Debian Med Phylogeny packages

ALTree est conçu pour la détection d'association et de localisation de sites susceptibles en utilisant des arbres phylogénétiques haplotypes : tout d'abord il permet une détection d'une association entre le gène candidat et la maladie, puis de faire des hypothèses sur les loci susceptibles.

BEAST est un programme multiplateforme pour l'analyse bayésienne MCMC de séquences moléculaires. Il est entièrement orienté vers les phylogénies à racine et mesurées dans le temps inférées avec des modèles d'horloge (« clock ») stricts ou relâchés. Il peut servir de méthode de reconstruction de phylogénies mais est également un environnement pour tester des hypothèses évolutionnaires sans poser de condition sur la topologie de l'arbre. BEAST utilise MCMC pour balancer la taille de l'arbre, afin que chaque arbre soit pondéré proportionnellement à sa probabilité postérieure. Une interface utilisateur simple à utilisée est incluse pour configurer les analyses standard, ainsi qu'une suite de programmes pour analyser les résultats.

Ce programme réalise l'alignement de séquences multiples de nucléotides ou d'acides aminés. Il identifie le format des séquences en entrée et détermine s'il s'agit d'acides nucléiques (ADN/ARN) ou d'acides aminés (peptides). Le format en sortie peut être choisi parmi divers formats pour les alignements multiples, comme Phylip ou FASTA. Clustal W est largement reconnu.

Les données en sortie de Clustal W peuvent être modifiées manuellement ou avec un éditeur d'alignement comme Seaview ou le logiciel compagnon Clustal X. Lorsqu'un modèle est construit à partir des alignements, il peut être utilisé pour améliorer les recherches dans les bases de données. Celles-ci peuvent être créées sous forme de modèles de Markov (HMM) avec le paquet HMMER.

Ce paquet offre une interface graphique utilisateur pour le programme Clustal d'alignement de plusieurs séquences. Il fournit un environnement intégré pour effectuer plusieurs alignements par séquence et par profil pour analyser les résultats. L'alignement de séquences est affiché dans une fenêtre sur l'écran. Un système de coloration souple a été intégré pour mettre en évidence les caractéristiques conservées dans l'alignement. Pour les présentations professionnelles, il convient d'utiliser le paquet texshade (LaTeX) ou boxshade .

Les menus déroulants en haut de la fenêtre permettent de sélectionner toutes les options nécessaires pour les traditionnels alignements par séquences multiples et par profil. Vous pouvez couper-coller les séquences pour changer l'ordre de l'alignement ; vous pouvez sélectionner un sous-ensemble de séquences à aligner ; vous pouvez sélectionner une sous-plage de l'alignement à réaligner et réinsérer dans l'alignement original.

Une analyse de la qualité de l'alignement peut être réalisée et les segments à faible score ou les résidus exceptionnels peuvent être mis en évidence.

Dialign2 est un outil qui s'utilise en ligne de commande pour réaliser plusieurs alignements de séquences de protéines ou d'ADN. Il construit les alignements de paires sans écart de segments similaires des séquences. Il est à noter que Dialign n'emploie aucun type de pénalité de l'écart.

DIALIGN-TX est un outil en ligne de commandes pour réaliser un alignement multiple de séquences de protéines ou d'ADN. C'est une ré-implémentation complète de l'approche basée sur les segments incluant plusieurs nouvelles améliorations et heuristiques qui améliore significativement la qualité des alignements en sortie comparée à DIALIGN 2.2 et DIALIGN-T. Pour les alignements par paires, DIALIGN-TX utilise un algorithme de « fragment- chaining » qui favorise les chaînes d'alignements locaux de faible score plutôt que les fragments isolés de score élevé. Pour l'alignement multiple, DIALIGN-TX utilise une procédure gloutonne améliorée qui est moins sensible aux fausses similitudes locales des séquences.

