillader at biblioteksfunktionerne hurtigt kan anvendes på filer og strømme, uden at der skal skrives kode. De mest vigtige og nyttige biblioteker i Teem er:

• Nrrd (og kommandolinjeværktøjet unu oven på) understøtter en bred vifte af operationer til at transformere N-dimensionelle rasterdata (resample, crop, slice, project, histogram etc.) samt NRRD-filformatet for lagring af tabeller og deres metainformation.
• Gage: Hurtig convolution-baserede målinger ved arbitrære punktlokationer i diskenhedsdatasæt (skala, vektor, tensor, etc.).
• Mite: En flertråde ray-casting diskenhedsoptegner med overførselsfunktioner baseret på enhver mængde som Gage kan måle
• Ten: til at estimere, behandle og visualisere diffusion tensor-felter, inklusive fibertraktografimetoder.

Denne pakke tilbyder Teem-teksthovedfilerne krævet for at kompilere C++-programmer, der bruger Teem til at udføre 3D-visualisering.

Vision med generiske algoritmer (VIGRA) er et computervisionbibliotek, som placerer sit hovedfokus på fleksible algoritmer, da algoritmerne repræsenterer den grundlægende viden indenfor dette felt. Biblioteket blev som konsekvent bygget med brug af generisk programmering som introduceret af Stepanov og Musser og eksemplicificeret i C++ Standard Template Library. Ved at skrive nogle få adaptere (billediteratorer og accessorer) kan du bruge VIGRA's algoritmer oven på dine datastrukturer, inden i dit miljø.

Denne pakke indeholder teksthovederne og udviklingsfilerne krævet for at bygge programmer og pakker med brug af VIGRA.

Vistaio is a library that handles loading and storing of data in a cross-platform manner. Its virtue is that the otherwise binary files provide an ascii header that makes it easy to get information about the contens of a file. It supports a variety of data types like images, vector fields and graphs. This is the development package containing the header files, and pkg-config script, and man pages.

VolPack er et softwarebibliotek til hurtigt, højkvalitets diskenhedsoptegning med disse funktioner:

• Optegner data indsamlet på et regulært, tredimensionelt gitter.
• Understøtter brugerangivne overførelsesfunktioner for både gennemsigtighed og farve.
• Tilbyder en skyggemodel med retningsbestemte lyskilder, flere materialetyper med forskellige reflektive egenskaber, dybdeforslag og skygger.
• Udarbejder farve- (24 bit/billedpunkt) eller gråskalaoptegninger (8 bit/billedpunkt), med eller uden en alfakanal.
• Understøtter arbitrær affin visningstransformation.
• Understøtter et fleksibelt dataformat som tillader at en arbitrær C-struktur kan forbindes med hver voxel.

Dette er udviklingspakken.

Denne pakke indeholder et sæt af klasser for håndtering af DICOM-filer og metadata inden fra VTK, og nogle redskabsprogrammer til forståelse af og konvertering af DICOM-filer.

Udviklingsteksthoveder.

Visualization Toolkit (VTK) er et programsystem for 3D-computergrafik, billedbehandling og visualisering.

Denne pakke tilbyder VTK-teksthovedfiler krævet for at kompilere C++-programmer, som bruger VTK til at udføre 3D-visualisering.

Libxdf er et C++-bibliotek for flere platforme til at indlæse multimodal, multi-rate signaler lagret i XDF-filer. LIbxdf bruges i biosignal-visningsprogrammet SigViewer. Det kan også integreres i andre C++-programmer.

Denne pakke indeholder teksthovedfilerne og det statiske bibliotek.

Berkeley Advanced Reconstruction Toolbox (BART) er en fri ramme til billedrekonstruktion for Computational Magnetic Resonance Imaging.

Denne pakke tilbyder Octavebindingerne for BART.

Digital communications in medicine (DICOM) er en informationsstandard, oprindelige oprettet for billedoverførsel, der nu håndterer et stort antal medicinske data.

Denne pakke tilbyder funktioner til at læse og (eventuelt) skrive DICOM-filer i Octave, et videnskabeligt beregningsprogram. Funktionerne i pakken er lavet til lignende brug som dicom-funktionerne i Matlab Image Processing Toolbox. I Octave er de adskilt: de fleste billedpakkebrugere vil ikke bruge dicom og dets afhængighed kan anses for at være problematisk.

Denne Octave-udvidelsespakke er en del af projektet Octave-Forge.

GDF (General Dataformat for Biosignals) er lavet for at tilbyde et generisk lager for biosignaler, såsom EEG, ECG, MEG etc.

