Summary
Cloud
Debian Med-bioinformatikprogrammer der kan benyttes i skyberegninger
Denne metapakke vil installere Debianpakker relateret til molekylær
biologi, strukturel biologi og bioinformatik for brug i biovidenskab, som
ikke afhænger af grafiske værktøjssæt og derfor kan være på systemaftryk
for brug i skyberegningsklynger, hvor plads kan være begrænset.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Med
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the Debian Med mailing list
Links to other tasks
|
Debian Med Cloud packages
Official Debian packages with high relevance
abyss
De novo, parallel, sekvensassembler for korte læsninger
|
Versions of package abyss |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2.2.5+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 2.0.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch-backports | 2.1.5-7~bpo9+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.1.5-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 1.5.2-1 (non-free) | amd64 |
sid | 2.3.10-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
trixie | 2.3.10-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bookworm | 2.3.5+dfsg-2 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
Debtags of package abyss: |
role | program |
|
License: DFSG free
|
ABySS er en de nove, parallel, sekvensassembler, som er designet for korte
læsninger. Den kan bruges til at samle genom eller transkriptome
sekvensdata. Parallelisering opnås via MPI, OpenMP og pthread.
Please cite:
Shaun D. Jackman, Benjamin P. Vandervalk, Hamid Mohamadi, Justin Chu, Sarah Yeo, S. Austin Hammond, Golnaz Jahesh, Hamza Khan, Lauren Coombe, Rene L. Warren and İnanç Birol:
"ABySS 2.0: resource-efficient assembly of large genomes using a Bloom filter".
(PubMed,eprint)
Genome Research
27(5):768-777
(2017)
Topics: Sequence assembly
|
|
acedb-other
Indhentelse af DNA- eller proteinsekvenser
|
Versions of package acedb-other |
Release | Version | Architectures |
stretch | 4.9.39+dfsg.02-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 4.9.39+dfsg.01-5 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 4.9.39+dfsg.02-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 4.9.39+dfsg.02-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 4.9.39+dfsg.02-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 4.9.39+dfsg.02-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package acedb-other: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:bioinformatics |
role | program |
scope | utility |
|
License: DFSG free
|
Denne pakke samler alle de små programmer, som acedb samler under sin
»other« (andre) mål for sin Makefile.
efetch: sikker kort for »entry fetch« indsamler sekvensinformation fra
gængse DNA- og proteindatabaser.
|
|
aevol
Digital genetisk model til at udføre evolutionseksperimenter i silico
|
Versions of package aevol |
Release | Version | Architectures |
sid | 5.0+ds-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 4.4-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 4.4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 5.0-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 5.0+ds-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 5.0+ds-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 5.0+ds-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
Aevol er en digital genetisk model: grupper af digitale organismer
udsættes for en proces med udvælgelse og variation, hvilket opretter en
darwinistisk dynamik.
Ved at ændre karakteristika for udvælgelse (f.eks. befolkningsstørrelse,
miljøtype, miljøvariationer) eller variation (f.eks. mutationshastighed,
hastigheder for ændring af kromosomer, typer af ændringer, vandret
overførelse) kan man eksperimentelt studere indvirkningen af disse
parametre på strukturen hos den udviklet organisme. Da Aevol integrerer en
præcis og realistisk model af arvemassen giver det mulighed for at studere
strukturelle variationer for arvemassen (f.eks. antallet af gener,
synteny, andele af kodesekvenser).
Simuleringsplatformen har et sæt af værktøjer til analyse og måling af
mange karakteristika for organismerne og befolkningsgrupperne under
udvikling.
|
|
alien-hunter
Interpolated Variable Order Motifs til identificering af vandret indsamlede DNA
|
Versions of package alien-hunter |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.7-3 | all |
sid | 1.7-10 | all |
trixie | 1.7-10 | all |
bookworm | 1.7-10 | all |
bullseye | 1.7-8 | all |
buster | 1.7-7 | all |
stretch | 1.7-5 | all |
Debtags of package alien-hunter: |
field | biology, biology:structural |
role | program |
scope | utility |
use | analysing |
|
License: DFSG free
|
Alien_hunter er et program til forudsigelse af begivenheder af formodede
Horisontal Gentransfer (HGT) med implementeringen af Interpolated Variable
Order Motifs (IVOMs). En IVOM-tilgang udnytter kompositionelle
tilbøjelighed med brug af variable »order motif«-distributioner og
indfanger mere pålideligt den lokale komposition af en sekvens,
sammenlignet med »fixed-order«-metoder. Alternativt kan forudsigelserne
fortolkes til 2. tilstands, 2. orden Hidden Markov Model (HMM), i et
change-point detekteringsrammeværk, for at optimiere lokaliseringen af
grænserne for de forudsagte regioner. Forudsigelserne (embl-format) kan
indlæses i Artemis genom-viser automatisk, der er frit tilgængelig på:
http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/.
|
|
altree
Program til at udføre fylogeni-baserede forenings- og lokaliseringsanalyse
|
Versions of package altree |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.3.1-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 1.3.1-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1.3.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.3.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.3.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.3.1-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.3.1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package altree: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program, shared-lib |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
ALTree var designet til at udføre associationsdetektering og lokalisering
af modtagelighedssider ved hjælp af haplotype-fylogenetiske træer: for det
første så giver det mulighed for detektering af en association mellem et
kandidatgen og en sygdom, og for det andet gør det muligt at lave en
hypotese om modtagelighedsloci.
|
|
amap-align
Proteinflerjustering af sekvensudglødning
|
Versions of package amap-align |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2.2-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 2.2+git20080214.600fc29+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 2.2+git20080214.600fc29+dfsg-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.2+git20080214.600fc29+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.2+git20080214.600fc29+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.2+git20080214.600fc29+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.2-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package amap-align: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
AMAP er en kommandolinjeværktøj til at udføre flere justeringer af
peptid-sekvenser. Det udnytter posterior afkodning og en tilpasning af
sekvensudglødning, i stedet for den traditionelle gradvise
tilpasningsmetode. Det er det eneste tilpasningsprogram, der tillader en at
styre følsomhed/specificitet tradeoff. Den er baseret på ProbCons
kildekode, men bruger tilpasning metrisk nøjagtighed og eliminerer
konsistenstransformation.
Java-visualiseringsværktøjet AMAP 2.2 er endnu ikke pakket i Debian.
|
|
ampliconnoise
Fjernelse af støj fra 454-sekvenserede PCR-amplicons
|
Versions of package ampliconnoise |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.29-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 1.29-8 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.29-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.29-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 1.29-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.29-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.29-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package ampliconnoise: |
role | program |
|
License: DFSG free
|
AmpliconNoise er en pakke af programmer til at rydde op i sekvensdata med
høj gennemløb. Den består af tre hoveddele:
Pyronoise - udfører flowgram-baseret klyngedannelse for at finde
fejllæsninger
SeqNoise - fjerner PCR-punktmutationer
Perseus - fjerner PCR-chimeras uden behov for at et sæt af
referencesekvenser
Tidligere var der en uafhængig »Pyronoise« af de samme forfattere og denne
pakke inkluderer en opdateret version. Der er også en »Denoiser« i Qiime,
som er relateret men distinkt.
|
|
anfo
Short Read Aligner/Mapper fra MPG
|
Versions of package anfo |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 0.98-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.98-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 0.98-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.98-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 0.98-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
Anfo er en mapper i stil med Soap/Maq/Bowtie, men dets implementering har
arvet mere fra BLAST/BLAT. Det er mest nyttig for sammenligning af
sekvenslæsninger hvor DNA-sekvensen er ændret en smule (tænk ældre DNA
eller bisulfit behandling) og/eller der er større forskel mellem prøve og
reference end hvad hurtige mappere vil håndtere pænt (lad os sige at
referencearvemassen mangler og en tæt forbundet art bruges i stedet for).
|
|
aragorn
tRNA- og tmRNA-detektion i nukleotide sekvenser
|
Versions of package aragorn |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.2.38-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.2.38-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.2.38-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.2.38-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.2.36-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1.2.41-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.2.41-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
Programmet anvender heuristiske algoritmer til at forudsige tRNA-sekundære
struktur, baseret på homologi med genkendte tRNA-konsensussekvenser og
mulighed for at danne en base-parret cloverleaf. tmRNA-gener identificeres
med brug af en ændret version af BRUCE-programmet.
Topics: Functional, regulatory and non-coding RNA
|
|
arden
Specificitetskontrol for læse sammenligninger ved anvendelse af en kunstig reference
|
Versions of package arden |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.0-3 | all |
jessie | 1.0-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1.0-6 | all |
trixie | 1.0-6 | all |
bookworm | 1.0-5 | all |
bullseye | 1.0-5 | all |
buster | 1.0-4 | all |
|
License: DFSG free
|
ARDEN (Artificial Reference Driven Estimation of false positives in NGS
data) er en begyndende sammenligning (benchmark), der estimerer
fejlprocenter baseret på virkelige eksperimentelle læsninger og en
yderligere genereret kunstig referencearvemasse. Det giver mulighed for
beregning af fejlprocenter specifikke for et datasæt og konstruktion af en
ROC-kurve. Derved kan det bruges til at optimere parametre for læste
kortlæggere, til at vælge læsningsoversættere for et specifikt problem
eller også til at filtrere sammenligninger baseret på kvalitetsskøn.
|
|
autodock
Analyse af ligand-binding til proteinstruktur
|
Versions of package autodock |
Release | Version | Architectures |
stretch | 4.2.6-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 4.2.6-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 4.2.6-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 4.2.6-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 4.2.6-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 4.2.6-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 4.2.6-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package autodock: |
field | biology, biology:structural |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing |
works-with | 3dmodel |
|
License: DFSG free
|
AutoDock er en iøjnefaldende repræsentation for programmer der adresserer
simuleringen af dokningen af ret små kemiske ligander til ret så store
proteinreceptorer. Tidligere versioner havde hele fleksibiliteten i
liganderne mens proteinet blev holdt ret så rigidt. Denne seneste version 4
tillader også fleksibilitet for valgte sidekæder for
overfladeefterladenskaber, dvs., tage rotamerne i betragtning.
Programmet AutoDock udfører dokning af liganden til et gittersæt der
beskriver målproteinet. AutoGrid forhåndsberegner disse gitre.
The package is enhanced by the following packages:
autogrid
|
|
autodock-vina
Dokning af små molekyler til proteiner
|
Versions of package autodock-vina |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.2.5-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.1.2-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.1.2-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.1.2-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.1.2-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.2.3-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.2.5-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
AutoDock Vina er et program til at understøtte medicinopdagelse, molekylær
dokning og virtuel screening af kompoundbiblioteker. Det tilbyder
kapaciteter for flere kerner, høj ydelse og forbedret præcision samt nem brug.
Det samme institut udviklede også autodock, som er bredt udbredt.
O. Trott, A. J. Olson, AutoDock Vina: improving the speed and accuracy
of docking with a new scoring function, efficient optimization and
multithreading, Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461
|
|
autogrid
Beregn på forhånd liganders binding til deres receptor
|
Versions of package autogrid |
Release | Version | Architectures |
stretch | 4.2.6-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 4.2.6-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 4.2.6-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 4.2.6-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 4.2.6-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 4.2.6-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 4.2.6-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package autogrid: |
field | biology, biology:structural |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing |
works-with | 3dmodel |
|
License: DFSG free
|
AutoDockSuite adresserer den molekylære analyse af sammenkoblingen mellem
mindre kemiske sammensætninger og deres receptorer for en kendt
tredimensional struktur.
Programmet AutoGrid udfører på forhånd beregninger af sammenkoblingen af en
ligand til et sæt af gitre, der beskriver effekten som proteinet har ved
punktændringer. Effekten af disse kræfter på ligandet analyseres dernæst af
programmet AutoDock.
|
|
bamtools
Værktøjssæt for manipulering af BAM-filer - sammenligning af arvemasser
|
Versions of package bamtools |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.5.2+dfsg-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.5.2+dfsg-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.4.1+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.5.1+dfsg-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 2.3.0+dfsg-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 2.5.2+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.5.1+dfsg-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
BamTools faciliterer forskningsanalyse og datahåndtering med brug af
BAM-filer. Værktøjet håndterer de enorme datamængder lavet af nuværende
sekvensteknologier, som typisk lagres i komprimerede, binære formater, som
ikke nemt håndteres af tekstbaserede fortolkere ofte brugt i forskning
indenfor bioinformatik.
BamTools tilbyder både en C++-API for BAM-filunderstøttelse samt et
værktøjssæt for kommandolinjen.
Dette er værktøjssættet til kommandolinjen for bamtools.
Tilgængelige kommandoer for bamtools:
convert Konverterer mellem BAM og et antal andre formater
count Udskriver antallet af sammenligninger i BAM-filer
coverage Udskriver dækningsstatistik fra inddata-BAM-filen
filter Filtrerer BAM-filer efter kriterier angivet af brugeren
header Udskriver BAM-teksthovedinformation
index Opretter indeks for BAM-fil
merge Sammenføj flere BAM-filer til en enkel fil
random Vælg vilkårlige sammenligninger fra eksisterende BAM-filer,
lavet mere som et testværktøj.
resolve Slår parret ende-læsninger op (markerer IsProperPair-flaget
efter behov)
revert Fjerner duplikerede mærker og gendanner originale
basiskvaliteter
sort Sorterer BAM-filen jævnfør nogle kriterier
split Deler en BAM-fil på brugerangivne egenskab, opretter en ny
BAM-uddatafil for hver fundet værdi
stats Udskriver lidt grundlæggende statistik fra inddata-BAM-filer
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
|
|
bedtools
Programpakke med redskaber for sammenligning af arvemassefunktioner
|
Versions of package bedtools |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.26.0+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
bookworm | 2.30.0+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.30.0+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.31.1+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.31.1+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 2.27.1+dfsg-4 | amd64,arm64,armhf |
jessie | 2.21.0-1 | amd64,armhf,i386 |
Debtags of package bedtools: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | suite |
use | analysing, comparing, converting, filtering |
works-with | biological-sequence |
|
License: DFSG free
|
BEDTools-redskaber giver mulighed for at adressere gængse arvemasseopgaver
såsom at finde funktionsoverlap og beregne dækning. Redskaberne er
hovedsagelig baseret på fire meget udbredte filformater: BED, GFF/GTF, VCF
og SAM/BAM. Med brug af BEDTools kan du udvikle sofistikerede datakanaler,
som besvarer komplicerede forskningsspørgsmål ved at udsende flere BEDTools
sammen.
Redskabet groupBy er distribueret i pakken filo.
|
|
bioperl
Perlværktøjer til modellering af molekylær biologi
|
Versions of package bioperl |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.7.1-2 | all |
jessie | 1.6.924-1 | all |
trixie | 1.7.8-1 | all |
bullseye | 1.7.7-2 | all |
buster | 1.7.2-3 | all |
bookworm | 1.7.8-1 | all |
sid | 1.7.8-1 | all |
Debtags of package bioperl: |
devel | lang:perl, library |
field | biology, biology:bioinformatics |
role | devel-lib, shared-lib |
|
License: DFSG free
|
Projektet Bioperl er et koordineret forsøg på at samle modelmetoder, der
rutinemæssigt benyttes i bioinformatik til et sæt veldokumenterede, frit
tilgængelige Perlmoduler i CPAN-stil. Det er velanset i fællesskabet og
bruges i mange højtprofilerede projekter, f.eks. Ensembl.
De anbefalede pakker er krævet for at køre nogle af de inkluderede binære
filer, for en detaljeret forklaring, inklusive de specifikke Perlmoduler,
se venligst README.Debian.
Den foreslået pakke forbedrer manualsiderne.
Please cite:
Jason E Stajich, David Block, Kris Boulez, Steven E Brenner, Stephen A Chervitz, Chris Dagdigian, Georg Fuellen, James G R Gilbert, Ian Korf, Hilmar Lapp, Heikki Lehvaslaiho, Chad Matsalla, Chris J Mungall, Brian I Osborne, Matthew R Pocock, Peter Schattner, Martin Senger, Lincoln D Stein, Elia Stupka, Mark D Wilkinson and Ewan Birney:
The Bioperl toolkit: Perl modules for the life sciences.
(PubMed,eprint)
Genome Res.
12(10):1611-1618
(2002)
|
|
bioperl-run
|
Versions of package bioperl-run |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.7.1-3 | all |
jessie | 1.6.9-2 | all |
trixie | 1.7.3-13 | all |
sid | 1.7.3-13 | all |
buster | 1.7.2-4 | all |
bullseye | 1.7.3-6 | all |
bookworm | 1.7.3-9 | all |
Debtags of package bioperl-run: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
|
License: DFSG free
|
Indeholder skripter fra pakken BioPerl-Run. Denne pakke vil også installere
alle programmer pakket i Debian som kan have omslag. Dem som ikke er frie
»foreslås« af denne pakke.
|
|
biosquid
Redskaber for biologisk sekvensanalyse
|
Versions of package biosquid |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.9g+cvs20050121-15.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.9g+cvs20050121-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.9g+cvs20050121-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.9g+cvs20050121-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch-backports | 1.9g+cvs20050121-11~bpo9+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.9g+cvs20050121-11 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 1.9g+cvs20050121-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 1.9g+cvs20050121-15.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package biosquid: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | comparing, converting, editing |
|
License: DFSG free
|
SQUID er et bibliotek af C-kodefunktioner for sekvensanalyse. Programmet
inkluderer også en antal små redskabsprogrammer til at konvertere, vise
statistik, manipulere og udføre andre funktioner på sekvensfiler.
Det oprindelige navn på pakken er »squid«, men da der allerede er en squid
i arkivet (en proxy-cache), blev den omdøbt til »biosquid«.
Denne pakke indeholder nogle værktøjer til at demonstrere funktionerne i
SQUID-biblioteket.
|
|
blast2
Tom overgangspakke for ncbi-blast+-legacy
|
Versions of package blast2 |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.8.1-1+deb10u1 | all |
stretch | 2.6.0-1 | all |
jessie | 2.2.26.20120620-8 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package blast2: |
biology | nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
science | calculation |
scope | utility |
use | searching |
works-with | biological-sequence |
|
License: DFSG free
|
Dette er en tom overgangspakke for ncbi-blast+-legacy. Den kan fjernes igen.
The package is enhanced by the following packages:
mcl
|
|
bowtie
Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner
|
Versions of package bowtie |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.1.1-2 | amd64 |
buster | 1.2.2+dfsg-4 | amd64,arm64 |
stretch | 1.1.2-6 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
sid | 1.3.1-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.3.1-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.3.1-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.3.0+dfsg1-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
Debtags of package bowtie: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
science | calculation |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with | biological-sequence |
|
License: DFSG free
|
Denne pakke adresserer problemet med at fortolke resultaterne fra de
seneste (2010) DNA-sekvensteknologier. Disse vil resultere i ret så korte
stræk og disse kan ikke fortolkes direkte. Det er udfordringen for
værktøjer såsom Bowtie at give en kromosonplacering til korte stræk af DNA
sekventeret per kørsel.
Bowtie sammenligner korte DNA-sekvenser (læsninger) for den menneskelige
arvemasse med en hastighed på mere end 25 millioner 35-bp læsninger per
time. Bowtie indekserer arvemassen med et Burrows-Wheeler-indeks for at
holde hukommelsesaftrykket lavt: Typisk omkring 2,2 GB for den menneskelige
arvemasse (2,9 GB for paired-end).
|
|
bowtie2
Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner
|
Versions of package bowtie2 |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.5.4-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bookworm | 2.5.0-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
jessie | 2.2.4-1 | amd64 |
bullseye | 2.4.2-2 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
stretch | 2.3.0-2 | amd64 |
sid | 2.5.4-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
buster | 2.3.4.3-1 | amd64 |
|
License: DFSG free
|
Bowtie 2 er et ultrahurtigt og hukommelseseffektivt værktøj til
sammenligning af sekventeringslæsninger til lange referencesekvenser. Det
er især velegnet til at justere læsninger fra omkring 50'erne op til
100'erne eller tusindvis af tegn, og særligt velegnet til at tilpasse til
relativt lange (f.eks pattedyrs) arvemasser.
