Debian Med Phylogeny packages

ALTree var designet til at udføre associationsdetektering og lokalisering af modtagelighedssider ved hjælp af haplotype-fylogenetiske træer: for det første så giver det mulighed for detektering af en association mellem et kandidatgen og en sygdom, og for det andet gør det muligt at lave en hypotese om modtagelighedsloci.

BEAST er et program til bayesiansk MCMC-analyse af molekylære sekvenser udviklet til flere platforme. Det er orienteret mod rodfæstede, tidsmålte fylogenier udledt ved hjælp af strenge eller afslappede molekylære urmodeller. Det kan anvendes som en fremgangsmåde til at rekonstruere fylogenier men er også en ramme til afprøvning af evolutionære hypoteser uden konditionering på en enkelt trætopologi. BEAST bruger MCMC til at lave et gennemsnit over træplads, således at hvert træ er vægtet proportional med dens senere sandsynlighed. Inkluderet er en simpel brugerflade til opsætning af standardanalyser og en række programmer til at analysere resultaterne.

Dette program udfører en sammenligning af flere nukleotid- eller aminosyresekvenser. Det genkender formatet for inddatasekvenser, og om sekvenser er nukleinsyre (DNA / RNA) eller aminosyre (proteiner). Uddataformatet kan vælges i forskellige formater for flere sammenligninger såsom Phylip eller FASTA. Clustal W er velaccepteret.

Produktionen af ​​Clustal W kan redigeres manuelt, men helst med et justeringssredigeringsprogram som SeaView eller indenfor dens følgesvend Clustal X. Når man bygger en model fra din sammenligning, kan denne anvendes til forbedrede databasesøgninger. Debianpakken HMMER skaber en sådan i form af en HMM.

Denne pakke tilbyder en grafisk brugerflade for Clustals program for sekvenssammenligning. Det tilbyder et integreret miljø for udførsel af flere sekvens- og profilsammenligninger for at analysere resultaterne.

Menuen i rullegardinet øverst i vinduet giver dig mulighed for at vælge alle indstillinger krævet for traditionel flersekvens- og profilsammenligning. Du kan klippe og indsætte sekvenser for at ændre rækkefølgen for sammenligningen; du kan vælge et undersæt af sekvenser der skal sammenlignes; du kan vælge et underinterval af sammenligningen der kan rettes ud og indsættes tilbage i den originale sammenligning.

En sammenlignende kvalitetsanalyse kan udføres og lavt bedømte segmenter eller exceptionelle rester kan fremhæves.

DIALIGN2 er et kommandolinjeværktøj som kan gennemføre justering af flere protein- eller DNA-sekvenser. Det konstruerer justeringer med gabsfrie par af modsvarende segmenter fra sekvenserne. Dette rangeringsskema for justeringer er den grundlæggende forskel mellem DIALIGN og andre globale eller lokale justeringsmetoder. Bemærk at DIALIGN ikke gør brug af nogen sanktioner over for gab.

DIALIGN-TX er et kommandolinjeværktøj til udførsel af flerjustering af protein- eller DNA-sekvenser. Det er en fuldstændig reimplementering af den segmentbaserede fremgangsmåde inklusiv flere nye forbedringer og heuristik som forbedrer kvaliteten af uddatajusteringer væsentligt sammenlignet med DIALIGN 2.2 og DIALIGN-T. For parvis justering bruger DIALIGN-TX en algoritme til fragmentkædning som favoriserer kæder med lave resultater for lokale justeringer over isolerede fragmenter med høje resultater. For flerjustering bruger DIALIGN-TX en forbedret grådig procedure som er mindre følsom for falske lokale sekvensensheder.

Exonerate tillader justering af sekvenser via en model med flere justeringer, der bruger enten udførlig dynamisk programmering eller en variation af heuristiker. De meste af funktionaliteten i den dynamsike Wiseprogrammeringspakke blev erstattet med C for bedre effektivitet. Exonerate er en tilhørende komponent i opbygningen af databaserne Ensembl genome, der tilbyder sammenligningsoversigter mellem RNA- og DNA-sekvenser og dermed afgør opdelingsvariationer og kodesekvenser generelt.

Et simulationssystem In-silico PCR Experiment (se manualsiden for ipcress) pakkes med exonerate.

