Debian Med Project
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Summary
Biology development
pacchetti Debian Med per lo sviluppo di applicazioni per la microbiologia

Questo metapacchetto installa pacchetti Debian che possono essere utili per lo sviluppo di applicazioni per la ricerca microbiologica.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Med to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Med mailing list

Links to other tasks

Debian Med Biology development packages

Official Debian packages with high relevance

Bioperl
strumenti Perl per biologia molecolare computazionale
Versions of package bioperl
ReleaseVersionArchitectures
squeeze1.6.1-2all
wheezy1.6.901-3all
jessie1.6.922-1all
sid1.6.922-1all
jessie1.6.923-1all
sid1.6.923-1all
jessie1.6.924-1all
sid1.6.924-2all
stretch1.6.924-3all
sid1.6.924-3all
Debtags of package bioperl:
devellang:perl, library
fieldbiology, biology:bioinformatics
roledevel-lib, shared-lib
Popcon: 108 users (20 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

Il progetto Bioperl è uno sforzo coordinato per raccogliere metodi computazionali comunemente utilizzati in bioinformatica in un insieme di moduli Perl standard in stile CPAN ben documentati e liberamente disponibili. È ben accettato dalla comunità ed è usato da molti progetti di alto profilo, ad esempio Ensembl.

I pacchetti raccomandati sono necessari per eseguire alcuni dei binari inclusi; per una spiegazione dettagliata che include gli specifici moduli Perl inclusi, vedere README.Debian.

Il pacchetto suggerito migliora le pagine del manuale.

Please cite: Jason E Stajich, David Block, Kris Boulez, Steven E Brenner, Stephen A Chervitz, Chris Dagdigian, Georg Fuellen, James G R Gilbert, Ian Korf, Hilmar Lapp, Heikki Lehvaslaiho, Chad Matsalla, Chris J Mungall, Brian I Osborne, Matthew R Pocock, Peter Schattner, Martin Senger, Lincoln D Stein, Elia Stupka, Mark D Wilkinson and Ewan Birney: The Bioperl toolkit: Perl modules for the life sciences.. (PubMed,eprint) Genome Res. 12(10):1611-1618 (2002)
Bioperl-run
wrapper BioPerl: script
Versions of package bioperl-run
ReleaseVersionArchitectures
squeeze1.6.1-1all
wheezy1.6.9-1all
jessie1.6.9-1all
sid1.6.9-1all
jessie1.6.9-2all
sid1.6.9-2all
stretch1.6.9-3all
sid1.6.9-3all
Debtags of package bioperl-run:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
Popcon: 12 users (22 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

Contiene script dal pacchetto BioPerl-Run. Questo pacchetto installa anche tutte le applicazioni pacchettizzate in Debian per cui possono essere creati wrapper; quelle che non sono Libere sono "Consigliate" da questo pacchetto.

The package is enhanced by the following packages: clustalw exonerate kalign mcl phyml
Biosquid
utilità per l'analisi di sequenze biologiche
Versions of package biosquid
ReleaseVersionArchitectures
squeeze1.9g+cvs20050121-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.9g+cvs20050121-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.9g+cvs20050121-2s390
sid1.9g+cvs20050121-2s390
jessie1.9g+cvs20050121-3ia64,sparc
sid1.9g+cvs20050121-3ia64
jessie1.9g+cvs20050121-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
sid1.9g+cvs20050121-4sparc
stretch1.9g+cvs20050121-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
sid1.9g+cvs20050121-5amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
Debtags of package biosquid:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usecomparing, converting, editing
Popcon: 16 users (18 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

SQUID è una libreria di funzioni in C per l'analisi delle sequenze. Include molti piccoli programmi di utilità per convertire, mostrare statistiche, manipolare e fare altre operazioni sui file di sequenza.

Il nome originale del pacchetto è "squid" ma, visto che già era presente un pacchetto squid nell'archivio (il server proxy), è stato rinominato in "biosquid".

Questo pacchetto contiene alcuni strumenti per dimostrare le funzionalità della libreria SQUID.

Libai-fann-perl
wrapper Perl per la libreria FANN
Versions of package libai-fann-perl
ReleaseVersionArchitectures
wheezy0.10-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.10-1ia64,s390
sid0.10-1ia64,s390
jessie0.10-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x,sparc
sid0.10-2sparc
stretch0.10-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
sid0.10-3amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
Debtags of package libai-fann-perl:
devellang:perl, library
Popcon: 10 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Questo modulo fornisce un wrapper Perl per la libreria FANN (Fast Artificial Neural Network) (http://leenissen.dk/fann/wp/).

L'interfaccia orientata agli oggetti AI::FANN fornisce una mappatura quasi diretta all'API della libreria C.

Libbio-mage-perl
Container module for classes in the MAGE package: MAGE
Versions of package libbio-mage-perl
ReleaseVersionArchitectures
squeeze20030502.3-2all
wheezy20030502.3-2all
jessie20030502.3-2all
sid20030502.3-2all
jessie20030502.3-3all
stretch20030502.3-3all
sid20030502.3-3all
Debtags of package libbio-mage-perl:
fieldbiology, biology:bioinformatics
roledevel-lib
Popcon: 2 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

MAGE-TAB (MicroArray Gene Expression Tabular) format is a standard from the Microarray Gene Expression Data Society (MGED). This package contains Perl modules in the Bio::MAGE hierarchy to manipulate MIAME-compliant (Minimum Information About a Microarray Experiment) records of microarray ("DNA chips") experiments.