Le paquet exonerate permet d'aligner des séquences en utilisant de nombreux modèles d'alignement, en utilisant soit de la programmation dynamique exhaustive, soit divers procédés heuristiques. La plupart des fonctionnalités de l'ensemble de la programmation dynamique ont été réécrites en C pour une meilleure efficacité. Le paquet exonerate est un composant intrinsèque de la construction des bases de données du projet Ensembl genome (par le centre de recherche European Bioinformatics Institute pour fournir des données à l'échelle du génome pour des espèces non-vertébrée), fournissant des notes de similitudes entre les séquences ARN et ADN et ainsi des variants d'épissage et les séquences de codage en général.

Un système In-silico PCR Experiment Simulation (voir la page du manuel d'ipcress) est fourni avec le paquet exonerate.

Ce paquet vient aussi avec une sélection d'utilitaires pour la réalisation rapide de manipulations simples avec des fichiers FASTA dépassant 2 Go.

fastDNAml est un logiciel dérivé de la version 3.3 du logiciel DNAML (« DNA Maximum Likelihood ») de Joseph Felsenstein faisant partie de son paquet PHYLIP (« PHYLogeny Inference Package »). Les utilisateurs devraient consulter la documentation de DNAML avant d'utiliser ce logiciel.

Le logiciel fastDNAml est une tentative de résoudre le même problème que DNAML, mais de le faire plus rapidement et en utilisant moins de mémoire. Ainsi, les grands arbres phylogénétiques qui reproduisent l'amorçage deviennent traitables. Une grande partie du logiciel fastDNAml est simplement un recodage de la version 3.3 du DNAML de PHYLIP du langage Pascal au C.

La page d'accueil de ce logiciel n'étant plus disponible, ce logiciel ne verra donc probablement pas d'autres mises à jour.

Le paquet FastTree déduit les arbres phylogénétiques de probabilité approximativement maximale des alignements de nucléotides ou des séquences de protéines. Il manipule des alignements jusqu'à un million de séquences en une quantité de temps et de mémoire raisonnable. Pour de grands alignements, le paquet FastTree est 100 à 1000 fois plus rapide que la version 3.0 du paquet PhyML ou la version 7 du paquet RAxML.

Le paquet FastTree est plus précis que la version 3 du paquet PhyML avec des paramètres par défaut, et bien plus précis que les méthodes de matrices de distances qui sont traditionnellement utilisées pour de grands alignements. Le paquet FastTree utilise les modèles de Jukes-Cantor (1969) ou « Generalized Time Reversible » (GTR . Simon Tavaré , 1986) de l'évolution de nucléotides et le modèle de Jones, Taylor and Thornton (1992) de l'évolution des acides aminés. Pour tenir compte des taux variants de l'évolution à travers les sites, FastTree utilise un taux unique de chaque site (l'approximation CAT). Pour estimer rapidement la fiabilité de chaque scission dans l'arbre, le paquet FastTree calcule les valeurs d'appui avec le test de Shimodaira-Hasegawa (1999 ; Ces valeurs d'appui sont les mêmes que « les appuis locaux de type Shimodaira-Hasegawa » de la version 3 du paquet PhyML.)

Ce paquet contient une version à processus en série (fasttree) et une version à processus en parallèle qui utilise OpenMP (fasttreMP).

Le paquet figtree est conçu comme une visionneuse graphique d'arbres phylogénétiques et comme un programme pour produire des chiffres de publication prêts à l'emploi. En particulier, il est conçu pour afficher des arbres résumés et annotés produits par le logiciel BEAST (« Bayesian Evolutionary Analysis Sampling Trees »).

Ce paquet fournit les programmes GMAP et GSNAP ainsi que des utilitaires pour gérer des bases de données concernant le génome au format GMAP/GSNAP. GMAP (Genomic Mapping and Alignment Program) est un outil pour aligner les séquences EST, mRNA et cDNA. GSNAP (Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program) est un outil pour aligner les lectures de transcriptome à partir d’une ou de deux extrémités. Ces deux outils peuvent utiliser une base de données de :

 – sites d’épissage connus et des sites nouveaux identifiés d’épissage ;
 – polymorphismes de nucléotide simple connus (SNP).
GSNAP peut aligner de l’ADN traité avec du bisulfite.