Bowtie 2 indekserer arvemassen med et FM-indeks til at holde sin
hukommelsesaftryk lavt: for den menneskelige arvemasse er dets
hukommelsesaftryk typisk omkring 3,2 GB. Bowtie 2 understøtter
tilpasningstilstande for gapped, lokale og parret ende (paired-end).
|
|
boxshade
Pæn udskrift af flere sekvensersammenstillinger
|
Versions of package boxshade |
Release | Version | Architectures |
trixie | 3.3.1-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 3.3.1-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 3.3.1-12 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 3.3.1-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 3.3.1-8 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 3.3.1-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.3.1-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package boxshade: |
biology | format:aln, nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | typesetting |
works-with-format | html, plaintext, postscript, tex |
|
License: DFSG free
|
Boxshade er et program til at lave flotte udskrifter fra flere protein-
eller DNA-sekvensersammenstillinger. Programmet udfører ikke selv
sammenstillingerne og kræver som inddata en fil, som er oprettet af et
program til sekvenssammenstilling eller manuelt redigeret med respektive
værktøjer.
Boxshade læser flere sekvenssammenstillinger fra PILEUP-MSF, CLUSTAL-
ALN, MALIGNED-data og ESEE-save filer (begrænset til et maksimum af 150
sekvenser med op til 10000 elementer i hver). Adskillige slags skygger kan
påføres på identitiske/lignende restkoncentrationer. Uddata skrives til
skærm eller til en fil i følgende formater: ANSI/VT100, PS/EPS,
RTF, HPGL, ReGIS, LJ250-printer, ASCII, xFIG, PICT, HTML
|
|
bwa
Burrows-Wheeler Aligner (sekvenssammenligner)
|
Versions of package bwa |
Release | Version | Architectures |
stretch | 0.7.15-2+deb9u1 | amd64 |
bookworm | 0.7.17-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.7.17-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.7.18-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 0.7.18-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 0.7.10-1 | amd64 |
buster | 0.7.17-3 | amd64 |
stretch-backports | 0.7.17-1~bpo9+1 | amd64 |
Debtags of package bwa: |
biology | nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline, text-mode |
role | program |
use | analysing, comparing |
|
License: DFSG free
|
Burrows-Wheeler Aligner (BWA) er en programpakke, for oversættelse af
lavafvigende sekvenser mod en stor referencearvemasse, såsom den
menneskelige arvemasse. Den består af tre algoritmer: BWA-backtrack, BWA-SW
og BWA-MEM. Den første algoritme er designet for Illunina-sekvenslæsninger
op til 100 bp, mens de sidste to er for længere sekvenser fra 70 bp til 1
Mbp. BWA-MEM og BWA-SW deler funktioner såsom understøttelse af long-read
og opdelingssammenligning, men BWA-MEM, som er den seneste, anbefales
generelt for højkvalitets forespørgsler, da den er hurtigere og mere
præcis. BWA-MEM har også bedre ydelse end BWA-backtrack for 70-100 bp
Illumina-læsninger.
|
|
cassiopee
Indeks- og søgeværktøj i arvemassesekvenser
|
Versions of package cassiopee |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.0.5-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.0.9-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.0.9-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.0.9-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.0.1+dfsg-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 1.0.9-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 1.0.9-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
Cassiopee indeks- og søgebiblioteks C-implementering.
Dette er en fuldstændig omskrivning af Rubys Cassiopee. Den skanner en
arvemassesekvens (dns/rna/protein) og søger efter en undersekvens med en
præcis match eller tillader udskiftninger (Hamming-distance) og/eller
indsættelse/sletning.
Denne pakke indeholder værktøjerne cassiopee og cassiopeeknife.
|
|
cd-hit
Programpakke designet til hurtigt at gruppere sekvenser
|
Versions of package cd-hit |
Release | Version | Architectures |
buster | 4.6.8-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 4.8.1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 4.8.1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 4.8.1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 4.8.1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 4.6.6-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 4.6.1-2012-08-27-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
Cd-hit indeholder et antal programmer designet til hurtigt at gruppere
sekvenser. Cd-hit grupperer proteiner i klynger, som når en brugerdefineret
lighedstærskel. Cd-hit-est svarer til cd-hit, men er designet til at
gruppere nukleotidsekvenser (uden introner). Cd-hit-est-2d ligner cd-hit-2d
men er designet til at sammenligne to nukleotide datasæt. Et antal andre
relaterede programmer er også inkluderet i pakken. Se venligst manualen for
cd-hit, også en del af denne pakke, for yderligere information.
|
|
cdbfasta
Constant DataBase-indekserings- og indhentelsesværktøj for multi-FASTA-filer
|
Versions of package cdbfasta |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.00+git20230710.da8f5ba+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 0.99-20100722-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 0.99-20100722-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1.00+git20230710.da8f5ba+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.00+git20181005.014498c+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 0.99-20100722-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.00+git20181005.014498c+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
CDB (Constant DataBase) kan bruges for oprettelse af indekser for hurtig
indhentelse af alle bestemte sekvenser fra store multi-FASTA-filer. Det
har mulighed for at komprimere dataposter for at spare på pladsen.
|
|
circos
Plotprogram for visualisering af data
|
Versions of package circos |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 0.69.9+dfsg-2 | all |
jessie | 0.66-1 | all |
stretch | 0.69.4+dfsg-1 | all |
buster | 0.69.6+dfsg-2 | all |
sid | 0.69.9+dfsg-2 | all |
bullseye | 0.69.9+dfsg-2 | all |
trixie | 0.69.9+dfsg-2 | all |
Debtags of package circos: |
field | biology:bioinformatics |
role | program |
use | viewing |
|
License: DFSG free
|
Circos visualiserer data i et cirkulært layout - ideelt for udforskning af
relationer mellem objekter eller positioner og oprette stærkt informativ
grafik i udgivelseskvalitet.
Denne pakke tilbyder plotmotoren Circos, som afvikles via kommandolinjen
(ligesom gnuplot) og er fuldt skriptbar.
|
|
clearcut
Ekstrem effektiv fylogenetisk trærekonstruktion
|
Versions of package clearcut |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.0.9+git20211013.b799afe-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.0.9+git20211013.b799afe-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.0.9+git20211013.b799afe-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.0.9-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.0.9-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.0.9-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.0.9-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
Clearcut er referenceimplementeringen for Relaxed Neighbor
Joining-algoritmen (RNJ) af J. Evans, L. Sheneman og J. Foster fra
Initiative for Bioinformatics and Evolutionary Studies (IBEST) på
University of Idaho.
|
|
clonalframe
Udledning af bakterisk mikroevolution med multilocus sekvensdata
|
Versions of package clonalframe |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.2-9 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.2-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.2-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 1.2-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.2-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.2-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.2-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package clonalframe: |
role | program |
|
License: DFSG free
|
ClonalFrame identificerer de klonale relationer mellem medlemmer i en
prøve, mens programmet også estimerer den kromosome position for
begivenheder fra homolog rekombination, som har forstyrret den klonale arv.
ClonalFrame kan anvendes på alle slags sekvensdata, fra et enkelt fragment
af DNA til hele arvemasser. Programmet er velegnet for analyse af
MLST-data, hvor 7 genfragmenter er bleve sekventeret, men bliver
progressivt mere funktionsrig efterhånden som de sekventerede regioner øges
i længde og antal op til hele arvemasser. Dog kræver det at sekvenserne er
justeret. Hvis du har arvemassedata som ikke er justeret, så anbefales det
at bruge Mauve, som laver justering af hele bakterielle arvemasser med
præcis det format som kræves for analyse med ClonalFrame.
|
|
clustalo
Alment sekvenssammenligningsprogram for proteiner
|
Versions of package clustalo |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.2.4-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.2.1-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.2.4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.2.4-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.2.4-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.2.4-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.2.4-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
Clustal-Omega er et alment sekvenssammenligningsprogram (MSA), primært for amino-syre sekvenser. Det fremstiller MSA'er i høj kvalitet og kan håndtere datasæt med hundreder eller tusinder af sekvenser indenfor en fornuftig tid samt bruge flere processorer, når det er tilgængeligt.
Please cite:
Fabian Sievers, Andreas Wilm, David Dineen, Toby J Gibson, Kevin Karplus, Weizhong Li, Rodrigo Lopez, Hamish McWilliam, Michael Remmert, Johannes Söding, Julie D Thompson and Desmond G Higgins:
Fast, scalable generation of high-quality protein multiple sequence alignments using Clustal Omega.
(PubMed,eprint)
Molecular Systems Biology
7:539
(2011)
Topics: Sequence analysis
|
|
clustalw
Global nukleotid eller peptid sekvensjustering
|
Versions of package clustalw |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.1+lgpl-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 2.1+lgpl-7 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.1+lgpl-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.1+lgpl-7 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2.1+lgpl-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 2.1+lgpl-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.1+lgpl-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package clustalw: |
biology | format:aln, nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline, text-mode |
role | program |
scope | utility |
use | comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Dette program udfører en sammenligning af flere nukleotid- eller
aminosyresekvenser. Det genkender formatet for inddatasekvenser, og om
sekvenser er nukleinsyre (DNA / RNA) eller aminosyre (proteiner).
Uddataformatet kan vælges i forskellige formater for flere sammenligninger
såsom Phylip eller FASTA. Clustal W er velaccepteret.
Produktionen af Clustal W kan redigeres manuelt, men helst med et
justeringssredigeringsprogram som SeaView eller indenfor dens følgesvend
Clustal X. Når man bygger en model fra din sammenligning, kan denne
anvendes til forbedrede databasesøgninger. Debianpakken HMMER skaber en
sådan i form af en HMM.
The package is enhanced by the following packages:
clustalw-mpi
Please cite:
M. A. Larkin, G. Blackshields, N. P. Brown, R. Chenna, P. A. McGettigan, H. McWilliam, F. Valentin, I.M. Wallace, A. Wilm, R. Lopez, J. D. Thompson, T. J. Gibson and D. G. Higgins:
Clustal W and Clustal X version 2.0.
(PubMed,eprint)
Bioinformatics
23(21):2947-2948
(2007)
Topics: Sequence analysis
|
|
concavity
Forudsigelse af proteinligandbindingssteder fra struktur og bevaring
|
Versions of package concavity |
Release | Version | Architectures |
buster | 0.1+dfsg.1-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 0.1+dfsg.1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0.1+dfsg.1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.1+dfsg.1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 0.1+dfsg.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.1-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 0.1+dfsg.1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
ConCavity forudser proteinligandbindingssteder ved at kombinere evolutionær
sekvensbevaring og 3D-struktur.
ConCavity bruger en PDB-formateret proteinstruktur og ekstra filer, som
karakteriserer bevarelsen af kæderne for den evolutionære sekvens i
strukturfilen.
De følgende resultatfiler laves som standard:
- Restligandbindende forudsigelser for hver kæde (*.scores).
- Restligandbindende forudsigelser i en PDB-formatfil (restbedømmelser
placeres i temp.-faktorfeltet, *_residue.pdb).
- Pocket-forudsigelsesplaceringer i en DX-formatfil (*.dx).
- PyMOL-skript til at visualisere forudsigelserne (*.pml).
|
|
conservation-code
Værktøj til bedømmelse af bevaring af proteinsekvens
|
Versions of package conservation-code |
Release | Version | Architectures |
jessie | 20110309.0-3 | all |
sid | 20110309.0-8 | all |
stretch | 20110309.0-5 | all |
buster | 20110309.0-7 | all |
trixie | 20110309.0-8 | all |
bookworm | 20110309.0-8 | all |
bullseye | 20110309.0-8 | all |
|
License: DFSG free
|
Denne pakke indeholder score_conservation(1), et værktøj til at bedømme
bevaring af proteinsekvenser.
Følgende metoder til at bedømme bevaring er implementeret:
- sum af par
- vægtet sum af par
- Shannon-entropi
- Shannon-entropi med egenskabsgruppering (Mirny and Shakhnovich 1995,
Valdar and Thornton 2001)
- relativ entropi med egenskabsgruppering (Williamson 1995)
- von Neumann-entropi (Caffrey et al 2004)
- relativ entropi (Samudrala and Wang 2006)
- Jensen-Shannon divergens (Capra and Singh 2007)
En vinduesbaseret udvidelse, som inkorporerer den estimerede bevarelse af
tilstødende aminosyrerester i scoren for hver søjle, er også inkluderet.
Den vinduesbaseret tilgang kan anvendes på alle metoder til bedømmelse af
bevaring.
Programmet accepterer sammenligninger i CLUSTAL- og FASTA-formaterne.
Det sekvensspecifikke resultat kan bruges som input til pakken concavity.
Bevaring er yderst prædiktiv i identifikation af katalytiske sites og
aminosyrerester i nærheden af bundne ligander.
|
|
datamash
Statistisk værktøj for kommandolinjegrænseflader
|
Versions of package datamash |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 1.7-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.4-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 1.7-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.0.6-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 1.8-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.8-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1.0.7-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
GNU Datamash er et program for kommandolinjen, som udfører grundlæggende
numeriske, tekstbaserede og statistiske operationer på tekstdatafiler. Det
er designet, så det er troværdigt og kan flyttes omkring samt hjælpe
forskere med nemt at automatisere analyse af datakanaler, uden at skrive
kode eller endda korte skripter.
|
|
dialign
Segmentbaseret flersekvensjustering
|
Versions of package dialign |
Release | Version | Architectures |
sid | 2.2.1-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2.2.1-7 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 2.2.1-10 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.2.1-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.2.1-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.2.1-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.2.1-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package dialign: |
biology | format:aln, nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
DIALIGN2 er et kommandolinjeværktøj som kan gennemføre justering af flere
protein- eller DNA-sekvenser. Det konstruerer justeringer med gabsfrie par
af modsvarende segmenter fra sekvenserne. Dette rangeringsskema for
justeringer er den grundlæggende forskel mellem DIALIGN og andre globale
eller lokale justeringsmetoder. Bemærk at DIALIGN ikke gør brug af nogen
sanktioner over for gab.
|
|
dialign-tx
Segmentbaseret flersekvensjustering
|
Versions of package dialign-tx |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.0.2-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.0.2-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.0.2-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.0.2-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.0.2-12 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.0.2-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.0.2-7 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package dialign-tx: |
field | biology, biology:bioinformatics |
role | program |
scope | utility |
use | comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
DIALIGN-TX er et kommandolinjeværktøj til udførsel af flerjustering af
protein- eller DNA-sekvenser. Det er en fuldstændig reimplementering af den
segmentbaserede fremgangsmåde inklusiv flere nye forbedringer og heuristik
som forbedrer kvaliteten af uddatajusteringer væsentligt sammenlignet med
DIALIGN 2.2 og DIALIGN-T. For parvis justering bruger DIALIGN-TX en
algoritme til fragmentkædning som favoriserer kæder med lave resultater for
lokale justeringer over isolerede fragmenter med høje resultater. For
flerjustering bruger DIALIGN-TX en forbedret grådig procedure som er mindre
følsom for falske lokale sekvensensheder.
|
|
discosnp
Find enkel nukleotidpolymorfisme fra rå læsning af sæt
|
Versions of package discosnp |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.2.5-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.2.6-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.3.0-2 | amd64,arm64,i386 |
bullseye | 4.4.4-1 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
sid | 2.6.2-4 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
trixie | 2.6.2-4 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bookworm | 2.6.2-2 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
|
License: DFSG free
|
Software discoSnp er designet til at opdage Single Nukleotid
Polymorfi (SNP) fra rå læsning af sæt indhentet med Next Generation
Sequencers (NGS).
Bemærk at antallet af læsesæt ikke er begrænset, det kan være en,
to, eller mere. Bemærk også, at ingen andre oplysninger som reference
arvemasse eller anmærkninger er nødvendige.
Programmet består af to moduler. Første modul, kissnp2, detekterer SNP'er
fra læst sæt. Et andet modul, kissreads, forbedrer kissnp2- resultater ved
at beregne per læst sæt og for hvert fundet SNP:
1) dets middel læsedækning
2) (Phred) kvaliteten af læsninger oprettet af polymorfismen.
Dette program efterfølges af DiscoSnp++.
|
|
disulfinder
Cysteines disulfidbindingtilstand og forbindelsesprædiktor
|
Versions of package disulfinder |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.2.11-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.2.11-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.2.11-8 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.2.11-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.2.11-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.2.11-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.2.11-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package disulfinder: |
role | program |
|
License: DFSG free
|
»Disulfinder« er lavet til at forudsige disulfidbindingstilstand for
cysteiner og deres disulfid-forbindelse startende fra sekvens alene.
Disulfidebroer spiller en stor rolle i stabiliseringen af foldeprocessen
for adskillige proteiner. Forudsigelse af disulfidbroer fra sekvens alene
er derfor nyttig til undersøgelse af de strukturelle og funktionelle
egenskaber hos specifikke proteiner. Desuden kan viden om
disulfidbindingstilstand for cysteiner hjælpe den eksperimentelle
strukturbestemmelsesproces og kan være nyttige i andre annotationsopgaver
vedrørende arvemasse.
»Disulfinder« forudsiger disulfide mønstre i to beregningsmæssige faser:
(1) disulfidbindingstilstanden for hver cysteine forudsiges af en
BRNN-SVM-binær klassificering; (2) cysteiner, der vides at deltage
i dannelsen af broer parres med en Recursive Neural Network for at opnå
et forbindelsesmønster.
|
|
dnaclust
Værktøj til klyngedannelse af korte DNA-sekvenser
|
Versions of package dnaclust |
Release | Version | Architectures |
trixie | 3-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 3-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 3-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 3-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
Dnaclust er et værktøj til klyngedannelse af et stort antal korte
DNA-sekvenser. Klyngerne oprettes på en måde så »radiussen« for hver klynge
ikke er større end den angivne tærskel.
Inddatasekvenserne der skal indgå i klyngedannelsen skal være i formatet
Fasta. Id'en for hver sekvens er baseret på det første ord i sekvensen i
formatet Fasta. Det første ord er præfikset for teksthovedet til den første
forekomst af mellemrum i teksthovedet.
|
|
dssp
Sekundære proteinstruktur-opgave baseret på 3D-struktur
|
Versions of package dssp |
Release | Version | Architectures |
trixie | 4.4.10-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 4.4.10-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.2.1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 4.0.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.0.0-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 4.2.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.2.1-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
DSSP er et program, du bruger til at tildele den sekundære struktur af et
protein baseret på dens løste tredimensionelle (3D) struktur.
Denne version (4.2) af DSSP er en omskrivning, der skriver mmCIF-filer, men kan stadig fremstille det ældre format dssp. Nyt er også understøttelsen af PP helices.
|
|
embassy-domainatrix
Ekstra EMBOSS-kommandoer til håndtering af domæneklassifikationsfil
|
Versions of package embassy-domainatrix |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 0.1.660-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.1.650-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 0.1.660-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.1.660-5 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
stretch | 0.1.660-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.1.660-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 0.1.660-5 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
Debtags of package embassy-domainatrix: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, converting, editing, searching |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
DOMAINATRIX-programmerne blev udviklet af Jon Ison og kollegaer ved MRC
HGMP til deres proteindomæne-forskning. De er inkluderet som en EMBASSY-
pakke, der fortsat arbejdes på.
Programmerne i den aktuelle domainatrix-udgivelse er cathparse (danner
DCF-fil fra rå CATH-filer), domainnr (fjerner redundante domæner fra en
DCF-fil), domainreso (fjerner lavopløsningsdomæner fra en DCF-fil),
domainseqs (føjer sekvensposter til en DCF-fil), domainsse (føjer
sekundære struktur-poster til en DCF-fil), scopparse (danner DCF-fil
fra rå SCOP-filer) og ssematch (søger en DCF-fil for sekundære, matchende
strukturer).
|
|
embassy-domalign
Ekstra EMBOSS-kommandoer til proteindomæne-justering
|
Versions of package embassy-domalign |
Release | Version | Architectures |
stretch | 0.1.660-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.1.650-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 0.1.660-5 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
sid | 0.1.660-5 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bookworm | 0.1.660-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.1.660-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.1.660-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package embassy-domalign: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing, editing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
DOMALIGN-programmerne blev udviklet af Jon Ison og kollegaer ved MRC HGMP
til deres proteindomæne-forskning. De er inkluderet som en EMBASSY-pakke,
der fortsat arbejdes på.
Programmer i den aktuelle domalign-udgivelse er
allversusall(sekvenslighedsdata fra alle-mod-alle sammenligning),
domainalign (danner justering (DAF-fil) af noder i en DCF-fil), domainrep
(ændrer rækkefølge for DCF-fil for at identificere repræsentative
strukturer) og seqalign (udvider justeringer (DAF-fil) med sekvenser (DHF-
fil)).
|
|
embassy-domsearch
Ekstra EMBOSS-kommandoer til søgning i proteindomæner
|
Versions of package embassy-domsearch |
Release | Version | Architectures |
trixie | 0.1.660-4 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bullseye | 0.1.660-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 0.1.660-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.1.650-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 0.1.660-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 0.1.660-4 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bookworm | 0.1.660-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package embassy-domsearch: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing |
|
License: DFSG free
|
Programmet DOMSEARCH er udviklet af Jon Ison og kollegaer ved MRC HGMP
til deres proteindomæne-forskning. De er inkluderet som en EMBASSY-pakke,
der fortsat arbejdes på.
