Summary
Cloud
applicazioni di bioinformatica per Debian Med utilizzabili nel cloud computing
Questo pacchetto installa i pacchetti Debian relativi alla biologia
molecolare, alla biologia strutturale e alla bioinformatica per un uso
nelle scienze della vita, che non dipendono da toolkit grafici e che quindi
possono stare su immagini di sistema per un uso su computer del cloud
computing dove lo spazio può essere limitato.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Med
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the Debian Med mailing list
Links to other tasks
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Debian Med Cloud packages
Official Debian packages with high relevance
abyss
assemblatore di sequenze, parallelo, de novo per letture corte
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Versions of package abyss |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2.2.5+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 2.0.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch-backports | 2.1.5-7~bpo9+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.1.5-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 1.5.2-1 (non-free) | amd64 |
sid | 2.3.10-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
trixie | 2.3.10-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bookworm | 2.3.5+dfsg-2 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
Debtags of package abyss: |
role | program |
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License: DFSG free
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ABySS è un assemblatore di sequenze, parallelo, de novo che è progettato
per letture corte. Può essere usato per assemblare dati di sequenza di
trascrittoma o genoma. La parallelizzazione è ottenuta usando MPI, OpenMP
e pthread.
Please cite:
Shaun D. Jackman, Benjamin P. Vandervalk, Hamid Mohamadi, Justin Chu, Sarah Yeo, S. Austin Hammond, Golnaz Jahesh, Hamza Khan, Lauren Coombe, Rene L. Warren and İnanç Birol:
"ABySS 2.0: resource-efficient assembly of large genomes using a Bloom filter".
(PubMed,eprint)
Genome Research
27(5):768-777
(2017)
Topics: Sequence assembly
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acedb-other
scarica sequenze di proteine o DNA
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Versions of package acedb-other |
Release | Version | Architectures |
stretch | 4.9.39+dfsg.02-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 4.9.39+dfsg.01-5 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 4.9.39+dfsg.02-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 4.9.39+dfsg.02-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 4.9.39+dfsg.02-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 4.9.39+dfsg.02-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package acedb-other: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:bioinformatics |
role | program |
scope | utility |
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License: DFSG free
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Questo pacchetto raccoglie tutte quelle piccole applicazioni riunite da
acedb sotto il target "other" del suo Makefile.
efetch: presumibilmente un'abbreviazione per "entry fetch", raccoglie
informazioni sulle sequenze di DNA e proteine da database pubblici.
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aevol
modello digitale di genetica per condurre esperimenti di evoluzione in silico
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Versions of package aevol |
Release | Version | Architectures |
sid | 5.0+ds-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 4.4-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 4.4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 5.0-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 5.0+ds-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 5.0+ds-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 5.0+ds-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
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License: DFSG free
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Aevol è un modello digitale di genetica: popolazioni di organismi digitali
sono sottoposti a un processo di selezione e variazione che crea una
dinamica darwiniana.
Modificando le caratteristiche della selezione (es. dimensione della
popolazione, tipo di ambiente, variazioni ambientali) o della variazione
(es. tassi di mutazione, tassi di riarrangiamento cromosomico, tipi di
riarrangiamento, trasferimento orizzontale), si può studiare
sperimentalmente l'impatto di tali parametri sulla struttura degli
organismi che si sono evoluti. In particolare Aevol, dal momento che
integra un modello di genoma preciso e realistico, permette di studiare le
variazioni strutturali del genoma (es. numero di geni, sintenia,
proporzione di sequenze codificanti).
La piattaforma di simulazione è fornita con un insieme di strumenti per
analizzare filogenie e misurare molte caratteristiche di organismi e
popolazioni lungo l'evoluzione.
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alien-hunter
Interpolated Variable Order Motif per identificare DNA acquisito orizzontalmente
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Versions of package alien-hunter |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.7-3 | all |
sid | 1.7-10 | all |
trixie | 1.7-10 | all |
bookworm | 1.7-10 | all |
bullseye | 1.7-8 | all |
buster | 1.7-7 | all |
stretch | 1.7-5 | all |
Debtags of package alien-hunter: |
field | biology, biology:structural |
role | program |
scope | utility |
use | analysing |
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License: DFSG free
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Alien_hunter è un'applicazione per predire presunti eventi di
trasferimento orizzontale di geni (HGT) tramite l'implementazione di IVOM
(Interpolated Variable Order Motifs). L'approccio con IVOM sfrutta
deviazioni nella composizione usando distribuzioni di motivi ad ordine
variabile e determina in modo più affidabile la composizione locale di una
sequenza rispetto ad altri metodi di ordine fissato. Le predizioni possono
opzionalmente essere analizzate con un HMM (Hidden Markov Model, modello
di Markov nascosto) di secondo ordine a due stati, in una infrastruttura
di rilevazione di punto di cambiamento, per ottimizzare la localizzazione
dei confini delle regioni predette. Le predizioni (in formato embl)
possono essere automaticamente caricate nel visualizzatore di genomi
Artemis, disponibile all'indirizzo:
http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/.
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altree
programma per effettuare analisi di associazioni e localizzazioni basate su filogenesi
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Versions of package altree |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.3.1-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 1.3.1-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1.3.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.3.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.3.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.3.1-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.3.1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package altree: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program, shared-lib |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
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License: DFSG free
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ALTree è stato progettato per rilevare associazioni e localizzare
siti di suscettibilità tramite alberi filogenetici di aplotipi: in primo
luogo, permette di riconoscere l'associazione tra un gene candidato e una
malattia, secondariamente, consente di formulare ipotesi sui loci di
suscettibilità.
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amap-align
allineamenti multipli di proteine con appaiamento di sequenze
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Versions of package amap-align |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2.2-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 2.2+git20080214.600fc29+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 2.2+git20080214.600fc29+dfsg-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.2+git20080214.600fc29+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.2+git20080214.600fc29+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.2+git20080214.600fc29+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.2-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package amap-align: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
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License: DFSG free
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AMAP è uno strumento a riga di comando per effettuare allineamenti multipli
di sequenze peptidiche. Utilizza il metodo di decodifica a posteriori e
allineamenti per appaiamenti di sequenze, invece del tradizionale metodo
di allineamento progressivo. È l'unico programma di allineamento che
permette di controllare il rapporto sensibilità/specificità. È basato sul
codice sorgente di ProbCons, ma usa una precisione per le misurazioni degli
allineamenti ed elimina le trasformazioni per coerenza.
Lo strumento di visualizzazione Java di AMAP 2.2 non è ancora disponibile
come pacchetto Debian.
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ampliconnoise
rimozione di rumore da ampliconi PCR sequenziati con 454
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Versions of package ampliconnoise |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.29-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 1.29-8 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.29-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.29-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 1.29-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.29-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.29-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package ampliconnoise: |
role | program |
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License: DFSG free
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AmpliconNoise è un pacchetto di applicazioni per ripulire dati di
sequenziamento ad alte prestazioni. Consiste di tre parti principali:
Pyronoise - esegue clustering basato su flowgram per individuare letture
errate;
SeqNoise - rimuove mutazioni puntuali PCR;
Perseus - rimuove chimere PCR senza la necessità di un insieme di sequenze
di riferimento.
Precedentemente esisteva un "Pyronoise" autonomo degli stessi autori e
questo pacchetto include una versione aggiornata. C'è anche un "Denoiser"
in Qiime che è collegato, ma distinto.
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anfo
strumento per allineare/mappare letture corte da MPG
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Versions of package anfo |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 0.98-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.98-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 0.98-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.98-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 0.98-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
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License: DFSG free
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Anfo è uno strumento per mappatura nello spirito di Soap/Maq/Bowtie, ma la
sua implementazione assomiglia più a BLAST/BLAT. È utile soprattutto per
l'allineamento di letture di sequenze in cui la sequenza di DNA è in
qualche modo modificata (si pensi a DNA ancestrale o a trattamento con
bisolfito) o c'è più divergenza tra il campione e il riferimento di quanta
viene gestita bene dai mappatori veloci (ad esempio il genoma di
riferimento è mancante e viene usata invece una specie correlata).
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aragorn
rilevamento di tRNA e tmRNA in sequenze nucleotidiche
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Versions of package aragorn |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.2.38-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.2.38-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.2.38-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.2.38-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.2.36-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1.2.41-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.2.41-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
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License: DFSG free
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Il programma utilizza algoritmi euristici per predire la struttura
secondaria di tRNA sulla base dell'omologia con le sequenze di consenso
tRNA riconosciute e la capacità di formare una struttura a trifoglio con
coppie di basi. I geni tmRNA vengono identificati usando una versione
modificata del programma BRUCE.
Topics: Functional, regulatory and non-coding RNA
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arden
controllo di specificità per allineamento di letture che usa un riferimento artificiale
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Versions of package arden |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.0-3 | all |
jessie | 1.0-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1.0-6 | all |
trixie | 1.0-6 | all |
bookworm | 1.0-5 | all |
bullseye | 1.0-5 | all |
buster | 1.0-4 | all |
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License: DFSG free
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ARDEN (Artificial Reference Driven Estimation of false positives in NGS
data) è un innovativo test che stima i tassi di errore basati su
letture sperimentali e su un genoma di riferimento artificiale generato
aggiuntivamente. Permette il calcolo di tassi di errore per un insieme
specifico di dati e la costruzione di una curva ROC. Perciò può essere
usato per ottimizzare i parametri per i mappatori di letture, per scegliere
i mappatori di letture per uno specifico problema o anche per filtrare gli
allineamenti sulla base della stima della qualità.
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autodock
analisi dei legami dei ligandi alla struttura di una proteina
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Versions of package autodock |
Release | Version | Architectures |
stretch | 4.2.6-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 4.2.6-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 4.2.6-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 4.2.6-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 4.2.6-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 4.2.6-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 4.2.6-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package autodock: |
field | biology, biology:structural |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing |
works-with | 3dmodel |
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License: DFSG free
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AutoDock è un rappresentante di spicco dei programmi che si occupano
della simulazione dell'aggancio di ligandi chimici piuttosto piccoli a
recettori proteici piuttosto grandi. Le versioni precedenti avevano
tutta la flessibilità nei ligandi, mentre la proteina era mantenuta
piuttosto rigida. Questa ultima versione 4 permette anche la
flessibilità di catene laterali selezionate di residui superficiali,
cioè tiene in considerazione i rotameri.
Il programma AutoDock esegue l'aggancio del ligando ad una serie di
griglie che descrivono la proteina bersaglio. AutoGrid pre-calcola
queste griglie.
The package is enhanced by the following packages:
autogrid
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autodock-vina
docking di molecole piccole su proteine
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Versions of package autodock-vina |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.2.5-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.1.2-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.1.2-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.1.2-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.1.2-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.2.3-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.2.5-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
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AutoDock Vina è un programma per supportare la scoperta di medicinali, il
docking molecolare e lo screening virtuale di librerie di composti. Offre
funzionalità multi-core, alte prestazioni e accuratezza migliorata e
facilità d'uso.
Lo stesso istituto ha sviluppato anche autodock, che è largamente usato.
O. Trott, A. J. Olson, "AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of
docking with a new scoring function, efficient optimization and
multithreading", Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461
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autogrid
pre-calcola il legame di legandi ai loro recettori
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Versions of package autogrid |
Release | Version | Architectures |
stretch | 4.2.6-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 4.2.6-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 4.2.6-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 4.2.6-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 4.2.6-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 4.2.6-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 4.2.6-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package autogrid: |
field | biology, biology:structural |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing |
works-with | 3dmodel |
|
License: DFSG free
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AutoDockSuite affronta l'analisi molecolare dell'attracco di piccoli
composti chimici ai loro recettori di struttura tridimensionale nota.
Il programma AutoGrid esegue pre-calcoli per l'attracco di un ligando
ad un insieme di griglie che descrive l'effetto che la proteina ha
sulle cariche dei punti. L'effetto di queste forze sul ligando viene
quindi analizzato dal programma AutoDock.
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bamtools
toolkit per manipolare file BAM (allineamento di genoma)
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Versions of package bamtools |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.5.2+dfsg-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.5.2+dfsg-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.4.1+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.5.1+dfsg-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 2.3.0+dfsg-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 2.5.2+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.5.1+dfsg-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
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BamTools facilita l'analisi in ricerca e la gestione dei dati usando file
BAM. Fa fronte all'enorme quantità di dati prodotti dalle tecnologie di
sequenziamento attuali che sono tipicamente memorizzati in formati binari
compressi che non sono facilmente gestiti dagli analizzatori basati su
testo comunemente usati nella ricerca bioinformatica.
BamTools fornisce sia un'API C++ per gestire file BAM, sia un toolkit a
riga di comando.
Questo è il toolkit bamtools a riga di comando.
Comandi bamtools disponibili:
convert converte tra BAM e numerosi altri formati
count stampa il numero di allineamenti in file BAM
coverage stampa statistiche di copertura dal file BAM in input
filter filtra file BAM secondo criteri specificati dall'utente
header stampa informazioni dell'intestazione BAM
index genera l'indice per un file BAM
merge unisce più file BAM in un singolo file
random sceglie allineamenti casuali da file BAM esistenti,
è pensato principalmente come strumento di test
resolve risolve letture paired-end (segnando il flag IsProperPair
quando necessario)
revert rimuove marcature duplicate e ripristina le qualità originali
delle basi
sort ordina il file BAM secondo certi criteri
split divide un file BAM in base a una proprietà specificata
dall'utente, creando in output un nuovo file BAM per ogni
valore trovato
stats stampa alcune statistiche di base dai file BAM in input
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
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bedtools
suite di utilità per confrontare tratti genomici
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Versions of package bedtools |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.26.0+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
bookworm | 2.30.0+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.30.0+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.31.1+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.31.1+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 2.27.1+dfsg-4 | amd64,arm64,armhf |
jessie | 2.21.0-1 | amd64,armhf,i386 |
Debtags of package bedtools: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | suite |
use | analysing, comparing, converting, filtering |
works-with | biological-sequence |
|
License: DFSG free
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Le utilità BEDTools permettono di affrontare compiti comuni negli studi
genomici, come trovare i tratti che si sovrappongono e calcolare la
copertura. Le utilità sono largamente basate su quattro formati di file di
largo uso: BED, GFF/GTF, VCF e SAM/BAM. Usando BEDTools si possono
sviluppare pipe sofisticate che rispondono a domande di ricerca complesse
mediante l'uso di svariati BEDTools in un flusso comune.
L'utilità groupBy è distribuita nel pacchetto filo.
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bioperl
strumenti Perl per biologia molecolare computazionale
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Versions of package bioperl |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.7.1-2 | all |
jessie | 1.6.924-1 | all |
trixie | 1.7.8-1 | all |
bullseye | 1.7.7-2 | all |
buster | 1.7.2-3 | all |
bookworm | 1.7.8-1 | all |
sid | 1.7.8-1 | all |
Debtags of package bioperl: |
devel | lang:perl, library |
field | biology, biology:bioinformatics |
role | devel-lib, shared-lib |
|
License: DFSG free
|
Il progetto Bioperl è uno sforzo coordinato per raccogliere metodi
computazionali comunemente utilizzati in bioinformatica in un insieme di
moduli Perl standard in stile CPAN ben documentati e liberamente
disponibili. È ben accettato dalla comunità ed è usato da molti progetti di
alto profilo, ad esempio Ensembl.
I pacchetti raccomandati sono necessari per eseguire alcuni dei binari
inclusi; per una spiegazione dettagliata che include gli specifici moduli
Perl inclusi, vedere README.Debian.
Il pacchetto suggerito migliora le pagine del manuale.
Please cite:
Jason E Stajich, David Block, Kris Boulez, Steven E Brenner, Stephen A Chervitz, Chris Dagdigian, Georg Fuellen, James G R Gilbert, Ian Korf, Hilmar Lapp, Heikki Lehvaslaiho, Chad Matsalla, Chris J Mungall, Brian I Osborne, Matthew R Pocock, Peter Schattner, Martin Senger, Lincoln D Stein, Elia Stupka, Mark D Wilkinson and Ewan Birney:
The Bioperl toolkit: Perl modules for the life sciences.
(PubMed,eprint)
Genome Res.
12(10):1611-1618
(2002)
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bioperl-run
|
Versions of package bioperl-run |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.7.1-3 | all |
jessie | 1.6.9-2 | all |
trixie | 1.7.3-13 | all |
sid | 1.7.3-13 | all |
buster | 1.7.2-4 | all |
bullseye | 1.7.3-6 | all |
bookworm | 1.7.3-9 | all |
Debtags of package bioperl-run: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
|
License: DFSG free
|
Contiene script dal pacchetto BioPerl-Run. Questo pacchetto installa anche
tutte le applicazioni pacchettizzate in Debian per cui possono essere
creati wrapper; quelle che non sono Libere sono "Consigliate" da questo
pacchetto.
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biosquid
utilità per l'analisi di sequenze biologiche
|
Versions of package biosquid |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.9g+cvs20050121-15.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.9g+cvs20050121-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.9g+cvs20050121-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.9g+cvs20050121-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch-backports | 1.9g+cvs20050121-11~bpo9+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.9g+cvs20050121-11 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 1.9g+cvs20050121-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 1.9g+cvs20050121-15.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package biosquid: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | comparing, converting, editing |
|
License: DFSG free
|
SQUID è una libreria di funzioni in C per l'analisi delle sequenze. Include
molti piccoli programmi di utilità per convertire, mostrare statistiche,
manipolare e fare altre operazioni sui file di sequenza.
Il nome originale del pacchetto è "squid" ma, visto che già era presente
un pacchetto squid nell'archivio (il server proxy), è stato rinominato in
"biosquid".
Questo pacchetto contiene alcuni strumenti per dimostrare le funzionalità
della libreria SQUID.
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blast2
pacchetto fittizio di transizione per ncbi-blast+-legacy
|
Versions of package blast2 |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.8.1-1+deb10u1 | all |
stretch | 2.6.0-1 | all |
jessie | 2.2.26.20120620-8 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package blast2: |
biology | nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
science | calculation |
scope | utility |
use | searching |
works-with | biological-sequence |
|
License: DFSG free
|
Questo è un pacchetto fittizio di transizione per ncbi-blast+-legacy. Può
essere rimosso senza problemi.
The package is enhanced by the following packages:
mcl
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bowtie
allineatore di letture brevi ultraveloce ed efficiente in termini di memoria
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Versions of package bowtie |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.1.1-2 | amd64 |
buster | 1.2.2+dfsg-4 | amd64,arm64 |
stretch | 1.1.2-6 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
sid | 1.3.1-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.3.1-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.3.1-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.3.0+dfsg1-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
Debtags of package bowtie: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
science | calculation |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with | biological-sequence |
|
License: DFSG free
|
Questo pacchetto affronta il problema di interpretare i risultati delle più
recenti (2010) tecnologie di sequenziamento del DNA. Esse restituiscono
pezzi piuttosto corti che non possono essere interpretate direttamente. La
sfida per gli strumenti come Bowtie è quella di fornire una posizione nei
cromosomi per i brevi frammenti di DNA sequenziati in ogni corsa.
Bowtie allinea sequenze (letture) brevi di DNA al genoma umano a una
velocità di oltre 25 milioni di 35 bp all'ora. Bowtie indicizza il genoma
con un indice Burrows-Wheeler per mantenere piccola la propria impronta di
memoria: tipicamente circa 2,2 GB per il genoma umano (2,9 GB per le
estremità accoppiate).
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bowtie2
allineatore di letture brevi ultraveloce ed efficiente
|
Versions of package bowtie2 |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.5.4-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bookworm | 2.5.0-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
jessie | 2.2.4-1 | amd64 |
bullseye | 2.4.2-2 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
stretch | 2.3.0-2 | amd64 |
sid | 2.5.4-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
buster | 2.3.4.3-1 | amd64 |
|
License: DFSG free
|
Uno strumento ultraveloce che usa la memoria in maniera efficiente per
allineare letture di sequenziamento a sequenze lunghe di riferimento. È
particolarmente adatto per allineare letture da circa 50 fino a centinaia o
migliaia di caratteri e particolarmente adatto per allineare a genomi
relativamente lunghi (es. mammiferi).
Bowtie 2 indicizza il genoma con un indice FM per mantenere bassa
l'impronta di memoria: per il genoma umano, la sua impronta di memoria è
tipicamente intorno a 3,2 GB. Bowtie 2 gestisce le modalità di allineamento
con gap, locali e a estremità accoppiate.
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boxshade
belle stampe di allineamenti multisequenza
|
Versions of package boxshade |
Release | Version | Architectures |
trixie | 3.3.1-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 3.3.1-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 3.3.1-12 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 3.3.1-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 3.3.1-8 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 3.3.1-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.3.1-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package boxshade: |
biology | format:aln, nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | typesetting |
works-with-format | html, plaintext, postscript, tex |
|
License: DFSG free
|
Boxshade è un programma per creare stampe di bell'aspetto a partire da
sequenze proteiche o di DNA multi-allineate. Il programma non fa il
reale allineamento e necessita di un file input creato da un programma
per allineamenti multipli o creato a mano con strumenti adatti.