Denne pakke kommer også med et udvalg af redskaber til udførelse af enkle og hurtige manipulationer på fasta-filer over 2 Gb.

fastDNAml er et program afledt fra Joseph Felsensteins version 3.3 DNAML (del af hans PHYLIP-pakke). Bruger bør konsultere dokumentationen for DNAML før de bruger dette program.

fastDNAml er et forsøg på at løse det samme problem som DNAML, men at gøre dette hurtigere og med mindre brug af hukommelse, så at større træer og/eller flere bootstrap-replikater kan håndteres. Meget af fastDNAml er bare en genindspilning af PHYLIP 3.3 DNAML-programmet fra PASCAL til C.

Bemærk at dette programs hjemmeside ikke længere er tilgængeligt og at dette program derfor nok ikke vil se yderligere opdateringer.

FastTree udleder cirka-maksimum-likelihood fylogenetiske træer fra opstillinger af nukleotid- eller proteinsekvenser. Den håndterer opstillinger med op til en million sekvenser på rimelig tid og brug af hukommelse. For store justeringer er FastTree 100-1000 gange hurtigere end PhyML 3.0 eller RAxML 7.

FastTree er mere præcis end PhyML 3 med standardindstillinger, og meget mere præcis end afstands-matrix metoder, der traditionelt anvendes til store justeringer. FastTree bruger Jukes-Cantor eller generaliseret tid-reversible (GTR) modeller af nukleotid-evolution og JTT (Jones- Taylor-Thornton 1992) modelaminosyreevolution. For at tage højde for de varierende satser evolution på tværs af steder, bruger FastTree en enkelt sats for hvert sted (»CAT«-tilnærmelsen). Hvis du hurtigt vil estimere pålideligheden af hver splittelse i træet, FastTree beregner lokal støtteværdier med Shimodaira-Hasegawa-test (disse er de samme som PhyML 3s »SH-lignende lokale understøtninger«).

Denne pakke indeholder en enkelt gevindudførelse (fasttree) og en parallel udgave, som bruger OpenMP (fasttreMP).

FigTree er designet som en grafisk fremviser af fylogenetiske træer og som et program til at fremstille udgivelsesklare figurer. Det er specielt designet til at vise summerede og kommenterede træer fremstillet af BEAST.

Denne pakke indeholder programmerne GMAP og GSNAP samt redskaber til at håndtere genomdatabaser i GMAP/GSNAP-formatet. GMAP (Genomic Mapping and Alignment Program) er et værktøj til at sammenligne EST-, mRNA- og cDNA-sekvenser. GSNAP (Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program) er et værktøj til at sammenligne single-end og paired-end transkriptom-læsninger. Begge værktøjer kan bruge en database med

• kendte splice-sider og identify novel splice-sider
• kendte single-nucleotide polymorphisms (SNPs) GSNAP kan sammenligne bisulfit-behandlet DNA.

HMMER er en implementering af profilskjulte Markov-modelmetoder for sensitive søgninger i biologiske sekvensdatabaser med brug af flersekvensjusteringer som forespørgsler.

Givet en flersekvensjustering som input, bygger HMMER en statistisk model kaldt »skjult Markovmodel«, som kan bruges som en forespørgsel ind i en sekvensdatabase for at finde (og/eller justere) yderligere homologier for sekvensfamilien.

IQ-TREE er et meget effektivt maksimal sandsynlighedsfylogenetisk program med følgende nøglefunktioner blandt flere:

• En hidtil ukendt hurtig og effektiv stokastisk algoritme til at estimere maksimale sandsynlighedstræer. IQ-TREE overgår både RAxML og PhyML i form af sandsynlighed, men kræver tilsvarende mængde beregning (se Nguyen et al., 2015)
• En ultrahurtig bootstrap-tilnærmelse til at vurdere branchestøtter (se Minh et al., 2013)
• En bred vifte af substitutionsmodeller for binær, DNA, protein, codon, og morfologiske tilpasninger
• Ultrahurtig model valg for alle datatyper, 10 til 100 gange hurtigere end jModelTest og ProtTest
• Find bedste partitionsskema ligesom PartitionFinder
• Partitioneret modeller med blandede datatyper for fylogenetiske (multigenfamilier) sammenligninger, der giver mulighed for separate, proportionale, eller fælles grenlængder blandt gener
• Støtte til fylogenetisk sandsynlighedsbibliotek (PLL) (se Flouri et al., 2014)

