Summary
Next Generation Sequencing
Debian Med bioinformatics applications usable in Next Generation Sequencing
It aims at gettting packages which specialize in the processing or interpretation of
data generated with next- (and later-) generation high-thoughput sequencing technologies.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Med
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the Debian Med mailing list
Links to other tasks
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Debian Med Next Generation Sequencing packages
Official Debian packages with high relevance
anfo
aligneur/mappeur de lectures courtes à partir de MPG
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Versions of package anfo |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 0.98-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 0.98-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
jessie | 0.98-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 0.98-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.98-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
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License: DFSG free
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Anfo est un mappeur dans l'esprit de Soap/Maq/Bowtie, mais sa mise en œuvre
relève plus de BLAST/BLAT. Il est plus utile pour l'alignement de séquences
de lectures où la séquence ADN est quelque peu modifiée (pensez à de
l'ADN ancien ou au traitement au bisulfite) et/ou il existe plus de
divergence entre l'échantillon et la référence, que ces mappeurs rapides
géreront avec élégance (considérant que le génome de référence est manquant,
une variante proche est utilisée en lieu et place).
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arden
contrôle de spécificité pour les alignements de lecture utilisant une référence artificielle
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Versions of package arden |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.0-5 | all |
stretch | 1.0-3 | all |
buster | 1.0-4 | all |
bullseye | 1.0-5 | all |
jessie | 1.0-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 1.0-5 | all |
trixie | 1.0-5 | all |
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License: DFSG free
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ARDEN (estimation de faux positifs dans des données NGS déterminée par
référence artificielle) est un étalonnage novateur qui estime les taux
d'erreur basés sur des lectures expérimentales réelles et un génome de
référence artificiel généré en supplément. Il permet le calcul de taux
d'erreur spécifiquement pour un ensemble de données et la construction d'une
courbe ROC. Toutefois, il peut être utilisé pour optimiser des paramètres
pour des mappeurs de lecture, pour sélectionner des mappeurs de lecture pour
un problème spécifique mais aussi pour filtrer des alignements basés sur une
estimation de qualité.
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art-nextgen-simulation-tools
outils de simulation pour créer des lectures de séquençage synthétiques de nouvelle génération
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Versions of package art-nextgen-simulation-tools |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 20160605+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 20160605+dfsg-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 20160605+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 20160605+dfsg-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 20160605+dfsg-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 20160605+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
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License: DFSG free
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ART est un ensemble d'outils de simulation pour créer des lectures de
séquençage synthétiques de nouvelle génération. ART simule les lectures de
séquençages en imitant le vrai processus de séquençage avec des modèles
d'erreur empiriques ou des profils de qualité établis à partir de grandes
données de séquençage recalibrées. ART peut également simuler les lectures
grâce à un modèle d'erreur de lecture ou des profils de qualité fournis par
l'utilisateur. ART prend en charge la simulation de lecture « single end »,
« paired-end » ou « mate-pair » des trois principales plateformes
commerciales de séquençage de nouvelle génération : Solexa d'Illumina, 454
de Roche et SOLiD d'Applied Biosystems. Art peut servir à tester ou évaluer
diverses méthodes ou outils pour l'analyse de données de séquençage de
nouvelle génération, dont l'alignement de lectures, l'assemblage de novo et
la découverte de variations SNP et de structures. ART a servi en tant
qu'outil principal pour l'étude de simulation du projet « 1000 Genomes ».
ART est implémenté en C++ avec des algorithmes optimisés et est très
efficace dans la simulation de lecture. ART produit des lectures au format
FASTQ et des alignements au format ALN. ART peut aussi créer des
alignements au format d'alignement SAM ou au format UCSC BED. ART peut être
utilisé conjointement avec des simulateurs de variantes de génome comme
VarSim pour évaluer les outils ou méthodes d'appel de variante.
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artfastqgenerator
création de fichiers FASTQ artificiels dérivés d'un génome de référence
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Versions of package artfastqgenerator |
Release | Version | Architectures |
stretch | 0.0.20150519-2 | all |
buster | 0.0.20150519-3 | all |
bullseye | 0.0.20150519-4 | all |
bookworm | 0.0.20150519-4 | all |
trixie | 0.0.20150519-5 | all |
sid | 0.0.20150519-5 | all |
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License: DFSG free
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ArtificialFastqGenerator prend en entrée un génome de référence au format
FASTA et renvoie des fichiers FASTQ artificiels au format Sanger. Il
accepte les scores de qualité Phred de bases depuis des fichiers FASTQ
existants et s'en sert pour simuler des erreurs de séquençage. Puisque les
fichiers FASTQ artificiels sont dérivés du génome de référence, celui-ci
fournit une référence pour appeler les variantes (« Single Nucleotide
Polymorphisms » (SNP) et insertions et suppressions (indels)). Cela permet
d'évaluer une infrastructure d'analyse de séquençage de nouvelle génération
(NGS) qui aligne les lectures avec le génome de référence puis appelle les
variantes.
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bamtools
boîte à outils de manipulation de fichiers BAM (alignement de génomes)
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Versions of package bamtools |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2.3.0+dfsg-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 2.5.2+dfsg-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.5.2+dfsg-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.5.2+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.5.1+dfsg-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.5.1+dfsg-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.4.1+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
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License: DFSG free
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BamTools facilite l'analyse de recherche et la gestion de données grâce aux
fichiers BAM. Il surmonte les énormes quantités de données produites par
les technologies de séquençage actuelles qui sont généralement stockées
dans des formats binaires compressés difficiles à gérer avec les analyseurs
de textes couramment utilisés dans la recherche en bioinformatique.
BamTools fournit une API C++ pour la prise en charge des fichiers BAM ainsi
qu'une boîte à outils en ligne de commande.
Il s'agit de la boîte à outils en ligne de commande bamtools.
Les commandes bamtools disponibles sont :
− convert : conversion entre BAM et beaucoup d'autres formats ;
− count : affichage du nombre d'alignements dans un ou plusieurs fichiers
BAM ;
− coverage :affichage des statistiques de couverture à partir d'un
fichier d'entrée BAM ;
− filter : filtrage des fichiers BAM selon des critères indiqués par
l'utilisateur ;
− header : affichage des informations d'en-tête BAM ;
− index : création d'index pour un fichier BAM ;
− merge : fusion de plusieurs fichiers BAM en un seul ;
− random : sélection aléatoire d'alignements depuis des fichiers BAM
existants à des fins de test ;
− resolve : résolution de lectures de fins en paires (affichant le
drapeau IsProperPair requis) ;
− revert : suppression des marques dupliquées et restauration des
qualités de base d'origine ;
− sort : tri d'un fichier BAM en suivant certains critères ;
− split : séparation d'un fichier BAM en fonction d'une propriété définie
par l'utilisateur, créant un nouveau fichier BAM en sortie pour chaque
valeur trouvée ;
− stats : affichage de statistiques de base à partir d'un ou plusieurs
fichiers BAM en entrée.
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
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bcftools
appel de variantes génomiques et manipulation de fichiers VCF et BCF
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Versions of package bcftools |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 1.11-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
stretch-backports | 1.8-1~bpo9+1 | amd64,arm64,armel,armhf,mips64el,mipsel,ppc64el |
stretch | 1.3.1-1 | amd64,arm64,armel,mips64el,mipsel,ppc64el |
sid | 1.20-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.20-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.16-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
buster | 1.9-1 | amd64,arm64,armhf |
upstream | 1.21 |
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License: DFSG free
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BCFtools est un ensemble d'outils qui manipulent des appels de variation
dans le format « Variant Call Format » (VCF) et son équivalent binaire BCF.
Toutes les commandes fonctionnent de façon transparente avec VCF et BCF,
qu'ils soient compressés avec BGZF ou non.
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
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bedtools
suite d'utilitaires pour la comparaison des caractéristiques de génomes
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Versions of package bedtools |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2.21.0-1 | amd64,armhf,i386 |
trixie | 2.31.1+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.30.0+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.30.0+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.27.1+dfsg-4 | amd64,arm64,armhf |
stretch | 2.26.0+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
sid | 2.31.1+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package bedtools: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | suite |
use | analysing, comparing, converting, filtering |
works-with | biological-sequence |
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License: DFSG free
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Les utilitaires BEDTools permettent de traiter les tâches génomiques ordinaires
telles que trouver les chevauchements de caractéristiques et informatiser les
données. Les utilitaires sont en grande partie basés sur quatre formats de
fichier très utilisés : BED, GFF/GTF, VCF et SAM/BAM. En utilisant BEDTools, il
est possible de développer des enchainements sophistiqués qui répondent à des
questions de recherche en utilisant plusieurs outils séquentiellement.
L'outil groupBy est fourni par le paquet filo.
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berkeley-express
quantification de streaming pour le séquençage à taux élevé
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Versions of package berkeley-express |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 1.5.3+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.5.1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.5.3+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.5.3+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 1.5.2+dfsg-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 1.5.3+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
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License: DFSG free
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eXpress est un outil de streaming pour quantifier les abondances d'un
ensemble de séquences cibles depuis des sous séquences échantillonnées. Des
applications peuvent être la quantification de séquences d'ARN au niveau de
la transcription, l'analyse d'expressions spécifiques à des allèles ou
d'haplotypes, la quantification de lien de facteur de transcription dans
le séquençage ChIP et l'analyse de données métagénomiques. Il est basé sur
un algorithme EM en ligne dont les besoins en mémoire sont proportionnels
à la taille totale des séquences cibles et les besoins en temps qui sont
proportionnels au nombre de fragments échantillonnés. Ainsi, dans les
applications comme le séquençage d'ARN, eXpress peut quantifier avec
précision des échantillons bien plus grands que les autres outils
actuellement disponibles, ce qui réduit grandement les besoins en
infrastructure de calcul. eXpress peut être utilisé pour construire des
infrastructures légères à haut débit de traitement de séquençage quand il
est couplé à un aligneur de streaming comme Bowtie. En effet, la sortie
peut être transférée directement dans eXpress, ce qui permet de ne pas
avoir à stocker en mémoire ou sur le disque les alignements lus.
Une analyse des performances d'eXpress sur des données de séquençage d'ARN a
montré que son efficacité ne se fait pas aux dépens de la précision.
eXpress est plus précis que d'autres outils disponibles même avec des jeux
de données de petite taille qui ne nécessitent pas une telle efficacité. De
plus, comme le programme Cufflinks, eXpress peut servir à estimer les
abondances de transcription de gènes multi-isoformes. eXpress est également
capable de résoudre des cartographies multiples de lectures entre familles
de gènes et ne nécessite pas de génome de référence, ce qui le rend
utilisable avec des assembleurs de novo (depuis le début) comme Trinity,
Oases ou
Trans-ABySS. Le modèle sous-jacent est basé sur des modèles
probabilistes décrits précédemment et développés pour le séquençage ARN,
mais est également applicable dans d'autres situations où les séquences
cibles sont échantillonnées. Il inclut des paramètres sur les distributions
de longueurs de fragment, les erreurs de lecture et les erreurs
systématiques de fragments
spécifiques à la séquence.
eXpress peut servir à résoudre des cartographies ambigües dans d'autres
applications basées sur le séquençage à haut débit. Les seules entrées
nécessaires sont l'ensemble des
séquences cibles et un ensemble de fragments de séquences multi-alignements
avec elles. Bien que ces séquences cibles soient souvent des gènes
isoformes, il n’est pas nécessaire qu'elles le soient. Les haplotypes
peuvent être utilisés comme des références pour l'analyse d'expressions
spécifiques aux allèles, liant des régions pour le séquençage ChIP, ou
des génomes cibles dans les expériences métagénomiques. eXpress est utile
pour toutes les analyses dans lesquelles se trouvent des lectures multi-map
de séquences qui diffèrent en
abondance.
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bio-rainbow
partitionnement et assemblage de séquences courtes pour la bio-informatique
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Versions of package bio-rainbow |
Release | Version | Architectures |
sid | 2.0.4+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.0.4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.0.4+dfsg-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.0.4+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.0.4+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.0.4+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
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License: DFSG free
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Ce paquet fournit un outil efficace de partitionnement et d'assemblage de
séquences courtes (« short reads »), en particulier pour le séquençage RAD.
Rainbow est développé pour fournir une solution ultra rapide et efficace en
utilisation de la mémoire pour regrouper et assembler les séquences courtes
produites par le séquençage RAD. Tout d’abord, Rainbow regroupe les
séquences en utilisant une méthode de graine espacée. Ensuite, Rainbow
implémente une stratégie d’appel hétérozygote pour diviser les groupes
potentiels en haplotypes de manière descendante. Le long d’un arbre guidé,
il fusionne itérativement les feuilles sœurs de façon ascendante si elles
sont suffisamment similaires. Ici, la similarité est définie en comparant
les secondes séquences d’un segment RAD. Cette approche tente de détruire
les hétérozygotes tout en discriminant les séquences répétitives. Enfin,
Rainbow utilise un algorithme glouton pour assembler localement les
séquences fusionnées en contigs. En se basant sur la simulation et de
vraies données de séquençage RAD de guppy, il a été montré que Rainbow est
plus efficace que les autres outils pour gérer les données de séquençage RAD.
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blasr
correspondance de lectures de séquençage de molécules simples
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Versions of package blasr |
Release | Version | Architectures |
buster | 5.3.2+dfsg-1.1 | amd64,arm64 |
bullseye | 5.3.3+dfsg-5 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
bookworm | 5.3.5+dfsg-6 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
sid | 5.3.5+dfsg-6 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
stretch | 5.3+0-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
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License: DFSG free
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BLASR (« Basic local alignment with successive refinement ») est une
méthode pour mettre en correspondance des lectures de séquençage de
molécules simples avec un génome de référence. De telles lectures sont
longues de plusieurs milliers de bases et les divergences entre elles et le
génome sont dominées par les erreurs d'insertion et de suppression.
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bowtie
aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire
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Versions of package bowtie |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.1.2-6 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
jessie | 1.1.1-2 | amd64 |
trixie | 1.3.1-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.3.1-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.3.0+dfsg1-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.3.1-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
buster | 1.2.2+dfsg-4 | amd64,arm64 |
Debtags of package bowtie: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
science | calculation |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with | biological-sequence |
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License: DFSG free
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Ce paquet aborde le problème de l'interprétation des résultats des
dernières technologies (2010) de séquençage de l'ADN.
Celles-ci produiront des étirements assez courts et qui ne peuvent pas
directement être interprétés. C'est le défi d'outils comme Bowtie de donner
un emplacement chromosomique aux courts étirements de l'ADN séquencé à
chaque exécution.
Bowtie aligne des (lectures de) séquences d'ADN du génome humain à un débit
de 25 millions de lectures de paires de bases 35 par heure. Le paquet
Bowtie indexe le génome humain avec un indice de Burrows-Wheeler pour
garder une faible empreinte mémoire : typiquement environ 2,2 Go
pour le génome humain (2,9 Go pour le séquençage à partir des deux
extrémités).
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bowtie2
aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire
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Versions of package bowtie2 |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.5.0-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
jessie | 2.2.4-1 | amd64 |
stretch | 2.3.0-2 | amd64 |
buster | 2.3.4.3-1 | amd64 |
bullseye | 2.4.2-2 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
trixie | 2.5.4-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
sid | 2.5.4-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
|
License: DFSG free
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Ce paquet est un outil à faible empreinte mémoire et ultra-rapide pour
l'alignement de lectures de séquençage à séquences longues de référence. Il
est particulièrement performant pour l'alignement de lectures d'environ 50
symboles et
jusqu'à des centaines ou des milliers de symboles, et particulièrement
performant pour l'alignement de génomes relativement longs (par exemple, le
génome de mammifères).
Bowtie 2 indexe le génome avec un FM-index pour garder une faible empreinte
mémoire : pour le génome humain, son empreinte en mémoire vive
est typiquement d'environ 3,2 Go. Bowtie 2 gère les modes
d'alignement écarté, local, et par paire.
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bwa
dispositif d'alignement Burrows-Wheeler
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Versions of package bwa |
Release | Version | Architectures |
stretch-backports | 0.7.17-1~bpo9+1 | amd64 |
stretch | 0.7.15-2+deb9u1 | amd64 |
jessie | 0.7.10-1 | amd64 |
bookworm | 0.7.17-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.7.17-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 0.7.18-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 0.7.18-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 0.7.17-3 | amd64 |
Debtags of package bwa: |
biology | nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline, text-mode |
role | program |
use | analysing, comparing |
|
License: DFSG free
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BWA est un paquet logiciel pour mettre en correspondance des séquences à
faible divergence avec un grand génome de référence tel que le génome
humain. Il est constitué de trois algorithmes : BWA-backtrack, BWA-SW et
BWA-MEM. Le premier algorithme est conçu pour les lectures de séquences
Illumina jusqu'à 100 paires de bases, alors que les deux autres sont conçus
pour des lectures de séquences allant de 70 à 1 000 paires de bases.
BWA-MEM et BWA-SW partagent des fonctionnalités communes telles que la
prise en charge des lectures longues et des alignements de découpages
(« split alignment »), mais BWA-MEM, plus récent, est généralement
recommandé pour les requêtes de haute qualité, car il est plus rapide et
plus précis. BWA-MEM a également de meilleures performances que
BWA-backtrack pour les lectures Illumina de 70 à 100 paires de bases.
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canu
assembleur de séquences de molécules simples pour les génomes
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Versions of package canu |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.8+dfsg-2 | amd64 |
bullseye | 2.0+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.0+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.2+dfsg-5 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch-backports | 1.7.1+dfsg-1~bpo9+1 | amd64 |
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License: DFSG free
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Canu est un fork de Celera Assembler, conçu pour le séquençage fortement
bruité de molécules simples (comme PacBio RS II ou Oxford Nanopore MinION).
Canu est un processus d'assemblage hiérarchique fonctionnant en quatre étapes :
– détection des chevauchements dans les séquences très bruitées grâce à
MHAP ;
– génération du consensus de séquence corrigé ;
– élagage des séquences corrigées ;
– assemblage des séquences corrigées élaguées.
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changeo
boîte à outils d’affectation clonale de répertoire – Python 3
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Versions of package changeo |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 1.0.2-1 | all |
bookworm | 1.3.0-1 | all |
buster | 0.4.5-1 | all |
trixie | 1.3.0-1 | all |
sid | 1.3.0-1 | all |
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License: DFSG free
|
Change-O est un ensemble d’outils pour traiter la sortie d’outils
d’alignement V(D)J, affecter des groupes clonaux à des séquences
d’immunoglobuline (Ig) et reconstruire des séquences de lignées germinales.