Boxshade legge sequenze multiallineate da file PILEUP-MSF, CLUSTAL-ALN,
MALIGNED-data e ESEE-save, (limitatamente ad un massimo di 150 sequenze
con fino a 10.000 elementi ciascuna). Vari tipi di ombreggiatura
possono essere applicati a residui identici/simili. L'output è scritto
a schermo o in un file nei seguenti formati: ANSI/VT100, PS/EPS, RTF,
HPGL, ReGIS, LJ250-printer, ASCII, xFIG, PICT, HTML.
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bwa
|
Versions of package bwa |
Release | Version | Architectures |
stretch | 0.7.15-2+deb9u1 | amd64 |
bookworm | 0.7.17-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.7.17-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.7.18-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 0.7.18-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 0.7.10-1 | amd64 |
buster | 0.7.17-3 | amd64 |
stretch-backports | 0.7.17-1~bpo9+1 | amd64 |
Debtags of package bwa: |
biology | nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline, text-mode |
role | program |
use | analysing, comparing |
|
License: DFSG free
|
BWA è un pacchetto software per mappare sequenze con bassa divergenza
rispetto a vasti genomi di riferimento, come il genoma umano. Consiste di
tre algoritmi: BWA-backtrack, BWA-SW e BWA-MEM. Il primo è progettato per
sequenze Illumina fino a 100pb, mentre gli altri due per sequenze più
lunghe da 70pb a 1Mpb. BWA-MEM e BWA-SH condividono funzionalità simili,
come gestione per lunghe sequenze e allineamenti spezzati, ma BWA-MEM, che
è il più recente, è generalmente quello raccomandato per interrogazioni di
alta qualità perché più veloce e più accurato. BWA-MEM ha prestazioni
migliori anche rispetto a BWA-backtrack per sequenze Illumina 70-100pb.
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cassiopee
strumento per indici e ricerche in sequenze genomiche
|
Versions of package cassiopee |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.0.5-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.0.9-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.0.9-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.0.9-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.0.1+dfsg-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 1.0.9-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 1.0.9-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
Implementazione in C della libreria per indicizzazione e ricerca Cassiopee.
È una riscrittura completa della gemma Ruby Cassiopee. Analizza una
sequenza genomica (DNA/RNA/proteina) di input e cerca una sottosequenza con
corrispondenza esatta o permettendo sostituzioni (distanza di Hamming) o
inserzioni/delezioni.
Questo pacchetto contiene gli strumenti cassiopee e cassiopeeknife.
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cd-hit
suite di programmi progettati per raggruppare velocemente sequenze
|
Versions of package cd-hit |
Release | Version | Architectures |
buster | 4.6.8-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 4.8.1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 4.8.1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 4.8.1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 4.8.1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 4.6.6-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 4.6.1-2012-08-27-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
cd-hit contiene svariati programmi progettati per raggruppare velocemente
sequenze. cd-hit raggruppa in cluster le proteine che soddisfano una soglia
di similarità definita dall'utente. cd-hit-est è simile a cd-hit, ma
progettato per raggruppare sequenze di nucleotidi (senza introni).
cd-hit-est-2d è simile a cd-hit-2d, ma progettato per confrontare due
insiemi di dati di nucleotidi. In questo pacchetto sono contenuti anche
diversi altri programmi correlati. Per maggiori informazione vedere il
manuale utente di cd-hit, anch'esso parte di questo pacchetto.
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cdbfasta
strumenti Constant DataBase per indicizzazione e recupero per file multi-FASTA
|
Versions of package cdbfasta |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.00+git20230710.da8f5ba+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 0.99-20100722-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 0.99-20100722-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1.00+git20230710.da8f5ba+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.00+git20181005.014498c+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 0.99-20100722-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.00+git20181005.014498c+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
CDB (Constant DataBase) può essere usato per creare indici per un recupero
veloce di qualsiasi sequenza particolare da grandi file multi-FASTA. Ha
l'opzione di comprimere i record dei dati per salvare spazio.
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circos
disegnatore per visualizzare i dati
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Versions of package circos |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 0.69.9+dfsg-2 | all |
jessie | 0.66-1 | all |
stretch | 0.69.4+dfsg-1 | all |
buster | 0.69.6+dfsg-2 | all |
sid | 0.69.9+dfsg-2 | all |
bullseye | 0.69.9+dfsg-2 | all |
trixie | 0.69.9+dfsg-2 | all |
Debtags of package circos: |
field | biology:bioinformatics |
role | program |
use | viewing |
|
License: DFSG free
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Circos visualizza i dati in una disposizione circolare: è ideale per
esplorare le relazioni tra oggetti o posizioni e per creare, con una
qualità tipografica, grafici altamente informativi.
Questo pacchetto fornisce il motore di disegno di Circos, che è guidato
dalla riga di comando (come gnuplot) ed è completamente utilizzabile negli
script.
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clearcut
ricostruzione estremamente efficiente di alberi filogenetici
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Versions of package clearcut |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.0.9+git20211013.b799afe-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.0.9+git20211013.b799afe-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.0.9+git20211013.b799afe-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.0.9-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.0.9-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.0.9-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.0.9-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
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Clearcut è l'implementazione di riferimento per l'algoritmo RNJ (Relaxed
Neighbor Joining (RNJ) di J. Evans, L. Sheneman e J. Foster dell'IBEST
(Initiative for Bioinformatics and Evolutionary Studies) dell'Università
dell'Idaho.
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clonalframe
inferenza della microevoluzione batterica usando dati di sequenze multi-loci
|
Versions of package clonalframe |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.2-9 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.2-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.2-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 1.2-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.2-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.2-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.2-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package clonalframe: |
role | program |
|
License: DFSG free
|
ClonalFrame identifica le relazioni clonali tra i membri di un campione,
stimando al contempo la posizione nei cromosomi di eventi di ricombinazione
omologa che hanno perturbato l'eredità clonale.
ClonalFrame può essere applicato a qualsiasi tipo di dati di sequenza, da
un singolo frammento di DNA a genomi interi. È ben adatto per l'analisi di
dati MLST, in cui sono stati sequenziati 7 frammenti genetici, ma diventa
progressivamente più potente mano a mano che le regioni sequenziate
aumentano di lunghezza fino a diventare interi genomi. Tuttavia, richiede
che le sequenze siano allineate. Se si hanno dati genomici non allineati, è
raccomandato l'uso di Mauve che produce allineamenti di interi genomi
batterici nell'esatto formato richiesto per le analisi con ClonalFrame.
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clustalo
programma generico di allineamento di sequenze multiple per proteine
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Versions of package clustalo |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.2.4-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.2.1-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.2.4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.2.4-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.2.4-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.2.4-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.2.4-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
Clustal Omega è un programma generico per allineamento di sequenze multiple
(MSA), principalmente per sequenze di aminoacidi. Produce MSA di alta qualità
ed è in grado di gestire in un tempo ragionevole insiemi di dati di centinaia
di migliaia di sequenze usando, dove disponibili, più processori.
Please cite:
Fabian Sievers, Andreas Wilm, David Dineen, Toby J Gibson, Kevin Karplus, Weizhong Li, Rodrigo Lopez, Hamish McWilliam, Michael Remmert, Johannes Söding, Julie D Thompson and Desmond G Higgins:
Fast, scalable generation of high-quality protein multiple sequence alignments using Clustal Omega.
(PubMed,eprint)
Molecular Systems Biology
7:539
(2011)
Topics: Sequence analysis
|
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clustalw
allineamento globale per sequenze multiple di nucleotidi o peptidi
|
Versions of package clustalw |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.1+lgpl-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 2.1+lgpl-7 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.1+lgpl-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.1+lgpl-7 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2.1+lgpl-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 2.1+lgpl-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.1+lgpl-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package clustalw: |
biology | format:aln, nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline, text-mode |
role | program |
scope | utility |
use | comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Questo programma effettua un allineamento di sequenze multiple di
nucleotidi o di amminoacidi. Riconosce il formato di input delle sequenze e
se le sequenze sono acidi nucleici (DNA/RNA) o amminoacidi (proteine). Il
formato di output può essere selezionato da diversi formati per
allineamenti multipli come Phylip o FASTA. Clustal W è molto ben accettato.
L'output di Clustal W può essere modificato manualmente, ma è preferibile
farlo con un editor di allineamenti come SeaView o all'interno del suo
compagno Clustal X. Quando si costruisce un modello da un allineamento,
questo può essere applicato per ricerche migliorate in database. Il
pacchetto Debian hmmer crea modelli simili nella forma di un HMM.
The package is enhanced by the following packages:
clustalw-mpi
Please cite:
M. A. Larkin, G. Blackshields, N. P. Brown, R. Chenna, P. A. McGettigan, H. McWilliam, F. Valentin, I.M. Wallace, A. Wilm, R. Lopez, J. D. Thompson, T. J. Gibson and D. G. Higgins:
Clustal W and Clustal X version 2.0.
(PubMed,eprint)
Bioinformatics
23(21):2947-2948
(2007)
Topics: Sequence analysis
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concavity
predizione dei siti di legame di proteine con ligandi da struttura e conservazione
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Versions of package concavity |
Release | Version | Architectures |
buster | 0.1+dfsg.1-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 0.1+dfsg.1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0.1+dfsg.1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.1+dfsg.1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 0.1+dfsg.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.1-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 0.1+dfsg.1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
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License: DFSG free
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ConCavity predice i siti di legame delle proteine con ligandi combinando
conservazione evolutiva della sequenza e struttura 3D.
ConCavity accetta come input la struttura di una proteina in formato PDB e
opzionalmente file che caratterizzano la conservazione evolutiva della
sequenza delle catene nel file di struttura.
I seguenti file di risultato sono prodotti in maniera predefinita:
- predizioni dei residui di legame con ligandi per ciascuna catena
(*.scores);
- predizioni dei residui di legame con ligandi in un file in formato PDB
(punteggi dei residui inseriti nel campo del fattore temp.,
*_residue.pdb);
- predizioni delle posizioni delle tasche in un file in formato DX (*.dx);
- script PyMOL per visualizzare le predizioni (*.pml).
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conservation-code
strumento per punteggio di conservazione per le sequenze di proteine
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Versions of package conservation-code |
Release | Version | Architectures |
jessie | 20110309.0-3 | all |
sid | 20110309.0-8 | all |
stretch | 20110309.0-5 | all |
buster | 20110309.0-7 | all |
trixie | 20110309.0-8 | all |
bookworm | 20110309.0-8 | all |
bullseye | 20110309.0-8 | all |
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License: DFSG free
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Questo pacchetto fornisce score_conservation(1), uno strumento per
assegnare punteggi alla conservazione di sequenze di proteine.
Sono implementati i seguenti metodi di assegnazione di punteggi di
conservazione:
- somma di coppie;
- somma di coppie pesata;
- entropia di Shannon;
- entropia di Shannon con raggruppamenti di proprietà (Mirny e Shakhnovich
1995, Valdar e Thornton 2001);
- entropia relativa con raggruppamenti di proprietà (Williamson 1995);
- entropia di von Neumann (Caffrey et al 2004);
- entropia relativa (Samudrala e Wang 2006);
- divergenza di Jensen-Shannon (Capra e Singh 2007).
È anche fornita un'estensione basata su finestra, che incorpora la
conservazione stimata di residui adiacenti sulla sequenza nel punteggio per
ogni colonna. Questo approccio con finestra verrà applicato a qualsiasi
metodo di punteggio della conservazione.
Il programma accetta allineamenti nei formati CLUSTAL e FASTA.
L'output specifico per sequenza può essere utilizzato come input di
conservazione per concavity.
La conservazione è altamente predittiva nell'identificare siti catalitici e
residui vicini a ligandi legati.
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datamash
strumento per statistiche con interfaccia a riga di comando
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Versions of package datamash |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 1.7-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.4-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 1.7-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.0.6-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 1.8-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.8-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1.0.7-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
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License: DFSG free
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GNU Datamash è un programma a riga di comando che effettua operazioni di
base numeriche, testuali e statistiche sui file di dati testuali in input.
È progettato per essere portabile e affidabile e aiutare i ricercatori a
automatizzare facilmente catene di analisi senza scrivere codice e nemmeno
script corti.
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dialign
allineamenti multipli di sequenze basati su segmenti
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Versions of package dialign |
Release | Version | Architectures |
sid | 2.2.1-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2.2.1-7 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 2.2.1-10 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.2.1-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.2.1-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.2.1-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.2.1-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package dialign: |
biology | format:aln, nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
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DIALIGN2 è uno strumento a riga di comando per fare allineamenti multipli
di sequenze proteiche o di DNA. Costruisce gli allineamenti a partire da
coppie di segmenti simili senza gap delle sequenze. Questo schema di
punteggio per gli allineamenti è la differenza principale tra DIALIGN e
altri metodi di allineamento locale o globale. Si noti che DIALIGN non usa
alcun tipo di penalità per i gap.
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dialign-tx
allineamenti multipli di sequenze basati su segmenti
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Versions of package dialign-tx |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.0.2-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.0.2-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.0.2-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.0.2-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.0.2-12 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.0.2-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.0.2-7 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package dialign-tx: |
field | biology, biology:bioinformatics |
role | program |
scope | utility |
use | comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
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DIALIGN-TX è uno strumento a riga di comando per fare allineamenti multipli
di sequenze proteiche o di DNA. È una completa reimplementazione
dell'approccio basato su segmenti che include diverse nuove migliorie e
modelli euristici che migliorano significativamente la qualità degli
allineamenti in output rispetto a DIALIGN 2.2 e DIALIGN-T. Per
l'allineamento di coppie, DIALIGN-TX usa un algoritmo di concatenazione
dei frammenti che favorisce catene di allineamenti locali a basso
punteggio rispetto a frammenti isolati ad alto punteggio. Per gli
allineamenti multipli, DIALIGN-TX usa una procedura migliorata che è
meno sensibile a somiglianze spurie tra sequenze locali.
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discosnp
scopre Single Nucleotide Polymorphism da uno o più insiemi di letture grezze
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Versions of package discosnp |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.2.5-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.2.6-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.3.0-2 | amd64,arm64,i386 |
bullseye | 4.4.4-1 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
sid | 2.6.2-4 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
trixie | 2.6.2-4 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bookworm | 2.6.2-2 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
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License: DFSG free
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Il software discoSnp è progettato per scoprire SNP (Single Nucleotide
Polymorphism - polimorfismo di nucleotide singolo) da uno o più insiemi di
letture grezze ottenute tramite NGS (Next Generation Sequencers -
sequenziatori di prossima generazione).
Notare che il numero di insiemi di letture in input non è vincolato, può
essere uno, due o più. Notare anche che non sono necessari ulteriori dati
come annotazioni o genoma di riferimento.
Il software è composto da due moduli. Il primo modulo, kissnp2, rileva
gli SNP dagli insiemi di letture. Un secondo modulo, kissreads, potenzia i
risultati di kissnp2 calcolando, per ogni insieme di letture e per ogni
SNP trovato:
1) la sua copertura di letture media,
2) la qualità (phred) di letture che generano il polimorfismo.
Questo pacchetto è stato sorpassato da DiscoSnp++.
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disulfinder
predittore della connettività e stato di legame del ponte disulfuro di cisteine
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Versions of package disulfinder |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.2.11-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.2.11-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.2.11-8 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.2.11-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.2.11-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.2.11-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.2.11-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package disulfinder: |
role | program |
|
License: DFSG free
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"disulfinder" serve a predire, a partire dalla sola sequenza, lo stato di
legame con ponti disolfuro di cisteine e la loro connettività con ponte
disolfuro. I ponti disolfuro hanno un ruolo importante nella
stabilizzazione del processo di ripiegamento per molte proteine. La
predizione di ponti disolfuro dalla sola sequenza è perciò utile per lo
studio delle proprietà strutturali e funzionali di specifiche proteine. In
aggiunta, la conoscenza dello stato di legame dei ponti disolfuro delle
cisteine può aiutare il processo di determinazione sperimentale della
struttura e può essere utile in altre attività di annotazione genomica.
"disulfinder" predice i modelli di ponti disolfuro in due passi di calcolo:
(1) viene predetto lo stato di legame con ponte disolfuro di ciascuna
cisteina usando un classificatore binario BRNN-SVM; (2) le cisteine di cui
si sa che partecipano a formare ponti vengono accoppiate da una rete
neurale ricorsiva per ottenere un modello di connettività.
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dnaclust
strumento per raggruppare in cluster milioni di corte sequenze di DNA
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Versions of package dnaclust |
Release | Version | Architectures |
trixie | 3-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 3-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 3-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 3-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
dnaclust è uno strumento per raggruppare in cluster un vasto numero di
corte sequenze di DNA. I cluster vengono creati in un modo tale che il
"raggio" di ogni cluster è più piccolo di una soglia specificata.
Le sequenze di input da raggruppare in cluster devono essere in formato
Fasta. L'ID di ogni sequenza è basato sulla prima parola della sequenza nel
formato Fasta. La prima parola è il prefisso dell'intestazione fino alla
prima occorrenza di caratteri vuoti di spazio nell'intestazione.
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dssp
assegnazione della struttura secondaria di una proteina in base alla struttura 3D
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Versions of package dssp |
Release | Version | Architectures |
trixie | 4.4.10-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 4.4.10-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.2.1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 4.0.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.0.0-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 4.2.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.2.1-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
DSSP è un'applicazione per assegnare la struttura secondaria di una
proteina in base alla sua struttura tridimensionale (3D) definita.
Questa versione (4.2) di DSSP è una riscrittura che scrive in modo
predefinito file mmCIF annotati, ma può ancora produrre il vecchio formato
ddsp. È nuova anche la gestione delle eliche PP.
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embassy-domainatrix
comandi EMBOSS extra per gestire file di classificazione di domini
|
Versions of package embassy-domainatrix |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 0.1.660-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.1.650-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 0.1.660-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.1.660-5 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
stretch | 0.1.660-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.1.660-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 0.1.660-5 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
Debtags of package embassy-domainatrix: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, converting, editing, searching |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
I programmi DOMAINATRIX sono stati sviluppati da Jon Ison e dai suoi
colleghi al MRC HGMP per la ricerca relativa ai domini delle proteine.
Sono inclusi come pacchetto EMBASSY in qualità di lavoro in fase di sviluppo.
Le applicazioni nella distribuzione attuale di domainatrix sono
cathparse (genera file DCF da file grezzi CATH), domainnr (rimuove
domini ridondanti da un file DCF), domainreso (rimuove domini a bassa
risoluzione da un file DCF), domainseqs (aggiunge voci di sequenza ad
un file DCF), scopparse (genera un file DCF da file grezzi SCOP) e
ssematch (cerca corrispondenze con strutture secondarie in un file DCF).
|
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embassy-domalign
comandi EMBOSS extra per allineamento di domini di proteine
|
Versions of package embassy-domalign |
Release | Version | Architectures |
stretch | 0.1.660-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.1.650-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 0.1.660-5 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
sid | 0.1.660-5 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bookworm | 0.1.660-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.1.660-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.1.660-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package embassy-domalign: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing, editing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
I programmi DOMALIGN sono stati sviluppati da Jon Ison e colleghi al
MRC HGMP per le loro ricerche nel campo dei domini proteici. Sono
inclusi nel pacchetto EMBASSY come lavoro in corso.
Le applicazioni nell'attuale rilascio di domalign sono allversusall
(dati sulla somiglianza di sequenza da una comparazione tutti verso
tutti), domainalign (genera allineamenti (file DAF) per i nodi in un
file DCF), domainrep (riordina i file DCF per identificare strutture
rappresentative) e sequalign (allineamenti estesi (file DAF) con
sequenze (file DHF)).
|
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embassy-domsearch
comandi EMBOSS extra per cercare domini proteici
|
Versions of package embassy-domsearch |
Release | Version | Architectures |
trixie | 0.1.660-4 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bullseye | 0.1.660-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 0.1.660-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.1.650-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 0.1.660-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 0.1.660-4 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bookworm | 0.1.660-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package embassy-domsearch: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing |
|
License: DFSG free
|
I programmi DOMSEARCH sono stati sviluppati da Jon Ison e i suoi colleghi
del MRC HGMP per le loro ricerche su domini proteici. Sono inclusi nel
pacchetto EMBASSY come lavoro in via di sviluppo.
Le applicazioni in questo rilascio di DOMSEARCH sono seqfraggle (rimuove
sequenze di frammenti da file DHF), seqnr (rimuove ridondanze da file DHF),
seqsearch (genera corrispondenze PSI-BLAST (file DHF) da un file DAF),
seqsort (rimuove sequenze classificate ambigue da file DHF) e seqwords
(genera file DHF per ricerche con parole chiave di UniProt).