Denne pakke tilbyder Octavebindinger for libgdf.

ODIN er en ramme for magnetisk resonansbilledoprettelse (MRI). Den dækker hele værktøjskæden for MRI, fra dataindhentelse på lavt niveau til billedrekonstruktion. Specielt forsøger programmet at lave hurtige prototyper for MRI-sekvenser. Sekvenserne kan programmeres via en højniveau, objektorienteret, C++-programmeringsgrænseflade. Den tilbyder avancerede sekvensanalyseværktøjer, såsom interaktiv plotning af k-space baner, en brugerflade for en hurtig compile-link-test cyklus og en funktionsrig MRI-simulator, som understøtter forskellige virtuelle prøver. For hurtig og fleksibel billedrekonstruktion indeholder ODIN en flertrådet databehandlingsramme, der kan tilpasses.

Denne pakke tilbyder Python 3-bindinger for BioSig-biblioteket. Primære formål - I/O-grænseflade til en række biomedicinske filformater, inklusive men ikke begrænset til SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF, EDF.

BioXTAS RAW er et Pythonprogram, baseret på en grafisk brugerflade, til reduktion og analyse af lille-vinkel røntgenplotdata (SAXS). Pakken er designet for biologiske SAXS-data.

BioXTAS RAW tilbyder et alternativ til lukkede kildeprogrammer såsom Primus og Scatter for primær dataanalyse. Da programmet kan kalibrere, maskere og integrere billeder, så er det også et alternativ til synchroton beamline-datakanaler, som videnskabsfolk kan installere på deres egen computer og bruge både hjemme og ved beamline.

Brian er en ur-drevet simulator for spikingneurale netværk. Det er designet med vægt på fleksibilitet og udvidelse, for hurtig udvikling og raffinement af neurale modeller. Neuronmodeller er specificeret af sæt af brugerangivne differentialligninger, tærskelbetingelser og nulstillingsbetingelser (givet som strenge). Fokus er primært på netværk med »single compartment neuron«-modeller (f.eks. leaky integrate-and-fire- eller Hodgkin-Huxley-neuroner). Inkluderede funktioner:

• et system for angivelse af kvantiteter med fysiske dimensioner
• præcis numerisk integration for lineære differentialligninger
• Euler, Runge-Kutta og eksponentiel Eulerintegration for ikkelineære differentialligninger
• synaptiske forbindelser med forsinkelser
• korttids og langtids plasticitet (spike-timing-afhængig plasticitet)
• et bibliotek med modelkomponenter, inklusive integrate-and-fire ligninger, synapser og ionic-strømme
• en værktøjskasse for automatisk tilpasning af spiking neuron-modeller til elektrofysiologiske optagelser

DICOM til NIfTI-konvertering med tilføjet mulighed for at udtrække og summere metadata fra kilde-DICOM'er. Metadataene kan indsættes i en NIfTI-teksthovedudvidelse eller skrives ud som en JSOM-formateret tekstfil.

Denne pakke tilbyder Python 3-pakken.

DIPY er et program til beregningsneuroanatomi. Det fokuserer på diffusionsmagnetisk resonansbilleddannelsesanalyse (dMRI) og traktografi, men indeholder også implementeringer af andre beregningsmæssige billedbehandlingsmetoder, som f.eks. fjernelse af støj og registrering, der er anvendelige til større medicinsk billeddannelse og billedbehandlingsfællesskaber. Derudover er DIPY et internationalt projekt, som samler forskere på tværs af laboratorier og lande for at dele deres moderne kode og ekspertise i den samme kodebase, hvilket fremskynder videnskabelig forskning inden for medicinsk billeddannelse.

Her er nogle af højdepunkterne:

• Genopbygningsalgoritmer: CSD, DSI, GQI, DTI, DKI, QBI, SHORE og MAPMRI
• Fibersporingsalgoritmer: deterministisk og sandsynlig
• Medfølgende lineær og ikke-lineær registrering af billeder
• Hurtige operationer ved strømlinjeformning (udvælgelse, resampling, registrering)
• Traktografisegmentering og gruppering
• Mange billedoperationer, f.eks. ændr af størrelse eller fjernelse af støj NLMEANS
• Estimering af afstande/korrespondance mellem strømlinjer og forbindelsesmatricer
• Interaktiv visualisering af strømlinjer i billedrummet

Denne pakke indeholder Python 3-versionen.