jModelTest er et værktøj til at udføre statistisk valg af bedst egnede modeller for nukleotidsubstitution. Værktøjet gennemfører fem forskellige modelselektionsstrategier: hierarkiske og dynamiske sandsynlighedskvotienttest (hLRT og dLRT), Akaike og bayesianske oplysningskriterier (AIC og BIC), og en beslutningsteorimetode (DT). Det giver også skøn over modeludvælgelsesusikkerheden, parametervigtighed og model-gennemsnit parameterestimater, herunder model-gennemsnit for trætopologier. jModelTest 2 omfatter High Performance Computing-funktioner (HPC) og ekstra funktioner som nye strategier for træoptimering, model- gennemsnit fylogenetiske træer (både topologi- og grenlængde), heuristisk filtrering og automatisk logning af brugeraktivitet.

Kalign er et kommandolinjeværktøj til at udføre flerjustering af biologiske sekvenser. Den bruger Muth-Manbers algoritme til strengmatchning, både til at forbedre præcisionen og hastigheden for justeringen. Den bruger global, progressiv justeringsfremgangsmåde, forbedret ved at bruge en omtrentlig strengmatchende algoritme til at beregne sekvensafstande og ved at indarbejde lokale matchninger i den ellers globale justering.

Bayesiansk inferens for fylogeni er baseret på en kvantitet kaldt den posterior sandsynlighedsfordeling for træer, som er sandsynligheden for et træ betinget af observationerne. Den betingelse opnås ved hjælp af Bayes sætning. Den posterior sandsynlighedsfordeling for træer er umuligt at beregne analytisk; i stedet, bruger MrBayes en simuleringsteknik kaldet Markov chain Monte Carlo (eller MCMC) at tilnærme posteriore sandsynligheder af træer.

MUSCLE er et flerjusteringsprogram for proteinsekvenseer. MUSCLE står for flersekvenssammenligning efter log-forventning. I forfatternes test opnåede MUSCLE den højeste pointgivning af alle testede programmer i flere målinger for forskellige justeringspræcisioner, og programmet er også et af de hurtigste programmer på markedet.

MUSCLE is a multiple alignment program for protein sequences. MUSCLE stands for multiple sequence comparison by log-expectation. In the authors tests, MUSCLE achieved the highest scores of all tested programs on several alignment accuracy benchmarks, and is also one of the fastest programs out there.

This is version 3 of the muscle program. It is a different program than muscle version 5 which is packaged as muscle in Debian.

Mustang er en algoritme til justering af flere proteinstrukturer. Givet et sæt af PDB-filer, bruger programmet den rumlige information i Calpha-atomer hos sættet til at producere en sekvensjustering. Baseret på en progressiv parvis heuristik fortsætter algoritmen så igennem et antal raffineringsgennemløb. Mustang rapporterer den flertydige sekvensjustering og den tilsvarende superplacering af strukturer.

NJplot kan tegne ethvert dendrogram, der kan udtrykkes i det almindelige polygene træformat (f.eks. det format, der bruges af Phylip-pakken). NJplot

 er især praktisk for fæstnede og ikke-fæstnede træer fra
træopbygningsmetoderne parsimony, afstand eller maximum-likelihood.

PHYLogeny Inference Package er en programpakke for udledning af fylogenier (evolutionstræer) fra sekvenser. Tilgængelige metoder i pakken inkluderer parsimony, afstandsmatrix og sandsynlighedsmetoder, inklusive bootstrapping og konsensustræer. Datatyper som kan håndteres inkluderer molekylære sekvenser, genfrekvenser, begrænsningssider, afstandsmatricer og 0/1 diskrete tegn.

PhyML er et program, som estimerer maksimum likelihood-fylogenier baseret på sammenligninger af nukleotid- eller aminosyresekvenser. Programmet tilbyder en bred vifte af indstillinger, som blev designet til at lette fylogentiske standardanalyser. PhyML's største styrke ligger i det store antal erstatningsmodeller koblet til diverse indstillinger for søgning i rummet med fylogenetiske trætopologier, der går fra meget hurtige og effektive metoder til langsommere, men mere præcise fremgangsmåder. Programmet implementerer også to metoder til at evaluere grenunderstøttelser i en god statistisk ramme (den ikkeparametriske bootstrap og den tilnærmede likelihood-forholdstest).

