Debian Med Imaging packages

AMIDE (« AMIDE's a Medical Image Data Examiner ») est un outil pour la visualisation et l'analyse de jeux de données d'imagerie médicale. On peut noter parmi ses fonctionnalités la prise en charge simultanée de données importées de fichiers aux formats divers, la fusion d'images, la définition de régions d'intérêt tridimensionnelles, le rendu des volumes et l'alignement de structures solides.

Amide importe la plupart des fichiers cliniques DICOM (grâce à la bibliothèque DCMTK).

ANTS (« Advanced Normalization Tools ») est un ensemble d'outils basé sur ITK pour la normalisation, segmentation et construction de modèles pour l'analyse morphométrique quantitative. De nombreux outils d'acquisition d'ANTS sont difféomorphiques, mais les transformations de forme (élastique et BSpline) sont disponibles. Les composants uniques d'ANTS incluent : métriques de similarité multivariées, repères cartographiques, capacité à utiliser des images étiquetées pour assister la cartographie et une implémentation optimale en temps, espace et ressources, des difféomorphismes. La stratégie de normalisation symétrique (SyN) fait partie des outils ANTS en tant que transformation de forme libre directement manipulée (DMFFD).

Ce paquet fournit une configuration de modules d'environnement. Lancer « module load ants » rend tous les outils en ligne de commande accessibles dans l'interpréteur de commande.

BART (« Berkeley Advanced Reconstruction Toolbox ») est un environnement libre de reconstruction d'images pour l'imagerie par résonance magnétique computationnelle. Il consiste en une bibliothèque de programmation et une boîte à outils de programmes en ligne de commande. La bibliothèque fournit des opérations courantes sur les tableaux multidimensionnels, les transformations de Fournier et par ondelettes, ainsi que des implémentations génériques d'algorithmes d'optimisation itérative. Les outils en ligne de commande fournissent un accès direct aux opérations de base sur les tableaux multidimensionnels et des implémentations efficaces de plusieurs algorithmes de calibration et de reconstruction pour l'imagerie parallèle, l'acquisition comprimée et l’apprentissage automatique.

BART (« Berkeley Advanced Reconstruction Toolbox ») est un environnement libre de reconstruction d'images pour l’informatique de l'imagerie par résonance magnétique (IRM).

Ce paquet fournit un visualisateur d’images en tant que composant optionnel de l’environnement BART. Il est conçu pour les données multidimensionnelles et de valeur complexe.

Ce paquet, basé sur la bibliothèque BioSig, fournit des outils en ligne de commande comme :

 – save2gdf : convertisseur entre différents formats de fichiers, dont SCP-
   ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF, EDF, BDF, CWFB ;
 – biosig2gdf : convertisseur de fichiers de données biosig en GDF pour
   simplifier l’analyse et le chargement par des langages de script (par
   exemple loadgdf.{py,r}) ;
 – rec2bin, bin2rec, heka2itx, save2aecg, save2scp : outils de conversion
   basés sur save2gdf ;
 – biosig_fhir : empaquetage de données biosignal en fichier de modèle
   binaire HL7/FHIR ;
 – physicalunits : convertisseur pour encoder et décoder les unités
   physiques en suivant ISO 11073-10101.

CamiTK aide les chercheurs et les cliniciens à collaborer facilement et rapidement afin de prototyper des applications CAMI incluant des images médicales, une navigation chirurgicale et des simulations biomécaniques.

Camitk-imp est le banc de test de CamiTK dans laquelle toutes les extensions disponibles peuvent être testées pour faire du prototypage. Elle fournit un accès simple et interactif à toutes les données disponibles et aux paramètres des algorithmes, y compris ceux créés par les développeurs avec le SDK de CamiTK.

Par exemple, camitk-imp peut visualiser les images médicales depuis beaucoup de formats standard, propose des algorithmes de traitement et de segmentation d'images pour reconstruire un maillage et lancer une simulation biomécanique.

Le logiciel « Central Test Node » (CTN, Nœud de Test Central) est une implémentation de DICOM qui a été conçue pour être utilisée aux rencontres annuelles de la RSNA (Société Radiologique d'Amérique du Nord), dans le but de permettre les démonstrations collaboratives faites par les vendeurs de systèmes d'imagerie médicale. Le but était de fournir une implémentation centralisée qui facilitait la participation des vendeurs, basée sur le standard DICOM.

Ce paquet fournit les programmes et les fichiers de configuration pour CTN.

CTSim fournit un simulateur interactif de tomographie. La tomographie calculée est la technique permettant d'estimer l'intérieur d'un objet en mesurant l'absorption des rayons X à travers cet objet.

CTSim inclut des outils en ligne de commande et une interface graphique. Il possède des modes éducatifs permettant de voir une simulation de la collecte des données ainsi que de la reconstruction.

Dcm2niix est le successeur de dcm2nii, un outil populaire pour convertir des images des formats compliqués utilisés par les fabricants de numériseur à balayage (DICOM, PAR/REC) au format NIfTI plus simple utilisé par beaucoup d’outils scientifiques. Il fonctionne pour toutes les modalités (CT, MRI, PET, SPECT) et tous les types de séquence.