Grassroots DICOM er et C++-bibliotek for DICOm-medicinske filer. Den omsluttes automatisk om python/C#/Java (med swig). Den understøtter RAW,JPEG (med og uden kvalitetstab),J2K,JPEG-LS, RLE og deflated.

Pythonbindinger for GDCM DICOM-biblioteket.

Imageio er et Pythonbibliotek, der tilbyder en nem grænseflade til at læse og skrive en bred vifte af billeddata, inklusive animerede billeder, video, volumetriske data og videnskabelige formater.

Denne pakke tilbyder biblioteket for Python 3.

MIA består af et sæt af værktøjer, biblioteker og udvidelsesmoduler for almen 2D- og 3D-gråskala billedbehandling og grundlæggende håndtering af triangulær mesher. Bibliotekerne tilbyder en grundlæggende infrastruktur og generiske algoritmer, som kan specialiseres ved at angive passende udvidelsesmoduler. Denne pakket tilbyder Python 3-bindingerne.

Denne pakke er designet for sensor- og kilde-rum analyse af MEG- og EEG-data, inklusive frekvens-domæne og tid-frekvens analyser og ikkeparametrisk statistik.

NiBabel tilbyder læse- og skriveadgang til nogle almindelige filformater for medicinske og neuromæssige billeder inklusive: ANALYZE (plain, SPM99, SPM2), GIFTI, NIfTI1, MINC samt PAR/REC. De forskellige billedformatklasser giver fuld eller selektiv adgang til hovedinformation (meta) og adgang til billeddata gøres tilgængelig via NumPy-rammer. NiBabel er efterfølgeren til PyNIfTI.

NiPy er en Pythonbaseret ramme til analyse af strukturelle og funktionelle neuroimaging-data. Rammen tilbyder funktionalitet for

• Generel lineær model (GLM) statistisk analyse
• Kombineret kurvetidskorrektion og bevægelseskorrektion
• Generelle rutiner til billedregistrering med fleksible kostfunktioner, optimeringsprogrammer og re-sampling skemaer
• Billedsegmentering
• Grundlæggende visualisering af resultater i 2D og 3D
• Grundlæggende diagnostik af tidsserier
• Analyse af klynger og aktivitetsmønstre på tværs af emner
• Reproducerbar analyse for gruppestudier

Nipype har en grænseflade for Python til andre neuroimaging-pakker og opretter en API til at angive en fuld analysedatakanal i Python. I øjeblikket er der grænseflader for SPM, FSL, AFNI, Freesurfer, men kan udvides for andre pakker (såsom lipsia).

Nitime er et Pythonmodul for analyse af tidsserier for data fra neurovidenskabelige eksperimenter. Det indeholder en kerne af numeriske algoritmer til analyse af tidsseriere både i tids- og spektraldomænet, et sæt af containerobjekter til at repræsentere tidsserier og diverse objekter der vise en grænseflade på højt niveau til det numeriske maskineri og gør gængse analyseopgaver nemt at udtrykke med kompakt og semantisk korrekt kode.

OpenSlide is a C library that provides a simple interface to read whole-slide images also known as virtual slides.

Whole-slide images, also known as virtual slides, are large, high resolution images used in digital pathology. Reading these images using standard image tools or libraries is a challenge because these tools are typically designed for images that can comfortably be uncompressed into RAM or a swap file. Whole-slide images routinely exceed RAM sizes, often occupying tens of gigabytes when uncompressed. Additionally, whole-slide images are typically multi-resolution, and only a small amount of image data might be needed at a particular resolution.

This library currently supports:

• Aperio (.svs, .tif)
• Hamamatsu (.vms, .vmu, .ndpi)
• Leica (.scn)
• MIRAX (.mrxs)
• Sakura (.svslide)
• Trestle (.tif)
• Generic tiled TIFF (.tif)

This package contains the Python 3 module needed to run OpenSlide applications.

Pydicom er et rent Pythonmodul til at fortolke DICOM-filer. DICOM er en standard (http://medical.nema.org) til at kommunikere medicinske billeder og relateret information såsom rapporter og radioterapiobjekter.

Pydicom gør det nemt at læse DICOM-filer i naturlige pythoniske strukturer for nem manipulering. Ændrede datasæt kan skrives igen til DICOM-formatfiler.

Denne pakke installerer modulet for Python 3.

pyxnat is a simple Python library that relies on the REST API provided by the XNAT platform since its 1.4 version. XNAT is an extensible database for neuroimaging data. The main objective is to ease communications with an XNAT server to plug-in external tools or Python scripts to process the data. It features:

• resources browsing capabilities
• read and write access to resources
• complex searches
• disk-caching of requested files and resources

Pakken torchvision består af populære datasæt, modelarkitekturer og fælles billedtransformationer for Computer Vision.

