Summary
Cloud
applications bio-informatiques de Debian Med utilisables dans les nuages
Ce méta-paquet installera des paquets Debian liés à biologie moléculaire, à
la biologie structurale et
à la bio-informatique utilisable dans les sciences de la vie, qui ne
dépendent pas de ressources
graphiques et qui ne peuvent donc pas s'adapter sur des images système pour
l'utilisation dans les
grappes de nuages, où l'espace peut être limité.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Med
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the Debian Med mailing list
Links to other tasks
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Debian Med Cloud packages
Official Debian packages with high relevance
abyss
assembleur de séquences de novo parallèles pour les lectures courtes
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Versions of package abyss |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2.2.5+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 2.0.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch-backports | 2.1.5-7~bpo9+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.1.5-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 1.5.2-1 (non-free) | amd64 |
sid | 2.3.10-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
trixie | 2.3.10-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bookworm | 2.3.5+dfsg-2 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
Debtags of package abyss: |
role | program |
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License: DFSG free
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ABySS est un assembleur de séquences de novo parallèles conçu pour les
lectures courtes. Il peut servir à assembler des données de séquences de
génome ou de transcriptome. La parallélisation est permise par MPI, OpenMP
et pthread.
Please cite:
Shaun D. Jackman, Benjamin P. Vandervalk, Hamid Mohamadi, Justin Chu, Sarah Yeo, S. Austin Hammond, Golnaz Jahesh, Hamza Khan, Lauren Coombe, Rene L. Warren and İnanç Birol:
"ABySS 2.0: resource-efficient assembly of large genomes using a Bloom filter".
(PubMed,eprint)
Genome Research
27(5):768-777
(2017)
Topics: Sequence assembly
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acedb-other
Récupération d'ADN ou de séquences de protéines
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Versions of package acedb-other |
Release | Version | Architectures |
stretch | 4.9.39+dfsg.02-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 4.9.39+dfsg.01-5 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 4.9.39+dfsg.02-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 4.9.39+dfsg.02-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 4.9.39+dfsg.02-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 4.9.39+dfsg.02-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package acedb-other: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:bioinformatics |
role | program |
scope | utility |
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License: DFSG free
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Ce paquet rassemble toutes les petites applications qu'acedb regroupe sous
la cible « other » de son Makefile.
efetch: vraisemblablement le raccourci pour « entry fetch » (collecteur
d'entrées en base de données), assemble les informations de séquence des
principales bases de données d'ADN et de protéines.
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aevol
modèle numérique de génétique pour lancer des expériences d'évolution in silico
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Versions of package aevol |
Release | Version | Architectures |
sid | 5.0+ds-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 4.4-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 4.4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 5.0-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 5.0+ds-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 5.0+ds-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 5.0+ds-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
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License: DFSG free
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Aevol est un modèle numérique de génétique : des populations d'organismes
numériques sont assujetties à un processus de sélection et de variation,
qui crée une dynamique Darwinienne.
En modifiant les caractéristiques de sélection (par exemple, la taille de
la population, le type d'environnement, les variations environnementales)
ou de variation (par exemple, les taux de mutation, les taux de
réarrangement chromosomique, les types de réarrangement, le transfert
horizontal), on peut étudier expérimentalement l'impact de ces paramètres
sur la structure d'organismes évolués. En particulier, puisque Aevol
intègre un modèle de génome précis et réaliste, il permet l'étude de
variations structurelles du génome (par exemple, le nombre de gènes, la
synténie, la proportion de séquences de codage).
La plate-forme de simulation est livrée avec un ensemble d'outils pour
l'analyse des phylogénies et la mesure de plusieurs caractéristiques des
organismes et populations au cours de l'évolution.
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alien-hunter
Distribution des motifs d'ordre variable (IVOM) pour identifier l'ADN acquis par transfert horizontal
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Versions of package alien-hunter |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.7-3 | all |
sid | 1.7-10 | all |
trixie | 1.7-10 | all |
bookworm | 1.7-10 | all |
bullseye | 1.7-8 | all |
buster | 1.7-7 | all |
stretch | 1.7-5 | all |
Debtags of package alien-hunter: |
field | biology, biology:structural |
role | program |
scope | utility |
use | analysing |
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License: DFSG free
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Alien_hunter est une application pour la détection des gènes acquis par
transfert horizontal grâce au programme IVOM (Interpolated Variable Order
Motifs). IVOM identifie des biais compositionnels en utilisant la
distribution des motifs d’ordre variable et capture la composition d'une
séquence locale de manière plus fiable que les méthodes à ordre fixe. Les
régions prédites peuvent aussi être analysées dans un HMM (Hidden Markov
Model) à deux états et du second ordre, avec un algorithme de détection du
points de changement, pour optimiser la localisation des liaisons des
régions prédites. Les prédictions (au
format embl) peuvent être chargées automatiquement dans l'afficheur de
génome Artemis, disponible gratuitement sur :
http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/.
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altree
programme pour faire de l'association basée sur la phylogénétique et l'analyse de localisation
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Versions of package altree |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.3.1-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 1.3.1-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1.3.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.3.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.3.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.3.1-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.3.1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package altree: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program, shared-lib |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
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License: DFSG free
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ALTree est conçu pour la détection d'association et de localisation de
sites susceptibles en utilisant des arbres phylogénétiques haplotypes : tout
d'abord il permet une détection d'une association entre le gène candidat et
la maladie, puis de faire des hypothèses sur les loci susceptibles.
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amap-align
alignement multiple de séquences protéiques par appariement
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Versions of package amap-align |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2.2-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 2.2+git20080214.600fc29+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 2.2+git20080214.600fc29+dfsg-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.2+git20080214.600fc29+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.2+git20080214.600fc29+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.2+git20080214.600fc29+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.2-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package amap-align: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
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License: DFSG free
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AMAP est un outil en ligne de commande pour effectuer des alignements
multiples de séquences peptidiques. Il utilise le décodage a posteriori, et
l'alignement par appariement de séquence, au lieu de la méthode
traditionnelle d'alignement progressif. C'est le seul programme permettant
le contrôle de la sensibilité et de la spécificité. Il est basé sur le code
source de ProbCons mais utilise une métrique de précision et élimine la
transformation de cohérence.
L'outil Java de visualisation d’AMAP 2.2 n'est pas encore disponible dans
Debian.
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ampliconnoise
suppression du bruit pour les amplicons PCR séquencés 454
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Versions of package ampliconnoise |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.29-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 1.29-8 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.29-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.29-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 1.29-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.29-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.29-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package ampliconnoise: |
role | program |
|
License: DFSG free
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AmpliconNoise est un ensemble d'applications pour nettoyer les données de
séquences haute fréquence. Il est constitué de trois parties principales :
- Pyronnoise : rassemble les mauvais points en se basant sur un
diagramme de flux ;
- SeqNoise : enlève les mutations de point PCR ;
- Perseus : enlève les chimères PCR sans avoir besoin d'un ensemble de
séquences de références.
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anfo
aligneur/mappeur de lectures courtes à partir de MPG
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Versions of package anfo |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 0.98-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.98-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 0.98-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.98-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 0.98-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
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License: DFSG free
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Anfo est un mappeur dans l'esprit de Soap/Maq/Bowtie, mais sa mise en œuvre
relève plus de BLAST/BLAT. Il est plus utile pour l'alignement de séquences
de lectures où la séquence ADN est quelque peu modifiée (pensez à de
l'ADN ancien ou au traitement au bisulfite) et/ou il existe plus de
divergence entre l'échantillon et la référence, que ces mappeurs rapides
géreront avec élégance (considérant que le génome de référence est manquant,
une variante proche est utilisée en lieu et place).
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aragorn
détection ARNt et ARNtm dans les séquences de nucléotides
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Versions of package aragorn |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.2.38-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.2.38-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.2.38-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.2.38-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.2.36-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1.2.41-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.2.41-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
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License: DFSG free
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Le programme utilise des algorithmes heuristiques pour prédire les structures
secondaires d'ARNt, basés sur l'homologie avec des séquences consensus
d'ARNt reconnues et sur la faculté de former des paires de base en feuille de
trèfle.
Les gènes ARNtm sont identifiés en utilisant une version modifiée du programme
BRUCE.
Topics: Functional, regulatory and non-coding RNA
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arden
contrôle de spécificité pour les alignements de lecture utilisant une référence artificielle
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Versions of package arden |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.0-3 | all |
jessie | 1.0-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1.0-6 | all |
trixie | 1.0-6 | all |
bookworm | 1.0-5 | all |
bullseye | 1.0-5 | all |
buster | 1.0-4 | all |
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License: DFSG free
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ARDEN (estimation de faux positifs dans des données NGS déterminée par
référence artificielle) est un étalonnage novateur qui estime les taux
d'erreur basés sur des lectures expérimentales réelles et un génome de
référence artificiel généré en supplément. Il permet le calcul de taux
d'erreur spécifiquement pour un ensemble de données et la construction d'une
courbe ROC. Toutefois, il peut être utilisé pour optimiser des paramètres
pour des mappeurs de lecture, pour sélectionner des mappeurs de lecture pour
un problème spécifique mais aussi pour filtrer des alignements basés sur une
estimation de qualité.
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autodock
Analyse de liaison de ligand à la structure d'une protéine
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Versions of package autodock |
Release | Version | Architectures |
stretch | 4.2.6-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 4.2.6-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 4.2.6-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 4.2.6-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 4.2.6-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 4.2.6-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 4.2.6-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package autodock: |
field | biology, biology:structural |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing |
works-with | 3dmodel |
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License: DFSG free
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Autodock est un des programmes principaux d'amarrage moléculaire (docking)
de ligands de faible poids moléculaire à des récepteurs protéiques. Dans
les versions précédentes le ligand était complètement flexible tandis que
la protéine était rigide. La version 4 permet de considérer la protéine de
manière partiellement flexible pour les chaînes latérales de résidus de
surface sélectionnés en prenant en compte les rotamères.
Le programme AutoDock réalise l'amarrage moléculaire de ligands en
utilisant des grilles pré-calculées qui décrivent la protéine cible en
terme de préférence spatiale physico-chimique. AutoGrid pré-calcule ces
grilles.
The package is enhanced by the following packages:
autogrid
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autodock-vina
chargement de petites molécules jusqu'aux protéines
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Versions of package autodock-vina |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.2.5-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.1.2-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.1.2-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.1.2-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.1.2-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.2.3-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.2.5-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
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License: DFSG free
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AutoDock Vina est un programme pour la découverte de médicaments, le
chargement de molécules et l'affichage virtuel des bibliothèques de
composés. Il
offre des capacités multicœurs, de bonnes performances, une précision améliorée
et est facile d'utilisation.
Le même institut développe également autodock, qui est très utilisé.
O. Trott, A. J. Olson, AutoDock Vina : improving the speed and accuracy
of docking with a new scoring function, efficient optimization and
multithreading, Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461
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autogrid
Pré-calculer les liaisons de ligands à leur récepteur
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Versions of package autogrid |
Release | Version | Architectures |
stretch | 4.2.6-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 4.2.6-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 4.2.6-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 4.2.6-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 4.2.6-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 4.2.6-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 4.2.6-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package autogrid: |
field | biology, biology:structural |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing |
works-with | 3dmodel |
|
License: DFSG free
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AutoDockSuite permet l'analyse de l'amarrage de molécules de faible poids
moléculaire à des récepteurs dont la structure tri-dimensionnelle est connue.
Le programme AutoGrid crée les grilles calculées en prévision de l'amarrage
moléculaire de ligands à des grilles qui décrivent l'effet de
l'environnement créé par la protéine sur des sondes moléculaires
ponctuelles, chargées ou non, permettant de décrire les différents types
d'interactions intermoléculaires ligand-protéine (charges positives,
négatives, liaisons hydrogènes accepteur, liaisons hydrogènes donneur,
hydrophobe, aliphatique, ...). L'effet de ces forces est ensuite analysé
avec le programme AutoDock.
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bamtools
boîte à outils de manipulation de fichiers BAM (alignement de génomes)
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Versions of package bamtools |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.5.2+dfsg-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.5.2+dfsg-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.4.1+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.5.1+dfsg-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 2.3.0+dfsg-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 2.5.2+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.5.1+dfsg-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
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License: DFSG free
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BamTools facilite l'analyse de recherche et la gestion de données grâce aux
fichiers BAM. Il surmonte les énormes quantités de données produites par
les technologies de séquençage actuelles qui sont généralement stockées
dans des formats binaires compressés difficiles à gérer avec les analyseurs
de textes couramment utilisés dans la recherche en bioinformatique.
BamTools fournit une API C++ pour la prise en charge des fichiers BAM ainsi
qu'une boîte à outils en ligne de commande.
Il s'agit de la boîte à outils en ligne de commande bamtools.
Les commandes bamtools disponibles sont :
− convert : conversion entre BAM et beaucoup d'autres formats ;
− count : affichage du nombre d'alignements dans un ou plusieurs fichiers
BAM ;
− coverage :affichage des statistiques de couverture à partir d'un
fichier d'entrée BAM ;
− filter : filtrage des fichiers BAM selon des critères indiqués par
l'utilisateur ;
− header : affichage des informations d'en-tête BAM ;
− index : création d'index pour un fichier BAM ;
− merge : fusion de plusieurs fichiers BAM en un seul ;
− random : sélection aléatoire d'alignements depuis des fichiers BAM
existants à des fins de test ;
− resolve : résolution de lectures de fins en paires (affichant le
drapeau IsProperPair requis) ;
− revert : suppression des marques dupliquées et restauration des
qualités de base d'origine ;
− sort : tri d'un fichier BAM en suivant certains critères ;
− split : séparation d'un fichier BAM en fonction d'une propriété définie
par l'utilisateur, créant un nouveau fichier BAM en sortie pour chaque
valeur trouvée ;
− stats : affichage de statistiques de base à partir d'un ou plusieurs
fichiers BAM en entrée.
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
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bedtools
suite d'utilitaires pour la comparaison des caractéristiques de génomes
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Versions of package bedtools |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.26.0+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
bookworm | 2.30.0+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.30.0+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.31.1+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.31.1+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 2.27.1+dfsg-4 | amd64,arm64,armhf |
jessie | 2.21.0-1 | amd64,armhf,i386 |
Debtags of package bedtools: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | suite |
use | analysing, comparing, converting, filtering |
works-with | biological-sequence |
|
License: DFSG free
|
Les utilitaires BEDTools permettent de traiter les tâches génomiques ordinaires
telles que trouver les chevauchements de caractéristiques et informatiser les
données. Les utilitaires sont en grande partie basés sur quatre formats de
fichier très utilisés : BED, GFF/GTF, VCF et SAM/BAM. En utilisant BEDTools, il
est possible de développer des enchainements sophistiqués qui répondent à des
questions de recherche en utilisant plusieurs outils séquentiellement.
L'outil groupBy est fourni par le paquet filo.
|
|
bioperl
outils en Perl pour la bio-informatique
|
Versions of package bioperl |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.7.1-2 | all |
jessie | 1.6.924-1 | all |
trixie | 1.7.8-1 | all |
bullseye | 1.7.7-2 | all |
buster | 1.7.2-3 | all |
bookworm | 1.7.8-1 | all |
sid | 1.7.8-1 | all |
Debtags of package bioperl: |
devel | lang:perl, library |
field | biology, biology:bioinformatics |
role | devel-lib, shared-lib |
|
License: DFSG free
|
Le projet Bioperl est un effort coordonné ayant pour but de rassembler des
méthodes utilisées couramment en bio-informatique dans un ensemble de
modules Perl de type CPAN, bien documentés et disponibles librement. Il
est bien accepté dans la communauté et est utilisé dans de nombreux
projets de grande envergure, par exemple Ensembl.
Les paquets recommandés sont requis par certains des exécutables inclus.
Une explication détaillée comprenant les modules spécifiques à Perl se
trouve dans le fichier README.Debian.
Le paquet suggéré améliore les pages de manuel.
Please cite:
Jason E Stajich, David Block, Kris Boulez, Steven E Brenner, Stephen A Chervitz, Chris Dagdigian, Georg Fuellen, James G R Gilbert, Ian Korf, Hilmar Lapp, Heikki Lehvaslaiho, Chad Matsalla, Chris J Mungall, Brian I Osborne, Matthew R Pocock, Peter Schattner, Martin Senger, Lincoln D Stein, Elia Stupka, Mark D Wilkinson and Ewan Birney:
The Bioperl toolkit: Perl modules for the life sciences.
(PubMed,eprint)
Genome Res.
12(10):1611-1618
(2002)
|
|
bioperl-run
scripts d'enveloppe BioPerl
|
Versions of package bioperl-run |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.7.1-3 | all |
jessie | 1.6.9-2 | all |
trixie | 1.7.3-13 | all |
sid | 1.7.3-13 | all |
buster | 1.7.2-4 | all |
bullseye | 1.7.3-6 | all |
bookworm | 1.7.3-9 | all |
Debtags of package bioperl-run: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
|
License: DFSG free
|
Ce paquet fournit des scripts du paquet BioPerl-Run. Il installe également
toutes les applications enveloppables empaquetées dans Debian. Les
applications non libres sont « suggérées » par ce paquet.
|
|
biosquid
utilitaire d'analyse de séquences biologiques
|
Versions of package biosquid |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.9g+cvs20050121-15.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.9g+cvs20050121-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.9g+cvs20050121-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.9g+cvs20050121-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch-backports | 1.9g+cvs20050121-11~bpo9+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.9g+cvs20050121-11 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 1.9g+cvs20050121-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 1.9g+cvs20050121-15.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package biosquid: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | comparing, converting, editing |
|
License: DFSG free
|
BioSQUID est une bibliothèque de routines C pour l'analyse de séquences.
Elle est livrée avec quelques petits programmes pour convertir, afficher
quelques statistiques, manipuler et effectuer d'autres tâches sur des
fichiers de séquence.
BioSQUID s'est d'abord appelée SQUID, mais un paquet Debian nommé Squid (un
serveur mandataire cache) existant déjà, SQUID a été renommé.
Ce paquet fournit certains outils de démonstration des fonctions de la
bibliothèque BioSQUID.
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|
blast2
paquet factice de transition vers ncbi-blast+-legacy
|
Versions of package blast2 |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.8.1-1+deb10u1 | all |
stretch | 2.6.0-1 | all |
jessie | 2.2.26.20120620-8 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package blast2: |
biology | nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
science | calculation |
scope | utility |
use | searching |
works-with | biological-sequence |
|
License: DFSG free
|
Il s'agit d'un paquet factice de transition pour ncbi-blast+-legacy. Il
peut être supprimé en toute sécurité.
The package is enhanced by the following packages:
mcl
|
|
bowtie
aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire
|
Versions of package bowtie |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.1.1-2 | amd64 |
buster | 1.2.2+dfsg-4 | amd64,arm64 |
stretch | 1.1.2-6 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
sid | 1.3.1-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.3.1-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.3.1-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.3.0+dfsg1-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
Debtags of package bowtie: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
science | calculation |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with | biological-sequence |
|
License: DFSG free
|
Ce paquet aborde le problème de l'interprétation des résultats des
dernières technologies (2010) de séquençage de l'ADN.
Celles-ci produiront des étirements assez courts et qui ne peuvent pas
directement être interprétés. C'est le défi d'outils comme Bowtie de donner
un emplacement chromosomique aux courts étirements de l'ADN séquencé à
chaque exécution.
Bowtie aligne des (lectures de) séquences d'ADN du génome humain à un débit
de 25 millions de lectures de paires de bases 35 par heure. Le paquet
Bowtie indexe le génome humain avec un indice de Burrows-Wheeler pour
garder une faible empreinte mémoire : typiquement environ 2,2 Go
pour le génome humain (2,9 Go pour le séquençage à partir des deux
extrémités).
|
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bowtie2
aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire
|
Versions of package bowtie2 |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.5.4-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bookworm | 2.5.0-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
jessie | 2.2.4-1 | amd64 |
bullseye | 2.4.2-2 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
stretch | 2.3.0-2 | amd64 |
sid | 2.5.4-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
buster | 2.3.4.3-1 | amd64 |
|
License: DFSG free
|
Ce paquet est un outil à faible empreinte mémoire et ultra-rapide pour
l'alignement de lectures de séquençage à séquences longues de référence. Il
est particulièrement performant pour l'alignement de lectures d'environ 50
symboles et
jusqu'à des centaines ou des milliers de symboles, et particulièrement
performant pour l'alignement de génomes relativement longs (par exemple, le
génome de mammifères).