Programmer i denne DOMSEARCH-udgivelse er seqfraggle (fjerner
fragmentsekvenser fra DHF-filer), seqnr (fjerner redundans fra DHF-filer),
seqsearch (danner PSI-BLAST hit (DHF-fil) fra en DAF-fil), seqsort (fjerner
tvetydige, klassificerede sekvenser fra DHF-filer) og seqwords (danner DHF-
filer gennem nøgleordssøgninger fra UniProt).
|
|
emboss
Programpakke til europæisk molekylærbiologi
|
Versions of package emboss |
Release | Version | Architectures |
sid | 6.6.0+dfsg-15 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
trixie | 6.6.0+dfsg-15 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
buster | 6.6.0+dfsg-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 6.6.0+dfsg-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 6.6.0+dfsg-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 6.6.0+dfsg-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 6.6.0+dfsg-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package emboss: |
field | biology, biology:bioinformatics, biology:molecular |
interface | commandline |
role | program |
scope | suite |
use | analysing, comparing, converting, editing, organizing, searching, text-formatting, typesetting, viewing |
works-with | db |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
EMBOSS er en fri åben kildekode-programpakke specielt udviklet for kravene
i brugerfællesskabet for molekylærbiologi (f.eks. EMBnet). Programmet
håndterer automatisk data i en række formater og giver også mulighed for
gennemsigtig indhentelse af sekvensdata fra nettet. Der tilbydes også
omfattende biblioteker med pakken, der gør det til en platform hvor andre
videnskabsmænd kan udvikle og udgive programmer i ånden for åben kildekode.
EMBOSS integrerer også en vifte af tilgængelige pakker og værktøjer for
sekvensanalyse til en samlet helhed. EMBOSS bryder den historiske trend mod
kommercielle programpakker.
|
|
exonerate
generisk værktøj til parvis sekvenssammenligning
|
Versions of package exonerate |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.4.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 2.4.0-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 2.4.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.4.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.4.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2.2.0-6 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.4.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package exonerate: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | searching |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Exonerate tillader justering af sekvenser via en model med flere
justeringer, der bruger enten udførlig dynamisk programmering eller en
variation af heuristiker. De meste af funktionaliteten i den dynamsike
Wiseprogrammeringspakke blev erstattet med C for bedre effektivitet.
Exonerate er en tilhørende komponent i opbygningen af databaserne Ensembl
genome, der tilbyder sammenligningsoversigter mellem RNA- og DNA-sekvenser
og dermed afgør opdelingsvariationer og kodesekvenser generelt.
Et simulationssystem In-silico PCR Experiment (se manualsiden for ipcress)
pakkes med exonerate.
Denne pakke kommer også med et udvalg af redskaber til udførelse af enkle
og hurtige manipulationer på fasta-filer over 2 Gb.
|
|
fastdnaml
Værktøj for konstruktion af fylogentiske træer for DNA-sekvenser
|
Versions of package fastdnaml |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.2.2-14 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.2.2-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.2.2-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.2.2-17 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.2.2-17 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.2.2-10 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.2.2-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package fastdnaml: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
fastDNAml er et program afledt fra Joseph Felsensteins version 3.3 DNAML
(del af hans PHYLIP-pakke). Bruger bør konsultere dokumentationen for
DNAML før de bruger dette program.
fastDNAml er et forsøg på at løse det samme problem som DNAML, men at gøre
dette hurtigere og med mindre brug af hukommelse, så at større træer
og/eller flere bootstrap-replikater kan håndteres. Meget af fastDNAml er
bare en genindspilning af PHYLIP 3.3 DNAML-programmet fra PASCAL til C.
Bemærk at dette programs hjemmeside ikke længere er tilgængeligt og at
dette program derfor nok ikke vil se yderligere opdateringer.
|
|
fastlink
Hurtigere version af pedigree-programmer for Linkage
|
Versions of package fastlink |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 4.1P-fix100+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 4.1P-fix100+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 4.1P-fix100+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 4.1P-fix100+dfsg-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 4.1P-fix95-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 4.1P-fix100+dfsg-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 4.1P-fix100+dfsg-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package fastlink: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
|
License: DFSG free
|
Genetisk forbindelsesanalyse er en statistisk teknik brugt til at
oversætte gener og finde den omtrentlige placering af sygdomsgener. Der
var en programpakke for genetisk forbindelse som blev brugt som
standard og blev kaldt LINKAGE. FASTLINK er en signifikant ændret og
forbedret version af hovedprogrammerne i LINKAGE som kører meget
hurtigere sekventielt, kan køre parallelt, tillader brugeren at
gendanne yndefuldt fra et computernedbrud, og tilbyder omfattende ny
dokumentation. FASTLINK er blevet brugt i mere end 1.000 udgivne
studier for genetiske forbindelser.
Denne pakke indeholder de følgende programmer:
ilink: GEMINI-optimiseringsprocedure til at finde en lokal
optimeret værdi for theta-vektoren for
omkombinationsfraktioner
linkmap: beregner placeringspoint for et locus mod et fast kort
af andre loci
lodscore: sammenligner sandsynligheder på lokal optimeret theta
mlink: beregner lod-point og risiko med to af mere loci
unknown: identificer mulige genotyper for ukendte
|
|
fastqc
Kvalitetskontrol for høj gennemløb af sekvensdata
|
Versions of package fastqc |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.11.2+dfsg-3 | all |
sid | 0.12.1+dfsg-4 | all |
trixie | 0.12.1+dfsg-4 | all |
bookworm | 0.11.9+dfsg-6 | all |
bullseye | 0.11.9+dfsg-4 | all |
buster | 0.11.8+dfsg-2 | all |
stretch | 0.11.5+dfsg-6 | all |
|
License: DFSG free
|
FastQC forsøger at tilbyde en simpel måde at udføre lidt
kvalitetskontrol på rå sekvensdata, der kommer fra sekvensdatakanaler
med høj gennemløb. Programmet tilbyder et modulsæt af analyser, som du
kan bruge til et hurtigt indtryk af om dine data har nogle problemer,
som du skal være opmærksom på før du udfører yderligere analyse.
Hovedfunktionerne i FastQc er
- Import af data fra BAM-, SAM- eller FastQ-filer (alle varianter)
- Tilbyder et hurtigt overblik som fortæller dig i hvilke områder,
der kan være problemer
- Referatgrafer og tabeller til hurtigt at tilgå dine data
- Eksport af resultater til en HTML-baseret permanent rapport
- Operation uden internet til automatiseret oprettelse af rapporter
uden at køre det interaktive program
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
|
|
fasttree
Fylogenetiske træer fra opstillinger af nukleotid- eller proteinsekvenser
|
Versions of package fasttree |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.1.9-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.1.11-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.1.11-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.1.11-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.1.11-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2.1.7-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 2.1.10-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
FastTree udleder cirka-maksimum-likelihood fylogenetiske træer fra
opstillinger af nukleotid- eller proteinsekvenser. Den håndterer
opstillinger med op til en million sekvenser på rimelig tid og brug af
hukommelse. For store justeringer er FastTree 100-1000 gange hurtigere
end PhyML 3.0 eller RAxML 7.
FastTree er mere præcis end PhyML 3 med standardindstillinger, og meget
mere præcis end afstands-matrix metoder, der traditionelt anvendes til
store justeringer. FastTree bruger Jukes-Cantor eller generaliseret
tid-reversible (GTR) modeller af nukleotid-evolution og JTT (Jones-
Taylor-Thornton 1992) modelaminosyreevolution. For at tage højde for de
varierende satser evolution på tværs af steder, bruger FastTree en
enkelt sats for hvert sted (»CAT«-tilnærmelsen). Hvis du hurtigt vil
estimere pålideligheden af hver splittelse i træet, FastTree beregner
lokal støtteværdier med Shimodaira-Hasegawa-test (disse er de samme som
PhyML 3s »SH-lignende lokale understøtninger«).
Denne pakke indeholder en enkelt gevindudførelse (fasttree) og en
parallel udgave, som bruger OpenMP (fasttreMP).
|
|
fitgcp
Tilpasning af arvemasse-dækningsdistributioner med blandingsmodeller
|
Versions of package fitgcp |
Release | Version | Architectures |
sid | 0.0.20150429-5 | all |
stretch | 0.0.20150429-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
buster | 0.0.20150429-2 | amd64,arm64 |
bookworm | 0.0.20150429-5 | all |
bullseye | 0.0.20150429-4 | all |
trixie | 0.0.20150429-5 | all |
jessie | 0.0.20130418-2 | amd64,i386 |
|
License: DFSG free
|
Arvemassedækning, antallet af sekventeringslæsninger oversat til en
position i et genom, er en indsigtsfuld indikator for uregelmæssigheder i
sekventeringsforsøg. Mens den gennemsnitlige genomdækning ofte anvendes
inden for algoritmer i beregningsmæssig genomik, er de fuldstændige
oplysninger til rådighed i dækningsprofiler (d.v.s. histogrammer over alle
dækningsområder) i øjeblikket ikke udnyttet fuldt ud. Bias såsom
fragmenteret eller fejlagtigt henviste genomer bliver derfor ikke
indregnet. At gøre denne oplysning tilgængelig kan forbedre kvaliteten af
sekventeringseksperimenter og kvantitative analyser.
fitGCP er en ramme for montering af blandinger af sandsynlighedsfordelinger
for genom-dækningsprofiler. Udover almindeligt anvendte distributioner,
bruger fitGCP distributioner skræddersyet til at redegøre for de fælles
artefakter. Blandingsmodeller er iterativt tilpasset baseret på
Expectation-Maximization-algoritmen.
|
|
flexbar
Fleksibel stregkode og adapterfjernelse for sekvensplatforme
|
Versions of package flexbar |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.4.0-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.50-2 | amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el |
trixie | 3.5.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.5.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
experimental | 3.5.0-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 3.5.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2.50-1 | amd64,armhf,i386 |
bullseye | 3.5.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
Flexbar forbehandler high-throughput sekventeringsdata effektivt.
Programmet demultiplekser stregkodede kørsler og fjerner adaptersekvenser.
Endvidere tilbydes trimnings- og filtreringsfunktioner. Flexbar øger
oversættelseshastigheder og forbedrer arvemasse- og
transskriptome-samlinger. Programmet understøtter næstegeneration
sekventeringsdata i fasta/q- og csfasta/q-format fra Illumina, Roche 454 og
SOLID-platformen.
Parameternavne ændret i FLEXBAR. Gennemse venligst skripter. De seneste
måneder, standardindstillinger blev optimeret, blev flere fejl fastsat og
forskellige forbedringer blev foretaget, f.eks blev grænsefladen for
kommandolinjen moderniseret, nye trimningstilstande samt lavere tids- og
hukommelseskrav.
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
|
|
freecontact
Hurtig protein-kontaktprædiktor
|
Versions of package freecontact |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.0.21-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.0.21-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.0.21-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.0.21-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.0.21-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.0.21-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.0.21-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
FreeContact er en protein-kontaktrestprædiktor optimeret til hastighed.
Dens indgang er en flersekvensopstilling. FreeContact kan fungere som en
accelereret erstatning for de offentliggjorte kontaktprædiktorer
EVfold-mfDCA af DS. Marks (2011) og PSICOV af D. Jones (2011).
FreeContact accelereres af en kombination af vektorinstruktioner, flere
tråde og hurtigere gennemførelse af centrale dele. Afhængig af opstillingen
er 8-fold eller højere hastighedsforøgelser mulige.
En tilstrækkelig stor tilpasning er påkrævet for meningsfulde resultater.
Som minimum bør en opstilling med et effektivt (efter-vægtning)
sekvensantal større end længden af søgesekvensen anvendes. Opstillinger med
titusinder af (effektive) sekvenser betragtes som gode inddata.
Jackhmmer(1) fra hmmer-pakken eller hhblits(1) fra hhsuite kan anvendes til
at oprette opstillingerne, f.eks.
Denne pakke indeholder kommandolinjeværktøjet freecontact(1).
Topics: Structure prediction; Sequence analysis
|
|
gasic
Lighedskorrektion for arvemasseoverflod
|
Versions of package gasic |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 0.0.r19-8 | all |
buster | 0.0.r19-4 | amd64 |
bullseye | 0.0.r19-7 | all |
sid | 0.0.r19-8 | all |
trixie | 0.0.r19-8 | all |
jessie | 0.0.r18-2 | amd64 |
stretch | 0.0.r19-1 | amd64 |
|
License: DFSG free
|
Et mål for sekvensbaseret metagenomisk analyse er den kvantitative
taksonomiske vurdering af mikrobielle miljøsammensætninger. Imidlertid er
flertallet af indgangsvinklerne enten kvantificer ved lav opløsning (f.eks.
på rækkeniveau) eller de har alvorlige problemer angående meget lignende
arter. Alligevel er nøjagtig kvantificering på artsniveau ønskelig i
anvendelser såsom metagenomisk diagnostik eller fællesskabssammenligning.
GASiC er en metode til at korrigere læste justeringsresultater for de
uklarheder, der indførtes ved ligheder i arvemasser. Metoden har overlegen
ydelse i forhold til eksisterende metoder.
|
|
genometools
Alsidigt værktøjs til arvemasseanalyse
|
Versions of package genometools |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.6.5+ds-2.2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1.5.9+ds-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.5.3-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1.6.5+ds-2.2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye-backports-sloppy | 1.6.5+ds-2~bpo11+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.6.2+ds-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm-backports | 1.6.5+ds-2~bpo12+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.6.1+ds-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster-backports | 1.6.1+ds-3~bpo10+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.5.10+ds-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package genometools: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
uitoolkit | ncurses |
|
License: DFSG free
|
GenomeTools indeholder en samling af nyttige værktøjer for biologisk
sekvensanalyse og præsentation kombineret i en enkel binær fil.
Værktøjssættet indeholder binære filer for sekvens- og
annotationhåndtering, sekvenskomprimering, oprettelse og adgang for
indeksstruktur, annotationsvisualisering og meget mere.
|
|
gff2aplot
Parvise justeringsplot for arvemassesekvenser i PostScript
|
Versions of package gff2aplot |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2.0-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.0-11 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.0-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.0-7 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 2.0-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.0-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.0-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package gff2aplot: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline, shell |
role | program |
scope | utility |
use | converting, viewing |
works-with | image:vector |
works-with-format | plaintext, postscript |
|
License: DFSG free
|
Et program til at visualisere tilpasningen af to arvemassesekvenser sammen
med deres anmærkninger. Fra GFF-formaterede inddatafiler fremstilles
PostScript-figurer for den opstilling.
Den følgende menu viser mange af funktionerne i gff2aplot:
- Omfattende tilpasningsplot for alle GFF-funktioner. Attributter
defineres separat, så du kan kun ændre overordnede attributter
for en given fil eller dele samme tilpasning på tværs af
forskellige datasæt.
- Alle parametre er som standard indstillet i programmet, men det
kan også være fuldt konfigureret via gff2ps-lignende fleksible
tilpasningsfiler. Programmet kan håndtere flere af disse
filer, der sammenfatter alle indstillinger, før de fremstiller
det tilsvarende tal. Desuden kan alle tilpasningsparametre
indstilles via kommandolinjeparametre, som giver brugerne
mulighed for at lege med de parametre, før du tilføjer noget
til en tilpasset fil.
- Kilderækkefølgen er taget fra inddatafiler, hvis du bytter
filrækkefølge, kan du visualisere tilpasning og dens annotation
med det nye inddataarrangement.
- Alle justeringsbedømmelserne kan visualiseres i en PiP-boks nedenfor
gff2aplot-området, via en grå-farve-skala, brugerdefineret farveskala
eller bedømmelsesafhængige farveovergange.
- Skalerbare skrifttyper, som også kan vælges blandt de grundlæggende
PostScript-standardskrifter. Funktion- og gruppeetiketter kan drejes
for at forbedre læsbarheden i begge annotationsakser.
- Programmet er stadig defineret som et Unix-filter, så det kan
håndtere data fra filer, omadresseringer og datakanaler, skrive
resultatet til standardud og advarsler til standardfejl.
- Gff2aplot er i stand til at håndtere mange fysiske sideformater
(fra A0 til A10, og flere -see tilgængelige sidestørrelser i sin
manual-), inklusive brugerdefinerede. Dette giver mulighed for
at oprette arvemassekort i plakatstørrelse, enten i portræt eller
landskab.
- Du kan tegne forskellige justeringer på samme tilpasningsplot og
skelne dem ved hjælp af forskellige farver for hver.
- Formordbogen er blevet udvidet, således at yderligere formfigurer
er til rådighed (se vejledning).
- Annotation af fremskrivninger gennem tilpasningsplot (såkaldte bånd)
emulerer gennemsigtighed via komplementære farveudfyldningsmønstre.
Denne funktion gør det muligt at vise farvede pseudo-blandinger, når
vandrette og lodrette bånd overlapper hinanden.
|
|
gff2ps
laver PostScript-grafisk uddata fra GFF-filer
|
Versions of package gff2ps |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.98d-4 | all |
bullseye | 0.98l-4 | all |
buster | 0.98l-2 | all |
stretch | 0.98d-5 | all |
sid | 0.98l-6 | all |
trixie | 0.98l-6 | all |
bookworm | 0.98l-6 | all |
Debtags of package gff2ps: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | converting, viewing |
works-with | image:vector |
works-with-format | postscript |
|
License: DFSG free
|
gff2ps er et skriptprogram udviklet med det formål at konvertere gff-
formateret poster til højkvalitets en-dimensionelle plotninger i
PostScript. Sådanne plotninger er brugbare for sammenligning af genomiske
strukturer og til at visualisere uddata fra genom-annotationsprogrammer.
Programmet kan bruges på en meget simpel måde, da det antager at GFF-filen
selv indeholder nok formatinformation, men at den også tillader gennemløb
af en antal indstillinger og/eller en konfigurationsfil. Alt sammen for høj
grad af tilpasning.
|
|
giira
RNA-Seq-drevet gen-registrering der indarbejder tvetydige læsninger
|
Versions of package giira |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.0.20140210-2 | amd64 |
buster | 0.0.20140625-2 | amd64 |
stretch | 0.0.20140625-1 | amd64 |
|
License: DFSG free
|
GIIRA er en gen-forudsigelsesmetode, der identificerer potentielle
kodningsregioner udelukkende baseret på kortlægning af læsninger fra et
RNA-Seq-eksperiment. Det blev hovedsagelig konstrueret til prokaryotisk
gen-forudsigelse og er i stand til at vise gener inden i den viste region
for et operon. Det kan også bruges til eukaryoter og forudsiger
exon-intron- strukturer samt alternative isoformer.
|
|
glam2
Proteinmotiver med afstand fra ikke-justerede sekvenser
|
Versions of package glam2 |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1064-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 1064-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1064-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1064-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1064-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1064-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1064-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package glam2: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing, searching |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
GLAM2 er en programpakke til at finde motiver i sekvenser, typisk amino-
syre eller nukleotidsekvenser. Et motiv er et tilbagevendende
sekvensmønster: typiske eksempler er TAT-boksen og CAAX prenylation-
motivet. Den primære nyskabelse i GLAM2 er, at den tillader at indsætte og
slette i motiver.
Denne pakke inkluderer programmer for registrering af motiver delt af et
sæt af sekvenser og finde match til disse motiver i en sekvensdatabase samt
redskaber for konvertering af galm2-motiver til standardjusteringsformater,
maskerende glam2-motiver ud af sekvensen, så svagere motiver kan findes, og
fjerne meget ens medlemmer i et sæt af sekvenser.
Pakken inkluderer disse programmer:
glam2: finder motiver som deles af et sæt af sekvenser;
glam2scan: finder match - fra en sekvensdatabase - for motiver opdaget
af glam2;
glam2format: konverterer glam2-motiver til standardjusterede formater;
glam2mask: maskerer glam2-motiver ud af sekvenser, så svagere motiver
kan findes;
glam2-purge: fjerner medlemmer med stor lighed fra et sæt af sekvenser.