D’importantes améliorations dans les technologies de séquençage à haut
débit permettent maintenant de caractériser à grande échelle des
répertoires Ig, définis comme l’ensemble de protéines réceptrices
d’antigènes transmembranaires situées à la surface des cellules B et des
cellules T. Change-O est une suite d’outils permettant de faciliter
l’analyse avancée de séquences Ig et TCR suivant l’affectation de segments
de lignées germinales. Change-O gère la sortie de IMGT/HighV-QUEST et
d’IgBLAST et fournit une grande variété de méthodes de regroupement
(clustering) pour affecter des groupes clonaux à des séquences Ig. Le tri
d’enregistrements, le groupement et diverses opérations de manipulations de
bases de données sont également inclus.
Ce paquet installe la bibliothèque pour Python 3.
Please cite:
Namita T. Gupta, Jason A. Vander Heiden, Mohamed Uduman, Daniel Gadala-Maria, Gur Yaari and Steven H. Kleinstein:
Link
to publication
(PubMed,eprint)
Bioinformatics
31(20):3356-3358
(2015)
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crac
integrated RNA-Seq read analysis
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Versions of package crac |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.5.0+dfsg-3 | amd64,arm64 |
sid | 2.5.2+dfsg-6 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bullseye | 2.5.2+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el |
bookworm | 2.5.2+dfsg-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el |
trixie | 2.5.2+dfsg-6 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
stretch | 2.5.0+dfsg-1 | amd64 |
|
License: DFSG free
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CRAC is a tool to analyze High Throughput Sequencing (HTS) data in
comparison to a reference genome. It is intended for transcriptomic
and genomic sequencing reads. More precisely, with transcriptomic
reads as input, it predicts point mutations, indels, splice junction,
and chimeric RNAs (ie, non colinear splice junctions). CRAC can also
output positions and nature of sequence error that it detects in the
reads. CRAC uses a genome index. This index must be computed before
running the read analysis. For this sake, use the command "crac-index"
on your genome files. You can then process the reads using the command
crac. See the man page of CRAC (help file) by typing "man crac". CRAC
requires large amount of main memory on your computer. For processing
against the Human genome, say 50 million reads of 100 nucleotide each,
CRAC requires about 40 gigabytes of main memory. Check whether the
system of your computing server is equipped with sufficient amount of
memory before launching an analysis.
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cutadapt
Clean biological sequences from high-throughput sequencing reads
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Versions of package cutadapt |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 3.2-2 | all |
bookworm | 4.2-1 | all |
stretch | 1.12-2 | all |
buster | 1.18-1 | all |
trixie | 4.7-2 | all |
sid | 4.7-2 | all |
upstream | 4.9 |
|
License: DFSG free
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Cutadapt helps with biological sequence clean tasks by finding the adapter
or primer sequences in an error-tolerant way.
It can also modify and filter reads in various ways.
Adapter sequences can contain IUPAC wildcard characters.
Also, paired-end reads and even colorspace data is supported.
If you want, you can also just demultiplex your input data, without removing
adapter sequences at all.
This package contains the user interface.
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
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daligner
alignements locaux parmi des lectures longues de séquençages de nucléotide
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Versions of package daligner |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.0+20161119-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.0+git20240119.335105d-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.0+git20240119.335105d-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.0+git20221215.bd26967-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.0+git20200727.ed40ce5-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.0+git20180524.fd21879-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
Ces outils permettent de trouver tous les alignements locaux significatifs
parmi des lectures encodées dans une base de données Dazzler. L’hypothèse
est que les lectures sont originaires d’un séquenceur à lectures longues
RS II de Pacific Biosciences. C'est-à-dire que les lectures sont longues et
bruitées, jusqu’à 15 % en moyenne.
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deepnano
alternative basecaller for MinION reads of genomic sequences
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Versions of package deepnano |
Release | Version | Architectures |
buster | 0.0+git20170813.e8a621e-3 | amd64,arm64,i386 |
bullseye | 0.0+git20170813.e8a621e-3.1 | amd64,arm64,armhf,i386,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
DeepNano is alternative basecaller for Oxford Nanopore MinION reads
based on deep recurrent neural networks.
Currently it works with SQK-MAP-006 and SQK-MAP-005 chemistry and as a
postprocessor for Metrichor.
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discosnp
détection du polymorphisme d'un seul nucléotide pour des ensembles bruts de lectures
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Versions of package discosnp |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.3.0-2 | amd64,arm64,i386 |
jessie | 1.2.5-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.2.6-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.6.2-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bookworm | 2.6.2-2 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
trixie | 2.6.2-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bullseye | 4.4.4-1 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
Software discoSnp is designed for discovering Single Nucleotide
Polymorphism (SNP) from raw set(s) of reads obtained with Next Generation
Sequencers (NGS).
Note that number of input read sets is not constrained, it can be one, two,
or more. Note also that no other data as reference genome or annotations
are needed.
The software is composed by two modules. First module, kissnp2, detects SNPs
from read sets. A second module, kissreads, enhance the kissnp2 results by
computing per read set and for each found SNP:
1) its mean read coverage
2) the (phred) quality of reads generating the polymorphism.
This program is superseded by DiscoSnp++.
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dnaclust
outil de regroupement de millions de séquences courtes d’ADN
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Versions of package dnaclust |
Release | Version | Architectures |
jessie | 3-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 3-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 3-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 3-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
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Dnaclust est un outil pour grouper un grand nombre de séquences courtes
d’ADN. Les regroupements sont créés de telle façon que le « rayon » de
chaque regroupement est inférieur au seuil précisé.
Les séquences entrées pour être regroupées doivent être au format Fasta.
L’identifiant de chaque séquence est basé sur le premier mot de la séquence
au format Fasta. Le premier mot est le préfixe de l’en-tête jusqu’à la
première occurrence d’une espace dans l’en-tête.
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dwgsim
simulateur de lectures courtes de séquençage
|
Versions of package dwgsim |
Release | Version | Architectures |
sid | 0.1.14-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.1.14-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.1.14-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 0.1.11-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.1.12-2 | amd64,arm64,armhf |
bullseye | 0.1.12-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
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License: DFSG free
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DWGSIM simule les lectures courtes de séquençage des plateformes de
séquençage modernes. DWGSIM génère les taux d’erreurs de bases en
utilisant un modèle paramétrique, permettant d’obtenir un profil d’erreurs
plus réaliste. Il a été développé originellement pour une évaluation des
alignements de lectures courtes.
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ea-utils
command-line tools for processing biological sequencing data
|
Versions of package ea-utils |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.1.2+dfsg-4 | amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.1.2+dfsg-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.1.2+dfsg-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.1.2+dfsg-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.1.2+dfsg-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.1.2+dfsg-6 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
Ea-utils provides a set of command-line tools for processing biological
sequencing data, barcode demultiplexing, adapter trimming, etc.
Primarily written to support an Illumina based pipeline - but should work with
any FASTQs.
Main Tools are:
-
fastq-mcf
Scans a sequence file for adapters, and, based on a log-scaled threshold,
determines a set of clipping parameters and performs clipping. Also does
skewing detection and quality filtering.
-
fastq-multx
Demultiplexes a fastq. Capable of auto-determining barcode id's based on a
master set fields. Keeps multiple reads in-sync during demultiplexing. Can
verify that the reads are in-sync as well, and fail if they're not.
-
fastq-join
Similar to audy's stitch program, but in C, more efficient and supports some
automatic benchmarking and tuning. It uses the same "squared distance for
anchored alignment" as other tools.
-
varcall
Takes a pileup and calculates variants in a more easily parameterized manner
than some other tools.
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fastaq
outils de manipulation de fichiers FASTA ou FASTQ
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Versions of package fastaq |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 3.17.0-5 | all |
trixie | 3.17.0-6 | all |
stretch | 3.14.0-1 | all |
bullseye | 3.17.0-3 | all |
buster | 3.17.0-2 | all |
sid | 3.17.0-6 | all |
jessie | 1.5.0-1 | all |
|
License: DFSG free
|
Fastaq est une collection variée de scripts qui réalisent des tâches utiles
et courantes de manipulation pour FASTA et FASTQ, telles que le filtrage,
la fusion, le fractionnement, le découpage, la recherche ou le
remplacement, etc. Les fichiers d’entrée et de sortie peuvent être
compressés (le format est automatiquement détecté) et les différentes
commandes de Fastaq peuvent être redirigées (pipe).
|
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fastp
Ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor
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Versions of package fastp |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 0.20.1+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.23.4+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 0.23.4+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 0.19.6+dfsg-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 0.23.2+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
All-in-one FASTQ preprocessor, fastp provides functions including quality
profiling, adapter trimming, read filtering and base correction. It supports
both single-end and paired-end short read data and also provides basic support
for long-read data.
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
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fastqc
contrôle qualité pour les données de séquences à haut débit
|
Versions of package fastqc |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 0.11.9+dfsg-4 | all |
trixie | 0.12.1+dfsg-4 | all |
sid | 0.12.1+dfsg-4 | all |
jessie | 0.11.2+dfsg-3 | all |
stretch | 0.11.5+dfsg-6 | all |
buster | 0.11.8+dfsg-2 | all |
bookworm | 0.11.9+dfsg-6 | all |
|
License: DFSG free
|
FastQC a pour objectif de fournir un moyen simple de faire des contrôles
de qualité sur des données de séquences brutes provenant de pipelines de
séquençage à haut débit. Il propose un ensemble modulaire d'analyses
pouvant être utilisées pour donner une impression rapide des problèmes dont
l'utilisateur devrait être au courant avant de faire
une analyse plus poussée.
Les principales fonctions de FastQC sont :
- import des données des fichiers BAM (version binaire compressée de SAM),
SAM (« Sequence Alignment/Map ») ou FastQ (n'importe quelle variante) ;
- fournir un aperçu rapide pour indiquer les zones dans lesquelles il
peut y avoir des problèmes ;
- des graphes de résumé et des tables pour évaluer rapidement les
données ;
- export des résultats vers un rapport permanent en HTML ;
- fonctionnement hors ligne afin de permettre la génération de rapports
automatiques sans exécuter l'application interactive.
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
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flexbar
code-barres flexible et suppression de l'adaptation pour les plateformes de séquençage
|
Versions of package flexbar |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.4.0-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.50-2 | amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el |
jessie | 2.50-1 | amd64,armhf,i386 |
sid | 3.5.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 3.5.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.5.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.5.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
Le paquet Flexbar prétraite les données de séquençage efficacement et à
haut débit. Il démultiplexe les lectures de code-barres et enlève les séquences
d'adaptation. De plus, les fonctionnalités de découpage et de filtrage
sont fournies. Le paquet Flexbar augmente les taux de correspondance et
améliore les assemblages du génome et du transcriptome. Il gère les
données de séquençage de dernière génération aux formats FASTA/Q et
CSFASTA/Q des plateformes de l'entreprise Illumina, 454 de l'entreprise
Roche et SOLiD de l'entreprise AppliedBIosystems.
Les noms de paramètres ont changé dans le paquet Flexbar. Veuillez donc
vérifier vos scripts. Ces derniers mois, les paramètres par défaut ont
été optimisés, plusieurs bogues ont été réparés, et diverses améliorations
ont été effectuées, par exemple une interface en ligne de commande rénovée,
de nouveaux modes de découpage ainsi que des exigences plus faibles en
temps et en mémoire.
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
|
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fml-asm
outil pour l’assemblage Illumina de lectures courtes pour de petites régions
|
Versions of package fml-asm |
Release | Version | Architectures |
trixie | 0.1+git20190320.b499514-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 0.1+git20190320.b499514-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
experimental | 0.1+git20190320.b499514-2~0exp | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 0.1-2 | amd64 |
stretch-backports | 0.1-4~bpo9+1 | amd64 |
buster | 0.1-5 | amd64 |
bullseye | 0.1+git20190320.b499514-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0.1+git20190320.b499514-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 0.1+git20221215.85f159e |
|
License: DFSG free
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Fml-asm est un outil en ligne de commande pour l’assemblage Illumina de lectures courtes pour des régions de taille 100 à 10 millions de paires de base, basé sur la bibliothèque fermi-lite. C’est une version en mémoire largement plus légère de fermikit sans génération de fichiers intermédiaires. Il hérite des performances, de l’empreinte mémoire relativement petite et des fonctions de fermikit. En particulier, fermi-lite est capable de conserver les évènements hétérozygotes et peut donc être utilisée pour assembler des régions diploïdes dans le but de détecter les variants.
|
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fsm-lite
frequency-based string mining (lite)
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Versions of package fsm-lite |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.0-8 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.0-8 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
stretch | 1.0-2 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
buster | 1.0-3 | amd64,arm64 |
sid | 1.0-8 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.0-5 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
A singe-core implementation of frequency-based substring mining used in
bioinformatics to extract substrings that discriminate two (or more)
datasets inside high-throughput sequencing data.
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giira
RNA-Seq driven gene finding incorporating ambiguous reads
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Versions of package giira |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.0.20140210-2 | amd64 |
buster | 0.0.20140625-2 | amd64 |
stretch | 0.0.20140625-1 | amd64 |
|
License: DFSG free
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GIIRA is a gene prediction method that identifies potential coding
regions exclusively based on the mapping of reads from an RNA-Seq
experiment. It was foremost designed for prokaryotic gene prediction
and is able to resolve genes within the expressed region of an operon.
However, it is also applicable to eukaryotes and predicts exon intron
structures as well as alternative isoforms.
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grinder
simulateur polyvalent de lecture de séquençage global et d'amplicon omiques
|
Versions of package grinder |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 0.5.4-6 | all |
trixie | 0.5.4-6 | all |
bookworm | 0.5.4-6 | all |
sid | 0.5.4-6 | all |
jessie | 0.5.3-3 | all |
buster | 0.5.4-5 | all |
stretch | 0.5.4-1 | all |
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License: DFSG free
|
Grinder est un programme polyvalent pour créer des bibliothèques de
séquences aléatoires globales et d'amplicons basées sur des séquences de
référence d'ADN, d'ARN ou de protéines fournies dans un fichier FASTA.
Grinder peut produire des ensembles de données globales et d'amplicons
génomiques, méta-génomiques, transcriptomiques, méta-transcriptomiques,
protéomiques, méta-protéomiques à partir de technologies de séquençage
actuelles comme Sanger, 454, Illumina. Ces ensembles de données simulés
peuvent être utilisés pour tester la précision d'outils bio-informatiques
sous des hypothèses spécifiques, par exemple sans ou avec erreurs de
séquençage, ou avec une grande ou faible diversité de communauté. Grinder
peut aussi être utilisé pour aider à choisir entre des méthodes de
séquençage alternatives pour un projet basé sur séquences, par exemple, si
la banque doit être à extrémités appariées ou non, ou combien de lectures
doivent être séquencées.
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hilive
alignement en temps réel des lectures Illumina
|
Versions of package hilive |
Release | Version | Architectures |
stretch | 0.3-2 | amd64,arm64,armel,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
bullseye | 2.0a-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.0a-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.0a-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 1.1-2 | amd64,arm64,armhf |
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License: DFSG free
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HiLive est un outil de mappage de lectures qui mappe les lectures d’HiSeq d’Illumina (ou comparables) à une référence de génome au moment où elles sont faites. Cela signifie que le mappage de lectures se termine aussitôt que le séquenceur a fini de générer des données.
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hinge
assembleur de lectures longues de génome basé sur des « pivots »
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Versions of package hinge |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 0.5.0-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
buster | 0.5.0-4 | amd64,arm64 |
sid | 0.5.0-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64 |
trixie | 0.5.0-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bookworm | 0.5.0-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
|
License: DFSG free
|
HINGE est un « assembleur » pour le génome qui cherche à réaliser une
résolution optimale des répétitions en distinguant les répétitions qui
peuvent être résolues pour des données de celles qui ne le peuvent pas.
Cela est obtenu en ajoutant des « charnières » (hinge) aux lectures pour
construire un graphe de chevauchements où les répétitions non résolues
sont fusionnées. Au final, HINGE combine la résilience aux erreurs des
assembleurs basés sur les chevauchements avec les capacités de
résolution de répétitions des assembleurs basés sur les graphes de de
Bruijn.
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hisat2
graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes
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Versions of package hisat2 |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.0.5-1 | amd64 |
sid | 2.2.1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 2.2.1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.2.1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.2.1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 2.1.0-2 | amd64 |
|
License: DFSG free
|
HISAT2 is a fast and sensitive alignment program for mapping next-generation
sequencing reads (both DNA and RNA) to a population of human genomes (as well
as against a single reference genome). Based on an extension of BWT for graphs
a graph FM index (GFM) was designed and implementd. In addition to using
one global GFM index that represents a population of human genomes, HISAT2
uses a large set of small GFM indexes that collectively cover the whole genome
(each index representing a genomic region of 56 Kbp, with 55,000 indexes
needed to cover the human population). These small indexes (called local
indexes), combined with several alignment strategies, enable rapid and
accurate alignment of sequencing reads. This new indexing scheme is called a
Hierarchical Graph FM index (HGFM).
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
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idba
iterative De Bruijn Graph short read assemblers
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Versions of package idba |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.1.3-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.1.3-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.1.3-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.1.3-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.1.3-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.1.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.1.2-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
IDBA stands for iterative de Bruijn graph assembler. In computational
sequence biology, an assembler solves the puzzle coming from large
sequencing machines that feature many gigabytes of short reads from a
large genome.
This package provides several flavours of the IDBA assembler, as they all
share the same source tree but serve different purposes and evolved over time.
IDBA is the basic iterative de Bruijn graph assembler for
second-generation sequencing reads. IDBA-UD, an extension of IDBA,
is designed to utilize paired-end reads to assemble low-depth regions
and use progressive depth on contigs to reduce errors in high-depth
regions. It is a generic purpose assembler and especially good for
single-cell and metagenomic sequencing data. IDBA-Hybrid is another
update version of IDBA-UD, which can make use of a similar reference
genome to improve assembly result. IDBA-Tran is an iterative de Bruijn
graph assembler for RNA-Seq data.
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igdiscover
analyzes antibody repertoires to find new V genes
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Versions of package igdiscover |
Release | Version | Architectures |
sid | 0.11-4 | all |
bullseye | 0.11-3 | all |
upstream | 0.15.1 |
|
License: DFSG free
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IgDiscover analyzes antibody repertoires and discovers new V genes from
high-throughput sequencing reads. Heavy chains, kappa and lambda light
chains are supported (to discover VH, VK and VL genes).
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igor
infers V(D)J recombination processes from sequencing data
|
Versions of package igor |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.4.0+dfsg-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.4.0+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.3.0+dfsg-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.4.0+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.4.0+dfsg-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
IGoR (Inference and Generation of Repertoires) is a versatile software
to analyze and model immune receptors generation, selection, mutation
and all other processes.