Bowtie 2 indexe le génome avec un FM-index pour garder une faible empreinte
mémoire : pour le génome humain, son empreinte en mémoire vive
est typiquement d'environ 3,2 Go. Bowtie 2 gère les modes
d'alignement écarté, local, et par paire.
|
|
boxshade
Rendu élégant d'alignements multiples de séquences
|
Versions of package boxshade |
Release | Version | Architectures |
trixie | 3.3.1-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 3.3.1-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 3.3.1-12 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 3.3.1-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 3.3.1-8 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 3.3.1-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.3.1-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package boxshade: |
biology | format:aln, nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | typesetting |
works-with-format | html, plaintext, postscript, tex |
|
License: DFSG free
|
Boxshade est conçu pour l'impression de documents de qualité présentant
des séquences d'ADN ou des alignements multiples de protéines. Ce n'est
pas un programme de calcul d'alignements, il lui faut un fichier en entrée
créé par un outil de calcul d'alignement ou édité à la main.
Boxshade lit les alignements de séquences depuis les fichiers générés par
les logiciels PILEUP-PSF, CLUSTAL-ALN, MALIGNED et ESEE (dans la limite de
150 séquences contenant au maximum 10 000 éléments chacune). De nombreux
jeux d'ombre peuvent être utilisés. La sortie est affichée à l'écran ou
peut être envoyée dans un fichier dans les formats suivants :
ANSI/VT100, PS/EPS, RTF, HPGL, ReGIS, LJ250-printer, ASCII, xFIG, PICT,
HTML.
|
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bwa
dispositif d'alignement Burrows-Wheeler
|
Versions of package bwa |
Release | Version | Architectures |
stretch | 0.7.15-2+deb9u1 | amd64 |
bookworm | 0.7.17-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.7.17-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.7.18-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 0.7.18-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 0.7.10-1 | amd64 |
buster | 0.7.17-3 | amd64 |
stretch-backports | 0.7.17-1~bpo9+1 | amd64 |
Debtags of package bwa: |
biology | nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline, text-mode |
role | program |
use | analysing, comparing |
|
License: DFSG free
|
BWA est un paquet logiciel pour mettre en correspondance des séquences à
faible divergence avec un grand génome de référence tel que le génome
humain. Il est constitué de trois algorithmes : BWA-backtrack, BWA-SW et
BWA-MEM. Le premier algorithme est conçu pour les lectures de séquences
Illumina jusqu'à 100 paires de bases, alors que les deux autres sont conçus
pour des lectures de séquences allant de 70 à 1 000 paires de bases.
BWA-MEM et BWA-SW partagent des fonctionnalités communes telles que la
prise en charge des lectures longues et des alignements de découpages
(« split alignment »), mais BWA-MEM, plus récent, est généralement
recommandé pour les requêtes de haute qualité, car il est plus rapide et
plus précis. BWA-MEM a également de meilleures performances que
BWA-backtrack pour les lectures Illumina de 70 à 100 paires de bases.
|
|
cassiopee
outil d'indexation et de recherche dans les séquences génomiques
|
Versions of package cassiopee |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.0.5-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.0.9-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.0.9-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.0.9-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.0.1+dfsg-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 1.0.9-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 1.0.9-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
Cassiopee est une bibliothèque d'indexation et de recherche implémentée
en C. Il s'agit d'une réécriture complète de la gemme ruby Cassiopee. Elle
scanne une séquence génomique d'entrée (ADN, ARN, protéine) et recherche
une sous-séquence avec une correspondance parfaite ou en permettant des
substitutions (mesurées avec la distance de Hamming), des insertions ou des
suppressions.
Ce paquet fournit les outils cassiopee et cassiopeeknife.
|
|
cd-hit
suite de programmes conçus pour grouper rapidement des séquences
|
Versions of package cd-hit |
Release | Version | Architectures |
buster | 4.6.8-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 4.8.1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 4.8.1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 4.8.1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 4.8.1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 4.6.6-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 4.6.1-2012-08-27-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
cd-hit contient un certain nombre de programmes conçus pour grouper
rapidement des séquences. cd-hit groupe les protéines en grappes qui
satisfont à un seuil
de similitudes défini par l'utilisateur. cd-hit-est est similaire à cd-hit,
mais conçu pour grouper des séquences (sans introns). cd-hit-est-2d est
similaire à cd-hit-2d mais conçu pour
comparer 2 ensembles de données de nucléotides. Un certain nombre d'autres
programmes associés sont aussi dans ce paquet. De plus amples informations
se trouvent dans le manuel utilisateur de cd-hit, qui se trouve dans ce paquet.
|
|
cdbfasta
indexation avec Constant DataBase et outils de recherche pour les fichiers multi-FASTA
|
Versions of package cdbfasta |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.00+git20230710.da8f5ba+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 0.99-20100722-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 0.99-20100722-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1.00+git20230710.da8f5ba+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.00+git20181005.014498c+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 0.99-20100722-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.00+git20181005.014498c+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
CDB (« Constant DataBase ») peut être utilisé pour la créer des indexes pour la
recherche rapide de n'importe quelle séquence dans des fichiers au format
multi-FASTA (concaténation de plusieurs fichiers au format FASTA) de taille
importante. Il a la possibilité de compresser les enregistrements de données
afin d'économiser de l'espace.
|
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circos
outil de dessin pour visualiser des données
|
Versions of package circos |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 0.69.9+dfsg-2 | all |
jessie | 0.66-1 | all |
stretch | 0.69.4+dfsg-1 | all |
buster | 0.69.6+dfsg-2 | all |
sid | 0.69.9+dfsg-2 | all |
bullseye | 0.69.9+dfsg-2 | all |
trixie | 0.69.9+dfsg-2 | all |
Debtags of package circos: |
field | biology:bioinformatics |
role | program |
use | viewing |
|
License: DFSG free
|
Circos affiche les données dans un graphe circulaire, de manière idéale
pour étudier les relations entre objets ou positions et créer des
graphiques hautement informatifs et de qualité publiable.
Ce paquet fournit le moteur de dessin de graphiques Circos qui se pilote à
la ligne de commande (comme gnuplot) et est entièrement scriptable.
|
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clearcut
reconstruction d'arbre phylogénétique extrêmement efficace
|
Versions of package clearcut |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.0.9+git20211013.b799afe-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.0.9+git20211013.b799afe-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.0.9+git20211013.b799afe-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.0.9-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.0.9-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.0.9-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.0.9-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
Clearcut est l'implémentation de référence de l'algorithme RNJ (« Relaxed
Neighbor Joining ») de J. Evans, L. Sheneman et J. Foster de l'initiative
pour la bioinformatique et les études évolutionnaires (IBEST) à
l'université de l'Idaho.
|
|
clonalframe
inférence de microévolution bactérienne en utilisant des données de séquence multilocus
|
Versions of package clonalframe |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.2-9 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.2-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.2-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 1.2-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.2-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.2-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.2-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package clonalframe: |
role | program |
|
License: DFSG free
|
ClonalFrame identifie les relations clonales entre les membres d'un
échantillon et estime la position chromosomale des évènements de
recombinaison homologue qui peuvent perturber l'héritage clonal.
ClonalFrame peut être appliqué à n'importe quelle séquence de données, d'un
fragment d'ADN à des génomes entiers. Il est performant dans l'analyse de
données MLST, où 7 fragments de gène ont été séquencés, et devient
progressivement de plus en plus performant à mesure que les régions
séquencées augmentent en longueur et nombre jusqu'au génome entier. Il
nécessite cependant que les séquences soient alignées. Si les données
génomiques ne sont pas alignées, il est recommandé d'utiliser Mauve qui
produit un alignement de génomes bactériens entiers au format requis par
ClonalFrame pour l'analyse.
|
|
clustalo
programme à usage général d'alignement de plusieurs séquences pour les protéines
|
Versions of package clustalo |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.2.4-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.2.1-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.2.4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.2.4-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.2.4-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.2.4-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.2.4-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
Clustal-Omega est un programme à usage général d'alignement, principalement pour
les séquences d’acide aminé. Il produit des alignements de plusieurs séquences
de haute qualité et est capable de manipuler des ensembles de données de
centaines de milliers de séquences en un temps raisonnable en utilisant
plusieurs processeurs si disponibles.
Please cite:
Fabian Sievers, Andreas Wilm, David Dineen, Toby J Gibson, Kevin Karplus, Weizhong Li, Rodrigo Lopez, Hamish McWilliam, Michael Remmert, Johannes Söding, Julie D Thompson and Desmond G Higgins:
Fast, scalable generation of high-quality protein multiple sequence alignments using Clustal Omega.
(PubMed,eprint)
Molecular Systems Biology
7:539
(2011)
Topics: Sequence analysis
|
|
clustalw
alignement de séquences de nucléotides ou de peptides
|
Versions of package clustalw |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.1+lgpl-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 2.1+lgpl-7 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.1+lgpl-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.1+lgpl-7 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2.1+lgpl-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 2.1+lgpl-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.1+lgpl-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package clustalw: |
biology | format:aln, nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline, text-mode |
role | program |
scope | utility |
use | comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Ce programme réalise l'alignement de séquences multiples de nucléotides ou
d'acides aminés. Il identifie le format des séquences en entrée et
détermine s'il
s'agit d'acides nucléiques (ADN/ARN) ou d'acides aminés (peptides). Le
format en sortie peut être choisi parmi divers formats pour les alignements
multiples, comme Phylip ou FASTA. Clustal W est largement reconnu.
Les données en sortie de Clustal W peuvent être modifiées manuellement ou
avec un éditeur d'alignement comme Seaview ou le logiciel compagnon Clustal
X. Lorsqu'un modèle est construit à partir des alignements, il peut être
utilisé pour améliorer les recherches dans les bases de données. Celles-ci
peuvent être créées sous forme de modèles de Markov (HMM) avec le paquet HMMER.
The package is enhanced by the following packages:
clustalw-mpi
Please cite:
M. A. Larkin, G. Blackshields, N. P. Brown, R. Chenna, P. A. McGettigan, H. McWilliam, F. Valentin, I.M. Wallace, A. Wilm, R. Lopez, J. D. Thompson, T. J. Gibson and D. G. Higgins:
Clustal W and Clustal X version 2.0.
(PubMed,eprint)
Bioinformatics
23(21):2947-2948
(2007)
Topics: Sequence analysis
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concavity
prédicteur de sites de liaisons de ligands de la protéine à partir de la structure et de la conservation
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Versions of package concavity |
Release | Version | Architectures |
buster | 0.1+dfsg.1-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 0.1+dfsg.1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0.1+dfsg.1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.1+dfsg.1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 0.1+dfsg.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.1-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 0.1+dfsg.1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
ConCavity prédit les sites de liaisons de ligands en combinant la
conservation évolutive et la structure en 3D.
ConCavity prend en entrée une structure de protéine au format PDB
(« Protein Data Bank ») et des fichiers facultatifs qui caractérisent la
séquence de conservation évolutive des chaînes dans le fichier de structure.
Les fichiers de résultat suivants sont produits par défaut :
−⋅les prédictions de liaisons de ligands résidus pour chaque chaîne
(*.scores) ;
−⋅les prédictions de liaisons de ligands résidus au format PDB (les scores
des résidus sont placés dans le champ dépendant de la température,
*_residue.pdb) ;
−⋅les emplacements de prédictions de poche au format DX (*.dx) ;
−⋅le script PyMOL pour visualiser les prédictions (*.pml).
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conservation-code
outil de notation de la conservation des séquences de protéines
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Versions of package conservation-code |
Release | Version | Architectures |
jessie | 20110309.0-3 | all |
sid | 20110309.0-8 | all |
stretch | 20110309.0-5 | all |
buster | 20110309.0-7 | all |
trixie | 20110309.0-8 | all |
bookworm | 20110309.0-8 | all |
bullseye | 20110309.0-8 | all |
|
License: DFSG free
|
Ce paquet fournit score_conservation(1), un outil pour noter la
conservation des séquences de protéines.
Les méthodes de notation de conservation suivantes sont mises en œuvre :
- somme de paires ;
- somme pondérées de paires ;
- entropie de Shannon ;
- entropie de Shannon avec des groupements de propriété (Mirny et
Shakhnovich 1995, Valdar et Thornton 2001) ;
- entropie relative avec des groupements de propriété (Williamson 1995) ;
- entropie de von Neumann (Caffrey et al 2004) ;
- entropie relative (Samudrala et Wang 2006) ;
- divergence de Jensen-Shannon (Capra et Singh 2007).
Une extension à base de fenêtres intégrant la conservation estimée de
résidus séquentiellement adjacents dans le score pour chaque colonne est
également fournie. Cette approche de fenêtres peut être appliquée à n'importe
quelle méthode de notation de conservation.
Le programme accepte les alignements dans les formats CLUSTAL et FASTA.
La sortie spécifique d'une séquence peut être utilisée comme l'entrée de
conservation pour ConCavity.
La conservation est hautement prédictive dans l'identification des sites
catalytiques et des résidus proches des ligands liés.
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datamash
outil de statistiques pour interface en ligne de commande
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Versions of package datamash |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 1.7-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.4-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 1.7-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.0.6-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 1.8-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.8-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1.0.7-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
Datamash de GNU est un programme en ligne de commande réalisant des
opérations de base numériques, textuelles et statistiques sur des fichiers
de données textuelles. Il est conçu pour être portable et fiable, et pour
aider les chercheurs à créer facilement des enchaînements d’analyse
automatiques, sans écrire de code, ni même de courts scripts.
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dialign
alignement de plusieurs séquences par segments
|
Versions of package dialign |
Release | Version | Architectures |
sid | 2.2.1-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2.2.1-7 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 2.2.1-10 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.2.1-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.2.1-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.2.1-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.2.1-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package dialign: |
biology | format:aln, nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Dialign2 est un outil qui s'utilise en ligne de commande pour réaliser
plusieurs alignements de séquences de protéines ou d'ADN. Il construit les
alignements de paires sans écart de segments similaires des séquences. Il
est à noter que Dialign n'emploie aucun type de pénalité de l'écart.
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dialign-tx
alignement séquentiel multiple basé sur les segments
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Versions of package dialign-tx |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.0.2-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.0.2-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.0.2-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.0.2-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.0.2-12 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.0.2-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.0.2-7 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package dialign-tx: |
field | biology, biology:bioinformatics |
role | program |
scope | utility |
use | comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
DIALIGN-TX est un outil en ligne de commandes pour réaliser un alignement
multiple de séquences de protéines ou d'ADN. C'est une ré-implémentation
complète de l'approche basée sur les segments incluant plusieurs nouvelles
améliorations et heuristiques qui améliore significativement la qualité
des alignements en sortie comparée à DIALIGN 2.2 et DIALIGN-T. Pour les
alignements par paires, DIALIGN-TX utilise un algorithme de « fragment-
chaining » qui favorise les chaînes d'alignements locaux de faible score
plutôt que les fragments isolés de score élevé. Pour l'alignement
multiple, DIALIGN-TX utilise une procédure gloutonne améliorée qui est
moins sensible aux fausses similitudes locales des séquences.
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discosnp
détection du polymorphisme d'un seul nucléotide pour des ensembles bruts de lectures
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Versions of package discosnp |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.2.5-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.2.6-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.3.0-2 | amd64,arm64,i386 |
bullseye | 4.4.4-1 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
sid | 2.6.2-4 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
trixie | 2.6.2-4 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bookworm | 2.6.2-2 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
|
License: DFSG free
|
Software discoSnp is designed for discovering Single Nucleotide
Polymorphism (SNP) from raw set(s) of reads obtained with Next Generation
Sequencers (NGS).
Note that number of input read sets is not constrained, it can be one, two,
or more. Note also that no other data as reference genome or annotations
are needed.
The software is composed by two modules. First module, kissnp2, detects SNPs
from read sets. A second module, kissreads, enhance the kissnp2 results by
computing per read set and for each found SNP:
1) its mean read coverage
2) the (phred) quality of reads generating the polymorphism.
This program is superseded by DiscoSnp++.
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disulfinder
prédiction de pont disulfure et de leur connectivité
|
Versions of package disulfinder |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.2.11-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.2.11-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.2.11-8 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.2.11-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.2.11-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.2.11-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.2.11-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package disulfinder: |
role | program |
|
License: DFSG free
|
Disulfinder sert à la prédiction de pont disulfure pour des cystéines et
leur connectivité en partant d’une séquence seule. Les ponts disulfures
jouent un rôle majeur dans la stabilisation des processus de repliement
pour plusieurs protéines. La prédiction de ponts disulfures à partir d'une
séquence seule est par conséquent utile pour l’étude des propriétés
structurelles et fonctionnelles de protéines particulières. De plus, la
connaissance de l’état de pont disulfure de cystéines peut aider le
processus de détermination expérimentale de la structure et peut être utile
pour d’autres travaux d’annotations génomiques.
Disulfinder prédit les modèles disulfures en deux étapes de calcul :
(1) l’état de pont disulfure de chaque cystéine est prédit par une
classification binaire BRNN-SVM. (2) Les cystéines connues pour participer
à la formation de ponts sont associées par un réseau neuronal récursif
(Recursive Neural Network) pour obtenir un modèle de connectivité.
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dnaclust
outil de regroupement de millions de séquences courtes d’ADN
|
Versions of package dnaclust |
Release | Version | Architectures |
trixie | 3-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 3-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 3-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 3-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
Dnaclust est un outil pour grouper un grand nombre de séquences courtes
d’ADN. Les regroupements sont créés de telle façon que le « rayon » de
chaque regroupement est inférieur au seuil précisé.
Les séquences entrées pour être regroupées doivent être au format Fasta.
L’identifiant de chaque séquence est basé sur le premier mot de la séquence
au format Fasta. Le premier mot est le préfixe de l’en-tête jusqu’à la
première occurrence d’une espace dans l’en-tête.
|
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dssp
assignation de la structure secondaire de la protéine basée sur la structure en 3D
|
Versions of package dssp |
Release | Version | Architectures |
trixie | 4.4.10-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 4.4.10-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.2.1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 4.0.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.0.0-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 4.2.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.2.1-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
DSSP (« Define Secondary Structure of Proteins ») est un algorithme
utilisé pour définir la structure secondaire d'une protéine en se basant
sur sa structure résolue en 3D.
Cette version (4.2) de DSSP est une réécriture qui écrit des fichiers
mmCIF annotés par défaut, mais qui peut toujours produire l’ancien format
dssp. Une nouveauté est la prise en charge des hélices PP.
|
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embassy-domainatrix
commandes supplémentaires EMBOSS pour manipuler un fichier de classification de domaines
|
Versions of package embassy-domainatrix |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 0.1.660-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.1.650-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 0.1.660-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.1.660-5 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
stretch | 0.1.660-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.1.660-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 0.1.660-5 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
Debtags of package embassy-domainatrix: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, converting, editing, searching |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Les logiciels DOMAINATRIX ont été développés par Jon Ison et ses collègues
pour le projet HGMP (« Human Genome Mapping Project » − projet de
cartographie du génome humain) au Medical Research
Council (MRC) en Angleterre, pour leurs recherches dans le domaine de la
protéine. Ils sont inclus dans un paquet embassy comme un travail en cours.
Les logiciels de la publication actuelle de domainatrix sont :
- cathparse : crée un fichier DCF à partir de fichiers bruts CATH ;
- domainnr : supprime les domaines redondants d'un fichier DCF ;
- domainreso : supprime les domaines à faible résolution d'un fichier
DCF ;
- domainseqs : ajoute des enregistrements de séquences à un fichier DCF ;
- domainsse : ajoute des enregistrements de structure secondaire à un
fichier DCF ;
- scopparse : crée un fichier DCF à partir de fichiers bruts SCOP ;
- ssematch : parcourt un fichier DCF à la recherche de correspondances de
la structure secondaire.
|
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embassy-domalign
commandes EMBOSS additionnelles pour l'alignement dans le domaine des protéines
|
Versions of package embassy-domalign |
Release | Version | Architectures |
stretch | 0.1.660-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.1.650-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 0.1.660-5 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
sid | 0.1.660-5 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bookworm | 0.1.660-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.1.660-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.1.660-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package embassy-domalign: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing, editing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Les programmes DOMALIGN ont été développés par Jon Ison et ses collègues
de MRC HGMP dans le cadre de leurs travaux de recherche dans le domaine
des protéines. Ils sont inclus comme un paquet EMBASSY en cours de
développement.