I denne binære pakke blev den hurtige Fourier-algoritme (FFT) aktiveret for
glam2.
|
|
gmap
Opdelt og SNP-overholdende justering for mRNA og korte læsninger
|
Versions of package gmap |
Release | Version | Architectures |
buster | 2019-01-24-1 (non-free) | amd64 |
bullseye | 2021-02-22+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
jessie | 2014-10-22-1 (non-free) | amd64 |
bookworm | 2021-12-17+ds-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
stretch | 2017-01-14-1 (non-free) | amd64 |
trixie | 2024-11-20+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64 |
sid | 2024-11-20+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64 |
Debtags of package gmap: |
field | biology, biology:bioinformatics, biology:structural |
role | program |
use | analysing |
|
License: DFSG free
|
Denne pakke indeholder programmerne GMAP og GSNAP samt redskaber til at håndtere genomdatabaser i GMAP/GSNAP-formatet.
GMAP (Genomic Mapping and Alignment Program) er et værktøj til at sammenligne EST-, mRNA- og cDNA-sekvenser.
GSNAP (Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program) er et værktøj til at sammenligne single-end og paired-end transkriptom-læsninger.
Begge værktøjer kan bruge en database med
- kendte splice-sider og identify novel splice-sider
- kendte single-nucleotide polymorphisms (SNPs)
GSNAP kan sammenligne bisulfit-behandlet DNA.
|
|
grinder
Alsidige omics shotgun og amplikon sekventeringslæsningssimulator
|
Versions of package grinder |
Release | Version | Architectures |
buster | 0.5.4-5 | all |
jessie | 0.5.3-3 | all |
sid | 0.5.4-6 | all |
trixie | 0.5.4-6 | all |
bookworm | 0.5.4-6 | all |
bullseye | 0.5.4-6 | all |
stretch | 0.5.4-1 | all |
|
License: DFSG free
|
Grinder er et alsidigt program til at skabe tilfældige shotgun og amplikon
sekvensbiblioteker baseret på DNA, RNA eller proteinreferencesekvenser
tilvejebragt i en FASTA-fil.
Grinder kan producere genomisk, metagenomisk, transkriptom,
metatranscriptomic, proteomiske, metaproteomic shotgun og amplicon datasæt
fra nuværende sekventeringsteknologier som Sanger, 454, Illumina. Disse
simulerede datasæt kan bruges til at teste nøjagtigheden af bioinformatiske
værktøjer under specifik hypotese, f.eks med eller uden sekventeringsfejl
eller med lav eller høj samfundsmangfoldighed. Grinder kan også bruges til
at hjælpe vælge mellem alternative sekventeringsmetoder til et
sekvensbaseret projekt, f.eks skal biblioteket paired-end eller ej, hvor
mange læsninger skal sekventeres.
|
|
gromacs
Simulator af molekyldynamik med bygge- og analyseværktøjer
|
Versions of package gromacs |
Release | Version | Architectures |
jessie | 5.0.2-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2016.1-2 | amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2019.1-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2020.6-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2022.5-2 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
trixie | 2024.4-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2024.4-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
experimental | 2025.0~beta-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
upstream | 2025.0~beta |
Debtags of package gromacs: |
field | biology, biology:structural, chemistry |
interface | commandline, x11 |
role | program |
uitoolkit | xlib |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
GROMACS er en alsidig pakke til at udføre molekyldynamik med, dvs.
simulere Newtons bevægelsesligninger for systemer med hundrede til
millioner partikler.
GROMACS er primært designet til biokemiske molekyler såsom proteiner og
lipider, som har en masse komplicerede bindingsvekselvirkninger, men da
GROMACS er ekstremt hurtig til at beregne ikke-bindingsvekselvirkninger
(som plejer at dominere simuleringer), anvender mange grupper det også til
forskning inden for ikke-biologiske systemer, f.eks. polymerer.
Denne pakke indeholder varianter både for afvikling på en enkelt maskine og via MPI-grænsefladen på tværs af flere maskiner.
|
|
hhsuite
Sensitiv proteinsekvenssøgning baseret på HMM-HMM-sammenligning
|
Versions of package hhsuite |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 3.3.0+ds-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
sid | 3.3.0+ds-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64 |
stretch | 3.0~beta2+dfsg-3 | amd64 |
trixie | 3.3.0+ds-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64 |
jessie | 2.0.16-5 | amd64 |
buster | 3.0~beta3+dfsg-3 | amd64 |
bullseye | 3.3.0+ds-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
|
License: DFSG free
|
HH-suite er en programpakke, udviklet i åben kildekode, for sensitiv proteinsekvenssøgning baseret på parvis sammenligning af skjulte Markov-modeller (HMM'er).
Denne pakke indeholder HHsearch og HHblits blandt andre programmer og
redskaber.
HHsearch bruger som inddata flere sekvenssammenligninger (MSA) eller
profil-HMM og søger i en database med HMM'er (f.eks. PDB, Pfam eller
InterPro) for homologe proteriner. HHserarch bruges ofte for
proteinstrukturforudsigelse til at detektere homologe skabeloner og til at
bygge meget præcise forespørgsels-skabelon parvise sammenligninger for
homolog modellering.
HHblits kan bygge højkvalitets MSA'er der starter fra enkelte sekvenser
eller fra MSA'er. Den transformerer disse til en forespørgsels-HMM og via en iterativ søgningsstrategi tilføjes signifikant lignende sekvenser fra den forrige søgning til den opdaterede forespørgsels-HMM for den næste
søgeiteration. Sammenlignet med PSI-BLAST er HHblits hurtigere, op til
dobbelt så sensitiv og programmet laver mere præcise sammenligninger.
|
|
hisat2
Grafbaseret sammenligning af korte nukleoide læsninger for mange genomer
|
Versions of package hisat2 |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.0.5-1 | amd64 |
bookworm | 2.2.1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.2.1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.2.1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 2.1.0-2 | amd64 |
bullseye | 2.2.1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
HISAT2 er et hurtigt og sensitivt sammenligningsprogram for oversættelse af
sekvenslæsning i næste generation (både DNA og RNA) til en population af
genomer fra mennesker (samt mod et enkelt referencegenom). Baseret på en
udvidelse af BWT for grafer blev et graf FM-indeks designet og
implementeret. Udover at bruge et globalt GFM-indeks, som repræsenterer en
population af genomer for mennesker, så bruger HISAT2 et stort sæt af små
GFM-indeks, som kollektivt dækker hele genomet (hvert indeks repræsenterer
et genomområde på 56 Kbp, med 55.000 indeks krævet for at dække
menneskepopulationen). Disse små indeks (kaldt lokale indeks), kombineret
med flere sammenligningsstrategier muliggør hurtig og præcis sammenligning
af sekvenslæsninger. Dette nye indeksskema kaldes et Hierarchical Graph
FM-indeks (HGFM).
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
|
|
hmmer
Profilskjulte Markov-modeller for proteinsekvensanalyse
|
Versions of package hmmer |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 3.3.2+dfsg-1 | amd64,i386 |
buster | 3.2.1+dfsg-1 | amd64,i386 |
stretch | 3.1b2+dfsg-5 | amd64,i386 |
jessie | 3.1b1-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 3.4+dfsg-2 | amd64,arm64,i386 |
sid | 3.4+dfsg-2 | amd64,arm64,i386 |
bullseye | 3.3.2+dfsg-1 | amd64,i386 |
Debtags of package hmmer: |
biology | format:aln, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | searching |
works-with | db |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
HMMER er en implementering af profilskjulte Markov-modelmetoder for
sensitive søgninger i biologiske sekvensdatabaser med brug af
flersekvensjusteringer som forespørgsler.
Givet en flersekvensjustering som input, bygger HMMER en statistisk model
kaldt »skjult Markovmodel«, som kan bruges som en forespørgsel ind i en
sekvensdatabase for at finde (og/eller justere) yderligere homologier for
sekvensfamilien.
|
|
idba
Iterativ De Bruijn Graph De Novo-kortlæserassemblere
|
Versions of package idba |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.1.3-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.1.2-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.1.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.1.3-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.1.3-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.1.3-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.1.3-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
IDBA står for iterative de Bruijn-grafassembler. I
beregningssekvensbiologi så løser en assembler puslespillet fra store
sekvensmaskiner, som har mange gigabyte med korte læsninger fra et stort
genom.
Denne pakke tilbyder flere varianter af IDBA-assembleren, da de alle
deler det samme kildetræ men har forskellige formål og udvikler sig
over tid.
IDBA er den grundlæggende iterativ de Bruijn-grafassembler for anden
generations sekvenslæsninger. IDBA-UD, en udvidelse af IDBA, er
designet til at udnytte parret-slut-læsninger til at samle regioner på
lav dybde og bruge progressiv dybde på config'er til at reducere fejl
i regioner med høj dybde. Det er en generisk formålsassembler og
specielt god til enkel-celle og metagenomiske sekvensdata. IDBA-Hybrid
er en anden opdateret version af IDBA-UD, som kan gør brug af et
lignende referencegenmom til at forbedre assembly-resultat. IDBA-Tran
er en iterativ de Bruijn-grafassembler for RNA-seq-data.
|
|
infernal
Logisk slutning for RNA-sekundære struktursammenligninger
|
Versions of package infernal |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.1.2-1 | amd64,i386 |
buster | 1.1.2-2 | amd64,i386 |
bullseye | 1.1.4-1 | amd64,i386 |
bookworm | 1.1.4-1 | amd64,i386 |
trixie | 1.1.5-2 | amd64,arm64,i386 |
sid | 1.1.5-2 | amd64,arm64,i386 |
jessie | 1.1.1-2 | amd64,i386 |
Debtags of package infernal: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
use | analysing |
|
License: DFSG free
|
Infernal (»INFERence of RNA Alignment«) søger i DNA-sekvensdatabaser efter
RNA-strukturer og sekvensligheder. Programmet tilbyder en implementering af
et specielt tilfælde af profilstokastisk kontekstfri grammatik kaldt
covariansmodeller (CM'er). En CM er som en sekvensprofil, men den scorer en
kombination af sekvenskonsensus og RNA sekundær strukturkoncensus, så i
mange tilfælde, er den bedre til at identificere RNA-homologer som bevarer
deres sekundære struktur bedre end deres primære sekvens.
Værktøjet er en integreret komponent i Rfam-databasen.
|
|
jellyfish
Tæl k-mers i DNA-sekvenser
|
Versions of package jellyfish |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.2.6-1 | amd64 |
jessie | 2.1.4-1 | amd64 |
sid | 2.3.1-4 | amd64,arm64,mips64el,riscv64 |
sid | 2.3.1-3 | ppc64el |
trixie | 2.3.1-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bookworm | 2.3.0-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el |
bullseye | 2.3.0-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el |
buster | 2.2.10-2 | amd64,arm64 |
|
License: DFSG free
|
JELLYFISH er et værktøj for hurtig, hukommelseseffektiv optælling af k-mers
i DNA. En k-mer er en understreng med længden k, og optælling af
forekomsterne af alle sådanne understrenge er et centralt trin i mange
analyser af DNA-sekvenser. JELLYFISH kan optælle k-mers via en i
størrelsesorden mindre brug af hukommelse og via en i størrelsesorden
større hurtighed end andre k-mer optællingspakker ved at bruge en effektiv
kodning af en hashtabel og ved at udnytte cpu-instruktionen »compare-and-
swap« til at øge parallelisme.
JELLYFISH er et program for kommandolinjen, som læser FASTA- og multi-
FASTA-filer indeholdende DNA-sekvenser. Den fremstiller sin k-mer-
optælling i et binært format, som kan oversættes til et læsevenligt
tekstformat via kommandoen »jellyfish dump«.
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
|
|
kalign
Global og progressiv flersekvensjustering
|
Versions of package kalign |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.03+20110620-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 3.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.3.5-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.4.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 3.4.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.03+20110620-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.03+20110620-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package kalign: |
biology | format:aln, nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Kalign er et kommandolinjeværktøj til at udføre flerjustering af
biologiske sekvenser. Den bruger Muth-Manbers algoritme til
strengmatchning, både til at forbedre præcisionen og hastigheden for
justeringen. Den bruger global, progressiv justeringsfremgangsmåde,
forbedret ved at bruge en omtrentlig strengmatchende algoritme til at
beregne sekvensafstande og ved at indarbejde lokale matchninger i den
ellers globale justering.
|
|
kissplice
Detektion af diverse slags polymorfismer i RNA-sekvensdata
|
Versions of package kissplice |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.4.0-p1-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
bullseye | 2.5.3-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
jessie | 2.2.1-3 | amd64 |
bookworm | 2.6.2-2 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
trixie | 2.6.7-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
sid | 2.6.7-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
buster | 2.4.0-p1-4 | amd64,arm64 |
Debtags of package kissplice: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
use | analysing |
works-with | biological-sequence |
|
License: DFSG free
|
KisSplice er et program, som gør det muligt at analysere RNA-sekvensdata
med eller uden en referencearvemasse. Det er en præcis lokal transcriptome
assembler hvor du kan identificere SNP'er, indels og alternative
splicing-hændelser. Programmet kan håndtere et arbitrært antal biologiske
betingelser og vil kvantificere hver variant i hver betingelse.
Programmet er blevet testet på Illumina-datasæt på op til 1G-læsninger.
Dets hukommelsesforbrug er omkring 5 Gb for 100 millioner læsninger.
Topics: RNA-seq; RNA splicing; Gene structure
|
|
last-align
sammenligning af biologisk sekvenser på genom-skala
|
Versions of package last-align |
Release | Version | Architectures |
jessie | 490-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1542-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1542-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1447-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1179-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 963-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 830-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package last-align: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:bioinformatics |
role | program |
|
License: DFSG free
|
LAST er programmel til sammenligning og justering af sekvenser, typisk DNA-
eller protein-sekvenser. LAST ligner BLAST, men det er bedre til at
håndtere meget store mængder af sekvensdata. Her er to ting som LAST er god
til:
- Sammenligning af store (eksempelvis pattedyrs) genomer.
- Kortlægge masser af sekvens-mærker oven på et genom.
Den primære, tekniske innovation er at LAST finder indledende samstemmende
forekomster, baseret på deres mangfoldighed, i stedet for at benytte en
fast størrelse (BLAST bruger eksempelvis 10-mers). Dette gør, at man kan
kortlægge mærker til genomer, uden gentagelsesmaskering (eng. »repeat-
masking«), uden at blive overvældet af gentagne forekomster. For at finde
disse forekomster som har forskellige størrelser, så bruger den en suffiks-
række (inspireret af Vmatch). For at opnå høj følsomhed, så bruger den en
usammenhængende suffiks-række, der er en analog til frø som placeres med
mellemrum.
|
|
loki
MCMC-koblingsanalyse vedrørende generelle stamtavler
|
Versions of package loki |
Release | Version | Architectures |
sid | 2.4.7.4-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.4.7.4-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.4.7.4-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.4.7.4-8 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.4.7.4-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.4.7.4-5 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 2.4.7.4-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package loki: |
field | biology |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing |
|
License: DFSG free
|
Udfører Markov chain Monte Carlo flerpunkts koblingsanalyse på store
komplekse stamtavler. Den nuværende pakke understøtter kun analyse på
kvantitative egenskaber, selvom denne begrænsning vil blive løftet i
senere versioner. Fælles vurdering af QTL-antal, placering og effekter
bruger Reversible Jump MCMC. Det er også muligt kun at udføre påvirkede
IBD-delingsanalyser.
The package is enhanced by the following packages:
loki-doc
|
|
macs
Modelbaseret analyse af ChIP-Seq på korte læsesekvenser
|
Versions of package macs |
Release | Version | Architectures |
sid | 3.0.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 3.0.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2.0.9.1-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.1.1.20160309-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.1.2.1-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.2.7.1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.2.7.1-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
MACS opbygger empirisk længden af de sekventerede ChIP-fragmenter, som
tenderer til at være kortere end lydbehandling eller størrelsesestimater
for bibliotekskonstruktion og bruger den til at forbedre den rumlige
opløsning af forudsagte bindingssteder. MACS bruger også en dynamisk
Poisson-fordeling til effektivt at fange lokale skævheder i
arvemassesekvensen, hvilket giver mulighed for mere følsom og robust
forudsigelse. MACS sammenligner positivt til eksisterende ChIP-Seq
peak-finding-algoritmer, er offentligt tilgængelig åben kildekode og kan
bruges til ChIP-Seq med eller uden kontrolprøver.
Please cite:
Yong Zhang, Tao Liu, Clifford A Meyer, Jérôme Eeckhoute, David S. Johnson, Bradley E. Bernstein, Chad Nussbaum, Richard M. Myers, Myles Brown, Wei Li and X Shirley Liu:
Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS).
(PubMed,eprint)
Genome Biol.
9(9):R137
(2008)
|
|
mafft
Program til justering af flere aminosyrer eller nukleotide sekvenser
|
Versions of package mafft |
Release | Version | Architectures |
buster | 7.407-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
trixie | 7.505-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 7.205-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 7.505-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 7.475-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 7.505-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 7.307-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 7.525 |
Debtags of package mafft: |
biology | format:aln, nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
MAFFT er et program til justering af flere sekvenser, der tilbyder tre
præcisionsorienterede metoder:
- L-INS-i (nok mest præcis, anbefales for <200 sekvenser;
iterativ raffineringsmetode som indarbejder information om lokal
parvis justering),
- G-INS-i (egnet til sekvenser af samme længder; anbefales til
<200 sekvenser; iterativ raffineringsmetode til at indarbejde
information om den globalt parvise justering),
-
E-INS-i (egnet til sekvenser, der indeholder store regioner som ikke
kan justeres; anbefales til <200 sekvenser),
og fem hastigheds-orienterede metoder:
-
FFT-NS-i (iterativ raffineringsmetode; blot to cyklusser),
- FFT-NS-i (iterativ raffineringmetode; maks. 1000 gentagelser),
- FFT-NS-2 (hurtig; progressiv metode),
- FFT-NS-1 (meget hurtig; anbefales til >2000 sekvenser; progressiv
metode med en groft vejledende træ),
- NW-NS-PartTree-1 (anbefales til ~50.000 sekvenser; progressiv
metoden med PartTree-algoritmen).
|
|
mapsembler2
Bioinformatik målrettet programmer til samling
|
Versions of package mapsembler2 |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2.1.6+dfsg-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 2.2.4+dfsg1-4 | amd64,arm64,ppc64el,s390x |
trixie | 2.2.4+dfsg1-4 | amd64,arm64,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.2.4+dfsg1-4 | amd64,arm64,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.2.4+dfsg1-3 | amd64,arm64,ppc64el,s390x |
buster | 2.2.4+dfsg-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.2.3+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
Mapsembler2 er et målrettet program til samling.
Det bruger et datasæt af rå NGS-læsninger (fasta eller fastq, gzippet
eller ej) og et datasæt af sekvenser (startere).
Det bestemmer først om hver starter er read-coherent, f.eks. om
læsninger bekræfter tilstedeværelsen af hver starter i den oprindelige
sekvens.
For hver read-coherent-starter laver Mapsembler2 dens sekvensnaboskab
som en lineær sekvens eller som en graf, afhængig af brugervalget.
Mapsembler2 kan bruges for (men ikke begrænset til):
- Valider en samlet sekvens (inddata som starter), f.eks. fra en de
Bruijn-grafsamling hvor read-coherence ikke blev påtvunget
- Kontrollere om et gen (inddata som starter) har en homolog i et sæt
af læsninger
- Kontrollere om et kendt enzym er til stede i en metagenomisk NGS-
læst sæt
- Berige læsninger der ikke kan kortlægges ved at udvide dem,
eventuelt gøre dem egnet for kortlægning
- Kontrollere hvad der sker i ekstremiteterne af en contig
- Fjerne forureninger eller symbiont-læsninger fra et læst sæt
|
|
maq
kortlægger korte, fast-længde, polymorfiske DNA-sekvenslæsninger til reference-sekvenser
|
Versions of package maq |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 0.7.1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 0.7.1-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 0.7.1-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.7.1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.7.1-5 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 0.7.1-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.7.1-8 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package maq: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing, searching |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Maq (forkortelse af »Mapping and Assembly with Quality«) bygger kortlagte
montager fra korte læsninger genereret af næste generation inden for
maskiner til sekvensering. Det blev særligt designet til »Illumina-Solexa 1G
Genetic Analyzer«, og har indledende funktionalitet til at håndtere ABI
SOLid-data. Maq var tidligere kendt som mapass2.