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emboss
suite software open source europea per la biologia molecolare
|
Versions of package emboss |
Release | Version | Architectures |
sid | 6.6.0+dfsg-15 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
trixie | 6.6.0+dfsg-15 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
buster | 6.6.0+dfsg-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 6.6.0+dfsg-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 6.6.0+dfsg-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 6.6.0+dfsg-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 6.6.0+dfsg-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package emboss: |
field | biology, biology:bioinformatics, biology:molecular |
interface | commandline |
role | program |
scope | suite |
use | analysing, comparing, converting, editing, organizing, searching, text-formatting, typesetting, viewing |
works-with | db |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
EMBOSS (European Molecular Biology Open Software Suite) è una raccolta di
software libero e open source di analisi sviluppato in base alle necessità
della comunità di utenti di biologia molecolare (come EMBnet). È in grado
di gestire dati in diversi formati e consente perfino di recuperare dati di
sequenze dal web in modo trasparente. Inoltre, dato che il pacchetto
fornisce librerie complete, è una piattaforma che consente ad altri
scienziati di sviluppare e rilasciare software conforme alla vera filosofia
open source. EMBOSS è dotata anche di strumenti e pacchetti integrati per
l'analisi di sequenze. EMBOSS rappresenta un'inversione della tendenza
storica a preferire prodotti commerciali.
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exonerate
strumento generico per il confronto di sequenze di coppie
|
Versions of package exonerate |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.4.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 2.4.0-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 2.4.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.4.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.4.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2.2.0-6 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.4.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package exonerate: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | searching |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Exonerate permette l'allineamento di sequenze tramite molti modelli di
allineamento, usando una programmazione dinamica esaustiva o una varietà di
euristiche. Molte delle funzionalità della suite di programmazione dinamica
Wise sono state reimplementate in C per una migliore efficienza. Exonerate
è un componente intrinseco della struttura dei database genomici Ensembl,
che fornisce punteggi di somiglianza tra sequenze di RNA e di DNA e così
determinando varianti di splicing e sequenze di codifica generali.
Un sistema di simulazione per esperimenti PCR In-silico (vedere la pagina
man di ipcress) è fornito con exonerate.
Questo pacchetto contiene una selezione di utilità per effettuare
velocemente semplici
manipolazioni su file fasta oltre i 2 Gb.
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fastdnaml
strumento di costruzione di alberi filogenetici di sequenze di DNA
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Versions of package fastdnaml |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.2.2-14 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.2.2-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.2.2-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.2.2-17 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.2.2-17 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.2.2-10 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.2.2-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package fastdnaml: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
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License: DFSG free
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fastDNAml è un programma derivato dalla versione 3.3 di DNAML di Joseph
Felsenstein (parte del suo pacchetto PHYLIP). Sarebbe meglio leggere la
documentazione di DNAML prima di usare questo programma.
fastDNAml è un tentativo di risolvere gli stessi problemi di DNAML, ma
facendolo più in fretta e usando meno memoria, per rendere trattabili
alberi più grandi e più ricampionamenti con reimmissione. Gran parte di
fastDNAml è una mera riscrittura del programma DNAML di PHYLIP 3.3 dal
PASCAL al C.
Si noti che la pagina web di questo programma non è più disponibile, quindi
probabilmente questo programma non avrà ulteriori aggiornamenti.
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fastlink
versione più veloce dei programmi di Linkage per pedigree
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Versions of package fastlink |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 4.1P-fix100+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 4.1P-fix100+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 4.1P-fix100+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 4.1P-fix100+dfsg-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 4.1P-fix95-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 4.1P-fix100+dfsg-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 4.1P-fix100+dfsg-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package fastlink: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
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License: DFSG free
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L'analisi di linkage è una tecnica statistica usata per mappare geni e
trovare la posizione approssimata di geni responsabili di malattie. Per le
analisi di linkage esisteva un pacchetto software standard chiamato
LINKAGE. FASTLINK è una versione fortemente modificata e migliorata del
programma principale di LINKAGE che gira molto più velocemente in modo
sequenziale, può essere eseguita in parallelo, permette all'utente di
ripartire facilmente se il computer va in crash e fornisce abbondante
documentazione nuova. FASTLINK è stato usato in più di 1000 studi genetici
di linkage pubblicati.
Questo pacchetto contiene i seguenti programmi:
ilink: procedura di ottimizzazione GEMINI per trovare un valore locale
ottimale per il vettore theta delle frazioni di ricombinazione;
linkmap: calcola i punteggi delle posizioni di un locus rispetto a una
mappa fissata di altri loci;
lodscore: compara la verosimiglianza corrispondente al theta locale
ottimale;
mlink: calcola i punteggi LOD e il rischio con due o più loci;
unknown: identifica possibili genotipi per sconosciuti.
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fastqc
controllo di qualità per elevati flussi di dati di sequenze
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Versions of package fastqc |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.11.2+dfsg-3 | all |
sid | 0.12.1+dfsg-4 | all |
trixie | 0.12.1+dfsg-4 | all |
bookworm | 0.11.9+dfsg-6 | all |
bullseye | 0.11.9+dfsg-4 | all |
buster | 0.11.8+dfsg-2 | all |
stretch | 0.11.5+dfsg-6 | all |
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License: DFSG free
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FastQC mira a fornire un metodo rapido per effettuare alcuni controlli di
qualità su elevati flussi attraverso pipe di dati di sequenze grezzi.
Fornisce un insieme modulare di analisi che consentono di avere una veloce
panoramica sui dati per individuare eventuali presenze di errori o problemi
che bisogna tenere in considerazione prima di utilizzarli in analisi
successive.
Le funzioni principali di FastQC sono:
- importazione di dati da file BAM, SAM o FastQ (qualsiasi variante);
- rapida panoramica per identificare in quali aree potrebbero esserci
problemi;
- grafici e tabelle riepilogative per una valutazione rapida dei dati;
- esportazione dei risultati in un report permanente in formato HTML;
- modalità offline che consente la generazione di report automatici senza
eseguire l'applicazione interattiva.
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
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fasttree
phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences
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Versions of package fasttree |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.1.9-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.1.11-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.1.11-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.1.11-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.1.11-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2.1.7-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 2.1.10-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
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License: DFSG free
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FastTree infers approximately-maximum-likelihood phylogenetic trees from
alignments of nucleotide or protein sequences. It handles alignments
with up to a million of sequences in a reasonable amount of time and
memory. For large alignments, FastTree is 100-1,000 times faster than
PhyML 3.0 or RAxML 7.
FastTree is more accurate than PhyML 3 with default settings, and much
more accurate than the distance-matrix methods that are traditionally
used for large alignments. FastTree uses the Jukes-Cantor or generalized
time-reversible (GTR) models of nucleotide evolution and the JTT
(Jones-Taylor-Thornton 1992) model of amino acid evolution. To account
for the varying rates of evolution across sites, FastTree uses a single
rate for each site (the "CAT" approximation). To quickly estimate the
reliability of each split in the tree, FastTree computes local support
values with the Shimodaira-Hasegawa test (these are the same as PhyML 3's
"SH-like local supports").
This package contains a single threaded version (fasttree) and a
parallel version which uses OpenMP (fasttreMP).
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fitgcp
fit di distribuzioni di copertura del genoma con modelli di mistura
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Versions of package fitgcp |
Release | Version | Architectures |
sid | 0.0.20150429-5 | all |
stretch | 0.0.20150429-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
buster | 0.0.20150429-2 | amd64,arm64 |
bookworm | 0.0.20150429-5 | all |
bullseye | 0.0.20150429-4 | all |
trixie | 0.0.20150429-5 | all |
jessie | 0.0.20130418-2 | amd64,i386 |
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License: DFSG free
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La copertura del genoma, il numero di letture di sequenziamento mappate in
una posizione del genoma, è un indicatore importante delle irregolarità in
esperimenti di sequenziamento. Sebbene la copertura media del genoma sia
spesso usata all'interno di algoritmi in genomica computazionale, le
informazioni complete disponibili nei profili di copertura (cioè istogrammi
per tutte le coperture) non sono attualmente sfruttate a pieno. Perciò
errori come genomi frammentati o con riferimenti sbagliati spesso rimangono
non considerati. Rendere queste informazioni accessibili può migliorare la
qualità degli esperimenti di sequenziamento e le analisi quantitative.
fitGCP è un'infrastruttura per fare il fit di misture di distribuzioni di
probabilità su profili di copertura del genoma. Oltre alle distribuzioni di
uso comune, fitGCP usa distribuzioni fatte apposta per tener conto di
artefatti comuni. Il fit dei modelli di mistura viene fatto in modo
iterativo sulla base dell'algoritmo Expectation-Maximization.
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flexbar
rimozione flessibile di codice a barre e adattatore per piattaforme di sequenziamento
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Versions of package flexbar |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.4.0-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.50-2 | amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el |
trixie | 3.5.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.5.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
experimental | 3.5.0-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 3.5.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2.50-1 | amd64,armhf,i386 |
bullseye | 3.5.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
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Flexbar pre-elabora in modo efficiente grosse moli di dati di
sequenziamento. Fa il demultiplexing di corse con codici a barre e rimuove
sequenze adattatore. Inoltre sono fornite funzionalità di taglio e
filtraggio. Flexbar aumenta i tassi di mappatura e migliora gli assemblati
di genomi e trascrittomi. Gestisce dati di sequenziamento di nuova
generazione in formato fasta/q e csfasta/q dalla piattaforma SOLiD,
Illumina e Roche 454.
I nomi dei parametri in Flexbar sono cambiati. Rivedere i propri script.
Negli ultimi mesi, le impostazioni predefinite sono state ottimizzate, sono
stati risolti diversi bug e sono stati fatti vari miglioramenti, ad esempio
un'interfaccia a riga di comando rimessa a nuovo, nuove modalità di taglio
così come una quantità richiesta minore di tempo e memoria.
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
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freecontact
fast protein contact predictor
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Versions of package freecontact |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.0.21-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.0.21-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.0.21-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.0.21-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.0.21-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.0.21-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.0.21-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
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License: DFSG free
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FreeContact is a protein residue contact predictor optimized for speed.
Its input is a multiple sequence alignment. FreeContact can function as an
accelerated drop-in for the published contact predictors
EVfold-mfDCA of DS. Marks (2011) and
PSICOV of D. Jones (2011).
FreeContact is accelerated by a combination of vector instructions, multiple
threads, and faster implementation of key parts.
Depending on the alignment, 8-fold or higher speedups are possible.
A sufficiently large alignment is required for meaningful results.
As a minimum, an alignment with an effective (after-weighting) sequence count
bigger than the length of the query sequence should be used. Alignments with
tens of thousands of (effective) sequences are considered good input.
jackhmmer(1) from the hmmer package, or hhblits(1) from hhsuite
can be used to generate the alignments, for example.
This package contains the command line tool freecontact(1).
Topics: Structure prediction; Sequence analysis
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gasic
correzione della similarità dell'abbondanza del genoma
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Versions of package gasic |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 0.0.r19-8 | all |
buster | 0.0.r19-4 | amd64 |
bullseye | 0.0.r19-7 | all |
sid | 0.0.r19-8 | all |
trixie | 0.0.r19-8 | all |
jessie | 0.0.r18-2 | amd64 |
stretch | 0.0.r19-1 | amd64 |
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License: DFSG free
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Un obiettivo dell'analisi metagenomica basata sul sequenziamento è la
valutazione tassonomica quantitativa delle composizioni delle comunità
microbiche. Tuttavia, la maggioranza degli approcci o quantifica a bassa
risoluzione (es. a livello di phylum) o ha gravi problemi nel
distinguere specie estremamente simili. Ciononostante, un'accurata
quantificazione a livello di specie è desiderabile in applicazioni come
diagnostica metagenomica o confronto di comunità. GASiC è un metodo per
correggere i risultati dell'allineamento delle letture per le ambiguità
imposte dalle similarità dei genomi. Ha prestazioni superiori rispetto ai
metodi esistenti.
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genometools
toolkit versatile per analisi genomiche
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Versions of package genometools |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.6.5+ds-2.2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1.5.9+ds-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.5.3-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1.6.5+ds-2.2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye-backports-sloppy | 1.6.5+ds-2~bpo11+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.6.2+ds-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm-backports | 1.6.5+ds-2~bpo12+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.6.1+ds-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster-backports | 1.6.1+ds-3~bpo10+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.5.10+ds-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package genometools: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
uitoolkit | ncurses |
|
License: DFSG free
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GenomeTools contiene una raccolta di strumenti utili per analisi e
presentazione di sequenze biologiche combinati in un unico binario.
Il toolkit contiene binari per gestione di sequenze e annotazioni,
compressione di sequenze, generazione e accesso a strutture indice,
visualizzazione di annotazioni e molto altro.
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gff2aplot
grafici di allineamento di coppie per sequenze genomiche in PostScript
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Versions of package gff2aplot |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2.0-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.0-11 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.0-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.0-7 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 2.0-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.0-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.0-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package gff2aplot: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline, shell |
role | program |
scope | utility |
use | converting, viewing |
works-with | image:vector |
works-with-format | plaintext, postscript |
|
License: DFSG free
|
Un programma per visualizzare l'allineamento di due sequenze genomiche
insieme con le loro annotazioni. A partire da file di input in formato GFF
produce immagini PostScript per tali allineamenti.
La seguente lista elenca molte delle funzionalità di gff2aplot.
- Grafici di allineamento esaurienti per qualsiasi funzionalità di GFF.
Gli attributi sono definiti separatamente in modo da poter modificare
qualsiasi attributo per un dato file o condividere la stessa
configurazione tra diversi insiemi di dati.
- Tutti i parametri sono impostati in modo predefinito all'interno del
programma, ma può anche essere completamente configurato attraverso
file di personalizzazione flessibili in stile gff2ps. Il programma può
gestire diversi di questi file, riassumendo tutte le impostazioni prima
di produrre l'immagine corrispondente. In più tutti i parametri di
configurazione possono essere impostati attraverso opzioni da riga di
comando; ciò permette agli utenti di provare i parametri prima di
aggiungerli ad un file di personalizzazione.
- L'ordine dei sorgenti è preso dai file in input; se si inverte l'ordine
dei file si può visualizzare l'allineamento con le sue annotazioni per
la nuova disposizione in input.
- Tutti i punteggi di allineamento possono essere visualizzati in un
riquadro PiP sotto all'area gff2aplot, in gradazione di grigi, in toni
di un colore definito dall'utente o in gradienti dipendenti dal
punteggio.
- Può usare caratteri scalabili, che possono anche essere scelti tra i
caratteri di base predefiniti di PostScript. Le etichette di elementi e
gruppi possono essere ruotate per migliorare le leggibilità su entrambi
gli assi.
- Il programma è ancora definito come filtro Unix perciò può gestire dati
da file, ridirezioni e pipe, può scrivere l'output sullo standard output
e avvertimenti sullo standard error.
- gff2aplot può gestire molti formati fisici di pagina (da A0 a A10 e
altri ancora: vedere il manuale per le dimensioni di pagina
disponibili), inclusi quelli definiti dall'utente. Ciò permette, ad
esempio, la creazione di mappe genomiche su poster o l'uso di un
dispositivo di disegno che supporta carta in modulo continuo, sia in
formato orizzontale sia verticale.
- Si possono tracciare allineamenti diversi sullo stesso grafico di
allineamento e distinguerli usando un colore differente per ognuno.
- Il dizionario delle forme è stato espanso perciò ulteriori forme degli
elementi sono ora disponibili (vedere il manuale).
- Le proiezioni delle annotazioni nei grafici di allineamento (i
"nastri") emulano la trasparenza usando colori di riempimento
complementari. Questa funzione permette di mostrare pseudo-sfumature
dei colori quando nastri orizzontali e verticali si sovrappongono.
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gff2ps
produce PostScript grafico da file GFF
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Versions of package gff2ps |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.98d-4 | all |
bullseye | 0.98l-4 | all |
buster | 0.98l-2 | all |
stretch | 0.98d-5 | all |
sid | 0.98l-6 | all |
trixie | 0.98l-6 | all |
bookworm | 0.98l-6 | all |
Debtags of package gff2ps: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | converting, viewing |
works-with | image:vector |
works-with-format | postscript |
|
License: DFSG free
|
gff2ps è un programma script sviluppato con l'obiettivo di convertire da
record in formato gff a grafici mono-dimensionali in PostScript di alta
qualità. Questi grafici possono essere utili per confrontare strutture
genomiche e visualizzare il prodotto di programmi di annotazione genomica.
Può essere usato in modo molto semplice, perché assume che il file GFF
contenga esso stesso abbastanza informazioni di formato, ma permette anche,
grazie a parecchie opzioni o al file di configurazione, un elevato grado di
personalizzazione.
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giira
ricerca di geni che incorpora letture ambigue guidata da RNA-Seq
|
Versions of package giira |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.0.20140210-2 | amd64 |
buster | 0.0.20140625-2 | amd64 |
stretch | 0.0.20140625-1 | amd64 |
|
License: DFSG free
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GIIRA è un metodo di predizione dei geni che identifica potenziali regioni
codificanti esclusivamente sulla base della mappatura di letture da un
esperimento RNA-Seq. È stato progettato principalmente per la predizione
dei geni dei procarioti ed è in grado di risolvere geni all'interno della
regione espressa di un operone. Tuttavia, è applicabile anche agli
eucarioti e predice sia strutture esone introne, sia isoforme alternative.
|
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glam2
motivi proteici con interruzioni da sequenze non allineate
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Versions of package glam2 |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1064-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 1064-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1064-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1064-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1064-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1064-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1064-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package glam2: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing, searching |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
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GLAM2 è un pacchetto software per trovare motivi all'interno di sequenze,
tipicamente sequenze amminoacidiche o nucleotidiche. Un motivo è un modello
di sequenze che si ripete: esempi tipici sono i TATA box o il motivo di
prenilazione CAAX. La maggiore innovazione portata da GLAM2 è che permette
di avere inserzioni e delezioni all'interno dei motivi.
Questo pacchetto include programmi per scoprire motivi condivisi da un
insieme di sequenze e trovare le corrispondenze a questi motivi in un
database di sequenze, così come utilità per convertire motivi glam2 in
formati standard per allineamenti, fare maschere di motivi glam2 in
sequenze in modo da poter trovare motivi più deboli e rimuovere membri
altamente simili da un insieme di sequenze.
Questo pacchetto include i seguenti programmi:
glam2: scopre motivi condivisi da un insieme di sequenze;
glam2scan: trova corrispondenze, all'interno di un database di
sequenze, con un motivo scoperto da glam2;
glam2format: converte motivi glam2 in formati di allineamento standard;
glam2mask: maschera motivi glam2 dalle sequenze, così che possano
essere trovati motivi più deboli;
glam2-purge: rimuove elementi altamente simili da un insieme di sequenze.
In questo pacchetto binario è stato abilitato l'algoritmo FFT (Fast Fourier
Transform) per glam2.
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gmap
allineamento tollerante agli SNP e con splicing per mRNA e letture corte
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Versions of package gmap |
Release | Version | Architectures |
buster | 2019-01-24-1 (non-free) | amd64 |
bullseye | 2021-02-22+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
jessie | 2014-10-22-1 (non-free) | amd64 |
bookworm | 2021-12-17+ds-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
stretch | 2017-01-14-1 (non-free) | amd64 |
trixie | 2024-11-20+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64 |
sid | 2024-11-20+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64 |
Debtags of package gmap: |
field | biology, biology:bioinformatics, biology:structural |
role | program |
use | analysing |
|
License: DFSG free
|
Questo pacchetto contiene i programmi GMAP e GSNAP, oltre ad utilità per
gestire database di genomi in formato GMAP/GSNAP. GMAP (Genomic Mapping and
Alignment Program) è uno strumento per allineare sequenze di EST, mRNA e
cDNA. GSNAP (Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program) è uno
strumento per allineare letture di trascrittoma a terminali singoli e
appaiati. Entrambi gli strumenti possono usare un database di:
- siti di splicing noti e identificare nuovi siti di splice;
- polimorfismi a singolo nucleotide (SNP) noti.
GSNAP può allineare DNA trattato con bisolfito.
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grinder
versatile simulatore di letture di sequenziamento "omiche" shotgun e di ampliconi
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Versions of package grinder |
Release | Version | Architectures |
buster | 0.5.4-5 | all |
jessie | 0.5.3-3 | all |
sid | 0.5.4-6 | all |
trixie | 0.5.4-6 | all |
bookworm | 0.5.4-6 | all |
bullseye | 0.5.4-6 | all |
stretch | 0.5.4-1 | all |
|
License: DFSG free
|
Grinder è un versatile programma per creare librerie di sequenze casuali
shotgun e di ampliconi basate su sequenze di riferimento proteiche, di RNA
* di DNA, fornite in un file FASTA.
Grinder può produrre insiemi di dati shotgun e di ampliconi genomici,
metagenomici, trascrittomici, metatrascrittomici, proteomici,
metaproteomici da tecnologie di sequenziamento attuali come Sanger, 454 e
Illumina. Questi insiemi di dati simulati possono essere usati per testare
l'accuratezza di strumenti bioinformatici sotto ipotesi specifiche, ad
esempio con o senza errori di sequenziamento o con bassa o alta diversità
della comunità. Grinder può anche essere usato per aiutare a decidere tra
metodi alternativi di sequenziamento per un progetto basato su sequenze, ad
esempio se la libreria debba essere o meno con terminali accoppiati, quante
letture debbano essere sequenziate.