HMMER est une implémentation des profils de modèles de Markov cachés pour rechercher des séquences biologiques dans des banques de données en les interrogeant avec des alignements multiples de séquences.

À partir d'un alignement multiple de séquences, HMMER construit un modèle statistique appelé « modèle de Markov caché », qui peut ensuite être utilisé pour interroger une banque de séquences afin de trouver plus d'homologues à la famille de séquences et, éventuellement, de les aligner.

IQ-TREE est logiciel phylogénétique de maximum de vraisemblance très efficace avec, entre autres, les fonctions clés suivantes :

 .
  – un nouvel algorithme stochastique rapide et efficace pour estimer les
    arbres de maximum de vraisemblance. IQ-TREE surpasse RAxML et PhyML en
    termes de vraisemblance tout en requérant le même temps de calcul
    (consulter Nguyen et al., 2015) ;
  – une approximation par technique de bootstrap ultra-rapide pour estimer
    la prise en charge de branches (consulter Minh et al., 2013) ;
  – une grande diversité de modèles de substitution pour des alignements
    binaires, d’ADN, de protéines, de codons ou morphologiques ;
  – une sélection de modèle ultra-rapide pour tous les types de données,
    10 à 100 fois plus rapide que jModelTest et ProtTest ;
  – une découverte du meilleur schéma de partition comme PartitionFinder ;
  – des modèles de partition avec des types mélangés de données pour les
    alignements de phylogénomique (multi-gène), permettant des longueurs
    de branches distinctes, proportionnelles ou jointes entre les gènes ;
  – la prise en charge de la bibliothèque PLL (bibliothèque phylogénétique
    de vraisemblance) (consulter Flouri et al., 2014).

jModelTest est un outil pour réaliser une sélection statistique des modèles les plus adaptés de substitution de nucléotide. Il met en œuvre cinq stratégies différentes de sélection de modèle : tests de ratio de vraisemblance dynamiques et hiérarchiques (dLRT et hLRT), le critère d’information d’Akaike et celui Bayesian (AIC et BIC) et une méthode de la théorie de décision (DT). Il fournit aussi une estimation de l’incertitude de la sélection de modèles, de l’importance des paramètres et paramètres de moyenne de modèle y compris pour les topologies d’arbres. jModelTest 2 intègre des possibilités de calcul intensifs (HPC – High Performance Computing) et des fonctions supplémentaires telles que des nouvelles stratégies pour l’optimisation d’arbre, des arbres phylogénétiques de moyennes de modèle (topologie et longueur d’arbre), un nouveau filtrage d’heuristique et une journalisation automatique de l’activité des utilisateurs.

Kalign est un outil en ligne de commande pour l'alignement de séquences biologiques (ADN, ARN, proteïnes). Il utilise l'algorithme de concordance de chaînes Muth-Manber pour améliorer la précision et la vitesse de l'alignement. Il utilise une démarche d'alignement globale, progressive, enrichie par l'usage d'un algorithme de concordance de chaînes approché pour calculer les différences de séquence et par l'incorporation des correspondances locales dans tout autre alignement global.

Bayesian inference of phylogeny is based upon a quantity called the posterior probability distribution of trees, which is the probability of a tree conditioned on the observations. The conditioning is accomplished using Bayes's theorem. The posterior probability distribution of trees is impossible to calculate analytically; instead, MrBayes uses a simulation technique called Markov chain Monte Carlo (or MCMC) to approximate the posterior probabilities of trees.

MUSCLE est un programme d'alignements multiples de séquences de protéine. L'acronyme MUSCLE signifie « MUltiple Sequence Comparison by Log-Expectation ». D'après les tests des auteurs, MUSCLE réalise les meilleurs résultats de tous les programmes testés sur plusieurs bancs de mesure concernant la précision d'alignement et est aussi un des plus rapides.

Muscle v5 est une réécriture majeure de MUSCLE basée sur de nouveaux algorithmes.