PhyMl blev designet til at behandle moderate til store datasæt. I teorien kan sammenligninger med op til 4.000 sekvenser og længde op til 2.000.000 tegn analyseres. I praksis er mængden af hukommelse til at behandle et datasæt proportional med produktet af antallet af sekvenser og deres længde. Et stort antal sekvenser kan derfor kun behandles, såfremt de er korte. PhyMl kan også håndtere lange sekvenser, så længe der ikke er mange. Med de fleste standardcomputere er komfortzonen for PhyML generelt omkring 3 til 500 sekvenser, som er mindre end 2.000 tegn lange.

Denne pakke inkluderer også PhyTime.

POA er Partial Order Alignment, et hurtigt program for flere sekvenssammenligninger (MSA) i bioinformatik. Dets fordele er hastighed, skalabilitet, sensitivitet og den overlegne evne til at håndtere forgrening/indels i sammenligningen. Delvis rækkesammenligning er en tilgang til MSA, som kan kombineres med de eksisterende metoder, såsom gradvis sammenligning. POA sammenligner optimalt et par MSA'er, og kan derfor anvendes direkte til progressive sammenligningsmetoder såsom CLUSTAL. For store sammenligninger er Progressive POA 10-30 gange hurtigere end CLUSTALW.

Populations er et program til befolkningsgenetik. Det beregner genetiske afstande mellem befolkninger eller individuelle personer. Det bygger fylogenetiske træer (NJ eller UPGMA) med boostrap-værdier.

Pplacer places reads on a phylogenetic tree. guppy (Grand Unified Phylogenetic Placement Yanalyzer) yanalyzes them. rppr is a helpful tool for working with reference packages.

Pplacer places query sequences on a fixed reference phylogenetic tree to maximize phylogenetic likelihood or posterior probability according to a reference alignment. Pplacer is designed to be fast, to give useful information about uncertainty, and to offer advanced visualization and downstream analysis.

ProAlign performs probabilistic sequence alignments using hidden Markov models (HMM). It includes a graphical interface (GUI) allowing to (i) perform alignments of nucleotide or amino-acid sequences, (ii) view the quality of solutions, (iii) filter the unreliable alignment regions and (iv) export alignments to other software.

ProAlign uses a progressive method, such that multiple alignment is created stepwise by performing pairwise alignments in the nodes of a guide tree. Sequences are described with vectors of character probabilities, and each pairwise alignment reconstructs the ancestral (parent) sequence by computing the probabilities of different characters according to an evolutionary model.

Probalign bruger estimater, fra partitionsfunktionelle posteriore sandsynligheder, til at beregne den maksimale præcision for multiple sekvensjusteringer. Den yder statistisk set betydeligt bedre end de ledende justeringsprogrammer Probcons v1.1, MAFFT v5.851 og MUSCLE v3.6 i ydelsesmålinger fra BAliBASE 3.0, HOMSTRAD og OXBENCH. Forbedringerne med Probalign er størst på datasæt, der indeholder udvidelser til N/C- terminalen, og på datasæt med sekvenser som er lange sekvenser og har heterogene længder. Med datasæt bestående af heterogene længder, der indeholder gentagelser, er præcisionen for Probalign 10 % og 15 % højere end de andre tre metoder, når standardafvigelse på længden er mindst 300 og 400.

Værktøj til at fremstille flere sammenstillinger af proteinsekvenser. Med brug af probabilistiske modelleringer og teknikker til konsistensbaserede sammenstillinger, har PROBCONS opnået den højeste nøjagtighed blandt alle sammenstillingsmetoder til dato. I BAliBASE-databasen med sammenligninger af sammenstillinger, viser sammenstillinger fremstillet af PROBCONS statistisk signifikante forbedringer i forhold til andre aktuelle programmer, indeholdende i gennemsnit 7% flere korrekt sammenstillede kolonner end de som stammer fra T-Coffee, 11% flere korrekt sammenstillede kolonner end dem fra CLUSTAL W, og 14% mere korrekt sammenstillede kolonner end dem fra DIALIGN.