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gromacs
simulatore di dinamica molecolare, con strumenti di costruzione e di analisi
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Versions of package gromacs |
Release | Version | Architectures |
jessie | 5.0.2-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2016.1-2 | amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2019.1-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2020.6-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2022.5-2 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
trixie | 2024.4-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2024.4-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
experimental | 2025.0~beta-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
upstream | 2025.0~beta |
Debtags of package gromacs: |
field | biology, biology:structural, chemistry |
interface | commandline, x11 |
role | program |
uitoolkit | xlib |
x11 | application |
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License: DFSG free
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GROMACS è un pacchetto versatile per l'esecuzione di dinamiche molecolari,
ovvero simulazioni delle equazioni newtoniane del moto per sistemi con un
numero di particelle tra le centinaia e i milioni.
Progettato principalmente per biomolecole come proteine e lipidi con molte
complesse interazioni di legame, GROMACS, essendo estremamente veloce nei
calcoli per le interazioni di non-legame (che solitamente dominano le
simulazioni) è anche utilizzato da molti gruppi per ricerche su sistemi
non biologici, come ad esempio polimeri.
Il pacchetto contiene varianti sia per l'esecuzione su una macchina singola
sia per l'uso dell'interfaccia MPI su più macchine.
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hhsuite
sensitive protein sequence searching based on HMM-HMM alignment
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Versions of package hhsuite |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 3.3.0+ds-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
sid | 3.3.0+ds-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64 |
stretch | 3.0~beta2+dfsg-3 | amd64 |
trixie | 3.3.0+ds-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64 |
jessie | 2.0.16-5 | amd64 |
buster | 3.0~beta3+dfsg-3 | amd64 |
bullseye | 3.3.0+ds-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
|
License: DFSG free
|
HH-suite is an open-source software package for sensitive protein sequence
searching based on the pairwise alignment of hidden Markov models (HMMs).
This package contains HHsearch and HHblits among other programs and utilities.
HHsearch takes as input a multiple sequence alignment (MSA) or profile HMM
and searches a database of HMMs (e.g. PDB, Pfam, or InterPro) for homologous
proteins. HHsearch is often used for protein structure prediction to detect
homologous templates and to build highly accurate query-template pairwise
alignments for homology modeling.
HHblits can build high-quality MSAs starting from single sequences or from
MSAs. It transforms these into a query HMM and, using an iterative search
strategy, adds significantly similar sequences from the previous search to
the updated query HMM for the next search iteration. Compared to PSI-BLAST,
HHblits is faster, up to twice as sensitive and produces more accurate
alignments.
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hisat2
allineamento basato su grafi di letture corte di nucleotidi verso molti genomi
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Versions of package hisat2 |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.0.5-1 | amd64 |
bookworm | 2.2.1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.2.1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.2.1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 2.1.0-2 | amd64 |
bullseye | 2.2.1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
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HISAT2 è un programma di allineamento veloce e sensibile per mappare le
letture di sequenziamento della prossima generazione (sia DNA che RNA) su
una popolazione di genomi umani (e anche su un singolo genoma di
riferimento). Sulla base di un'estensione di BWT per i grafi, è stato
progettato e implementato un indice GFM (graph FM). Oltre a usare un indice
GFM globale che rappresenta una popolazione di genomi umani, HISAT2 usa un
grande insieme di piccoli indici GFM che collettivamente coprono l'intero
genoma (ciascun indice rappresenta una regione genomica di 56 kbp, con
55000 indici necessari per coprire la popolazione umana). Questi piccoli
indici (chiamati indici locali), combinati con diverse strategie di
allineamento, permettono un allineamento rapido e accurato delle letture di
sequenziamento. Questo nuovo schema di indicizzazione è chiamato indice
HGFM (Hierarchical Graph FM).
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
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hmmer
profilamento di modelli di Markov nascosti per analisi di sequenze proteiche
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Versions of package hmmer |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 3.3.2+dfsg-1 | amd64,i386 |
buster | 3.2.1+dfsg-1 | amd64,i386 |
stretch | 3.1b2+dfsg-5 | amd64,i386 |
jessie | 3.1b1-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 3.4+dfsg-2 | amd64,arm64,i386 |
sid | 3.4+dfsg-2 | amd64,arm64,i386 |
bullseye | 3.3.2+dfsg-1 | amd64,i386 |
Debtags of package hmmer: |
biology | format:aln, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | searching |
works-with | db |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
HMMER è un'implementazione di metodi per creazione di profili di modelli di
Markov nascosti per effettuare ricerche accurate in database di sequenze
biologiche, usando allineamenti multipli di sequenza come base per le
interrogazioni.
Dato in input un allineamento multiplo di sequenza, HMMER crea un modello
statistico chiamato "modello di Markov nascosto" che può essere usato come
criterio per l'interrogazione di un database di sequenze allo scopo di
trovare (o allineare) omologhi addizionali della famiglia di sequenze.
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idba
assemblatore iterativo con grafo di de Bruijn di letture corte
|
Versions of package idba |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.1.3-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.1.2-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.1.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.1.3-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.1.3-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.1.3-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.1.3-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
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IDBA sta per "Iterative De Bruijn graph Assembler" (assemblatore iterativo
con grafo di de Bruijn). Nella biologia computazionale di sequenze, un
assemblatore risolve il puzzle proveniente da macchine per grandi
sequenziamenti che hanno molti gigabyte di letture corte da un grande genoma.
Questo pacchetto fornisce diverse versioni dell'assemblatore IDBA, dato che
tutte condividono lo stesso albero sorgente ma assolvono scopi diversi e si
sono evolute nel tempo.
IDBA è l'assemblatore iterativo con grafo di de Bruijn di base per letture
di sequenze di seconda generazione. IDBA-UD, un'estensione di IDBA, è
progettato per utilizzare letture ad estremità accoppiate per assemblare
regioni a bassa profondità e usare profondità progressiva nei contig per
ridurre gli errori nelle regioni ad alta profondità. È un assemblatore di
uso generico ed è specialmente adatto per dati di sequenziamento di cellule
singole e di metagenomica. IDBA-Hybrid è un'altra versione aggiornata di
IDBA-UD che può utilizzare un genoma simile di riferimento per migliorare i
risultati dell'assemblaggio. IDBA-Tran è un assemblatore iterativo con
grafo di de Bruijn per dati RNA-Seq.
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infernal
inferenza degli allineamenti strutturali secondari dell'RNA
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Versions of package infernal |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.1.2-1 | amd64,i386 |
buster | 1.1.2-2 | amd64,i386 |
bullseye | 1.1.4-1 | amd64,i386 |
bookworm | 1.1.4-1 | amd64,i386 |
trixie | 1.1.5-2 | amd64,arm64,i386 |
sid | 1.1.5-2 | amd64,arm64,i386 |
jessie | 1.1.1-2 | amd64,i386 |
Debtags of package infernal: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
use | analysing |
|
License: DFSG free
|
Infernal ("INFERence of RNA ALignment", "inferenza per l'allineamento
dell'RNA") cerca in un database di sequenze DNA somiglianze tra strutture
e sequenze di RNA. Fornisce un'implementazione di un caso speciale delle
grammatiche senza contesto con profilo stocastico chiamate modelli
covarianti (CM). Un CM è come un profilo di sequenza, ma dà una
valutazione combinando il consenso della sequenza e il consenso sulla
struttura secondaria dell'RNA, così in molti casi è più efficace
nell'identificare omologhi RNA che conservano la loro struttura secondaria
più che la loro sequenza primaria.
Questo strumento è una parte integrante del database Rfam.
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jellyfish
conta i k-meri in sequenze di DNA
|
Versions of package jellyfish |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.2.6-1 | amd64 |
jessie | 2.1.4-1 | amd64 |
sid | 2.3.1-4 | amd64,arm64,mips64el,riscv64 |
sid | 2.3.1-3 | ppc64el |
trixie | 2.3.1-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bookworm | 2.3.0-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el |
bullseye | 2.3.0-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el |
buster | 2.2.10-2 | amd64,arm64 |
|
License: DFSG free
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JELLYFISH è uno strumento per contare in modo veloce ed efficiente in
termini di memoria i k-meri nel DNA. Un k-mero è una sottostringa di
lunghezza k, e contare le occorrenze di tutte queste sottostringhe è un
passo fondamentale in molte analisi delle sequenze del DNA. JELLYFISH può
contare i k-meri usando una quantità di memoria un ordine di grandezza più
piccola e una velocità di un ordine di grandezza più grande di quelle degli
altri pacchetti per il conteggio dei k-meri, grazie all'uso di una codifica
efficiente di una tabella hash e sfruttando l'istruzione "compare-and-swap"
della CPU per aumentare il parallelismo.
JELLYFISH è un programma a riga di comando che legge file FASTA e
multi-FASTA contenenti sequenze di DNA. Produce in output il suo conteggio
dei k-meri in formato binario, che può essere tradotto in testo
intelligibile usando il comando "jellyfish dump".
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
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kalign
allineamenti multipli di sequenza globali e progressivi
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Versions of package kalign |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.03+20110620-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 3.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.3.5-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.4.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 3.4.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.03+20110620-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.03+20110620-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package kalign: |
biology | format:aln, nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Kalign è uno strumento a riga di comando per fare allineamenti multipli
di sequenze biologiche. Usa l'algoritmo per corrispondenze di stringhe
Muth-Manber per migliorare sia l'accuratezza che la velocità
dell'allineamento. Usa un approccio globale, progressivo per
l'allineamento, arricchito dall'uso di un algoritmo per corrispondenze
approssimate di stringhe per calcolare le distanze tra le sequenze e
incorporando corrispondenze locali nell'allineamento globale.
|
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kissplice
rilevamento di vari tipi di polimorfismi in dati RNA-Seq
|
Versions of package kissplice |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.4.0-p1-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
bullseye | 2.5.3-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
jessie | 2.2.1-3 | amd64 |
bookworm | 2.6.2-2 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
trixie | 2.6.7-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
sid | 2.6.7-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
buster | 2.4.0-p1-4 | amd64,arm64 |
Debtags of package kissplice: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
use | analysing |
works-with | biological-sequence |
|
License: DFSG free
|
KisSplice è un software che permette l'analisi di dati RNA-Seq con o senza
un genoma di riferimento. È un assemblatore esatto di trascrittoma che
permette di identificare SNP, indel e eventi di splicing alternativo. Può
lavorare con un numero arbitrario di condizioni biologiche e quantifica
ciascuna variante in ogni condizione.
È stato provato su insiemi di dati Illumina con fino a 1G di letture.
Il suo consumo di memoria è di circa 5Gb per 100M letture.
Topics: RNA-seq; RNA splicing; Gene structure
|
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last-align
confronto di sequenze biologiche su scala genomica
|
Versions of package last-align |
Release | Version | Architectures |
jessie | 490-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1542-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1542-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1447-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1179-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 963-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 830-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package last-align: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:bioinformatics |
role | program |
|
License: DFSG free
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LAST è un software per confrontare ed allineare sequenze, tipicamente DNA o
sequenze proteiche. LAST è simile a BLAST, ma gestisce meglio quantità
molto grandi di dati di sequenza. Ci sono due cose che LAST fa molto bene:
- confrontare grandi genomi (ad esempio di mammiferi);
- mappare molte etichette di sequenza su un genoma.
La principale innovazione tecnica è che LAST trova le corrispondenze
iniziali in base alla loro molteplicità, invece di usare una dimensione
fissa (BLAST ad esempio usa 10-meri). Ciò permette di mappare etichette su
genomi senza fare la mascheratura delle ripetizioni e senza essere
sopraffatti dalle corrispondenze ripetitive. Per trovare queste
corrispondenze di dimensione variabile usa un array di suffissi (ispirato a
Vmatch). Per ottenere un'alta sensibilità usa un array di suffissi non
contigui, analogo a seed non consecutivi.
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loki
analisi MCMC di linkage in generici alberi genealogici
|
Versions of package loki |
Release | Version | Architectures |
sid | 2.4.7.4-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.4.7.4-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.4.7.4-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.4.7.4-8 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.4.7.4-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.4.7.4-5 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 2.4.7.4-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package loki: |
field | biology |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing |
|
License: DFSG free
|
Esegue l'analisi multi-punto di linkage, con il metodo delle catene di
Markov Montecarlo, su alberi genealogici grandi e complessi. Il pacchetto
attuale permette unicamente l'analisi di caratteri quantitativi, sebbene
questa limitazione sarà eliminata nelle versioni successive. La stima
congiunta del numero QTL, della posizione e degli effetti usa Reversible
Jump MCMC. Si possono anche effettuare analisi di condivisione di IBD di
individui affetti.
The package is enhanced by the following packages:
loki-doc
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macs
analisi basata su modelli di ChIP-Seq su sequenziatori di letture corte
|
Versions of package macs |
Release | Version | Architectures |
sid | 3.0.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 3.0.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2.0.9.1-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.1.1.20160309-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.1.2.1-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.2.7.1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.2.7.1-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
MACS modella in modo empirico la lunghezza dei frammenti ChIP sequenziati,
che tende ad essere più corta delle stime di dimensione per sonicazione o
costruzione di biblioteche genomiche, e la usa per migliorare la
risoluzione spaziale dei siti di legame predetti. MACS usa anche una
distribuzione di Poisson dinamica per catturare in modo efficace i bias
locali nella sequenza del genoma, permettendo una predizione più sensibile
e robusta. MACS si comporta bene al confronto degli algoritmi esistenti
ChIP-Seq di ricerca di picchi, è disponibile pubblicamente come open source
e può essere usato per ChIP-Seq con o senza campioni di controllo.
Please cite:
Yong Zhang, Tao Liu, Clifford A Meyer, Jérôme Eeckhoute, David S. Johnson, Bradley E. Bernstein, Chad Nussbaum, Richard M. Myers, Myles Brown, Wei Li and X Shirley Liu:
Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS).
(PubMed,eprint)
Genome Biol.
9(9):R137
(2008)
|
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mafft
programma per allineamenti multipli per sequenze aminoacidiche o nucleotidiche
|
Versions of package mafft |
Release | Version | Architectures |
buster | 7.407-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
trixie | 7.505-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 7.205-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 7.505-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 7.475-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 7.505-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 7.307-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 7.525 |
Debtags of package mafft: |
biology | format:aln, nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
MAFFT è un programma per l'allineamento di sequenze multiple che offre tre
metodi orientati all'accuratezza:
- L-INS-i (probabilmente il più accurato; raccomandato per meno di 200
sequenze; metodo di raffinamento con iterazioni che incorpora
informazioni sull'allineamento locale di coppie);
- G-INS-i (adatto per sequenze di lunghezza simile; raccomandato per
meno di 200 sequenze; metodo di raffinamento con iterazioni che
incorpora informazioni sull'allineamento globale di coppie);
-
E-INS-i (adatto per sequenze contenenti grandi regioni non
allineabili; raccomandato per meno di 200 sequenze);
e cinque metodi orientati alla velocità:
-
FFT-NS-i (metodo di raffinamento con iterazioni; solo due cicli);
- FFT-NS-i (metodo di raffinamento con iterazioni; massimo 1000
iterazioni);
- FFT-NS-2 (veloce; metodo progressivo);
- FFT-NS-1 (molto veloce; raccomandato per più di 2000 sequenze;
metodo progressivo con un albero guida grezzo);
- NW-NS-PartTree-1 (raccomandato per ~50.000 sequenze; metodo
progressivo con l'algoritmo PartTree).
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mapsembler2
software per assemblaggio pensato per la bioinformatica
|
Versions of package mapsembler2 |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2.1.6+dfsg-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 2.2.4+dfsg1-4 | amd64,arm64,ppc64el,s390x |
trixie | 2.2.4+dfsg1-4 | amd64,arm64,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.2.4+dfsg1-4 | amd64,arm64,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.2.4+dfsg1-3 | amd64,arm64,ppc64el,s390x |
buster | 2.2.4+dfsg-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.2.3+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
Mapsembler2 è un software di assemblaggio pensato per la bioinformatica.
Accetta in input un insieme di letture grezze NGS (fasta o fastQ, compresse
con gzip o meno) e un insieme di sequenze di input (starter).
Come prima cosa determina se ogni starter è coerente a livello di letture,
ad esempio se le letture confermano la presenza di ciascun starter nella
sequenza originale.
Poi, per ogni starter coerente con le letture, Mapsembler2 produce in
output le sue sequenze vicine come sequenza lineare o come grafo, a seconda
della scelta dell'utente.
Mapsempler2 può essere usato per (ma non è limitato a questo):
- validare una sequenza assemblata (data in input come starter), per
esempio da un assemblato con grafo di de Bruijn in cui non è stata
imposta la coerenza con le letture;
- controlla se un gene (dato in input come starter) ha un omologo in un
insieme di letture;
- controlla se un enzima conosciuto è presente in un insieme di letture
NGS metagenomico;
- arricchisce letture non mappabili estendendole, rendendole
eventualmente mappabili;
- controlla cosa accade alle estremità di un contig;
- rimuove contaminanti o letture simbionti da un insieme di letture.
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maq
mappatura di corte sequenze di lunghezza fissa di DNA polimorfo su sequenze di riferimento
|
Versions of package maq |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 0.7.1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 0.7.1-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 0.7.1-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.7.1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.7.1-5 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 0.7.1-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.7.1-8 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package maq: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing, searching |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Maq (abbreviazione di Mappatura e Assemblaggio con Qualità) costruisce
assemblaggi per mappatura a partire da corte letture generate dalle
apparecchiature di sequenziamento di seconda generazione. È pensato
principalmente per l'analizzatore Illumina-Solexa 1G Genetic Analyzer ed ha
una preliminare capacità di gestire dati ABI SOLiD. Maq si chiamava prima
mapass2.
Lo sviluppo di Maq si è fermato nel 2008. I suoi successori sono BWA e
SAMtools.
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melting
calcola la temperatura di fusione di doppie eliche di acidi nucleici
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Versions of package melting |
Release | Version | Architectures |
buster | 5.2.0-1 | all |
sid | 5.2.0-2 | all |
bullseye | 5.2.0-2 | all |
trixie | 5.2.0-2 | all |
bookworm | 5.2.0-2 | all |
jessie | 4.3.1+dfsg-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 4.3.1+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package melting: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:molecular |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
suite | gnu |
use | analysing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Questo programma calcola, per una doppia elica di acido nucleico,
l'entalpia, l'entropia e la temperatura di fusione della transizione
dell'elica. Sono possibili tre tipi di ibridazione: DNA/DNA, DNA/RNA e
RNA/RNA. Il programma prima calcola l'entalpia e l'entropia di ibridazione
a partire dai parametri elementari di ciascuna coppia di Crick con il
metodo del prossimo più vicino. Poi viene calcolata la temperatura di
fusione. L'insieme dei parametri termodinamici può essere facilmente
modificato, per esempio a seguito di una scoperta sperimentale.
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minia
assemblatore di sequenze biologiche a letture corte
|
Versions of package minia |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 3.2.1+git20200522.4960a99-1 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
trixie | 3.2.6-4 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
jessie | 1.6088-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.6906-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 3.2.6-4 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
buster | 1.6906-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 3.2.6-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
|
License: DFSG free
|
Fino all'anno 2020 ciò che veniva chiamato sequenziamento di DNA di
prossima generazione ("next-generation") produceva solo letture "corte",
fino a ~600 paia basi in lunghezza, che poi dovevano essere unite come un
puzzle, mediante sovrapposizioni casuali nella loro sequenza, fino ad un
genoma completo. Questo è l'assemblamento di un genoma. Ci sono molti
tranelli biologici in lunghi tratti di regioni a bassa complessità e
variazioni nel numero di copie e altri tipi di ridondanze che lo rendono
difficile.
Questo pacchetto contiene un assemblatore di sequenze di DNA a letture
corte basato su un grafo di de Bruijn, capace di assemblare un genoma umano
su un computer desktop in un giorno.
L'output di Minia è un insieme di contig, cioè tratti di sovrapposizioni
lineari di letture corte privi di gap. Nel migliore caso possibile è un
intero cromosoma.
Minia produce risultati con contiguità e accuratezza simili ad altri
assemblatori di de Bruijn (es. Velvet).
Topics: Sequence assembly
|
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mipe
strumenti per archiviare dati derivanti da PCR
|
Versions of package mipe |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.1-4 | all |
bullseye | 1.1-9 | all |
trixie | 1.1-9 | all |
sid | 1.1-9 | all |
bookworm | 1.1-9 | all |
stretch | 1.1-5 | all |
buster | 1.1-7 | all |
Debtags of package mipe: |
field | biology, biology:bioinformatics, biology:molecular |
interface | commandline |
role | documentation, program |
scope | utility |
use | organizing |
works-with-format | xml |
|
License: DFSG free
|
MIPE fornisce un formato standard per scambiare o archiviare, usando un
file di testo semplice, tutte le informazioni associate ad esperimenti con
PCR. Può:
- permettere lo scambio di dati PCR tra ricercatori e laboratori,
- rendere possibile la tracciabilità dei dati,
- prevenire problemi in fase di invio dei dati a dbSTS o dbSNP,
- rendere possibile la scrittura di script standard per estrarre dati
(per esempio un elenco di primer per PCR, posizioni SNP o aplotipi per
animali diversi).