Les utilisateurs doivent faire attention à ce que les arguments de ligne de commande ne sont plus les mêmes que ceux des versions 3.x de MUSCLE.

Meilleure précision, extensible à des milliers de séquences

Comparé aux version précédentes, Muscle v5 est plus précis, souvent plus rapide et extensible à des ensembles de données plus grands. Au moment de son écriture (fin 2021), Muscle v5 réalise les meilleurs scores sur plusieurs bancs d’essai dont Balibase, Bralibase, Prefab et Balifam. Il peut aligner des milliers de séquences avec une grande précision sur un ordinateur de bas prix (par exemple, un CPU 8 cœurs d’Intel avec 32 Gb de RAM). Pour de grands ensembles de données, Muscle v5 est 20 à 30 % plus précis que MAFFT et Clustal-Omega.

Ensembles d’alignements

Muscle v5 peut générer des ensembles d’alignements alternatifs de haute précision. Toutes les réplications ont une précision moyenne égale lors de test sur banc d’essai, y compris les alignements multiples de séquences avec les paramètres par défaut. En comparant les résultats d’analyse en aval (arbres, prédiction de structure…) de différentes réplications, il est possible d’évaluer les effets des erreurs d’alignements lors d’études.

MUSCLE is a multiple alignment program for protein sequences. MUSCLE stands for multiple sequence comparison by log-expectation. In the authors tests, MUSCLE achieved the highest scores of all tested programs on several alignment accuracy benchmarks, and is also one of the fastest programs out there.

This is version 3 of the muscle program. It is a different program than muscle version 5 which is packaged as muscle in Debian.

Mustang est un algorithme pour aligner des structures multiples de protéines. Avec un ensemble donné de fichiers PDB, le programme utilise l'information spatiale dans les atomes Calpha de l'ensemble pour produire une séquence d'alignement. Basé sur un appairage heuristique progressif, l'algorithme traite ensuite un certain nombre de repasses d'affinage. Mustang rapporte les alignements de séquence multiples et la superposition de structures correspondantes.

NJplot peut dessiner n’importe quel dendrogramme exprimé dans le format Newick standard d’arbre phylogénétique (par exemple, le format utilisé par le paquet PHYLIP). NJplot est particulièrement pratique pour enraciner les arbres non enracinés obtenus par des méthodes de parcimonie, de distance ou de maximum de vraisemblance pour la construction d’arbres.

Le paquet PHYLogeny Inference est un paquet de programmes de déduction de phylogénies (arborescences évolutives) à partir de séquences. Les méthodes disponibles dans le paquet sont la parcimonie, la matrice de distance et les méthodes de probabilité dont le bootstrap et les arbres de consensus. Les types de données prises en charge sont notamment les séquences moléculaires, les fréquences de gène, les sites de restriction, les matrices de distance et les caractères discrets [0;1].

PhyML est un logiciel qui estime la probabilité maximale de phylogénies à partir d'alignements de séquences de nucléotides ou d'acides aminés . Il fournit de nombreuses options qui ont été conçues pour faciliter les analyses phylogénétiques classiques. Les principales forces du logiciel PhyML reposent sur la grande quantité de modèles de substitution couplés avec de nombreuses options pour rechercher l'espace des topologies d'arbres phylogénétiques, allant de méthodes très rapides et efficaces à des approches moins rapides mais généralement plus précises. Il met également en œuvre deux méthodes pour évaluer les supports de branches dans une structure statistique fiable (le test du ratio de l'amorçage sans paramètre et de la probabilité approximative).

Le logiciel PhyML a été conçu pour traiter des ensembles de données modérés à volumineux. En théorie, les alignements jusqu'à 4 000 séquences de 2 000 000 symboles de longueur peuvent être analysés. Cependant, en pratique, la quantité de mémoire nécessaire pour traiter un ensemble de données est proportionnelle au produit du nombre de séquences par leur longueur. Par conséquent, un grand nombre de séquences peuvent seulement être traitées pour autant qu'elles soient courtes. Le logiciel PhyML peut aussi manipuler des séquences longues mais peu nombreuses. Avec les ordinateurs personnels les plus classiques, la « zone de confort » du logiciel PhyML se situe généralement entre 3 et 500 séquences de moins de 2 000 symboles de longueur.