Udvikling af Maq stoppede i 2008. Dets efterfølger er BWA og SAMtools.
|
|
melting
beregn smeltepunktet for nukleinsyre-duplekser
|
Versions of package melting |
Release | Version | Architectures |
buster | 5.2.0-1 | all |
sid | 5.2.0-2 | all |
bullseye | 5.2.0-2 | all |
trixie | 5.2.0-2 | all |
bookworm | 5.2.0-2 | all |
jessie | 4.3.1+dfsg-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 4.3.1+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package melting: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:molecular |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
suite | gnu |
use | analysing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Dette program beregner - for nukleinsyre-duplekser - entalpien, entropien og
smeltepunktet for skruelinjespolers overgange (helix-coil transitions). Tre
slags hybridiseringer er mulige: DNA/DNA, DNA/RNA og RNA/RNA. Programmet
beregner først entalpi- og entropi-hybridiseringen fra de elementære
parametre fra hvert Crick-par med nærmeste-nabo-metoden. Efterfølgende
beregnes smeltetemperaturen. Sættet af termodynamiske parametre kan let
ændres, eksempelvis i kølvandet på et eksperimentelt gennembrud.
|
|
minia
Kort-læst biologisk sekvensamler
|
Versions of package minia |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 3.2.1+git20200522.4960a99-1 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
trixie | 3.2.6-4 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
jessie | 1.6088-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.6906-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 3.2.6-4 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
buster | 1.6906-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 3.2.6-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
|
License: DFSG free
|
Hvad der blev omtalt som »næste-generations« DNA-sekventering op til året 2020 leverede kun »korte« læsninger op til ~600 basepar i længden, der så skulle samles over tilfældige overlapninger i deres sekvens mod et komplet genom. Dette er genomsamlingen. Og der er mange biologiske faldgruber på lange strækninger af regioner med lav kompleksitet og variationer i kopital og andre slags redundans, der gør dette vanskeligt.
Denne pakke tilbyder en kort-læst DNA-sekvenssamler baseret på en de Bruijn-graf, der kan samle et menneskegenom på en skrivebordscomputer på en dag.
Resultatet af Minia er et sæt af contig'er, dvs. strækninger af hulfrie og lineære overlapninger af korte læsninger. I bedst mulige tilfælde er dette
et helt kromosom.
Minia fremstiller resultater med tilsvarende sammenhæng og præcision som andre de Bruijn-samlere (f.eks. Velvet).
Topics: Sequence assembly
|
|
mipe
Værktøjer til at gemme PCR-afledte data
|
Versions of package mipe |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.1-4 | all |
bullseye | 1.1-9 | all |
trixie | 1.1-9 | all |
sid | 1.1-9 | all |
bookworm | 1.1-9 | all |
stretch | 1.1-5 | all |
buster | 1.1-7 | all |
Debtags of package mipe: |
field | biology, biology:bioinformatics, biology:molecular |
interface | commandline |
role | documentation, program |
scope | utility |
use | organizing |
works-with-format | xml |
|
License: DFSG free
|
MIPE tilbyder et standardformat til at udveksle og/eller gemme al
information forbundet med PCR-eksperimenter via brug af en flad tekstfil.
Dette vil:
- tillade udveksling af PCR-data mellem forskere/laboratorier
- aktivere sporbarhed for data
- forhindre problemer når der indsendes data til dbSTS eller dbSNP
- aktivere skrivning af standardskripter til at udtrække data (f.eks.
en liste af PCR-primere, SNP-positioner eller haplotyper for forskellige
dyr)
Selvom dette værktøj kan bruges til datalagring er dets primære fokus
dataudveksling. For større arkiver er relationelle databaser et bedre valg
for lagring af disse data. MIPE-formatet kan så bruges som et
standardformat at importere til og/eller eksportere fra disse databaser.
|
|
mira-assembler
Hel Genome Shotgun og EST Sequence Assembler
|
Versions of package mira-assembler |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 4.9.6-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 4.9.6-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 4.9.6-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 4.0.2-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 4.9.6-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
trixie | 4.9.6-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 4.9.6-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package mira-assembler: |
role | program |
|
License: DFSG free
|
Mira er en specialiseret gensekvenssamler for sekvensprojekter regnet som
»svære« på grund af et stort antal ensformige gentagelser. For expressed
sequence tags-transskriptioner (EST'er) er miraEST specialiseret på
rekonstruktion af urørte mRNA-transskriptioner mens det detekterer og
klassificerer enlige nukleotidpolymorfismer (SNP), der opstår i forskellige
variationer herudfra.
Sekvenssamleren bruges rutinemæssigt til forskellige opgaver såsom
mutationsdetektering i forskellige celletyper, analyser af ligheder i
transskriptioner mellem organismer og samling af urørte sekvenser fra
forskellige kilder for oligodesign i kliniske mikroarrayeksperimenter.
Pakken tilbyder følgende kørbare filer:
- mira: for samling af genomsekvenser
- miramem: estimerer hukommelsen krævet af et projekt. Fungerer
ved at lænke til mira.
- mirabait: et »grep«-lignende værktøj til at vælge læsninger med kmerer
op til 256 baser.
- miraconvert: er et værktøj til at konvertere, udtrække og nogle gange
genberegne alle slags data relateret til sekvenssamlingsfiler.
|
|
mlv-smile
Find statistisk signifikante mønstre i sekvenser
|
Versions of package mlv-smile |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.47-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.47-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 1.47-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.47-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.47-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.47-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
Smile bestemmer sekvensmotif'er på grundlag af et sæt af DNA-, RNA- eller proteinsekvenser.
- Ingen hård begrænsning i antallet af kombinationer af motif'er til at
beskrive undersæt af sekvenser
- Sekvensalfabetet kan angives
- Brugen af jokertegn er understøttet
- Bedre bestemmelse af signifikans af motif'er ved simulering
- Introduktion af et sæt af sekvenser med negative kontroller
der ikke automatisk matcher bestemte motif'er
|
|
mothur
Programpakke for sekvensanalyse til forskning i mikrobiota
|
Versions of package mothur |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.33.3+dfsg-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 1.44.3-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.41.21-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.38.1.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.48.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.48.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.48.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
upstream | 1.48.2 |
Debtags of package mothur: |
role | program |
|
License: DFSG free
|
Mothur søger at udvikle et enkelt stykke open source program, der kan
udvides til at fylde bioinformatikbehov i mikrobiel økologisamfund. Den
har indbygget funktionalitet for dotur, sons, treeclimber, s-libshuff,
unifrac og meget mere. Ud over at forbedre fleksibiliteten af disse
algoritmer er en række andre funktioner, herunder regnemaskiner og
visualiseringsværktøjer, blevet tilføjet.
Please cite:
Patrick D Schloss, Sarah L Westcott, Thomas Ryabin, Justine R Hall, Martin Hartmann, Emily B Hollister, Ryan A Lesniewski, Brian B Oakley, Donovan H Parks, Courtney J Robinson, Jason W Sahl, Blaz Stres, Gerhard G Thallinger, David J Van Horn and Carolyn F Weber:
Introducing mothur: Open-source, platform-independent, community-supported software for describing and comparing microbial communities.
(PubMed)
Appl Environ Microbiol
75(23):7537-7541
(2009)
Topics: Microbial ecology
|
|
mrbayes
Bayesiansk inferens for fylogeni
|
Versions of package mrbayes |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.2.6+dfsg-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 3.2.6+dfsg-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 3.2.7a-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.2.7a-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 3.2.7a-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 3.2.3+dfsg-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 3.2.7a-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
Bayesiansk inferens for fylogeni er baseret på en kvantitet kaldt den
posterior sandsynlighedsfordeling for træer, som er sandsynligheden for et
træ betinget af observationerne. Den betingelse opnås ved hjælp af Bayes
sætning. Den posterior sandsynlighedsfordeling for træer er umuligt at
beregne analytisk; i stedet, bruger MrBayes en simuleringsteknik kaldet
Markov chain Monte Carlo (eller MCMC) at tilnærme posteriore
sandsynligheder af træer.
The package is enhanced by the following packages:
mrbayes-doc
|
|
mummer
Effektiv sekvensjustering for hele genomer
|
Versions of package mummer |
Release | Version | Architectures |
jessie | 3.23~dfsg-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 3.23+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.23+dfsg-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 3.23+dfsg-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 3.23+dfsg-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.23+dfsg-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.23+dfsg-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 4.0.0.~beta5 |
Debtags of package mummer: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
MUMmer er et system til hurtig justering af hele genomer, uanset om det er
i komplet eller udkastform. For eksempel kan MUMmer 3.0 finde alle eksakte
sammenfald for 20-basepar eller længere mellem et par af 5-megabase genomer
på 13,7 sekunder, med brug af 78MB hukommelse, på en stationær 2,4GHz
Linux-maskine. MUMmer kan også justere genomer som ikke er komplette; den
håndterer de hundrede- eller tusindevis af »contig'er« fra et »shotgun«-
sekventeringsprojekt med lethed, og vil justere dem til et andet sæt af
»contig'er« eller et genom med brug af NUCmer-programmet som er inkluderet
i systemet. Hvis arterne er for divergerende til registrering af lighed
gennem DNA-sekvensjustering, så kan PROmer-programmet danne justeringer
baseret på »six-frame«-oversættelser af begge input-sekvenser.
The package is enhanced by the following packages:
e-mem
Topics: Sequence analysis
|
|
muscle
Flerjusteringsprogram for proteinsekvenser
|
Versions of package muscle |
Release | Version | Architectures |
trixie | 5.1.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 5.1.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 3.8.31+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 3.8.31-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 5.1.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 3.8.1551-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 3.8.1551-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 5.3 |
Debtags of package muscle: |
biology | format:aln, nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
MUSCLE er et flerjusteringsprogram for proteinsekvenseer. MUSCLE står for flersekvenssammenligning efter log-forventning. I forfatternes test opnåede MUSCLE den højeste pointgivning af alle testede programmer i flere målinger for forskellige justeringspræcisioner, og programmet er også et af de hurtigste programmer på markedet.
Topics: Sequence analysis
|
|
muscle3
multiple alignment program of protein sequences
|
Versions of package muscle3 |
Release | Version | Architectures |
sid | 3.8.1551-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 3.8.1551-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.8.1551-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
MUSCLE is a multiple alignment program for protein sequences. MUSCLE
stands for multiple sequence comparison by log-expectation. In the
authors tests, MUSCLE achieved the highest scores of all tested
programs on several alignment accuracy benchmarks, and is also one of
the fastest programs out there.
This is version 3 of the muscle program. It is a different program
than muscle version 5 which is packaged as muscle in Debian.
Topics: Sequence analysis
|
|
mustang
strukturel justering på flere måder af proteiner
|
Versions of package mustang |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.2.3-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 3.2.4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 3.2.4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.2.4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.2.3-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 3.2.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 3.2.2-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package mustang: |
biology | peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Mustang er en algoritme til justering af flere proteinstrukturer.
Givet et sæt af PDB-filer, bruger programmet den rumlige information i
Calpha-atomer hos sættet til at producere en sekvensjustering.
Baseret på en progressiv parvis heuristik fortsætter algoritmen så igennem
et antal raffineringsgennemløb. Mustang rapporterer den flertydige
sekvensjustering og den tilsvarende superplacering af strukturer.
|
|
ncbi-epcr
Værktøj til at teste en DNA-sekvens for tilstedeværelsen af sekvensmærkede steder
|
Versions of package ncbi-epcr |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2.3.12-1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.3.12-1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.3.12-1-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.3.12-1-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2.3.12-1-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.3.12-1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.3.12-1-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package ncbi-epcr: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | checking, searching |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Electronic PCR (e-PCR) er en beregningsmæssig procedure, som bruges til at
identificere mærkede sider (STS'er) inden i DNA-sekvenser. e-PCR kigger
efter potentielle STS'er i DNA-sekvenser ved at søge efter undersekvenser
som tæt matcher PCR-primerne og har den korrekte rækkefølge, orientering,
og plads, som kan repræsentere PCR-primerne brugt til at oprette kendte STS'er.
Den nye version af e-PCR implementerer en uafklaret (»fuzzy«)
matchstrategi. For at reducere sandsynligheden for at en sand STS vil blive
overset på grund af forkerte match, så kan flere adskilte ord blive brugt i
stedet for et enkelt præcist ord. Hver af disse ord har grupper af
signifikante positioner adskilt af »jokertegnspositioner« som ikke har krav
om at matche. Derudover er det også muligt at tillade huller i
primerjusteringerne.
Hovedmotivationen for at implementering af omvendt søgning (kaldt Reverse
e-PCR) var at gøre det muligt at søge i den menneskelige gensekvens og
andre store gensamlinger. Den nye version af e-PCR tilbyder en søgetilstand
der bruger en forespørgselssekvens mod en sekvensdatabase.
Dette program er stoppet opstrøm og det foreslås at bruge Primer-Blast
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/
i stedet for.
|
|
ncbi-tools-bin
NCBI-biblioteker for biologiprogrammer - tekstbaserede redskaber
|
Versions of package ncbi-tools-bin |
Release | Version | Architectures |
trixie | 6.1.20170106+dfsg2-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 6.1.20170106+dfsg1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 6.1.20170106+dfsg1-0+deb10u2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 6.1.20170106+dfsg1-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 6.1.20120620-8 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 6.1.20170106+dfsg1-0+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 6.1.20170106+dfsg2-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package ncbi-tools-bin: |
biology | nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
network | client |
role | program |
science | calculation |
scope | utility |
use | analysing, calculating, converting, searching |
works-with | biological-sequence |
works-with-format | plaintext, xml |
|
License: DFSG free
|
Denne pakke inkluderer forskellige redskaber distribueret med NCBI C SDK,
inklusive udviklingsværktøjerne asntool og errhdr (tidligere i
libncbi6-dev). Ingen af programmerne i denne pakke kræver X; du kan finde
de X-baserede redskaber i pakken cbi-tools-x11. BLAST og relaterede
værktøjer er nu i en separat kildebase, svarende til pakkerne ncbi-blast+
og ncbi-blast+-legacy.
The package is enhanced by the following packages:
mcl
|
|
ncoils
Coiled coil - sekundær strukturforudsigelse
|
Versions of package ncoils |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2002-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2002-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 2002-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2002-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2002-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2002-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2002-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
Programmet forudser sekundære strukturforudsigelser for coiled coil for proteinsekvenser. Algoritmen blev udgivet i Lupas, van Dyke & Stock, Predicting coiled coils fra protein sequences Science, 252, 1162-1164, 1991.
|
|
neobio
Beregner opstillinger af aminosyre- og nukleotidsekvenser
|
Versions of package neobio |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.0.20030929-1.1 | all |
buster | 0.0.20030929-4 | all |
sid | 0.0.20030929-6 | all |
trixie | 0.0.20030929-6 | all |
bookworm | 0.0.20030929-6 | all |
bullseye | 0.0.20030929-6 | all |
stretch | 0.0.20030929-2 | all |
|
License: DFSG free
|
Bibliotek og grafisk brugergrænseflade for parvise sekvensjusteringer.
Implementering af de dynamiske programmeringsmetoder for Needleman & Wunsch
(global justering) og Smith & Waterman (lokal justering).
|
|
paraclu
Parametrisk klyngedannelse af genomiske og transkriptomfunktioner
|
Versions of package paraclu |
Release | Version | Architectures |
jessie | 9-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 10-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 9-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 10-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 10-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 9-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 9-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
Paraclu finder klynger i data knyttet til sekvenser. Det blev først påført
transkriptionsstartantal i genomsekvenser, men det kunne også anvendes til
andre ting.
Paraclu er beregnet til at udforske dataene, pålægge minimal forudgående
antagelser og lade dataene tale for sig selv.
En konsekvens af dette er, at paraclu kan finde klynger inden i klynger.
Reelle data udviser sommetider klyngedannelse på flere skalaer: Der kan
være store, forfinede klynger; og inden for hver stor klynge kan der være
flere små, tætte klynger.
|
|
parsinsert
Påholdende Indsættelse af uklassificerede sekvenser i fylogenetiske træer
|
Versions of package parsinsert |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.04-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.04-15 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.04-15 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1.04-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.04-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 1.04-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.04-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
ParsInsert fremstiller effektivt både et fylogenetisk træ og taksonomisk
klassifikation for sekvenser for mikrobielle samfundssekvensanalyse. Dette
er en C++-gennemførelse af påholdende indsættelsesalgoritme.
|
|
pdb2pqr
Præparation af proteinstrukturer for elektrostatiske beregninger
|
Versions of package pdb2pqr |
Release | Version | Architectures |
sid | 3.6.1+dfsg-1 | all |
trixie | 3.6.1+dfsg-1 | all |
bookworm | 3.5.2+dfsg-3 | all |
jessie | 1.9.0+dfsg-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.1.1+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.1.1+dfsg-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.1.1+dfsg-7+deb11u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 3.6.2 |
|
License: DFSG free
|
PDB2PQR er en Pythonprogrampakke, som automatiserer mange af de fælles
opgaver med at forberede strukturer for kontinuum elektrostatik beregninger.
Det giver således et af platformen uafhængigt værktøj til konvertering af
proteinfiler i PDB-format til PQR-format. Disse opgaver omfatter:
- Tilføjelse af et begrænset antal manglende tunge atomer til
biomolekylære strukturer
- Bestemmelse af sidekæde pKas
- Placering af manglende hydrogener
- Optimering af proteinet til gunstig hydrogenbinding
- Tildele ladnings- og radiusparametre fra en række kraftfelter
|
|
perm
efficient mapping of short reads with periodic spaced seeds
|
Versions of package perm |
Release | Version | Architectures |
trixie | 0.4.0-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 0.4.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0.4.0-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.4.0-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 0.4.0-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 0.4.0-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 0.4.0-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
PerM is a software package which was designed to perform highly efficient
genome scale alignments for hundreds of millions of short reads produced by
the ABI SOLiD and Illumina sequencing platforms. Today PerM is capable of
providing full sensitivity for alignments within 4 mismatches for 50bp SOLID
reads and 9 mismatches for 100bp Illumina reads.
|
|
phyml
Fylogenisk estimering der bruger maksimum lIkelihood
|
Versions of package phyml |
Release | Version | Architectures |
jessie | 20120412-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 3.3.20180621-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 3.3.20200621-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.3.20220408-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.3.20220408-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 3.3.20220408-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 3.2.0+dfsg-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package phyml: |
biology | peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
use | analysing, comparing |
works-with | biological-sequence |
|
License: DFSG free
|
PhyML er et program, som estimerer maksimum likelihood-fylogenier baseret
på sammenligninger af nukleotid- eller aminosyresekvenser. Programmet
tilbyder en bred vifte af indstillinger, som blev designet til at
lette fylogentiske standardanalyser. PhyML's største styrke ligger i det
store antal erstatningsmodeller koblet til diverse indstillinger for
søgning i rummet med fylogenetiske trætopologier, der går fra meget hurtige
og effektive metoder til langsommere, men mere præcise fremgangsmåder.
Programmet implementerer også to metoder til at evaluere
grenunderstøttelser i en god statistisk ramme (den ikkeparametriske
bootstrap og den tilnærmede likelihood-forholdstest).
PhyMl blev designet til at behandle moderate til store datasæt. I teorien
kan sammenligninger med op til 4.000 sekvenser og længde op til 2.000.000
tegn analyseres. I praksis er mængden af hukommelse til at behandle et
datasæt proportional med produktet af antallet af sekvenser og deres
længde. Et stort antal sekvenser kan derfor kun behandles, såfremt de er
korte. PhyMl kan også håndtere lange sekvenser, så længe der ikke er mange.
Med de fleste standardcomputere er komfortzonen for PhyML generelt omkring
3 til 500 sekvenser, som er mindre end 2.000 tegn lange.
Denne pakke inkluderer også PhyTime.
|
|
phyutility
simple analyses or modifications on both phylogenetic trees and data matrices
|
Versions of package phyutility |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.7.3+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.7.3+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.7.3+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.7.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.7.3+dfsg-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 2.7.3-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 2.7.3+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
Phyutility (fyoo-til-i-te) is a command line program that performs
simple analyses or modifications on both trees and data matrices.