DCMTK contient une collection de bibliothèques et d'applications pour examiner, construire et convertir des images DICOM, gérer les média hors ligne, envoyer et recevoir des images à travers le réseau ainsi que stocker les images et gérer des listes de travaux.

Ce paquet contient les utilitaires DCMTK.

Note : cette version a été compilée avec la prise en charge de libssl.

Utilitaires en ligne de commande pour créer, modifier, vidanger et valider des fichiers d'attributs DICOM. Il gère la conversion de certains formats d'imagerie médicale propriétaires en DICOM. Il gère l'ancien format de données ACR/NEMA et certaines de ses versions propriétaires telle que SPI.

DICOMscope est un visualisateur libre DICOM pouvant afficher des images DICOM non compressées et monochromes pour toutes les modalités, et prenant en charge la calibration du moniteur selon la quatorzième section de DICOM ainsi que les caractéristiques de présentation.

DICOMscope fournit un client d’impression (DICOM Basic Grayscale Print Management) qui met en œuvre la classe facultative de présentation SOP LUT.

Le développement du prototype a été commandé par le « Committee for the Advancement of DICOM » et montré au congrès européen de radiologie (ECR) de 1999. Une version améliorée a été développée pour le « DICOM Display Consistency Demonstration » lors de l’InfoRAD de la RSNA de 1999.

La publication actuelle a été montrée lors de l’ECR de 2001 et contient de nombreuses extensions, comprenant un serveur d’impression, la prise en charge de communications DICOM chiffrées, les signatures numériques et des rapports structurés.

GDF (General Dataformat for Biosignals – format général de données pour les signaux biomédicaux) vise à fournir un stockage générique pour les signaux biomédicaux, tels EEG, ECG, MEG, etc.

Ce paquet fournit l’outil livré avec la bibliothèque (gdf_merger).

Ginkgo CADx fournit une solution de visualisation DICOM avec des capacités performantes et la prise en charge d’extensions :

 – interface simple et personnalisable à l’aide de profils ;
 – visualisation pleine de fonctionnalités d’image DICOM ;
 – ensemble d’outils complet (mesure, marquage, texte…) ;
 – prise en charge de plusieurs secteurs médicaux (neurologie, radiologie,
   dermatologie, ophtalmologie, échographie, endoscopie…) ;
 – prise en charge de la normalisation DICOM à partir de JPEG, PNG, GIF
   et TIFF ;
 – prise en charge entière de l’intégration du matériel (EMH) : flux
   produits conformes aux normes HL7 et IHE ;
 – station de travail PACS (système d'archivage et de transmission
   d'images), (C-FIND, C-MOVE, C-STORE…) ;
 – extensibilité à l’aide d’ajouts personnalisables :
   – composition mosaïquée d’image rétinienne,
   – diagnostic automatique à partir d’analyse rétinienne,
   – diagnostic automatique du psoriasis.

Gwyddion est un programme modulaire pour la visualisation et l’analyse des données de microscopie à sonde locale (SPM – Scanning Probe Microscopy). Il est principalement conçu pour l’analyse des données du champ de hauteur obtenues par des techniques telles que (entre autres) :

 – le microscope à force atomique (AFM – Atomic Force Microscopy) ;
 – le microscope à force magnétique (MFM – Magnetic Force Microscopy) ;
 – le microscope à effet tunnel (STM – Scanning Tunneling Microscopy) ;
 – le microscope optique en champ proche (SNOM ou NSOM – Near-field
   Scanning Optical Microscopy).
Il peut aussi être utilisé pour n’importe quelle analyse de champ de

hauteur et d’image.

Ce paquet fournit l'application principale et ses modules. Il contient également un générateur d'aperçu pour GNOME (et Xfce) permettant de créer des aperçus pour tous les types de fichier pris en charge par Gwyddion.

This is a flexible dicom converter for organizing brain imaging data into structured directory layouts. It allows for flexible directory layouts and naming schemes through customizable heuristics implementations. It only converts the necessary dicoms, not everything in a directory. It tracks the provenance of the conversion from dicom to nifti in w3c prov format.

Ce programme peut afficher, éditer, analyser, traiter, enregistrer et imprimer des images 8, 16 et 32 bits. Il peut lire de nombreux formats d'image, dont TIFF, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS et RAW. Il prend en charge les « stacks », une série d'images partageant une même fenêtre.

ImageJ peut calculer des statistiques de zones et pixels à partir de sélections de l'utilisateur. Il peut mesurer les distances et les angles. Il peut créer des histogrammes de densité et des affichages de profils linéaires. Il prend en charge les fonctions standard de traitement d'images telles que la manipulation du contraste, l'accentuation, l'adoucissement, la détection d'arêtes et le filtrage médian.

La calibration spatiale est disponible pour fournir des mesures de dimensions réelles dans des unités comme le millimètre. La calibration de la densité ou des niveaux de gris est également disponible.

ImageJ est développé par Wayne Rasband (wayne@codon.nih.gov) dans la Research Services Branch du National Institute of Mental Health à Bethesda, Maryland, USA.