ProDA er et system til automatiseret detektering og sammenligning af homologe regioner i kollektioner af proteiner med arbitrære domæne- arkitekturer. Givent et input sæt af ikke-sammenlignede sekvenser, vil ProDA identificere alle homologe regioner som fremkommer i en eller flere sekvenser, og returnerer en kollektion af lokale flerjusteringer for disse regioner.

PROTTEST (ModelTest's relative) is a program for selecting the model of protein evolution that best fits a given set of sequences (alignment). This java program is based on the Phyml program (for maximum likelihood calculations and optimization of parameters) and uses the PAL library as well. Models included are empirical substitution matrices (such as WAG, LG, mtREV, Dayhoff, DCMut, JTT, VT, Blosum62, CpREV, RtREV, MtMam, MtArt, HIVb, and HIVw) that indicate relative rates of amino acid replacement, and specific improvements (+I:invariable sites, +G: rate heterogeneity among sites, +F: observed amino acid frequencies) to account for the evolutionary constraints impossed by conservation of protein structure and function. ProtTest uses the Akaike Information Criterion (AIC) and other statistics (AICc and BIC) to find which of the candidate models best fits the data at hand.

Quicktree er en effektiv implementering af Neighbor-Joining-algoritmen (PMID: 3447015), der kan rekonstruere fylogenier fra store sammenligninger i tid mindre end universets alder.

QuickTree accepterer både afstandsmatrix og data fra multiple-sequence-alignment. Den første skal være i PHYLIP-format. Den sidste skal være i Stockholm-format, der er standardformet for sammenligning for Pfam-databasen. Sammenligninger i forskellige formater kan konverteres til Stockholm-formatet via programmet sreformat, der er en del af pakken HMMer (hmmer.org).

Tress skrives til standardud, i Newick/New-Hampshire-formatet brugt af PHYLIP og mange andre programmer.

SeaView er en fremviser og redigeringsprogram for sammenligninger af flere sekvenser, dvs. DNA- eller proteinsekvenser placeres hver især i deres egen separate linje, så at nukleotid/amino-syren på en bestemt position (kolonne) antages at have den samme biokemiske egenskab.

SeaView læser og skriver diverse filformater (NEXUS, MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE, Newick) for DNA og proteinsekvenser og af fylogenetiske træer. Sammenligninger kan redigeres manuelt. SeaView driver programmerne Muscle eller Clustal Omega for flere sekvenssammenligninger, og giver også mulighed for at bruge alle eksterne sammenligningsalgoritmer, som kan læse og skrive FASTA-formaterede filer. Programmet beregner fylogenetiske træer og sparer på ressourcerne ved at bruge PHYLIP's dnapars/protpars-algoritmen, på afstand med NJ- eller BioNJ-algoritmer på en række evolutionære afstande, eller ved maximum likelihood via programmet PhyML 3.0.

SeaView tegner fylogenetiske træer på skærmen eller til PostScript-filer, og giver mulighed for at hente sekvenser fra EMBL/GenBank/UniProt via internettet.

Sigma (»Simple greedy multiple alignment«, simpel grådig flerjustering) er et justeringsprogram. Dets algoritme og scoringsskema er designet specifikt til ikke-kodende DNA-sekvenser.

Den bruger en strategi til søgning efter bedst mulige, gabsfrie, lokale justeringer. Dette sker ved hvert trin, for at gøre den bedst mulige justering konsistent med eksisterende justeringer. Den scorer signifikansen af justeringen baseret på længden af de justerede fragmenter og en baggrundsmodel. Disse kan tildeles eller estimeres fra en tillægsfil med intergenisk DNA.

SPREAD er et brugervenligt program til at analysere og visualisere fylogeografiske rekonstruktioner, der er et resultat af bayesiansk indledning af spatio-temporal diffusion.

Der er en øvelse for SPREAD på nettet http://www.kuleuven.be/aidslab/phylogeography/tutorial/spread_tutorial.html

Oprindelig er dette program navngivet »spread«. Der er dog allerede en sådan pakke i Debian og derfor blev et »phy« for phylogeny tilføjet.

T-Coffee er en pakke for flersekvensjustering. Givet et sæt af sekvenser (proteiner eller DNA) opretter T-Coffee en flersekvensjustering. Version 2.00 og højere kan mikse sekvenser og strukturer.