Questo strumento, anche se può essere usato per l'archiviazione dei dati, è
pensato principalmente per lo scambio dei dati. Per quantità di dati più
grandi, i database relazionali sono più adatti alla archiviazione di questi
dati. Il formato MIPE dovrebbe quindi essere usato come formato standard
per importare dati in questi database o esportare da essi.
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mira-assembler
assemblatore di sequenze di genomi interi con metodo shotgun e di EST
|
Versions of package mira-assembler |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 4.9.6-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 4.9.6-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 4.9.6-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 4.0.2-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 4.9.6-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
trixie | 4.9.6-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 4.9.6-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package mira-assembler: |
role | program |
|
License: DFSG free
|
L'assemblatore di frammenti di genoma mira è un assemblatore specializzato
per progetti di sequenziamento considerati "difficili" a causa di un alto
numero di ripetizioni simili. Per i trascritti di EST (expressed sequence
tag, etichette di sequenze espresse), miraEst è specializzato nel
ricostruire trascritti originali di mRNA, al contempo rilevando e
classificando polimorfismi di singoli nucleotidi (SNP) che vi appaiono in
diverse variazioni.
L'assemblatore viene normalmente utilizzato per compiti vari quali la
rilevazione di mutazioni in diversi tipi di cellule, analisi di somiglianza
di trascritti tra organismi diversi e l'assemblaggio originale di sequenze
da varie fonti per la progettazione di oligonucleotidi in esperimenti
clinici con microarray.
Il pacchetto fornisce gli eseguibili elencati in seguito.
Binari forniti:
- mira: per assemblare sequenze genomiche;
- miramem: stima la memoria necessaria per assemblare progetti;
- mirabait: uno strumento in stile "grep" per selezionare letture con
k-meri fino a 256 basi;
- miraconvert: uno strumento per convertire, estrarre e, a volte,
ricalcolare tutte i tipi di dati relativi ai file di assemblaggio di
sequenze.
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mlv-smile
trova schemi statisticamente significativi in sequenze
|
Versions of package mlv-smile |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.47-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.47-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 1.47-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.47-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.47-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.47-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
Smile determina motivi di sequenze sulla base di un insieme di sequenze di
DNA, RNA o proteiche.
- Nessun limite prefissato sul numero di combinazioni dei motivi per
descrivere sottoinsiemi di sequenze.
- L'alfabeto delle sequenze può essere specificato.
- È gestito l'uso di caratteri jolly.
- Migliore determinazione della significatività dei motivi grazie a
simulazione.
- Introduzione di un insieme di sequenze con controlli negativi che
dovrebbero non corrispondere automaticamente a determinati motivi.
|
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mothur
suite di analisi di sequenze per ricerche su microrganismi
|
Versions of package mothur |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.33.3+dfsg-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 1.44.3-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.41.21-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.38.1.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.48.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.48.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.48.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
upstream | 1.48.2 |
Debtags of package mothur: |
role | program |
|
License: DFSG free
|
Mothur cerca di sviluppare un unico software open source, estensibile per
soddisfare le necessità dei bioinformatici nel campo dell'ecologia
microbica. Ha incorporate le funzionalità di dotur, sons, treeclimber,
s-libshuff, unifrac e molto altro. In aggiunta a migliorare la flessibilità
di questi algoritmi, sono state aggiunte svariate altre funzionalità
inclusi strumenti di calcolo e visualizzazione.
Please cite:
Patrick D Schloss, Sarah L Westcott, Thomas Ryabin, Justine R Hall, Martin Hartmann, Emily B Hollister, Ryan A Lesniewski, Brian B Oakley, Donovan H Parks, Courtney J Robinson, Jason W Sahl, Blaz Stres, Gerhard G Thallinger, David J Van Horn and Carolyn F Weber:
Introducing mothur: Open-source, platform-independent, community-supported software for describing and comparing microbial communities.
(PubMed)
Appl Environ Microbiol
75(23):7537-7541
(2009)
Topics: Microbial ecology
|
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mrbayes
inferenza bayesiana per filogenetica
|
Versions of package mrbayes |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.2.6+dfsg-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 3.2.6+dfsg-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 3.2.7a-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.2.7a-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 3.2.7a-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 3.2.3+dfsg-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 3.2.7a-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
L'inferenza bayesiana per filogenetica è basata su una quantità chiamata la
distribuzione di probabilità a posteriori degli alberi, che è la
probabilità di un albero condizionata dalle osservazioni. Il
condizionamento è realizzato usando il teorema di Bayes. Non è possibile
calcolare analiticamente la distribuzione della probabilità a posteriori
degli alberi; invece, MrBayes utilizza una tecnica di simulazione chiamata
MCMC (Markov Chain Monte Carlo) per approssimare le probabilità a
posteriori degli alberi.
The package is enhanced by the following packages:
mrbayes-doc
|
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mummer
Allineamento efficiente di sequenze di genomi completi
|
Versions of package mummer |
Release | Version | Architectures |
jessie | 3.23~dfsg-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 3.23+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.23+dfsg-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 3.23+dfsg-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 3.23+dfsg-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.23+dfsg-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.23+dfsg-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 4.0.0.~beta5 |
Debtags of package mummer: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
MUMmer è un sistema per allineare rapidamente interi genomi, sia in
forma completa o in forma di bozza. Per esempio, MUMmer 3.0 può trovare
tutte le corrispondenze esatte di 20 o più coppie di basi in un genoma
di 5 milioni di basi in 13.7 secondi, usando 78MB di memoria su una
macchina Linux desktop a 2.4 GHz. MUMmer può anche allineare genomi
incompleti; gestisce con facilità le centinaia o migliaia di tratti
contigui di un progetto di sequenziamento shotgun e li allinea con un
altro insieme di contigui o con un genoma usando il programma NUCmer
incluso nel sistema. Se le specie sono troppo divergenti per trovare
una somiglianza nell'allineamento delle sequenze di DNA, allora il
programma PROmer può generare allineamenti basati sulla traduzione dei
sei moduli di lettura di entrambe le sequenze di input.
The package is enhanced by the following packages:
e-mem
Topics: Sequence analysis
|
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muscle
programma per allineamenti multipli di sequenze proteiche
|
Versions of package muscle |
Release | Version | Architectures |
trixie | 5.1.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 5.1.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 3.8.31+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 3.8.31-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 5.1.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 3.8.1551-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 3.8.1551-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 5.3 |
Debtags of package muscle: |
biology | format:aln, nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
MUSCLE è un programma di allineamenti multipli di sequenze proteiche; il
nome sta per MUltiple Sequence Comparison by Log-Expectation, confronto di
sequenze multiple tramite log-expectation. Nei test fatti dagli autori,
MUSCLE ha ottenuto i punteggi più alti tra tutti i programmi sottoposti a
diversi benchmark per l'accuratezza degli allineamenti ed è anche uno dei
programmi più veloci tra quelli disponibili.
Muscle v5 è una riscrittura con grandi modifiche di MUSCLE, basata su nuovi
algoritmi.
Gli utenti dovrebbero considerare che gli argomenti della riga di comando
sono cambiati rispetto alla versione 3.x di MUSCLE.
Maggiore accuratezza, scalabile a migliaia di sequenze
In confronto alle versioni precedenti, Muscle v5 è più accurato, è spesso
più veloce e scalabile a insiemi di dati molto più grandi. Al momento della
stesura di questo testo (fine 2021), Muscle v5 ha il più alto punteggio nei
benchmark per allineamenti multipli, inclusi Balibase, Bralibase, Prefab e
Balifam. Può allineare decine di migliaia di sequenze con alta accuratezza
su un computer comune a basso costo (ad esempio una CPU Intel a 8 core con
32 GB di RAM). Su insiemi di dati più grandi, Muscle v5 è più accurato del
20-30% rispetto a MAFFT e Clustal-Omega.
Insiemi di allineamenti
Muscle v5 può generare insiemi di allineamenti alternativi ad alta
accuratezza. Tutti i replicati hanno uguale accuratezza media nei test
benchmark, incluso l'MSA fatto con i parametri predefiniti. Confrontando i
risultati delle analisi successive (alberi, predizione di struttura, ...)
su replicati diversi, si possono valutare gli effetti degli errori di
allineamento sui propri studi.
Topics: Sequence analysis
|
|
muscle3
programma per allineamenti multipli di sequenze proteiche
|
Versions of package muscle3 |
Release | Version | Architectures |
sid | 3.8.1551-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 3.8.1551-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.8.1551-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
MUSCLE è un programma di allineamenti multipli di sequenze proteiche; il
nome sta per MUltiple Sequence Comparison by Log-Expectation, confronto di
sequenze multiple tramite log-expectation. Nei test fatti dagli autori,
MUSCLE ha ottenuto i punteggi più alti tra tutti i programmi sottoposti a
diversi benchmark per l'accuratezza degli allineamenti ed è anche uno dei
programmi più veloci tra quelli disponibili.
Questa è la versione 3 del programma MUSCLE. È un programma diverso da
MUSCLE versione 5 che è pacchettizzato in Debian come muscle.
Topics: Sequence analysis
|
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mustang
allineamento strutturale multiplo di proteine
|
Versions of package mustang |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.2.3-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 3.2.4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 3.2.4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.2.4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.2.3-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 3.2.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 3.2.2-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package mustang: |
biology | peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Mustang è un algoritmo per allineare strutture multiple di proteine. Dato
un insieme di file PDB, il programma usa le informazioni spaziali negli
atomi C-alfa dell'insieme per produrre un allineamento di sequenze.
Basandosi su un metodo euristico progressivo basato su coppie, l'algoritmo
compie in seguito un numero di passaggi di raffinamento. Mustang riporta
l'allineamento di sequenze multiple e la corrispondente sovrapposizione di
strutture.
|
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ncbi-epcr
strumento per testare la presenza di STS in sequenze di DNA
|
Versions of package ncbi-epcr |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2.3.12-1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.3.12-1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.3.12-1-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.3.12-1-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2.3.12-1-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.3.12-1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.3.12-1-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package ncbi-epcr: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | checking, searching |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
La PCR elettronica (e-PCR) è una procedura computazionale usata per
identificare STS (sequence tagged site) all'interno di sequenze di DNA.
e-PCR cerca STS potenziali nel DNA ricercando sottosequenze che
corrispondano da vicino ai primer PCR e che abbiano ordine,
orientamento e spaziatura corretti tali da poter rappresentare i primer
PCR usati per generare STS noti.
La nuova versione di e-PCR implementa una strategia di corrispondenza
approssimata. Per ridurre la probabilità che una STS esatta possa
essere non vista a causa di corrispondenze inesatte, si possono usare
parole non contigue invece di una singola parola esatta. Ognuna di
queste parole ha gruppi di posizioni significative separate da posizioni
"jolly" che non è necessario corrispondano. In aggiunta è anche
possibile permettere dei salti negli allineamenti dei primer.
La principale motivazione per implementare la ricerca inversa (chiamata
Reverse e-PCR) fu quella di rendere possibile fare ricerche nella
sequenza del genoma umano o in altri genomi grandi. La nuova versione
di e-PCR fornisce una modalità di ricerca che confronta una sequenza di
interrogazione e un database di sequenze.
Questo programma è stato ritirato dall'autore originale e si suggerisce di
usare Primer-Blast https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/ al suo
posto.
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ncbi-tools-bin
librerie NCBI per applicazioni biologiche (utilità testuali)
|
Versions of package ncbi-tools-bin |
Release | Version | Architectures |
trixie | 6.1.20170106+dfsg2-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 6.1.20170106+dfsg1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 6.1.20170106+dfsg1-0+deb10u2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 6.1.20170106+dfsg1-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 6.1.20120620-8 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 6.1.20170106+dfsg1-0+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 6.1.20170106+dfsg2-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package ncbi-tools-bin: |
biology | nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
network | client |
role | program |
science | calculation |
scope | utility |
use | analysing, calculating, converting, searching |
works-with | biological-sequence |
works-with-format | plaintext, xml |
|
License: DFSG free
|
Questo pacchetto include varie utilità distribuite con l'SDK C NCBI,
inclusi gli strumenti di sviluppo asntool e errhdr (prima in libncbi6-dev).
Nessuno dei programmi in questo pacchetto richiede X, si possono trovare le
utilità basate su X nel pacchetto ncbi-tools-x11. BLAST e gli strumenti
correlati provengono ora da codice sorgente separato, corrispondente ai
pacchetti ncbi-blast+ e ncbi-blast+-legacy.
The package is enhanced by the following packages:
mcl
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ncoils
predizione della struttura secondaria di una spirale superavvolta
|
Versions of package ncoils |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2002-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2002-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 2002-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2002-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2002-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2002-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2002-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
Il programma predice la struttura secondaria di una spirale superavvolta da
sequenze proteiche. L'algoritmo è stato pubblicato in Lupas, van Dyke &
Stock, Predicting coiled coils from protein sequences, Science, 252,
1162-1164, 1991.
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neobio
calcola allineamenti di sequenze di nucleotidi e aminoacidi
|
Versions of package neobio |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.0.20030929-1.1 | all |
buster | 0.0.20030929-4 | all |
sid | 0.0.20030929-6 | all |
trixie | 0.0.20030929-6 | all |
bookworm | 0.0.20030929-6 | all |
bullseye | 0.0.20030929-6 | all |
stretch | 0.0.20030929-2 | all |
|
License: DFSG free
|
Liberia e interfaccia utente grafica per allineamenti di coppie di sequenze.
Implementazione dei metodi di programmazione dinamica di Needleman & Wunsch
(allineamento globale) e Smith & Waterman (allineamento locale).
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paraclu
raggruppamento in cluster parametrico di caratteristiche genomiche e transcrittomiche
|
Versions of package paraclu |
Release | Version | Architectures |
jessie | 9-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 10-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 9-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 10-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 10-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 9-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 9-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
paraclu trova i cluster in dati associati a sequenze. È stato per la prima
volta applicato ai conteggi degli inizi di trascrizione in sequenze
genomiche, ma può essere applicato anche ad altre cose.
paraclu è pensato per esplorare i dati, imporre assunti a priori minimi e
permettere ai dati di parlare da soli.
Una conseguenza di tutto ciò è che paraclu può trovare cluster all'interno
di cluster. I dati reali a volte mostrano raggruppamenti in cluster a più
livelli: possono esserci grandi cluster poco addensati e all'interno di
ognuno di essi possono esserci piccoli cluster molto addensati.
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parsinsert
INSERimenTo PARSimonioso di sequenze non classificate in alberi filogenetici
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Versions of package parsinsert |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.04-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.04-15 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.04-15 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1.04-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.04-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 1.04-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.04-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
ParsInsert produce in modo efficiente tanto un albero filogenetico quanto
una classificazione tassonomica di sequenze nell'analisi di sequenze di
comunità microbiche. È un'implementazione C++ dell'algoritmo "Parsimonious
Insertion".
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pdb2pqr
preparazione di strutture di proteine per calcoli elettrostatici
|
Versions of package pdb2pqr |
Release | Version | Architectures |
sid | 3.6.1+dfsg-1 | all |
trixie | 3.6.1+dfsg-1 | all |
bookworm | 3.5.2+dfsg-3 | all |
jessie | 1.9.0+dfsg-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.1.1+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.1.1+dfsg-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.1.1+dfsg-7+deb11u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 3.6.2 |
|
License: DFSG free
|
PDB2PQR è un pacchetto software Python che automatizza molti dei compiti
comuni nella preparazione di strutture per calcoli elettrostatici in
continuo. Per questo fornisce un'utilità indipendente dalla piattaforma per
convertire file di proteine in formato PDB al formato PQR. Questi compiti
includono:
- aggiungere un numero limitato di atomi pesanti mancanti a strutture
biomolecolari;
- determinare i pKa di catene laterali;
- posizionare idrogeni mancanti;
- ottimizzare la proteina per legami idrogeno favorevoli;
- assegnare parametri di carica e raggio da una varietà di campi di forza.
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perm
mappatura efficiente di letture brevi con semi spaziati periodicamente
|
Versions of package perm |
Release | Version | Architectures |
trixie | 0.4.0-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 0.4.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0.4.0-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.4.0-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 0.4.0-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 0.4.0-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 0.4.0-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
PerM è un pacchetto software che è stato progettato per eseguire
allineamenti a livello di genoma estremamente efficienti per centinaia di
milioni di letture brevi prodotte da piattaforme di sequenziamento ABI
SOLiD e Illumina. Attualmente PerM è in grado di fornire sensibilità totale
per allineamenti con fino a 4 non corrispondenze per letture SOLiD di 50 pb
e 9 non corrispondenze per letture Illumina di 100 pb.
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phyml
stime filogenetiche usando il metodo della massima verosimiglianza
|
Versions of package phyml |
Release | Version | Architectures |
jessie | 20120412-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 3.3.20180621-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 3.3.20200621-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.3.20220408-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.3.20220408-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 3.3.20220408-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 3.2.0+dfsg-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package phyml: |
biology | peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
use | analysing, comparing |
works-with | biological-sequence |
|
License: DFSG free
|
PhyML è un software che stima alberi filogenetici con il metodo della
massima verosimiglianza a partire da allineamenti nucleotidici o di
sequenze aminoacidiche. Fornisce una vasta gamma di opzioni che sono state
progettate per facilitare le analisi filogenetiche standard. Il punto di
forza di PhyML è nel gran numero di modelli di sostituzione associati a
varie opzioni per cercare nello spazio delle topologie degli alberi
filogenetici, a partire da metodi molto veloci ed efficienti, fino ad
arrivare ad approcci più lenti ma generalmente più accurati. Implementa
anche due metodi per valutare la forza dei rami in una solida
infrastruttura statistica (il metodo bootstrap non parametrico e il test di
verosimiglianza approssimata).
PhyML è stato progettato per elaborare insiemi di dati di dimensioni medie
* grandi. In teoria, possono essere analizzati allineamenti con fino a
4.000 sequenze di 2.000.000 di caratteri. In pratica, tuttavia, la quantità
di memoria necessaria per elaborare un insieme di dati è proporzionale al
numero delle sequenze moltiplicato per la loro lunghezza. Perciò si possono
elaborare un gran numero di sequenze solo se esse sono corte. Inoltre PhyML
può gestire lunghe sequenze a patto che non siano numerose. Con la maggior
parte dei personal computer standard, si può stare tranquilli con circa da
3 a 500 sequenze più corte di 2.000 caratteri.
Questo pacchetto include anche PhyTime.
|
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phyutility
semplici analisi o modifica di alberi filogenetici e matrici di dati
|
Versions of package phyutility |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.7.3+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.7.3+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.7.3+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.7.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.7.3+dfsg-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 2.7.3-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 2.7.3+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
Phyutility (pronuncia faiutiliti) è un programma a riga di comando che
effettua semplici analisi o modifiche sia su alberi sia su matrici di dati.
Attualmente effettua le seguenti funzioni (per suggerire un'altra
funzionalità segnalare un problema ("Issue") e usare l'etichetta
"Type-Enhancement"):
Alberi
- cambiamento della radice
- potatura
- conversione di tipo
- consenso
- stabilità delle foglie
- movimento del lineage
- gestione di alberi
Matrici di dati
- allineamenti concatenati
- analisi di banche genomiche
- allineamenti di trimming
- ricerche NCBI
- recupero di NCBI
|
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picard-tools
strumenti a riga di comando per manipolare file SAM e BAM
|
Versions of package picard-tools |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.113-1 | all |
trixie | 3.1.1+dfsg-1 | all |
bullseye | 2.24.1+dfsg-1 | all |
bookworm | 2.27.5+dfsg-2 | all |
stretch | 2.8.1+dfsg-1 | all |
buster | 2.18.25+dfsg-2 | amd64 |
sid | 3.1.1+dfsg-1 | all |
upstream | 3.3.0 |
|
License: DFSG free
|
Il formato SAM (Sequence Alignment/Map, allineamento/mappa di sequenza) è
un formato generico per memorizzare grandi allineamenti di sequenze
nucleotidiche. In Picard Tools sono incluse le seguenti utilità per
manipolare file SAM e BAM:
AddCommentsToBam FifoBuffer
AddOrReplaceReadGroups FilterSamReads
BaitDesigner FilterVcf
BamIndexStats FixMateInformation
GatherBamFiles
BedToIntervalList GatherVcfs
BuildBamIndex GenotypeConcordance
CalculateHsMetrics IlluminaBasecallsToFastq
CalculateReadGroupChecksum IlluminaBasecallsToSam
CheckIlluminaDirectory LiftOverIntervalList
CheckTerminatorBlock LiftoverVcf
CleanSam MakeSitesOnlyVcf
CollectAlignmentSummaryMetrics MarkDuplicates
CollectBaseDistributionByCycle MarkDuplicatesWithMateCigar
CollectGcBiasMetrics MarkIlluminaAdapters
CollectHiSeqXPfFailMetrics MeanQualityByCycle
CollectIlluminaBasecallingMetrics MergeBamAlignment
CollectIlluminaLaneMetrics MergeSamFiles
CollectInsertSizeMetrics MergeVcfs
CollectJumpingLibraryMetrics NormalizeFasta
CollectMultipleMetrics PositionBasedDownsampleSam
CollectOxoGMetrics QualityScoreDistribution
CollectQualityYieldMetrics RenameSampleInVcf
CollectRawWgsMetrics ReorderSam
CollectRnaSeqMetrics ReplaceSamHeader
CollectRrbsMetrics RevertOriginalBaseQualitiesAndAddMateCigar
CollectSequencingArtifactMetrics RevertSam
CollectTargetedPcrMetrics SamFormatConverter
CollectVariantCallingMetrics SamToFastq
CollectWgsMetrics ScatterIntervalsByNs
CompareMetrics SortSam
CompareSAMs SortVcf
ConvertSequencingArtifactToOxoG SplitSamByLibrary
CreateSequenceDictionary SplitVcfs
DownsampleSam UpdateVcfSequenceDictionary
EstimateLibraryComplexity ValidateSamFile
ExtractIlluminaBarcodes VcfFormatConverter
ExtractSequences VcfToIntervalList
FastqToSam ViewSam
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
Please cite:
Broad Institute:
Picard toolkit.