ImageVis3D est une application de rendu volumique direct conçue particulièrement pour le rendu de grands volumes de données. Cela est réalisé en divisant l’ensemble de données selon plusieurs niveaux de détail, avec chaque niveau décomposé en plusieurs briques (primitive de rendu atomique). L’interaction se produit au niveau de détail le plus grossier, qui peut être rendu instantanément sur la plupart des systèmes modernes. Après un délai personnalisable, ImageVis3D affichera successivement des niveaux de détail plus fin, jusqu’à ce que toutes les données soient visibles dans leur résolution d’origine.

Le développement d’ImageVis3D est parrainé par « NIH/NCRR Center for Integrative Biomedical Computing (CIBC) » et « DOE Visualization And Analytics Center for Enabling Technologies (VACET) ».

InVesalius génère des reconstructions d’images médicales en 3D en se basant sur une série de fichiers DICOM de 2D obtenus avec des équipements de tomodensitométrie ou d’imagerie par résonance magnétique. InVesalius est internationalisé (actuellement disponible en anglais, portugais, français, espagnol, turc, italien, tchèque, japonais, catalan, coréen, roumain et allemand) et fournit plusieurs outils :

 — prise en charge de DICOM dont : (a) ACR-NEMA version 1 et 2 ;
  (b) DICOM version 3.0 (dont divers encodages de JPEG — sans perte et
   avec pertes —, RLE) ;
 — fonctions de manipulation d’image (zoom, panoramique, rotation, lumière
   et contraste, etc.) ;
 — segmentation basée sur des tranches en 2D ;
 — intervalles de seuil prédéfinis selon le tissu en vue ;
 — segmentation par ligne de partage des eaux ;
 — segmentation par région croissante ;
 — outils d’édition (similaires à Paint Brush) basés sur des tranches 2D ;
 — segmentation semi-automatique basée sur lignes de partage des eaux ;
 — création de surface en 3D ;
 — outils de connexité de surface 3D ;
 — exportation de surface 3D (dont : STL binaire, OBJ, VRML, Inventor) ;
 — projection de rendu de volume de haute qualité ;
 — préréglages prédéfinis de rendu de volume ;
 — plan de coupe de rendu de volume ;
 — exportation d’image (dont : BMP, TIFF, JPG, PostScript, POV-Ray) ;
 — visualisations basées sur la projection par intensité minimale,
   maximale ou moyenne, accumulation et contour de différences maximales
   d’intensité.

The ISMRMRD format combines a mix of flexible data structures (XML header) and fixed structures (equivalent to C-structs) to represent MRI data.

In addition, the ISMRMRD format also specifies an image header for storing reconstructed images and the accompanying C++ library provides a convenient way of writing such images into HDF5 files along with generic arrays for storing less well defined data structures, e.g. coil sensitivity maps or other calibration data.

This package provides the command-line tools.

SNAP fournit une segmentation semi-automatique de structures pour les images médicales (par exemple, des images de résonance magnétique du cerveau) en utilisant des méthodes de contour actif, ainsi que la délimitation manuelle et la navigation dans les images. Les caractéristiques notables sont :

  – curseur avec liens pour une navigation en 3D fluide ;
  – segmentation manuelle dans les trois plans orthogonaux en même temps ;
  – gestion de beaucoup de formats d’image 3D, y compris NIfTI ;
  – gestion concomitante, visualisations liées et segmentation de plusieurs
    images ;
  – gestion limitée des images en couleur (par exemple, cartes de tenseurs
    de diffusion) ;
  – outils de plan sécant en 3D pour un post-traitement rapide des
    résultats de segmentation.

KiNG (Kinemage, Next Generation) est un système interactif pour des graphismes vectoriels en trois dimensions. Il prend en charge un ensemble de primitives de graphisme qui le rendent adapté à beaucoup de types de graphe, de tracé et à d’autres illustrations, bien que son but premier était d’afficher des structures de macromolécules pour la recherche biophysique. KiNG est construit sur Mage, JavaMage et le concept de « kinemage » (image cinétique) pour fournir une application Java pleine de possibilités avec une interface conviviale et des fonctionnalités d’édition intégrées. Le fichier jar de KiNG peut être utilisé dans une page web sous forme d’appliquette Java, ou d’un objet Java pour fournir un accès aisé aux kinemages ou aux fichiers de coordonnées à partir d’un navigateur web.

Grassroots DiCoM is a C++ library for DICOM medical files. It is automatically wrapped to python/C#/Java (using swig). It supports RAW,JPEG (lossy/lossless),J2K,JPEG-LS, RLE and deflated.

Install this package for the gdcmanon, gdcmclean, gdcmconv, gdcmdiff, gdcmdump, gdcmpap3, gdcmgendir, gdcmimg, gdcminfo, gdcmpdf, gdcmraw, gdcmscanner, gdcmscu, gdcmtar, gdcmxml programs.

Ce projet a pour but la conversion d’image médicale (Medical Image Conversion). Publié sous licence (L)GPL, il est livré avec le code source C complet de la bibliothèque, un outil flexible en ligne de commande et une interface graphique soignée utilisant la boîte à outils GTK+. Les formats pris en charge actuellement sont : Acr/Nema 2.0, Analyze (SPM), DICOM 3.0, InterFile 3.3 et PNG.