Ce paquet fournit aussi PhyTime.

POA signifie Alignement d'Ordre Partiel (Partial Order Aligment en anglais). C'est un programme rapide de MSA (alignement multiple de séquences) en bio-informatique. Ses points forts sont la vitesse, la déployabilité, la sensibilité et son aptitude supérieure à gérer les branchements et les indels dans l'alignement. L'alignement d'ordre partiel est une approche pour MSA qui peut être combinée avec d'autres méthodes comme l'alignement progressif. POA aligne de manière optimale une paire de MSA et peut donc être utilisé directement avec des méthodes progressives comme CLUSTAL. Pour les alignements de grande taille, POA est de dix à trente fois plus rapide que CLUSTALW.

Populations est un logiciel de génétique de populations. Il permet de calculer la distance génétique entre des populations ou des individus. Il permet aussi de créer des arbres phylogénétiques (NJ ou UPGMA) avec des valeurs de démarrage.

Pplacer places reads on a phylogenetic tree. guppy (Grand Unified Phylogenetic Placement Yanalyzer) yanalyzes them. rppr is a helpful tool for working with reference packages.

Pplacer places query sequences on a fixed reference phylogenetic tree to maximize phylogenetic likelihood or posterior probability according to a reference alignment. Pplacer is designed to be fast, to give useful information about uncertainty, and to offer advanced visualization and downstream analysis.

Le logiciel ProAlign réalise des alignements de séquences probabilistes en utilisant le modèle de Markov caché. Il inclut une interface graphique utilisateur permettant de: (i) réaliser des alignements de nucléotides ou d'acides aminés (ii) visionner la qualité des solutions (iii) filtrer les régions considérées non fiables de l'alignement (iv) exporter les alignements vers d'autres logiciels

Le logiciel ProAlign une méthode progressive, telle que l'alignement de multiples séquences est créé par étapes en réalisant des alignements par paires dans les noeuds d'un arbre de guidage . Les séquences sont décrites avec des vecteurs de probabilité de symboles, et chaque alignement par paires, reconstruit la séquence ancestrale (parente) en calculant les probabilités de différents symboles selon un modèle évolutif.

Probalign utilise l’estimation de probabilités à postériori de la fonction de partition pour calculer les alignements de séquence multiple avec la précision maximale attendue. Il obtient des résultats statistiquement significativement meilleurs que les programmes d´alignement leaders Probcons v1.1, MAFFT v5.851 et MUSCLE v3.6 avec les tests de performance BAliBASE 3.0, HOMSTRAD et OXBENCH. Les améliorations de Probalign sont plus importantes sur les ensembles de données contenant des extrémités N/C-terminales et sur les ensembles de données avec des séquences de longueurs hétérogènes. Sur les ensembles de données de longueurs hétérogènes contenant des répétitions, la précision d’alignement de Probalign est 10 % et 15 % meilleure que les trois autres méthodes quand l´écart-type de longueur est au moins 300 et 400.

Ceci est un outil pour la génération d'alignements de séquences multiples de protéines. En utilisant une combinaison de techniques d'alignements basées sur la modélisation probabiliste et la cohérence, le logiciel PROBCONS a atteint les meilleures précisions des méthodes d'alignement à ce jour. Sur la base de données d'alignements de test de performance BAliBASE (« Benchmark ALIgnment dataBASE »), les alignements produits par le logiciel PROBCONS montrent une amélioration statistiquement significative sur les logiciels actuels, contenant une moyenne de plus de 7 % de colonnes alignées correctement que celles du logiciel T-Coffee, plus de 11 % de colonnes alignées correctement que celles du logiciel ClustalW, et plus de 11 % de colonnes alignées que celles du logiciel Dialign.