Les applications de la version courante de DOMALIGN sont allversusall
(comparaison de données de séquences similaires à partir de all-versus-
all), domainalign (génère des alignements (fichier DAF) pour des nœuds
d'un fichier DCF), domainrep (réordonne un fichier DCF afin d'identifier
des structures représentatives) et seqalign (étend les alignements
(fichier DAF) avec des séquences (fichier DHF)).
|
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embassy-domsearch
commandes supplémentaires EMBOSS pour la recherche dans les domaines de la protéine
|
Versions of package embassy-domsearch |
Release | Version | Architectures |
trixie | 0.1.660-4 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bullseye | 0.1.660-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 0.1.660-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.1.650-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 0.1.660-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 0.1.660-4 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bookworm | 0.1.660-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package embassy-domsearch: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing |
|
License: DFSG free
|
Les logiciels domsearch ont été développés par Jon Ison et ses collègues
pour le projet HGMP (« Human Genome Mapping Project » − projet de
cartographie du génome humain) au Medical Research
Council (MRC) en Angleterre, pour leurs recherches dans le domaine de la
protéine. Ils sont inclus dans un paquet embassy comme un travail en cours.
Les logiciels de cette publication de domsearch sont :
- seqfraggle : supprime des séquences de fragments des fichiers DHF ;
- seqnr : supprime la redondance des fichiers DHF ;
- seqsearch : crée des succès (« hits ») PSI-BLAST (de fichier DHF) à
partir d'un fichier DAF ;
- seqsort : supprime les séquences classifiées ambigues des fichiers DHF ;
- seqwords : crée des fichiers DHF à partir de la recherche par mot-clé
de la base de données UniProt.
|
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emboss
ensemble de logiciels libres pour la biologie moléculaire européenne
|
Versions of package emboss |
Release | Version | Architectures |
sid | 6.6.0+dfsg-15 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
trixie | 6.6.0+dfsg-15 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
buster | 6.6.0+dfsg-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 6.6.0+dfsg-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 6.6.0+dfsg-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 6.6.0+dfsg-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 6.6.0+dfsg-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package emboss: |
field | biology, biology:bioinformatics, biology:molecular |
interface | commandline |
role | program |
scope | suite |
use | analysing, comparing, converting, editing, organizing, searching, text-formatting, typesetting, viewing |
works-with | db |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
EMBOSS (« European Molecular Biology Open Software Suite ») est un paquet de
logiciels d'analyse libre et gratuit, spécialement développé pour les
besoins de la communauté d'utilisateurs de la biologie moléculaire (par
exemple EMBnet – « European Molecular Biology network »). Le logiciel prend
automatiquement en charge les données dans divers formats et permet même une
recherche transparente des données de séquences à partir du web. De plus,
comme des bibliothèques importantes sont fournies avec le paquet, il s'agit
d'une plate-forme permettant aux autres scientifiques de développer et
publier des logiciels dans l'esprit du libre. EMBOSS intègre également un
ensemble de paquets actuellement disponibles et des outils pour l'analyse de
séquences dans un tout cohérent. EMBOSS casse la tendance historique vers
des logiciels commerciaux.
|
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exonerate
outil générique pour la comparaison de deux séquences
|
Versions of package exonerate |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.4.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 2.4.0-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 2.4.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.4.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.4.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2.2.0-6 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.4.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package exonerate: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | searching |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Le paquet exonerate permet d'aligner des séquences en utilisant de
nombreux modèles d'alignement, en utilisant soit de la programmation
dynamique exhaustive, soit divers procédés heuristiques. La plupart des
fonctionnalités de l'ensemble de la programmation dynamique ont été réécrites
en C pour une meilleure efficacité.
Le paquet exonerate est un composant intrinsèque de la construction des
bases de données du projet Ensembl genome (par le centre de recherche
European Bioinformatics Institute pour fournir des données à l'échelle du
génome pour des espèces non-vertébrée), fournissant des notes de
similitudes entre les séquences ARN et ADN et ainsi des variants d'épissage
et les séquences de codage en général.
Un système In-silico PCR Experiment Simulation (voir la page du
manuel d'ipcress) est fourni avec le paquet exonerate.
Ce paquet vient aussi avec une sélection d'utilitaires pour la réalisation
rapide de manipulations simples avec des fichiers FASTA dépassant 2 Go.
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fastdnaml
outil pour la construction d'arbres phylogénétiques de séquences d'ADN
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Versions of package fastdnaml |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.2.2-14 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.2.2-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.2.2-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.2.2-17 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.2.2-17 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.2.2-10 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.2.2-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package fastdnaml: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
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License: DFSG free
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fastDNAml est un logiciel dérivé de la version 3.3 du logiciel DNAML (« DNA
Maximum Likelihood ») de Joseph Felsenstein faisant partie de son paquet
PHYLIP (« PHYLogeny Inference Package »). Les utilisateurs devraient
consulter la documentation de DNAML avant d'utiliser ce logiciel.
Le logiciel fastDNAml est une tentative de résoudre le même problème que
DNAML, mais de le faire plus rapidement et en utilisant moins de
mémoire. Ainsi, les grands arbres phylogénétiques qui reproduisent
l'amorçage deviennent traitables.
Une grande partie du logiciel fastDNAml est simplement un recodage de la
version 3.3 du DNAML de PHYLIP du langage Pascal au C.
La page d'accueil de ce logiciel n'étant plus disponible, ce logiciel ne
verra donc probablement pas d'autres mises à jour.
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fastlink
version plus rapide des programmes de généalogie génétique Linkage
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Versions of package fastlink |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 4.1P-fix100+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 4.1P-fix100+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 4.1P-fix100+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 4.1P-fix100+dfsg-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 4.1P-fix95-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 4.1P-fix100+dfsg-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 4.1P-fix100+dfsg-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package fastlink: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
|
License: DFSG free
|
L'analyse de généalogie génétique est une technique statistique utilisée
pour cartographier les gènes et trouver une approximation de l'emplacement
de gènes malades. C'était un paquet logiciel standard pour la généalogie
génétique appelée LINKAGE. FASTLINK est une version significativement
modifiée et améliorée des programmes principaux de LINKAGE qui fonctionne
plus rapidement de manière séquentielle, peut fonctionner en parallèle,
permet à l'utilisateur une bonne récupération après un plantage de
l'ordinateur et fournit une documentation nouvelle et abondante. FASTLINK
a été utilisé dans plus de 1000 publications de généalogie génétique.
Ce paquet contient les programmes suivants :
– ilink : procédure d'optimisation GEMINI pour trouver une valeur
optimale locale du vecteur thêta des fractions de
recombinaison ;
– linkmap : calcul les scores de localisation d'un « locus » sur une
carte déterminée d'autres « loci » ;
– lodscore : comparaison des vraisemblances à un thêta optimum local ;
– mlink : calcul des « LOD score » et le risque avec deux « loci »
et plus ;
– unknown : identification des génotypes possibles pour des inconnus.
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fastqc
contrôle qualité pour les données de séquences à haut débit
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Versions of package fastqc |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.11.2+dfsg-3 | all |
sid | 0.12.1+dfsg-4 | all |
trixie | 0.12.1+dfsg-4 | all |
bookworm | 0.11.9+dfsg-6 | all |
bullseye | 0.11.9+dfsg-4 | all |
buster | 0.11.8+dfsg-2 | all |
stretch | 0.11.5+dfsg-6 | all |
|
License: DFSG free
|
FastQC a pour objectif de fournir un moyen simple de faire des contrôles
de qualité sur des données de séquences brutes provenant de pipelines de
séquençage à haut débit. Il propose un ensemble modulaire d'analyses
pouvant être utilisées pour donner une impression rapide des problèmes dont
l'utilisateur devrait être au courant avant de faire
une analyse plus poussée.
Les principales fonctions de FastQC sont :
- import des données des fichiers BAM (version binaire compressée de SAM),
SAM (« Sequence Alignment/Map ») ou FastQ (n'importe quelle variante) ;
- fournir un aperçu rapide pour indiquer les zones dans lesquelles il
peut y avoir des problèmes ;
- des graphes de résumé et des tables pour évaluer rapidement les
données ;
- export des résultats vers un rapport permanent en HTML ;
- fonctionnement hors ligne afin de permettre la génération de rapports
automatiques sans exécuter l'application interactive.
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
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fasttree
arbres phylogénétiques à partir d'alignements de nucléotides ou des séquences de protéines
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Versions of package fasttree |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.1.9-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.1.11-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.1.11-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.1.11-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.1.11-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2.1.7-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 2.1.10-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
Le paquet FastTree déduit les arbres phylogénétiques de probabilité
approximativement maximale des alignements de nucléotides ou des séquences
de protéines. Il manipule des alignements jusqu'à un million de séquences
en une quantité de temps et de mémoire raisonnable. Pour de grands
alignements, le paquet FastTree est 100 à 1000 fois plus rapide que la
version 3.0 du paquet PhyML ou la version 7 du paquet RAxML.
Le paquet FastTree est plus précis que la version 3 du paquet PhyML avec
des paramètres par défaut, et bien plus précis que les méthodes de matrices
de distances qui sont traditionnellement utilisées pour de grands
alignements. Le paquet FastTree utilise les modèles de Jukes-Cantor (1969)
ou « Generalized Time Reversible » (GTR . Simon Tavaré , 1986) de l'évolution
de nucléotides et le modèle de Jones, Taylor and Thornton (1992) de
l'évolution des acides aminés. Pour tenir compte des taux variants de
l'évolution à travers les sites, FastTree utilise un taux unique de
chaque site (l'approximation CAT). Pour estimer rapidement la fiabilité de
chaque scission dans l'arbre, le paquet FastTree calcule les valeurs
d'appui avec le test de Shimodaira-Hasegawa (1999 ; Ces valeurs d'appui
sont les mêmes que « les appuis locaux de type Shimodaira-Hasegawa » de la
version 3 du paquet PhyML.)
Ce paquet contient une version à processus en série (fasttree) et une
version à processus en parallèle qui utilise OpenMP (fasttreMP).
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fitgcp
fitting genome coverage distributions with mixture models
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Versions of package fitgcp |
Release | Version | Architectures |
sid | 0.0.20150429-5 | all |
stretch | 0.0.20150429-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
buster | 0.0.20150429-2 | amd64,arm64 |
bookworm | 0.0.20150429-5 | all |
bullseye | 0.0.20150429-4 | all |
trixie | 0.0.20150429-5 | all |
jessie | 0.0.20130418-2 | amd64,i386 |
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License: DFSG free
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Genome coverage, the number of sequencing reads mapped to a position in
a genome, is an insightful indicator of irregularities within sequencing
experiments. While the average genome coverage is frequently used within
algorithms in computational genomics, the complete information available
in coverage profiles (i.e. histograms over all coverages) is currently
not exploited to its full extent. Thus, biases such as fragmented or
erroneous reference genomes often remain unaccounted for. Making this
information accessible can improve the quality of sequencing experiments
and quantitative analyses.
fitGCP is a framework for fitting mixtures of probability distributions
to genome coverage profiles. Besides commonly used distributions, fitGCP
uses distributions tailored to account for common artifacts. The mixture
models are iteratively fitted based on the Expectation-Maximization
algorithm.
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flexbar
code-barres flexible et suppression de l'adaptation pour les plateformes de séquençage
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Versions of package flexbar |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.4.0-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.50-2 | amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el |
trixie | 3.5.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.5.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
experimental | 3.5.0-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 3.5.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2.50-1 | amd64,armhf,i386 |
bullseye | 3.5.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
Le paquet Flexbar prétraite les données de séquençage efficacement et à
haut débit. Il démultiplexe les lectures de code-barres et enlève les séquences
d'adaptation. De plus, les fonctionnalités de découpage et de filtrage
sont fournies. Le paquet Flexbar augmente les taux de correspondance et
améliore les assemblages du génome et du transcriptome. Il gère les
données de séquençage de dernière génération aux formats FASTA/Q et
CSFASTA/Q des plateformes de l'entreprise Illumina, 454 de l'entreprise
Roche et SOLiD de l'entreprise AppliedBIosystems.
Les noms de paramètres ont changé dans le paquet Flexbar. Veuillez donc
vérifier vos scripts. Ces derniers mois, les paramètres par défaut ont
été optimisés, plusieurs bogues ont été réparés, et diverses améliorations
ont été effectuées, par exemple une interface en ligne de commande rénovée,
de nouveaux modes de découpage ainsi que des exigences plus faibles en
temps et en mémoire.
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
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freecontact
prédicteur rapide de contact de protéine
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Versions of package freecontact |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.0.21-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.0.21-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.0.21-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.0.21-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.0.21-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.0.21-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.0.21-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
FreeContact est un prédicteur de contact de résidu de protéine optimisé pour la vitesse. Son entrée est un alignement de séquences multiples. FreeContact peut servir comme un remplaçant accéléré des prédicteurs de contact existants EVfold-mfDCA de DS. Marks (2011) et PSICOV de D. Jones (2011).
FreeContact est accéléré par une combinaison de vecteurs, plusieurs fils d’exécution et une implémentation plus rapide des parties clés. Selon l’alignement, des accélérations de huit fois ou supérieures sont possibles.
Un alignement suffisamment grand est nécessaire pour des résultats significatifs. Comme minimum, un alignement avec un nombre de séquences effectif (après pondération) supérieur à la longueur de la séquence recherchée devrait être utilisé. Des alignements de dizaines de milliers de séquences (effectives) sont considérés comme une bonne entrée.
Par exemple, jackhmmer(1) du paquet hmmer ou hhblits(1) de hhsuite peuvent être utilisés pour générer les alignements.
Ce paquet fournit l’outil en ligne de commande freecontact(1).
Topics: Structure prediction; Sequence analysis
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gasic
genome abundance similarity correction
|
Versions of package gasic |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 0.0.r19-8 | all |
buster | 0.0.r19-4 | amd64 |
bullseye | 0.0.r19-7 | all |
sid | 0.0.r19-8 | all |
trixie | 0.0.r19-8 | all |
jessie | 0.0.r18-2 | amd64 |
stretch | 0.0.r19-1 | amd64 |
|
License: DFSG free
|
One goal of sequencing based metagenomic analysis is the quantitative
taxonomic assessment of microbial community compositions. However, the
majority of approaches either quantify at low resolution (e.g. at phylum
level) or have severe problems discerning highly similar species. Yet,
accurate quantification on species level is desirable in applications
such as metagenomic diagnostics or community comparison. GASiC is a
method to correct read alignment results for the ambiguities imposed by
similarities of genomes. It has superior performance over existing
methods.
|
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genometools
boîte à outils polyvalente d'analyse du génome
|
Versions of package genometools |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.6.5+ds-2.2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1.5.9+ds-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.5.3-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1.6.5+ds-2.2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye-backports-sloppy | 1.6.5+ds-2~bpo11+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.6.2+ds-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm-backports | 1.6.5+ds-2~bpo12+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.6.1+ds-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster-backports | 1.6.1+ds-3~bpo10+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.5.10+ds-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package genometools: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
uitoolkit | ncurses |
|
License: DFSG free
|
Le paquet GenomeTools contient une collection d'outils utiles pour l'analyse
de séquences biologiques et la présentation regroupés en un simple
exécutable.
La boîte à outils contient les programmes exécutables pour les séquences et
la manipulation des annotations, la compression de séquences, la génération
de la structure de l'index et de l'accès, la visualisation de l'annotation,
et bien plus.
|
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gff2aplot
tracés d'alignements par paires pour les séquences génomiques avec PostScript
|
Versions of package gff2aplot |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2.0-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.0-11 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.0-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.0-7 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 2.0-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.0-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.0-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package gff2aplot: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline, shell |
role | program |
scope | utility |
use | converting, viewing |
works-with | image:vector |
works-with-format | plaintext, postscript |
|
License: DFSG free
|
Gff2aplot est un logiciel pour visualiser ensemble l'alignement de deux
séquences de génomes et leurs annotations. À partir de fichiers d'entrée
au format GFF, il produit les images PostScript pour cet alignement. Le
menu suivant liste les nombreuses fonctionnalités du logiciel gff2aplot⋅:
-⋅des tracés d'alignements complets pour toute caractéristique du fichier
GFF. Les attributs sont définis séparément, de sorte que vous pouvez
les modifier uniquement quels que soient les attributs pour un fichier
donné ou partager la même personnalisation à travers différents
ensembles de données⋅;
-⋅tous les paramètres sont définis par défaut à l'intérieur du logiciel,
mais ils peuvent être aussi pleinement configurés par des fichiers de
personnalisation flexibles de type gff2ps. Le logiciel peut manipuler
plusieurs de ces fichiers, résumant tous les paramètres avant de
produire la figure correspondante. De plus, tous les paramètres de
personnalisation peuvent être définis par des interrupteurs en ligne
de commande, qui permettent aux utilisateurs de jouer avec ces
paramètres avant d'en ajouter à un fichier de personnalisation.
L'ordre de la source est choisi à partir des fichiers d'entrée, si
vous échangez l'ordre des fichiers, vous pouvez visualiser
l'alignement et ses annotations avec la nouvelle disposition en
entrée⋅;
-⋅l'ordre des fichiers source est choisi à partir des fichiers d'entrée,
si vous échangez l'ordre des fichiers, vous pouvez visualiser
l'alignement et ses annotations avec la nouvelle disposition⋅;
-⋅tous les scores des alignements peuvent être visualisés dans la boîte
«⋅Picture in Picture⋅» en dessous la zone gff2aplot, utilisant des
niveaux de gris en couleur, des niveaux de la couleur définie par
l'utilisateur ou des gradients dépendants du score⋅;
-⋅des polices vectorielles, qui peuvent être choisies parmi les polices de
base par défaut avec PostScript. Les labels de caractéristiques et de
groupes peuvent être pivotés pour améliorer la lisibilité dans les deux
axes d'annotation⋅;
-⋅le logiciel est toujours défini comme un filtre Unix, ainsi il peut
manipuler des données des fichiers, redirections et pipes, l'écriture
produite vers la sortie standard et avertissements vers la sortie
d'erreur standard⋅;
-⋅le logiciel gff2aplot est capable de gérer de nombreux formats de page
réelle (de A0 à A10, et plus - voir les tailles de page disponibles
dans son manuel), incluant celles définies par l'utilisateur. Cela
permet, par exemple, la génération de cartes génomiques de la taille
d'un poster ou l'utilisation d'un appareil de traçage gérant le papier
continu, en portrait ou en paysage⋅;
-⋅vous pouvez dessiner différents alignements sur le même tracé et les
distinguer en utilisant différentes couleurs pour chaque alignement⋅;
-⋅le dictionnaire de formes a été élargi, de sorte que d'autres
caractéristiques de formes sont maintenant disponible (voir le
manuel)⋅;
-⋅les projections d'annotation à travers les tracés d'alignements
(appelés rubans) émulent les transparences par des modèles de
remplissage de couleurs complémentaires. Cette fonctionnalité permet
de montrer la pseudo-fusion de couleur lorsque les rubans horizontaux
et verticaux se chevauchent.
|
|
gff2ps
Produit des graphiques PostScript à partir de fichiers GFF
|
Versions of package gff2ps |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.98d-4 | all |
bullseye | 0.98l-4 | all |
buster | 0.98l-2 | all |
stretch | 0.98d-5 | all |
sid | 0.98l-6 | all |
trixie | 0.98l-6 | all |
bookworm | 0.98l-6 | all |
Debtags of package gff2ps: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | converting, viewing |
works-with | image:vector |
works-with-format | postscript |
|
License: DFSG free
|
gff2ps est un script développé pour convertir des enregistrements au
format GFF en dessins PostScript de haute qualité. De tels graphiques
peuvent être utiles pour comparer des structures génomiques et visualiser
les résultats des programmes d'annotation de génomes.
Il peut être utilisé très facilement car il suppose que le fichier GFF
contient assez d'informations de formatage mais il possède aussi un grand
nombre d'options et un fichier de configuration pour une meilleure
personnalisation.
|
|
giira
RNA-Seq driven gene finding incorporating ambiguous reads
|
Versions of package giira |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.0.20140210-2 | amd64 |
buster | 0.0.20140625-2 | amd64 |
stretch | 0.0.20140625-1 | amd64 |
|
License: DFSG free
|
GIIRA is a gene prediction method that identifies potential coding
regions exclusively based on the mapping of reads from an RNA-Seq
experiment. It was foremost designed for prokaryotic gene prediction
and is able to resolve genes within the expressed region of an operon.