Broad Institute, GitHub repository
(2019)
Topics: Sequencing; Document, record and content management
|
|
plink
insieme di strumenti di analisi per associazione dell'intero genoma
|
Versions of package plink |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.07+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.07-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.07-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.07+dfsg-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.07+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.07+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.07+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package plink: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
|
License: DFSG free
|
plink si aspetta in input i dati da chip SNP (polimorfismi a singolo
nucleotide) di molti individui e la loro descrizione fenotipica di una
malattia.
Trova associazioni tra una variazione singola o una coppia di variazioni
nel DNA con un fenotipo e può recuperare le annotazioni SNP da una fonte
in linea.
Gli SNP possono essere analizzati individualmente o a coppie per valutare
la loro associazione con fenotipi di malattie. È possibile ricercare
congiuntamente variazioni nel numero di copie. Sono stati implementati
svariati test statistici.
Notare che l'eseguibile è stato rinominato in plink1 per una collisione di
nomi. Ulteriori informazioni su questo possono essere lette in
/usr/share/doc/plink/README.Debian .
|
|
plink1.9
insieme di strumenti di analisi per associazione dell'intero genoma
|
Versions of package plink1.9 |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.90~b6.6-181012-1 | amd64,armhf,i386 |
bullseye | 1.90~b6.21-201019-1 | amd64,armel,armhf,i386,mipsel |
bookworm | 1.90~b6.26-220402-1 | amd64,armel,armhf,i386,mipsel |
trixie | 1.90~b7.2-231211-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1.90~b7.2-231211-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.90~b3.45-170113-1 | amd64,armel,armhf,i386,mipsel |
|
License: DFSG free
|
plink si aspetta in input i dati da chip SNP (polimorfismi a singolo
nucleotide) di molti individui e la loro descrizione fenotipica di una
malattia. Trova associazioni tra una variazione singola o una coppia di
variazioni nel DNA con un fenotipo e può recuperare le annotazioni SNP da
una fonte in linea.
Gli SNP possono essere analizzati individualmente o a coppie per valutare
la loro associazione con fenotipi di malattie. È possibile ricercare
congiuntamente variazioni nel numero di copie. Sono stati implementati
svariati test statistici.
plink1.9 è un esteso aggiornamento di plink con nuovi algoritmi e nuovi
metodi, più veloce e con meno consumo di memoria rispetto al primo plink.
Notare che l'eseguibile è stato rinominato in plink1.9 per una collisione
di nomi. Ulteriori informazioni su questo possono essere lette in
/usr/share/doc/plink1.9/README.Debian.
|
|
plink2
insieme di strumenti di analisi per associazione dell'intero genoma
|
Versions of package plink2 |
Release | Version | Architectures |
sid | 2.00~a5.8-231123+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 2.00~a3-210203+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.00~a3.5-220809+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.00~a5.8-231123+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
plink si aspetta in input i dati da chip SNP (polimorfismi a singolo
nucleotide) di molti individui e la loro descrizione fenotipica di una
malattia. Trova associazioni tra una variazione singola o una coppia di
variazioni nel DNA con un fenotipo e può recuperare le annotazioni SNP da
una fonte in linea.
Gli SNP possono essere analizzati individualmente o a coppie per valutare
la loro associazione con fenotipi di malattie. È possibile ricercare
congiuntamente variazioni nel numero di copie. Sono stati implementati
svariati test statistici.
plink2 è un aggiornamento esaustivo di plink e plink1.9 con nuovi algoritmi
e nuovi metodi, più veloce e con meno consumo di memoria rispetto al primo
plink.
|
|
poa
Partial Order Alignment per allineamenti multipli di sequenza
|
Versions of package poa |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2.0+20060928-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.0+20060928-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.0+20060928-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.0+20060928-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 2.0+20060928-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.0+20060928-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.0+20060928-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package poa: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
POA è Partial Order Alignment, un programma veloce per MSA (allineamenti
multipli di sequenza) in campo bioinformatico. I suoi vantaggi sono
velocità, scalabilità, sensibilità e una capacità superiore di gestire
ramificazioni e inserzioni/delezioni nell'allineamento. POA è un approccio
a MSA che può essere combinato con metodi esistenti come l'allineamento
progressivo. POA allinea in maniera ottimale una coppia di MSA e ciò può
essere successivamente applicato direttamente a metodi di allineamento
progressivo come CLUSTAL. Per allineamenti grandi, Progressive POA è 10-30
volte più veloce di CLUSTALW.
|
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prank
kit per allineamenti probabilistici di sequenze di DNA, codoni e amminoacidi
|
Versions of package prank |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 0.0.170427+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.0.170427+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 0.0.170427+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 0.0.140110-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 0.0.170427+dfsg-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 0.0.150803-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.0.170427+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
PRANK è un programma per allineamenti multipli probabilistici per sequenze
di DNA, codoni e amminoacidi. È basato su un algoritmo innovativo che
tratta le inserzioni correttamente e evita di sovrastimare il numero degli
eventi di delezione. In aggiunta PRANK prende a prestito idee dai metodi di
massima verosimiglianza usati in filogenetica e prende in considerazione
correttamente le distanze evolutive tra le sequenze. Da ultimo, PRANK
permette di definire una struttura potenziale per le sequenze da allineare
e poi, contemporaneamente all'allineamento, predice le posizioni delle
unità strutturali nelle sequenze.
PRANK è un programma a riga di comando per ambienti in stile UNIX, ma lo
stesso motore di allineamento delle sequenze è implementato nel programma
grafico PRANKSTER. In aggiunta a fornire un'interfaccia facile da usare per
coloro che non hanno familiarità con i sistemi Unix, PRANKSTER è un
navigatore di allineamenti per gli allineamenti salvati in formato HSAML.
Il nuovo formato permette di memorizzare tutte le informazioni generate
dallo strumento di allineamento e il navigatore di allineamenti è un modo
comodo per analizzare e manipolare i dati.
PRANK mira ad un allineamento di sequenze corretto dal punto di vista
evolutivo e spesso il risultato è diverso da quelli generati con altri
metodi di allineamento. Ci sono, tuttavia, casi in cui l'aspetto diverso è
causato da violazioni degli assunti del metodo. Per capire perché le cose
possono andare storto e come evitarlo, leggere la spiegazione delle
differenze tra PRANK e i metodi tradizionali di allineamento progressivo.
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prime-phylo
stima bayesiana di alberi genetici che tiene in considerazione l'albero delle specie
|
Versions of package prime-phylo |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.0.11-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 1.0.11-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.0.11-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.0.11-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 1.0.11-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.0.11-13 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.0.11-13 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
PrIME (Probabilistic Integrated Models of Evolution) è un pacchetto che
permette l'inferenza di parametri evoluzionistici in un'infrastruttura
bayesiana usando simulazioni con catene di Markov Monte Carlo. Una
caratteristica distintiva di PrIME è che l'albero delle specie viene tenuto
in considerazione quando vengono analizzati gli alberi genetici.
I dati di input di PrIME è un allineamento di sequenze multiple in formato
FASTA e i dati di output contengono alberi in formato Newick.
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primer3
strumento per progettare oligonucleotidi fiancheggianti per amplificazione di DNA
|
Versions of package primer3 |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.4.0-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 2.6.1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.6.1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.6.1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.3.6-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.3.7-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.4.0-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package primer3: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Primer3 sceglie primer per PCR (Polymerase Chain Reaction, reazione a
catena della polimerasi), valutando come criteri la temperatura di fusione,
la dimensione, il contenuto in GC e le possibilità di formazione di
primer-dimer dell'oligonucleotide, la dimensione del prodotto della PCR,
limiti posizionali all'interno della sequenza sorgente e vari altri fattori
limitanti. Tutti questi criteri sono specificabili dall'utente come
limitazioni ed alcuni sono specificabili come termini in una funzione
obiettivo che caratterizzi una coppia di primer ottimale.
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probabel
insieme di strumenti per analisi di associazione a livello di genoma
|
Versions of package probabel |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.4.3-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 0.4.5-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
buster | 0.5.0+dfsg-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 0.5.0+dfsg-6 | amd64,i386 |
bullseye | 0.5.0+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0.5.0+dfsg-6 | amd64,i386 |
trixie | 0.5.0+dfsg-6 | amd64,i386 |
|
License: DFSG free
|
Il pacchetto ProbABEL fa parte del progetto GenABEL per l'analisi di dati a
livello di genoma. ProbABEL viene usato per eseguire GWAS. Usando file in
formato filevector/DatABEL è anche possibile eseguire GWAS su computer con
solo pochi GB di RAM.
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probcons
allineamenti multipli di sequenze probabilistici basati sulla coerenza
|
Versions of package probcons |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.12-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.12-9 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.12-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.12-12 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.12-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.12-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.12-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package probcons: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Strumento per generare allineamenti multipli di sequenze proteiche che usa
una combinazione di modelli probabilistici e di tecniche di allineamento
basate sulla coerenza. PROBCONS ha ottenuto dei livelli di accuratezza più
alti di tutti i metodi di allineamento usati fino ad oggi. Nei test con il
database degli allineamenti di riferimento BAliBASE, gli allineamenti
prodotti con PROBCONS mostrano un significativo miglioramento rispetto ai
programmi attuali poiché contengono in media il 7% in più di colonne
correttamente allineate rispetto a T-Coffee, l'11% in più rispetto a
CLUSTAL W ed il 14% in più rispetto a DIALIGN.
|
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proda
allineamento multiplo di sequenze proteiche
|
Versions of package proda |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.0-12 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.0-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.0-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.0-8 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 1.0-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.0-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.0-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package proda: |
biology | nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
ProDA è un sistema per il rilevamento automatico e l'allineamento di
regioni omologhe in insiemi di proteine con architetture di dominio
arbitrarie. Dato un insieme di sequenze non allineate, ProDA identifica
tutte le regioni omologhe che appaiono in una o più sequenze, e restituisce
un insieme di allineamenti multipli locali per queste regioni.
|
|
prodigal
programma per trovare geni microbici (di batteri e archeobatteri)
|
Versions of package prodigal |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.6.3-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.6.3-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.6.3-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 2.6.3-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.6.3-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.6.3-1 | amd64,arm64,armel,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.6.1-1 | amd64,armel,i386 |
|
License: DFSG free
|
Prodigal (Prokaryotic Dynamic Programming Genefinding Algorithm) è un
programma per trovare geni microbici (di batteri e archeobatteri)
sviluppato all'Oak Ridge National Laboratory dell'University of Tennessee.
Le funzionalità principali di Prodigal includono:
Velocità: Prodigal è uno strumento estremamente veloce per il
riconoscimento di geni (scritto in C molto standard). Può analizzare un
intero genoma microbico in 30 secondi o meno.
Accuratezza: Prodigal trova geni in modo altamente accurato.
Localizza correttamente il terminale 3' di ogni gene nell'insieme dei dati
Ecogene sperimentalmente verificato (tranne quelli che contengono introni).
Possiede un sistema molto sofisticato di punteggi per i siti di legame con
ribosomi che gli permette di localizzare il sito di inizio della traduzione
con grande accuratezza (il 96% dei terminali 5' nell'insieme di dati
Ecogene è correttamente localizzato).
Specificità: Il confronto di Prodigal con altri programmi di
identificazione di geni è buono per ciò che riguarda il tasso di falsi
positivi di Prodigal che di solito è inferiore al 5%.
Insensibile al contenuto di GC: Prodigal dà buoni risultati anche in genomi
con alto contenuto di GC, con più del 90% di corrispondenza perfetta
(5'+3') rispetto alle annotazioni riviste di Pseudomonas aeruginosa.
Versione metagenomica: Prodigal può essere eseguito in modalità
metagenomica e analizzare sequenze anche quando l'organismo è sconosciuto.
Facilità d'uso: Progigal può essere eseguito in un unico passaggio su
un'unica sequenza genomica oppure su una bozza di genoma contenente molte
sequenze. Non è necessario fornirgli alcuna conoscenza sull'organismo dato
che apprende da solo tutte le proprietà di cui ha bisogno.
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python3-biomaj3-cli
|
Versions of package python3-biomaj3-cli |
Release | Version | Architectures |
trixie | 3.1.11-5 | all |
bookworm | 3.1.11-4 | all |
sid | 3.1.11-5 | all |
buster | 3.1.10-1 | all |
bullseye | 3.1.11-1 | all |
|
License: DFSG free
|
BioMAJ scarica banche dati remote, controlla il loro stato e applica i
flussi di lavoro di trasformazione, con stato coerente, per fornire dati
pronti all'uso ai biologi e bioinformatici. Per esempio, può trasformare
file FASTA in indici BLAST. È molto flessibile e le sue funzionalità di
post-elaborazione possono essere estese molto facilmente.
BioMAJ3 è una riscrittura della versione 1.x di BioMAJ; si veda la
documentazione online per la migrazione.
Questo pacchetto contiene il client per eseguire BioMAJ3 o comunicare con
il processo demone di BioMAJ (python3-biomaj3-daemon) in caso di
configurazione per microservizio.
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python3-biopython
libreria Python 3 per bioinformatica
|
Versions of package python3-biopython |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.80+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.78+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.73+dfsg-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 1.84+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.84+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1.68+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.64+dfsg-5 | amd64,armel,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
Il progetto Biopython è un'associazione internazionale di sviluppatori di
strumenti Python disponibili liberamente per i calcoli biologici molecolari.
È uno sforzo collaborativo distribuito per sviluppare librerie e
applicazioni Python 3 che si rivolgono verso i bisogni dei lavori in
bioinformatica attuali e futuri. Il codice sorgente è reso disponibile
sotto la licenza Biopython, che è estremamente liberale e compatibile con
pressoché qualsiasi licenza esistente. Il progetto lavora accanto alla Open
Bioinformatics Foundation, che generosamente fornisce lo spazio web e CVS
per il progetto.
Please cite:
Peter J. A. Cock, Tiago Antao, Jeffrey T. Chang, Brad A. Chapman, Cymon J. Cox, Andrew Dalke, Iddo Friedberg, Thomas Hamelryck, Frank Kauff, Bartek Wilczynski and Michiel J. L. de Hoon:
Biopython: freely available Python tools for computational molecular biology and bioinformatics.
(PubMed,eprint)
Bioinformatics
25(11):1422-1423
(2009)
|
|
python3-cogent3
infrastruttura per biologia genomica
|
Versions of package python3-cogent3 |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2023.2.12a1+dfsg-2+deb12u1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
bullseye | 2020.12.21a+dfsg-4+deb11u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2024.5.7a1+dfsg-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
sid | 2023.12.15a1+dfsg-1 | s390x |
upstream | 2024.11.29a2 |
|
License: DFSG free
|
PyCogent è una libreria software per la biologia genomica.
È un'infrastruttura completamente integrata e accuratamente testata per:
- controllare applicazioni di terze parti;
- ideare flussi di lavoro; interrogare database;
- condurre analisi probabilistiche innovative dell'evoluzione di sequenze
biologiche;
- generare grafici di qualità adatta per la pubblicazione.
Si distingue per le molte funzionalità interne uniche (come un vero
allineamento dei codoni) e l'aggiunta frequente di metodi completamente
nuovi per l'analisi di dati genomici.
Please cite:
Rob Knight, Peter Maxwell, Amanda Birmingham, Jason Carnes, J Gregory Caporaso, Brett C Easton, Michael Eaton, Micah Hamady, Helen Lindsay, Zongzhi Liu, Catherine Lozupone, Daniel McDonald, Michael Robeson, Raymond Sammut, Sandra Smit, Matthew J Wakefield, Jeremy Widmann, Shandy Wikman, Stephanie Wilson, Hua Ying and Gavin A Huttley:
PyCogent: a toolkit for making sense from sequence.
(PubMed,eprint)
Genome Biology
8(8):R171
(2007)
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qiime
Quantitative Insights Into Microbial Ecology
|
Versions of package qiime |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2020.11.1-1 | all |
bookworm | 2022.11.1-2 | all |
jessie | 1.8.0+dfsg-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 2024.5.0-1 | all |
upstream | 2024.10.1 |
Debtags of package qiime: |
role | program |
|
License: DFSG free
|
I microorganismi circondano noi, gli animali, le piante e tutti i loro
parassiti con un grande effetto su tutti questi e sull'ambiente in cui
vivono. Si può pensare alla qualità del suolo, ma anche all'effetto che i
batteri hanno gli uni sugli altri. L'uomo influenza l'abbondanza assoluta e
relativa dei batteri con gli antibiotici, il cibo, i fertilizzanti, e ogni
altra cosa a cui si può pensare, e questi cambiamenti hanno un effetto su
di noi.
QIIME 2 è un pacchetto per analisi del microbioma potente, estensibile e
decentralizzato con attenzione a trasparenza di analisi e dati. QIIME2
permette ai ricercatori di iniziare un'analisi con dati di sequenze di DNA
grezze e finire con figure di qualità di pubblicazione e risultati
statistici. Caratteristiche principali:
- tracciamento integrato e automatico della provenienza dei dati;
- sistema di tipi semantici;
- sistema a plugin per estendere le funzionalità di analisi del
microbioma;
- gestione per più tipi di interfacce utente (es. API, riga di comando,
grafica).
QIIME 2 è un completo rifacimento e riscrittura della catena di analisi di
microbioma QIIME 1. QIIME 2 risolve molte delle limitazioni di QIIME 1
mantenendo al contempo le funzionalità che fanno di QIIME 1 una catena di
analisi potente e ampiamente utilizzata.
QIIME 2 attualmente gestisce una catena di elaborazione iniziale end-to-end
per analisi del microbioma. Nuove funzionalità diventeranno regolarmente
disponibili attraverso plugin per QIIME 2. Si può vedere un elenco dei
plugin attualmente disponibili sulla pagina dei plugin disponibili di QIIME
2. La pagina dei plugin futuri elenca i plugin che sono in fase di sviluppo.
Please cite:
Evan Bolyen, Jai Ram Rideout, Matthew R Dillon, Nicholas A Bokulich, Christian Abnet, Gabriel A Al-Ghalith, Harriet Alexander, Eric J Alm, Manimozhiyan Arumugam, Francesco Asnicar, Yang Bai, Jordan E Bisanz, Kyle Bittinger, Asker Brejnrod, Colin J Brislawn, C Titus Brown, Benjamin J Callahan, Andrés Mauricio Caraballo-Rodríguez, John Chase, Emily Cope, Ricardo Da Silva, Pieter C Dorrestein, Gavin M Douglas, Daniel M Durall, Claire Duvallet, Christian F Edwardson, Madeleine Ernst, Mehrbod Estaki, Jennifer Fouquier, Julia M Gauglitz, Deanna L Gibson, Antonio Gonzalez, Kestrel Gorlick, Jiarong Guo, Benjamin Hillmann, Susan Holmes, Hannes Holste, Curtis Huttenhower, Gavin Huttley, Stefan Janssen, Alan K Jarmusch, Lingjing Jiang, Benjamin Kaehler, Kyo Bin Kang, Christopher R Keefe, Paul Keim, Scott T Kelley, Dan Knights, Irina Koester, Tomasz Kosciolek, Jorden Kreps, Morgan GI Langille, Joslynn Lee, Ruth Ley, Yong-Xin Liu, Erikka Loftfield, Catherine Lozupone, Massoud Maher, Clarisse Marotz, Bryan D Martin, Daniel McDonald, Lauren J McIver, Alexey V Melnik, Jessica L Metcalf, Sydney C Morgan, Jamie Morton, Ahmad Turan Naimey, Jose A Navas-Molina, Louis Felix Nothias, Stephanie B Orchanian, Talima Pearson, Samuel L Peoples, Daniel Petras, Mary Lai Preuss, Elmar Pruesse, Lasse Buur Rasmussen, Adam Rivers, Michael S Robeson, Patrick Rosenthal, Nicola Segata, Michael Shaffer, Arron Shiffer, Rashmi Sinha, Se Jin Song, John R Spear, Austin D Swafford, Luke R Thompson, Pedro J Torres, Pauline Trinh, Anupriya Tripathi, Peter J Turnbaugh, Sabah Ul-Hasan, Justin JJ van der Hooft, Fernando Vargas, Yoshiki Vázquez-Baeza, Emily Vogtmann, Max von Hippel, William Walters, Yunhu Wan, Mingxun Wang, Jonathan Warren, Kyle C Weber, Chase HD Williamson, Amy D Willis, Zhenjiang Zech Xu, Jesse R Zaneveld, Yilong Zhang, Qiyun Zhu, Rob Knight and J Gregory Caporaso:
Reproducible, interactive, scalable and extensible microbiome data science using QIIME 2.