Le programme permet aussi de lire des fichiers non pris en charge et non compressés, pour afficher les valeurs de pixel ou pour extraire ou réorganiser les images indiquées. Il est possible de récupérer les tableaux d’image binaire ou ASCII RAW ou d’écrire des PNG pour des applications de bureau.

Ceci est l'outil en ligne de commande pour le traitement par lot.

Il s’agit d’outils en ligne de commande pour des tâches générales de traitement d’images en échelle de gris en 2D et 3D et pour des opérations basiques de maillage triangulaire. Les algorithmes de traitement comprennent le filtrage d’images, leur combinaison, leurs recalages, la compensation de mouvement pour une série d’images et le calcul de statistiques diverses sur les images. Ce paquet fournit aussi les interfaces Nipype pour ces outils en ligne de commande.

Il s’agit du programme de visualisateur de MIA pour l’affichage d’ensembles de données en 3D. Les interfaces et les types de données pris en charge sont axés sur les résultats pouvant être obtenus en exécutant les programmes du paragraphe mia-tools.

Cet outil fournit un moteur simple de rendu pouvant visualiser des surfaces directement à partir de volumes en 3D et pouvant être utilisé pour déterminer des points de repère. Il est le mieux adapté à des ensembles de données de tomodensitométrie (CT).

Ce paquet contient des outils permettant de manipuler des fichiers MINC.

Le format de fichiers MINC est un format de fichier très souple basé sur le format généralisé de données NetCDF. Il est simple, auto-décrit, extensible, portable et à N dimensions avec des interfaces de programmation que ce soit pour l'accès aux données de bas niveau ou à des manipulations de haut niveau en masse. Les bibliothèques ont permis l'écriture d'un ensemble d'outils de manipulation de fichiers génériques d'images. Le format, les bibliothèques et les outils sont prévus pour être utilisés dans un environnement de recherche en imagerie médicale : ils sont simples et efficaces sans chercher à fournir une belle interface aux utilisateurs.

Il s’agit d’un outil de visualisation et d’analyse basé sur une interface graphique pour les images de résonance magnétique (fonctionnelle). MRIcron peut être utilisé pour créer des rendus en 2D ou 3D des cartes de superposition statistiques d’images d’anatomie de cerveau. De plus, il aide à dessiner des régions anatomiques d’intérêt (ROI), ou des cartes de lésion, ainsi qu’une analyse basique de séries temporelles (par exemple, création de tracés de péristimulus signal-modification).

En plus de « mricron », ce paquet fournit aussi « dcm2nii » qui prend en charge la conversion d’images DICOM et PAR/REC au format NIfTI, et « npm » pour l’analyse de données non paramétriques.

Ce paquet fournit un ensemble d'outils pour la tractographie de la substance blanche du cerveau, en présence de réseaux de fibres, par IRM pondérée en diffusion du cerveau grâce à des algorithmes de tractographie déterministes ou probabilistes. Les images de résonance magnétique aux formats DICOM, ANALYZE, ou NIfTI non compressé sont prises en charge.

Niftilib est un ensemble de bibliothèques d'entrées-sorties pour lire et écrire des fichiers au format NIfTI-1. NIfTI-1 est un format de fichier binaire pour stocker des images médicales, par exemple des images par résonance magnétique (IRM) et des images de cerveau par résonance magnétique fonctionnelle (IRMf).

Ce paquet fournit les outils livrés avec la bibliothèque (nifti_tool, nifti_stats et nifti1_test).

Odil leverages C++ constructs to provide a user-friendly API of the different parts of the DICOM standard. Included in Odil are exception-based error handling, generic access to datasets elements, standard JSON and XML representation of datasets, and generic implementation of messages, clients and servers for the various DICOM protocols.

This package contains the command-line application.

ODIN est un cadriciel pour l’imagerie par résonance magnétique (IRM). Il couvre toute la chaîne d’outils pour l’IRM, du plus bas niveau d’acquisition des données jusqu’à la reconstruction de l’image. En particulier, il vise à réaliser un prototypage rapide de séquences IRM. Les séquences peuvent être programmées en utilisant une interface de programmation en C++, orientée objet et de haut niveau. Il fournit des outils de pointe pour l’analyse de séquences tels que le tracé interactif de trajectoires d’espace des phases, une interface utilisateur pour un cycle rapide compilation-lien-test et un simulateur d’IRM puissant prenant en charge différents échantillons virtuels. Pour une reconstruction rapide et modulable, ODIN fournit un cadriciel grandement personnalisable et de traitement de données multiprocessus.

OpenSlide est une bibliothèque C fournissant une interface simple pour lire des images de lame de microscope, aussi appelées lames virtuelles.

Les images « Whole-slide », aussi appelées lames virtuelles (virtual slides), sont des images de grande taille et haute résolution utilisées en pathologie numérique. La lecture de ces images en utilisant les outils ou bibliothèques standard est un défi parce que ces outils sont classiquement utilisés pour des images pouvant être compressées ou décompressées confortablement en mémoire vive ou dans un fichier d’échange (swap). Les images de lames virtuelles dépassent couramment la taille de la RAM, occupant, non compressées, souvent des dizaines de gigaoctets. De plus, ces images ont plusieurs résolutions, et seulement une petite partie des données peuvent être nécessaires et cela dans une résolution particulière.