However, it is also applicable to eukaryotes and predicts exon intron
structures as well as alternative isoforms.
|
|
glam2
motifs de protéines lacunaires de séquences non alignées
|
Versions of package glam2 |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1064-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 1064-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1064-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1064-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1064-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1064-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1064-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package glam2: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing, searching |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Glam2 est un paquet pour trouver des motifs dans les séquences, typiquement
les séquences d'acides aminés ou de nucléotides. Un motif est un motif de
séquence qui se reproduit : les exemples typiques sont la boîte TATA et le
motif de prénylation CaaX. La principale innovation de glam2 est qu'il
permet les insertions et les suppressions dans les motifs.
Ce paquet fournit des programmes pour découvrir les motifs partagés par un
ensemble de séquences et trouver des correspondances à ces motifs dans une
base de données de séquences, ainsi que des utilitaires pour convertir les
motifs de glam2 en formats d’alignement standard, masquant les motifs de
glam2 dans des séquences de façon que des motifs moindres puissent être
trouvés et en retirant des portions hautement similaires d’un ensemble de
séquences.
Le paquet inclut les logiciels suivants :
— glam2 :découvrir les motifs partagés par un jeu de séquences ;
— glam2scan : trouver des correspondances, dans une base de données de
séquences, pour un motif découvert par glam2 ;
— glam2format : conversion des motifs avec glam2 aux formats d'alignement
standard ;
— glam2mask : masquage des motifs de séquences avec glam2, de sorte que
les motifs plus faibles peuvent être trouvés ;
— glam2-purge : suppression de membres très similaires d'un ensemble de
séquences.
Dans ce paquet, la transformée de Fourier rapide (FFT) a été activée pour
glam2.
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gmap
alignement d’épissage et tolérante sur les SNP pour les lectures courtes et mNRA
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Versions of package gmap |
Release | Version | Architectures |
buster | 2019-01-24-1 (non-free) | amd64 |
bullseye | 2021-02-22+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
jessie | 2014-10-22-1 (non-free) | amd64 |
bookworm | 2021-12-17+ds-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
stretch | 2017-01-14-1 (non-free) | amd64 |
trixie | 2024-11-20+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64 |
sid | 2024-11-20+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64 |
Debtags of package gmap: |
field | biology, biology:bioinformatics, biology:structural |
role | program |
use | analysing |
|
License: DFSG free
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Ce paquet fournit les programmes GMAP et GSNAP ainsi que des utilitaires pour gérer des bases de données concernant le génome au format GMAP/GSNAP. GMAP (Genomic Mapping and Alignment Program) est un outil pour aligner les séquences EST, mRNA et cDNA. GSNAP (Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program) est un outil pour aligner les lectures de transcriptome à partir d’une ou de deux extrémités. Ces deux outils peuvent utiliser une base de données de :
– sites d’épissage connus et des sites nouveaux identifiés d’épissage ;
– polymorphismes de nucléotide simple connus (SNP).
GSNAP peut aligner de l’ADN traité avec du bisulfite.
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grinder
simulateur polyvalent de lecture de séquençage global et d'amplicon omiques
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Versions of package grinder |
Release | Version | Architectures |
buster | 0.5.4-5 | all |
jessie | 0.5.3-3 | all |
sid | 0.5.4-6 | all |
trixie | 0.5.4-6 | all |
bookworm | 0.5.4-6 | all |
bullseye | 0.5.4-6 | all |
stretch | 0.5.4-1 | all |
|
License: DFSG free
|
Grinder est un programme polyvalent pour créer des bibliothèques de
séquences aléatoires globales et d'amplicons basées sur des séquences de
référence d'ADN, d'ARN ou de protéines fournies dans un fichier FASTA.
Grinder peut produire des ensembles de données globales et d'amplicons
génomiques, méta-génomiques, transcriptomiques, méta-transcriptomiques,
protéomiques, méta-protéomiques à partir de technologies de séquençage
actuelles comme Sanger, 454, Illumina. Ces ensembles de données simulés
peuvent être utilisés pour tester la précision d'outils bio-informatiques
sous des hypothèses spécifiques, par exemple sans ou avec erreurs de
séquençage, ou avec une grande ou faible diversité de communauté. Grinder
peut aussi être utilisé pour aider à choisir entre des méthodes de
séquençage alternatives pour un projet basé sur séquences, par exemple, si
la banque doit être à extrémités appariées ou non, ou combien de lectures
doivent être séquencées.
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gromacs
Simulateur de dynamique moléculaire avec outils d'analyse et de préparation
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Versions of package gromacs |
Release | Version | Architectures |
jessie | 5.0.2-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2016.1-2 | amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2019.1-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2020.6-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2022.5-2 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
trixie | 2024.4-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2024.4-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
experimental | 2025.0~beta-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
upstream | 2025.0~beta |
Debtags of package gromacs: |
field | biology, biology:structural, chemistry |
interface | commandline, x11 |
role | program |
uitoolkit | xlib |
x11 | application |
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License: DFSG free
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GROMACS est un paquet polyvalent pour faire de la dynamique moléculaire,
comme la simulation d'équations newtoniennes du mouvement de systèmes de
millions de particules.
Il a été créé en premier lieu pour les molécules biochimiques comme les
protéines et les lipides qui ont beaucoup d'interactions covalentes
compliquées, mais comme GROMACS est extrêmement rapide pour calculer les
interactions non covalentes (qui souvent dominent les simulations),
beaucoup de groupes l'utilisent aussi pour la recherche sur des systèmes
non biologiques, comme les polymères.
Ce paquet fournit des variantes pour l’exécution sur une seule machine et
pour utiliser l’interface MPI sur plusieurs machines.
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hhsuite
recherche de séquence de protéines basée sur l’alignement HMM-HMM
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Versions of package hhsuite |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 3.3.0+ds-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
sid | 3.3.0+ds-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64 |
stretch | 3.0~beta2+dfsg-3 | amd64 |
trixie | 3.3.0+ds-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64 |
jessie | 2.0.16-5 | amd64 |
buster | 3.0~beta3+dfsg-3 | amd64 |
bullseye | 3.3.0+ds-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
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License: DFSG free
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HH-suite est un logiciel au code source ouvert pour la recherche de
séquences de protéines basé sur l’alignement par paire de modèles de
Markov cachés (HMM).
Ce paquet fournit HHsearch et HHblits parmi d’autres programmes et
utilitaires.
HHsearch prend en entrée un alignement de plusieurs séquences (MSA) ou
de HMM de profil et recherche dans une base de données d’HMM (par
exemple, PDB, Pfam ou InterPro) pour des protéines homologues. HHsearch
est souvent utilisé pour la prédiction de structure de protéines
pour détecter des modèles homologues et pour construire des
alignements par paire précis de modèle de requête pour la modélisation
d’homologie.
HHblits peut construire des MSA de haute qualité à partir d’une seule
séquence ou de plusieurs. Il les transforme en HMM de requête et, en
utilisant une stratégie de requêtes itératives, ajoute des séquences
significativement semblables de la recherche précédente pour l’HMM de
requête mis à jour pour la prochaine itération de recherche. Comparé à
PSI-BLAST, HHblits est plus rapide, jusqu’à deux fois plus sensible et
produit des alignements plus précis.
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hisat2
graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes
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Versions of package hisat2 |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.0.5-1 | amd64 |
bookworm | 2.2.1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.2.1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.2.1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 2.1.0-2 | amd64 |
bullseye | 2.2.1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
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License: DFSG free
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HISAT2 is a fast and sensitive alignment program for mapping next-generation
sequencing reads (both DNA and RNA) to a population of human genomes (as well
as against a single reference genome). Based on an extension of BWT for graphs
a graph FM index (GFM) was designed and implementd. In addition to using
one global GFM index that represents a population of human genomes, HISAT2
uses a large set of small GFM indexes that collectively cover the whole genome
(each index representing a genomic region of 56 Kbp, with 55,000 indexes
needed to cover the human population). These small indexes (called local
indexes), combined with several alignment strategies, enable rapid and
accurate alignment of sequencing reads. This new indexing scheme is called a
Hierarchical Graph FM index (HGFM).
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
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hmmer
profilage de modèles de Markov cachés pour la recherche de séquences
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Versions of package hmmer |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 3.3.2+dfsg-1 | amd64,i386 |
buster | 3.2.1+dfsg-1 | amd64,i386 |
stretch | 3.1b2+dfsg-5 | amd64,i386 |
jessie | 3.1b1-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 3.4+dfsg-2 | amd64,arm64,i386 |
sid | 3.4+dfsg-2 | amd64,arm64,i386 |
bullseye | 3.3.2+dfsg-1 | amd64,i386 |
Debtags of package hmmer: |
biology | format:aln, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | searching |
works-with | db |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
HMMER est une implémentation des profils de modèles de Markov cachés pour
rechercher des séquences biologiques dans des banques de données en les
interrogeant avec des alignements multiples de séquences.
À partir d'un alignement multiple de séquences, HMMER construit un modèle
statistique appelé « modèle de Markov caché », qui peut ensuite être
utilisé pour interroger une banque de séquences afin de trouver plus
d'homologues à la famille de séquences et, éventuellement, de les aligner.
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idba
iterative De Bruijn Graph short read assemblers
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Versions of package idba |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.1.3-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.1.2-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.1.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.1.3-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.1.3-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.1.3-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.1.3-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
IDBA stands for iterative de Bruijn graph assembler. In computational
sequence biology, an assembler solves the puzzle coming from large
sequencing machines that feature many gigabytes of short reads from a
large genome.
This package provides several flavours of the IDBA assembler, as they all
share the same source tree but serve different purposes and evolved over time.
IDBA is the basic iterative de Bruijn graph assembler for
second-generation sequencing reads. IDBA-UD, an extension of IDBA,
is designed to utilize paired-end reads to assemble low-depth regions
and use progressive depth on contigs to reduce errors in high-depth
regions. It is a generic purpose assembler and especially good for
single-cell and metagenomic sequencing data. IDBA-Hybrid is another
update version of IDBA-UD, which can make use of a similar reference
genome to improve assembly result. IDBA-Tran is an iterative de Bruijn
graph assembler for RNA-Seq data.
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infernal
inférence d’alignements structurels secondaires d’ARN
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Versions of package infernal |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.1.2-1 | amd64,i386 |
buster | 1.1.2-2 | amd64,i386 |
bullseye | 1.1.4-1 | amd64,i386 |
bookworm | 1.1.4-1 | amd64,i386 |
trixie | 1.1.5-2 | amd64,arm64,i386 |
sid | 1.1.5-2 | amd64,arm64,i386 |
jessie | 1.1.1-2 | amd64,i386 |
Debtags of package infernal: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
use | analysing |
|
License: DFSG free
|
Infernal ("INFERence of RNA ALignment") recherche dans des bases de données
de séquences d’ADN des similarités de structures ou séquences d’ARN. Il
fournit une implémentation d’une variante spéciale de grammaires de profil
stochastiques indépendantes du contexte appelées modèles de covariance. Un
modèle est comme un profil de séquence, mais il marque une combinaison de
séquence consensus et de structure consensus secondaire d’ARN, aussi dans
bien des cas, il est plus capable d’identifier des homologues d’ARN qui
conservent leur structure secondaire plus que leur séquence primaire.
Cet outil est un composant essentiel de la base de données Rfam.
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jellyfish
count k-mers in DNA sequences
|
Versions of package jellyfish |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.2.6-1 | amd64 |
jessie | 2.1.4-1 | amd64 |
sid | 2.3.1-4 | amd64,arm64,mips64el,riscv64 |
sid | 2.3.1-3 | ppc64el |
trixie | 2.3.1-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bookworm | 2.3.0-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el |
bullseye | 2.3.0-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el |
buster | 2.2.10-2 | amd64,arm64 |
|
License: DFSG free
|
JELLYFISH is a tool for fast, memory-efficient counting of k-mers in
DNA. A k-mer is a substring of length k, and counting the occurrences
of all such substrings is a central step in many analyses of DNA
sequence. JELLYFISH can count k-mers using an order of magnitude less
memory and an order of magnitude faster than other k-mer counting
packages by using an efficient encoding of a hash table and by
exploiting the "compare-and-swap" CPU instruction to increase
parallelism.
JELLYFISH is a command-line program that reads FASTA and multi-FASTA
files containing DNA sequences. It outputs its k-mer counts in an
binary format, which can be translated into a human-readable text
format using the "jellyfish dump" command.
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
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kalign
Alignement séquentiel multiple global et progressif
|
Versions of package kalign |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.03+20110620-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 3.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.3.5-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.4.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 3.4.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.03+20110620-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.03+20110620-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package kalign: |
biology | format:aln, nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Kalign est un outil en ligne de commande pour l'alignement de séquences
biologiques (ADN, ARN, proteïnes). Il utilise l'algorithme de concordance
de chaînes Muth-Manber pour améliorer la précision et la vitesse de
l'alignement. Il utilise une démarche d'alignement globale, progressive,
enrichie par l'usage d'un algorithme de concordance de chaînes approché
pour calculer les différences de séquence et par l'incorporation des
correspondances locales dans tout autre alignement global.
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kissplice
détection de diverses sortes de polymorphismes dans les données du séquençage de l'ARN
|
Versions of package kissplice |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.4.0-p1-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
bullseye | 2.5.3-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
jessie | 2.2.1-3 | amd64 |
bookworm | 2.6.2-2 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
trixie | 2.6.7-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
sid | 2.6.7-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
buster | 2.4.0-p1-4 | amd64,arm64 |
Debtags of package kissplice: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
use | analysing |
works-with | biological-sequence |
|
License: DFSG free
|
KisSplice est un logiciel qui permet l'analyse des données du séquençage de
l'ARN avec ou sans génome de référence. C'est un assembleur de
transcriptome local
et exact, qui permet d'identifier les SNP (« Single-Nucleotide Polymorphism »),
les insertions et les suppressions de bases azotées dans l'ADN d'un
organisme et les événements d'épissage alternatif. Il peut traiter un
nombre arbitraire
de conditions biologiques, et quantifiera chaque type de données dans
chaque condition biologique. Il a été testé sur des ensembles de données
issus d'un système de séquençage de l'entreprise Illumina jusqu'à 1
milliards de lectures. Sa consommation en mémoire vive est d'environ 5 Go
pour 100 millions de lectures.
Topics: RNA-seq; RNA splicing; Gene structure
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last-align
comparaison de séquences biologiques à l'échelle du génome
|
Versions of package last-align |
Release | Version | Architectures |
jessie | 490-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1542-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1542-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1447-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1179-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 963-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 830-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package last-align: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:bioinformatics |
role | program |
|
License: DFSG free
|
LAST est un logiciel permettant de comparer et aligner des séquences,
typiquement des séquences d'ADN ou de protéines. LAST est similaire à
BLAST, mais il s'en sort mieux avec les grandes quantités de données de
séquences. Voici deux choses pour lesquelles LAST est bon :
- la comparaison de grands génomes (ceux de mammifères par exemple) ;
- la mise en correspondance de nombreuses étiquettes de séquences avec un
génome.
La principale innovation technique vient du fait que LAST trouve les
correspondances initiales en se basant sur leur multiplicité au lieu
d'utiliser une taille fixe (par exemple, BLAST utilise des 10-mers). Cela
permet de faire correspondre des étiquettes aux génomes sans masques
répétitifs, sans être débordé par les correspondances répétitives. Pour
trouver ces correspondances de tailles variables, il utilise un tableau de
suffixes inspiré de Vmatch. Afin d'avoir une grande sensibilité, LAST
utilise a tableau de suffixes non contigu, similaires aux seeds espacées.
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loki
analyse de déséquilibre de liaison avec des chaînes de Markov
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Versions of package loki |
Release | Version | Architectures |
sid | 2.4.7.4-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.4.7.4-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.4.7.4-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.4.7.4-8 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.4.7.4-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.4.7.4-5 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 2.4.7.4-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package loki: |
field | biology |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing |
|
License: DFSG free
|
Ce programme opère une analyse de liaison multipoint par une méthode
utilisant des chaînes de Markov Monte Carlo (MCMC) sur des généalogies
complexes et de grande taille. Pour le moment, le paquet ne propose que
l'analyse de caractères quantitatifs, mais cette restriction sera levée dans
une version future. L'estimation combinée du nombre de QTL (Quantitative
Trait Loci), de leur position et de leurs effets est faite par un saut
réversible MCMC (RJMCMC). Il est aussi possible de faire des analyses de
type « affected only IBD (Identity By Descent) sharing ».
The package is enhanced by the following packages:
loki-doc
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macs
analyse basée sur modèles de ChIP-Seq venant de séquenceurs de lectures courtes
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Versions of package macs |
Release | Version | Architectures |
sid | 3.0.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 3.0.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2.0.9.1-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.1.1.20160309-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.1.2.1-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.2.7.1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.2.7.1-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
MACS modélise empiriquement la longueur des fragments ChIP séquencés, qui
tend à être plus courte que les estimations de taille par sonication ou
banque de construction, et l'utilise pour améliorer la résolution spatiale
de sites de liaison prévisible. MACS utilise aussi une distribution de
Poisson dynamique pour capturer efficacement des biais locaux dans la
séquence du génome, permettant une prédiction plus sensible et robuste. MACS
est tout à fait comparable aux algorithmes existants de recherche de pics
dans les ChIP-Seq, est disponible publiquement en open source, et peut être
utilisé pour des ChIP-Seq sans ou avec échantillons de contrôle.
Please cite:
Yong Zhang, Tao Liu, Clifford A Meyer, Jérôme Eeckhoute, David S. Johnson, Bradley E. Bernstein, Chad Nussbaum, Richard M. Myers, Myles Brown, Wei Li and X Shirley Liu:
Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS).
(PubMed,eprint)
Genome Biol.
9(9):R137
(2008)
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mafft
programme d'alignement multiple pour des séquences de nucléotides ou d'acides aminés
|
Versions of package mafft |
Release | Version | Architectures |
buster | 7.407-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
trixie | 7.505-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 7.205-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 7.505-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 7.475-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 7.505-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 7.307-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 7.525 |
Debtags of package mafft: |
biology | format:aln, nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
MAFFT est un programme d'alignement multiple de séquences qui offre trois
méthodes orientées précision :
- L-INS-i : probablement la plus précise ; recommandée pour moins de
200 séquences ; méthode de raffinement itératif qui incorpore les
informations d'alignement des paires locales ;
- G-INS-i : convient pour des séquences de longueurs similaires ;
recommandée pour moins de 200 séquences ; méthode de raffinement
itératif qui incorpore les informations d'alignement des paires
globales ;
- E-INS-i : convient pour des séquences qui contiennent de grandes régions
non-alignables ; recommandée pour moins de 200 séquences.
MAFFT fournit également cinq méthodes orientées vitesse :
- FFT-NS-i : méthode de raffinement itératif de deux cycles seulement ;
- FFT-NS-i : méthode de raffinement itératif d'un maximum de 1 000
itérations ;
- FFT-NS-2 : rapide, méthode progressive ;
- FFT-NS-1 : très rapide, recommandé pour plus de 2 000 séquences ;
méthode progressive avec un arbre de recherche grossier ;
- NW-NS-PartTree-1 : recommandé pour environ 50 000 séquences ; méthode
progressive avec l'algorithme PartTree.
|
|
mapsembler2
bioinformatics targeted assembly software
|
Versions of package mapsembler2 |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2.1.6+dfsg-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 2.2.4+dfsg1-4 | amd64,arm64,ppc64el,s390x |
trixie | 2.2.4+dfsg1-4 | amd64,arm64,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.2.4+dfsg1-4 | amd64,arm64,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.2.4+dfsg1-3 | amd64,arm64,ppc64el,s390x |
buster | 2.2.4+dfsg-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.2.3+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
Mapsembler2 is a targeted assembly software.
It takes as input a set of NGS raw reads (fasta or fastq, gzipped or not)
and a set of input sequences (starters).
It first determines if each starter is read-coherent, e.g. whether reads
confirm the presence of each starter in the original sequence.
Then for each read-coherent starter, Mapsembler2 outputs its sequence
neighborhood as a linear sequence or as a graph, depending on the user choice.
Mapsembler2 may be used for (not limited to):
- Validate an assembled sequence (input as starter), e.g. from a de
Bruijn graph assembly where read-coherence was not enforced.
- Checks if a gene (input as starter) has an homolog in a set of reads
- Checks if a known enzyme is present in a metagenomic NGS read set.