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igv
visualiseur génomique intégratif
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Versions of package igv |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.16.0+dfsg-1 | all |
stretch | 2.3.90+dfsg-1 (non-free) | all |
jessie | 2.3.38+dfsg-1 (non-free) | all |
trixie | 2.17.3+dfsg-1 | all |
sid | 2.17.3+dfsg-1 | all |
bullseye | 2.6.3+dfsg-3 (non-free) | all |
upstream | 2.18.4 |
Debtags of package igv: |
field | biology |
interface | x11 |
network | client |
role | program |
scope | utility |
use | viewing |
works-with | biological-sequence |
|
License: DFSG free
|
IGV (Integrative Genomics Viewer) est un afficheur très performant qui
gère de grands ensembles de données hétérogènes, tout en fournissant une
utilisation intuitive et sans problèmes à tous les niveaux de la
résolution de génomes. Une caractéristique clé est sa préoccupation de la
nature intégrative des études génomiques avec une prise en charge des
données de séquençage basées sur les tableaux et de nouvelle génération,
et l’intégration de données cliniques et de phénotypes. Bien que IGV
soit souvent utilisé pour visualiser des données génomiques issues de
données publiques, sa première utilité est d’aider les chercheurs voulant
visualiser et explorer leurs propres données et celle de leurs collègues.
Dans ce but, IGV gère de manière flexible des jeux de données locaux ou
distants et il est optimisé pour offrir une visualisation et une
exploration de hautes performance sur les systèmes de bureau standard.
Please cite:
James T Robinson, Helga Thorvaldsdóttir, Wendy Winckler, Mitchell Guttman, Eric S Lander, Gad Getz and Jill P Mesirov:
Integrative genomics viewer.
(PubMed,eprint)
Nature Biotechnology
29(1):24–26
(2011)
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iva
assemblage itératif de séquences virales
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Versions of package iva |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.0.11+ds-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
sid | 1.0.11+ds-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bullseye | 1.0.9+ds-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
stretch | 1.0.8+ds-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
buster | 1.0.9+ds-6 | amd64,arm64 |
trixie | 1.0.11+ds-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64 |
|
License: DFSG free
|
IVA est un programme d’assemblage de novo conçu pour assembler des génomes
de virus n’ayant pas de séquences répétées, utilisant des paires lues par
Illumina séquencées à partir de populations mélangées à une profondeur
extrêmement élevée.
L’algorithme principal d’IVA fonctionne en étendant de manière itérative des
contigs utilisant des paires lues alignées. Son entrée peut être simplement
des paires lues ou, en outre, un ensemble de contigs existants peut être
fourni pour être étendu. Alternativement, il peut prendre des lectures avec
une séquence de référence.
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khmer
comptage k-mer, filtrage et parcours de graphe de séquences d’ADN en mémoire vive
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Versions of package khmer |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 3.0.0~a3+dfsg-4 | amd64 |
stretch | 2.0+dfsg-10 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
sid | 3.0.0~a3+dfsg-8 | amd64 |
trixie | 3.0.0~a3+dfsg-8 | amd64 |
buster | 2.1.2+dfsg-6 | amd64,arm64 |
bullseye | 2.1.2+dfsg-8 | amd64,arm64 |
experimental | 3.0.0~a3+dfsg-9~0exp | amd64 |
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License: DFSG free
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Khmer est une bibliothèque et un ensemble d’outils en ligne de commande
pour travailler sur le séquençage d’ADN. Il vise en premier lieu les
données de séquençage « short read » telles que produites par la plateforme
Illumina. Khmer utilise une approche basée sur k-mer pour l’analyse de
séquences, d’où son nom.
Please cite:
Michael R. Crusoe, Hussien F. Alameldin, Sherine Awad, Elmar Bucher, Adam Caldwell, Reed Cartwright, Amanda Charbonneau, Bede Constantinides, Greg Edvenson, Scott Fay, Jacob Fenton, Thomas Fenzl, Jordan Fish, Leonor Garcia-Gutierrez, Phillip Garland, Jonathan Gluck, Iván González, Sarah Guermond, Jiarong Guo, Aditi Gupta, Joshua R. Herr, Adina Howe, Alex Hyer, Andreas Härpfer, Luiz Irber, Rhys Kidd, David Lin, Justin Lippi, Tamer Mansour, Pamela McA'Nulty, Eric McDonald, Jessica Mizzi, Kevin D. Murray, Joshua R. Nahum, Kaben Nanlohy, Alexander Johan Nederbragt, Humberto Ortiz-Zuazaga, Jeramia Ory, Jason Pell, Charles Pepe-Ranney, Zachary N Russ, Erich Schwarz, Camille Scott, Josiah Seaman, Scott Sievert, Jared Simpson, Connor T. Skennerton, James Spencer, Ramakrishnan Srinivasan, Daniel Standage, James A. Stapleton, Joe Stein, Susan R Steinman, Benjamin Taylor, Will Trimble, Heather L. Wiencko, Michael Wright, Brian Wyss, Qingpeng Zhang, en zyme and C. Titus Brown:
The khmer software package: enabling efficient sequence analysis.
(2015)
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kissplice
détection de diverses sortes de polymorphismes dans les données du séquençage de l'ARN
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Versions of package kissplice |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2.2.1-3 | amd64 |
stretch | 2.4.0-p1-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
buster | 2.4.0-p1-4 | amd64,arm64 |
sid | 2.6.7-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
trixie | 2.6.7-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bookworm | 2.6.2-2 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
bullseye | 2.5.3-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
Debtags of package kissplice: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
use | analysing |
works-with | biological-sequence |
|
License: DFSG free
|
KisSplice est un logiciel qui permet l'analyse des données du séquençage de
l'ARN avec ou sans génome de référence. C'est un assembleur de
transcriptome local
et exact, qui permet d'identifier les SNP (« Single-Nucleotide Polymorphism »),
les insertions et les suppressions de bases azotées dans l'ADN d'un
organisme et les événements d'épissage alternatif. Il peut traiter un
nombre arbitraire
de conditions biologiques, et quantifiera chaque type de données dans
chaque condition biologique. Il a été testé sur des ensembles de données
issus d'un système de séquençage de l'entreprise Illumina jusqu'à 1
milliards de lectures. Sa consommation en mémoire vive est d'environ 5 Go
pour 100 millions de lectures.
Topics: RNA-seq; RNA splicing; Gene structure
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kraken
assigning taxonomic labels to short DNA sequences
|
Versions of package kraken |
Release | Version | Architectures |
stretch | 0.10.5~beta-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch-backports | 1.1-2~bpo9+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
buster | 1.1-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.1.1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.1.1-4 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
trixie | 1.1.1-4 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
sid | 1.1.1-4 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
|
License: DFSG free
|
Kraken is a system for assigning taxonomic labels to short DNA
sequences, usually obtained through metagenomic studies. Previous
attempts by other bioinformatics software to accomplish this task have
often used sequence alignment or machine learning techniques that were
quite slow, leading to the development of less sensitive but much faster
abundance estimation programs. Kraken aims to achieve high sensitivity
and high speed by utilizing exact alignments of k-mers and a novel
classification algorithm.
In its fastest mode of operation, for a simulated metagenome of 100 bp
reads, Kraken processed over 4 million reads per minute on a single
core, over 900 times faster than Megablast and over 11 times faster than
the abundance estimation program MetaPhlAn. Kraken's accuracy is
comparable with Megablast, with slightly lower sensitivity and very high
precision.
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kraken2
taxonomic classification system using exact k-mer matches
|
Versions of package kraken2 |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.1.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.1.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.1.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.1.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
Kraken 2 is the newest version of Kraken, a taxonomic classification
system using exact k-mer matches to achieve high accuracy and fast
classification speeds. This classifier matches each k-mer within a query
sequence to the lowest common ancestor (LCA) of all genomes containing
the given k-mer. The k-mer assignments inform the classification
algorithm. [see: Kraken 1's Webpage for more details].
Kraken 2 provides significant improvements to Kraken 1, with faster
database build times, smaller database sizes, and faster classification
speeds. These improvements were achieved by the following updates to the
Kraken classification program:
1. Storage of Minimizers: Instead of storing/querying entire k-mers,
Kraken 2 stores minimizers (l-mers) of each k-mer. The length of
each l-mer must be ≤ the k-mer length. Each k-mer is treated by
Kraken 2 as if its LCA is the same as its minimizer's LCA.
2. Introduction of Spaced Seeds: Kraken 2 also uses spaced seeds to
store and query minimizers to improve classification accuracy.
3. Database Structure: While Kraken 1 saved an indexed and sorted list
of k-mer/LCA pairs, Kraken 2 uses a compact hash table. This hash
table is a probabilistic data structure that allows for faster
queries and lower memory requirements. However, this data structure
does have a <1% chance of returning the incorrect LCA or returning
an LCA for a non-inserted minimizer. Users can compensate for this
possibility by using Kraken's confidence scoring thresholds.
4. Protein Databases: Kraken 2 allows for databases built from amino
acid sequences. When queried, Kraken 2 performs a six-frame
translated search of the query sequences against the database.
5. 16S Databases: Kraken 2 also provides support for databases not
based on NCBI's taxonomy. Currently, these include the 16S
databases: Greengenes, SILVA, and RDP.
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last-align
comparaison de séquences biologiques à l'échelle du génome
|
Versions of package last-align |
Release | Version | Architectures |
sid | 1542-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1447-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 490-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 830-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1179-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1542-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 963-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package last-align: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:bioinformatics |
role | program |
|
License: DFSG free
|
LAST est un logiciel permettant de comparer et aligner des séquences,
typiquement des séquences d'ADN ou de protéines. LAST est similaire à
BLAST, mais il s'en sort mieux avec les grandes quantités de données de
séquences. Voici deux choses pour lesquelles LAST est bon :
- la comparaison de grands génomes (ceux de mammifères par exemple) ;
- la mise en correspondance de nombreuses étiquettes de séquences avec un
génome.
La principale innovation technique vient du fait que LAST trouve les
correspondances initiales en se basant sur leur multiplicité au lieu
d'utiliser une taille fixe (par exemple, BLAST utilise des 10-mers). Cela
permet de faire correspondre des étiquettes aux génomes sans masques
répétitifs, sans être débordé par les correspondances répétitives. Pour
trouver ces correspondances de tailles variables, il utilise un tableau de
suffixes inspiré de Vmatch. Afin d'avoir une grande sensibilité, LAST
utilise a tableau de suffixes non contigu, similaires aux seeds espacées.
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libvcflib-tools
C++ library for parsing and manipulating VCF files (tools)
|
Versions of package libvcflib-tools |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.0.0~rc1+dfsg1-3 | amd64 |
sid | 1.0.9+dfsg1-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
trixie | 1.0.9+dfsg1-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bookworm | 1.0.3+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.0.2+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster-backports | 1.0.1+dfsg-3~bpo10+1 | amd64 |
buster | 1.0.0~rc2+dfsg-2 | amd64 |
stretch-backports | 1.0.0~rc1+dfsg1-6~bpo9+1 | amd64 |
upstream | 1.0.10 |
|
License: DFSG free
|
The Variant Call Format (VCF) is a flat-file, tab-delimited textual format
intended to concisely describe reference-indexed variations between
individuals. VCF provides a common interchange format for the description of
variation in individuals and populations of samples, and has become the defacto
standard reporting format for a wide array of genomic variant detectors.
vcflib provides methods to manipulate and interpret sequence variation as it
can be described by VCF. It is both:
- an API for parsing and operating on records of genomic variation as it can
be described by the VCF format,
- and a collection of command-line utilities for executing complex
manipulations on VCF files.
This package contains several tools using the library.
|
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macs
analyse basée sur modèles de ChIP-Seq venant de séquenceurs de lectures courtes
|
Versions of package macs |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.1.1.20160309-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.0.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 2.1.2.1-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 3.0.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2.0.9.1-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 2.2.7.1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.2.7.1-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
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MACS modélise empiriquement la longueur des fragments ChIP séquencés, qui
tend à être plus courte que les estimations de taille par sonication ou
banque de construction, et l'utilise pour améliorer la résolution spatiale
de sites de liaison prévisible. MACS utilise aussi une distribution de
Poisson dynamique pour capturer efficacement des biais locaux dans la
séquence du génome, permettant une prédiction plus sensible et robuste. MACS
est tout à fait comparable aux algorithmes existants de recherche de pics
dans les ChIP-Seq, est disponible publiquement en open source, et peut être
utilisé pour des ChIP-Seq sans ou avec échantillons de contrôle.
Please cite:
Yong Zhang, Tao Liu, Clifford A Meyer, Jérôme Eeckhoute, David S. Johnson, Bradley E. Bernstein, Chad Nussbaum, Richard M. Myers, Myles Brown, Wei Li and X Shirley Liu:
Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS).
(PubMed,eprint)
Genome Biol.
9(9):R137
(2008)
|
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mapdamage
tracking and quantifying damage patterns in ancient DNA sequences
|
Versions of package mapdamage |
Release | Version | Architectures |
sid | 2.2.2+dfsg-1 | all |
trixie | 2.2.2+dfsg-1 | all |
buster | 2.0.9+dfsg-1 | all |
bookworm | 2.2.1+dfsg-3 | all |
bullseye | 2.2.1+dfsg-1 | all |
stretch | 2.0.6+dfsg-2 | all |
|
License: DFSG free
|
MapDamage is a computational framework written in Python and R, which
tracks and quantifies DNA damage patterns among ancient DNA sequencing
reads generated by Next-Generation Sequencing platforms.
MapDamage is developed at the Centre for GeoGenetics by the
Orlando Group.
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mapsembler2
bioinformatics targeted assembly software
|
Versions of package mapsembler2 |
Release | Version | Architectures |
sid | 2.2.4+dfsg1-4 | amd64,arm64,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.2.4+dfsg1-3 | amd64,arm64,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.2.4+dfsg1-4 | amd64,arm64,ppc64el,s390x |
stretch | 2.2.3+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,s390x |
trixie | 2.2.4+dfsg1-4 | amd64,arm64,ppc64el,s390x |
jessie | 2.1.6+dfsg-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 2.2.4+dfsg-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
Mapsembler2 is a targeted assembly software.
It takes as input a set of NGS raw reads (fasta or fastq, gzipped or not)
and a set of input sequences (starters).
It first determines if each starter is read-coherent, e.g. whether reads
confirm the presence of each starter in the original sequence.
Then for each read-coherent starter, Mapsembler2 outputs its sequence
neighborhood as a linear sequence or as a graph, depending on the user choice.
Mapsembler2 may be used for (not limited to):
- Validate an assembled sequence (input as starter), e.g. from a de
Bruijn graph assembly where read-coherence was not enforced.
- Checks if a gene (input as starter) has an homolog in a set of reads
- Checks if a known enzyme is present in a metagenomic NGS read set.
- Enrich unmappable reads by extending them, possibly making them mappable
- Checks what happens at the extremities of a contig
- Remove contaminants or symbiont reads from a read set
|
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maq
correspondance de lectures de séquences d'ADN polymorphique de longueur courte à des séquences de référence
|
Versions of package maq |
Release | Version | Architectures |
stretch | 0.7.1-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.7.1-5 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 0.7.1-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 0.7.1-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.7.1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.7.1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.7.1-8 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package maq: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing, searching |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Maq (« Mapping and Assembly with Quality » − correspondance et assemblage
de qualité) construit des associations de
correspondance de lectures courtes générées par des machines de séquençage
de nouvelles générations. Le logiciel a été particulièrement conçu pour
l'analyseur de génome Solexa à 1 milliard de bases par
exécution, par l'entreprise Illumina, et dispose d'une fonctionnalité
préliminaire pour manipuler des données ABI SOLiD. Le logiciel Maq est déjà
connu sous le nom de mapass2.
Le développement du logiciel Maq s'est arrêté en 2008. Ses successeurs sont
BWA (« Burrows-Wheeler Aligner ») et SAMtools (« Sequence Alignment/Map
tools »).
|
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maqview
graphical read alignment viewer for short gene sequences
|
Versions of package maqview |
Release | Version | Architectures |
buster | 0.2.5-9 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 0.2.5-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 0.2.5-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.2.5-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 0.2.5-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.2.5-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.2.5-6 | amd64,armel,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
Maqview is graphical read alignment viewer. It is specifically designed
for the Maq alignment file and allows you to see the mismatches, base
qualities and mapping qualities. Maqview is nothing fancy as Consed or
GAP, but just a simple viewer for you to see what happens in a
particular region.
In comparison to tgap-maq, the text-based read alignment viewer written
by James Bonfield, Maqview is faster and takes up much less memory and
disk space in indexing. This is possibly because tgap aims to be a
general-purpose viewer but Maqview fully makes use of the fact that a
Maq alignment file has already been sorted. Maqview is also efficient in
viewing and provides a command-line tool to quickly retrieve any region
in an Maq alignment file.
|
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mhap
locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps
|
Versions of package mhap |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.1.3+dfsg-3 | all |
stretch | 2.1.1+dfsg-1 | all |
bullseye | 2.1.3+dfsg-3 | all |
stretch-backports | 2.1.3+dfsg-1~bpo9+1 | all |
bookworm | 2.1.3+dfsg-3 | all |
sid | 2.1.3+dfsg-3 | all |
buster | 2.1.3+dfsg-2 | all |
|
License: DFSG free
|
The MinHash Alignment Process (MHAP--pronounced MAP) is a
reference implementation of a probabilistic sequence overlapping
algorithm. Designed to efficiently detect all overlaps between noisy
long-read sequence data. It efficiently estimates Jaccard similarity
by compressing sequences to their representative fingerprints
composed on min-mers (minimum k-mer).
|
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microbiomeutil
utilitaires d'analyse de microbiome
|
Versions of package microbiomeutil |
Release | Version | Architectures |
trixie | 20101212+dfsg1-6 | all |
bullseye | 20101212+dfsg1-4 | all |
buster | 20101212+dfsg1-2 | all |
bookworm | 20101212+dfsg1-5 | all |
sid | 20101212+dfsg1-6 | all |
jessie | 20101212+dfsg-1 | all |
stretch | 20101212+dfsg1-1 | all |
|
License: DFSG free
|
Le paquet microbiomeutil est fourni avec les utilitaires suivants :
- ChimeraSlayer : détection de chimères ;
- NAST-iEr : outil d'alignement basé sur l'algorithme NAST ;
- WigeoN : nouvelle implémentation de l'utilitaire Pintail de détection
d'anomalies 16S ;
- RESOURCES : séquences 16S de référence et alignements basés sur NAST que
les outils ci-dessus exploitent.