(PubMed,eprint)
Nature Biotechnology
37:852 - 857
(2019)
Topics: Microbial ecology
|
|
r-bioc-edger
analisi empiriche per dati digitali di espressione genica in R
|
Versions of package r-bioc-edger |
Release | Version | Architectures |
stretch | 3.14.0+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.32.1+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 3.8.2+dfsg-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
experimental | 4.4.0+dfsg-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 4.2.2+dfsg-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 4.2.2+dfsg-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.40.2+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 4.4.1 |
|
License: DFSG free
|
Il pacchetto bioconductor per analisi dell'espressione differenziale di
sequenziamenti di trascrittoma completo (sequenziamento di RNA) e profili
digitali di espressione genica con replicazione biologica. Usa stimatori
bayesiani empirici e test esatti basati sulla distribuzione binomiale
negativa. È anche utile per analisi di segnali differenziali con altri tipi
di dati di conteggio a livello di genoma.
|
|
r-bioc-hilbertvis
pacchetto GNU R per visualizzare dati vettoriali lunghi
|
Versions of package r-bioc-hilbertvis |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.62.0-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
experimental | 1.64.0-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.24.0-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 1.62.0-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.56.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.48.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.40.0-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.32.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 1.64.0 |
Debtags of package r-bioc-hilbertvis: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:bioinformatics |
use | analysing |
|
License: DFSG free
|
Questo strumento permette la visualizzazione di vettori di dati molto
lunghi in una maniera efficiente dal punto di vista dello spazio occupato,
organizzandoli su una curva di Hilbert in due dimensioni. In seguito
l'utente può giudicare visivamente la struttura e la distribuzione generali
delle caratteristiche contemporaneamente alla forma e intensità
approssimate delle singole caratteristiche.
In bioinformatica un caso d'uso tipico è ChIP-Chip e ChIP-Seq o
praticamente tutti i generi di dati genomici, che sono convenzionalmente
visualizzati come tracciato quantitativo ("wiggle data") in navigatori per
genoma come quelli forniti da Ensembl o UCSC.
|
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r-cran-pvclust
cluster gerarchici con p-value attraverso metodo bootstrap multiscala
|
Versions of package r-cran-pvclust |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.0-0-4 | all |
jessie | 1.3-0-1 | all |
sid | 2.2-0-2 | all |
trixie | 2.2-0-2 | all |
bookworm | 2.2-0-2 | all |
bullseye | 2.2-0-2 | all |
stretch | 2.0-0-1 | all |
|
License: DFSG free
|
pvclust è un pacchetto per valutare il grado di incertezza in analisi di
cluster gerarchici. Fornisce p-value AU (Approximately Unbiased), oltre a
valori BP (probabilità bootstrap) calcolati mediante ricampionamento
bootstrap multiscala.
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r-cran-qtl
pacchetto GNU R per analisi di linkage dei marcatori genetici
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Versions of package r-cran-qtl |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.44-9-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 1.70-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.58-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.70-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.33-7-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.40-8-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.47-9-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package r-cran-qtl: |
devel | lang:r, library |
field | biology, statistics |
role | app-data |
suite | gnu |
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License: DFSG free
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R/qtl è un ambiente estensibile e interattivo per mappare loci per tratti
quantitativi (QTL) in incroci sperimentali. È implementato come un
pacchetto aggiuntivo per il linguaggio/software statistico R che è
liberamente disponibile e largamente usato (vedere http://www.r-project.org).
Lo sviluppo di questo software come componente aggiuntivo per R permette di
sfruttare le funzioni matematiche e statistiche di base e le potenti
capacità di creazione di grafici che sono fornite con R. Inoltre l'utente
trae beneficio dall'integrazione perfetta del software di mappatura QTL in
un programma di analisi statistica generica. Lo scopo è di rendere i
complessi metodi di mappatura QTL disponibili ad una vasta utenza e di
permettere agli utenti di concentrarsi sulla creazione dei modelli
piuttosto che sul calcolo.
Un componente chiave dei metodi di calcolo per la mappatura QTL è la
tecnologia dei modelli di Markov nascosti (HMM) per gestire dati genotipici
mancanti. Sono stati implementati i principali algoritmi HMM con gestione
della presenza di errori nel genotipo, per reincroci, interincroci e
incroci a quattro vie con fase nota.
La versione attuale di R/qtl include funzionalità per stimare mappe
genetiche, identificare errori nel genotipo ed effettuare scansioni del
genoma per QTL singoli e scansioni del genoma bidimensionali per due QTL,
usando mappature di intervalli (con l'algoritmo EM), regressione di
Haley-Knott e imputazione multipla. Tutto questo può essere fatto in
presenza di covariate (come sesso, età o trattamento). È anche possibile
adattare modelli QTL di ordine più alto usando l'imputazione multipla.
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r-cran-vegan
pacchetto per ecologia delle comunità per R
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Versions of package r-cran-vegan |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2.0-10-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 2.5-4+dfsg-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 2.6-4+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 2.4-2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.6-8+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.6-8+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 2.5-7+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
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License: DFSG free
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Pacchetto R per i ricercatori nel campo dell'ecologia delle comunità.
Contiene la maggior parte delle analisi multivariate necessarie per
analizzare comunità ecologiche, e strumenti per analisi della diversità. La
maggior parte dei metodi delle diversità hanno come assunto che i dati
siano conteggi di individui.
Questi strumenti sono a volte usati al di fuori del campo dell'ecologia, ad
esempio per studiare popolazioni di globuli bianchi o di molecole di RNA.
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r-other-mott-happy.hbrem
pacchetto GNU R per mappatura fine di malattie complesse
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Versions of package r-other-mott-happy.hbrem |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2.4-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 2.4-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 2.4-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.4-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.4-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.4-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
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Happy è un'interfaccia R al pacchetto C HAPPY per la mappatura fine di QTL
(Quantitative Trait Loci) in HS (Heterogenous Stocks). Un HS è un incrocio
avanzato all'interno di (solitamente otto) ceppi inbred fondatori di topi.
Gli HS sono adatti per la mappatura fine di QTL. Usa un'analisi multipunto
che offre miglioramenti significativi della potenza statistica nel
rilevamento di QTL rispetto a quello ottenuto da associazioni a singolo marker.
Il pacchetto happy è un'estensione del programma C happy originale; usa il
codice C per calcolare la probabilità di discendenza da ciascuno dei
fondatori per ogni posizione di locus, ma il pacchetto happy permette una
gamma molto più ricca di modelli con cui fare il fit dei dati.
Per una spiegazione più dettagliata leggere
/usr/share/doc/r-other-mott-happy/README.Debian
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raster3d
strumenti per generare immagini di proteine o di altre molecole
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Versions of package raster3d |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 3.0-7-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 3.0-3-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.0-3-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 3.0-7-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 3.0-3-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 3.0-7-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.0-7-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package raster3d: |
field | biology, biology:structural |
interface | commandline |
role | program |
scope | application |
use | converting, viewing |
works-with | 3dmodel, image, image:raster |
works-with-format | jpg, png |
|
License: DFSG free
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Raster3D è un insieme di strumenti per generare immagini raster di alta
qualità di proteine o di altre molecole. Il programma principale fa il
rendering di superfici di sfere, triangoli, cilindri e quadriche con
punti luce riflessi, Phong shading e ombreggiature. Usa un algoritmo
Z-buffer software efficiente che è indipendente da ogni hardware grafico.
Programmi ausiliari elaborano coordinate atomiche da file PDB in
descrizioni di rendering per immagini composte da nastri, atomi che
riempono lo spazio, legami, sfere e stecche, ecc. Raster3D può
anche essere usato per fare il rendering di immagini composte in altri
programmi come Molscript in glorioso 3D con effetto luci, ombreggiatura,
ecc. L'output è composto da file di immagini di pixel con 24 bit di
informazioni sul colore per pixel.
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readseq
conversione tra formati di sequenze
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Versions of package readseq |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1-11 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1-13 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package readseq: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | converting |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Legge e scrive sequenze nucleiche/proteiche in vari formati. I file
dati possono avere sequenze multiple. Readseq è particolarmente utile
dato che rileva automaticamente e fa conversioni tra molti formati di
sequenza.
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rnahybrid
predizione veloce ed efficace di doppiette microRNA/obiettivo
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Versions of package rnahybrid |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.1.2-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.1.2-1 | amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.1.1-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 2.1.2-8 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.1.2-8 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.1.2-7 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.1.2-6 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package rnahybrid: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing |
|
License: DFSG free
|
RNAhybrid è uno strumento per trovare l'ibridizzazione con minore energia
libera di un lungo filamento di RNA con uno corto. L'ibridizzazione viene
fatta in una sorta di modalità a domini, cioè la sequenza corta viene
ibridizzata con la parte che meglio corrisponde nella sequenza lunga. Lo
strumento è pensato principalmente come mezzo per predire le sequenze
obiettivo di microRNA.
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rtax
classificazione di letture di sequenze di geni per RNA ribosomiale 16S
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Versions of package rtax |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 0.984-7 | all |
jessie | 0.984-2 | all |
buster | 0.984-6 | all |
stretch | 0.984-5 | all |
sid | 0.984-8 | all |
trixie | 0.984-8 | all |
bookworm | 0.984-8 | all |
|
License: DFSG free
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Le tecnologie a letture corte per la profilazione di comunità microbiche
sono sempre più popolari, eppure le tecniche passate per assegnazioni
tassonomiche a letture paired-end hanno prestazioni non buone. RTAX
fornisce assegnazioni tassonomiche rapide di letture paired-end che usano
un algoritmo di consenso.
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samtools
elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM
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Versions of package samtools |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.1.19-1 | amd64,armhf,i386 |
buster | 1.9-4 | amd64,arm64,armhf |
stretch-backports | 1.7-2~bpo9+1 | amd64,arm64,armel,armhf,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.11-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.16.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.20-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.20-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
experimental | 1.21-0+exp1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1.3.1-3 | amd64,arm64,armel,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
upstream | 1.21 |
Debtags of package samtools: |
field | biology |
interface | commandline |
network | client |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | ncurses |
use | analysing, calculating, filtering |
works-with | biological-sequence |
|
License: DFSG free
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Samtools è un insieme di utilità che manipolano allineamenti di sequenze di
nucleotidi nel formato binario BAM. Importa ed esporta nei formati SAM
(Sequence Alignment/Map - allineamento/mappa di sequenze) e CRAM ASCII,
effettua ordinamenti, unioni e indicizzazioni e permette di rintracciare
letture in qualsiasi regione in modo veloce. È stato progettato per
funzionare su flussi di dati ed è in grado di aprire un file BAM o CRAM
(non SAM) su un server FTP o HTTP remoto.
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seqan-apps
libreria C++ per l'analisi di sequenze biologiche
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Versions of package seqan-apps |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.4.0+dfsg-11 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch-backports | 2.4.0+dfsg-11~bpo9+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.4.0+dfsg-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
experimental | 2.5.0~rc3+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.3.1+dfsg-4 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.4.0+dfsg-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.4.0+dfsg-16 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.4.0+dfsg-16 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.4.1+dfsg-2 | amd64,armhf,i386 |
Debtags of package seqan-apps: |
devel | library |
|
License: DFSG free
|
SeqAn è una libreria di template C++ di algoritmi e strutture dati
efficienti per l'analisi di sequenze, pensata principalmente per i dati
biologici. Questa libreria applica un modello progettuale generico unico
che garantisce alte prestazioni, generalità, estensibilità e integrazione
con le altre librerie. SeqAn è facile da usare e semplifica lo sviluppo di
nuovi strumenti software con minime perdite in termini di prestazioni.
Questo pacchetto contiene le applicazioni dfi, pair_align, micro_razers,
seqan_tcoffee, seqcons, razers e tree_recon.
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sibsim4
allinea sequenze RNA espresse su un modello DNA
|
Versions of package sibsim4 |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.20-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 0.20-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.20-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 0.20-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 0.20-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 0.20-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0.20-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package sibsim4: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | comparing, searching |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Il progetto SIBsim4 si basa su sim4, che è un programma progettato per
allineare una sequenza DNA espressa con una sequenza genomica,
permettendo la presenza di introni. SIBsim4 è una riscrittura piuttosto
estesa del codice originale con in mente i seguenti obiettivi:
- miglioramento della velocità;
- possibilità di usare grandi, dell'ordine di cromosomi, sequenze di
DNA;
- output più dettagliato sui tipi di splicing;
- output più dettagliato sui siti polyA;
- varie correzioni e ripuliture del codice.
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sigma-align
semplici allineamenti multipli "greedy" di sequenze di DNA non codificante
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Versions of package sigma-align |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 1.1.3-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.1.3-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.1.3-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.1.3-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.1.3-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.1.3-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.1.3-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package sigma-align: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
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Sigma ("Simple greedy multiple alignment") è un programma per allineamenti.
Il suo algoritmo e lo schema dei punteggi sono progettati specificatamente
per le sequenze non codificanti di DNA.
Usa una strategia di ricerca del miglior allineamento locale possibile
senza gap. Questo succede ad ogni passo creando il miglior allineamento
possibile che sia coerente con gli allineamenti esistenti. Assegna un
punteggio alla significatività dell'allineamento in base alla lunghezza dei
frammenti allineati e ad un modello di fondo. Questi possono essere forniti
* stimati da un file ausiliario di DNA intergenico.
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sim4
strumento per allineare cDNA e DNA genomico
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Versions of package sim4 |
Release | Version | Architectures |
buster | 0.0.20121010-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
trixie | 0.0.20121010-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 0.0.20121010-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 0.0.20121010-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.0.20121010-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.0.20121010-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 0.0.20121010-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package sim4: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | comparing, searching |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
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sim4 è uno strumento che si basa su criteri di somiglianza per allineare
sequenze di DNA espresse (EST, cDNA, mRNA) con sequenze genomiche per un
gene. Rileva anche le sequenze di fine quando due sequenze si sovrappongono
ad una estremità (cioè l'inizio di una sequenza si sovrappone alla fine di
un'altra).
sim4 utilizza una tecnica basata su "blast" per determinare dapprima i
blocchi di corrispondenza di base che rappresentano i nuclei centrali degli
esoni. In questa prima fase, rileva tutte le possibili corrispondenze
esatte di N-meri (cioè parole di DNA di dimensione N) tra le due sequenze e
le estende a segmenti ininterrotti con il punteggio massimo. Nella seconda
fase, i nuclei degli esoni vengono estesi nei frammenti adiacenti ancora
senza corrispondenze usando algoritmi di allineamento "greedy" e vengono
utilizzati metodi euristici per favorire le configurazioni che sono
conformi ai segnali di riconoscimento dei siti di splicing (GT-AG, CT-AC).
Se necessario il processo viene ripetuto sui frammenti senza
corrispondenze, con parametri meno stringenti.
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smalt
strumento per mappatura e allineamento di sequenze
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Versions of package smalt |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 0.7.6-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.7.6-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.7.6-8 | amd64,arm64,armhf |
stretch | 0.7.6-6 | amd64,arm64,armel,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
jessie | 0.7.6-4 | amd64,armhf,i386 |
sid | 0.7.6-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 0.7.6-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
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SMALT allinea in modo efficiente letture di sequenziamenti di DNA con un
genoma di riferimento. Le letture da una vasta gamma di piattaforme di
sequenziamento, per esempio Illumina, Roche-454, Ion Torrent, PacBio o
ABI-Sanger, possono essere elaborate incluse letture accoppiate.
Il software utilizza un indice di hash perfetto di brevi parole (lunghezza
< 20 nucleotidi), campionate a intervalli equidistanti lungo le sequenze
genomiche di riferimento.
Per ogni lettura, i segmenti nel riferimento che potenzialmente
corrispondono vengono identificati a partire da corrispondenze con "seed"
nell'indice e successivamente vengono allineati con la lettura usando un
algoritmo Smith-Waterman a bande.
Vengono riportati i migliori allineamenti con gap di ciascuna lettura,
incluso un punteggio per l'affidabilità dell'allineamento migliore.
L'utente può regolare il compromesso tra sensibilità e velocità, regolando
la lunghezza e la spaziatura fra le parole di cui viene fatto l'hash.
È fornita una modalità per l'identificazione delle letture divise
(chimere). È gestita l'esecuzione del programma in modalità multi-thread.
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snap
posizione di geni da sequenze di DNA con modelli di Markov nascosti
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Versions of package snap |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2013-11-29-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2013-11-29-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2013-11-29-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2013-11-29-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2013-11-29-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2013-11-29-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2013-11-29-9 | amd64,arm64,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
SNAP è un programma generico per trovare geni, per i genomi sia di
eucarioti sia di procarioti. SNAP è un acronimo di Semi-HMM-based Nucleic
Acid Parser (analizzatore di acidi nucleici semi-basato su modelli
semi-markoviani nascosti).
|
|
soapdenovo
metodo per assemblaggio di letture corte per costruire assemblati bozza de novo
|
Versions of package soapdenovo |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.05-3 | amd64 |
sid | 1.05-6 | amd64 |
trixie | 1.05-6 | amd64 |
bookworm | 1.05-6 | amd64 |
bullseye | 1.05-6 | amd64 |
buster | 1.05-5 | amd64 |
jessie | 1.05-2 | amd64 |
|
License: DFSG free
|
SOAPdenovo è un nuovo metodo per assemblaggio di sequenze corte che può
creare una bozza di assemblaggio de novo per genomi di dimensioni come
quelle umane. Il programma è specificamente progettato per assemblare
sequenze corte Illumina GA.
Crea nuove opportunità per creare sequenze di riferimento ed effettuare
analisi accurate di genomi inesplorati in un modo efficiente dal punto di
vista dei costi.
Questa versione non è più mantenuta, considerare l'utilizzo di soapdenovo2.
Please cite:
Ruiqiang Li, Hongmei Zhu, Jue Ruan, Wubin Qian, Xiaodong Fang, Zhongbin Shi, Yingrui Li, Shengting Li, Gao Shan, Karsten Kristiansen, Songgang Li, Huanming Yang, Jian Wang and Jun Wang:
De novo assembly of human genomes with massively parallel short read sequencing.
(PubMed,eprint)
Genome Research
20(2):265-72
(2009)
|
|
soapdenovo2
metodo per assemblaggio di letture corte per costruire assemblati bozza de novo
|
Versions of package soapdenovo2 |
Release | Version | Architectures |
buster | 241+dfsg-3 | amd64 |
trixie | 242+dfsg-4 | amd64 |
sid | 242+dfsg-4 | amd64 |
bookworm | 242+dfsg-3 | amd64 |
bullseye | 242+dfsg-1 | amd64 |
stretch | 240+dfsg1-2 | amd64 |
jessie | 240+dfsg-2 | amd64 |
|
License: DFSG free
|
SOAPdenovo è un nuovo metodo per assemblaggio di sequenze corte che può
creare una bozza di assemblaggio de novo per genomi di dimensioni come
quelle umane. Il programma è specificamente progettato per assemblare
sequenze corte Illumina GA.
Crea nuove opportunità per creare sequenze di riferimento ed effettuare
analisi accurate di genomi inesplorati in un modo efficiente dal punto di
vista dei costi.
Please cite:
Ruibang Luo, Binghang Liu, Yinlong Xie, Zhenyu Li, Weihua Huang, Jianying Yuan, Guangzhu He, Yanxiang Chen, Qi Pan, Yunjie Liu, Jingbo Tang, Gengxiong Wu, Hao Zhang, Yujian Shi, Yong Liu, Chang Yu, Bo Wang, Yao Lu, Changlei Han, David W Cheung, Siu-Ming Yiu, Shaoliang Peng, Zhu Xiaoqian, Guangming Liu, Xiangke Liao, Yingrui Li, Huanming Yang, Jian Wang, Tak-Wah Lam and Jun Wang:
SOAPdenovo2: an empirically improved memory-efficient short-read de novo assembler.