T-Coffee tillader kombinationen af flere/parvise, globale eller lokale justeringer i en enkel model. Programmet kan også estimere konsistensniveauet for hver placering i den nye justering med resten af justeringen. Se pre-print for yderligere information.

T-Coffee har en variant kaldet M-Coffee som gør det muligt at kombinere uddata af mange flersekvensjusteringspakker. I sin udgivet version bruger den MUSCLE, PROBCONS, POA, DiAlign-TS, MAFFT, Clustal W, PCMA og T-Coffee. En speciel version er blevet lavet for Debian, DM-Coffee, som kun bruger frie programmer ved at erstatte Clustal W med Kalign. Brug af 8 Methods for M-Coffee kan undertiden være ret tungt. Du kan bruge et undersæt af dine favoritmetoder, hvis du foretrækker dette.

TM-align er en computeralgoritme for sammenligning af proteinstruktur, der bruger dynamisk programmering. Bedømmelsen udføres af TM-scores rotationsmatrix. Dette svarer til RMSD i forhold til ujusterede dele af strukturen der influerer bedømmelsen mindre end de mere strukturelle bevarede regioner.

TREE-PUZZLE (det nye navn for PUZZLE) er et interaktivt konsolprogram, der implementerer en hurtig algoritme for træ-søgning, kvartets-gåder (»quartet-puzzling«), der tillader analyse af større datasæt og automatisk tildeling af estimater af understøttelse for hver enkelt interne gren. TREE-PUZZLE beregner også parvist sandsynligheden for maksimale distancer, og desuden længden på grene for træer angivet af bruger. Længde på grene kan også beregnes med antagelsen af et ur (»clock-assumption«). Yderligere tilbyder TREE-PUZZLE en ny metode, ligheds-kortlægning, til at undersøge understøttelsen af hypotese-baserede interne grene uden beregning af træet i sin helhed, samt visualisering af det fylogenetistiske indhold af sekvensjusteringer.

Dette er den paralleliserede version af tree-puzzle.

TREE-PUZZLE (det nye navn for PUZZLE) er et interaktivt konsolprogram, der implementerer en hurtig algoritme for træ-søgning, kvartets-gåder (»quartet-puzzling«), der tillader analyse af større datasæt og automatisk tildeling af estimater af understøttelse for hver enkelt interne gren. TREE-PUZZLE beregner også parvist sandsynligheden for maksimale distancer, og desuden længden på grene for træer angivet af bruger. Længde på grene kan også beregnes med antagelsen af et ur (»clock-assumption«). Yderligere tilbyder TREE-PUZZLE en ny metode, ligheds-kortlægning, til at undersøge understøttelsen af hypotese-baserede interne grene uden beregning af træet i sin helhed, samt visualisering af det fylogenetistiske indhold af sekvensjusteringer.

TreeView opretter en matrixlignende visning af udtryksdata, kendt som Eisenklyngedannelse. Den originale implementering var et Windowsprogram navngivet TreeView af Michael Eisen. Denne TreeView-pakke, undertiden refereret som jTreeView, blev skrevet om i Java under en fri licens.

Java TreeView er en fremviser for microarray-data i PCL- eller CDT-format, som kan udvides.

TreeView X er et open source program for flere platforme til at vise fylogenetiske træer. Programmet kan læse og vise træfiler i NEXUS- og Newickformatet (såsom uddata fra PAUP*, ClustalX, TREE-PUZZLE og andre programmer). Programmet tillader en at sortere trægrene og at eksportere træerne i SVG-format.

VeryFastTree er en yderst effektiv implementering inspireret af FastTree-2-værktøjet, designet til at fremskynde slutningen af tilnærmelsesvis maksimal sandsynlighedsfylogenetiske træer fra nukleotid- eller proteinsekvensjusteringer. Det er en optimeret implementering designet til at accelerere estimeringen af fylogenier til store linjer. Ved at udnytte paralleliserings- og vektoriseringsstrategier, forbedrer VeryFastTree markant ydeevnen og skaleringen af fylogenetisk analyse, så den kan konstruere fylogenetiske træer på en brøkdel af den tid, der tidligere har krævet.