- Enrich unmappable reads by extending them, possibly making them mappable
- Checks what happens at the extremities of a contig
- Remove contaminants or symbiont reads from a read set
|
|
maq
correspondance de lectures de séquences d'ADN polymorphique de longueur courte à des séquences de référence
|
Versions of package maq |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 0.7.1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 0.7.1-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 0.7.1-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.7.1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.7.1-5 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 0.7.1-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.7.1-8 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package maq: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing, searching |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Maq (« Mapping and Assembly with Quality » − correspondance et assemblage
de qualité) construit des associations de
correspondance de lectures courtes générées par des machines de séquençage
de nouvelles générations. Le logiciel a été particulièrement conçu pour
l'analyseur de génome Solexa à 1 milliard de bases par
exécution, par l'entreprise Illumina, et dispose d'une fonctionnalité
préliminaire pour manipuler des données ABI SOLiD. Le logiciel Maq est déjà
connu sous le nom de mapass2.
Le développement du logiciel Maq s'est arrêté en 2008. Ses successeurs sont
BWA (« Burrows-Wheeler Aligner ») et SAMtools (« Sequence Alignment/Map
tools »).
|
|
melting
calcule la température de fusion de duplex d'acide nucléique
|
Versions of package melting |
Release | Version | Architectures |
buster | 5.2.0-1 | all |
sid | 5.2.0-2 | all |
bullseye | 5.2.0-2 | all |
trixie | 5.2.0-2 | all |
bookworm | 5.2.0-2 | all |
jessie | 4.3.1+dfsg-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 4.3.1+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package melting: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:molecular |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
suite | gnu |
use | analysing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Ce programme calcule, pour un duplex d'acide nucléique, l'enthalpie,
l'entropie et la température de fusion des transitions de la spire
hélicoïde. Trois types d'hybridation sont possibles : ADN/ADN, ADN/ARN, et
ARN/ARN. Le programme calcule d'abord l'enthalpie et l'entropie
d'hybridation à partir des paramètres élémentaires de chaque paire de Crick
par la méthode de proximité. Ensuite, la température de fusion est calculée.
L'ensemble des paramètres thermodynamiques peut être facilement modifié, par
exemple pour suivre une avancée expérimentale.
|
|
minia
assembleur de lectures courtes de séquences biologiques
|
Versions of package minia |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 3.2.1+git20200522.4960a99-1 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
trixie | 3.2.6-4 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
jessie | 1.6088-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.6906-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 3.2.6-4 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
buster | 1.6906-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 3.2.6-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
|
License: DFSG free
|
Ce qui était mentionné comme séquençage « nouvelle génération » d’ADN
jusqu’à 2020 produisait seulement des lectures « courtes » jusqu’à environ
600 paires de base en longueur qui devaient être entremêlées selon des
chevauchements aléatoires dans leur séquence pour obtenir un génome
complet. C’est l’assemblage de génome, mais il existe de nombreux écueils
biologiques sur de longs tronçons de régions sans grande complexité et de
variations de nombre de copies et d’autres sortes de redondance qui rendent
cela difficile.
Ce paquet fournit un assembleur de lectures courtes de séquences d’ADN basé
sur le graphe de Bruijn, capable d’assembler le génome humain sur un
ordinateur de bureau en un jour.
La sortie de Minia est un ensemble de contigs, c’est-à-dire de tronçons de
chevauchements linéaires sans trou de lectures courtes. Dans le meilleur
des cas, il s’agit du chromosome entier.
Minia produit des résultats de contiguïté et de précision similaires à ceux
des autres assembleurs de Bruijn (par exemple, Velvet).
Topics: Sequence assembly
|
|
mipe
Outil de sauvegarde de données dérivées de PCR
|
Versions of package mipe |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.1-4 | all |
bullseye | 1.1-9 | all |
trixie | 1.1-9 | all |
sid | 1.1-9 | all |
bookworm | 1.1-9 | all |
stretch | 1.1-5 | all |
buster | 1.1-7 | all |
Debtags of package mipe: |
field | biology, biology:bioinformatics, biology:molecular |
interface | commandline |
role | documentation, program |
scope | utility |
use | organizing |
works-with-format | xml |
|
License: DFSG free
|
MIPE fournit un format standard pour échanger et/ou enregistrer toutes les
informations associées aux expérimentations PCR en utilisant un fichier
texte simple. Cela permet :
- d'échanger des données PCR entre chercheurs/laboratoires ;
- de fournir une traçabilité des données ;
- d'éviter des problèmes lors de la soumission de données à dbSTS ou
dbSNP ;
- d'écrire des scripts standards d'extraction de données (par exemple une
liste de « PCR primers », positions SNP ou haplotypes pour différents
animaux).
Bien que cet outil puisse être utilisé pour enregistrer des données, son
but principal est l'échange de données. Pour de plus grands dépôts de
données, des bases de données relationnelles sont plus appropriées pour
leur enregistrement. Le format MIPE pourrait alors être utilisé pour
importer et/ou exporter vers ces bases de données.
|
|
mira-assembler
assembleur de séquences génomiques exprimées utilisant la méthode globale
|
Versions of package mira-assembler |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 4.9.6-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 4.9.6-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 4.9.6-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 4.0.2-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 4.9.6-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
trixie | 4.9.6-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 4.9.6-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package mira-assembler: |
role | program |
|
License: DFSG free
|
L’assembleur de fragments de génome mira est un assembleur spécialisé pour
les projets classés comme difficiles car concernant un nombre élevé de
répétitions. Pour la transcription de marqueurs de séquence exprimée (EST),
miraEST est spécialisé dans la reconstruction de transcriptions d’ARNm
pures tout en détectant et classifiant les polymorphismes d'un seul
nucléotide (SNP) se produisant dans celles-ci.
L’assembleur est systématiquement utilisé pour des tâches variées telles
que la détection de mutation dans différents types de cellule, l’analyse de
similarités de transcriptions de divers organismes, l’assemblage de
séquences pures à partir de diverses sources pour la conception
d’oligonucléotides dans les expérimentations cliniques de biopuces.
Ce paquet fournit les binaires (exécutables) suivants :
— mira : assemblage de séquences génomiques ;
— miramem : estimation de la mémoire nécessaire pour les projets
d’assemblage ;
– mirabait : outil de type « grep » pour choisir les lectures pour des
k-mer jusqu’à 256 bases ;
– miraconvert : outil pour convertir, extraire et parfois recalculer
toutes sortes de données relatives aux fichiers d’assemblage de
séquences.
|
|
mlv-smile
Find statistically significant patterns in sequences
|
Versions of package mlv-smile |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.47-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.47-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 1.47-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.47-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.47-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.47-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
Smile determines sequence motifs on the basis of a set of DNA, RNA or
protein sequences.
- No hard limit on the number of combinations of motifs to describe
subsets of sequences.
- The sequence alphabet may be specified.
- The use of wildcards is supported.
- Better determination of significance of motifs by simulation.
- Introduction of a set of sequences with negative controls
that should not match automatically determined motifs.
|
|
mothur
ensemble pour analyse de séquences pour la recherche sur le microbiome
|
Versions of package mothur |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.33.3+dfsg-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 1.44.3-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.41.21-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.38.1.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.48.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.48.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.48.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
upstream | 1.48.2 |
Debtags of package mothur: |
role | program |
|
License: DFSG free
|
Mothur cherche à développer une application unique à source ouvert, extensible,
remplissant tous les besoins les besoins de la bio-informatique pour la
communauté de l’écologie microbienne. Sont intégrées, entre autres, les
fonctions de DOTUR, SONS, TreeClimber, S-LibShuff et UniFrac. De plus pour
améliorer la flexibilité de ces algorithmes, un certain nombre de fonctions ont
été ajoutées telles que des outils de calcul ou d’affichage.
Please cite:
Patrick D Schloss, Sarah L Westcott, Thomas Ryabin, Justine R Hall, Martin Hartmann, Emily B Hollister, Ryan A Lesniewski, Brian B Oakley, Donovan H Parks, Courtney J Robinson, Jason W Sahl, Blaz Stres, Gerhard G Thallinger, David J Van Horn and Carolyn F Weber:
Introducing mothur: Open-source, platform-independent, community-supported software for describing and comparing microbial communities.
(PubMed)
Appl Environ Microbiol
75(23):7537-7541
(2009)
Topics: Microbial ecology
|
|
mrbayes
Bayesian Inference of Phylogeny
|
Versions of package mrbayes |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.2.6+dfsg-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 3.2.6+dfsg-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 3.2.7a-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.2.7a-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 3.2.7a-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 3.2.3+dfsg-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 3.2.7a-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
Bayesian inference of phylogeny is based upon a quantity called the posterior
probability distribution of trees, which is the probability of a tree
conditioned on the observations. The conditioning is accomplished using
Bayes's theorem. The posterior probability distribution of trees is
impossible to calculate analytically; instead, MrBayes uses a simulation
technique called Markov chain Monte Carlo (or MCMC) to approximate the
posterior probabilities of trees.
The package is enhanced by the following packages:
mrbayes-doc
|
|
mummer
Alignement de séquence efficace de génomes complets
|
Versions of package mummer |
Release | Version | Architectures |
jessie | 3.23~dfsg-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 3.23+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.23+dfsg-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 3.23+dfsg-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 3.23+dfsg-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.23+dfsg-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.23+dfsg-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 4.0.0.~beta5 |
Debtags of package mummer: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
MUMmer a été conçu pour aligner rapidement des génomes entiers, bruts ou
finis. Par exemple, MUMmer 3.0 peut trouver toutes les régions identiques
sur plus de 20 paires de bases entre deux génomes de 5 mégabases en 13,7
secondes, sur un ordinateur tournant à 2.4 GHz en utilisant 78 Mo de
mémoire. MUMmer peut aussi aligner des génomes incomplets ; il manipule
les centaines ou les milliers de contigs d'un projet de
séquençage « shotgun » avec aisance, et les alignera sur un autre génome
ou une autre collection de contigs en utilisant le programme NUCmer,
inclus dans le système. Si les génomes proviennent d'espèces trop
différentes pour que des similarités soient détectées au niveau
nucléotidique, le programme PROmer générera des alignements basés sur la
traduction des six phases de lectures de chaque génome.
The package is enhanced by the following packages:
e-mem
Topics: Sequence analysis
|
|
muscle
programme d'alignements multiples de séquences de protéine
|
Versions of package muscle |
Release | Version | Architectures |
trixie | 5.1.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 5.1.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 3.8.31+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 3.8.31-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 5.1.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 3.8.1551-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 3.8.1551-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 5.3 |
Debtags of package muscle: |
biology | format:aln, nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
MUSCLE est un programme d'alignements multiples de séquences de protéine. L'acronyme MUSCLE signifie « MUltiple Sequence Comparison by Log-Expectation ». D'après les tests des auteurs, MUSCLE réalise les meilleurs résultats de tous les programmes testés sur plusieurs bancs de mesure concernant la précision d'alignement et est aussi un des plus rapides.
Muscle v5 est une réécriture majeure de MUSCLE basée sur de nouveaux algorithmes.
Les utilisateurs doivent faire attention à ce que les arguments de ligne de commande ne sont plus les mêmes que ceux des versions 3.x de MUSCLE.
Meilleure précision, extensible à des milliers de séquences
Comparé aux version précédentes, Muscle v5 est plus précis, souvent plus rapide et extensible à des ensembles de données plus grands. Au moment de son écriture (fin 2021), Muscle v5 réalise les meilleurs scores sur plusieurs bancs d’essai dont Balibase, Bralibase, Prefab et Balifam. Il peut aligner des milliers de séquences avec une grande précision sur un ordinateur de bas prix (par exemple, un CPU 8 cœurs d’Intel avec 32 Gb de RAM). Pour de grands ensembles de données, Muscle v5 est 20 à 30 % plus précis que MAFFT et Clustal-Omega.
Ensembles d’alignements
Muscle v5 peut générer des ensembles d’alignements alternatifs de haute précision. Toutes les réplications ont une précision moyenne égale lors de test sur banc d’essai, y compris les alignements multiples de séquences avec les paramètres par défaut. En comparant les résultats d’analyse en aval (arbres, prédiction de structure…) de différentes réplications, il est possible d’évaluer les effets des erreurs d’alignements lors d’études.
Topics: Sequence analysis
|
|
muscle3
multiple alignment program of protein sequences
|
Versions of package muscle3 |
Release | Version | Architectures |
sid | 3.8.1551-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 3.8.1551-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.8.1551-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
MUSCLE is a multiple alignment program for protein sequences. MUSCLE
stands for multiple sequence comparison by log-expectation. In the
authors tests, MUSCLE achieved the highest scores of all tested
programs on several alignment accuracy benchmarks, and is also one of
the fastest programs out there.
This is version 3 of the muscle program. It is a different program
than muscle version 5 which is packaged as muscle in Debian.
Topics: Sequence analysis
|
|
mustang
alignement structurel multiple de protéines
|
Versions of package mustang |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.2.3-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 3.2.4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 3.2.4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.2.4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.2.3-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 3.2.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 3.2.2-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package mustang: |
biology | peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Mustang est un algorithme pour aligner des structures multiples de
protéines. Avec un ensemble donné de fichiers PDB, le programme utilise
l'information spatiale dans les atomes Calpha de l'ensemble pour produire
une séquence d'alignement. Basé sur un appairage heuristique progressif,
l'algorithme traite ensuite un certain nombre de repasses d'affinage.
Mustang rapporte les alignements de séquence multiples et la superposition
de structures correspondantes.
|
|
ncbi-epcr
outil pour vérifier la présence d'un marqueur dans une séquence d'ADN
|
Versions of package ncbi-epcr |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2.3.12-1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.3.12-1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.3.12-1-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.3.12-1-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2.3.12-1-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.3.12-1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.3.12-1-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package ncbi-epcr: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | checking, searching |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
« Electronic PCR » (« e-PCR ») est une procédure de calcul utilisée pour
tester la présence de séquences uniques d'ADN (en anglais : STS, sequence
tagged sites) dans une séquence génomique. e-PCR recherche de potentielles
STS dans des séquences génomiques en recherchant des sous-séquences très
similaires aux amorces de PCR (en anglais : Polymerase Chain Reaction) et
correctement ordonnées, orientées et espacées qui puissent représenter les
amorces PCR utilisées pour générer les STS connus.
La nouvelle version de E-PCR implémente une stratégie de reconnaissance
floue. Pour réduire les chances qu'une vraie STS puisse être oubliée, des
mots multiples et discontinus peuvent être utilisés au lieu d'un seul mot
exact. Chacun de ces mots a des groupes de positions significatives séparés
par des positions « joker » qui ne sont pas requises pour correspondre. De
plus il est possible d'autoriser des trous dans les alignements de l'amorce.
La principale motivation pour implémenter une recherche inversée (« Reverse
e-PCR ») était de rendre possible la recherche de séquence dans le génome
humain et d'autres gros génomes. La nouvelle version de e-PCR fournit un
mode de recherche utilisant une requête de séquence dans une base de données.
Ce programme est abandonné par l’amont et il est conseillé d’utiliser
Primer-Blast (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/) à la place.
|
|
ncbi-tools-bin
bibliothèques du NCBI pour applications de biologie –⋅utilitaires en mode texte
|
Versions of package ncbi-tools-bin |
Release | Version | Architectures |
trixie | 6.1.20170106+dfsg2-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 6.1.20170106+dfsg1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 6.1.20170106+dfsg1-0+deb10u2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 6.1.20170106+dfsg1-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 6.1.20120620-8 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 6.1.20170106+dfsg1-0+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 6.1.20170106+dfsg2-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package ncbi-tools-bin: |
biology | nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
network | client |
role | program |
science | calculation |
scope | utility |
use | analysing, calculating, converting, searching |
works-with | biological-sequence |
works-with-format | plaintext, xml |
|
License: DFSG free
|
Ce paquet fournit certains utilitaires distribués avec le kit de
développement en⋅C du NCBI dont les outils de développement asntool et
errhdr (antérieurement dans le paquet libncbi6-dev). Aucun des programmes
de ce paquet n'a besoin de⋅X⋅; les utilitaires basés sur⋅X se trouvent dans
le paquet ncbi-tools-x11. BLAST et les outils qui lui sont liés sont issus
maintenant d'une base de sources différentes, correspondant aux anciens
paquets ncbi-blast+ et ncbi-blast+-legacy.
The package is enhanced by the following packages:
mcl
|
|
ncoils
prédiction de structure secondaire de superhélice
|
Versions of package ncoils |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2002-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2002-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 2002-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2002-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2002-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2002-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2002-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
Ce programme prévoit la structure secondaire des superhélices de
séquences de protéine. L’algorithme a été publié dans Lupas, van Dyke
& Stock, Predicting coiled coils from protein sequences Science, 252,
1162-1164, 1991.
|
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neobio
calcul d'alignements de séquences d'acides aminés et de nucléotides
|
Versions of package neobio |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.0.20030929-1.1 | all |
buster | 0.0.20030929-4 | all |
sid | 0.0.20030929-6 | all |
trixie | 0.0.20030929-6 | all |
bookworm | 0.0.20030929-6 | all |
bullseye | 0.0.20030929-6 | all |
stretch | 0.0.20030929-2 | all |
|
License: DFSG free
|
Ce paquet fournit une bibliothèque et et une interface graphique
utilisateur pour les alignements de
séquences par paires. Il s'agit dune mise en œuvre des méthodes de
programmation dynamique
de Needleman & Wunsch (alignement global) et de Smith & Waterman (alignement
local).
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|
paraclu
Parametric clustering of genomic and transcriptomic features
|
Versions of package paraclu |
Release | Version | Architectures |
jessie | 9-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 10-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 9-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 10-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 10-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 9-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 9-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
Paraclu finds clusters in data attached to sequences. It was first
applied to transcription start counts in genome sequences, but it
could be applied to other things too.
Paraclu is intended to explore the data, imposing minimal prior
assumptions, and letting the data speak for itself.
One consequence of this is that paraclu can find clusters within
clusters. Real data sometimes exhibits clustering at multiple scales:
there may be large, rarefied clusters; and within each large cluster
there may be several small, dense clusters.
|
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parsinsert
Parsimonious Insertion of unclassified sequences into phylogenetic trees
|
Versions of package parsinsert |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.04-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.04-15 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.04-15 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1.04-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.04-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 1.04-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.04-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
ParsInsert efficiently produces both a phylogenetic tree and taxonomic
classification for sequences for microbial community sequence analysis. This
is a C++ implementation of the Parsimonious Insertion algorithm.
|
|
pdb2pqr
Preparation of protein structures for electrostatics calculations
|
Versions of package pdb2pqr |
Release | Version | Architectures |
sid | 3.6.1+dfsg-1 | all |
trixie | 3.6.1+dfsg-1 | all |
bookworm | 3.5.2+dfsg-3 | all |
jessie | 1.9.0+dfsg-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.1.1+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.1.1+dfsg-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.1.1+dfsg-7+deb11u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 3.6.2 |
|
License: DFSG free
|
PDB2PQR is a Python software package that automates many of the common
tasks of preparing structures for continuum electrostatics calculations.
It thus provides a platform-independent utility for converting protein files
in PDB format to PQR format. These tasks include:
- Adding a limited number of missing heavy atoms to biomolecular structures
- Determining side-chain pKas
- Placing missing hydrogens
- Optimizing the protein for favorable hydrogen bonding
- Assigning charge and radius parameters from a variety of force fields
|
|
perm
efficient mapping of short reads with periodic spaced seeds
|
Versions of package perm |
Release | Version | Architectures |
trixie | 0.4.0-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 0.4.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0.4.0-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.4.0-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 0.4.0-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 0.4.0-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 0.4.0-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
PerM is a software package which was designed to perform highly efficient
genome scale alignments for hundreds of millions of short reads produced by
the ABI SOLiD and Illumina sequencing platforms. Today PerM is capable of
providing full sensitivity for alignments within 4 mismatches for 50bp SOLID
reads and 9 mismatches for 100bp Illumina reads.
|
|
phyml
estimation phylogénétique utilisant la probabilité maximale
|
Versions of package phyml |
Release | Version | Architectures |
jessie | 20120412-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 3.3.20180621-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 3.3.20200621-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.3.20220408-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.3.20220408-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 3.3.20220408-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 3.2.0+dfsg-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package phyml: |
biology | peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
use | analysing, comparing |
works-with | biological-sequence |
|
License: DFSG free
|
PhyML est un logiciel qui estime la probabilité maximale de phylogénies à
partir d'alignements de séquences de nucléotides ou d'acides aminés . Il
fournit de nombreuses options qui ont été conçues pour faciliter les
analyses phylogénétiques classiques. Les principales forces du logiciel
PhyML reposent sur la grande quantité de modèles de substitution couplés
avec de nombreuses options pour rechercher l'espace des topologies
d'arbres phylogénétiques, allant de méthodes très rapides et efficaces à
des approches moins rapides mais généralement plus précises. Il met
également en œuvre deux méthodes pour évaluer les supports de branches
dans une structure statistique fiable (le test du ratio de l'amorçage sans
paramètre et de la probabilité approximative).