Please cite:
Brian J. Haas, Dirk Gevers, Ashlee M. Earl, Mike Feldgarden, Doyle V. Ward, Georgia Giannoukos, Dawn Ciulla, Diana Tabbaa, Sarah K. Highlander, Erica Sodergren, Barbara Methé, Todd Z. DeSantis, The Human Microbiome Consortium, Joseph F. Petrosino, Rob Knight and Bruce W. Birren:
Chimeric 16S rRNA sequence formation and detection in Sanger and 454-pyrosequenced PCR amplicons.
(PubMed,eprint)
Genome Research
21(3):494-504
(2011)
|
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mira-assembler
assembleur de séquences génomiques exprimées utilisant la méthode globale
|
Versions of package mira-assembler |
Release | Version | Architectures |
trixie | 4.9.6-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 4.9.6-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 4.9.6-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 4.9.6-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 4.0.2-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 4.9.6-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 4.9.6-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package mira-assembler: |
role | program |
|
License: DFSG free
|
L’assembleur de fragments de génome mira est un assembleur spécialisé pour
les projets classés comme difficiles car concernant un nombre élevé de
répétitions. Pour la transcription de marqueurs de séquence exprimée (EST),
miraEST est spécialisé dans la reconstruction de transcriptions d’ARNm
pures tout en détectant et classifiant les polymorphismes d'un seul
nucléotide (SNP) se produisant dans celles-ci.
L’assembleur est systématiquement utilisé pour des tâches variées telles
que la détection de mutation dans différents types de cellule, l’analyse de
similarités de transcriptions de divers organismes, l’assemblage de
séquences pures à partir de diverses sources pour la conception
d’oligonucléotides dans les expérimentations cliniques de biopuces.
Ce paquet fournit les binaires (exécutables) suivants :
— mira : assemblage de séquences génomiques ;
— miramem : estimation de la mémoire nécessaire pour les projets
d’assemblage ;
– mirabait : outil de type « grep » pour choisir les lectures pour des
k-mer jusqu’à 256 bases ;
– miraconvert : outil pour convertir, extraire et parfois recalculer
toutes sortes de données relatives aux fichiers d’assemblage de
séquences.
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mothur
ensemble pour analyse de séquences pour la recherche sur le microbiome
|
Versions of package mothur |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.38.1.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.48.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.48.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.48.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.44.3-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.41.21-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 1.33.3+dfsg-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package mothur: |
role | program |
|
License: DFSG free
|
Mothur cherche à développer une application unique à source ouvert, extensible,
remplissant tous les besoins les besoins de la bio-informatique pour la
communauté de l’écologie microbienne. Sont intégrées, entre autres, les
fonctions de DOTUR, SONS, TreeClimber, S-LibShuff et UniFrac. De plus pour
améliorer la flexibilité de ces algorithmes, un certain nombre de fonctions ont
été ajoutées telles que des outils de calcul ou d’affichage.
Please cite:
Patrick D Schloss, Sarah L Westcott, Thomas Ryabin, Justine R Hall, Martin Hartmann, Emily B Hollister, Ryan A Lesniewski, Brian B Oakley, Donovan H Parks, Courtney J Robinson, Jason W Sahl, Blaz Stres, Gerhard G Thallinger, David J Van Horn and Carolyn F Weber:
Introducing mothur: Open-source, platform-independent, community-supported software for describing and comparing microbial communities.
(PubMed)
Appl Environ Microbiol
75(23):7537-7541
(2009)
Topics: Microbial ecology
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nanopolish
identification de consensus pour les données de séquençage par nanopore
|
Versions of package nanopolish |
Release | Version | Architectures |
sid | 0.14.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64 |
stretch-backports | 0.10.2-1~bpo9+1 | amd64 |
bullseye | 0.13.2-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.11.0-2 | amd64 |
bookworm | 0.14.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
stretch | 0.5.0-1 | amd64,arm64,armel,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
trixie | 0.14.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64 |
|
License: DFSG free
|
Nanopolish uses a signal-level hidden Markov model for consensus calling
of nanopore genome sequencing data. It can perform signal-level analysis
of Oxford Nanopore sequencing data. Nanopolish can calculate an improved
consensus sequence for a draft genome assembly, detect base
modifications, call SNPs and indels with respect to a reference genome
and more.
|
|
paleomix
pipelines and tools for the processing of ancient and modern HTS data
|
Versions of package paleomix |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.2.13.3-1 | amd64 |
bookworm | 1.3.7-3 | amd64,arm64 |
trixie | 1.3.8-1 | amd64,arm64 |
bullseye | 1.3.2-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
sid | 1.3.8-1 | amd64,arm64 |
|
License: DFSG free
|
The PALEOMIX pipelines are a set of pipelines and tools designed to aid
the rapid processing of High-Throughput Sequencing (HTS) data: The BAM
pipeline processes de-multiplexed reads from one or more samples,
through sequence processing and alignment, to generate BAM alignment
files useful in downstream analyses; the Phylogenetic pipeline carries
out genotyping and phylogenetic inference on BAM alignment files, either
produced using the BAM pipeline or generated elsewhere; and the Zonkey
pipeline carries out a suite of analyses on low coverage equine
alignments, in order to detect the presence of F1-hybrids in
archaeological assemblages. In addition, PALEOMIX aids in metagenomic
analysis of the extracts.
The pipelines have been designed with ancient DNA (aDNA) in mind, and
includes several features especially useful for the analyses of ancient
samples, but can all be for the processing of modern samples, in order
to ensure consistent data processing.
Please cite:
Mikkel Schubert, Luca Ermini, Clio Der Sarkissian, Hákon Jónsson, Aurélien Ginolhac, Robert Schaefer, Michael D Martin, Ruth Fernández, Martin Kircher, Molly McCue, Eske Willerslev and Ludovic Orlando:
Characterization of ancient and modern genomes by SNP detection and phylogenomic and metagenomic analysis using PALEOMIX.
(PubMed)
Nature Protocols
9(5):1056-82
(2014)
|
|
pbhoney
genomic structural variation discovery
|
Versions of package pbhoney |
Release | Version | Architectures |
stretch | 15.8.24+dfsg-2 | all |
bullseye | 15.8.24+dfsg-7 | all |
bookworm | 15.8.24+dfsg-7 | all |
sid | 15.8.24+dfsg-7 | all |
buster | 15.8.24+dfsg-3 | all |
|
License: DFSG free
|
PBHoney is an implementation of two variant-identification
approaches designed to exploit the high mappability of long reads
(i.e., greater than 10,000 bp). PBHoney considers both intra-read
discordance and soft-clipped tails of long reads to identify
structural variants.
PBHoney is part of the PBSuite.
|
|
pbjelly
genome assembly upgrading tool
|
Versions of package pbjelly |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 15.8.24+dfsg-7 | all |
sid | 15.8.24+dfsg-7 | all |
stretch | 15.8.24+dfsg-2 | all |
buster | 15.8.24+dfsg-3 | all |
bullseye | 15.8.24+dfsg-7 | all |
|
License: DFSG free
|
PBJelly is a highly automated pipeline that aligns long sequencing
reads (such as PacBio RS reads or long 454 reads in fasta format)
to high-confidence draft assembles. PBJelly fills or reduces as
many captured gaps as possible to produce upgraded draft genomes.
PBJelly is part of the PBSuite.
|
|
pbsuite
software for Pacific Biosciences sequencing data
|
Versions of package pbsuite |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 15.8.24+dfsg-7 | all |
stretch | 15.8.24+dfsg-2 | all |
bullseye | 15.8.24+dfsg-7 | all |
sid | 15.8.24+dfsg-7 | all |
buster | 15.8.24+dfsg-3 | all |
|
License: DFSG free
|
The PBSuite contains two projects created for analysis of
Pacific Biosciences long-read sequencing data.
- PBJelly - genome upgrading tool
- PBHoney - structural variation discovery
|
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picard-tools
outils en ligne de commande pour manipuler les fichiers SAM et BAM
|
Versions of package picard-tools |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2.24.1+dfsg-1 | all |
buster | 2.18.25+dfsg-2 | amd64 |
bookworm | 2.27.5+dfsg-2 | all |
trixie | 3.1.1+dfsg-1 | all |
sid | 3.1.1+dfsg-1 | all |
stretch | 2.8.1+dfsg-1 | all |
jessie | 1.113-1 | all |
upstream | 3.2.0 |
|
License: DFSG free
|
Le format « Sequence Alignment/Map » (SAM) est un format générique pour le
stockage d'alignements de grandes séquences de nucléotides. Le logiciel Picard
Tools fournit ces utilitaires pour manipuler les fichiers SAM et BAM (Binary
Alignment/Map) :
AddCommentsToBam FifoBuffer
AddOrReplaceReadGroups FilterSamReads
BaitDesigner FilterVcf
BamIndexStats FixMateInformation
GatherBamFiles
BedToIntervalList GatherVcfs
BuildBamIndex GenotypeConcordance
CalculateHsMetrics IlluminaBasecallsToFastq
CalculateReadGroupChecksum IlluminaBasecallsToSam
CheckIlluminaDirectory LiftOverIntervalList
CheckTerminatorBlock LiftoverVcf
CleanSam MakeSitesOnlyVcf
CollectAlignmentSummaryMetrics MarkDuplicates
CollectBaseDistributionByCycle MarkDuplicatesWithMateCigar
CollectGcBiasMetrics MarkIlluminaAdapters
CollectHiSeqXPfFailMetrics MeanQualityByCycle
CollectIlluminaBasecallingMetrics MergeBamAlignment
CollectIlluminaLaneMetrics MergeSamFiles
CollectInsertSizeMetrics MergeVcfs
CollectJumpingLibraryMetrics NormalizeFasta
CollectMultipleMetrics PositionBasedDownsampleSam
CollectOxoGMetrics QualityScoreDistribution
CollectQualityYieldMetrics RenameSampleInVcf
CollectRawWgsMetrics ReorderSam
CollectRnaSeqMetrics ReplaceSamHeader
CollectRrbsMetrics RevertOriginalBaseQualitiesAndAddMateCigar
CollectSequencingArtifactMetrics RevertSam
CollectTargetedPcrMetrics SamFormatConverter
CollectVariantCallingMetrics SamToFastq
CollectWgsMetrics ScatterIntervalsByNs
CompareMetrics SortSam
CompareSAMs SortVcf
ConvertSequencingArtifactToOxoG SplitSamByLibrary
CreateSequenceDictionary SplitVcfs
DownsampleSam UpdateVcfSequenceDictionary
EstimateLibraryComplexity ValidateSamFile
ExtractIlluminaBarcodes VcfFormatConverter
ExtractSequences VcfToIntervalList
FastqToSam ViewSam
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
Please cite:
Broad Institute:
Picard toolkit.
Broad Institute, GitHub repository
(2019)
Topics: Sequencing; Document, record and content management
|
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pirs
Profile based Illumina pair-end Reads Simulator
|
Versions of package pirs |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.0.2+dfsg-8 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 2.0.2+dfsg-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.0.2+dfsg-5.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.0.2+dfsg-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.0.2+dfsg-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.0.2+dfsg-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
The program pIRS can be used for simulating Illumina PE reads, with a
series of characters generated by Illumina sequencing platform, such as
insert size distribution, sequencing error(substitution, insertion,
deletion), quality score and GC content-coverage bias.
The insert size follows a normal distribution, so users should set the
mean value and standard deviation. Usually the standard deviation is set
as 1/20 of the mean value. The normal distribution by Box-Muller method
is simulated.
The program simulates sequencing error, quality score and GC content-
coverage bias according to the empirical distribution profile. Some
default profiles counted from lots of real sequencing data are provided.
To simulate reads from diploid genome, users should simulate the diploid
genome sequence firstly by setting the ratio of heterozygosis SNP,
heterozygosis InDel and structure variation.
Please cite:
Xuesong Hu, Jianying Yuan, Yujian Shi, Jianliang Lu, Binghang Liu, Zhenyu Li, Yanxiang Chen, Desheng Mu, Hao Zhang, Nan Li, Zhen Yue, Fan Bai, Heng Li and Wei Fan:
pIRS: Profile-based Illumina pair-end reads simulator.
(PubMed,eprint)
Bioinformatics
28(11):1533-5
(2012)
|
|
pizzly
identification de fusions de gènes dans des données de séquençage d’ARN
|
Versions of package pizzly |
Release | Version | Architectures |
trixie | 0.37.3+ds-9 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 0.37.3+ds-9 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.37.3+ds-9 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.37.3+ds-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
For the interpretation of the transcriptome (the abundance
and sequence of RNA) of tomour cells one is particularly
interested in transcripts that cannot be mapped to single
genes but that are seen to be fused as parts from two genes.
Likely eplanations are chromosomal translocations.
Pizzly can identify novel such peculiarities, building on
interpretations on variable splicing by the tool kallisto.
Both tools are elements of the bcbio workflow.
|
|
placnet
Plasmid Constellation Network project
|
Versions of package placnet |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.04-1 | all |
stretch | 1.03-2 | all |
buster | 1.03-3 | all |
trixie | 1.04-1 | all |
bullseye | 1.03-3 | all |
sid | 1.04-1 | all |
|
License: DFSG free
|
Placnet is a new tool for plasmid analysis in NGS projects. Placnet is
optimized to work with Illumina sequences but it also works with 454,
Iontorrent or any of the actual sequence technologies.
The input of placnet is a set of contigs and one or more SAM files with
the mapping of the reads against the contigs. Placnet obtains a set of
files, easily opened on Cytoscape software or other network tools.
|
|
poretools
toolkit for nanopore nucleotide sequencing data
|
Versions of package poretools |
Release | Version | Architectures |
buster | 0.6.0+dfsg-3 | all |
bullseye | 0.6.0+dfsg-5 | all |
bookworm | 0.6.0+dfsg-6 | all |
trixie | 0.6.0+dfsg-6 | all |
sid | 0.6.0+dfsg-6 | all |
stretch | 0.6.0+dfsg-2 | all |
|
License: DFSG free
|
poretools is a flexible toolkit for exploring datasets generated by nanopore
sequencing devices from MinION for the purposes of quality control and
downstream analysis. Poretools operates directly on the native FAST5 (a
variant of the HDF5 standard) file format produced by ONT and provides a
wealth of format conversion utilities and data exploration and visualization
tools.
|
|
python3-airr
Data Representation Standard library for antibody and TCR sequences
|
Versions of package python3-airr |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.2.1-2 | all |
bullseye | 1.3.1-1 | all |
bookworm | 1.3.1-1 | all |
trixie | 1.5.0-1 | all |
sid | 1.5.0-1 | all |
upstream | 1.5.1 |
|
License: DFSG free
|
This package provides a library by the AIRR community to for describing,
reporting, storing, and sharing adaptive immune receptor repertoire
(AIRR) data, such as sequences of antibodies and T cell receptors
(TCRs). Some specific efforts include:
- The MiAIRR standard for describing minimal information about AIRR
datasets, including sample collection and data processing information.
- Data representations (file format) specifications for storing large
amounts of annotated AIRR data.
- APIs for exposing a common interface to repositories/databases
containing AIRR data.
- A community standard for software tools which will allow conforming
tools to gain community recognition.
This package installs the library for Python 3.
|
|
python3-gffutils
Work with GFF and GTF files in a flexible database framework
|
Versions of package python3-gffutils |
Release | Version | Architectures |
buster | 0.9-1 | all |
bookworm | 0.11.1-3 | all |
sid | 0.13-1 | all |
trixie | 0.13-1 | all |
bullseye | 0.10.1-2 | all |
|
License: DFSG free
|
A Python package for working with and manipulating the GFF and GTF format
files typically used for genomic annotations. Files are loaded into a
sqlite3 database, allowing much more complex manipulation of hierarchical
features (e.g., genes, transcripts, and exons) than is possible with
plain-text methods alone.
|
|
python3-presto
toolkit for processing B and T cell sequences (Python3 module)
|
Versions of package python3-presto |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 0.6.2-1 | all |
buster | 0.5.10-1 | all |
sid | 0.7.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 0.7.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.7.1-1 | all |
|
License: DFSG free
|
pRESTO is a toolkit for processing raw reads from high-throughput
sequencing of B cell and T cell repertoires.
Dramatic improvements in high-throughput sequencing technologies now
enable large-scale characterization of lymphocyte repertoires, defined
as the collection of trans-membrane antigen-receptor proteins located on
the surface of B cells and T cells. The REpertoire Sequencing TOolkit
(pRESTO) is composed of a suite of utilities to handle all stages
of sequence processing prior to germline segment assignment. pRESTO
is designed to handle either single reads or paired-end reads. It
includes features for quality control, primer masking, annotation of
reads with sequence embedded barcodes, generation of unique molecular
identifier (UMI) consensus sequences, assembly of paired-end reads and
identification of duplicate sequences. Numerous options for sequence
sorting, sampling and conversion operations are also included.
This package provides the presto Python3 module.
|
|
python3-pybedtools
enveloppe de Python 3 pour BEDTools pour des tâches de bio-informatique
|
Versions of package python3-pybedtools |
Release | Version | Architectures |
buster | 0.8.0-1 | amd64,arm64 |
bookworm | 0.9.0-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
trixie | 0.10.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64 |
sid | 0.10.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bullseye | 0.8.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
|
License: DFSG free
|
La suite BEDTools de programmes est largement utilisée pour la
manipulation d’intervalle génomique ou « l’algèbre génomique ». pybedtools
enveloppe et étend BEDTools et propose des manipulations au niveau
fonction à partir de Python.
Il s'agit de la version en Python⋅3.
|
|
python3-sqt
SeQuencing Tools for biological DNA/RNA high-throughput data
|
Versions of package python3-sqt |
Release | Version | Architectures |
buster | 0.8.0-3 | amd64,arm64 |
bullseye | 0.8.0-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
trixie | 0.8.0-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bookworm | 0.8.0-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
sid | 0.8.0-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64 |
|
License: DFSG free
|
sqt is a collection of command-line tools for working with
high-throughput sequencing data. Conceptionally not fixed to use any
particular language, many sqt subcommands are currently implemented
in Python. For them, a Python package is available with functions for
reading and writing FASTA/FASTQ files, computing alignments, quality
trimming, etc.
The following tools are offered:
- sqt-coverage -- Compute per-reference statistics such as coverage
and GC content
- sqt-fastqmod -- FASTQ modifications: shorten, subset, reverse
complement, quality trimming.
- sqt-fastastats -- Compute N50, min/max length, GC content etc. of
a FASTA file
- sqt-qualityguess -- Guess quality encoding of one or more FASTA files.
- sqt-globalalign -- Compute a global or semiglobal alignment of two strings.
- sqt-chars -- Count length of the first word given on the command line.
- sqt-sam-cscq -- Add the CS and CQ tags to a SAM file with colorspace reads.
- sqt-fastamutate -- Add substitutions and indels to sequences in a
FASTA file.
- sqt-fastaextract -- Efficiently extract one or more regions from an
indexed FASTA file.