ProDA est un programme pour détecter et aligner les régions homologues dans des collections de protéines comportant divers arrangements de domaines. À partir d'un ensemble de séquences non alignées, ProDA identifiera toutes les régions homologues apparaissant dans une ou plusieurs séquences et renverra une collection d'alignements multiples locaux pour chacune d'entre elles.

PROTTEST (ModelTest's relative) is a program for selecting the model of protein evolution that best fits a given set of sequences (alignment). This java program is based on the Phyml program (for maximum likelihood calculations and optimization of parameters) and uses the PAL library as well. Models included are empirical substitution matrices (such as WAG, LG, mtREV, Dayhoff, DCMut, JTT, VT, Blosum62, CpREV, RtREV, MtMam, MtArt, HIVb, and HIVw) that indicate relative rates of amino acid replacement, and specific improvements (+I:invariable sites, +G: rate heterogeneity among sites, +F: observed amino acid frequencies) to account for the evolutionary constraints impossed by conservation of protein structure and function. ProtTest uses the Akaike Information Criterion (AIC) and other statistics (AICc and BIC) to find which of the candidate models best fits the data at hand.

QuickTree est une mise en œuvre efficace de l’algorithme Neighbor-Joining (PMID : 3447015), qui peut reconstruire des phylogénies à partir de grandes quantités d’alignements pour des temps inférieurs à l’âge de l’univers.

QuickTree accepte comme entrées des matrices de distance ou des alignements multiples de séquence. Les matrices doivent être au format PHYLIP. Les alignements doivent être au format Stockholm qui est le format natif d’alignement pour la base de données Pfam. Les alignements de formats différents peuvent être convertis au format Stockholm avec le programme sreformat qui fait partie du paquet HMMer (hmmer.org).

Les arbres sont écrits sur la sortie standard, au format Newick/New-Hampshire utilisé par PHYLIP et beaucoup d’autres programmes.

SeaView est un visualisateur et un éditeur pour des alignements multiples de séquence, c'est-à-dire, des séquences d’ADN ou de protéines sont chacune positionnées dans leur propre ligne distincte, de telle façon les acides aminés ou nucléiques à une position particulière (colonne) sont supposées avoir les mêmes propriétés biochimiques.

SeaView lit et écrit divers formats de fichiers (NEXUS, MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE, Newick) de séquences d’ADN et de protéines et d’arbres phylogénétiques. Les alignements peuvent être édités manuellement. Il pilote les programmes Muscle ou Clustal Omega pour des alignements multiples de séquences, et permet aussi d’utiliser n’importe quel algorithme externe d’alignement capable de lire et d'écrire des fichiers au format FASTA. Il calcule les arbres phylogénétiques selon la parcimonie en utilisant les algorithmes dnapars et protpars de PHYLIP, selon la distance avec les algorithmes NJ ou BioNJ pour diverses distances d’évolution, ou selon le maximum de vraisemblance en utilisant le programme PhyML 3.0.

SeaView dessine les arbres phylogénétiques sur l’écran ou dans des fichiers PostScript, et permet de télécharger des séquences d’EMBL, GenBank ou UniProt grâce à Internet.

SIGMA (« SImple Greedy Multiple Alignment ») est un logiciel d'alignement. Son algorithme et schéma de notation sont conçus spécialement pour une séquence d'ADN non codant.

Il utilise une stratégie de recherche d'alignements locaux avec le moins d'espacement possible. Ceci se produit à chaque étape, ce qui rend le meilleur alignement possible compatible avec les alignements existants. Il note l'importance de l'alignement sur ​​la base des longueurs des fragments alignés et un modèle de fond. Ceux-ci peuvent être communiqués ou estimés à partir d'un fichier complémentaire de l'ADN intergénique.

SPREAD is a user-friendly application to analyze and visualize phylogeographic reconstructions resulting from Bayesian inference of spatio-temporal diffusion.

There is a tutorial for SPREAD online at http://www.kuleuven.be/aidslab/phylogeography/tutorial/spread_tutorial.html

Originally this program is named "spread". However, there is just such a package inside Debian and thus a 'phy' for phylogeny was prepended.