Ved at bevare integriteten af FastTree-2 bevarer VeryFastTree de samme faser, metoder og heuristik brugt til at estimere fylogenetiske træer. Dette sikrer, at den topologiske nøjagtighed af træerne produceret af VeryFastTree forbliver svarende til FastTree-2. Desuden, i modsætning til den parallelle version af FastTree-2, garanterer VeryFastTree deterministiske resultater og eliminerer evt. potentielle variationer i resultatet.

For at lette en problemfri overgang for brugerne, anvender VeryFastTree de nøjagtig samme kommandolinjeargumenter som FastTree-2. Det betyder, at ved ganske enkelt at erstatte FastTree-2 med VeryFastTree og bruge det samme indstillingssæt kan brugerne markant forbedre den overordnede ydeevne af deres fylogenetiske analyser.

TreeTime giver rutiner til genopbygning af forfædresekvenser og maksimal likelihoo-inferens af molekylært ur-fylogenier, dvs. et træ hvor alle grene er skaleret, så placeringen af ​​terminalknudepunkter svarer til deres samplingstider, og interne knuder er placeret ved mest sandsynlige tidspunkt for afvigelse.

TreeTime sigter mod at nå et kompromis mellem sofistikerede sandsynlighedsmodeller for evolution og hurtig heuristik. Det implementerer GTR-modeller af forfædres inferens og optimering af grenlængden, men tager trætopologien som givet. For at optimere sandsynligheden for tidsskaleret fylogenier, treetime bruger en iterativ tilgang, som først inferer forfædresekvenser givet træets grenlængde og optimerer derefter positionerne for ubegrænsede d-noder på tidsaksen og gentages derefter denne cyklus. Den eneste topologioptimering er (valgfri) opløsning på polytomier på en måde, der er mest (cirka) konsistent med prøvetagning af tidsbegrænsninger på træet. Pakken er designet til brug som et selvstændigt værktøj eller som et bibliotek brugt i større fylogenetisk analyse af arbejdsgange.

Funktioner

• rekonstruktion af forfædresekvens (marginalt og fælles maksimum sandsynlighed)
• inferens af molekylært ur-træ (marginalt og fælles maksimum sandsynlighed)
• inferens af GTR-modeller
• genstart for at opnå den bedste root-to-tip-regression
• autokorreleret afslappet molekylært ur (med normalt forudgående)

Denne pakke indeholder Python 3-modulet.

Archaeopteryx is a software tool for the visualization, analysis, and editing of potentially large and highly annotated phylogenetic trees. It can be used both as applet (ArchaeopteryxA and ArchaeopteryxE) and as a standalone application.

Patristic overcomes some logistic barriers to analysing signals in sequences. In additional to calculating patristic distances, it provides plots for any combination of matrices, calculates commonly used statistics, allows data such as isolation dates to be entered and reorders matrices with matching species or gene labels. It will be used to analyse rates of mutation and substitutional saturation and the evolution of viruses.

Phylo_win is a graphical colour interface for molecular phylogenetic inference. It performs neighbor-joining, parsimony and maximum likelihood methods and bootstrap with any of them. Many distances can be used including Jukes & Cantor, Kimura, Tajima & Nei, HKY, Galtier & Gouy (1995), LogDet for nucleotidic sequences, Poisson correction for protein sequences, Ka and Ks for codon sequences. Species and sites to include in the analysis are selected by mouse. Reconstructed trees can be drawn, edited, printed, stored and evaluated according to numerous criteria.

This program uses sources files from the Phylip program, which forbids its use for profit. Therfore, Phylo_win will unfortunately have to be distributed in contrib or non-free.

gBioSeq is in an early stage of development, but it is already running. The goal is to provide an easy to use software to edit DNA sequences under Linux, Windows, MacOsX, using GTK C# (Mono).

A concise viewer/editor for phylogenetic trees in the Newick format. The core functions are written in JavaScript, using the canvas tag proposed by HTML 5. No server side support is needed for rendering the picture and therefore you can grab this page together with knhx.js and canvastext.js to locally view your trees in a supported web browser.

The source can be downloaded at http://www.sanger.ac.uk/Users/lh3/download/jstreeview.zip

PhpPhylotree is a web application that is able to draw phylogenetic trees. It produces an SVG (Scalable Vector Graphic) file from phylip/newick tree files.

TreeTime is controlled by input files in nexus format and does bayesian sampling of phylogenetic trees from these data.