- sqt-translate -- Replace characters in FASTA files (like the 'tr'
command).
- sqt-sam-fixn -- Replace all non-ACGT characters within reads in a
SAM file.
- sqt-sam-insertsize -- Mean and standard deviation of paired-end
insert sizes.
- sqt-sam-set-op -- Set operations (union, intersection, ...) on
SAM/BAM files.
- sqt-bam-eof -- Check for the End-Of-File marker in compressed
BAM files.
- sqt-checkfastqpe -- Check whether two FASTQ files contain correctly
paired paired-end data.
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q2cli
Click-based command line interface for QIIME 2
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Versions of package q2cli |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2020.11.1-1 | all |
sid | 2024.5.0-2 | all |
bookworm | 2022.11.1-2 | all |
|
License: DFSG free
|
QIIME 2 is a powerful, extensible, and decentralized microbiome analysis
package with a focus on data and analysis transparency. QIIME 2 enables
researchers to start an analysis with raw DNA sequence data and finish with
publication-quality figures and statistical results.
Key features:
- Integrated and automatic tracking of data provenance
- Semantic type system
- Plugin system for extending microbiome analysis functionality
- Support for multiple types of user interfaces (e.g. API, command line,
graphical)
QIIME 2 is a complete redesign and rewrite of the QIIME 1 microbiome analysis
pipeline. QIIME 2 will address many of the limitations of QIIME 1, while
retaining the features that makes QIIME 1 a powerful and widely-used analysis
pipeline.
QIIME 2 currently supports an initial end-to-end microbiome analysis pipeline.
New functionality will regularly become available through QIIME 2 plugins. You
can view a list of plugins that are currently available on the QIIME 2 plugin
availability page. The future plugins page lists plugins that are being
developed.
Please cite:
Evan Bolyen, Jai Ram Rideout, Matthew R Dillon, Nicholas A Bokulich, Christian Abnet, Gabriel A Al-Ghalith, Harriet Alexander, Eric J Alm, Manimozhiyan Arumugam, Francesco Asnicar, Yang Bai, Jordan E Bisanz, Kyle Bittinger, Asker Brejnrod, Colin J Brislawn, C Titus Brown, Benjamin J Callahan, Andrés Mauricio Caraballo-Rodríguez, John Chase, Emily Cope, Ricardo Da Silva, Pieter C Dorrestein, Gavin M Douglas, Daniel M Durall, Claire Duvallet, Christian F Edwardson, Madeleine Ernst, Mehrbod Estaki, Jennifer Fouquier, Julia M Gauglitz, Deanna L Gibson, Antonio Gonzalez, Kestrel Gorlick, Jiarong Guo, Benjamin Hillmann, Susan Holmes, Hannes Holste, Curtis Huttenhower, Gavin Huttley, Stefan Janssen, Alan K Jarmusch, Lingjing Jiang, Benjamin Kaehler, Kyo Bin Kang, Christopher R Keefe, Paul Keim, Scott T Kelley, Dan Knights, Irina Koester, Tomasz Kosciolek, Jorden Kreps, Morgan GI Langille, Joslynn Lee, Ruth Ley, Yong-Xin Liu, Erikka Loftfield, Catherine Lozupone, Massoud Maher, Clarisse Marotz, Bryan D Martin, Daniel McDonald, Lauren J McIver, Alexey V Melnik, Jessica L Metcalf, Sydney C Morgan, Jamie Morton, Ahmad Turan Naimey, Jose A Navas-Molina, Louis Felix Nothias, Stephanie B Orchanian, Talima Pearson, Samuel L Peoples, Daniel Petras, Mary Lai Preuss, Elmar Pruesse, Lasse Buur Rasmussen, Adam Rivers, Michael S Robeson, Patrick Rosenthal, Nicola Segata, Michael Shaffer, Arron Shiffer, Rashmi Sinha, Se Jin Song, John R Spear, Austin D Swafford, Luke R Thompson, Pedro J Torres, Pauline Trinh, Anupriya Tripathi, Peter J Turnbaugh, Sabah Ul-Hasan, Justin JJ van der Hooft, Fernando Vargas, Yoshiki Vázquez-Baeza, Emily Vogtmann, Max von Hippel, William Walters, Yunhu Wan, Mingxun Wang, Jonathan Warren, Kyle C Weber, Chase HD Williamson, Amy D Willis, Zhenjiang Zech Xu, Jesse R Zaneveld, Yilong Zhang, Qiyun Zhu, Rob Knight and J Gregory Caporaso:
Reproducible, interactive, scalable and extensible microbiome data science using QIIME 2.
(eprint)
Nature Biotechnology
37
(2019)
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qcumber
quality control of genomic sequences
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Versions of package qcumber |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.0.14+dfsg-1 | all |
bullseye | 2.3.0-2 | all |
bookworm | 2.3.0-2 | all |
trixie | 2.3.0-2 | all |
sid | 2.3.0-2 | all |
|
License: DFSG free
|
QCPipeline is a tool for quality control. The workflow is as follows:
1. Quality control with FastQC
2. Trim Reads with Trimmomatic
3. Quality control of trimmed reads with FastQC
4. Map reads against reference using bowtie2
5. Classify reads with Kraken
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qiime
QIIME, Quantitative Insights Into Microbial Ecology
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Versions of package qiime |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2020.11.1-1 | all |
bookworm | 2022.11.1-2 | all |
sid | 2024.5.0-1 | all |
jessie | 1.8.0+dfsg-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
upstream | 2024.5.1 |
Debtags of package qiime: |
role | program |
|
License: DFSG free
|
Les microbes sont omniprésents autour des humains, des animaux, des
plantes et de tous leurs parasites, avec un forte interaction sur eux et
sur leur environnement. La qualité du sol vient à l’esprit, mais aussi
l’effet qu’ont les bactéries sur tous. Les humains influent sur
leur abondance relative et absolue par des antibiotiques, des aliments,
des engrais ou tout ce qui vient à l’esprit, et ces changements affectent
tout le monde.
QIIME 2 est un paquet pour l’analyse de microbiome, extensible et
décentralisée avec une attention particulière sur la transparence des
données et analyses. QIIME 2 permet aux chercheurs de commencer une
analyse avec des données de séquences d’ADN et de terminer avec des
figures et des résultats statistiques de qualité professionnelle.
Principales caractéristiques :
— suivi intégré et automatique de la provenance des données ;
— système de type sémantique ;
— système de greffons pour étendre les fonctionnalités d’analyse de
microbiome ;
— prise en charge de plusieurs types d’interface (par exemple, API,
ligne de commande, graphique) ;
QIIME 2 est une nouvelle conception et une réécriture de la tuyauterie
d’analyse de microbiome, QIIME 1. QIIME 2 corrigera la plupart des
limitations de QIIME 1, tout en conservant les fonctions qui font de
QIIME 1 une tuyauterie d’analyse puissante et largement utilisée.
QIIME 2 actuellement prend en charge une première tuyauterie d’analyse de
microbiome de bout en bout. De nouvelles fonctionnalités seront
régulièrement disponibles à travers des greffons de QIIME 2. Une liste de
greffons peut être consultée sur la page de disponibilité de greffons de
QIIME 2. La page des futurs greffons liste les greffons en cours de
développement.
Please cite:
Evan Bolyen, Jai Ram Rideout, Matthew R Dillon, Nicholas A Bokulich, Christian Abnet, Gabriel A Al-Ghalith, Harriet Alexander, Eric J Alm, Manimozhiyan Arumugam, Francesco Asnicar, Yang Bai, Jordan E Bisanz, Kyle Bittinger, Asker Brejnrod, Colin J Brislawn, C Titus Brown, Benjamin J Callahan, Andrés Mauricio Caraballo-Rodríguez, John Chase, Emily Cope, Ricardo Da Silva, Pieter C Dorrestein, Gavin M Douglas, Daniel M Durall, Claire Duvallet, Christian F Edwardson, Madeleine Ernst, Mehrbod Estaki, Jennifer Fouquier, Julia M Gauglitz, Deanna L Gibson, Antonio Gonzalez, Kestrel Gorlick, Jiarong Guo, Benjamin Hillmann, Susan Holmes, Hannes Holste, Curtis Huttenhower, Gavin Huttley, Stefan Janssen, Alan K Jarmusch, Lingjing Jiang, Benjamin Kaehler, Kyo Bin Kang, Christopher R Keefe, Paul Keim, Scott T Kelley, Dan Knights, Irina Koester, Tomasz Kosciolek, Jorden Kreps, Morgan GI Langille, Joslynn Lee, Ruth Ley, Yong-Xin Liu, Erikka Loftfield, Catherine Lozupone, Massoud Maher, Clarisse Marotz, Bryan D Martin, Daniel McDonald, Lauren J McIver, Alexey V Melnik, Jessica L Metcalf, Sydney C Morgan, Jamie Morton, Ahmad Turan Naimey, Jose A Navas-Molina, Louis Felix Nothias, Stephanie B Orchanian, Talima Pearson, Samuel L Peoples, Daniel Petras, Mary Lai Preuss, Elmar Pruesse, Lasse Buur Rasmussen, Adam Rivers, Michael S Robeson, Patrick Rosenthal, Nicola Segata, Michael Shaffer, Arron Shiffer, Rashmi Sinha, Se Jin Song, John R Spear, Austin D Swafford, Luke R Thompson, Pedro J Torres, Pauline Trinh, Anupriya Tripathi, Peter J Turnbaugh, Sabah Ul-Hasan, Justin JJ van der Hooft, Fernando Vargas, Yoshiki Vázquez-Baeza, Emily Vogtmann, Max von Hippel, William Walters, Yunhu Wan, Mingxun Wang, Jonathan Warren, Kyle C Weber, Chase HD Williamson, Amy D Willis, Zhenjiang Zech Xu, Jesse R Zaneveld, Yilong Zhang, Qiyun Zhu, Rob Knight and J Gregory Caporaso:
Reproducible, interactive, scalable and extensible microbiome data science using QIIME 2.
(PubMed,eprint)
Nature Biotechnology
37:852 - 857
(2019)
Topics: Microbial ecology
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quorum
QUality Optimized Reads of genomic sequences
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Versions of package quorum |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.1.2-2 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
buster | 1.1.1-2 | amd64,arm64 |
sid | 1.1.2-2 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bookworm | 1.1.1-7 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
bullseye | 1.1.1-4 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
|
License: DFSG free
|
QuorUM enables to obtain trimmed and error-corrected reads that result
in assemblies with longer contigs and fewer errors. QuorUM provides best
performance compared to other published error correctors in several
metrics. QuorUM is efficiently implemented making use of current multi-
core computing architectures and it is suitable for large data sets (1
billion bases checked and corrected per day per core). The third-party
assembler (SOAPdenovo) benefits significantly from using QuorUM error-
corrected reads. QuorUM error corrected reads result in a factor of 1.1
to 4 improvement in N50 contig size compared to using the original reads
with SOAPdenovo for the data sets investigated.
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r-bioc-deseq2
R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis
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Versions of package r-bioc-deseq2 |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.44.0+dfsg-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.30.1+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.22.2+dfsg-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 1.38.3+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.14.1-1 | amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.44.0+dfsg-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
Differential gene expression analysis based on the negative binomial
distribution. Estimate variance-mean dependence in count data from
high-throughput sequencing assays and test for differential expression based
on a model using the negative binomial distribution.
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r-bioc-edger
analyse empirique de données numériques d’expressions de gène avec R
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Versions of package r-bioc-edger |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 3.40.2+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 3.14.0+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 3.8.2+dfsg-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 4.2.1+dfsg-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 4.2.1+dfsg-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 3.32.1+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
Il s’agit d’un paquet de Bioconductor pour l’analyse différentielle des
expressions de tout le séquençage du transcriptome (RNA-seq) et des
profils numériques d’expressions de gène avec réplication biologique. Il
utilise l’estimation empirique de Bayes et des tests exacts basés sur la
loi binomiale négative. Il est aussi utile pour l’analyse différentielle
de signaux avec d’autres types de données de dénombrement à l’échelle du
génome.
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r-bioc-hilbertvis
paquet de GNU R pour visualiser de grands vecteurs de données
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Versions of package r-bioc-hilbertvis |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.40.0-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 1.56.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.62.0-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.62.0-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.48.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.32.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.24.0-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package r-bioc-hilbertvis: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:bioinformatics |
use | analysing |
|
License: DFSG free
|
Cet outil permet d’afficher de très grands vecteurs de données d’une
manière efficace du point de vue espace, en les organisant le long d’une
courbe de Hilbert en 2D. L’utilisateur peut visuellement évaluer la
structure de grande échelle et la distribution des caractéristiques
simultanément avec la forme et l’intensité grossières des caractéristiques
individuelles.
En bio-informatique, un cas typique d’utilisation est ChIP-Chip et ChIP-
Seq, ou, fondamentalement, toutes les sortes de donnée génomique affichées
conventionnellement sous forme de traces quantitatives (« données
wiggle ») dans les navigateurs de génomes tels que ceux fournis par
Ensembl ou UCSC.
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r-bioc-metagenomeseq
GNU R statistical analysis for sparse high-throughput sequencing
|
Versions of package r-bioc-metagenomeseq |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.40.0-1 | all |
stretch | 1.16.0-2 | all |
trixie | 1.46.0-1 | all |
sid | 1.46.0-1 | all |
bullseye | 1.32.0-1 | all |
buster | 1.24.1-1 | all |
|
License: DFSG free
|
MetagenomeSeq is designed to determine features (be it Operational
Taxanomic Unit (OTU), species, etc.) that are differentially abundant
between two or more groups of multiple samples. metagenomeSeq is
designed to address the effects of both normalization and under-sampling
of microbial communities on disease association detection and the
testing of feature correlations.
|
|
r-bioc-rsubread
Subread Sequence Alignment and Counting for R
|
Versions of package r-bioc-rsubread |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.18.0-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.18.0-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.12.2-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.4.2-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
Alignment, quantification and analysis of second and third generation
sequencing data. Includes functionality for read mapping, read counting,
SNP calling, structural variant detection and gene fusion discovery.
Can be applied to all major sequencing techologies and to both short
and long sequence reads.
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r-cran-alakazam
lignage clonal d’immunoglobuline et analyse de diversité
|
Versions of package r-cran-alakazam |
Release | Version | Architectures |
buster | 0.2.11-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.1.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
experimental | 1.3.0-2~0exp0 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.3.0-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.3.0-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.2.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
Alakazam is part of the Immcantation analysis framework for Adaptive
Immune Receptor Repertoire sequencing (AIRR-seq) and provides a set of
tools to investigate lymphocyte receptor clonal lineages, diversity,
gene usage, and other repertoire level properties, with a focus on
high-throughput immunoglobulin (Ig) sequencing.
Alakazam serves five main purposes:
- Providing core functionality for other R packages in the Immcantation
framework. This includes common tasks such as file I/O, basic DNA
sequence manipulation, and interacting with V(D)J segment and gene
annotations.
- Providing an R interface for interacting with the output of the
pRESTO and Change-O tool suites.
- Performing lineage reconstruction on clonal populations of Ig
sequences and analyzing the topology of the resultant lineage trees.
- Performing clonal abundance and diversity analysis on lymphocyte
repertoires.
- Performing physicochemical property analyses of lymphocyte receptor
sequences.
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r-cran-shazam
Immunoglobulin Somatic Hypermutation Analysis
|
Versions of package r-cran-shazam |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.2.0-1 | all |
bookworm | 1.1.2-1 | all |
buster | 0.1.11-1 | all |
bullseye | 1.0.2-1 | all |
trixie | 1.2.0-1 | all |
|
License: DFSG free
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Provides a computational framework for Bayesian estimation of
antigen-driven selection in immunoglobulin (Ig) sequences, providing an
intuitive means of analyzing selection by quantifying the degree of
selective pressure. Also provides tools to profile mutations in Ig
sequences, build models of somatic hypermutation (SHM) in Ig sequences,
and make model-dependent distance comparisons of Ig repertoires.
SHazaM is part of the Immcantation analysis framework for Adaptive
Immune Receptor Repertoire sequencing (AIRR-seq) and provides tools for
advanced analysis of somatic hypermutation (SHM) in immunoglobulin (Ig)
sequences. Shazam focuses on the following analysis topics:
- Quantification of mutational load
SHazaM includes methods for determine the rate of observed and
expected mutations under various criteria. Mutational profiling
criteria include rates under SHM targeting models, mutations specific
to CDR and FWR regions, and physicochemical property dependent
substitution rates.
- Statistical models of SHM targeting patterns
Models of SHM may be divided into two independent components:
1) a mutability model that defines where mutations occur and
2) a nucleotide substitution model that defines the resulting mutation.
Collectively these two components define an SHM targeting
model. SHazaM provides empirically derived SHM 5-mer context mutation
models for both humans and mice, as well tools to build SHM targeting
models from data.
- Analysis of selection pressure using BASELINe
The Bayesian Estimation of Antigen-driven Selection in Ig Sequences
(BASELINe) method is a novel method for quantifying antigen-driven
selection in high-throughput Ig sequence data. BASELINe uses SHM
targeting models can be used to estimate the null distribution of
expected mutation frequencies, and provide measures of selection
pressure informed by known AID targeting biases.
- Model-dependent distance calculations
SHazaM provides methods to compute evolutionary distances between
sequences or set of sequences based on SHM targeting models. This
information is particularly useful in understanding and defining
clonal relationships.
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r-cran-tcr
Advanced Data Analysis of Immune Receptor Repertoires
|
Versions of package r-cran-tcr |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.3.2+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.3.2+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.3.2+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 2.3.2+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.2.3-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
Cells of the immune system are the grand exception to the rule
that all cells of an individuum have (mostly exact) copies of the
same DNA. B cells (which produce antibodies) and T cells (which
communicate with cells) however have a section of their DNA with
genes of the groups V, D and J that are reorganised within the
genomic DNA to provide the flexibility to deal with yet unknown
pathogens.
This package provides a platform for the advanced analysis of T
cell receptor repertoire data and its visualisations.
Caveat: This package is soon to be replaced by
http://github.com/immunomind/immunarch which is not yet available
as a Debian package.
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r-cran-tigger
Infers new Immunoglobulin alleles from Rep-Seq Data
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Versions of package r-cran-tigger |
Release | Version | Architectures |
buster | 0.3.1-1 | all |
bookworm | 1.0.1-1 | all |
trixie | 1.1.0-1 | all |
sid | 1.1.0-1 | all |
bullseye | 1.0.0-1 | all |
|
License: DFSG free
|
Summary: Infers the V genotype of an individual from immunoglobulin (Ig)
repertoire-sequencing (Rep-Seq) data, including detection of any novel
alleles. This information is then used to correct existing V allele calls
from among the sample sequences.