T-Coffee est un programme d'alignement multiple de séquences. À partir d'un ensemble de séquences (protéines ou ADN), T-Coffee crée un alignement multiple. Les versions 2.00 et supérieures peuvent mélanger les séquences et les structures.

T-Coffee permet la combinaison de collection d'alignements multiples ou par paires de séquences, globaux ou locaux, dans un modèle unique. Il peut aussi estimer le niveau de cohérence de chaque position dans le nouvel alignement avec les autres alignements. Veuillez vous référer à l'épreuve incluse pour plus d'informations.

T-Coffee dispose d'une variante appelée M-Coffee qui permet la combinaison de sorties de nombreux paquets d'alignement de séquences. Dans sa version publiée, il utilise MUSCLE, PROBCONS, POA, DiAlign-TS, MAFFT, Clustal W, PCMA et T-Coffee. Une version spéciale, DM-Coffee, a été faite pour Debian. Cette version n'utilise que des logiciels libres grâce au remplacement de Clustal W par Kalign. L'utilisation des huit méthodes proposées par M-Coffee peut parfois s'avérer lourde. Il est néanmoins possible de n'en utiliser qu'un sous-ensemble de son choix.

TM-align is a computer algorithm for protein structure alignment using dynamic programming. The scoring is performed by the TM-score rotation matrix. This is similar to the RMSD in that unaligned portions of the structure influence the scoring less than the more structurally conserved regions.

TREE-PUZZLE (the new name for PUZZLE) is an interactive console program that implements a fast tree search algorithm, quartet puzzling, that allows analysis of large data sets and automatically assigns estimations of support to each internal branch. TREE-PUZZLE also computes pairwise maximum likelihood distances as well as branch lengths for user specified trees. Branch lengths can also be calculated under the clock-assumption. In addition, TREE-PUZZLE offers a novel method, likelihood mapping, to investigate the support of a hypothesized internal branch without computing an overall tree and to visualize the phylogenetic content of a sequence alignment.

This is the parallelized version of tree-puzzle.

TREE-PUZZLE (the new name for PUZZLE) is an interactive console program that implements a fast tree search algorithm, quartet puzzling, that allows analysis of large data sets and automatically assigns estimations of support to each internal branch. TREE-PUZZLE also computes pairwise maximum likelihood distances as well as branch lengths for user specified trees. Branch lengths can also be calculated under the clock-assumption. In addition, TREE-PUZZLE offers a novel method, likelihood mapping, to investigate the support of a hypothesized internal branch without computing an overall tree and to visualize the phylogenetic content of a sequence alignment.

TreeView creates a matrix-like display of expression data, known as Eisen clustering. The original implementation was a Windows program named TreeView by Michael Eisen. This TreeView package, sometimes also referred to as jTreeView, was rewritten in Java under a free license.

Java TreeView is an extensible viewer for microarray data in PCL or CDT format.

TreeView X is an open source and multi-platform program to display phylogenetic trees. It can read and display NEXUS and Newick format tree files (such as those output by PAUP*, ClustalX, TREE-PUZZLE, and other programs). It allows one to order the branches of the trees, and to export the trees in SVG format.

VeryFastTree is a highly efficient implementation inspired by the FastTree-2 tool, designed to expedite the inference of approximately-maximum-likelihood phylogenetic trees from nucleotide or protein sequence alignments. It is an optimized implementation designed to accelerate the estimation of phylogenies for large alignments. By leveraging parallelization and vectorization strategies, VeryFastTree significantly improves the performance and scalability of phylogenetic analysis, allowing it to construct phylogenetic trees in a fraction of the time previously required.

Maintaining the integrity of FastTree-2, VeryFastTree retains the same phases, methods, and heuristics used for estimating phylogenetic trees. This ensures that the topological accuracy of the trees produced by VeryFastTree remains equivalent to that of FastTree-2. Moreover, unlike the parallel version of FastTree-2, VeryFastTree guarantees deterministic results, eliminating any potential variations in the output.