Vision med generiske algoritmer (VIGRA) er et computervisionbibliotek, som placerer sit hovedfokus på fleksible algoritmer, da algoritmerne repræsenterer den grundlægende viden indenfor dette felt. Biblioteket blev som konsekvent bygget med brug af generisk programmering som introduceret af Stepanov og Musser og eksemplicificeret i C++ Standard Template Library. Ved at skrive nogle få adaptere (billediteratorer og accessorer) kan du bruge VIGRA's algoritmer oven på dine datastrukturer, inden i dit miljø.

Denne pakke eksporterer funktionaliteten for VIGRA-biblioteket til Python 3.

R-grænseflade til nifticlib (nifticlib-2.0.0) (læs/skriv ANALYZE(TM)7.5/NIfTI-1-diskaftryk).

CAMP is a multi-purpose reflection library developed by Technogerma Systems France (http://www.tegesoft.com). It provides an abstraction for most of the high-level concepts of C++

• Classes
• Enumerations
• Properties
• Functions
• Objects
• Variables By wrapping all these concepts into abstract structures, CAMP provides an extra layer of flexibility to programs, and allow them to fully expose their data structures at runtime. Many applications can take advantage of CAMP, in order to automate tasks which would otherwise require a huge amount of work. For example, CAMP can be used to expose and edit objects' attributes into a graphical user interface. It can also be used to do automatic binding of C++ classes to script languages such as Python or Lua. Another possible application would be the serialization of objects to XML, text or binary formats. Or you can even combine all these examples to provide a powerful and consistent interface for manipulating your objects outside C++ code.

This package contains the files needed for development.

Eegdev er et bibliotek som tilbyder en samlet grænseflade, der tilgår forskellige EEG-signalsystemer (og andre biosignaler). Denne grænseflade er designet til at være både fleksibel og effektiv. Den enhedsspecifikke del er implementeret gennem udvidelsesmoduler, der gør det rimelig nemt at tilføje nye enhedsmotorer, selv hvis biblioteket endnu ikke understøtter dem officielt.

Kernebiblioteket tilbyder ikke kun brugerne samlede og konsistente grænseflader til registreringsenheden, det tilbyder også mange funktioner til enhedsmotorerne, rækkende fra konfiguration af data-typekonvertering og -skalering, hvilket gør det nemt at skrive nye enhedsmotorer.

Dette bibliotek er særligt nyttigt til håndtering af registreringsdelen for en grænseflade af typen Brain Computer Interface (BCI), eller enhver realtids multi-elektrode-registreringsenhed i neurofysiologisk forskning.

Denne pakke indeholder filerne krævet for at kompilere og lænke programmer, der bruger eegdev. Pakken tilbyder også teksthovederne krævet for at udvikle nye enhedsudvidelsesmoduler. Manualsiderne og eksempler er indeholdt i denne pakke.

FreeImage et et C/C++-biblioteksprojekt for udviklere, der ønsker at støtte populære grafiske billedformater såsom PNG, bMP, JPEG, TIFF og andre som krævet af dagens multimedieprogrammer. FreeImage er nemt at bruge, hurtigt, sikker i brugen af flere tråde og udviklet til flere platforme (fungerer både med Linux, 32-bit Windows og Mac OS X).

Denne pakke indeholder teksthovederne og de statiske biblioteker krævet for at udvikle programmer via FreeImage.

This is the reference library for ICS (Image Cytometry Standard), an open standard for writing images of any dimensionality and data type to file, together with associated information regarding the recording equipment or recorded subject.

This package contains the libraries needed to build ICS applications.

Liblimereg automatically aligns two images with similar content to each other. Given two 2D images the algorithm returns the rigid transformation parameters detected for the best possible alignment (shift, rotation). There are also functions for a rigid image transformation (shift, rotation) and for creating a difference image out of two images.

This package contains the static library and the header file.

Niftilib is a set of i/o libraries for reading and writing files in the NIfTI-1 data format. NIfTI-1 is a binary file format for storing medical image data, e.g. magnetic resonance image (MRI) and functional MRI (fMRI) brain images.

This package provides the library API reference documentation.