High-throughput sequencing of B cell immunoglobulin receptors is
providing unprecedented insight into adaptive immunity. A key step in
analyzing these data involves assignment of the germline V, D and J gene
segment alleles that comprise each immunoglobulin sequence by matching
them against a database of known V(D)J alleles. However, this process
will fail for sequences that utilize previously undetected alleles,
whose frequency in the population is unclear.
TIgGER is a computational method that significantly improves V(D)J
allele assignments by first determining the complete set of gene segments
carried by an individual (including novel alleles) from V(D)J-rearrange
sequences. TIgGER can then infer a subject’s genotype from these
sequences, and use this genotype to correct the initial V(D)J allele
assignments.
The application of TIgGER continues to identify a surprisingly high
frequency of novel alleles in humans, highlighting the critical need
for this approach. TIgGER, however, can and has been used with data
from other species.
Core Abilities:
- Detecting novel alleles
- Inferring a subject’s genotype
- Correcting preliminary allele calls
Required Input
- A table of sequences from a single individual, with columns containing
the following:
- V(D)J-rearranged nucleotide sequence (in IMGT-gapped format)
- Preliminary V allele calls
- Preliminary J allele calls
- Length of the junction region
- Germline Ig sequences in IMGT-gapped fasta format (e.g., as those
downloaded from IMGT/GENE-DB)
The former can be created through the use of IMGT/HighV-QUEST and
Change-O.
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rna-star
aligneur universel et ultra-rapide de RNA-seq
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Versions of package rna-star |
Release | Version | Architectures |
sid | 2.7.11b+dfsg-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
bookworm | 2.7.10b+dfsg-2 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
trixie | 2.7.11b+dfsg-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
stretch | 2.5.2b+dfsg-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
stretch-backports | 2.7.0a+dfsg-1~bpo9+1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
bullseye | 2.7.8a+dfsg-2 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
buster | 2.7.0a+dfsg-1 | amd64,arm64 |
|
License: DFSG free
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Il s’agit du logiciel STAR (Spliced Transcripts Alignment to a Reference)
basé sur un algorithme, non décrit auparavant, d'alignement de RNA-seq qui
utilise la recherche séquentielle de « graines » pour une cartographie
maximale dans des tableaux de suffixes non compressés suivis par le
regroupement de graines (seed clustering) et la procédure de ligature
(stitching). STAR surpasse les autres aligneurs d’un facteur supérieur à
cinquante dans la vitesse de cartographie, alignant pour le génome humain
550 millions de lectures « paired-end » 2 × 76 pb par heure sur un modeste
serveur de douze cœurs, tout en améliorant la sensibilité et la précision. En
plus de la détection de novo neutre de jonctions canoniques, STAR peut
découvrir les transcriptions de ligature non canonique et de fusion, et il
peut aussi réaliser une cartographie des séquences d’ARN complètes. En
utilisant
le séquençage Roche 454 d’amplicons de réaction en chaîne par polymérase et
transcription inverse, les auteurs ont validé expérimentalement 1960
nouvelles jonctions de ligature intergénique avec un taux de succès de 80-
90 %, corroborant la précision élevée de la stratégie de cartographie de
STAR.
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
Topics: Sequence analysis
|
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rtax
classification de lectures de séquence d’ARN ribosomique 16S
|
Versions of package rtax |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.984-2 | all |
bullseye | 0.984-7 | all |
bookworm | 0.984-8 | all |
sid | 0.984-8 | all |
trixie | 0.984-8 | all |
buster | 0.984-6 | all |
stretch | 0.984-5 | all |
|
License: DFSG free
|
Les technologies de lectures courtes pour le profilage de communautés
bactériennes sont de plus en plus populaires, tandis que les techniques
précédentes d’assignation taxinomique par lectures d’extrémités par
paires ne fonctionnent pas très bien. RTAX fournit rapidement des
assignations taxinomiques de lectures d’extrémités par paires en utilisant
un algorithme de consensus.
|
|
salmon
wicked-fast transcript quantification from RNA-seq data
|
Versions of package salmon |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.10.1+ds1-1 | amd64,arm64 |
sid | 1.10.2+ds1-1 | amd64,arm64 |
trixie | 1.10.2+ds1-1 | amd64,arm64 |
buster | 0.12.0+ds1-1 | amd64 |
bullseye | 1.4.0+ds1-1 | amd64,arm64 |
stretch | 0.7.2+ds1-2 | amd64 |
upstream | 1.10.3 |
|
License: DFSG free
|
Salmon is a wicked-fast program to produce a highly-accurate, transcript-level
quantification estimates from RNA-seq data. Salmon achieves is accuracy and
speed via a number of different innovations, including the use of lightweight
alignments (accurate but fast-to-compute proxies for traditional read
alignments) and massively-parallel stochastic collapsed variational inference.
The result is a versatile tool that fits nicely into many different pipelines.
For example, you can choose to make use of the lightweight alignments by
providing Salmon with raw sequencing reads, or, if it is more convenient, you
can provide Salmon with regular alignments (e.g. computed with your favorite
aligner), and it will use the same wicked-fast, state-of-the-art inference
algorithm to estimate transcript-level abundances for your experiment.
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
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|
sambamba
tools for working with SAM/BAM data
|
Versions of package sambamba |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.0+dfsg-1 | amd64,arm64 |
bullseye | 0.8.0-1 | amd64,arm64 |
sid | 1.0.1+dfsg-2 | amd64,arm64,riscv64 |
trixie | 1.0.1+dfsg-2 | amd64,arm64,riscv64 |
|
License: DFSG free
|
Sambamba positions itself as a performant alternative
to samtools and provides tools for
- Powerful filtering with sambamba view --filter
- Picard-like SAM header merging in the merge tool
- Optional for operations on whole BAMs
- Fast copying of a region to a new file with the slice tool
- Duplicate marking/removal, using the Picard criteria
|
|
samblaster
marks duplicates, extracts discordant/split reads
|
Versions of package samblaster |
Release | Version | Architectures |
trixie | 0.1.26-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 0.1.26-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 0.1.24-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 0.1.26-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0.1.26-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
Current "next-generation" sequencing technologies cannot tell what
exact sequence they will be reading. They take what is available. And
if some sequences are read very often, then this needs some extra
biomedical thinking. The genome could for instance be duplicated.
samblaster is a fast and flexible program for marking duplicates in
read-id grouped paired-end SAM files. It can also optionally output
discordant read pairs and/or split read mappings to separate SAM files,
and/or unmapped/clipped reads to a separate FASTQ file. When marking
duplicates, samblaster will require approximately 20MB of memory per
1M read pairs.
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
|
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samtools
traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM
|
Versions of package samtools |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.20-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.11-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.1.19-1 | amd64,armhf,i386 |
buster | 1.9-4 | amd64,arm64,armhf |
stretch | 1.3.1-3 | amd64,arm64,armel,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
bookworm | 1.16.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.20-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch-backports | 1.7-2~bpo9+1 | amd64,arm64,armel,armhf,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 1.21 |
Debtags of package samtools: |
field | biology |
interface | commandline |
network | client |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | ncurses |
use | analysing, calculating, filtering |
works-with | biological-sequence |
|
License: DFSG free
|
Samtools est un ensemble d'utilitaires qui manipulent les alignements de
séquence de nucléotides dans le format binaire BAM. Il est capable
d'importer et d'exporter à partir des formats ASCII SAM (Sequence
Alignment/Map) et CRAM, de trier, de fusionner, d'indexer et de récupérer
des enregistrements dans n'importe quelle région facilement. Il est conçu
pour travailler sur un flux de données et est capable d'ouvrir un fichier
BAM ou CRAM (mais pas SAM) sur un serveur HTTP ou FTP distant.
|
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scoary
pangenome-wide association studies
|
Versions of package scoary |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.6.16-8 | all |
stretch-backports | 1.6.16-1~bpo9+1 | all |
buster | 1.6.16-1 | all |
bullseye | 1.6.16-2 | all |
bookworm | 1.6.16-5 | all |
trixie | 1.6.16-8 | all |
|
License: DFSG free
|
Scoary is designed to take the gene_presence_absence.csv file from
Roary as well as a traits file created by the user and calculate the
associations between all genes in the accessory genome and the traits. It
reports a list of genes sorted by strength of association per trait.
|
|
scythe
élagage bayésien d’adaptateurs pour des lectures de séquence
|
Versions of package scythe |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 0.994+git20141017.20d3cff-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.994+git20141017.20d3cff-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 0.994+git20141017.20d3cff-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 0.994+git20141017.20d3cff-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 0.994+git20141017.20d3cff-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 0.994-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
Scythe utilise une approche bayésienne naïve pour classifier des
sous-chaines contaminantes dans les lectures de séquences. Il considère la
qualité de l’information, ce qui le rend robuste en retirant les
adaptateurs d’extrémité 3', ce qui inclut souvent des bases de pauvre
qualité.
|
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seqprep
stripping adaptors and/or merging paired reads of DNA sequences with overlap
|
Versions of package seqprep |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.3.2-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.3.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.3.2-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.3.2-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.3.2-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.3.2-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
SeqPrep is a program to merge paired end Illumina reads that are overlapping
into a single longer read. It may also just be used for its adapter trimming
feature without doing any paired end overlap. When an adapter sequence is
present, that means that the two reads must overlap (in most cases) so they
are forcefully merged. When reads do not have adapter sequence they must be
treated with care when doing the merging, so a much more specific approach is
taken. The default parameters were chosen with specificity in mind, so that
they could be ran on libraries where very few reads are expected to overlap.
It is always safest though to save the overlapping procedure for libraries
where you have some prior knowledge that a significant portion of the reads
will have some overlap.
|
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seqtk
Fast and lightweight tool for processing sequences in the FASTA or FASTQ format
|
Versions of package seqtk |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.0-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 1.4-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 1.3-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 1.3-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.4-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.3-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
Currently, seqtk supports quality based trimming with the phred
algorithm, converting fastq to fasta, reverse complementing sequences,
extracting or masking subsequences in regions given in a BED/name list
file, and more. It contains a subsampling module to sample exactly n
sequences or a fraction of sequences.
Seqtk supports both fasta and fastq input files, which can be
optionally gzip compressed.
|
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sga
de novo genome assembler that uses string graphs
|
Versions of package sga |
Release | Version | Architectures |
trixie | 0.10.15-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bullseye | 0.10.15-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
sid | 0.10.15-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64 |
buster | 0.10.15-4 | amd64,arm64 |
stretch | 0.10.15-2 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
bookworm | 0.10.15-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
|
License: DFSG free
|
The major goal of SGA is to be very memory efficient, which is achieved by
using a compressed representation of DNA sequence reads.
SGA is a de novo assembler for DNA sequence reads. It is based on Gene Myers'
string graph formulation of assembly and uses the FM-index/Burrows-Wheeler
transform to efficiently find overlaps between sequence reads.
|
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sickle
outil de réduction adaptative à des fenêtres pour des fichiers FASTQ utilisant la qualité
|
Versions of package sickle |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.33+git20150314.f3d6ae3-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 1.33+git20150314.f3d6ae3-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 1.33+git20150314.f3d6ae3-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.33+git20150314.f3d6ae3-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1.33-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.33+git20150314.f3d6ae3-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
La plupart des technologies de séquençage produisent des lectures dont la
qualité diminue vers l’extrémité 3'. Les bases appelées incorrectement ont
un impact négatif sur les assemblages, les correspondances et les analyses
bioinformatiques en aval.
Sickle est un outil qui utilise des fenêtres coulissantes selon des seuils
de qualité et de longueur pour déterminer quand la qualité est
suffisamment basse pour couper l’extrémité 3' des lectures. Il supprime
aussi des lectures en se basant sur le seuil de longueur. Il prend les
valeurs de qualité et fait coulisser une fenêtre parmi celles dont la
longueur est 0,1 fois la longueur de la lecture. Si la longueur est
inférieure à 1, alors la fenêtre est définie pour être égale à la longueur
de la lecture. Sinon, la fenêtre coulisse le long des valeurs de qualité
jusqu’à ce que la qualité moyenne descend en dessous du seuil. À ce point,
l’algorithme détermine où dans la fenêtre la baisse se produit et coupe à
cet endroit les chaines de lecture et de qualité. Cependant, si le point
de coupure est inférieur au seuil de longueur minimale alors la lecture
est entièrement rejetée.
Sickle prend en charge quatre type de valeurs de qualité : Illumina,
Solexa, Phred et Sanger. Remarquez que le réglage de qualité Solexa est
une approximation (la conversion réelle est une transformation non
linéaire). L’approximation d’extrémité est bonne.
Sickle prend aussi en charge des fichiers d’entrée compressés.
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
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smalt
Sequence Mapping and Alignment Tool
|
Versions of package smalt |
Release | Version | Architectures |
buster | 0.7.6-8 | amd64,arm64,armhf |
bullseye | 0.7.6-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.7.6-4 | amd64,armhf,i386 |
bookworm | 0.7.6-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 0.7.6-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 0.7.6-6 | amd64,arm64,armel,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
trixie | 0.7.6-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
SMALT efficiently aligns DNA sequencing reads with a reference genome.
Reads from a wide range of sequencing platforms, for example Illumina,
Roche-454, Ion Torrent, PacBio or ABI-Sanger, can be processed including
paired reads.
The software employs a perfect hash index of short words (< 20
nucleotides long), sampled at equidistant steps along the genomic
reference sequences.
For each read, potentially matching segments in the reference are
identified from seed matches in the index and subsequently aligned with
the read using a banded Smith-Waterman algorithm.
The best gapped alignments of each read is reported including a score
for the reliability of the best mapping. The user can adjust the
trade-off between sensitivity and speed by tuning the length and spacing
of the hashed words.
A mode for the detection of split (chimeric) reads is provided.
Multi-threaded program execution is supported.
|
|
smrtanalysis
software suite for single molecule, real-time sequencing
|
Versions of package smrtanalysis |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 0~20210111 | all |
bookworm | 0~20210112 | all |
stretch | 0~20161126 | all |
sid | 0~20210112 | all |
|
License: DFSG free
|
SMRT® Analysis is a powerful, open-source bioinformatics software suite
available for analysis of DNA sequencing data from Pacific Biosciences’
SMRT technology. Users can choose from a variety of analysis protocols that
utilize PacBio® and third-party tools. Analysis protocols include de novo
genome assembly, cDNA mapping, DNA base-modification detection, and
long-amplicon analysis to determine phased consensus sequences.
This is a metapackage that depends on the components of SMRT Analysis.
|
|
snap-aligner
Scalable Nucleotide Alignment Program
|
Versions of package snap-aligner |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.0~beta.18+dfsg-3 | amd64,arm64 |
trixie | 2.0.3+dfsg-2 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
sid | 2.0.3+dfsg-2 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bullseye | 1.0.0+dfsg-2 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
stretch | 1.0~beta.18+dfsg-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
bookworm | 2.0.2+dfsg-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
|
License: DFSG free
|
SNAP is a new sequence aligner that is 3-20x faster and just as accurate as
existing tools like BWA-mem, Bowtie2 and Novoalign. It runs on commodity x86
processors, and supports a rich error model that lets it cheaply match reads
with more differences from the reference than other tools. This gives SNAP up
to 2x lower error rates than existing tools (in some cases) and lets it match
larger mutations that they may miss. SNAP also natively reads BAM, FASTQ, or
gzipped FASTQ, and natively writes SAM or BAM, with built-in sorting,
duplicate marking, and BAM indexing.
|
|
sniffles
structural variation caller using third-generation sequencing
|
Versions of package sniffles |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.0.7-1 | all |
buster | 1.0.11+ds-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.0.2+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.2-1 | all |
bullseye | 1.0.12b+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.2-1 | all |
upstream | 2.4 |
|
License: DFSG free
|
Sniffles is a structural variation (SV) caller using third-generation
sequencing data such as those from Pacific Biosciences or Oxford
Nanopore platforms. It detects all types of SVs using evidence from
split-read alignments, high-mismatch regions, and coverage analysis.
|
|
snp-sites
code binaire pour le paquet snp-sites
|
Versions of package snp-sites |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2.5.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.5.1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.5.0-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 2.5.1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.5.1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 2.4.1-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.3.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
Ce programme découvre les positions de polymorphisme d'un seul nucléotide
(SNP) dans les fichiers d’entrée au format multi-fasta (pouvant être
compressés). Sa sortie peut être dans divers formats largement utilisés
(Multi Fasta Alignment, Vcf, phylip).
Ce logiciel a été développé à l’institut Wellcome Trust Sanger.
Un polymorphisme d’un seul nucléotide (SNP, prononcé snip, pluriel snips)
est une variation de séquence d’ADN se produisant lorsque un seul
nucléotide — A, T, C ou G — dans le génome (ou une autre séquence
partagée) diffère entre membres d’une espèce biologique ou de paire de
chromosomes. Par exemple, deux fragments d’ADN séquencés de deux individus
différents, AAGCCTA à AAGCTTA, contiennent une différence dans un seul
nucléotide. Dans ce cas, il y a deux allèles. La plupart des SNP communs
ont seulement deux allèles.
Topics: Genetic variation
|
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snpomatic
logiciel de mappage strict et rapide de « lectures courtes »
|
Versions of package snpomatic |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.0-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.0-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.0-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.0-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
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Les technologies de séquençage à haut débit génèrent de grandes quantités
de courtes lectures. Leur mappage vers une séquence de référence consomme
de grandes quantités de temps de processeur et de mémoire et les erreurs
de mappage de lectures peuvent conduire à des alignements bruités ou
incorrects.
SNP-o-matic est un logiciel de mappage strict de « lectures courtes ». Il
gère un grand nombre de types et de formats de sortie pour des
utilisations dans le filtrage de lectures, les alignements, les appels de
création de génotypes basés sur les séquences, le réassemblage assisté de
contigs, etc.
Please cite:
Heinrich Magnus Manske and Dominic P. Kwiatkowski:
SNP-o-matic.
(PubMed,eprint)
Bioinformatics
25(18):2434-2435
(2009)
Topics: Genetic variation; Mapping
|
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soapdenovo
méthode d'assemblage de lectures courtes pour construire une ébauche d’assemblage de novo
|
Versions of package soapdenovo |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.05-6 | amd64 |
sid | 1.05-6 | amd64 |
trixie | 1.05-6 | amd64 |
jessie | 1.05-2 | amd64 |
stretch | 1.05-3 | amd64 |
buster | 1.05-5 | amd64 |
bullseye | 1.05-6 | amd64 |
|
License: DFSG free
|
Le logiciel SOAPdenovo est une nouvelle méthode d'assemblage à lectures courtes
qui peut construire une ébauche d’assemblage de novo pour les génomes de taille
humaine. Le logiciel est spécialement conçu pour assembler les lectures courtes
de la machine Genome Analyzer de l'entreprise Illumina.