Cette bibliothèque actuellement prend en charge : – Aperio (.svs, .tif) ; – Hamamatsu (.vms, .vmu, .ndpi) ; – Leica (.scn) ; – MIRAX (.mrxs) ; – Sakura (.svslide) ; – Trestle (.tif) ; – Generic tiled TIFF (.tif).

Ce paquet fournit les outils en ligne de commande pour la manipulation de fichier.

Orthanc aims at providing a simple, yet powerful DICOM server for medical imaging. Orthanc can turn any computer running Windows or Linux into a Vendor Neutral Archive (in other words, a mini-PACS system). Its architecture is lightweight, meaning that no complex database administration is required, nor the installation of third-party dependencies.

What makes Orthanc unique is the fact that it provides a RESTful API. Thanks to this major feature, it is possible to drive Orthanc from any computer language. The DICOM tags of the stored medical images can be downloaded in the JSON file format. Furthermore, standard PNG images can be generated on-the-fly from the DICOM instances by Orthanc.

Orthanc lets its users focus on the content of the DICOM files, hiding the complexity of the DICOM format and of the DICOM protocol.

Orthanc-WSI brings support of whole-slide imaging for digital pathology into Orthanc, the lightweight, RESTful Vendor Neutral Archive for medical imaging.

This package contains two command-line tools to convert whole-slide images to and from DICOM. Support for proprietary file formats is available through OpenSlide. The package also contains an Orthanc plugin to display such DICOM images by any standard Web browser. The implementation follows DICOM Supplement 145.

This is a stand-alone DICOM toolkit that implements code for reading and creating DICOM data, DICOM network and file support, a database of DICOM objects, support for display of directories, images, reports and spectra, and DICOM object validation.

Provide command line applications for using pixelmed

Plastimatch est un logiciel au code source ouvert pour le recalage d’images fluctuantes (« deformable »). Il est conçu pour un enregistrement volumétrique de haute performance d’images médicales, telles que scanographie, imagerie par résonance magnétique (IRM) ou tomoscintigraphie par émission de positons (TEP). Les propriétés du logiciel sont :

 — méthode « B-spline » pour le recalage d’images fluctuantes (accélérations
     graphique GPU et multi-cœur), y compris le masquage d’image, « landmark
     penalties » et régularisation ;
 — méthode « Demons » pour l’enregistrement d’images fluctuantes (accélération
     graphique GPU) ;
 — segmentation multi-atlas ;
 — algorithmes basés sur ITK pour les multiples méthodes de translation,
     rigides, affines, démons multiples, et enregistrement « B-spline z ;
 — cadriciel d’enregistrement multi-étape parallélisé avec une conversion
     homogène entre la plupart des algorithmes et les types de transformation ;
 — enregistrement d’images fluctuantes en fonction de repères en utilisant
     des splines de fines tranches pour un enregistrement global ;
 — enregistrement d’images fluctuantes en fonction de repères en utilisant
     des fonctions basiques en utilisant des fonctions basiques radiales ;
 — vaste prise en charge des formats de fichier d’image 3D (avec ITK),
     intégrant DICOM, Nifti, NRRD, MetaImage et Analyze ;
 — chaîne d’outils extensibles pour la recherche en radiothérapie, comprenant
     la prise en charge des formats de fichier DICOM, DICOM-RT, DICOM SRO et
     XiO, l’analyse gamma, les manipulations de contour, l’analyse des
     recoupements et l’analyse des champs de vecteurs ;
Plastimatch prend aussi en charge deux utilitaires pratiques qui ne concernent

pas directement le recalage d’image :

 — reconstruction FDK cone-beam CT (accélérations graphique GPU et
     multi-cœur) ;
 — génération de radiographies reconstruites de manière numérique
     (accélérations graphique GPU et multi-cœur).

DIPY is a software project for computational neuroanatomy. It focuses on diffusion magnetic resonance imaging (dMRI) analysis and tractography but also contains implementations of other computational imaging methods such as denoising and registration that are applicable to the greater medical imaging and image processing communities. Additionally, DIPY is an international project which brings together scientists across labs and countries to share their state-of-the-art code and expertise in the same codebase, accelerating scientific research in medical imaging.

Here are some of the highlights:

• Reconstruction algorithms: CSD, DSI, GQI, DTI, DKI, QBI, SHORE and MAPMRI
• Fiber tracking algorithms: deterministic and probabilistic
• Native linear and nonlinear registration of images
• Fast operations on streamlines (selection, resampling, registration)
• Tractography segmentation and clustering
• Many image operations, e.g., reslicing or denoising with NLMEANS
• Estimation of distances/correspondences between streamlines and connectivity matrices
• Interactive visualization of streamlines in the space of images

This package contains the Python 3 version.

NiBabel permet de lire et écrire quelques formats médicaux communs et de neuro-imagerie, dont ANALYZE (plain, SPM99, SPM2), GIFTI, NIfTI1, MINC, ainsi que PAR/REC. Les diverses classes de format d’image procurent un accès total et sélectif aux (méta)informations d’en-tête et l’accès aux données d’image est rendu disponible à travers des tableaux de NumPy. NiBabel est le successeur de PyNIfTI.