Giga Science
1(1):18
(2012)
|
|
sra-toolkit
utilità per Sequence Read Archive di NCBI
|
Versions of package sra-toolkit |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 3.0.3+dfsg-6~deb12u1 | amd64,arm64 |
sid | 3.0.9+dfsg-7 | amd64,arm64 |
trixie | 3.0.9+dfsg-7 | amd64,arm64 |
buster | 2.9.3+dfsg-1 | amd64 |
bullseye | 2.10.9+dfsg-2 | amd64 |
stretch | 2.8.1-2+dfsg-2 | amd64,i386 |
jessie | 2.3.5-2+dfsg-1 | amd64,i386 |
upstream | 3.1.1 |
|
License: DFSG free
|
Strumenti per leggere l'archivio SRA, generalmente convertendo singole
corse in alcuni formati comunemente usati come fastq.
In questo rilascio sono forniti gli strumenti per dump testuali "sra-dump"
e "vbd-dump", per aiutare nell'ispezione a vista. È probabile che
l'effettiva formattazione del loro output venga in futuro modificata in una
rappresentazione più stringente e formalizzata. NON FARE AFFIDAMENTO SUL
FORMATO DI OUTPUT VISTO IN QUESTO RILASCIO.
Altri strumenti distribuiti in questo pacchetto:
abi-dump, abi-load
align-info
bam-load
cache-mgr
cg-load
copycat
fasterq-dump
fastq-dump, fastq-load
helicos-load
illumina-dump, illumina-load
kar
kdbmeta
latf-load
pacbio-load
prefetch
rcexplain
remote-fuser
sff-dump, sff-load
sra-pileup, sra-sort, sra-stat, srapath
srf-load
test-sra
vdb-config, vdb-copy, vdb-decrypt, vdb-encrypt, vdb-get, vdb-lock,
vdb-passwd, vdb-unlock, vdb-validate
Le informazioni dell'"Aiuto" verranno migliorate nei prossimi rilasci e le
opzioni per gli strumenti verranno standardizzate tra gli insiemi.
Ulteriore documentazione verrà anche fornita sul sito web dell'NCBI.
Nel prossimo rilascio le opzioni per gli strumenti potrebbero essere
modificate. La versione 1 delle opzioni per gli strumenti continuerà ad
essere gestita ovunque sia possibile, per preservare il funzionamento degli
script esistenti.
Please cite:
Rasko Leinonen, Ruth Akhtar, Ewan Birney, James Bonfield, Lawrence Bower, Matt Corbett, Ying Cheng, Fehmi Demiralp, Nadeem Faruque, Neil Goodgame, Richard Gibson, Gemma Hoad, Christopher Hunter, Mikyung Jang, Steven Leonard, Quan Lin, Rodrigo Lopez, Michael Maguire, Hamish McWilliam, Sheila Plaister, Rajesh Radhakrishnan, Siamak Sobhany, Guy Slater, Petra Ten Hoopen, Franck Valentin, Robert Vaughan, Vadim Zalunin, Daniel Zerbino and Guy Cochrane:
Improvements to services at the European Nucleotide Archive.
(PubMed,eprint)
Nucleic Acids Research
38(Database issue):D39-45
(2010)
|
|
ssake
applicazione genomica per assemblare milioni di cortissime sequenze di DNA
|
Versions of package ssake |
Release | Version | Architectures |
jessie | 3.8.2-1 | all |
sid | 4.0.1-2 | all |
trixie | 4.0.1-2 | all |
bookworm | 4.0.1-1 | all |
bullseye | 4.0-3 | all |
buster | 4.0-2 | all |
stretch | 3.8.4-1 | all |
Debtags of package ssake: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology |
interface | shell |
role | program |
scope | utility |
use | analysing |
|
License: DFSG free
|
SSAKE (Short Sequence Assembly by K-mer search and 3′ read Extension,
assemblaggio di sequenze corte con ricerca di K-meri ed estensione per
lettura 3') è un'applicazione genomica per assemblare in modo aggressivo
milioni di corte sequenze di nucleotidi cercando progressivamente
k-meri all'estremità 3' perfetti usando un albero di prefissi di DNA. SSAKE
è progettato per aiutare a sfruttare le informazioni provenienti dalla
lettura di corte
sequenze riunendole in maniera stringente in frammenti continui che possono
essere usati per caratterizzare innovativi target di sequenziamento.
Topics: Sequence assembly
|
|
staden-io-lib-utils
programmi per manipolare file di sequenziamento del DNA
|
Versions of package staden-io-lib-utils |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.15.0-1.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1.14.8-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.14.11-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
trixie | 1.15.0-1.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.14.13-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.14.15-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.13.7-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package staden-io-lib-utils: |
biology | nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing |
|
License: DFSG free
|
io_lib dal pacchetto Staden è una libreria di codice per leggere e scrivere
file allo scopo di fornire un'interfaccia per la lettura di file di
tracciamento (e file esperimento) di scopo generale. È stata compilata e
testata su diversi sistemi Unix, MacOS X e MS Windows.
Questo pacchetto contiene i programmi che sono distribuiti con io_lib di
Staden per la manipolazione e la conversione di file di dati di
sequenziamento, e in particolare di file per manipolare letture corte
generate da sequenziatori di seconda e terza generazione e memorizzate in
formato SRF.
|
|
t-coffee
allineamento di sequenze multiple
|
Versions of package t-coffee |
Release | Version | Architectures |
sid | 13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 12.00.7fb08c2-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
trixie | 13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 13.41.0.28bdc39+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 11.00.8cbe486-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 11.00.8cbe486-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package t-coffee: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
T-Coffee è un pacchetto per allineamenti di sequenze multiple. Dato un
insieme di sequenze (proteiche o di DNA), T-Coffee genera un allineamento
di sequenze multiple. La versione 2.00 e le successive possono mescolare
sequenze e strutture.
T-Coffee permette di combinare una raccolta di allineamenti multipli/di
coppie, globali o locali, in un singolo modello. Permette anche di stimare
il livello di coerenza di ogni posizione all'interno del nuovo allineamento
rispetto agli altri allineamenti. Si veda pre-print per maggiori informazioni.
T-Coffee ha una versione speciale, che si chiama M-Coffee, che rende
possibile combinare l'output di molti pacchetti di allineamento di sequenze
multiple. Nella sua versione pubblicata, usa MUSCLE, PROBCONS, POA,
DiAlign-TS, MAFFT, Clustal W, PCMA e T-Coffee. Per Debian è stata creata
una versione speciale, DM-Coffee, che usa solo software libero rimpiazzando
Clustal W con Kalign. Usare gli 8 metodi forniti da M-Coffee può a volte
essere un po' pesante; se si preferisce si può usare un sottoinsieme con i
propri metodi preferiti.
|
|
tabix
indicizzatore generico per file di posizioni del genoma delimitate da TAB
|
Versions of package tabix |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.9-12~deb10u1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.3.2-2 | amd64,arm64,armel,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
stretch-backports | 1.7-2~bpo9+1 | amd64,arm64,armel,armhf,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.1-1 | amd64,armel,i386 |
bullseye | 1.11-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.16+ds-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.20+ds-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.20+ds-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
experimental | 1.21+ds-0+exp2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 0.2.6-2 | armhf |
upstream | 1.21 |
Debtags of package tabix: |
role | program |
works-with-format | html |
|
License: DFSG free
|
Tabix indicizza i file in cui alcune colonne indicano coordinate di
sequenze: nome (solitamente un cromosoma), inizio e fine. Il file di dati
di input deve essere ordinato in base alla posizione e compresso con bgzip
(fornito in questo pacchetto), che ha un'interfaccia simile a gzip. Dopo
l'indicizzazione, tabix è in grado di recuperare velocemente righe di dati
in base alle coordinate cromosomiche. Il veloce recupero dei dati funziona
anche via rete se viene fornito un URI come nome di file.
Questo pacchetto è compilato dai sorgenti di HTSlib e fornisce gli
strumenti bgzip, htsfile e tabix.
|
|
theseus
sovrappone macromolecole usando la massima verosimiglianza
|
Versions of package theseus |
Release | Version | Architectures |
stretch | 3.3.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 3.0.0-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 3.3.0-8 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 3.3.0-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.3.0-14 | amd64,i386 |
trixie | 3.3.0-14 | amd64,i386 |
sid | 3.3.0-14 | amd64,i386 |
Debtags of package theseus: |
biology | peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics, biology:structural |
interface | commandline |
role | program |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Theseus è un programma che sovrappone simultaneamente strutture
macromolecolari multiple. Trova la soluzione ottimale al problema della
sovrapposizione usando il metodo della massima verosimiglianza. Dando meno
peso alle regioni variabili della sovrapposizione e apportando correzioni
in base alle correlazioni tra gli atomi, il metodo della massima
verosimiglianza per la sovrapposizione produce allineamenti strutturali
molto accurati.
Quando vengono sovrapposte macromolecole con differenti sequenze di
residui, gli altri programmi ed algoritmi non tengono conto dei residui
allineati con gap. Theseus, invece, usa un algoritmo di sovrapposizione
innovativo che include tutti i dati.
|
|
tigr-glimmer
rilevamento di geni in archibatteri e batteri
|
Versions of package tigr-glimmer |
Release | Version | Architectures |
jessie | 3.02-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 3.02b-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.02b-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 3.02b-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.02b-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.02b-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 3.02b-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package tigr-glimmer: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | searching |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Questo software, sviluppato dall'istituto TIGR, rileva sequenze codificanti
in batteri e archibatteri.
Glimmer è un sistema per trovare geni nel DNA microbico, specialmente nel
genoma di batteri e archibatteri. Glimmer (Gene Locator and Interpolated
Markov Modeler) usa modelli di Markov interpolati (IMM) per identificare le
regioni codificanti e per distinguerle dal DNA non codificante.
|
|
tree-ppuzzle
ricostruzione in parallelo di alberi filogenetici con il metodo della massima verosimiglianza
|
Versions of package tree-ppuzzle |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 5.3~rc16+dfsg-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 5.3~rc16+dfsg-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 5.2-11 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 5.3~rc16+dfsg-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 5.2-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 5.2-7 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 5.3~rc16+dfsg-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package tree-ppuzzle: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
TREE-PUZZLE (nuovo nome di PUZZLE) è un programma interattivo per console
che implementa un veloce algoritmo di ricerca di alberi chiamato "quartet
puzzling" che permette l'analisi di grandi insiemi di dati e che assegna
automaticamente stime di verosimiglianza per ciascun ramo interno.
TREE-PUZZLE calcola anche la massima distanza verosimile per coppie di
elementi, nonché la lunghezza di rami per alberi specificati dall'utente.
Le lunghezze dei rami possono anche essere calcolate in base all'ipotesi
dell'orologio molecolare. In aggiunta, TREE-PUZZLE offre un metodo nuovo,
la mappatura di verosimiglianza, per studiare la verosimiglianza di un ramo
interno ipotizzato senza calcolare un albero totale e per visualizzare il
contenuto filogenetico di un allineamento di sequenze.
Questa è la versione in parallelo di tree-puzzle.
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tree-puzzle
ricostruzione di alberi filogenetici con il metodo della massima verosimiglianza
|
Versions of package tree-puzzle |
Release | Version | Architectures |
sid | 5.3~rc16+dfsg-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 5.3~rc16+dfsg-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 5.3~rc16+dfsg-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 5.3~rc16+dfsg-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 5.2-11 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 5.2-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 5.2-7 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package tree-puzzle: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
TREE-PUZZLE (nuovo nome di PUZZLE) è un programma interattivo per console
che implementa un veloce algoritmo di ricerca di alberi chiamato "quartet
puzzling" che permette l'analisi di grandi insiemi di dati e che assegna
automaticamente stime di verosimiglianza per ciascun ramo interno.
TREE-PUZZLE calcola anche la massima distanza verosimile per coppie di
elementi, nonché la lunghezza di rami per alberi specificati dall'utente.
Le lunghezze dei rami possono anche essere calcolate in base all'ipotesi
dell'orologio molecolare. In aggiunta, TREE-PUZZLE offre un metodo nuovo,
la mappatura di verosimiglianza, per studiare la verosimiglianza di un ramo
interno ipotizzato senza calcolare un albero totale e per visualizzare il
contenuto filogenetico di un allineamento di sequenze.
|
|
vcftools
raccolta di strumenti per lavorare con file VCF
|
Versions of package vcftools |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.1.12+dfsg-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 0.1.16-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 0.1.16-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.1.16-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.1.16-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.1.16-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 0.1.14+dfsg-4+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie-security | 0.1.12+dfsg-1+deb8u1 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package vcftools: |
role | program |
|
License: DFSG free
|
VCFtools è un pacchetto di programmi progettato per lavorare con file VCF,
come quelli generati dal 1000 Genomes Project. Lo scopo di VCFtools è
quello di fornire metodi per lavorare con file VCF: validare, unire,
confrontare e calcolare alcune statistiche di base di genetica di popolazione.
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
Please cite:
Petr Danecek, Adam Auton, Goncalo Abecasis, Cornelis A. Albers, Eric Banks, Mark A. DePristo, Robert E. Handsaker, Gerton Lunter, Gabor T. Marth, Stephen T. Sherry, Gilean McVean and Richard Durbin:
The variant call format and VCFtools.
(PubMed,eprint)
Bioinformatics
27(15):2156-8
(2011)
|
|
velvet
assemblatore di sequenze di acidi nucleici da sequenze molto corte
|
Versions of package velvet |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.2.10+dfsg1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.2.10+dfsg1-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 1.2.10+dfsg1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.2.10+dfsg1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.2.10+dfsg1-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.2.10+dfsg1-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.2.10+dfsg1-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package velvet: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
use | analysing |
|
License: DFSG free
|
Velvet è un assemblatore genomico de novo progettato specificatamente per
le tecnologie di sequenziamento basate su sequenze corte, come Solexa o
454, sviluppato da Daniel Zerbino e Ewan Birney all'European Bioinformatics
Institute (EMBL-EBI), vicino a Cambridge, in Gran Bretagna.
Velvet attualmente accetta sequenze molto corte, rimuove errori e poi
produce frammenti contigui unici di alta qualità. Poi usa informazioni
sulle paired-read, se disponibili, per recuperare le aree ripetute tra i
vari frammenti contigui.
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veryfasttree
velocizzazione della stima di alberi filogenetici da sequenze
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Versions of package veryfasttree |
Release | Version | Architectures |
trixie | 4.0.4+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 4.0.4+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
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License: DFSG free
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VeryFastTree è un'implementazione altamente efficiente, ispirata allo
strumento FastTree-2, progettata per velocizzare l'inferenza di alberi
filogenetici approssimatamente per massima verosimiglianza a partire da
allineamenti di sequenze nucleotidiche o di proteine. È un'implementazione
ottimizzata progettata per accelerare la stima di filogenie per
allineamenti vasti. Sfruttando strategie di parallelizzazione e
vettorizzazione, VeryFastTree migliora significativamente le prestazioni e
la scalabilità di analisi filogenetiche, permettendo di costruire alberi
filogenetici in una frazione del tempo richiesto in precedenza.
Mantenendo l'integrità di FastTree-2, VeryFastTree mantiene le stesse fasi,
metodi ed euristiche utilizzati per la stima di alberi filogenetici. Ciò
assicura che l'accuratezza topologica degli alberi prodotti da VeryFastTree
rimanga equivalente a quella di FastTree-2. Inoltre, a differenza della
versione parallela di FastTree-2, VeryFastTree garantisce risultati
deterministici, eliminando ogni potenziale variazione nell'output.
Per facilitare una transizione senza problemi per gli utenti, VeryFastTree
adotta esattamente gli stessi argomenti per la riga di comando di
FastTree-2. Ciò significa che, semplicemente sostituendo FastTree-2 con
VeryFastTree e usando lo stesso insieme di opzioni, gli utenti possono
migliorare significativamente le prestazioni globali delle loro analisi
filogenetiche.
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wise
confronto tra biopolimeri, come DNA e sequenze proteiche
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Versions of package wise |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.4.1-23 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.4.1-23 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.4.1-17 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.4.1-19 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.4.1-25 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 2.4.1-21 | amd64,arm64,armhf,i386 |
trixie | 2.4.1-25 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package wise: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | comparing |
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License: DFSG free
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Wise2 è un pacchetto incentrato sul confronto tra biopolimeri, tipicamente
sequenze di DNA e proteiche. Ci sono molti altri pacchetti che lo fanno,
tra i quali i più noti sono probabilmente BLAST (dal NCBI) e Fasta (di Bill
Pearson). Ci sono altri pacchetti, come HMMER (Sean Eddy) o SAM (UC Santa
Cruz) che si incentrano su modelli di Markov nascosti (HMM) relativi a
biopolimeri.
Il punto di forza caratteristico di Wise2 è il confronto tra sequenze di
DNA a livello della loro traduzione in proteine. Il confronto permette la
predizione simultanea di, per esempio, strutture di geni con allineamenti
basati sulle omologie.
Wise2 contiene anche altri algoritmi, come il venerando Smith-Waterman
oppure altri più moderni, come l'algoritmo con penalità per i gap di
Stephen Altschul, fino a persino alcuni algoritmi sperimentali sviluppati
all'interno del progetto come dba. Lo sviluppo di questi algoritmi è dovuto
alla facilità di sviluppare algoritmi simili nell'ambiente usato da Wise2.
Wise2 è stato scritto tenendo a mente anche la facilità di riutilizzo e di
gestione. Sebbene sia un pacchetto in puro C, si può accedere alle sue
funzioni direttamente dal Perl. Alcune parti del pacchetto (o tutto il
pacchetto) possono essere usate da altri programmi C o C++ senza conflitti
nello spazio dei nomi dato che tutte le variabili con link esterno hanno
nel nome il prefisso Wise2.
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Debian packages in contrib or non-free
cufflinks
Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq
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Versions of package cufflinks |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.2.1+dfsg.1-10 (non-free) | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 2.2.1+dfsg.1-3 (non-free) | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.2.1+dfsg.1-8 (non-free) | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.2.1+dfsg.1-9 (non-free) | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 2.2.1-3 (non-free) | amd64 |
jessie | 2.2.1-1 (non-free) | amd64 |
sid | 2.2.1+dfsg.1-10 (non-free) | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
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License: non-free
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Cufflinks assembles transcripts, estimates their abundances, and
tests for differential expression and regulation in RNA-Seq samples.
It accepts aligned RNA-Seq reads and assembles the alignments into a
parsimonious set of transcripts. Cufflinks then estimates the
relative abundances of these transcripts based on how many reads
support each one.
This package provides the binary of cufflinks and associated tools, i.e.
compress_gtf, cuffcompare, cuffdiff, cuffmerge, cuffnorm, cuffquant and
gtf_to_sam.
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embassy-phylip
EMBOSS conversions of the programs in the phylip package
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Versions of package embassy-phylip |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.69.660-3 (non-free) | amd64 |
jessie | 3.69.650-2 (non-free) | amd64 |
stretch | 3.69.660-1 (non-free) | amd64 |
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License: non-free
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This package is the adaptation of the PHYLIP package in which its
programs can operate with the biological sequence formats and databases
of the European Molecular Biology Open Software Suite (EMBOSS). The
software packages adapted for EMBOSS are called EMBASSY.
PHYLIP (the PHYLogeny Inference Package) is a package of programs for
inferring phylogenies (evolutionary trees). Methods that are available
in the package include parsimony, distance matrix, and likelihood
methods, including bootstrapping and consensus trees. Data types that
can be handled include molecular sequences, gene frequencies,
restriction sites and fragments, distance matrices, and discrete
characters.
The EMBASSY PHYLIP programs all have the prefix "f" to distinguish them
from the original programs and avoid namespace conflict.
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Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS
bagpipe
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Versions of package bagpipe |
Release | Version | Architectures |
VCS | 2012.02.15-1 | all |
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License: GPL3+
Debian package not available
Version: 2012.02.15-1
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Bagpipe is a program for performing genomewide linkage disequilibrium
mapping of quantitative trait loci in populations whose genome structure
can be accommodated in the HAPPY framework [Mott00]. This includes most
diploid crosses where the founders of the individuals have known genotypes.
- Bagpipe is a simplified and streamlined version of Bagphenotype that
does not currently include resample model averaging (RMA) capabilities.
- Bagpipe can help fit single locus regression models (with or without
random effects) to marker intervals whose genetic ancestry is inferred
using the HAPPY software.
- Bagpipe cannot help you decide what is a sensible model to fit.
- Bagpipe does not currently accommodate populations with significant
population structure, except through the specification of simple random
intercepts based on unpatterned covariance matrices.
- Bagpipe is named after the Scottish wind instrument "the bagpipes" and
after Bagphenotype, which in turn was a PIPEline for BAGging-based
multiple QTL analysis of phenoTYPEs. Bagphenotype was in turn based
on software written by Richard Mott and William Valdar to analyze
heterogeneous stock mice in [Valdar06].
- Bagpipe is experimental software, is provided free of charge subject to
copyleft restrictions, and comes with no guarantees whatsoever.
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