Le logiciel PhyML a été conçu pour traiter des ensembles de données
modérés à volumineux. En théorie, les alignements jusqu'à 4 000 séquences
de 2 000 000 symboles de longueur peuvent être analysés. Cependant, en
pratique, la quantité de mémoire nécessaire pour traiter un ensemble de
données est proportionnelle au produit du nombre de séquences par leur
longueur. Par conséquent, un grand nombre de séquences peuvent seulement
être traitées pour autant qu'elles soient courtes. Le logiciel PhyML peut
aussi manipuler des séquences longues mais peu nombreuses. Avec les
ordinateurs personnels les plus classiques, la « zone de confort » du
logiciel PhyML se situe généralement entre 3 et 500 séquences de moins de
2 000 symboles de longueur.
Ce paquet fournit aussi PhyTime.
|
|
phyutility
simple analyses or modifications on both phylogenetic trees and data matrices
|
Versions of package phyutility |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.7.3+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.7.3+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.7.3+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.7.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.7.3+dfsg-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 2.7.3-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 2.7.3+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
Phyutility (fyoo-til-i-te) is a command line program that performs
simple analyses or modifications on both trees and data matrices.
Currently it performs the following functions (to suggest another
feature, submit an Issue and use the label Type-Enhancement) :
Trees
- rerooting
- pruning
- type conversion
- consensus
- leaf stability
- lineage movement
- tree support
Data Matrices
- concatenate alignments
- genbank parsing
- trimming alignments
- search NCBI
- fetch NCBI
|
|
picard-tools
outils en ligne de commande pour manipuler les fichiers SAM et BAM
|
Versions of package picard-tools |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.113-1 | all |
trixie | 3.1.1+dfsg-1 | all |
bullseye | 2.24.1+dfsg-1 | all |
bookworm | 2.27.5+dfsg-2 | all |
stretch | 2.8.1+dfsg-1 | all |
buster | 2.18.25+dfsg-2 | amd64 |
sid | 3.1.1+dfsg-1 | all |
upstream | 3.3.0 |
|
License: DFSG free
|
Le format « Sequence Alignment/Map » (SAM) est un format générique pour le
stockage d'alignements de grandes séquences de nucléotides. Le logiciel Picard
Tools fournit ces utilitaires pour manipuler les fichiers SAM et BAM (Binary
Alignment/Map) :
AddCommentsToBam FifoBuffer
AddOrReplaceReadGroups FilterSamReads
BaitDesigner FilterVcf
BamIndexStats FixMateInformation
GatherBamFiles
BedToIntervalList GatherVcfs
BuildBamIndex GenotypeConcordance
CalculateHsMetrics IlluminaBasecallsToFastq
CalculateReadGroupChecksum IlluminaBasecallsToSam
CheckIlluminaDirectory LiftOverIntervalList
CheckTerminatorBlock LiftoverVcf
CleanSam MakeSitesOnlyVcf
CollectAlignmentSummaryMetrics MarkDuplicates
CollectBaseDistributionByCycle MarkDuplicatesWithMateCigar
CollectGcBiasMetrics MarkIlluminaAdapters
CollectHiSeqXPfFailMetrics MeanQualityByCycle
CollectIlluminaBasecallingMetrics MergeBamAlignment
CollectIlluminaLaneMetrics MergeSamFiles
CollectInsertSizeMetrics MergeVcfs
CollectJumpingLibraryMetrics NormalizeFasta
CollectMultipleMetrics PositionBasedDownsampleSam
CollectOxoGMetrics QualityScoreDistribution
CollectQualityYieldMetrics RenameSampleInVcf
CollectRawWgsMetrics ReorderSam
CollectRnaSeqMetrics ReplaceSamHeader
CollectRrbsMetrics RevertOriginalBaseQualitiesAndAddMateCigar
CollectSequencingArtifactMetrics RevertSam
CollectTargetedPcrMetrics SamFormatConverter
CollectVariantCallingMetrics SamToFastq
CollectWgsMetrics ScatterIntervalsByNs
CompareMetrics SortSam
CompareSAMs SortVcf
ConvertSequencingArtifactToOxoG SplitSamByLibrary
CreateSequenceDictionary SplitVcfs
DownsampleSam UpdateVcfSequenceDictionary
EstimateLibraryComplexity ValidateSamFile
ExtractIlluminaBarcodes VcfFormatConverter
ExtractSequences VcfToIntervalList
FastqToSam ViewSam
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
Please cite:
Broad Institute:
Picard toolkit.
Broad Institute, GitHub repository
(2019)
Topics: Sequencing; Document, record and content management
|
|
plink
outils d'analyse d'associations sur le génome entier
|
Versions of package plink |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.07+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.07-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.07-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.07+dfsg-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.07+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.07+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.07+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package plink: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
|
License: DFSG free
|
Plink traite les données provenant de fragments SNP (single
nucleotide polymorphism) de nombreux individus et leur description d'un
phénotype pathologique. Il trouve les associations entre un phénotype et
les variations d'ADN simple ou double brin et il peut récupérer les
annotations SNP depuis une ressource en ligne.
Les SNP peuvent être analysés individuellement ou en tant que paires pour
leur association avec les phénotypes pathologiques. L'étude conjointe des
variations du nombre de copies est prise en charge. Divers tests
statistiques ont été implémentés.
Remarque : l'exécutable a été renommé plink1 du fait d'un conflit de noms.
Pour en savoir plus, lire /usr/share/doc/plink/README.Debian.
|
|
plink1.9
outils d'analyse d'associations sur le génome entier
|
Versions of package plink1.9 |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.90~b6.6-181012-1 | amd64,armhf,i386 |
bullseye | 1.90~b6.21-201019-1 | amd64,armel,armhf,i386,mipsel |
bookworm | 1.90~b6.26-220402-1 | amd64,armel,armhf,i386,mipsel |
trixie | 1.90~b7.2-231211-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1.90~b7.2-231211-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.90~b3.45-170113-1 | amd64,armel,armhf,i386,mipsel |
|
License: DFSG free
|
Plink traite les données provenant de fragments SNP (single nucleotide
polymorphism — polymorphisme d'un seul nucléotide) de nombreux individus
et leur description d'un phénotype pathologique. Il trouve les
associations entre un phénotype et les variations d'ADN simple ou double
brin et il peut récupérer les annotations SNP depuis une ressource en
ligne.
Les SNP peuvent être analysés individuellement ou en tant que paires pour
leur association avec les phénotypes pathologiques. L'étude conjointe des
variations du nombre de copies est prise en charge. Divers tests
statistiques ont été implémentés.
Plink1.9 est une mise à jour complète de plink avec de nouveaux
algorithmes et de nouvelles méthodes et une utilisation de la mémoire plus
faible et rapide que le premier plink.
Il est à noter que l'exécutable a été renommé en plink1.9 en raison d'un
conflit de noms. Consulter /usr/share/doc/plink1.9/README.Debian pour plus
d'informations.
|
|
plink2
whole-genome association analysis toolset
|
Versions of package plink2 |
Release | Version | Architectures |
sid | 2.00~a5.8-231123+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 2.00~a3-210203+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.00~a3.5-220809+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.00~a5.8-231123+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
plink expects as input the data from SNP (single nucleotide polymorphism)
chips of many individuals and their phenotypical description of a disease.
It finds associations of single or pairs of DNA variations with a phenotype
and can retrieve SNP annotation from an online source.
SNPs can evaluated individually or as pairs for their association with the
disease phenotypes. The joint investigation of copy number variations is
supported. A variety of statistical tests have been implemented.
plink2 is a comprehensive update of plink and plink1.9 with new algorithms
and new methods, faster and less memory consumer than the first plink.
|
|
poa
alignement d'ordre partiel pour les alignements multiples de séquences
|
Versions of package poa |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2.0+20060928-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.0+20060928-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.0+20060928-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.0+20060928-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 2.0+20060928-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.0+20060928-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.0+20060928-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package poa: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
POA signifie Alignement d'Ordre Partiel (Partial Order Aligment en
anglais). C'est un programme rapide de MSA (alignement multiple de
séquences) en bio-informatique. Ses points forts sont la vitesse, la
déployabilité, la sensibilité et son aptitude supérieure à gérer les
branchements et les indels dans l'alignement. L'alignement d'ordre partiel
est une approche pour MSA qui peut être combinée avec d'autres méthodes
comme l'alignement progressif. POA aligne de manière optimale une paire de
MSA et peut donc être utilisé directement avec des méthodes progressives
comme CLUSTAL. Pour les alignements de grande taille, POA est de dix à
trente fois plus rapide que CLUSTALW.
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prank
Probabilistic Alignment Kit for DNA, codon and amino-acid sequences
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Versions of package prank |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 0.0.170427+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.0.170427+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 0.0.170427+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 0.0.140110-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 0.0.170427+dfsg-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 0.0.150803-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.0.170427+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
PRANK is a probabilistic multiple alignment program for DNA, codon
and amino-acid sequences. It's based on a novel algorithm that treats
insertions correctly and avoids over-estimation of the number of
deletion events. In addition, PRANK borrows ideas from maximum
likelihood methods used in phylogenetics and correctly takes into
account the evolutionary distances between sequences. Lastly, PRANK
allows for defining a potential structure for sequences to be aligned
and then, simultaneously with the alignment, predicts the locations
of structural units in the sequences.
PRANK is a command-line program for UNIX-style environments but the
same sequence alignment engine is implemented in the graphical
program PRANKSTER. In addition to providing a user-friendly interface
to those not familiar with Unix systems, PRANKSTER is an alignment
browser for alignments saved in the HSAML format. The novel format
allows for storing all the information generated by the aligner and
the alignment browser is a convenient way to analyse and manipulate
the data.
PRANK aims at an evolutionarily correct sequence alignment and often
the result looks different from ones generated with other alignment
methods. There are, however, cases where the different look is caused
by violations of the method's assumptions. To understand why things
may go wrong and how to avoid that, read this explanation of
differences between PRANK and traditional progressive alignment
methods.
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prime-phylo
bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account
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Versions of package prime-phylo |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.0.11-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 1.0.11-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.0.11-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.0.11-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 1.0.11-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.0.11-13 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.0.11-13 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
PrIME (Probabilistic Integrated Models of Evolution) is a package
supporting inference of evolutionary parameters in a Bayesian framework
using Markov chain Monte Carlo simulation. A distinguishing feature of
PrIME is that the species tree is taken into account when analyzing gene
trees.
The input data to PrIME is a multiple sequence alignment in FASTA format
and the output data contains trees in Newick format.
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primer3
outil de choix d'amorces l'amplification d'ADN
|
Versions of package primer3 |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.4.0-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 2.6.1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.6.1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.6.1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.3.6-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.3.7-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.4.0-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package primer3: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Primer3 choisit des amorces pour des réactions de polymérisation en
chaîne, avec les critères suivants : la température de fusion des
oligonucléotides, leur taille, leur contenu en GC et la possibilité de
former des dimères ; la taille du produit de PCR ; les contraintes
positionnelles dans la séquence source ; diverses autres contraintes. Tous
ces critères peuvent êtres spécifiés comme des contraintes par
l'utilisateur et certains sont spécifiables comme les termes d'une
fonction objective qui caractérise une paire idéale d'amorces.
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probabel
Toolset for Genome-Wide Association Analysis
|
Versions of package probabel |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.4.3-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 0.4.5-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
buster | 0.5.0+dfsg-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 0.5.0+dfsg-6 | amd64,i386 |
bullseye | 0.5.0+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0.5.0+dfsg-6 | amd64,i386 |
trixie | 0.5.0+dfsg-6 | amd64,i386 |
|
License: DFSG free
|
The ProbABEL package is part of the GenABEL project for analysis of genome-wide
data. ProbABEL is used to run GWAS. Using files in filevector/DatABEL format
even allows for running GWAS on computers with only a few GB of RAM.
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probcons
alignement de séquences multiples basé sur la cohérence probabiliste
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Versions of package probcons |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.12-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.12-9 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.12-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.12-12 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.12-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.12-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.12-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package probcons: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Ceci est un outil pour la génération d'alignements de séquences multiples
de protéines.
En utilisant une combinaison de techniques d'alignements basées sur la
modélisation probabiliste et la cohérence, le logiciel PROBCONS a atteint
les meilleures précisions des méthodes d'alignement à ce jour.
Sur la base de données d'alignements de test de performance BAliBASE
(« Benchmark ALIgnment dataBASE »), les alignements produits par le logiciel
PROBCONS montrent une amélioration statistiquement significative sur les
logiciels actuels, contenant une moyenne de plus de 7 % de colonnes alignées
correctement que celles du logiciel T-Coffee, plus de 11 % de colonnes
alignées correctement que celles du logiciel ClustalW, et plus de 11 % de
colonnes alignées que celles du logiciel Dialign.
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proda
Alignement multiple de séquences protéiques
|
Versions of package proda |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.0-12 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.0-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.0-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.0-8 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 1.0-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.0-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.0-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package proda: |
biology | nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
ProDA est un programme pour détecter et aligner les régions homologues
dans des collections de protéines comportant divers arrangements de
domaines. À partir d'un ensemble de séquences non alignées, ProDA
identifiera toutes les régions homologues apparaissant dans une ou
plusieurs séquences et renverra une collection d'alignements multiples
locaux pour chacune d'entre elles.
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prodigal
Microbial (bacterial and archaeal) gene finding program
|
Versions of package prodigal |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.6.3-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.6.3-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.6.3-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 2.6.3-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.6.3-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.6.3-1 | amd64,arm64,armel,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.6.1-1 | amd64,armel,i386 |
|
License: DFSG free
|
Prodigal (Prokaryotic Dynamic Programming Genefinding Algorithm) is a
microbial (bacterial and archaeal) gene finding program developed at
Oak Ridge National Laboratory and the University of Tennessee.
Key features of Prodigal include:
Speed: Prodigal is an extremely fast gene recognition tool
(written in very vanilla C). It can analyze an entire microbial genome
in 30 seconds or less.
Accuracy: Prodigal is a highly accurate gene finder.
It correctly locates the 3' end of every gene in the experimentally verified
Ecogene data set (except those containing introns).
It possesses a very sophisticated ribosomal binding site scoring system that
enables it to locate the translation initiation site with great accuracy
(96% of the 5' ends in the Ecogene data set are located correctly).
Specificity: Prodigal's false positive rate compares favorably with other
gene identification programs, and usually falls under 5%.
GC-Content Indifferent: Prodigal performs well even in high GC genomes,
with over a 90% perfect match (5'+3') to the Pseudomonas aeruginosa curated
annotations.
Metagenomic Version: Prodigal can run in metagenomic mode and analyze
sequences even when the organism is unknown.
Ease of Use: Prodigal can be run in one step on a single genomic sequence
or on a draft genome containing many sequences. It does not need to be
supplied with any knowledge of the organism, as it learns all the properties
it needs to on its own.
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python3-biomaj3-cli
|
Versions of package python3-biomaj3-cli |
Release | Version | Architectures |
trixie | 3.1.11-5 | all |
bookworm | 3.1.11-4 | all |
sid | 3.1.11-5 | all |
buster | 3.1.10-1 | all |
bullseye | 3.1.11-1 | all |
|
License: DFSG free
|
BioMAJ downloads remote data banks, checks their status and applies
transformation workflows, with consistent state, to provide ready-to-use
data for biologists and bioinformaticians. For example, it can transform
original FASTA files into BLAST indexes. It is very flexible and its
post-processing facilities can be extended very easily.
BioMAJ3 is a rewrite of BioMAJ v1.x, see online documentation for migration.
This package contains the client to execute BioMAJ3 or communicate with the
BioMAJ daemon process (python3-biomaj3-daemon) in case of microservice config.
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python3-biopython
bibliothèque de Python 3 pour la bio-informatique
|
Versions of package python3-biopython |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.80+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.78+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.73+dfsg-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 1.84+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.84+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1.68+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.64+dfsg-5 | amd64,armel,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
Le projet Biopython est une association internationale de programmeurs
d'outils libres en Python pour la bio-informatique.
C'est une initiative collaborative distribuée pour le développement de
bibliothèques et d'applications en Python 3 pour répondre aux besoins des
travaux actuels et futurs en bio-informatique. Le code source est disponible
sous la licence Biopython qui est extrêmement libérale et compatible avec
presque toutes les licences au monde. Le projet travaille avec la Open
Bioinformatics Foundation qui fournit généreusement au projet un espace web et
CVS.
Please cite:
Peter J. A. Cock, Tiago Antao, Jeffrey T. Chang, Brad A. Chapman, Cymon J. Cox, Andrew Dalke, Iddo Friedberg, Thomas Hamelryck, Frank Kauff, Bartek Wilczynski and Michiel J. L. de Hoon:
Biopython: freely available Python tools for computational molecular biology and bioinformatics.
(PubMed,eprint)
Bioinformatics
25(11):1422-1423
(2009)
|
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python3-cogent3
framework pour la biologie du génome
|
Versions of package python3-cogent3 |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2023.2.12a1+dfsg-2+deb12u1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
bullseye | 2020.12.21a+dfsg-4+deb11u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2024.5.7a1+dfsg-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
sid | 2023.12.15a1+dfsg-1 | s390x |
upstream | 2024.11.29a2 |
|
License: DFSG free
|
PyCogent est une bibliothèque pour la biologie du génome. C'est un
framework complètement intégré et testé en profondeur pour :
- le pilotage d'applications tierces ;
- la conception de workflows ; l'interrogation des bases de données ;
- la conduite de nouvelles analyses probabilistes de l'évolution de
séquences biologiques ;
- la génération de publications avec des graphismes de qualité.
Il se distingue par de nombreuses fonctionnalités uniques intégrées (telles
que l'alignement de codons véritables) et l'ajout fréquent de méthodes
complètement nouvelles pour l'analyse de données de génomes.
Please cite:
Rob Knight, Peter Maxwell, Amanda Birmingham, Jason Carnes, J Gregory Caporaso, Brett C Easton, Michael Eaton, Micah Hamady, Helen Lindsay, Zongzhi Liu, Catherine Lozupone, Daniel McDonald, Michael Robeson, Raymond Sammut, Sandra Smit, Matthew J Wakefield, Jeremy Widmann, Shandy Wikman, Stephanie Wilson, Hua Ying and Gavin A Huttley:
PyCogent: a toolkit for making sense from sequence.
(PubMed,eprint)
Genome Biology
8(8):R171
(2007)
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qiime
QIIME, Quantitative Insights Into Microbial Ecology
|
Versions of package qiime |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2020.11.1-1 | all |
bookworm | 2022.11.1-2 | all |
jessie | 1.8.0+dfsg-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 2024.5.0-1 | all |
upstream | 2024.10.1 |
Debtags of package qiime: |
role | program |
|
License: DFSG free
|
Les microbes sont omniprésents autour des humains, des animaux, des
plantes et de tous leurs parasites, avec un forte interaction sur eux et
sur leur environnement. La qualité du sol vient à l’esprit, mais aussi
l’effet qu’ont les bactéries sur tous. Les humains influent sur
leur abondance relative et absolue par des antibiotiques, des aliments,
des engrais ou tout ce qui vient à l’esprit, et ces changements affectent
tout le monde.
QIIME 2 est un paquet pour l’analyse de microbiome, extensible et
décentralisée avec une attention particulière sur la transparence des
données et analyses. QIIME 2 permet aux chercheurs de commencer une
analyse avec des données de séquences d’ADN et de terminer avec des
figures et des résultats statistiques de qualité professionnelle.