Il crée de nouvelles opportunités pour la construction de séquences de référence
et la réalisation d’analyses précises de génomes inexplorés de manière
économique.
Cette version n’est plus entretenue, soapdenovo2 est à envisager.
Please cite:
Ruiqiang Li, Hongmei Zhu, Jue Ruan, Wubin Qian, Xiaodong Fang, Zhongbin Shi, Yingrui Li, Shengting Li, Gao Shan, Karsten Kristiansen, Songgang Li, Huanming Yang, Jian Wang and Jun Wang:
De novo assembly of human genomes with massively parallel short read sequencing.
(PubMed,eprint)
Genome Research
20(2):265-72
(2009)
|
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soapdenovo2
méthode d'assemblage de lectures courtes pour construire un assemblage brouillon de novo
|
Versions of package soapdenovo2 |
Release | Version | Architectures |
buster | 241+dfsg-3 | amd64 |
sid | 242+dfsg-4 | amd64 |
trixie | 242+dfsg-4 | amd64 |
jessie | 240+dfsg-2 | amd64 |
stretch | 240+dfsg1-2 | amd64 |
bookworm | 242+dfsg-3 | amd64 |
bullseye | 242+dfsg-1 | amd64 |
|
License: DFSG free
|
Le logiciel SOAPdenovo est une nouvelle méthode d'assemblage à lectures
courtes qui peut construire un assemblage brouillon de novo pour les génomes
de taille humaine. Le logiciel est spécialement conçu pour assembler les
lectures courtes de la machine Genome Analyzer IIx de l'entreprise Illumina.
Il crée de nouvelles opportunités pour la construction de séquences de
référence et la réalisation des analyses précises des génomes inexplorés de
manière économique.
Please cite:
Ruibang Luo, Binghang Liu, Yinlong Xie, Zhenyu Li, Weihua Huang, Jianying Yuan, Guangzhu He, Yanxiang Chen, Qi Pan, Yunjie Liu, Jingbo Tang, Gengxiong Wu, Hao Zhang, Yujian Shi, Yong Liu, Chang Yu, Bo Wang, Yao Lu, Changlei Han, David W Cheung, Siu-Ming Yiu, Shaoliang Peng, Zhu Xiaoqian, Guangming Liu, Xiangke Liao, Yingrui Li, Huanming Yang, Jian Wang, Tak-Wah Lam and Jun Wang:
SOAPdenovo2: an empirically improved memory-efficient short-read de novo assembler.
Giga Science
1(1):18
(2012)
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sortmerna
tool for filtering, mapping and OTU-picking NGS reads
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Versions of package sortmerna |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 4.3.6-2 | amd64,i386 |
bullseye | 2.1-5 | amd64,i386 |
buster | 2.1-3 | amd64,i386 |
stretch | 2.1-1 | amd64,i386 |
sid | 4.3.7-1 | amd64,i386 |
trixie | 4.3.7-1 | amd64,i386 |
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License: DFSG free
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SortMeRNA is a biological sequence analysis tool for filtering, mapping and
OTU-picking NGS reads. The core algorithm is based on approximate seeds and
allows for fast and sensitive analyses of nucleotide sequences. The main
application of SortMeRNA is filtering rRNA from metatranscriptomic data.
Additional applications include OTU-picking and taxonomy assignation available
through QIIME v1.9+ (http://qiime.org - v1.9.0-rc1).
SortMeRNA takes as input a file of reads (fasta or fastq format) and one or
multiple rRNA database file(s), and sorts apart rRNA and rejected reads into
two files specified by the user. Optionally, it can provide high quality local
alignments of rRNA reads against the rRNA database. SortMeRNA works with
Illumina, 454, Ion Torrent and PacBio data, and can produce SAM and
BLAST-like alignments.
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
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spades
assembleur génomique pour des ensembles de données de « single-cell » et « isolates »
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Versions of package spades |
Release | Version | Architectures |
stretch-backports | 3.12.0+dfsg-1~bpo9+1 | amd64 |
sid | 3.15.5+dfsg-7 | amd64 |
trixie | 3.15.5+dfsg-7 | amd64 |
bookworm | 3.15.5+dfsg-2 | amd64 |
bullseye | 3.13.1+dfsg-2 | amd64 |
stretch-backports-sloppy | 3.13.1+dfsg-2~bpo9+1 | amd64 |
buster | 3.13.0+dfsg2-2 | amd64 |
stretch | 3.9.1+dfsg-1 | amd64 |
experimental | 4.0.0+dfsg1-1 | amd64 |
upstream | 4.0.0 |
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License: DFSG free
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SPAdes (assembleur de génome de Saint-Pétersbourg) est conçu pour à la fois
les assemblages de MDA bactériens isolés standard et ceux de cellule unique.
Il fonctionne avec les lectures d’Illumina ou IonTorrent et peut fournir des
assemblages hybrides en utilisant des lectures de PacBio ou Sanger. Des
contigs supplémentaires peuvent être fournis pour être utilisés comme
lectures longues.
Ce paquet fournit aussi les tuyauteries supplémentaires suivantes :
– metaSPAdes, tuyauterie pour des ensembles de données métagénomiques ;
– plasmidSPAdes, tuyauterie pour l’extraction et l’assemblage de
plasmides à partir d’ensembles de données WGS ;
– metaplasmidSPAdes, tuyauterie pour l’extraction et l’assemblage de
plasmides à partir d’ensembles de données métagénomiques ;
– rnaSPAdes, assembleur de novo de transcriptome à partir le données de
séquençages d’ARN ;
– truSPAdes, module pour l’assemblage de codages à barres TruSeq ;
– biosyntheticSPAdes, module pour l’assemblage de groupes de gènes
biosynthétique avec des lectures appariés.
SPAdes fournit plusieurs exécutables autonomes avec une interface en ligne
de commande relativement simple : comptage k-mer (spades-kmercounter),
construction de graphe d’assemblages (spades-gbuilder) et lectures longues
vers un alignement de graphe (spades-gmapper).
Please cite:
Anton Bankevich, Sergey Nurk, Dmitry Antipov, Alexey A. Gurevich, Mikhail Dvorkin, Alexander S. Kulikov, Valery M. Lesin, Sergey I. Nikolenko, Son Pham, Andrey D. Prjibelski, Alexey V. Pyshkin, Alexander V. Sirotkin, Nikolay Vyahhi, Glenn Tesler, Max A. Alekseyev and Pavel A. Pevzner:
SPAdes: A New Genome Assembly Algorithm and Its Applications to Single-Cell Sequencing.
(PubMed,eprint)
Journal of Computational Biology
19(5):455-477
(2012)
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sprai
single-pass sequencing read accuracy improver
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Versions of package sprai |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 0.9.9.23+dfsg1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0.9.9.23+dfsg1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 0.9.9.22+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.9.9.23+dfsg1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 0.9.9.23+dfsg1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 0.9.9.23+dfsg-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
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License: DFSG free
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Sprai is a tool to correct sequencing errors in single-pass reads for
de novo assembly. It is originally designed for correcting sequencing
errors in single-molecule DNA sequencing reads, especially in Continuous
Long Reads (CLRs) generated by PacBio RS sequencers. The goal of Sprai is
not maximizing the accuracy of error-corrected reads. Instead, Sprai aims
at maximizing the continuity (i.e., N50 contig length) of assembled contigs
after error correction.
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sra-toolkit
utilities for the NCBI Sequence Read Archive
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Versions of package sra-toolkit |
Release | Version | Architectures |
experimental | 3.0.9+dfsg-6 | amd64,arm64 |
sid | 3.0.3+dfsg-9 | amd64,arm64 |
trixie | 3.0.3+dfsg-9 | amd64,arm64 |
jessie | 2.3.5-2+dfsg-1 | amd64,i386 |
bullseye | 2.10.9+dfsg-2 | amd64 |
buster | 2.9.3+dfsg-1 | amd64 |
bookworm | 3.0.3+dfsg-6~deb12u1 | amd64,arm64 |
stretch | 2.8.1-2+dfsg-2 | amd64,i386 |
upstream | 3.1.1 |
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License: DFSG free
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Tools for reading the SRA archive, generally by converting individual runs
into some commonly used format such as fastq.
The textual dumpers "sra-dump" and "vdb-dump" are provided in this
release as an aid in visual inspection. It is likely that their
actual output formatting will be changed in the near future to a
stricter, more formalized representation[s]. PLEASE DO NOT RELY UPON
THE OUTPUT FORMAT SEEN IN THIS RELEASE.
Other tools distributed in this package are:
abi-dump, abi-load
align-info
bam-load
cache-mgr
cg-load
copycat
fasterq-dump
fastq-dump, fastq-load
helicos-load
illumina-dump, illumina-load
kar
kdbmeta
latf-load
pacbio-load
prefetch
rcexplain
remote-fuser
sff-dump, sff-load
sra-pileup, sra-sort, sra-stat, srapath
srf-load
test-sra
vdb-config, vdb-copy, vdb-decrypt, vdb-encrypt, vdb-get, vdb-lock,
vdb-passwd, vdb-unlock, vdb-validate
The "help" information will be improved in near future releases, and
the tool options will become standardized across the set. More documentation
will also be provided documentation on the NCBI web site.
Tool options may change in the next release. Version 1 tool options
will remain supported wherever possible in order to preserve
operation of any existing scripts.
Please cite:
Rasko Leinonen, Ruth Akhtar, Ewan Birney, James Bonfield, Lawrence Bower, Matt Corbett, Ying Cheng, Fehmi Demiralp, Nadeem Faruque, Neil Goodgame, Richard Gibson, Gemma Hoad, Christopher Hunter, Mikyung Jang, Steven Leonard, Quan Lin, Rodrigo Lopez, Michael Maguire, Hamish McWilliam, Sheila Plaister, Rajesh Radhakrishnan, Siamak Sobhany, Guy Slater, Petra Ten Hoopen, Franck Valentin, Robert Vaughan, Vadim Zalunin, Daniel Zerbino and Guy Cochrane:
Improvements to services at the European Nucleotide Archive.
(PubMed,eprint)
Nucleic Acids Research
38(Database issue):D39-45
(2010)
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srst2
Short Read Sequence Typing for Bacterial Pathogens
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Versions of package srst2 |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 0.2.0-8 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
trixie | 0.2.0-12 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
stretch | 0.2.0-4 | amd64 |
buster | 0.2.0-6 | amd64 |
sid | 0.2.0-12 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bookworm | 0.2.0-9 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
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License: DFSG free
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This program is designed to take Illumina sequence data, a MLST database
and/or a database of gene sequences (e.g. resistance genes, virulence
genes, etc) and report the presence of STs and/or reference genes.
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ssake
application de génomique pour assembler des millions de séquences très courtes d’ADN
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Versions of package ssake |
Release | Version | Architectures |
buster | 4.0-2 | all |
bullseye | 4.0-3 | all |
bookworm | 4.0.1-1 | all |
stretch | 3.8.4-1 | all |
trixie | 4.0.1-2 | all |
sid | 4.0.1-2 | all |
jessie | 3.8.2-1 | all |
Debtags of package ssake: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology |
interface | shell |
role | program |
scope | utility |
use | analysing |
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License: DFSG free
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Short Sequence Assembly par recherche de K-mer et l’extension de troisième
lecture (SSAKE) est une application de génomique pour assembler
énergiquement des millions de séquences courtes de nucléotides en
recherchant progressivement les « 3′-most k-mers » en utilisant un arbre de
préfixes d’ADN. SSAKE est conçu pour aider à exploiter les informations de
lectures de courtes séquences en les regroupant rigoureusement dans des
contigs pouvant être utilisés pour caractériser les cibles de séquençage
nouvelles.
Topics: Sequence assembly
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stacks
pipeline for building loci from short-read DNA sequences
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Versions of package stacks |
Release | Version | Architectures |
sid | 2.68+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1.44-2 | amd64,arm64,armel,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
buster | 2.2+dfsg-1 | amd64,arm64,armhf |
bullseye | 2.55+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.62+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.68+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
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License: DFSG free
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Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences,
such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work
with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of
building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.
Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as:
$ stacks
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
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stringtie
assemble short RNAseq reads to transcripts
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Versions of package stringtie |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2.1.4+ds-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.2.1+ds-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.2.1+ds-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.2.1+ds-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
upstream | 2.2.3 |
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License: DFSG free
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The abundance of transcripts in a human tissue sample
can be determined by RNA sequencing. The exact sequence
sampled may be random, depending on the technology used.
And it may be short, i.e. shorter than the transcript.
At some point, many shorter reads need to be assembled
to the model the complete transcripts.
StringTie knows how to assemble of RNA-Seq into potential
transcripts without the need of a reference genome and
provides a quantification also of the splice variants.
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subread
boite à outils pour le traitement de données de séquençage de nouvelle génération
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Versions of package subread |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.0.3+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el |
buster-backports | 2.0.0+dfsg-1~bpo10+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el |
bullseye | 2.0.1+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el |
sid | 2.0.7+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64 |
trixie | 2.0.7+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64 |
stretch | 1.5.1+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el |
buster | 1.6.3+dfsg-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
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License: DFSG free
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L’aligneur Subread peut être utilisé pour les lectures de gDNA-seq et
RNA-seq. L’aligneur Subjunc a été conçu particulièrement pour la détection
de jonction exon-exon. Pour le mappage de lectures RNA-seq, Subread
réalise des alignements locaux et Subjunc réalise des alignements globaux.
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sumaclust
fast and exact clustering of genomic sequences
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Versions of package sumaclust |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.0.36+ds-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.0.36+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.0.20-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.0.31-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 1.0.36+ds-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
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License: DFSG free
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With the development of next-generation sequencing, efficient tools are
needed to handle millions of sequences in reasonable amounts of time.
Sumaclust is a program developed by the LECA. Sumaclust aims to cluster
sequences in a way that is fast and exact at the same time. This tool
has been developed to be adapted to the type of data generated by DNA
metabarcoding, i.e. entirely sequenced, short markers. Sumaclust
clusters sequences using the same clustering algorithm as UCLUST and CD-
HIT. This algorithm is mainly useful to detect the 'erroneous' sequences
created during amplification and sequencing protocols, deriving from
'true' sequences.
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sumatra
fast and exact comparison and clustering of sequences
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Versions of package sumatra |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 1.0.36+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.0.20-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.0.31-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 1.0.36+ds-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.0.36+ds-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
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License: DFSG free
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With the development of next-generation sequencing, efficient tools are
needed to handle millions of sequences in reasonable amounts of time.
Sumatra is a program developed by the LECA. Sumatra aims to compare
sequences in a way that is fast and exact at the same time. This tool
has been developed to be adapted to the type of data generated by DNA
metabarcoding, i.e. entirely sequenced, short markers. Sumatra computes
the pairwise alignment scores from one dataset or between two datasets,
with the possibility to specify a similarity threshold under which pairs
of sequences that have a lower similarity are not reported. The output
can then go through a classification process with programs such as MCL
or MOTHUR.
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tabix
indexeur générique pour fichiers de positions de génome, délimités par des tabulations
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Versions of package tabix |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.1-1 | amd64,armel,i386 |
stretch | 1.3.2-2 | amd64,arm64,armel,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
jessie | 0.2.6-2 | armhf |
sid | 1.20+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.20+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.16+ds-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.11-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.9-12~deb10u1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch-backports | 1.7-2~bpo9+1 | amd64,arm64,armel,armhf,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 1.21 |
Debtags of package tabix: |
role | program |
works-with-format | html |
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License: DFSG free
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Tabix indexe des fichiers où certaines colonnes indiquent les coordonnées de
séquence : nom (habituellement un chromosome), départ et fin. Le
fichier de données d'entrée doit être trié en fonction du positionnement et
compressé par bgzip (fourni dans ce paquet), qui a une interface similaire
à celle de gzip. Après indexation, tabix est en mesure de récupérer
rapidement les lignes de données par coordonnées chromosomiques. La
récupération rapide des données fonctionne aussi sur le réseau si une URI
est donnée comme nom de fichier.
Ce paquet a été compilé à partir du code source de HTSlib et fournit les outils bgzip, htsfile et tabix.
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transrate-tools
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Versions of package transrate-tools |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.0.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.0.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.0.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.0.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.0.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 1.0.0-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
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Transrate is a library and command-line tool for quality assessment of de-novo
transcriptome assemblies.
This package provides command line tools used by transrate to process BAM
files.
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trimmomatic
flexible read trimming tool for Illumina NGS data
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Versions of package trimmomatic |
Release | Version | Architectures |
buster | 0.38+dfsg-1 | all |
stretch | 0.36+dfsg-1 | all |
bullseye | 0.39+dfsg-2 | all |
sid | 0.39+dfsg-2 | all |
bookworm | 0.39+dfsg-2 | all |
jessie | 0.32+dfsg-4 | all |
trixie | 0.39+dfsg-2 | all |
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License: DFSG free
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Trimmomatic performs a variety of useful trimming tasks for illumina
paired-end and single ended data.The selection of trimming steps and
their associated parameters are supplied on the command line.
The current trimming steps are:
- ILLUMINACLIP: Cut adapter and other illumina-specific sequences from
the read.
- SLIDINGWINDOW: Perform a sliding window trimming, cutting once thes
average quality within the window falls below a threshold.
- LEADING: Cut bases off the start of a read, if below a threshold quality
- TRAILING: Cut bases off the end of a read, if below a threshold quality
- CROP: Cut the read to a specified length
- HEADCROP: Cut the specified number of bases from the start of the read
- MINLENGTH: Drop the read if it is below a specified length
- TOPHRED33: Convert quality scores to Phred-33
- TOPHRED64: Convert quality scores to Phred-64
It works with FASTQ (using phred + 33 or phred + 64 quality scores,
depending on the Illumina pipeline used), either uncompressed or
gzipp'ed FASTQ. Use of gzip format is determined based on the .gz
extension.
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
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trinityrnaseq
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Versions of package trinityrnaseq |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.15.2+dfsg-1 | amd64,arm64,ppc64el,riscv64 |
buster | 2.6.6+dfsg-6 | amd64 |
stretch | 2.2.0+dfsg-2 | amd64 |
bullseye | 2.11.0+dfsg-6 | amd64,arm64 |
sid | 2.15.2+dfsg-1 | amd64,arm64,ppc64el,riscv64 |
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License: DFSG free
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Trinity represents a novel method for the efficient and robust de novo
reconstruction of transcriptomes from RNA-seq data. Trinity combines three
independent software modules: Inchworm, Chrysalis, and Butterfly, applied
sequentially to process large volumes of RNA-seq reads. Trinity partitions
the sequence data into many individual de Bruijn graphs, each representing the
transcriptional complexity at a given gene or locus, and then processes
each graph independently to extract full-length splicing isoforms and to tease
apart transcripts derived from paralogous genes.