Currently it performs the following functions (to suggest another
feature, submit an Issue and use the label Type-Enhancement) :
Trees
- rerooting
- pruning
- type conversion
- consensus
- leaf stability
- lineage movement
- tree support
Data Matrices
- concatenate alignments
- genbank parsing
- trimming alignments
- search NCBI
- fetch NCBI
|
|
picard-tools
Kommandolinjeværktøjer til at manipulere SAM- og BAM-filer
|
Versions of package picard-tools |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.113-1 | all |
trixie | 3.1.1+dfsg-1 | all |
bullseye | 2.24.1+dfsg-1 | all |
bookworm | 2.27.5+dfsg-2 | all |
stretch | 2.8.1+dfsg-1 | all |
buster | 2.18.25+dfsg-2 | amd64 |
sid | 3.1.1+dfsg-1 | all |
upstream | 3.3.0 |
|
License: DFSG free
|
SAM-formatet (Sequence Alignment/Map) er et generisk format til at lagre store sammenligninger af nukleotidsekvenser. Picard Tools indeholder disse redskaber til at manipulere SAM- og BAM-filer:
AddCommentsToBam FifoBuffer
AddOrReplaceReadGroups FilterSamReads
BaitDesigner FilterVcf
BamIndexStats FixMateInformation
GatherBamFiles
BedToIntervalList GatherVcfs
BuildBamIndex GenotypeConcordance
CalculateHsMetrics IlluminaBasecallsToFastq
CalculateReadGroupChecksum IlluminaBasecallsToSam
CheckIlluminaDirectory LiftOverIntervalList
CheckTerminatorBlock LiftoverVcf
CleanSam MakeSitesOnlyVcf
CollectAlignmentSummaryMetrics MarkDuplicates
CollectBaseDistributionByCycle MarkDuplicatesWithMateCigar
CollectGcBiasMetrics MarkIlluminaAdapters
CollectHiSeqXPfFailMetrics MeanQualityByCycle
CollectIlluminaBasecallingMetrics MergeBamAlignment
CollectIlluminaLaneMetrics MergeSamFiles
CollectInsertSizeMetrics MergeVcfs
CollectJumpingLibraryMetrics NormalizeFasta
CollectMultipleMetrics PositionBasedDownsampleSam
CollectOxoGMetrics QualityScoreDistribution
CollectQualityYieldMetrics RenameSampleInVcf
CollectRawWgsMetrics ReorderSam
CollectRnaSeqMetrics ReplaceSamHeader
CollectRrbsMetrics RevertOriginalBaseQualitiesAndAddMateCigar
CollectSequencingArtifactMetrics RevertSam
CollectTargetedPcrMetrics SamFormatConverter
CollectVariantCallingMetrics SamToFastq
CollectWgsMetrics ScatterIntervalsByNs
CompareMetrics SortSam
CompareSAMs SortVcf
ConvertSequencingArtifactToOxoG SplitSamByLibrary
CreateSequenceDictionary SplitVcfs
DownsampleSam UpdateVcfSequenceDictionary
EstimateLibraryComplexity ValidateSamFile
ExtractIlluminaBarcodes VcfFormatConverter
ExtractSequences VcfToIntervalList
FastqToSam ViewSam
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
Please cite:
Broad Institute:
Picard toolkit.
Broad Institute, GitHub repository
(2019)
Topics: Sequencing; Document, record and content management
|
|
plink
Værktøjssæt til associationsanalyse for hele genomer
|
Versions of package plink |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.07+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.07-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.07-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.07+dfsg-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.07+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.07+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.07+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package plink: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
|
License: DFSG free
|
plink forventer inddata i form af data fra SNP (single nucleotide
polymorphism) chip af mange individer og deres fænotypiske
sygdomsbeskrivelse. Den finder associationer fra enkelte eller parvise
DNA-variationer med en fænotype og kan indhente SNP-annotation fra en
online-kilde.
SNP'er kan evalueres individuelt eller som par efter deres association med
sygdommens fænotyper. Der er understøttelse af fælles undersøgelse af
eksemplarnummer-variationer. Der er implementeret en variation af
statistiske test.
Bemærk venligst: Den eksekverbare fil blev omdøbt til plink1 på grund af et
sammenstød af navne. Læs venligst mere om dette i
/usr/share/doc/plink/README.Debian.
|
|
plink1.9
Værktøjssæt til associationsanalyse for hele genomer
|
Versions of package plink1.9 |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.90~b6.6-181012-1 | amd64,armhf,i386 |
bullseye | 1.90~b6.21-201019-1 | amd64,armel,armhf,i386,mipsel |
bookworm | 1.90~b6.26-220402-1 | amd64,armel,armhf,i386,mipsel |
trixie | 1.90~b7.2-231211-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1.90~b7.2-231211-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.90~b3.45-170113-1 | amd64,armel,armhf,i386,mipsel |
|
License: DFSG free
|
Plink forventer data fra SNP-chip (single nucleotide polymorphism) for
mange individuelle og deres fænotypiske beskrivelse af en sygdom.
Programmet finder associationer for enkelte eller par af DNA-variationer
med en fænotype og kan hente SNP-annotation fra en netkilde.
SNP'er kan evalueres individuelt eller som par for deres association med
sygdomsfænotyper. Den samlede undersøgelse af kopiantalvariationer er
understøttet. En række statistiske test er blevet implementeret.
Plink1.9 er en omfattende opdatering af plink med nye algoritmer og nye
metoder, hurtigere og mindre hukommelsesforbrugende end den første plink.
Bemærk venligst: Den kørbare fil blev omdøbt til plink1.9 på grund af et
navnesammenfald. Læs venligst mere om dette i
/usr/share/doc/plink1.9/README.Debian.
|
|
plink2
whole-genome association analysis toolset
|
Versions of package plink2 |
Release | Version | Architectures |
sid | 2.00~a5.8-231123+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 2.00~a3-210203+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.00~a3.5-220809+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.00~a5.8-231123+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
plink expects as input the data from SNP (single nucleotide polymorphism)
chips of many individuals and their phenotypical description of a disease.
It finds associations of single or pairs of DNA variations with a phenotype
and can retrieve SNP annotation from an online source.
SNPs can evaluated individually or as pairs for their association with the
disease phenotypes. The joint investigation of copy number variations is
supported. A variety of statistical tests have been implemented.
plink2 is a comprehensive update of plink and plink1.9 with new algorithms
and new methods, faster and less memory consumer than the first plink.
|
|
poa
Partial Order Alignment for flere sekvenssammenligninger
|
Versions of package poa |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2.0+20060928-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.0+20060928-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.0+20060928-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.0+20060928-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 2.0+20060928-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.0+20060928-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.0+20060928-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package poa: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
POA er Partial Order Alignment, et hurtigt program for flere
sekvenssammenligninger (MSA) i bioinformatik. Dets fordele er hastighed,
skalabilitet, sensitivitet og den overlegne evne til at håndtere
forgrening/indels i sammenligningen. Delvis rækkesammenligning er en
tilgang til MSA, som kan kombineres med de eksisterende metoder, såsom
gradvis sammenligning. POA sammenligner optimalt et par MSA'er, og kan
derfor anvendes direkte til progressive sammenligningsmetoder såsom
CLUSTAL. For store sammenligninger er Progressive POA 10-30 gange hurtigere
end CLUSTALW.
|
|
prank
Probabilistic Alignment Kit for DNA, codon and amino-acid sequences
|
Versions of package prank |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 0.0.170427+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.0.170427+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 0.0.170427+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 0.0.140110-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 0.0.170427+dfsg-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 0.0.150803-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.0.170427+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
PRANK is a probabilistic multiple alignment program for DNA, codon
and amino-acid sequences. It's based on a novel algorithm that treats
insertions correctly and avoids over-estimation of the number of
deletion events. In addition, PRANK borrows ideas from maximum
likelihood methods used in phylogenetics and correctly takes into
account the evolutionary distances between sequences. Lastly, PRANK
allows for defining a potential structure for sequences to be aligned
and then, simultaneously with the alignment, predicts the locations
of structural units in the sequences.
PRANK is a command-line program for UNIX-style environments but the
same sequence alignment engine is implemented in the graphical
program PRANKSTER. In addition to providing a user-friendly interface
to those not familiar with Unix systems, PRANKSTER is an alignment
browser for alignments saved in the HSAML format. The novel format
allows for storing all the information generated by the aligner and
the alignment browser is a convenient way to analyse and manipulate
the data.
PRANK aims at an evolutionarily correct sequence alignment and often
the result looks different from ones generated with other alignment
methods. There are, however, cases where the different look is caused
by violations of the method's assumptions. To understand why things
may go wrong and how to avoid that, read this explanation of
differences between PRANK and traditional progressive alignment
methods.
|
|
prime-phylo
Bayesiansk estimation af gentræer der tager højde for artstræet
|
Versions of package prime-phylo |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.0.11-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 1.0.11-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.0.11-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.0.11-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 1.0.11-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.0.11-13 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.0.11-13 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
PrIME (Probabilistic Integrated Models of Evolution) er en pakke, der understøtter slutning af evolutionære parametre i en bayesiansk ramme
ved hjælp af Markov-kædens Monte Carlo-simulering. Et kendetegn ved
PriME er, at artstræet tages i betragtning ved analyse af gentræer.
Inddataene for PrIME er en flersekvenssammenligning i formatet FASTA og resultatet indeholder træer i formatet Newick.
|
|
primer3
Værktøj til at designe flankerende, oligo-nukleotider til DNA-amplifikation
|
Versions of package primer3 |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.4.0-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 2.6.1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.6.1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.6.1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.3.6-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.3.7-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.4.0-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package primer3: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Primer3 udvælger primere til polymerase-kædereaktioner (PCR'er), hvor
kriterier for oligonukliotider betragtes ud fra smeltetemperatur, størrelse,
GC-indhold og primer-dimer muligheder, PCR-produktstørrelse, positionelle
begrænsninger inden for kildesekvensen, og forskellige andre begrænsninger.
Alle disse kriterier kan angives af brugeren som begrænsninger, og nogle kan
angives som termer i en objektiv funktion, som karakteriserer et optimalt
primer-par.
|
|
probabel
Værktøjssæt for Genome-Wide Association Analysis
|
Versions of package probabel |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.4.3-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 0.4.5-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
buster | 0.5.0+dfsg-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 0.5.0+dfsg-6 | amd64,i386 |
bullseye | 0.5.0+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0.5.0+dfsg-6 | amd64,i386 |
trixie | 0.5.0+dfsg-6 | amd64,i386 |
|
License: DFSG free
|
Pakken ProbABEL er en del af GenABEL-projektet for analyse af
genome-wide-data. ProbABEL bruges til at køre GWAS. Med brug af filer i
filevector/DatABEL-formatet kan man endda køre GWAS på computere med kun
nogle få GB RAM.
|
|
probcons
flersekvens-sammenstilling baseret på probabilistisk konsistens (PROBabilistic CONSistency)
|
Versions of package probcons |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.12-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.12-9 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.12-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.12-12 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.12-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.12-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.12-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package probcons: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Værktøj til at fremstille flere sammenstillinger af proteinsekvenser. Med
brug af probabilistiske modelleringer og teknikker til konsistensbaserede
sammenstillinger, har PROBCONS opnået den højeste nøjagtighed blandt alle
sammenstillingsmetoder til dato. I BAliBASE-databasen med sammenligninger
af sammenstillinger, viser sammenstillinger fremstillet af PROBCONS
statistisk signifikante forbedringer i forhold til andre aktuelle
programmer, indeholdende i gennemsnit 7% flere korrekt sammenstillede
kolonner end de som stammer fra T-Coffee, 11% flere korrekt sammenstillede
kolonner end dem fra CLUSTAL W, og 14% mere korrekt sammenstillede
kolonner end dem fra DIALIGN.
|
|
proda
multi-sammenligning af protein-sekvenser
|
Versions of package proda |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.0-12 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.0-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.0-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.0-8 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 1.0-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.0-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.0-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package proda: |
biology | nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
ProDA er et system til automatiseret detektering og sammenligning af
homologe regioner i kollektioner af proteiner med arbitrære domæne-
arkitekturer. Givent et input sæt af ikke-sammenlignede sekvenser, vil
ProDA identificere alle homologe regioner som fremkommer i en eller flere
sekvenser, og returnerer en kollektion af lokale flerjusteringer for
disse regioner.
|
|
prodigal
Mikrobiel (bakteriel og archaeorganisme) genkonstateringsprogram
|
Versions of package prodigal |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.6.3-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.6.3-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.6.3-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 2.6.3-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.6.3-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.6.3-1 | amd64,arm64,armel,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.6.1-1 | amd64,armel,i386 |
|
License: DFSG free
|
Prodigal (Prokaryotisk Dynamic Programming Genefinding Algoritme) er et
mikrobiel (bakteriel og archaeorganisme) genkonstateringsprogram udviklet
på Oak Ridge National Laboratory og University of Tennessee.
Nøglefunktioner i Prodigal inkluderer:
Hastighed: Prodigal er et ekstremt hurtigt gengenkendelsesværktøj
(skrevet i very vanilla C). Det kan analysere et helt mikrobielt genom
på 30 sekunder eller mindre.
Nøjagtighed: Prodigal er en meget nøjagtig genfinder.
Prodigal lokaliserer 3'-enden af hvert gen i eksperimentelt verificeret
korrekte Ecogene-datasæt (undtagen dem, der indeholder introns).
Prodigal besidder et meget sofistikeret
ribosombindingssted-bedømmelsessystem, der gør det muligt at lokalisere
translationsinitieringsstedet med stor nøjagtighed (96% af 5'-ender i
Ecogene-datasættet er placeret korrekt).
Specificitet: Prodigal falske positive rate kan måle sig med andre
genidentifikationsprogrammer, og falder normalt under 5 %.
GC-indhold Ligeglade: Prodigal klarer sig godt selv i høje GC-genomer,
med over 90 % perfekt match (5'+3') til Pseudomonas aeruginosa kurateret
annotationer.
Metagenomisk version: Prodigal kan køre i metagenomisk tilstand og
analysere sekvenser, selv når organismen er ukendt.
Brugervenlighed: Prodigal kan køres i et trin på en enkelt genomisk sekvens
eller på et udkastgenom der indeholder mange sekvenser. Det behøver ikke at
være leveret med kendskab til organismen, da programmet lærer alle de
egenskaber det skal på egen hånd.
|
|
python3-biomaj3-cli
|
Versions of package python3-biomaj3-cli |
Release | Version | Architectures |
trixie | 3.1.11-5 | all |
bookworm | 3.1.11-4 | all |
sid | 3.1.11-5 | all |
buster | 3.1.10-1 | all |
bullseye | 3.1.11-1 | all |
|
License: DFSG free
|
BioMAJ henter eksterne databanker, kontrollerer deres status og anvender
transformationsarbejdsforløb, med konsistent tilstand, for at tilbyde
parate data for biologer og bioinformatikere. For eksempel kan programmet
transformere oprindelige FASTA-filer til BLAST-indeks. Programmet er meget
fleksibelt og dets efterbehandlingsfunktioner kan nemt udvides.
BioMAJ3 er en omskrivning af BioMAJ v1.x, se dokumentationen på internettet for migreringen.
Denne pakke indeholder klienten til at afvikle BioMAJ3 eller kommunikere med BioMAJ-dæmonprocessen (python3-biomaj3-daemon) i tilfælde af mikrotjenestens konfiguration.
|
|
python3-biopython
Python 3-bibliotek for bioinformatik
|
Versions of package python3-biopython |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.80+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.78+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.73+dfsg-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 1.84+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.84+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1.68+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.64+dfsg-5 | amd64,armel,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
Biopythonprojektet er et internationalt forbund for udviklere af frit
tilgængelige Pythonværktøjer til molekylær biologi via computeren.
Projektet er en distribueret samlet indsats for at udvikle Python 3-biblioteker og programmer, der adresserer behovene for nuværende og fremtidig arbejde indenfor bioinformatik. Kildekoden er gjort tilgængelig under Biopython-licensen, der er ekstrem liberal og kompatibel med næsten enhver licens i verden. Projektet arbejder sammen med Open Bioinformatics Foundation, der generøst tilbyder internetplads og CVS-plads for projektet.
Please cite:
Peter J. A. Cock, Tiago Antao, Jeffrey T. Chang, Brad A. Chapman, Cymon J. Cox, Andrew Dalke, Iddo Friedberg, Thomas Hamelryck, Frank Kauff, Bartek Wilczynski and Michiel J. L. de Hoon:
Biopython: freely available Python tools for computational molecular biology and bioinformatics.
(PubMed,eprint)
Bioinformatics
25(11):1422-1423
(2009)
|
|
python3-cogent3
Ramme for genomisk biologi
|
Versions of package python3-cogent3 |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2023.2.12a1+dfsg-2+deb12u1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
bullseye | 2020.12.21a+dfsg-4+deb11u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2024.5.7a1+dfsg-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
sid | 2023.12.15a1+dfsg-1 | s390x |
upstream | 2024.11.29a2 |
|
License: DFSG free
|
PyCogent er et programbibliotek for genomisk biologi. Det er en fuldt
integreret og gennemtestet ramme for:
- kontrol af tredjepartsprogrammer
- udarbejde arbejdsgange; forespørge databaser
- gennemføre nye probabilistiske analyser af biologisk sekvensevolution og
- oprette grafik i udgivelseskvalitet
Det har mange unikke indbyggede funktioner (som ægte codonsammenligning) og
den hyppige tilføjelse af helt nye metoder til analysen af genomdata.
Please cite:
Rob Knight, Peter Maxwell, Amanda Birmingham, Jason Carnes, J Gregory Caporaso, Brett C Easton, Michael Eaton, Micah Hamady, Helen Lindsay, Zongzhi Liu, Catherine Lozupone, Daniel McDonald, Michael Robeson, Raymond Sammut, Sandra Smit, Matthew J Wakefield, Jeremy Widmann, Shandy Wikman, Stephanie Wilson, Hua Ying and Gavin A Huttley:
PyCogent: a toolkit for making sense from sequence.
(PubMed,eprint)
Genome Biology
8(8):R171
(2007)
|
|
qiime
Kvantitativ indsigt i mikrobiel økologi
|
Versions of package qiime |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2020.11.1-1 | all |
bookworm | 2022.11.1-2 | all |
jessie | 1.8.0+dfsg-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 2024.5.0-1 | all |
upstream | 2024.10.1 |
Debtags of package qiime: |
role | program |
|
License: DFSG free
|
Mikrober omgiver os, dyr, planter og alle deres parasitter med stærk effekt på dem og det miljø, de lever i. Der tænkes på jordkvalitet men også effekten som bakterier har på hinanden. Mennesker influerer den absolutte og relative udbredelse af bakterier med antibiotika, mad, gødning - og meget andet - og disse ændringer påvirker os.
QIIME 2 er en funktionsrig og decentraliseret mikrobiome analysepakke med
fokus på data og analysegennemsigtighed. QIME 2 gør det muligt for forskere
at starte en analyse med rå DNA-sekvensdata og afslutte med figurer og
statistiske resultater i udgivelseskvalitet.
Nøglefunktioner:
- Integreret og automatisk registrering af dataherkomst
- Semantisk typesystem
- Udvidelsesmodulsystem for udvidelse af mikrobiome analysefunktionalitet
- Understøttelse for flere typer af brugerflader (f.eks. API,
kommandolinjen, grafisk)
QIIME 2 er et fuldstændigt nyt design og omskrivning af QIIME 1 mikrobiome
analysedatakanalen. QIIME 2 vil adressere mange af begrænsningerne i QIIME
1, men de funktioner der gør QIIME 1 til en funktionsrig og bredt anvendt
analysedatakanal bevares.
QIIME 2 understøtter i øjeblikket en oprindelig start til slut-mikrobiome
analysedatakanal. Ny funktionalitet vil blive tilgængelig via QIIME
2-udvidelsesmoduler. Du kan se en liste over tilgængelige udvidelsesmoduler
på QIIME 2's side over udvidelsesmoduler. »future«-siden viser
udvidelsesmoduler under udvikling.
Please cite:
Evan Bolyen, Jai Ram Rideout, Matthew R Dillon, Nicholas A Bokulich, Christian Abnet, Gabriel A Al-Ghalith, Harriet Alexander, Eric J Alm, Manimozhiyan Arumugam, Francesco Asnicar, Yang Bai, Jordan E Bisanz, Kyle Bittinger, Asker Brejnrod, Colin J Brislawn, C Titus Brown, Benjamin J Callahan, Andrés Mauricio Caraballo-Rodríguez, John Chase, Emily Cope, Ricardo Da Silva, Pieter C Dorrestein, Gavin M Douglas, Daniel M Durall, Claire Duvallet, Christian F Edwardson, Madeleine Ernst, Mehrbod Estaki, Jennifer Fouquier, Julia M Gauglitz, Deanna L Gibson, Antonio Gonzalez, Kestrel Gorlick, Jiarong Guo, Benjamin Hillmann, Susan Holmes, Hannes Holste, Curtis Huttenhower, Gavin Huttley, Stefan Janssen, Alan K Jarmusch, Lingjing Jiang, Benjamin Kaehler, Kyo Bin Kang, Christopher R Keefe, Paul Keim, Scott T Kelley, Dan Knights, Irina Koester, Tomasz Kosciolek, Jorden Kreps, Morgan GI Langille, Joslynn Lee, Ruth Ley, Yong-Xin Liu, Erikka Loftfield, Catherine Lozupone, Massoud Maher, Clarisse Marotz, Bryan D Martin, Daniel McDonald, Lauren J McIver, Alexey V Melnik, Jessica L Metcalf, Sydney C Morgan, Jamie Morton, Ahmad Turan Naimey, Jose A Navas-Molina, Louis Felix Nothias, Stephanie B Orchanian, Talima Pearson, Samuel L Peoples, Daniel Petras, Mary Lai Preuss, Elmar Pruesse, Lasse Buur Rasmussen, Adam Rivers, Michael S Robeson, Patrick Rosenthal, Nicola Segata, Michael Shaffer, Arron Shiffer, Rashmi Sinha, Se Jin Song, John R Spear, Austin D Swafford, Luke R Thompson, Pedro J Torres, Pauline Trinh, Anupriya Tripathi, Peter J Turnbaugh, Sabah Ul-Hasan, Justin JJ van der Hooft, Fernando Vargas, Yoshiki Vázquez-Baeza, Emily Vogtmann, Max von Hippel, William Walters, Yunhu Wan, Mingxun Wang, Jonathan Warren, Kyle C Weber, Chase HD Williamson, Amy D Willis, Zhenjiang Zech Xu, Jesse R Zaneveld, Yilong Zhang, Qiyun Zhu, Rob Knight and J Gregory Caporaso:
Reproducible, interactive, scalable and extensible microbiome data science using QIIME 2.