Principales caractéristiques :
— suivi intégré et automatique de la provenance des données ;
— système de type sémantique ;
— système de greffons pour étendre les fonctionnalités d’analyse de
microbiome ;
— prise en charge de plusieurs types d’interface (par exemple, API,
ligne de commande, graphique) ;
QIIME 2 est une nouvelle conception et une réécriture de la tuyauterie
d’analyse de microbiome, QIIME 1. QIIME 2 corrigera la plupart des
limitations de QIIME 1, tout en conservant les fonctions qui font de
QIIME 1 une tuyauterie d’analyse puissante et largement utilisée.
QIIME 2 actuellement prend en charge une première tuyauterie d’analyse de
microbiome de bout en bout. De nouvelles fonctionnalités seront
régulièrement disponibles à travers des greffons de QIIME 2. Une liste de
greffons peut être consultée sur la page de disponibilité de greffons de
QIIME 2. La page des futurs greffons liste les greffons en cours de
développement.
Please cite:
Evan Bolyen, Jai Ram Rideout, Matthew R Dillon, Nicholas A Bokulich, Christian Abnet, Gabriel A Al-Ghalith, Harriet Alexander, Eric J Alm, Manimozhiyan Arumugam, Francesco Asnicar, Yang Bai, Jordan E Bisanz, Kyle Bittinger, Asker Brejnrod, Colin J Brislawn, C Titus Brown, Benjamin J Callahan, Andrés Mauricio Caraballo-Rodríguez, John Chase, Emily Cope, Ricardo Da Silva, Pieter C Dorrestein, Gavin M Douglas, Daniel M Durall, Claire Duvallet, Christian F Edwardson, Madeleine Ernst, Mehrbod Estaki, Jennifer Fouquier, Julia M Gauglitz, Deanna L Gibson, Antonio Gonzalez, Kestrel Gorlick, Jiarong Guo, Benjamin Hillmann, Susan Holmes, Hannes Holste, Curtis Huttenhower, Gavin Huttley, Stefan Janssen, Alan K Jarmusch, Lingjing Jiang, Benjamin Kaehler, Kyo Bin Kang, Christopher R Keefe, Paul Keim, Scott T Kelley, Dan Knights, Irina Koester, Tomasz Kosciolek, Jorden Kreps, Morgan GI Langille, Joslynn Lee, Ruth Ley, Yong-Xin Liu, Erikka Loftfield, Catherine Lozupone, Massoud Maher, Clarisse Marotz, Bryan D Martin, Daniel McDonald, Lauren J McIver, Alexey V Melnik, Jessica L Metcalf, Sydney C Morgan, Jamie Morton, Ahmad Turan Naimey, Jose A Navas-Molina, Louis Felix Nothias, Stephanie B Orchanian, Talima Pearson, Samuel L Peoples, Daniel Petras, Mary Lai Preuss, Elmar Pruesse, Lasse Buur Rasmussen, Adam Rivers, Michael S Robeson, Patrick Rosenthal, Nicola Segata, Michael Shaffer, Arron Shiffer, Rashmi Sinha, Se Jin Song, John R Spear, Austin D Swafford, Luke R Thompson, Pedro J Torres, Pauline Trinh, Anupriya Tripathi, Peter J Turnbaugh, Sabah Ul-Hasan, Justin JJ van der Hooft, Fernando Vargas, Yoshiki Vázquez-Baeza, Emily Vogtmann, Max von Hippel, William Walters, Yunhu Wan, Mingxun Wang, Jonathan Warren, Kyle C Weber, Chase HD Williamson, Amy D Willis, Zhenjiang Zech Xu, Jesse R Zaneveld, Yilong Zhang, Qiyun Zhu, Rob Knight and J Gregory Caporaso:
Reproducible, interactive, scalable and extensible microbiome data science using QIIME 2.
(PubMed,eprint)
Nature Biotechnology
37:852 - 857
(2019)
Topics: Microbial ecology
|
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r-bioc-edger
analyse empirique de données numériques d’expressions de gène avec R
|
Versions of package r-bioc-edger |
Release | Version | Architectures |
stretch | 3.14.0+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.32.1+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 3.8.2+dfsg-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
experimental | 4.4.0+dfsg-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 4.2.2+dfsg-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 4.2.2+dfsg-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.40.2+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 4.4.1 |
|
License: DFSG free
|
Il s’agit d’un paquet de Bioconductor pour l’analyse différentielle des
expressions de tout le séquençage du transcriptome (RNA-seq) et des
profils numériques d’expressions de gène avec réplication biologique. Il
utilise l’estimation empirique de Bayes et des tests exacts basés sur la
loi binomiale négative. Il est aussi utile pour l’analyse différentielle
de signaux avec d’autres types de données de dénombrement à l’échelle du
génome.
|
|
r-bioc-hilbertvis
paquet de GNU R pour visualiser de grands vecteurs de données
|
Versions of package r-bioc-hilbertvis |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.62.0-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
experimental | 1.64.0-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.24.0-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 1.62.0-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.56.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.48.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.40.0-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.32.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 1.64.0 |
Debtags of package r-bioc-hilbertvis: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:bioinformatics |
use | analysing |
|
License: DFSG free
|
Cet outil permet d’afficher de très grands vecteurs de données d’une
manière efficace du point de vue espace, en les organisant le long d’une
courbe de Hilbert en 2D. L’utilisateur peut visuellement évaluer la
structure de grande échelle et la distribution des caractéristiques
simultanément avec la forme et l’intensité grossières des caractéristiques
individuelles.
En bio-informatique, un cas typique d’utilisation est ChIP-Chip et ChIP-
Seq, ou, fondamentalement, toutes les sortes de donnée génomique affichées
conventionnellement sous forme de traces quantitatives (« données
wiggle ») dans les navigateurs de génomes tels que ceux fournis par
Ensembl ou UCSC.
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r-cran-pvclust
regroupement hiérarchique avec valeurs-p par la méthode du bootstrap multi-échelle
|
Versions of package r-cran-pvclust |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.0-0-4 | all |
jessie | 1.3-0-1 | all |
sid | 2.2-0-2 | all |
trixie | 2.2-0-2 | all |
bookworm | 2.2-0-2 | all |
bullseye | 2.2-0-2 | all |
stretch | 2.0-0-1 | all |
|
License: DFSG free
|
pvclust est un paquet pour évaluer l'incertitude d'une analyse d'un
regroupement hiérarchique. Il offre des valeurs-p AU (approximativement
non-biaisées) ainsi que des valeurs BP (probabilité du boostrap) calculées
par de rééchantillonnage de bootstrap multi-échelle.
|
|
r-cran-qtl
paquet de GNU R d’analyse de liaisons de marqueurs génétiques
|
Versions of package r-cran-qtl |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.44-9-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 1.70-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.58-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.70-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.33-7-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.40-8-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.47-9-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package r-cran-qtl: |
devel | lang:r, library |
field | biology, statistics |
role | app-data |
suite | gnu |
|
License: DFSG free
|
R/qtl est un environnement interactif et extensible pour cartographier les
QTL (locus de caractères quantitatifs) dans des croisements expérimentaux.
Il est
implanté comme un module complémentaire pour le langage/logiciel de
statistiques libre et largement utilisé « R » (voir http://www.r-
project.org).
Le développement de ce logiciel comme extension de R permet de profiter
des fonctions mathématiques et statistiques basiques ainsi que des
capacités graphiques puissantes fournies avec R. De plus, l’utilisateur
bénéficie de l’intégration transparente du logiciel de cartographie QTL
dans le programme d’analyse statistique générale. Le but est rendre les
méthodes complexes de mappage de QTL très accessibles et de permettre aux
utilisateurs de se concentrer plutôt sur la modélisation que sur le
calcul.
Un composant clef des méthodes de calcul pour le mappage QTL est la
technologie du modèle de Markov caché (MMC/HMM) pour composer avec les
données de génotype manquantes. Les algorithmes MMC principaux, avec
compensation de la présence d’erreurs de génotypage, pour rétrocroisement,
intercroisement, croisement « four-way » à phases connues ont été
implémentés.
La version actuelle de R/qtl inclut des structures pour estimer les cartes
génétiques, identifier les erreurs du génotype, lancer des recherches de
QTL simple et QTL double, des recherches bi-dimensionnelles, par
correspondance d’intervalle (avec l’algorithme EM), la régression de
Haley-Knott, et l’imputation multiple. Tout cela peut être réalisé en la
présence de covariantes (comme le sexe, l’âge ou le traitement). Il est
aussi possible de faire correspondre des modèles de QTL d’ordre plus élevé
par imputation multiple.
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r-cran-vegan
Community Ecology Package for R
|
Versions of package r-cran-vegan |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2.0-10-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 2.5-4+dfsg-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 2.6-4+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 2.4-2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.6-8+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.6-8+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 2.5-7+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
R package for community ecologists. It contains most multivariate analysis
needed in analysing ecological communities, and tools for diversity analysis.
Most diversity methods assume that data are counts of individuals.
These tools are sometimes used outside the field of ecology, for instance to
study populations of white blood cells or RNA molecules.
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r-other-mott-happy.hbrem
GNU R package for fine-mapping complex diseases
|
Versions of package r-other-mott-happy.hbrem |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2.4-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 2.4-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 2.4-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.4-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.4-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.4-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
Happy is an R interface into the HAPPY C package for fine-mapping
Quantitative Trait Loci (QTL) in Heterogenous Stocks (HS). An HS is
an advanced intercross between (usually eight) founder inbred strains
of mice. HS are suitable for fine-mapping QTL. It uses a multipoint
analysis which offers significant improvements in statistical power to
detect QTLs over that achieved by single-marker association.
The happy package is
an extension of the original C program happy; it uses the C code to
compute the probability of descent from each of the founders, at each
locus position, but the happy packager allows a much richer range of
models to be fit to the data.
Read /usr/share/doc/r-other-mott-happy/README.Debian for a more
detailed explanation.
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raster3d
outils pour la génération d'images de protéines ou d'autres molécules
|
Versions of package raster3d |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 3.0-7-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 3.0-3-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.0-3-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 3.0-7-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 3.0-3-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 3.0-7-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.0-7-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package raster3d: |
field | biology, biology:structural |
interface | commandline |
role | program |
scope | application |
use | converting, viewing |
works-with | 3dmodel, image, image:raster |
works-with-format | jpg, png |
|
License: DFSG free
|
Raster3D est un ensemble d'outils pour la génération d'images matricielles
de protéines ou d'autres molécules.
Le logiciel principal rend les sphères, les triangles, les cylindres, les
surfaces quadriques avec la surbrillance spéculaire, l'ombrage de Phong et
l'ombrage. Il utilise l'algorithme efficace du logiciel Z-buffer, qui est
indépendant de la carte graphique. Les logiciels annexes
traitent les coordonnées atomiques des fichiers Protein Data Bank (PDB)
dans les descriptions de rendu pour les images composées de rubans, les
atomes remplissant l'espace, les liaisons, "ball+stick", etc. Raster3D
peut aussi être utilisé pour rendre des images composées dans d'autres
logiciels tels que Molscript en 3D avec des surbrillances et des
ombrages, etc.
La sortie est en fichiers d'images avec 24 bits d'information de
couleur par pixel.
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readseq
conversion entre formats de séquences
|
Versions of package readseq |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1-11 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1-13 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package readseq: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | converting |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Ce logiciel lit et écrit les séquences de nucléotides/protéines dans divers
formats. Les
fichiers de données peuvent avoir de multiples séquences. Le logiciel
Readseq est particulièrement utile car il détecte automatiquement de
nombreux formats de séquences, et convertit entre les formats.
|
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rnahybrid
prédiction rapide et efficace des complexes microARN/cible
|
Versions of package rnahybrid |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.1.2-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.1.2-1 | amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.1.1-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 2.1.2-8 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.1.2-8 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.1.2-7 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.1.2-6 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package rnahybrid: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing |
|
License: DFSG free
|
RNAhybrid est un outil permettant de déterminer l'hybridation
d'énergie minimale entre deux brins d'ARN, l'un court et l'autre long.
L'hybridation est réalisée en quelque sorte sur la base de la
reconnaissance d'un domaine, c'est-à-dire que la séquence courte est
hybridée sur le domaine de la séquence longue présentant la plus
grande similarité.
Cet outil est principalement destiné à la prédiction de cibles pour microARNs.
|
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rtax
classification de lectures de séquence d’ARN ribosomique 16S
|
Versions of package rtax |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 0.984-7 | all |
jessie | 0.984-2 | all |
buster | 0.984-6 | all |
stretch | 0.984-5 | all |
sid | 0.984-8 | all |
trixie | 0.984-8 | all |
bookworm | 0.984-8 | all |
|
License: DFSG free
|
Les technologies de lectures courtes pour le profilage de communautés
bactériennes sont de plus en plus populaires, tandis que les techniques
précédentes d’assignation taxinomique par lectures d’extrémités par
paires ne fonctionnent pas très bien. RTAX fournit rapidement des
assignations taxinomiques de lectures d’extrémités par paires en utilisant
un algorithme de consensus.
|
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samtools
traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM
|
Versions of package samtools |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.1.19-1 | amd64,armhf,i386 |
buster | 1.9-4 | amd64,arm64,armhf |
stretch-backports | 1.7-2~bpo9+1 | amd64,arm64,armel,armhf,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.11-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.16.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.20-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.20-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
experimental | 1.21-0+exp1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1.3.1-3 | amd64,arm64,armel,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
upstream | 1.21 |
Debtags of package samtools: |
field | biology |
interface | commandline |
network | client |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | ncurses |
use | analysing, calculating, filtering |
works-with | biological-sequence |
|
License: DFSG free
|
Samtools est un ensemble d'utilitaires qui manipulent les alignements de
séquence de nucléotides dans le format binaire BAM. Il est capable
d'importer et d'exporter à partir des formats ASCII SAM (Sequence
Alignment/Map) et CRAM, de trier, de fusionner, d'indexer et de récupérer
des enregistrements dans n'importe quelle région facilement. Il est conçu
pour travailler sur un flux de données et est capable d'ouvrir un fichier
BAM ou CRAM (mais pas SAM) sur un serveur HTTP ou FTP distant.
|
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seqan-apps
C++ library for the analysis of biological sequences
|
Versions of package seqan-apps |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.4.0+dfsg-11 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch-backports | 2.4.0+dfsg-11~bpo9+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.4.0+dfsg-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
experimental | 2.5.0~rc3+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.3.1+dfsg-4 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.4.0+dfsg-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.4.0+dfsg-16 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.4.0+dfsg-16 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.4.1+dfsg-2 | amd64,armhf,i386 |
Debtags of package seqan-apps: |
devel | library |
|
License: DFSG free
|
SeqAn is a C++ template library of efficient algorithms and data
structures for the analysis of sequences with the focus on
biological data. This library applies a unique generic design that
guarantees high performance, generality, extensibility, and
integration with other libraries. SeqAn is easy to use and
simplifies the development of new software tools with a minimal loss
of performance. This package contains the applications dfi, pair_align,
micro_razers, seqan_tcoffee, seqcons, razers and tree_recon.
|
|
sibsim4
Alignement de séquences d'ARN sur une séquence d'ADN
|
Versions of package sibsim4 |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.20-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 0.20-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.20-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 0.20-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 0.20-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 0.20-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0.20-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package sibsim4: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | comparing, searching |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Le projet SIBsim4 est basé sur sim4, un programme pour aligner une
séquence d'ADNc sur une séquence génomique, en tenant compte de
l'existence d'introns. Dans SIBsim4, le code source original a été
fortement remanié avec comme buts :
- l'amélioration de la vitesse ;
- l'utilisation de séquences d'ADN de l'ordre de grandeur d'un
chromosome ;
- une meilleure description des variants d'épissage ;
- une meilleure description des sites de polyadénylation ;
- des corrections et améliorations de code.
|
|
sigma-align
alignement de multiples séquences d'ADN non codant
|
Versions of package sigma-align |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 1.1.3-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.1.3-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.1.3-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.1.3-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.1.3-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.1.3-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.1.3-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package sigma-align: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
SIGMA (« SImple Greedy Multiple Alignment ») est un logiciel d'alignement.
Son algorithme et schéma de notation sont conçus spécialement pour une
séquence d'ADN non codant.
Il utilise une stratégie de recherche d'alignements locaux avec le moins
d'espacement possible. Ceci se produit à chaque étape, ce qui rend le meilleur
alignement possible compatible avec les alignements existants. Il note
l'importance de l'alignement sur la base des longueurs des fragments
alignés et un modèle de fond. Ceux-ci peuvent être communiqués ou estimés
à partir d'un fichier complémentaire de l'ADN intergénique.
|
|
sim4
Outil d'alignement d'ADNc et d'ADN génomique
|
Versions of package sim4 |
Release | Version | Architectures |
buster | 0.0.20121010-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
trixie | 0.0.20121010-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 0.0.20121010-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 0.0.20121010-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.0.20121010-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.0.20121010-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 0.0.20121010-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package sim4: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | comparing, searching |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
sim4 est un outil se basant sur les similitudes pour aligner une séquence
d'ADN exprimée (EST, ADNc, ARNm) avec une séquence génomique pour un gène.
Il détecte également les correspondances de terminaisons lorsque deux
séquences entrées se recouvrent sur une terminaison (c.-à-d. le début
d'une séquence recouvre la fin de l'autre).
sim4 emploie une technique de découpage pour d'abord déterminer les blocs
de base en correspondance représentant les exons fondamentaux. Dans un
premier temps, il détermine toutes les correspondances exactes possibles
entre W-mères (c.-à-d. les séquences d'ADN de taille W) des deux séquences
et les étend jusqu'à une taille maximale de segment sans lacune. Dans un
second temps, les exons fondamentaux sont étendus aux fragments adjacents
n'ayant pas encore de correspondance en utilisant des algorithmes
d'alignement gourmands, et des approches heuristiques sont utilisées pour
privilégier les configurations conformes aux signaux de reconnaissance de
site soudé (GT-AG, CT-AC). Si nécessaire, le traitement est répété avec
des paramètres moins contraignants sur les fragments sans correspondance.
|
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smalt
Sequence Mapping and Alignment Tool
|
Versions of package smalt |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 0.7.6-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.7.6-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.7.6-8 | amd64,arm64,armhf |
stretch | 0.7.6-6 | amd64,arm64,armel,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
jessie | 0.7.6-4 | amd64,armhf,i386 |
sid | 0.7.6-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 0.7.6-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
SMALT efficiently aligns DNA sequencing reads with a reference genome.
Reads from a wide range of sequencing platforms, for example Illumina,
Roche-454, Ion Torrent, PacBio or ABI-Sanger, can be processed including
paired reads.
The software employs a perfect hash index of short words (< 20
nucleotides long), sampled at equidistant steps along the genomic
reference sequences.
For each read, potentially matching segments in the reference are
identified from seed matches in the index and subsequently aligned with
the read using a banded Smith-Waterman algorithm.
The best gapped alignments of each read is reported including a score
for the reliability of the best mapping. The user can adjust the
trade-off between sensitivity and speed by tuning the length and spacing
of the hashed words.
A mode for the detection of split (chimeric) reads is provided.
Multi-threaded program execution is supported.
|
|
snap
location of genes from DNA sequence with hidden markov model
|
Versions of package snap |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2013-11-29-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2013-11-29-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2013-11-29-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2013-11-29-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2013-11-29-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2013-11-29-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2013-11-29-9 | amd64,arm64,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
SNAP is a general purpose gene finding program suitable for both eukaryotic
and prokaryotic genomes. SNAP is an acroynm for Semi-HMM-based Nucleic Acid
Parser.
|
|
soapdenovo
méthode d'assemblage de lectures courtes pour construire une ébauche d’assemblage de novo
|
Versions of package soapdenovo |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.05-3 | amd64 |
sid | 1.05-6 | amd64 |
trixie | 1.05-6 | amd64 |
bookworm | 1.05-6 | amd64 |
bullseye | 1.05-6 | amd64 |
buster | 1.05-5 | amd64 |
jessie | 1.05-2 | amd64 |
|
License: DFSG free
|
Le logiciel SOAPdenovo est une nouvelle méthode d'assemblage à lectures courtes
qui peut construire une ébauche d’assemblage de novo pour les génomes de taille
humaine. Le logiciel est spécialement conçu pour assembler les lectures courtes
de la machine Genome Analyzer de l'entreprise Illumina.
Il crée de nouvelles opportunités pour la construction de séquences de référence
et la réalisation d’analyses précises de génomes inexplorés de manière
économique.
Cette version n’est plus entretenue, soapdenovo2 est à envisager.