To facilitate a seamless transition for users, VeryFastTree adopts the exact same command line arguments as FastTree-2. This means that by simply substituting FastTree-2 with VeryFastTree, and using the same set of options, users can significantly enhance the overall performance of their phylogenetic analyses.

TreeTime fournit des routines pour la reconstruction de séquences ancestrales (ASR) et l’inférence du maximum de vraisemblance de phylogénies selon l’horloge moléculaire, c’est-à-dire un arbre où toutes les branches sont échelonnées de façon que leurs emplacements de nœuds terminaux correspondent à leurs temps d’échantillonnage et les nœuds internes sont placés selon le moment de divergence le plus probable.

TreeTime essaie de trouver un compromis entre les modèles probabilistes sophistiqués de l’évolution et les heuristiques rapides. IL met en œuvre les modèles GTR (Generalised time reversible) d’inférence ancestrale et d’optimisation de longueur de branche, mais prend la topologie de l’arbre telle que donnée. Pour optimiser la vraisemblance de phylogénies échelonnées selon le temps, treetime utilise une approche itérative qui d’abord infère les séquences ancestrales selon la longueur de branche de l’arbre, puis optimise la position des nœuds non contraints sur l’axe de temps, et puis répète ce cycle. La seule optimisation de topologie est la résolution (facultative) des polytomies de façon que cela soit le plus (approximativement) cohérent avec les contraintes d’échantillonnage de temps de l’arbre. Ce paquet est conçu pour être utilisé comme un outil autonome ou comme une bibliothèque utilisée dans une suite d’analyse plus large de phylogénie.

Caractéristiques :

 – reconstruction de séquences ancestrale (maximum de vraisemblance marginale et jointe) ;
 – inférence d’arbre selon l’horloge moléculaire (maximum de vraisemblance marginale et jointe) ;
 – inférence de modèles GTR ;
 – changement de racine pour obtenir la meilleure régression racine-extrémité ;
 – horloge moléculaire auto-corrélée souple.

Ce paquet fournit le module avec Python 3.

Archaeopteryx is a software tool for the visualization, analysis, and editing of potentially large and highly annotated phylogenetic trees. It can be used both as applet (ArchaeopteryxA and ArchaeopteryxE) and as a standalone application.

Patristic overcomes some logistic barriers to analysing signals in sequences. In additional to calculating patristic distances, it provides plots for any combination of matrices, calculates commonly used statistics, allows data such as isolation dates to be entered and reorders matrices with matching species or gene labels. It will be used to analyse rates of mutation and substitutional saturation and the evolution of viruses.

Phylo_win is a graphical colour interface for molecular phylogenetic inference. It performs neighbor-joining, parsimony and maximum likelihood methods and bootstrap with any of them. Many distances can be used including Jukes & Cantor, Kimura, Tajima & Nei, HKY, Galtier & Gouy (1995), LogDet for nucleotidic sequences, Poisson correction for protein sequences, Ka and Ks for codon sequences. Species and sites to include in the analysis are selected by mouse. Reconstructed trees can be drawn, edited, printed, stored and evaluated according to numerous criteria.

This program uses sources files from the Phylip program, which forbids its use for profit. Therfore, Phylo_win will unfortunately have to be distributed in contrib or non-free.

gBioSeq is in an early stage of development, but it is already running. The goal is to provide an easy to use software to edit DNA sequences under Linux, Windows, MacOsX, using GTK C# (Mono).

A concise viewer/editor for phylogenetic trees in the Newick format. The core functions are written in JavaScript, using the canvas tag proposed by HTML 5. No server side support is needed for rendering the picture and therefore you can grab this page together with knhx.js and canvastext.js to locally view your trees in a supported web browser.

The source can be downloaded at http://www.sanger.ac.uk/Users/lh3/download/jstreeview.zip

PhpPhylotree is a web application that is able to draw phylogenetic trees. It produces an SVG (Scalable Vector Graphic) file from phylip/newick tree files.

TreeTime is controlled by input files in nexus format and does bayesian sampling of phylogenetic trees from these data.