(PubMed,eprint)
Nature Biotechnology
37:852 - 857
(2019)
Topics: Microbial ecology
|
|
r-bioc-edger
Empirisk analyse af digitale gen-udtryksdata i R
|
Versions of package r-bioc-edger |
Release | Version | Architectures |
stretch | 3.14.0+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.32.1+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 3.8.2+dfsg-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
experimental | 4.4.0+dfsg-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 4.2.2+dfsg-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 4.2.2+dfsg-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.40.2+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 4.4.1 |
|
License: DFSG free
|
Biokonduktor-pakke til differentieret udtryksanalyse af hel transskriptom-
sekventering (RNA-seq) og digitale gen-udtryksprofiler med biologisk
replikation. Det bruger empirisk Bayes-estimering og præcise test baseret på
den negative binomial-fordelingsdistribution. Det er også nyttigt for
differentieret signal-analyse med andre typer optællinger af genom-skala.
|
|
r-bioc-hilbertvis
GNU R-pakke til at visualisere lange vektordata
|
Versions of package r-bioc-hilbertvis |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.62.0-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
experimental | 1.64.0-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.24.0-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 1.62.0-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.56.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.48.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.40.0-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.32.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 1.64.0 |
Debtags of package r-bioc-hilbertvis: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:bioinformatics |
use | analysing |
|
License: DFSG free
|
Dette værktøj giver dig mulighed for at vise meget lange datavektorer på en
pladseffektiv måde, ved at organisere dataene via en 2D-Hilbertkurve.
Brugeren kan så visuelt bedømme den store skalastruktur og distribution af
funktioner på samme tid via den rå form og intensiteten for individuelle
funktioner.
I bioinformatics er et typisk brugstilfælde ChIP-Chip og ChIP-Seq, eller
grundlæggende alle slags genomdata, som passende vises som kvantitative
spor (»wiggle data«) i genombrowsere såsom dem tilbudt af Ensembl eller UCSC.
|
|
r-cran-pvclust
Hierarkisk klyngeopbygning med P-værdier via Multiscale Bootstrap
|
Versions of package r-cran-pvclust |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.0-0-4 | all |
jessie | 1.3-0-1 | all |
sid | 2.2-0-2 | all |
trixie | 2.2-0-2 | all |
bookworm | 2.2-0-2 | all |
bullseye | 2.2-0-2 | all |
stretch | 2.0-0-1 | all |
|
License: DFSG free
|
Pvclust er en pakke for vurdering af usikkerheden i hierarkisk
klyngeanalyse. Pakken tilbyder AU (omtrentlig upartisk) p-værdier samt
BP-værdier (bootstrap-sandsynlighed) beregnet via flerskaleret
bootstrap-resampling.
|
|
r-cran-qtl
GNU R-pakke for genetisk markørbindingsanalyse
|
Versions of package r-cran-qtl |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.44-9-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 1.70-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.58-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.70-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.33-7-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.40-8-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.47-9-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package r-cran-qtl: |
devel | lang:r, library |
field | biology, statistics |
role | app-data |
suite | gnu |
|
License: DFSG free
|
R/QTL er et udvideligt, interaktivt miljø til kortlægning af kvantitativ
trait loci (QTL'er) i eksperimentelle krydsninger. Det er implementeret som
en udvidelsespakke til det frit tilgængelige og udbredte statistiske
sprog/program R (se http://www.r-project.org).
Udviklingen af dette program som en udvidelse til R giver mulighed for at
udnytte de grundlæggende matematiske og statistiske funktioner, og
kraftfulde grafikfunktioner, der er indeholdt i R. Derudover vil brugeren
få gavn af den problemfri integration af QTL-kortlægningsprogrammet i et
generelt statistisk analyseprogram. Målet er at gøre komplekse
QTL-kortlægningsmetoder bredt tilgængelige og give brugerne mulighed for at
fokusere på modellering snarere end beregning.
Et centralt element i beregningsmæssige metoder til QTL-oversættelse er
den skjulte Markov-modelteknologi (HMM) til håndtering af manglende
arvemassedata. De vigtigste HMM-algoritmer blev implementeret, med hensyn
til tilstedeværelsen af arvemassefejl, for tilbagekrydsninger, krydsninger
og fase-kendte fire vejs krydsninger.
Den nuværende version af R/QTL omfatter faciliteter til estimering af
genetiske kort, identificering af arvemassefejl, og udførelse af
single-QTL-arvemasseskanninger og to-QTL, todimensionale arvemasse
skanninger, efter intervalkortlægning (med EM-algoritmen),
Haley-Knott-regression og flere imputationer. Alt dette kan udføres i
nærvær af kovarianter (såsom køn, alder eller behandling). Man kan også
passe højere orden QTL-modeller ved flere imputationer.
|
|
r-cran-vegan
|
Versions of package r-cran-vegan |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2.0-10-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 2.5-4+dfsg-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 2.6-4+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 2.4-2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.6-8+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.6-8+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 2.5-7+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
R-pakke for fællesskabsøkologer. Den indeholder flest multivariat analyse krævet i analysering af økologiske fællesskaber. Samt værktøjer til mangfoldighedsanalyse. De fleste mangfoldighedsmetoder antager at data er individantal.
Disse værktøjer bruges nogle gange uden for økologi, for eksempel til at studere populationer af hvide blodceller eller RNA-molekyler.
|
|
r-other-mott-happy.hbrem
GNU R-pakke for finkortlægning af komplekse sygdomme
|
Versions of package r-other-mott-happy.hbrem |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2.4-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 2.4-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 2.4-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.4-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.4-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.4-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
Happy er en R-grænseflade til HAPPY C-pakken for finkortlægning af
Quantitative Trait Loci (QTL) i Heterogenous Stocks (HS). En HS er en
avanceret mellemkrydsning mellem (normalt otte) grundlægger indavlede
strenge for mus. HS er egnet for finkortlægning af QTL. Grænsefladen
bruger en flerpunktsanalyse, som tilbyder signifikante forbedringer i
statistiske funktioner til at detektere QTL'er over det opnået med single-
marker association.
Pakken happy er en udvidelse af det oprindelige C-program happy; den bruger
C-koden til at beregne sandsynligheden for arv fra hver af grundlæggerne,
på hvert locus-position, men happypakningen giver et meget større udvalg af
modeller, som kan tilpasses dataene.
Læs /usr/share/doc/r-other-mott-happy/README.Debian for en yderligere
detaljeret forklaring.
|
|
raster3d
Værktøjer for oprettelse af billeder for proteiner eller andre molekyler
|
Versions of package raster3d |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 3.0-7-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 3.0-3-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.0-3-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 3.0-7-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 3.0-3-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 3.0-7-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.0-7-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package raster3d: |
field | biology, biology:structural |
interface | commandline |
role | program |
scope | application |
use | converting, viewing |
works-with | 3dmodel, image, image:raster |
works-with-format | jpg, png |
|
License: DFSG free
|
Raster3D er et sæt af værktøjer for oprettelse af højkvalitets
rasterbilleder for proteiner eller andre molekyler. Basisprogrammet
optegner sfærer, triangler, cylindere og keglesnitsflader med spejlende
fremhævelse, Phong-skygge og skyggelægning. Programmet bruger en effektiv
programalgoritme Z-buffer, som er uafhængig af eventuelt udstyr. Yderligere
programmer behandler atomare koordinater fra PDB-filer til
optegningsbeskrivelser for billeder komponeret for bånd, pladsfyldende
atomer, grænser, bold+stav etc. Raster3D kan også bruges til at optegne
billeder fremstillet i andre programmer såsom Molscript i strålende 3D med
fremhævelser, skyggelægning etc. Resultatet gemmes i billedpunktsfiler med
24-bit farveinformation per billedpunkt.
|
|
readseq
Konvertering mellem sekvensformater
|
Versions of package readseq |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1-11 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1-13 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package readseq: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | converting |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Læser og skriver kerne/proteinsekvenser i forskellige
formater. Datafiler kan have flere sekvenser.
Readseq er specielt nyttig, fordi den automatisk finder
mange sekvensformater og konverterer imellem dem.
|
|
rnahybrid
Hurtig og effektiv forudsigelse om microRNA-/mål-dubletter
|
Versions of package rnahybrid |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.1.2-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.1.2-1 | amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.1.1-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 2.1.2-8 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.1.2-8 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.1.2-7 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.1.2-6 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package rnahybrid: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing |
|
License: DFSG free
|
RNAhybrid er et værktøj til at finde den minimale, fri energihybridisering
fra en lang og en kort RNA. Hybridiseringen udføres i en form for
domænetilstand. Det vil sige, den korte sekvens hybridiseres til den del som
passer bedst fra den lange del. Værktøjet er primært ment som en måde at
lave microRNA målforudsigelser.
|
|
rtax
Klassifikation af sekvenslæsninger for 165 ribosomal RNA-gen
|
Versions of package rtax |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 0.984-7 | all |
jessie | 0.984-2 | all |
buster | 0.984-6 | all |
stretch | 0.984-5 | all |
sid | 0.984-8 | all |
trixie | 0.984-8 | all |
bookworm | 0.984-8 | all |
|
License: DFSG free
|
Short-read-teknologier for mikrobiel fællesskabsprofilering øges i popularitet, men tidligere teknologier for tildeling af taksonomi til paried-end-læsninger performer dårligt. RTAX tilbyder hurtige taksonomiske tildelinger for paired-end-læsninger via en konsensusalgoritme.
|
|
samtools
Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater
|
Versions of package samtools |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.1.19-1 | amd64,armhf,i386 |
buster | 1.9-4 | amd64,arm64,armhf |
stretch-backports | 1.7-2~bpo9+1 | amd64,arm64,armel,armhf,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.11-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.16.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.20-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.20-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
experimental | 1.21-0+exp1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1.3.1-3 | amd64,arm64,armel,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
upstream | 1.21 |
Debtags of package samtools: |
field | biology |
interface | commandline |
network | client |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | ncurses |
use | analysing, calculating, filtering |
works-with | biological-sequence |
|
License: DFSG free
|
Samtools er et sæt af værktøjer, der manipulerer sammenligninger af
nukleotidsekvenser i det binære BAM-format. Værktøjet importerer fra og
eksporterer til ascii SAM-formatet (Sequence Alignment/Map) og
CRAM-formater, udfører sortering, sammenlægning og indeksering, og gør det
muligt at hente læsninger i alle områder hurtigt. Det er designet til at
arbejde på en strøm, og er i stand til at åbne en BAM- eller CRAM-fil (ikke
SAM) på en ekstern FTP- eller HTTP-server.
|
|
seqan-apps
C++-bibliotek for analyse af biologiske sekvenser
|
Versions of package seqan-apps |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.4.0+dfsg-11 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch-backports | 2.4.0+dfsg-11~bpo9+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.4.0+dfsg-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
experimental | 2.5.0~rc3+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.3.1+dfsg-4 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.4.0+dfsg-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.4.0+dfsg-16 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.4.0+dfsg-16 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.4.1+dfsg-2 | amd64,armhf,i386 |
Debtags of package seqan-apps: |
devel | library |
|
License: DFSG free
|
SeqAn er et C++-skabelonbibliotek med effektive algoritmer og
datastrukturer for analyse af sekvenser med fokus på biologiske data.
Dette bibliotek anvender et unikt generisk design, som garanterer høj
ydelse, almenhed, udvidelsesmuligheder og integration med andre
biblioteker. SeqAn er nem at bruge og forenkler udviklingen af nye
programværktøjer med et minimalt tab af ydelse. Denne pakke indeholder
programmerne dfi, pair_align, micro_razers, seqan_tcoffee, seqcons,
razeres og tree_recon.
|
|
sibsim4
Sammenlign udtrykte RNA-sekvenser på en DNA-skabelon
|
Versions of package sibsim4 |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.20-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 0.20-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.20-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 0.20-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 0.20-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 0.20-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0.20-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package sibsim4: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | comparing, searching |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
SIBsim4-projektet er baseret på sim4, som er et program designet til at
sammenligne en udtrykt DNA-sekvens med en arvemassesekvens, der tillader
introner. SIBsim4 er en ret så omfattende omskrivning af den oprindelige
kode med de følgende mål:
- hastighedsforbedringer
- tillade at store, i kromosom skala, DNA-sekvenser anvendes
- tilbyde mere detaljeret resultat om splice-typer
- tilbyde mere detaljeret resultat om polyA-sider
- diverse kodeoprydninger og rettelser
|
|
sigma-align
Simpel grådig flerjustering af ikke-kodende DNA-sekvenser
|
Versions of package sigma-align |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 1.1.3-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.1.3-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.1.3-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.1.3-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.1.3-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.1.3-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.1.3-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package sigma-align: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Sigma (»Simple greedy multiple alignment«, simpel grådig flerjustering) er
et justeringsprogram. Dets algoritme og scoringsskema er designet specifikt
til ikke-kodende DNA-sekvenser.
Den bruger en strategi til søgning efter bedst mulige, gabsfrie, lokale
justeringer. Dette sker ved hvert trin, for at gøre den bedst mulige
justering konsistent med eksisterende justeringer. Den scorer signifikansen
af justeringen baseret på længden af de justerede fragmenter og en
baggrundsmodel. Disse kan tildeles eller estimeres fra en tillægsfil med
intergenisk DNA.
|
|
sim4
Værktøj for justering af cDNA og genomisk DNA
|
Versions of package sim4 |
Release | Version | Architectures |
buster | 0.0.20121010-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
trixie | 0.0.20121010-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 0.0.20121010-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 0.0.20121010-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.0.20121010-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.0.20121010-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 0.0.20121010-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package sim4: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | comparing, searching |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Sim4 er et similaritetsbaseret værktøj til at henføre en eksplicit DNA-
sekvens (EST, cDNA, mRNA) til en genomisk sekvens for genet. Programmet
finder også sammenføringspunkter når to inddatasekvenser overlapper i enden
(dvs. når starten af en sekvens overlapper slutningen af den anden).
Sim4 bruger en blast-baseret teknik til først at bestemme de grundlæggende
matchende blokke, der repræsenterer »exon-kernerne«. I det første stadie
registreres alle de mulige præcise match af W-merer (dvs. DNA-ord med
størrelse W) mellem de to sekvenser, de udvides til maksimalt scorende
gabsfrie segmenter. I det andet stadie udvides exon-kernerne til de
nærliggende, endnu ikke matchede fragmenter med brug af grådige
algoritmer, og heuristik bruges til at favorisere konfigurationer
som passer med genkendelsessignalerne for splejsningsstederne (GT-AG,
CT-AC). Om nødvendigt gentages processen med mindre stringente parametre på
de fragmenter som ikke er blevet matchet.
|
|
smalt
Værktøj til sekvensoversættelse og sammenligning
|
Versions of package smalt |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 0.7.6-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.7.6-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.7.6-8 | amd64,arm64,armhf |
stretch | 0.7.6-6 | amd64,arm64,armel,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
jessie | 0.7.6-4 | amd64,armhf,i386 |
sid | 0.7.6-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 0.7.6-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
SMALT sammenligner effektivt DNA-sekvenslæsninger med et referencegenom.
Læsninger fra en bred vifte af sekvensplatforme, for eksempel Illunina,
Roche-454, Ion Torrent, PacBio eller ABI-Sanger, kan behandles inklusive
parrede læsninger.
Programmet anvender et perfekt hashindeks med korte ord (<20 nukleotider
lang), samplet ved ækvivalente trin langs genomreferencesekvenser.
For hver læsning bliver potentielt matchende segmenter i referencen
identificeret fra seed-matchninger i indekset og efterfølgende sammenlignet
med læsningen via en forbundet Smith-Waterman-algoritme.
Den bedste sammenligning af hver læsning rapporteres inklusive en
bedømmelse af troværdighed for bedste oversættelse. Brugeren kan justere
balancen mellem sensitivitet og hastighed ved at finjustere længden og
mellemrum for hashede ord.
En tilstand for registrering af split-læsninger (chimeric) tilbydes.
Programkørsel med flere tråde er også understøttet.
|
|
snap
Placering af gener fra DNA-sekvens med skjult Markovmodel
|
Versions of package snap |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2013-11-29-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2013-11-29-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2013-11-29-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2013-11-29-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2013-11-29-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2013-11-29-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2013-11-29-9 | amd64,arm64,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
SNAP er et alment program til at finde gener. Programmet er egnet for både
eukaryote og prokaryote arvemasser. SNAP er et akronym for Semi-HMM-baseret
Nucleic Acid Parser.
|
|
soapdenovo
Short-read samlingsmetode til at bygge de novo-kladdesamling
|
Versions of package soapdenovo |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.05-3 | amd64 |
sid | 1.05-6 | amd64 |
trixie | 1.05-6 | amd64 |
bookworm | 1.05-6 | amd64 |
bullseye | 1.05-6 | amd64 |
buster | 1.05-5 | amd64 |
jessie | 1.05-2 | amd64 |
|
License: DFSG free
|
SOAPdenovo er en lille short-read samlingsmetode, som kan bygge en de
novo-kladdesamling for arvemassen i menneskestørrelse. Programmet er
specielt designet til at samle »Illumina GA short reads«.
Programmet skaber nye muligheder for bygning af referencesekvenser og
udføre præcise analyser af ej opdaget arvemasse på en omkostningseffektiv måde.
Denne version vedligeholdes ikke længere, overvej at bruge soapdenovo2.
Please cite:
Ruiqiang Li, Hongmei Zhu, Jue Ruan, Wubin Qian, Xiaodong Fang, Zhongbin Shi, Yingrui Li, Shengting Li, Gao Shan, Karsten Kristiansen, Songgang Li, Huanming Yang, Jian Wang and Jun Wang:
De novo assembly of human genomes with massively parallel short read sequencing.
(PubMed,eprint)
Genome Research
20(2):265-72
(2009)
|
|
soapdenovo2
Short-read samlingsmetode til at bygge de novo-kladdesamling
|
Versions of package soapdenovo2 |
Release | Version | Architectures |
buster | 241+dfsg-3 | amd64 |
trixie | 242+dfsg-4 | amd64 |
sid | 242+dfsg-4 | amd64 |
bookworm | 242+dfsg-3 | amd64 |
bullseye | 242+dfsg-1 | amd64 |
stretch | 240+dfsg1-2 | amd64 |
jessie | 240+dfsg-2 | amd64 |
|
License: DFSG free
|
SOAPdenovo er en lille short-read samlingsmetode, som kan bygge en de
novo-kladdesamling for arvemassen i menneskestørrelse. Programmet er
specielt designet til at samle »Illumina GA short reads«.
Programmet skaber nye muligheder for bygning af referencesekvenser og
udføre præcise analyser af ej opdaget arvemasse på en omkostningseffektiv måde.
Please cite:
Ruibang Luo, Binghang Liu, Yinlong Xie, Zhenyu Li, Weihua Huang, Jianying Yuan, Guangzhu He, Yanxiang Chen, Qi Pan, Yunjie Liu, Jingbo Tang, Gengxiong Wu, Hao Zhang, Yujian Shi, Yong Liu, Chang Yu, Bo Wang, Yao Lu, Changlei Han, David W Cheung, Siu-Ming Yiu, Shaoliang Peng, Zhu Xiaoqian, Guangming Liu, Xiangke Liao, Yingrui Li, Huanming Yang, Jian Wang, Tak-Wah Lam and Jun Wang:
SOAPdenovo2: an empirically improved memory-efficient short-read de novo assembler.