Please cite:
Manfred G Grabherr, Brian J Haas, Moran Yassour, Joshua Z Levin, Dawn A Thompson, Ido Amit, Xian Adiconis, Lin Fan, Raktima Raychowdhury, Qiandong Zeng, Zehua Chen, Evan Mauceli, Nir Hacohen, Andreas Gnirke, Nicholas Rhind, Federica di Palma, Bruce W Birren, Chad Nusbaum, Kerstin Lindblad-Toh, Nir Friedman and Aviv Regev:
Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome..
(PubMed)
Nature Biotechnology
29(7):644-652
(2011)
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uc-echo
error correction algorithm designed for short-reads from NGS
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Versions of package uc-echo |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.12-19 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.12-7 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.12-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.12-11 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.12-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.12-18 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.12-19 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
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License: DFSG free
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ECHO is an error correction algorithm designed for short-reads
from next-generation sequencing platforms such as Illumina's
Genome Analyzer II. The algorithm uses a Bayesian framework to
improve the quality of the reads in a given data set by employing
maximum a posteriori estimation.
Topics: Data management; Sequencing
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vcftools
Collection of tools to work with VCF files
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Versions of package vcftools |
Release | Version | Architectures |
stretch | 0.1.14+dfsg-4+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.1.16-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 0.1.16-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.1.12+dfsg-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 0.1.16-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 0.1.16-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie-security | 0.1.12+dfsg-1+deb8u1 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 0.1.16-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package vcftools: |
role | program |
|
License: DFSG free
|
VCFtools is a program package designed for working with VCF files, such as
those generated by the 1000 Genomes Project. The aim of VCFtools is to
provide methods for working with VCF files: validating, merging, comparing
and calculate some basic population genetic statistics.
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
Please cite:
Petr Danecek, Adam Auton, Goncalo Abecasis, Cornelis A. Albers, Eric Banks, Mark A. DePristo, Robert E. Handsaker, Gerton Lunter, Gabor T. Marth, Stephen T. Sherry, Gilean McVean and Richard Durbin:
The variant call format and VCFtools.
(PubMed,eprint)
Bioinformatics
27(15):2156-8
(2011)
|
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velvet
Nucleic acid sequence assembler for very short reads
|
Versions of package velvet |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.2.10+dfsg1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.2.10+dfsg1-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.2.10+dfsg1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.2.10+dfsg1-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1.2.10+dfsg1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.2.10+dfsg1-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.2.10+dfsg1-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package velvet: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
use | analysing |
|
License: DFSG free
|
Velvet is a de novo genomic assembler specially designed for short read
sequencing technologies, such as Solexa or 454, developed by Daniel Zerbino and
Ewan Birney at the European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), near
Cambridge, in the United Kingdom.
Velvet currently takes in short read sequences, removes errors then produces
high quality unique contigs. It then uses paired read information, if
available, to retrieve the repeated areas between contigs.
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velvet-long
Nucleic acid sequence assembler for very short reads, long version
|
Versions of package velvet-long |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.2.10+dfsg1-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 1.2.10+dfsg1-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.2.10+dfsg1-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.2.10+dfsg1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.2.10+dfsg1-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.2.10+dfsg1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.2.10+dfsg1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
Velvet is a de novo genomic assembler specially designed for short read
sequencing technologies, such as Solexa or 454, developed by Daniel Zerbino and
Ewan Birney at the European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), near
Cambridge, in the United Kingdom.
Velvet currently takes in short read sequences, removes errors then produces
high quality unique contigs. It then uses paired read information, if
available, to retrieve the repeated areas between contigs.
This package installs special long-mode versions of Velvet, as recommended
in the Velvet tutorials.
|
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velvetoptimiser
automatically optimise Velvet do novo assembly parameters
|
Versions of package velvetoptimiser |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.2.6-2 | all |
stretch | 2.2.5-5 | all |
jessie | 2.2.5-2 | all |
sid | 2.2.6-5 | all |
trixie | 2.2.6-5 | all |
bookworm | 2.2.6-5 | all |
bullseye | 2.2.6-3 | all |
|
License: DFSG free
|
VelvetOptimiser is a multi-threaded Perl script for automatically optimising
the three primary parameter options (K, -exp_cov, -cov_cutoff) for the Velvet
de novo sequence assembler.
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vsearch
tool for processing metagenomic sequences
|
Versions of package vsearch |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2.15.2-3 | amd64,arm64,ppc64el |
stretch | 2.3.4-1 | amd64 |
sid | 2.29.0-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
buster | 2.10.4-1 | amd64 |
trixie | 2.29.0-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bookworm | 2.22.1-1 | amd64,arm64,ppc64el |
|
License: DFSG free
|
Versatile 64-bit multithreaded tool for processing metagenomic sequences,
including searching, clustering, chimera detection, dereplication, sorting,
masking and shuffling
The aim of this project is to create an alternative to the USEARCH tool
developed by Robert C. Edgar (2010). The new tool should:
- have a 64-bit design that handles very large databases and much more
than 4GB of memory
- be as accurate or more accurate than usearch
- be as fast or faster than usearch
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wham-align
Wisconsin's High-Throughput Alignment Method
|
Versions of package wham-align |
Release | Version | Architectures |
sid | 0.1.5-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 0.1.5-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.1.5-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.1.5-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
This package provides functionality analogous to BWA or
bowtie in aligning reads from next-generation DNA sequencing
machines against a reference genome.
Please cite:
Yinan Li, Allie Terrell and Jignesh M. Patel:
WHAM: A High-throughput Sequence Alignment Method
(eprint)
Proceedings of the ACM SIGMOD International Conference on Management of Data, SIGMOD 2011, Athens, Greece
(2011)
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wigeon
reimplementation of the Pintail 16S DNA anomaly detection utility
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Versions of package wigeon |
Release | Version | Architectures |
trixie | 20101212+dfsg1-6 | all |
buster | 20101212+dfsg1-2 | all |
bullseye | 20101212+dfsg1-4 | all |
bookworm | 20101212+dfsg1-5 | all |
stretch | 20101212+dfsg1-1 | all |
sid | 20101212+dfsg1-6 | all |
jessie | 20101212+dfsg-1 | all |
|
License: DFSG free
|
WigeoN examines the sequence conservation between a query and a trusted
reference sequence, both in NAST alignment format. Based on the sequence
identity between the query and the reference sequence, there is an
expected amount of variation among the alignment. If the observed
variation is greater than the 95% quantile of the distribution of
variation observed between non-anomalous sequences, then it is flagged
as an anomaly.
WigeoN is a flexible command-line based reimplementation of the Pintail
algorithm Appl Environ Microbiol. 2005 Dec;7112:7724-36.
WigeoN is useful for flagging chimeras and anomalies only in near
full-length 16S rRNA sequences. WigeoN lacks sensitivity with sequences
less than 1000 bp.
To run WigeoN, you need NAST-formatted sequences generated by the
nast-ier utility.
WigeoN is part of the microbiomeutil suite.
Please cite:
Brian J. Haas, Dirk Gevers, Ashlee M. Earl, Mike Feldgarden, Doyle V. Ward, Georgia Giannoukos, Dawn Ciulla, Diana Tabbaa, Sarah K. Highlander, Erica Sodergren, Barbara Methé, Todd Z. DeSantis, The Human Microbiome Consortium, Joseph F. Petrosino, Rob Knight and Bruce W. Birren:
Chimeric 16S rRNA sequence formation and detection in Sanger and 454-pyrosequenced PCR amplicons.
(PubMed,eprint)
Genome Research
21(3):494-504
(2011)
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Official Debian packages with lower relevance
nanolyse
remove lambda phage reads from a fastq file
|
Versions of package nanolyse |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.2.0-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.2.0-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.2.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.2.0-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
NanoLyse is a tool for rapid removal of contaminant DNA, using the
Minimap2 aligner through the mappy Python binding. A typical application
would be the removal of the lambda phage control DNA fragment supplied
by ONT, for which the reference sequence is included in the package.
However, this approach may lead to unwanted loss of reads from regions
highly homologous to the lambda phage genome.
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python3-anndata
annotated gene by sample numpy matrix
|
Versions of package python3-anndata |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 0.8.0-4 | all |
sid | 0.10.6-1 | all |
bullseye | 0.7.5+ds-3 | all |
upstream | 0.10.9 |
|
License: DFSG free
|
AnnData provides a scalable way of keeping track of data together
with learned annotations. It is used within Scanpy, for which it was
initially developed. Both packages have been introduced in Genome
Biology (2018).
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r-bioc-isoformswitchanalyzer
Identify, Annotate and Visualize Alternative Splicing and
|
Versions of package r-bioc-isoformswitchanalyzer |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.4.0+ds-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.20.0+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.4.0+ds-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
Isoform Switches with Functional Consequences from both short- and
long-read RNA-seq data. Analysis of alternative splicing and
isoform switches with predicted functional consequences (e.g.
gain/loss of protein domains etc.) from quantification of all
types of RNASeq by tools such as Kallisto, Salmon, StringTie,
Cufflinks/Cuffdiff etc.
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Debian packages in contrib or non-free
bcbio
toolkit for analysing high-throughput sequencing data
|
Versions of package bcbio |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.2.9-2 (contrib) | all |
bullseye | 1.2.5-1 (contrib) | all |
bookworm | 1.2.9-2 (contrib) | all |
buster | 1.1.2-3 | all |
|
License: DFSG free, but needs non-free components
|
This package installs the command line tools of the bcbio-nextgen
toolkit implementing best-practice pipelines for fully automated high
throughput sequencing analysis.
A high-level configuration file specifies inputs and analysis parameters
to drive a parallel pipeline that handles distributed execution,
idempotent processing restarts and safe transactional steps. The project
contributes a shared community resource that handles the data processing
component of sequencing analysis, providing researchers with more time
to focus on the downstream biology.
This package builds and having it in Debian unstable helps the Debian
developers to synchronize their efforts. But unless a series of external
dependencies are not installed manually, the functionality of bcbio in
Debian is only a shadow of itself. Please use the official distribution
of bcbio for the time being, which means "use conda". The TODO file in
the Debian directory should give an overview on progress for Debian
packaging.
|
cufflinks
Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq
|
Versions of package cufflinks |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.2.1+dfsg.1-9 (non-free) | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 2.2.1-3 (non-free) | amd64 |
jessie | 2.2.1-1 (non-free) | amd64 |
trixie | 2.2.1+dfsg.1-10 (non-free) | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 2.2.1+dfsg.1-3 (non-free) | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 2.2.1+dfsg.1-10 (non-free) | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 2.2.1+dfsg.1-8 (non-free) | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: non-free
|
Cufflinks assembles transcripts, estimates their abundances, and
tests for differential expression and regulation in RNA-Seq samples.
It accepts aligned RNA-Seq reads and assembles the alignments into a
parsimonious set of transcripts. Cufflinks then estimates the
relative abundances of these transcripts based on how many reads
support each one.
This package provides the binary of cufflinks and associated tools, i.e.
compress_gtf, cuffcompare, cuffdiff, cuffmerge, cuffnorm, cuffquant and
gtf_to_sam.
|
vdjtools
framework for post-analysis of B/T cell repertoires
|
Versions of package vdjtools |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.2.1+git20190311+repack-2 (non-free) | all |
bookworm | 1.2.1+git20190311+repack-1 (non-free) | all |
bullseye | 1.2.1+git20190311-5 (non-free) | all |
sid | 1.2.1+git20190311+repack-2 (non-free) | all |
|
License: non-free
|
VDJtools is an open-source Java/Groovy-based framework designed
to facilitate analysis of immune repertoire sequencing (RepSeq)
data. VDJtools computes a wide set of statistics and is able to perform
various forms of cross-sample analysis. Both comprehensive tabular
output and publication-ready plots are provided.
The main aims of the VDJtools Project are:
- To ensure consistency between post-analysis methods and results
- To save the time of bioinformaticians analyzing RepSeq data
- To create an API framework facilitating development of new RepSeq
analysis applications
- To provide a simple enough command line tool so it could be used by
immunologists and biologists with little computational background
Please cite:
M Shugay, D.V. Bagaev, M.A. Turchaninova, D.A. Bolotin, O.V. Britanova, E.V. Putintseva, M.V. Pogorelyy, V.I. Nazarov VI, I.V. Zvyagin, V.I. Kirgizova, K.I. Kirgizov, E.V. Skorobogatova and D.M. Chudakov:
VDJtools: Unifying Post-analysis of T Cell Receptor Repertoires.
(PubMed,eprint)
PLoS Comput Biol.
11(11):e1004503
(2015)
|
Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS
graphmap2
highly sensitive and accurate mapper for long, error-prone reads
|
Versions of package graphmap2 |
Release | Version | Architectures |
VCS | 0.6.4-1 | all |
|
License: MIT
Debian package not available
Version: 0.6.4-1
|
GraphMap2 is a highly sensitive and accurate mapper for long, error-
prone reads. The mapping algorithm is designed to analyse nanopore
sequencing reads, which progressively refines candidate alignments to
robustly handle potentially high-error rates and a fast graph traversal
to align long reads with speed and high precision (>95%). Evaluation on
MinION sequencing data sets against short- and long-read mappers
indicates that GraphMap increases mapping sensitivity by 10–80% and maps
95% of bases. GraphMap alignments enabled single-nucleotide variant
calling on the human genome with increased sensitivity (15%) over the
next best mapper, precise detection of structural variants from length
100 bp to 4 kbp, and species and strain-specific identification of
pathogens using MinION reads.
|
mosaik-aligner
reference-guided aligner for next-generation sequencing
|
Versions of package mosaik-aligner |
Release | Version | Architectures |
VCS | 2.2.30+20140627-1 | all |
|
License: MIT
Debian package not available
Version: 2.2.30+20140627-1
|
MosaikBuild converts various sequence formats into Mosaik’s native read
format. MosaikAligner pairwise aligns each read to a specified series of
reference sequences. MosaikSort resolves paired-end reads and sorts the
alignments by the reference sequence coordinates. Finally, MosaikText
converts alignments to different text-based formats.
At this time, the workflow consists of supplying sequences in FASTA,
FASTQ, Illumina Bustard & Gerald, or SRF file formats and producing
results in the BLAT axt, the BAM/SAM, the UCSC Genome Browser bed, or
the Illumina ELAND formats.
|
nanoplot
plotting scripts for long read sequencing data
|
Versions of package nanoplot |
Release | Version | Architectures |
VCS | 1.36.2-1 | all |
|
License: MIT
Debian package not available
Version: 1.36.2-1
|
NanoPlot provides plotting scripts for long read sequencing data.
These scripts perform data extraction from Oxford Nanopore sequencing data
in the following formats:
- fastq files (optionally compressed)
- fastq files generated by albacore, guppy or MinKNOW containing additional
information (optionally compressed)
- sorted bam files
- sequencing_summary.txt output table generated by albacore, guppy or
MinKnow basecalling (optionally compressed)
- fasta files (optionally compressed)
- multiple files of the same type can be offered simultaneously
|
r-bioc-mofa2
Multi-Omics Factor Analysis v2
|
Versions of package r-bioc-mofa2 |
Release | Version | Architectures |
VCS | 1.2.2+ds-1 | all |
|
License: GPL-2+
Debian package not available
Version: 1.2.2+ds-1
|
The MOFA2 package contains a collection of tools for training and
analysing multi-omic factor analysis (MOFA). MOFA is a probabilistic
factor model that aims to identify principal axes of variation from data
sets that can comprise multiple omic layers and/or groups of samples.
Additional time or space information on the samples can be incorporated
using the MEFISTO framework, which is part of MOFA2. Downstream analysis
functions to inspect molecular features underlying each factor,
vizualisation, imputation etc are available.
|
umap
quantify genome and methylome mappability
|
Versions of package umap |
Release | Version | Architectures |
VCS | 1.0.0-1 | all |
|
License: GPL-3.0
Debian package not available
Version: 1.0.0-1
|
Umap identifies uniquely mappable regions of any genome. Its Bismap
extension identifies mappability of the bisulfite converted
genome (methylome).
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No known packages available
annovar
annotate genetic variants detected from diverse genomes
|
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License: Open Source for non-profit
Debian package not available
|
ANNOVAR is an efficient software tool to utilize update-to-date information
to functionally annotate genetic variants detected from diverse genomes
(including human genome hg18, hg19, as well as mouse, worm, fly, yeast and
many others). Given a list of variants with chromosome, start position, end
position, reference nucleotide and observed nucleotides, ANNOVAR can perform:
1. Gene-based annotation: identify whether SNPs or CNVs cause protein coding
changes and the amino acids that are affected. Users can flexibly use RefSeq
genes, UCSC genes, ENSEMBL genes, GENCODE genes, or many other gene definition
systems.
2. Region-based annotations: identify variants in specific genomic regions,
for example, conserved regions among 44 species, predicted transcription
factor binding sites, segmental duplication regions, GWAS hits, database
of genomic variants, DNAse I hypersensitivity sites, ENCODE
H3K4Me1/H3K4Me3/H3K27Ac/CTCF sites, ChIP-Seq peaks, RNA-Seq peaks, or many
other annotations on genomic intervals.
3. Filter-based annotation: identify variants that are reported in dbSNP,
or identify the subset of common SNPs (MAF>1%) in the 1000 Genome Project,
or identify subset of non-synonymous SNPs with SIFT score>0.05, or many
other annotations on specific mutations.
4. Other functionalities: Retrieve the nucleotide sequence in any
user-specific genomic positions in batch, identify a candidate gene list
for Mendelian diseases from exome data, identify a list of SNPs from
1000 Genomes that are in strong LD with a GWAS hit, and many other
creative utilities.
In a modern desktop computer (3GHz Intel Xeon CPU, 8Gb memory), for
4.7 million variants, ANNOVAR requires ~4 minutes to perform
gene-based functional annotation, or ~15 minutes to perform stepwise
"variants reduction" procedure, making it practical to handle hundreds
of human genomes in a day.
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forge
genome assembler for mixed read types
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License: Apache 2.0
Debian package not available
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Forge Genome Assembler is a parallel, MPI based genome assembler for
mixed read types.
Forge is a classic "Overlap layout consensus" genome assembler written
by Darren Platt and Dirk Evers. Implemented in C++ and using the
parallel MPI library, it runs on one or more machines in a network and
can scale to very large numbers of reads provided there is enough
collective memory on the machines used. It generates a full consensus
alignment of all reads, can handle mixtures of sanger, 454 and illumina
reads. There is some support for solid color space and it includes built
in tools for vector trimming and contamination screening.
Forge and was originally developed at Exelixis and they have kindly
agreed to place the software which underwent much subsequent development
outside Exelixis, into the public domain. Forge works with most of the
common MPI implementations.
|
|