NiPy est un cadriciel basé sur Python pour l’analyse de données d’imagerie cérébrale structurelle ou fonctionnelle. Il fournit des fonctions pour :

 – l’analyse statistique du modèle linéaire généralisé (MLG) ;
 – la correction combinée de tranche de temps et de déplacement ;
 – des routines génériques de recalage d’images avec des fonctions
   flexibles de coût, des optimiseurs et des schémas de rééchantillonnage ;
 – la segmentation d’image ;
 – la visualisation basique des résultats en 2D et 3D ;
 – des diagnostics basiques de séries temporelles ;
 – l’analyse du partitionnement de données et de motifs d’activation à
   travers les sujets ;
 – l’analyse de reproductibilité pour des études de groupe.

Nipype interfaces Python to other neuroimaging packages and creates an API for specifying a full analysis pipeline in Python. Currently, it has interfaces for SPM, FSL, AFNI, Freesurfer, but could be extended for other packages (such as lipsia).

Nitime is a Python module for time-series analysis of data from neuroscience experiments. It contains a core of numerical algorithms for time-series analysis both in the time and spectral domains, a set of container objects to represent time-series, and auxiliary objects that expose a high level interface to the numerical machinery and make common analysis tasks easy to express with compact and semantically clear code.

pydicom is a pure Python module for parsing DICOM files. DICOM is a standard (http://medical.nema.org) for communicating medical images and related information such as reports and radiotherapy objects.

pydicom makes it easy to read DICOM files into natural pythonic structures for easy manipulation. Modified datasets can be written again to DICOM format files.

This package installs the module for Python 3.

pyxid is a Python library for interfacing with Cedrus XID (eXperiment Interface Device) and StimTracker devices. XID devices are used in software such as SuperLab, Presentation, and ePrime for receiving input as part of stimulus/response testing experiments.

pyxid handles all of the low level device handling for XID devices in Python projects.

This is a Python3 package for visualization and interaction with cortical surface representations of neuroimaging data from Freesurfer. It extends Mayavi’s powerful visualization engine with a high-level interface for working with MRI and MEG data.

PySurfer offers both a command-line interface designed to broadly replicate Freesurfer’s Tksurfer program as well as a Python library for writing scripts to efficiently explore complex datasets.

SigViewer est un logiciel pour visualiser et noter des données de signaux biomédicaux. Il repose sur la bibliothèque biosig4c++ gérant un certain nombre de formats de données (dont EDF, BDF, GDF, BrainVision, BCI2000, CFWB, HL7aECG, SCP_ECG (EN1064), MFER, ACQ, CNT(Neuroscan), DEMG, EGI, EEG1100, FAMOS, SigmaPLpro, TMS32). La liste complète des formats de fichier pris en charge est disponible sur http://pub.ist.ac.at/~schloegl/biosig/TESTED.

En plus d’afficher les biosignaux, SigViewer gère la création d’annotations pour sélectionner des artefacts ou des évènements particuliers.

SOFA est un ensemble libre visant la simulation temps réel, en particulier la simulation médicale. Il est principalement prévu pour aider la communauté de chercheurs à développer de nouveaux algorithmes mais peut aussi être utilisé comme outil de prototypage efficace.

Ce paquet contient l'application principale SOFA.

Teem is a coordinated group of libraries for representing, processing, and visualizing scientific raster data. Teem includes command-line tools that permit the library functions to be quickly applied to files and streams, without having to write any code. The most important and useful libraries in Teem are:

• Nrrd (and the unu command-line tool on top of it) supports a range of operations for transforming N-dimensional raster data (resample, crop, slice, project, histogram, etc.), as well as the NRRD file format for storing arrays and their meta-information.
• Gage: fast convolution-based measurements at arbitrary point locations in volume datasets (scalar, vector, tensor, etc.)
• Mite: a multi-threaded ray-casting volume render with transfer functions based on any quantity Gage can measure
• Ten: for estimating, processing, and visualizing diffusion tensor fields, including fiber tractography methods.

This package contains some simple command-line tools which provide fast and easy access to the functionality in the various libraries.

Image and meta-data can be read from TIFF, BigTIFF, OME-TIFF, STK, LSM, NIH, ImageJ, MicroManager, FluoView, SEQ and GEL files.

Only a subset of the TIFF specification is supported, mainly uncompressed and losslessly compressed 2**(0 to 6) bit integer, 16, 32 and 64-bit float, grayscale and RGB(A) images, which are commonly used in bio-scientific imaging. Specifically, reading JPEG/CCITT compressed image data or EXIF/IPTC/GPS/XMP meta-data is not implemented. Only primary info records are read for STK, FluoView, MicroManager, and NIH image formats.

TIFF, the Tagged Image File Format, is under the control of Adobe Systems. BigTIFF allows for files greater than 4 GB. STK, LSM, FluoView, SEQ, GEL, and OME-TIFF, are custom extensions defined by MetaMorph, Carl Zeiss MicroImaging, Olympus, Media Cybernetics, Molecular Dynamics, and the Open Microscopy Environment consortium respectively.