Xdffileio er et bibliotek, der tilbyder en ensartet grænseflade til at skrive og læse diverse biosignal-filformater i realtid (dvs. udsendelser). Er blevet designet til at tilbyde en fleksibel, konsistent og generisk grænseflade til alle understøttede filformater, mens den minimerer belastningen funktionen kalder: de tungeste operationer (type casting, skalering og formatering) frakobles i en separat tråd. Dette design gør det specielt egnet til direkte brug i en dataindhentelsesløkke (som i elektrofysiologi-optagelse eller i Brain-Computer Interfaces (BCI)).

Genericiteten for grænsefladen udfører diverse trivielle operationer såsom transformation af en optaget fil eller dets konvertering til et andet filformat. Xdffleio understøtter i øjeblikket filformaterne EDF, BDF, GDF1 og GDF2 og flere vil blive tilføjet i fremtiden.

Denne pakke indeholder filerne krævet til at kompilere og henvise programmer, der bruger xdffileio.

Billede og metadata kan læses fra filtyperne TIFF, BigTIFF, OME-TIFF, STK, LSM, NIH, ImageJ, MicroManager, FluoView, SEQ og GEL.

Kun et undersæt af TIFF-specifikationen er understøttet, hovedsagelig uden komprimering og komprimeret med kvalitetstab 2** (0´til 6) bit- heltal, 16-, 32- og 64-bit kommatal, gråskala og RGB(A)-billeder, som ofte bruges i biovidenskabelige billeder. Specifikt er læsning af JPEG/CCITT-komprimerede billeddata eller EXIF/IPTC/GPS/XMP-metadata ikke implementeret. Kun primære informationsposter læses for STK-, FluoView-, MicroManager- og NIH-billedformaterne.

TIFF, Tagged Image File Format, er under kontrol af Adobe Systems. BigTiff tillader filer større end 4 GB. STK, LSM, FluoView, SEQ, GEL og OME-TIFF er tilpassede udvidelser defineret af MetaMorph, Carl Zeiss MicroImaging, Olympus, Media Cybernetics, Melecular Dynamics og Open Microscopy Environment-konsortiet respektivt.

The Vascular Modeling Toolkit is a collection of libraries and tools for 3D reconstruction, geometric analysis, mesh generation and surface data analysis for image-based modeling of blood vessels.

This package contains header files and shared library links.

The Vascular Modeling Toolkit is a collection of libraries and tools for 3D reconstruction, geometric analysis, mesh generation and surface data analysis for image-based modeling of blood vessels.

This package provides the Python interface for vmtk.

Emotive is an interface to a budget Emotiv EPOC EEG headset.

Bio-Formats is a standalone Java library for reading and writing life sciences image file formats. It is capable of parsing both pixels and metadata for a large number of formats, as well as writing to several formats.

Bio-Formats's primary purpose is to convert proprietary microscopy data into an open standard called the OME data model, particularly into the OME-TIFF file format.

The goals of CTK are as follows:

• Provide a unified set of basic programming constructs that are useful for medical imaging applications development
• Facilitate the exchange and combination of code and data
• Document, integrate, and adapt successful solutions
• Avoid the duplication of code and data
• Continuously extend to new tasks within the scope of the toolkit (medical imaging) without burdening existing tasks

This package provides the CTK header files required to compile C++ programs that use CTK.

OpenMEEG consists of state-of-the art solvers for forward problems in the field of MEG and EEG. Solvers are based on the symmetric Boundary Element method [Kybic et al, 2005], providing excellent accuracy, particularly for superficial cortical sources. OpenMEEG can compute four types of lead fields (EEG, MEG, Internal Potential and Electrical Impedence Tomography).

This package provides static libraries and header files.

OpenSlide is a C library that provides a simple interface to read whole-slide images also known as virtual slides.

Whole-slide images, also known as virtual slides, are large, high resolution images used in digital pathology. Reading these images using standard image tools or libraries is a challenge because these tools are typically designed for images that can comfortably be uncompressed into RAM or a swap file. Whole-slide images routinely exceed RAM sizes, often occupying tens of gigabytes when uncompressed. Additionally, whole-slide images are typically multi-resolution, and only a small amount of image data might be needed at a particular resolution.

This library currently supports:

• Trestle (.tif)
• Hamamatsu (.vms, .vmu)
• Aperio (.svs, .tif)
• MIRAX (.mrxs)
• Generic tiled TIFF (.tif)

This package contains the java module needed to run OpenSlide applications.

VIA is a volumetric image analysis suite. The included libraries provide about 70 image analysis functions.

This package provides the header files and static libraries of vialib, vxlib and viaio.

Collection of various Perl module used by other MNI software packages.