Please cite:
Ruiqiang Li, Hongmei Zhu, Jue Ruan, Wubin Qian, Xiaodong Fang, Zhongbin Shi, Yingrui Li, Shengting Li, Gao Shan, Karsten Kristiansen, Songgang Li, Huanming Yang, Jian Wang and Jun Wang:
De novo assembly of human genomes with massively parallel short read sequencing.
(PubMed,eprint)
Genome Research
20(2):265-72
(2009)
|
|
soapdenovo2
méthode d'assemblage de lectures courtes pour construire un assemblage brouillon de novo
|
Versions of package soapdenovo2 |
Release | Version | Architectures |
buster | 241+dfsg-3 | amd64 |
trixie | 242+dfsg-4 | amd64 |
sid | 242+dfsg-4 | amd64 |
bookworm | 242+dfsg-3 | amd64 |
bullseye | 242+dfsg-1 | amd64 |
stretch | 240+dfsg1-2 | amd64 |
jessie | 240+dfsg-2 | amd64 |
|
License: DFSG free
|
Le logiciel SOAPdenovo est une nouvelle méthode d'assemblage à lectures
courtes qui peut construire un assemblage brouillon de novo pour les génomes
de taille humaine. Le logiciel est spécialement conçu pour assembler les
lectures courtes de la machine Genome Analyzer IIx de l'entreprise Illumina.
Il crée de nouvelles opportunités pour la construction de séquences de
référence et la réalisation des analyses précises des génomes inexplorés de
manière économique.
Please cite:
Ruibang Luo, Binghang Liu, Yinlong Xie, Zhenyu Li, Weihua Huang, Jianying Yuan, Guangzhu He, Yanxiang Chen, Qi Pan, Yunjie Liu, Jingbo Tang, Gengxiong Wu, Hao Zhang, Yujian Shi, Yong Liu, Chang Yu, Bo Wang, Yao Lu, Changlei Han, David W Cheung, Siu-Ming Yiu, Shaoliang Peng, Zhu Xiaoqian, Guangming Liu, Xiangke Liao, Yingrui Li, Huanming Yang, Jian Wang, Tak-Wah Lam and Jun Wang:
SOAPdenovo2: an empirically improved memory-efficient short-read de novo assembler.
Giga Science
1(1):18
(2012)
|
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sra-toolkit
utilities for the NCBI Sequence Read Archive
|
Versions of package sra-toolkit |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 3.0.3+dfsg-6~deb12u1 | amd64,arm64 |
sid | 3.0.9+dfsg-7 | amd64,arm64 |
trixie | 3.0.9+dfsg-7 | amd64,arm64 |
buster | 2.9.3+dfsg-1 | amd64 |
bullseye | 2.10.9+dfsg-2 | amd64 |
stretch | 2.8.1-2+dfsg-2 | amd64,i386 |
jessie | 2.3.5-2+dfsg-1 | amd64,i386 |
upstream | 3.1.1 |
|
License: DFSG free
|
Tools for reading the SRA archive, generally by converting individual runs
into some commonly used format such as fastq.
The textual dumpers "sra-dump" and "vdb-dump" are provided in this
release as an aid in visual inspection. It is likely that their
actual output formatting will be changed in the near future to a
stricter, more formalized representation[s]. PLEASE DO NOT RELY UPON
THE OUTPUT FORMAT SEEN IN THIS RELEASE.
Other tools distributed in this package are:
abi-dump, abi-load
align-info
bam-load
cache-mgr
cg-load
copycat
fasterq-dump
fastq-dump, fastq-load
helicos-load
illumina-dump, illumina-load
kar
kdbmeta
latf-load
pacbio-load
prefetch
rcexplain
remote-fuser
sff-dump, sff-load
sra-pileup, sra-sort, sra-stat, srapath
srf-load
test-sra
vdb-config, vdb-copy, vdb-decrypt, vdb-encrypt, vdb-get, vdb-lock,
vdb-passwd, vdb-unlock, vdb-validate
The "help" information will be improved in near future releases, and
the tool options will become standardized across the set. More documentation
will also be provided documentation on the NCBI web site.
Tool options may change in the next release. Version 1 tool options
will remain supported wherever possible in order to preserve
operation of any existing scripts.
Please cite:
Rasko Leinonen, Ruth Akhtar, Ewan Birney, James Bonfield, Lawrence Bower, Matt Corbett, Ying Cheng, Fehmi Demiralp, Nadeem Faruque, Neil Goodgame, Richard Gibson, Gemma Hoad, Christopher Hunter, Mikyung Jang, Steven Leonard, Quan Lin, Rodrigo Lopez, Michael Maguire, Hamish McWilliam, Sheila Plaister, Rajesh Radhakrishnan, Siamak Sobhany, Guy Slater, Petra Ten Hoopen, Franck Valentin, Robert Vaughan, Vadim Zalunin, Daniel Zerbino and Guy Cochrane:
Improvements to services at the European Nucleotide Archive.
(PubMed,eprint)
Nucleic Acids Research
38(Database issue):D39-45
(2010)
|
|
ssake
application de génomique pour assembler des millions de séquences très courtes d’ADN
|
Versions of package ssake |
Release | Version | Architectures |
jessie | 3.8.2-1 | all |
sid | 4.0.1-2 | all |
trixie | 4.0.1-2 | all |
bookworm | 4.0.1-1 | all |
bullseye | 4.0-3 | all |
buster | 4.0-2 | all |
stretch | 3.8.4-1 | all |
Debtags of package ssake: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology |
interface | shell |
role | program |
scope | utility |
use | analysing |
|
License: DFSG free
|
Short Sequence Assembly par recherche de K-mer et l’extension de troisième
lecture (SSAKE) est une application de génomique pour assembler
énergiquement des millions de séquences courtes de nucléotides en
recherchant progressivement les « 3′-most k-mers » en utilisant un arbre de
préfixes d’ADN. SSAKE est conçu pour aider à exploiter les informations de
lectures de courtes séquences en les regroupant rigoureusement dans des
contigs pouvant être utilisés pour caractériser les cibles de séquençage
nouvelles.
Topics: Sequence assembly
|
|
staden-io-lib-utils
programs for manipulating DNA sequencing files
|
Versions of package staden-io-lib-utils |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.15.0-1.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1.14.8-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.14.11-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
trixie | 1.15.0-1.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.14.13-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.14.15-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.13.7-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package staden-io-lib-utils: |
biology | nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing |
|
License: DFSG free
|
The io_lib from the Staden package is a library of file reading and writing
code to provide a general purpose trace file (and Experiment File) reading
interface. It has been compiled and tested on a variety of unix systems,
MacOS X and MS Windows.
This package contains the programs that are distributed with the Staden io_lib
for manipulating and converting sequencing data files, and in particular files
to manipulate short reads generated by second and third generation sequencers
and stored in SRF format.
|
|
t-coffee
alignement multiple de séquences
|
Versions of package t-coffee |
Release | Version | Architectures |
sid | 13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 12.00.7fb08c2-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
trixie | 13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 13.41.0.28bdc39+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 11.00.8cbe486-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 11.00.8cbe486-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package t-coffee: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
T-Coffee est un programme d'alignement multiple de séquences. À partir d'un
ensemble de séquences (protéines ou ADN), T-Coffee crée un alignement
multiple. Les versions 2.00 et supérieures peuvent mélanger les séquences
et les structures.
T-Coffee permet la combinaison de collection d'alignements multiples ou
par paires de séquences, globaux ou locaux, dans un modèle unique. Il peut
aussi estimer le niveau de cohérence de chaque position dans le nouvel
alignement avec les autres alignements. Veuillez vous référer à l'épreuve
incluse pour plus d'informations.
T-Coffee dispose d'une variante appelée M-Coffee qui permet la combinaison
de sorties de nombreux paquets d'alignement de séquences. Dans sa version
publiée, il utilise MUSCLE, PROBCONS, POA, DiAlign-TS, MAFFT, Clustal W,
PCMA et T-Coffee. Une version spéciale, DM-Coffee, a été faite pour Debian.
Cette version n'utilise que des logiciels libres grâce au remplacement de
Clustal W par Kalign. L'utilisation des huit méthodes proposées par
M-Coffee peut parfois s'avérer lourde. Il est néanmoins possible de n'en
utiliser qu'un sous-ensemble de son choix.
|
|
tabix
indexeur générique pour fichiers de positions de génome, délimités par des tabulations
|
Versions of package tabix |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.9-12~deb10u1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.3.2-2 | amd64,arm64,armel,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
stretch-backports | 1.7-2~bpo9+1 | amd64,arm64,armel,armhf,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.1-1 | amd64,armel,i386 |
bullseye | 1.11-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.16+ds-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.20+ds-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.20+ds-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
experimental | 1.21+ds-0+exp2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 0.2.6-2 | armhf |
upstream | 1.21 |
Debtags of package tabix: |
role | program |
works-with-format | html |
|
License: DFSG free
|
Tabix indexe des fichiers où certaines colonnes indiquent les coordonnées de
séquence : nom (habituellement un chromosome), départ et fin. Le
fichier de données d'entrée doit être trié en fonction du positionnement et
compressé par bgzip (fourni dans ce paquet), qui a une interface similaire
à celle de gzip. Après indexation, tabix est en mesure de récupérer
rapidement les lignes de données par coordonnées chromosomiques. La
récupération rapide des données fonctionne aussi sur le réseau si une URI
est donnée comme nom de fichier.
Ce paquet a été compilé à partir du code source de HTSlib et fournit les outils bgzip, htsfile et tabix.
|
|
theseus
superimpose macromolecules using maximum likelihood
|
Versions of package theseus |
Release | Version | Architectures |
stretch | 3.3.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 3.0.0-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 3.3.0-8 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 3.3.0-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.3.0-14 | amd64,i386 |
trixie | 3.3.0-14 | amd64,i386 |
sid | 3.3.0-14 | amd64,i386 |
Debtags of package theseus: |
biology | peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics, biology:structural |
interface | commandline |
role | program |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Theseus is a program that simultaneously superimposes multiple
macromolecular structures. Theseus finds the optimal solution to the
superposition problem using the method of maximum likelihood. By
down-weighting variable regions of the superposition and by correcting for
correlations among atoms, the ML superposition method produces very
accurate structural alignments.
When macromolecules with different residue sequences are superimposed,
other programs and algorithms discard residues that are aligned with
gaps. Theseus, however, uses a novel superimposition algorithm that
includes all of the data.
|
|
tigr-glimmer
Gene detection in archea and bacteria
|
Versions of package tigr-glimmer |
Release | Version | Architectures |
jessie | 3.02-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 3.02b-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.02b-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 3.02b-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.02b-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.02b-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 3.02b-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package tigr-glimmer: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | searching |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Developed by the TIGR institute this software detects coding sequences in
bacteria and archea.
Glimmer is a system for finding genes in microbial DNA, especially the
genomes of bacteria and archaea. Glimmer (Gene Locator and Interpolated
Markov Modeler) uses interpolated Markov models (IMMs) to identify the
coding regions and distinguish them from noncoding DNA.
|
|
tree-ppuzzle
Parallelized reconstruction of phylogenetic trees by maximum likelihood
|
Versions of package tree-ppuzzle |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 5.3~rc16+dfsg-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 5.3~rc16+dfsg-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 5.2-11 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 5.3~rc16+dfsg-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 5.2-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 5.2-7 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 5.3~rc16+dfsg-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package tree-ppuzzle: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
TREE-PUZZLE (the new name for PUZZLE) is an interactive console program that
implements a fast tree search algorithm, quartet puzzling, that allows
analysis of large data sets and automatically assigns estimations of support
to each internal branch. TREE-PUZZLE also computes pairwise maximum
likelihood distances as well as branch lengths for user specified trees.
Branch lengths can also be calculated under the clock-assumption. In
addition, TREE-PUZZLE offers a novel method, likelihood mapping, to
investigate the support of a hypothesized internal branch without
computing an overall tree and to visualize the phylogenetic content of
a sequence alignment.
This is the parallelized version of tree-puzzle.
|
|
tree-puzzle
Reconstruction of phylogenetic trees by maximum likelihood
|
Versions of package tree-puzzle |
Release | Version | Architectures |
sid | 5.3~rc16+dfsg-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 5.3~rc16+dfsg-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 5.3~rc16+dfsg-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 5.3~rc16+dfsg-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 5.2-11 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 5.2-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 5.2-7 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package tree-puzzle: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
TREE-PUZZLE (the new name for PUZZLE) is an interactive console program that
implements a fast tree search algorithm, quartet puzzling, that allows
analysis of large data sets and automatically assigns estimations of support
to each internal branch. TREE-PUZZLE also computes pairwise maximum
likelihood distances as well as branch lengths for user specified trees.
Branch lengths can also be calculated under the clock-assumption. In
addition, TREE-PUZZLE offers a novel method, likelihood mapping, to
investigate the support of a hypothesized internal branch without
computing an overall tree and to visualize the phylogenetic content of
a sequence alignment.
|
|
vcftools
Collection of tools to work with VCF files
|
Versions of package vcftools |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.1.12+dfsg-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 0.1.16-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 0.1.16-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.1.16-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.1.16-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.1.16-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 0.1.14+dfsg-4+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie-security | 0.1.12+dfsg-1+deb8u1 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package vcftools: |
role | program |
|
License: DFSG free
|
VCFtools is a program package designed for working with VCF files, such as
those generated by the 1000 Genomes Project. The aim of VCFtools is to
provide methods for working with VCF files: validating, merging, comparing
and calculate some basic population genetic statistics.
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
Please cite:
Petr Danecek, Adam Auton, Goncalo Abecasis, Cornelis A. Albers, Eric Banks, Mark A. DePristo, Robert E. Handsaker, Gerton Lunter, Gabor T. Marth, Stephen T. Sherry, Gilean McVean and Richard Durbin:
The variant call format and VCFtools.
(PubMed,eprint)
Bioinformatics
27(15):2156-8
(2011)
|
|
velvet
Nucleic acid sequence assembler for very short reads
|
Versions of package velvet |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.2.10+dfsg1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.2.10+dfsg1-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 1.2.10+dfsg1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.2.10+dfsg1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.2.10+dfsg1-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.2.10+dfsg1-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.2.10+dfsg1-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package velvet: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
use | analysing |
|
License: DFSG free
|
Velvet is a de novo genomic assembler specially designed for short read
sequencing technologies, such as Solexa or 454, developed by Daniel Zerbino and
Ewan Birney at the European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), near
Cambridge, in the United Kingdom.
Velvet currently takes in short read sequences, removes errors then produces
high quality unique contigs. It then uses paired read information, if
available, to retrieve the repeated areas between contigs.
|
|
veryfasttree
Speeding up the estimation of phylogenetic trees from sequences
|
Versions of package veryfasttree |
Release | Version | Architectures |
trixie | 4.0.4+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 4.0.4+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
VeryFastTree is a highly efficient implementation inspired by the FastTree-2
tool, designed to expedite the inference of approximately-maximum-likelihood
phylogenetic trees from nucleotide or protein sequence alignments. It is an
optimized implementation designed to accelerate the estimation of phylogenies
for large alignments. By leveraging parallelization and vectorization
strategies, VeryFastTree significantly improves the performance and
scalability of phylogenetic analysis, allowing it to construct phylogenetic
trees in a fraction of the time previously required.
Maintaining the integrity of FastTree-2, VeryFastTree retains the same phases,
methods, and heuristics used for estimating phylogenetic trees. This ensures
that the topological accuracy of the trees produced by VeryFastTree remains
equivalent to that of FastTree-2. Moreover, unlike the parallel version of
FastTree-2, VeryFastTree guarantees deterministic results, eliminating any
potential variations in the output.
To facilitate a seamless transition for users, VeryFastTree adopts the exact
same command line arguments as FastTree-2. This means that by simply
substituting FastTree-2 with VeryFastTree, and using the same set of options,
users can significantly enhance the overall performance of their phylogenetic
analyses.
|
|
wise
comparison of biopolymers, like DNA and protein sequences
|
Versions of package wise |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.4.1-23 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.4.1-23 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.4.1-17 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.4.1-19 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.4.1-25 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 2.4.1-21 | amd64,arm64,armhf,i386 |
trixie | 2.4.1-25 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package wise: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | comparing |
|
License: DFSG free
|
Wise2 is a package focused on comparisons of biopolymers, commonly DNA
and protein sequences. There are many other packages which do
this, probably the best known being BLAST package (from NCBI) and the
Fasta package (from Bill Pearson). There are other packages, such as
the HMMER package (Sean Eddy) or SAM package (UC Santa Cruz) focused
on hidden Markov models (HMMs) of biopolymers.
Wise2's particular forte is the comparison of DNA sequence at the level
of its protein translation. This comparison allows the simultaneous
prediction of say gene structure with homology based alignment.
Wise2 also contains other algorithms, such as the venerable Smith-Waterman
algorithm, or more modern ones such as Stephen Altschul's generalised
gap penalties, or even experimental ones developed in house, such as
dba. The development of these algorithms is due to the ease of developing
such algorithms in the environment used by Wise2.
Wise2 has also been written with an eye for reuse and maintainability.
Although it is a pure C package you can access its functionality
directly in Perl. Parts of the package (or the entire package) can
be used by other C or C++ programs without namespace clashes as all
externally linked variables have the unique identifier Wise2 prepended.
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Debian packages in contrib or non-free
cufflinks
Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq
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Versions of package cufflinks |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.2.1+dfsg.1-10 (non-free) | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 2.2.1+dfsg.1-3 (non-free) | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.2.1+dfsg.1-8 (non-free) | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.2.1+dfsg.1-9 (non-free) | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 2.2.1-3 (non-free) | amd64 |
jessie | 2.2.1-1 (non-free) | amd64 |
sid | 2.2.1+dfsg.1-10 (non-free) | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
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License: non-free
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Cufflinks assembles transcripts, estimates their abundances, and
tests for differential expression and regulation in RNA-Seq samples.
It accepts aligned RNA-Seq reads and assembles the alignments into a
parsimonious set of transcripts. Cufflinks then estimates the
relative abundances of these transcripts based on how many reads
support each one.
This package provides the binary of cufflinks and associated tools, i.e.
compress_gtf, cuffcompare, cuffdiff, cuffmerge, cuffnorm, cuffquant and
gtf_to_sam.
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embassy-phylip
EMBOSS conversions of the programs in the phylip package
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Versions of package embassy-phylip |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.69.660-3 (non-free) | amd64 |
jessie | 3.69.650-2 (non-free) | amd64 |
stretch | 3.69.660-1 (non-free) | amd64 |
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License: non-free
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This package is the adaptation of the PHYLIP package in which its
programs can operate with the biological sequence formats and databases
of the European Molecular Biology Open Software Suite (EMBOSS). The
software packages adapted for EMBOSS are called EMBASSY.
PHYLIP (the PHYLogeny Inference Package) is a package of programs for
inferring phylogenies (evolutionary trees). Methods that are available
in the package include parsimony, distance matrix, and likelihood
methods, including bootstrapping and consensus trees. Data types that
can be handled include molecular sequences, gene frequencies,
restriction sites and fragments, distance matrices, and discrete
characters.
The EMBASSY PHYLIP programs all have the prefix "f" to distinguish them
from the original programs and avoid namespace conflict.
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Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS
bagpipe
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Versions of package bagpipe |
Release | Version | Architectures |
VCS | 2012.02.15-1 | all |
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License: GPL3+
Debian package not available
Version: 2012.02.15-1
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Bagpipe is a program for performing genomewide linkage disequilibrium
mapping of quantitative trait loci in populations whose genome structure
can be accommodated in the HAPPY framework [Mott00]. This includes most
diploid crosses where the founders of the individuals have known genotypes.
- Bagpipe is a simplified and streamlined version of Bagphenotype that
does not currently include resample model averaging (RMA) capabilities.
- Bagpipe can help fit single locus regression models (with or without
random effects) to marker intervals whose genetic ancestry is inferred
using the HAPPY software.
- Bagpipe cannot help you decide what is a sensible model to fit.
- Bagpipe does not currently accommodate populations with significant
population structure, except through the specification of simple random
intercepts based on unpatterned covariance matrices.
- Bagpipe is named after the Scottish wind instrument "the bagpipes" and
after Bagphenotype, which in turn was a PIPEline for BAGging-based
multiple QTL analysis of phenoTYPEs. Bagphenotype was in turn based
on software written by Richard Mott and William Valdar to analyze
heterogeneous stock mice in [Valdar06].
- Bagpipe is experimental software, is provided free of charge subject to
copyleft restrictions, and comes with no guarantees whatsoever.
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