Giga Science
1(1):18
(2012)
|
|
sra-toolkit
Redskaber for NCBI Sequence Read Archive
|
Versions of package sra-toolkit |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 3.0.3+dfsg-6~deb12u1 | amd64,arm64 |
sid | 3.0.9+dfsg-7 | amd64,arm64 |
trixie | 3.0.9+dfsg-7 | amd64,arm64 |
buster | 2.9.3+dfsg-1 | amd64 |
bullseye | 2.10.9+dfsg-2 | amd64 |
stretch | 2.8.1-2+dfsg-2 | amd64,i386 |
jessie | 2.3.5-2+dfsg-1 | amd64,i386 |
upstream | 3.1.1 |
|
License: DFSG free
|
Værktøjer til at læse SRA-arkivet, generelt ved at konvertere
individuelle kørsler til et ofte anvendt format såsom fastq.
De tekstmæssige dumpere »sra-dump« og »vdb-dump« tilbydes i denne
udgivelse som en hjælp til visuel inspektion. Det er sandsynligt, at
den faktiske uddataformatering vil blive ændret i den nære fremtid for
en mere stringent, mere formaliseret repræsentation. AFHÆNG IKKE AF
UDDATAFORMATET I DENNE UDGIVELSE.
Andre værktøjer distribueret i denne pakke er:
abi-dump, abi-load
align-info
bam-load
cache-mgr
cg-load
copycat
fasterq-dump
fastq-dump, fastq-load
helicos-load
illumina-dump, illumina-load
kar
kdbmeta
latf-load
pacbio-load
prefetch
rcexplain
remote-fuser
sff-dump, sff-load
sra-pileup, sra-sort, sra-stat, srapath
srf-load
test-sra
vdb-config, vdb-copy, vdb-decrypt, vdb-encrypt, vdb-get, vdb-lock,
vdb-passwd, vdb-unlock, vdb-validate
Informationen »Help« vil blive forbedret i fremtidige udgivelser og
værktøjsindstillingerne vil blive standardiseret på tværs af sættet.
Yderligere dokumentation vil også blive lagt på NCBI-hjemmesiden.
Værktøjsindstillinger kan ændre sig i den næste udgivelse. Version 1-
værktøjsindstillinger vil forblive understøttet hvor muligt for at
bevare funktionaliteten på eksisterende skripter.
Please cite:
Rasko Leinonen, Ruth Akhtar, Ewan Birney, James Bonfield, Lawrence Bower, Matt Corbett, Ying Cheng, Fehmi Demiralp, Nadeem Faruque, Neil Goodgame, Richard Gibson, Gemma Hoad, Christopher Hunter, Mikyung Jang, Steven Leonard, Quan Lin, Rodrigo Lopez, Michael Maguire, Hamish McWilliam, Sheila Plaister, Rajesh Radhakrishnan, Siamak Sobhany, Guy Slater, Petra Ten Hoopen, Franck Valentin, Robert Vaughan, Vadim Zalunin, Daniel Zerbino and Guy Cochrane:
Improvements to services at the European Nucleotide Archive.
(PubMed,eprint)
Nucleic Acids Research
38(Database issue):D39-45
(2010)
|
|
ssake
Genomprogram for samling af millioner af meget korte DNA-sekvenser
|
Versions of package ssake |
Release | Version | Architectures |
jessie | 3.8.2-1 | all |
sid | 4.0.1-2 | all |
trixie | 4.0.1-2 | all |
bookworm | 4.0.1-1 | all |
bullseye | 4.0-3 | all |
buster | 4.0-2 | all |
stretch | 3.8.4-1 | all |
Debtags of package ssake: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology |
interface | shell |
role | program |
scope | utility |
use | analysing |
|
License: DFSG free
|
Short Sequence Assembly af K-mer search and 3′ read Extension
(SSAKE) er et genomprogram for aggressiv samling af millioner af korte
nukleotidsekvenser ved gradvis at søge efter perfekte 3'-meste k-merer ved
hjælp af et DNA-præfikstræ. SSAKE er designet til at hjælpe med at udnytte
oplysningerne fra korte sekvenser læst ved stringent klyngeopbygning i
contig'er, der kan bruges til at karakterisere nye sekventeringsmål.
Topics: Sequence assembly
|
|
staden-io-lib-utils
Programmer til at manipulerer DNS-sekvensfiler
|
Versions of package staden-io-lib-utils |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.15.0-1.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1.14.8-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.14.11-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
trixie | 1.15.0-1.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.14.13-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.14.15-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.13.7-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package staden-io-lib-utils: |
biology | nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing |
|
License: DFSG free
|
Io_lib fra pakken Staden er et bibliotek for fillæsning og skrivning af
kode til at tilbyde en almen fillæsningsgrænseflade for formålssporing (og
eksperimentfil). Den er blevet kompileret og testet på en række
Unix-systemer, MacOS X og MS Windows.
Denne pakke indeholder programmerne, som distribueres med Staden io_lib for manipulering og konvertering af sekvensdatafiler, og specielt filer til at manipulere korte læsninger oprettet af anden og tredjegeneration sekvensprogrammer og lagret i SRF-format.
|
|
t-coffee
|
Versions of package t-coffee |
Release | Version | Architectures |
sid | 13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 12.00.7fb08c2-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
trixie | 13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 13.41.0.28bdc39+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 11.00.8cbe486-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 11.00.8cbe486-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package t-coffee: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
T-Coffee er en pakke for flersekvensjustering. Givet et sæt af sekvenser
(proteiner eller DNA) opretter T-Coffee en flersekvensjustering. Version
2.00 og højere kan mikse sekvenser og strukturer.
T-Coffee tillader kombinationen af flere/parvise, globale eller lokale
justeringer i en enkel model. Programmet kan også estimere
konsistensniveauet for hver placering i den nye justering med resten af
justeringen. Se pre-print for yderligere information.
T-Coffee har en variant kaldet M-Coffee som gør det muligt at kombinere
uddata af mange flersekvensjusteringspakker. I sin udgivet version bruger
den MUSCLE, PROBCONS, POA, DiAlign-TS, MAFFT, Clustal W, PCMA og
T-Coffee. En speciel version er blevet lavet for Debian, DM-Coffee, som
kun bruger frie programmer ved at erstatte Clustal W med Kalign. Brug af 8
Methods for M-Coffee kan undertiden være ret tungt. Du kan bruge et
undersæt af dine favoritmetoder, hvis du foretrækker dette.
|
|
tabix
Generisk indeksprogram for TAB-afgrænsede arvemassepositionsfiler
|
Versions of package tabix |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.9-12~deb10u1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.3.2-2 | amd64,arm64,armel,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
stretch-backports | 1.7-2~bpo9+1 | amd64,arm64,armel,armhf,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.1-1 | amd64,armel,i386 |
bullseye | 1.11-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.16+ds-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.20+ds-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.20+ds-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
experimental | 1.21+ds-0+exp2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 0.2.6-2 | armhf |
upstream | 1.21 |
Debtags of package tabix: |
role | program |
works-with-format | html |
|
License: DFSG free
|
Tabix indekserer filer hvor nogle kolonner indikerer sekvenskoordinater:
navn (normalt et kromosom), start og stop. Inddatafilen skal være
positionssorteret og komprimeret af bgzip (tilbudt i denne pakke), som har
en grænseflade der ligner gzip. Efter indeksering er tabix i stand til
hurtigt at hente datalinjer efter kromosomkoordinater. Hurtig
dataindhentelse fungerer også over netværk hvis en URI angives som et filnavn.
Denne pakke er bygget fra HTSlib-kilden, og tilbyder værktøjerne for bgzip, htsfile og tabix.
|
|
theseus
Overlejring af makromolekyler med brug af maksimal sandsynlighed
|
Versions of package theseus |
Release | Version | Architectures |
stretch | 3.3.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 3.0.0-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 3.3.0-8 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 3.3.0-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.3.0-14 | amd64,i386 |
trixie | 3.3.0-14 | amd64,i386 |
sid | 3.3.0-14 | amd64,i386 |
Debtags of package theseus: |
biology | peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics, biology:structural |
interface | commandline |
role | program |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Theseus er et program, som simultant overlejrer flere makromolekylære
strukturer. Theseus finder den optimale løsning til superpositionsproblemet
med brug af metoden for maksimal sandsynlighed. Ved at nedvægte variable
regioner af superpositionen og ved at rette for korrelationer mellem
atomer, fremstiller ML-superpositionsmetoden meget præcise strukturelle
sammenligninger.
Når makromolekyler med forskellige sekvenser bliver overlejret, fjerner
andre programmer og algoritmer rester som er sammenlignet med huller.
Theseus, derimod, bruger en ny superimpositionsalgoritme som inkluderer
alle data.
|
|
tigr-glimmer
Gen-detektion i arkæer og bakterier
|
Versions of package tigr-glimmer |
Release | Version | Architectures |
jessie | 3.02-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 3.02b-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.02b-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 3.02b-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.02b-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.02b-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 3.02b-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package tigr-glimmer: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | searching |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Udviklet af TIGR-instituttet. Programmet detekterer kodesekvenser i
bakterier og arkæer.
Gimmer er et system til at finde gener i mikroorganismers DNA, specielt
generne i bakterier og arkæer. Glimmer (Gene Locator and Interpolated
Markov Modeler) bruger interpolerede Markovmodeller (IMM'er) til at
identificere koderegionerne og skelne dem fra ikkekodet DNA.
|
|
tree-ppuzzle
Paralleliseret rekonstruktion af fylogenetiske træer gennem maksimal lighed
|
Versions of package tree-ppuzzle |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 5.3~rc16+dfsg-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 5.3~rc16+dfsg-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 5.2-11 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 5.3~rc16+dfsg-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 5.2-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 5.2-7 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 5.3~rc16+dfsg-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package tree-ppuzzle: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
TREE-PUZZLE (det nye navn for PUZZLE) er et interaktivt konsolprogram, der
implementerer en hurtig algoritme for træ-søgning, kvartets-gåder
(»quartet-puzzling«), der tillader analyse af større datasæt og automatisk
tildeling af estimater af understøttelse for hver enkelt interne gren.
TREE-PUZZLE beregner også parvist sandsynligheden for maksimale distancer,
og desuden længden på grene for træer angivet af bruger. Længde på grene
kan også beregnes med antagelsen af et ur (»clock-assumption«). Yderligere
tilbyder TREE-PUZZLE en ny metode, ligheds-kortlægning, til at undersøge
understøttelsen af hypotese-baserede interne grene uden beregning af træet
i sin helhed, samt visualisering af det fylogenetistiske indhold af
sekvensjusteringer.
Dette er den paralleliserede version af tree-puzzle.
|
|
tree-puzzle
Rekonstruktion af fylogenetiske træer gennem maksimal lighed
|
Versions of package tree-puzzle |
Release | Version | Architectures |
sid | 5.3~rc16+dfsg-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 5.3~rc16+dfsg-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 5.3~rc16+dfsg-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 5.3~rc16+dfsg-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 5.2-11 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 5.2-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 5.2-7 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package tree-puzzle: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
TREE-PUZZLE (det nye navn for PUZZLE) er et interaktivt konsolprogram, der
implementerer en hurtig algoritme for træ-søgning, kvartets-gåder
(»quartet-puzzling«), der tillader analyse af større datasæt og automatisk
tildeling af estimater af understøttelse for hver enkelt interne gren.
TREE-PUZZLE beregner også parvist sandsynligheden for maksimale distancer,
og desuden længden på grene for træer angivet af bruger. Længde på grene kan
også beregnes med antagelsen af et ur (»clock-assumption«). Yderligere
tilbyder TREE-PUZZLE en ny metode, ligheds-kortlægning, til at undersøge
understøttelsen af hypotese-baserede interne grene uden beregning af træet
i sin helhed, samt visualisering af det fylogenetistiske indhold af
sekvensjusteringer.
|
|
vcftools
Samling af værktøjer til arbejdet med VCF-filer
|
Versions of package vcftools |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.1.12+dfsg-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 0.1.16-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 0.1.16-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.1.16-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.1.16-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.1.16-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 0.1.14+dfsg-4+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie-security | 0.1.12+dfsg-1+deb8u1 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package vcftools: |
role | program |
|
License: DFSG free
|
VCFtools er en programpakke designet for arbejde med VCF-filer, såsom dem
oprettet af 1000 Genomes Project. Formålet med VCFtools er at tilbyde
metoder for arbejde med VCF-filer: validering, sammenføjning, sammenligning
og beregning af noget grundlæggende statistik om befolkningsgenetik.
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
Please cite:
Petr Danecek, Adam Auton, Goncalo Abecasis, Cornelis A. Albers, Eric Banks, Mark A. DePristo, Robert E. Handsaker, Gerton Lunter, Gabor T. Marth, Stephen T. Sherry, Gilean McVean and Richard Durbin:
The variant call format and VCFtools.
(PubMed,eprint)
Bioinformatics
27(15):2156-8
(2011)
|
|
velvet
Sekvens-assembler for nukleinsyre til meget korte læsninger
|
Versions of package velvet |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.2.10+dfsg1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.2.10+dfsg1-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 1.2.10+dfsg1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.2.10+dfsg1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.2.10+dfsg1-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.2.10+dfsg1-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.2.10+dfsg1-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package velvet: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
use | analysing |
|
License: DFSG free
|
Velvet er en »de novo«-genomisk assembler som er specielt designet for
teknologier til kort læsning, såsom Solexa eller 454, udviklet af Daniel
Zerbino og Ewan Birney ved European Bioinformatics Institue (EMBL-EBI), nær
Cambridge, i Storbritannien.
Velvet kan i øjeblikket tage korte læsesekvenser, fjerner fejl og
fremstiller dernæst unikke »contig'er« i høj kvalitet. Det anvender derefter
parvis læseinformation, hvis tilgængelig, til at indhente de gentagne
områder mellem contig'erne.
|
|
veryfasttree
Øg hastigheden på esitmeringen af fylogenetidske træer fra sekvenser
|
Versions of package veryfasttree |
Release | Version | Architectures |
trixie | 4.0.4+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 4.0.4+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
VeryFastTree er en yderst effektiv implementering inspireret af FastTree-2-værktøjet, designet til at fremskynde slutningen af tilnærmelsesvis maksimal sandsynlighedsfylogenetiske træer fra nukleotid- eller proteinsekvensjusteringer. Det er en optimeret implementering designet til at accelerere estimeringen af fylogenier til store linjer. Ved at udnytte paralleliserings- og vektoriseringsstrategier, forbedrer VeryFastTree markant ydeevnen og skaleringen af fylogenetisk analyse, så den kan konstruere fylogenetiske træer på en brøkdel af den tid, der tidligere har krævet.
Ved at bevare integriteten af FastTree-2 bevarer VeryFastTree de samme faser, metoder og heuristik brugt til at estimere fylogenetiske træer. Dette sikrer, at den topologiske nøjagtighed af træerne produceret af VeryFastTree forbliver svarende til FastTree-2. Desuden, i modsætning til den parallelle version af FastTree-2, garanterer VeryFastTree deterministiske resultater og eliminerer evt. potentielle variationer i resultatet.
For at lette en problemfri overgang for brugerne, anvender VeryFastTree de nøjagtig samme kommandolinjeargumenter som FastTree-2. Det betyder, at ved ganske enkelt at erstatte FastTree-2 med VeryFastTree og bruge det samme indstillingssæt kan brugerne markant forbedre den overordnede ydeevne af deres fylogenetiske analyser.
|
|
wise
Sammenligning af bioplymerer, såsom DNA- og protein-sekvenser
|
Versions of package wise |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.4.1-23 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.4.1-23 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.4.1-17 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.4.1-19 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.4.1-25 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 2.4.1-21 | amd64,arm64,armhf,i386 |
trixie | 2.4.1-25 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package wise: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | comparing |
|
License: DFSG free
|
Wise2 er en pakke fokuseret på sammenligninger mellem biopolymerer, fælles
DNA- og protein-sekvenser. Der er mange andre pakker som gør dette, de nok
bedst kendt er pakken BLAST (fra NCBI) og pakken Fasta (fra Bill Pearson).
Der er andre pakker, såsom pakken HMMER (Sean Eddy) eller pakken SAM (UC
Santa Cruz) som er fokuseret på skjulte Markov-modeller (HMMs) for
biopolymerer.
Den særlige styrke ved Wise2 er sammenligningen af DNA-sekvens på niveau
med dets protein-oversættelse. Denne sammenligning tillader den simultane
forudsigelse af eksempelvis genstrukturer med homologi-baserede
justeringer.
Wise2 indholder også algoritmer, såsom den hæderkronede Smith-Waterman-
algoritme, eller mere moderne af slagsen såsom Stephen Altschuls
»generalised gap penalties«, eller endda eksperimentelle slags som er
udviklet internt, såsom dba. Udviklingen af disse algoritmer skyldes den
lethed som udvikling af sådanne algoritmer opnår i det miljø som Wise2
anvender.
Wise2 er også blevet skrevet med et øje for genbrug og vedligehold. Selv om
det er en pakke i ren C, så kan du tilgå dets funktionalitet direkte med
Perl. Dele af pakken (eller hele pakken) kan anvendes af andre programmer i
C eller C++ uden navnerum-konflikter, da alle eksternt kædede variabler har
unikke identifikatorer med Wise2 angivet i starten.
|
|
Debian packages in contrib or non-free
cufflinks
Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq
|
Versions of package cufflinks |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.2.1+dfsg.1-10 (non-free) | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 2.2.1+dfsg.1-3 (non-free) | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.2.1+dfsg.1-8 (non-free) | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.2.1+dfsg.1-9 (non-free) | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 2.2.1-3 (non-free) | amd64 |
jessie | 2.2.1-1 (non-free) | amd64 |
sid | 2.2.1+dfsg.1-10 (non-free) | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: non-free
|
Cufflinks assembles transcripts, estimates their abundances, and
tests for differential expression and regulation in RNA-Seq samples.
It accepts aligned RNA-Seq reads and assembles the alignments into a
parsimonious set of transcripts. Cufflinks then estimates the
relative abundances of these transcripts based on how many reads
support each one.
This package provides the binary of cufflinks and associated tools, i.e.
compress_gtf, cuffcompare, cuffdiff, cuffmerge, cuffnorm, cuffquant and
gtf_to_sam.
|
embassy-phylip
EMBOSS conversions of the programs in the phylip package
|
Versions of package embassy-phylip |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.69.660-3 (non-free) | amd64 |
jessie | 3.69.650-2 (non-free) | amd64 |
stretch | 3.69.660-1 (non-free) | amd64 |
|
License: non-free
|
This package is the adaptation of the PHYLIP package in which its
programs can operate with the biological sequence formats and databases
of the European Molecular Biology Open Software Suite (EMBOSS). The
software packages adapted for EMBOSS are called EMBASSY.
PHYLIP (the PHYLogeny Inference Package) is a package of programs for
inferring phylogenies (evolutionary trees). Methods that are available
in the package include parsimony, distance matrix, and likelihood
methods, including bootstrapping and consensus trees. Data types that
can be handled include molecular sequences, gene frequencies,
restriction sites and fragments, distance matrices, and discrete
characters.
The EMBASSY PHYLIP programs all have the prefix "f" to distinguish them
from the original programs and avoid namespace conflict.
|
Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS
bagpipe
|
Versions of package bagpipe |
Release | Version | Architectures |
VCS | 2012.02.15-1 | all |
|
License: GPL3+
Debian package not available
Version: 2012.02.15-1
|
Bagpipe is a program for performing genomewide linkage disequilibrium
mapping of quantitative trait loci in populations whose genome structure
can be accommodated in the HAPPY framework [Mott00]. This includes most
diploid crosses where the founders of the individuals have known genotypes.
- Bagpipe is a simplified and streamlined version of Bagphenotype that
does not currently include resample model averaging (RMA) capabilities.
- Bagpipe can help fit single locus regression models (with or without
random effects) to marker intervals whose genetic ancestry is inferred
using the HAPPY software.
- Bagpipe cannot help you decide what is a sensible model to fit.
- Bagpipe does not currently accommodate populations with significant
population structure, except through the specification of simple random
intercepts based on unpatterned covariance matrices.
- Bagpipe is named after the Scottish wind instrument "the bagpipes" and
after Bagphenotype, which in turn was a PIPEline for BAGging-based
multiple QTL analysis of phenoTYPEs. Bagphenotype was in turn based
on software written by Richard Mott and William Valdar to analyze
heterogeneous stock mice in [Valdar06].
- Bagpipe is experimental software, is provided free of charge subject to
copyleft restrictions, and comes with no guarantees whatsoever.
|
|