Il s’agit d’une boîte à outils pour l’analyse des expériences d’imagerie par résonance magnétique fonctionnelle (principalement fMRI) et la cartographie basée sur les voxels de comportement de lésion. VoxBo prend en charge le GLM modifié (pour les données autocorrélées), ainsi que le GLM standard pour les données non autocorrélées. La boîte à outils est conçue pour être interopérable avec entre autres, AFNI, FSL et SPM.

Medical image viewer featuring negatoscope, multi-planar reconstruction, and volume rendering.

Many image formats are handled such as DICOM, mhd, inr.gz, vtk, vti,... Segmentations meshes can also be imported from DICOM and vtk formats, and visualized in mixed rendering with images.

Tools are provided to measure distances of structures in the image and to place landmarks.

Last, VRRender can also connect directly to a PACS, and then request, download or upload DICOM files.

This package contains a set of classes for managing DICOM files and metadata from within VTK, and some utility programs for interrogating and converting DICOM files.

Command line tools

This project stands for Medical Image Conversion. Released under the (L)GPL, it comes with the full C-source code of the library, a flexible command line utility and a neat graphical front-end using the GTK+ toolkit. The currently supported formats are: Acr/Nema 2.0, Analyze (SPM), DICOM 3.0, InterFile 3.3 and PNG.

The program also allows one to read unsupported files without compression, to print pixel values or to extract/reorder specified images. It is possible to retrieve the raw binary/ascii image arrays or to write PNG for desktop applications.

This is the program version for X based on GTK+. Processes only one file at a time.

Boîte à outils logicielle pour la morphométrie computationnelle d'images biomédicales, CMTK comprend un ensemble d'outils en ligne de commande et de bibliothèques dorsales généralistes pour le traitement et les E/S.

Les outils en ligne de commande fournissent principalement les fonctionnalités suivantes : enregistrement (affine et non rigide ; simple et multicanal ; par paire et par groupe), collection d'images (estimation du champ de distorsion MR ; correction d'artefacts d'images entrelacées), traitement (filtres ; combinaison de segments avec voting et STAPLE ; moyenne basée sur la forme), statistiques (tests t ; régression linéaire générale).

Connectome Viewer est un environnement extensible, scriptable et en python de visualisation et d'analyse (de réseau) en neuro-imagerie et connectomique.

Grâce au format de fichier Connectome, divers types de données tels que les réseaux, surfaces, volumes, traces et métadonnées sont gérés et intégrés. Connectome Viewer fait partie de la boîte à outils MR Connectome.

Recalage d'image basé sur la boîte à outils réputée ITK (Insight Segmentation and Registration Toolkit). Le logiciel consiste en une collection d'algorithmes qui sont habituellement utilisés pour résoudre les problèmes de recalage d'images (médicales). La conception modulaire d'elastix permet à l'utilisateur de rapidement configurer, tester et comparer différentes méthodes de recalage pour un usage particulier. Une interface en ligne de commande autorise le traitement automatique de grandes quantités de jeux de données au moyen de scripts.

This package provides a binary to transform PDF-formatted proteins into simplified but instructive graphics. The software has been used for the Protein-of-the-month's biomolecular illustrations for the past 20 years.

Imview est une application qui :

• affiche un grand nombre de formats d'images ;
• affiche des images 2D ou 3D (en tranches) avec une fonctionalité de zoom ;
• fonctionne pour des documents multi-spectre, animés ou multi-pages (par exemple : images satellites, piles TIFF, GIFs animés et fichiers multi-composants hétérogènes) ;
• affiche tous les types de pixels (données entières ou en virgule flottante, codées sur 1 à 64 bits) ;
• permet d'afficher des profils 1D quelconques d'images 2D (ou des tranches 2D d'images 3D) ;
• supporte des cartes de couleurs quelconques pour tous types de pixels (i.e. : affichage en fausses couleurs) ;
• fournit les outils classiques de manipulation d'images (luminosité/contraste, correction gamma, zoom, retaillage, rotation, etc.) ;
• peut être contrôlé à distance à travers des sockets ou des commandes texte (ce qui permet de l'intégrer facilement dans différents systèmes d'analyse d'images) ;
• peut charger les images depuis une socket ou un espace de mémoire partagée ;
• et bien plus encore !

Orthanc DICOMweb est un greffon d’Orthanc, un VNA léger de type REST (Vendor Neutral Archive – Archivage neutre indépendant du fournisseur) pour les images médicales. Il étend le noyau d’Orthanc avec la prise en charge des normes WADO (désormais appelée WADO-URI) et DICOMweb (QIDO-RS, STOW-RS, WADO-RS).

This package installs a plugin for Orthanc, the lightweight, RESTful Vendor Neutral Archive for medical imaging. The plugin extends Orthanc with a transcoder/decoder of DICOM images that is built on the GDCM library, whereas the built-in transcoder/decoder of Orthanc uses DCMTK.

This plugin is notably necessary for Orthanc to be able to transcode and decode JPEG2k transfer syntaxes.

This ImageJ plugin allows ImageJ to browse the content of an Orthanc server, then import 2D/3D DICOM images from Orthanc into ImageJ. Orthanc is a lightweight, RESTful DICOM server for healthcare and medical research.

This plugin simplifies the indexation of DICOM images if using ImageJ (e.g. for quality control of DICOM modalities, or for pedagogical use). There is also no need to carry on any complex network configuration, since the plugin directly uses the REST API of Orthanc. This makes its installation and its use quite straightforward.

Orthanc MySQL is a set of two plugins to Orthanc, a lightweight, RESTful Vendor Neutral Archive for medical imaging. These plugins override the default SQLite engine of Orthanc with a MySQL or MariaDB back-end. They bring scalability to Orthanc, making it enterprise-ready.

This package installs a plugin for Orthanc, the lightweight, RESTful Vendor Neutral Archive for medical imaging. This plugin adds support for neuroimaging in Orthanc, notably to easily convert from DICOM to NIfTI.

Orthanc PostgreSQL is a set of two plugins to Orthanc, a lightweight, RESTful Vendor Neutral Archive for medical imaging. These plugins override the default SQLite engine of Orthanc with a PostgreSQL back-end. They bring scalability to Orthanc, making it enterprise-ready.

Orthanc Web Viewer is a plugin to Orthanc, a lightweight, RESTful Vendor Neutral Archive for medical imaging. It extends Orthanc with an integrated Web viewer of DICOM images.

ParaView est une application multi-plateforme au code source ouvert conçue pour visualiser des ensembles de données allant du plus petit au plus grand. Les buts du projet ParaView incluent les éléments suivants :

 – développer une application de visualisation, multi-plateforme et au code
   source ouvert ;
 – prendre en charge les modèles de calcul distribué pour traiter de grands
   ensembles de données ;
 – créer une interface pour l’utilisateur libre, adaptable et intuitive ;
 – développer une architecture extensible basée sur les normes ouvertes.

ParaView s’exécute aussi bien sur des systèmes distribués avec partage de mémoire que sur des systèmes avec processeur unique, et a été testé avec succès sur Windows, Mac OS X, Linux et sur diverses stations de travail Unix, des grappes et des supercalculateurs. Sous le capot, ParaView utilise la boîte à outils de visualisation « Visualization Toolkit » pour le traitement des données et le moteur de rendu et possède une interface écrite en Qt.

pngquant est un utilitaire en ligne de commande pour réduire et ajuster des images PNG en couleurs réelles, particulièrement celles avec une couche alpha, vers une palette RGBA 8 bits (ou plus petite). De telles images sont généralement 2 à 4 fois plus légères que les version 32 bits, et la semi-transparence est correctement conservée. Ce paquet est particulièrement utile pour les sites internet et le développement pour la Playstation 2 dont l'un des formats de textures est basé sur des palettes RGBA (PNG non compressé, cependant). C'est la même technique qui est utilisée pour la plupart des images PNG transparentes de cette page http://www.libpng.org/pub/png/pngs-img.html. Les images résultantes sont généralement indiscernables des images d'origine en couleurs réelles.

Des outils comme pngcrush et optipng optimisent la compression, généralement sans perte, tandis que pngquant réduit le nombre de couleurs à 256 (ou moins) combinaisons RGBA, ce qui entraîne une perte de qualité.

This task lists some packages providing workflow management systems useful for scientific research.

Trimage is a cross-platform GUI and command-line interface to optimize image files via optipng, advpng, pngcrush and jpegoptim, depending on the filetype (currently, PNG and JPG files are supported). All image files are losslessly compressed on the highest available compression levels. Trimage gives you various input functions to fit your own workflow: A regular file dialog, dragging and dropping and various command line options.

The Berkeley Advanced Reconstruction Toolbox (BART) is a free and open-source image-reconstruction framework for Computational Magnetic Resonance Imaging. It consists of a programming library and a toolbox of command-line programs. The library provides common operations on multi-dimensional arrays, Fourier and wavelet transforms, as well as generic implementations of iterative optimization algorithms. The command-line tools provide direct access to basic operations on multi-dimensional arrays as well as efficient implementations of many calibration and reconstruction algorithms for parallel imaging, compressed sensing, and machine learning.

This package provides BART with CUDA support.

The only purpose of this package is to enable upgrades to the new 'fsl-core' package which replaces 'fsl'. This package can safely be removed.

Users aiming to perform a complete FSL installation (including all data components) are advised to install the 'fsl-complete' package from NeuroDebian.

The Vascular Modeling Toolkit is a collection of libraries and tools for 3D reconstruction, geometric analysis, mesh generation and surface data analysis for image-based modeling of blood vessels.

BioImage Suite has extensive capabilities for both neuro/cardiac and abdominal image analysis and state of the art visualization. Many packages are available that are highly extensible, and provide functionality for image visualization and registration, surface editing, cardiac 4D multi-slice editing, diffusion tensor image processing, mouse segmentation and registration, and much more. It can be integrated with other biomedical image processing software, such as FSL and SPM. This site provides information, downloads, documentation, and other resources for users of the software.

BioImage Suite was developed at Yale University and has been extensively used at different labs at Yale since 2004.