The Bio::MAGE module contains the following Bio::MAGE classes:

  • NameValueType
  • Extendable
  • Identifiable
  • Describable
Libbiojava-java
API Java per applicazioni e dati biologici (versione predefinita)
Versions of package libbiojava-java
ReleaseVersionArchitectures
squeeze1.7.1-1all
wheezy1.7.1-2all
jessie1.7.1-3all
sid1.7.1-3all
jessie1.7.1-4all
sid1.7.1-4all
jessie1.7.1-5all
stretch1.7.1-5all
sid1.7.1-5all
upstream1.9.1
Debtags of package libbiojava-java:
devellang:java, library
fieldbiology, biology:bioinformatics
roledevel-lib
Popcon: 12 users (10 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Svn

BioJava è un progetto open source dedicato a fornire un'infrastruttura Java per elaborare dati biologici. Include oggetti per manipolare sequenze, analizzatori di file, supporto per client e server DAS, accesso a database BioSQL ed Ensembl e potenti procedure di analisi e di statistica incluso un toolkit per programmazione dinamica.

BioJava è fornito da una vibrante comunità che si incontra annualmente alla Bioinformatics Open Source Conference (BOSC) che tradizionalmente accompagna l'incontro Intelligent Systems in Molecular Biology (ISMB). Come BioPerl, l'impiego di questa libreria è inestimabile per chiunque sia attivo nel campo grazie ai molti trucchi del mestiere che si imparano semplicemente comunicando sulla mailing list.

Questo pacchetto è un wrapper che dovrebbe permettere aggiornamenti senza problemi alle nuove versioni.

Please cite: R. C. G. Holland, T. Down, M. Pocock, A. Prlićand D. Huen, K. James, S. Foisy, A. Dräger, A. Yates, M. Heuer and M. J. Schreiber: BioJava: an Open-Source Framework for Bioinformatics. (PubMed,eprint) Bioinformatics 24(18):2096-2097 (2008)
Libbiojava3-java
API Java per applicazioni e dati biologici (versione predefinita)
Versions of package libbiojava3-java
ReleaseVersionArchitectures
wheezy3.0.4-1all
jessie3.0.5-4all
sid3.0.5-4all
jessie3.0.7+dfsg-1all
sid3.0.7+dfsg-1all
jessie3.1.0+dfsg-2all
stretch3.1.0+dfsg-2all
sid3.1.0+dfsg-2all
upstream5.0.0-alpha3
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Svn

BioJava è un progetto open source dedicato a fornire un'infrastruttura Java per elaborare dati biologici. Include oggetti per manipolare sequenze, analizzatori di file, gestione server, accesso a database BioSQL e Ensembl e potenti funzioni analitiche e statistiche incluso un toolkit di programmazione dinamica.

BioJava è fornito da una vibrante comunità che si incontra annualmente alla Bioinformatics Open Source Conference (BOSC) che tradizionalmente accompagna l'incontro Intelligent Systems in Molecular Biology (ISMB). Come BioPerl, l'impiego di questa libreria è inestimabile per chiunque sia attivo nel campo grazie ai molti trucchi del mestiere che si imparano semplicemente comunicando sulla mailing list.

Questo pacchetto è un wrapper che dovrebbe permettere aggiornamenti senza problemi alle nuove versioni.

Libbiojava4-java
API Java per applicazioni e dati biologici (versione predefinita)
Versions of package libbiojava4-java
ReleaseVersionArchitectures
sid4.0.0+dfsg-1all
stretch4.1.0+dfsg-3all
sid4.1.0+dfsg-3all
upstream5.0.0-alpha3
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Svn

BioJava è un progetto open source dedicato a fornire un'infrastruttura Java per elaborare dati biologici. Include oggetti per manipolare sequenze, analizzatori di file, gestione server, accesso a database BioSQL e Ensembl e potenti funzioni analitiche e statistiche incluso un toolkit di programmazione dinamica.

BioJava è fornito da una vibrante comunità che si incontra annualmente alla Bioinformatics Open Source Conference (BOSC) che tradizionalmente accompagna l'incontro Intelligent Systems in Molecular Biology (ISMB). Come BioPerl, l'impiego di questa libreria è inestimabile per chiunque sia attivo nel campo grazie ai molti trucchi del mestiere che si imparano semplicemente comunicando sulla mailing list.

Questo pacchetto è un wrapper che dovrebbe permettere aggiornamenti senza problemi alle nuove versioni.

Libfreecontact-perl
fast protein contact predictor - binding for Perl
Versions of package libfreecontact-perl
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.08-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390,s390x,sparc
sid0.08-2ia64,s390,sparc
stretch0.08-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
sid0.08-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips64el,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
Debtags of package libfreecontact-perl:
devellang:perl, library
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

FreeContact is a protein residue contact predictor optimized for speed. Its input is a multiple sequence alignment. FreeContact can function as an accelerated drop-in for the published contact predictors EVfold-mfDCA of DS. Marks (2011) and PSICOV of D. Jones (2011).

FreeContact is accelerated by a combination of vector instructions, multiple threads, and faster implementation of key parts. Depending on the alignment, 8-fold or higher speedups are possible.

A sufficiently large alignment is required for meaningful results. As a minimum, an alignment with an effective (after-weighting) sequence count bigger than the length of the query sequence should be used. Alignments with tens of thousands of (effective) sequences are considered good input.

jackhmmer(1) from the hmmer package, or hhblits(1) from hhsuite can be used to generate the alignments, for example.

This package contains the Perl binding.

Please cite: László Kaján, Thomas A. Hopf, Matúš Kalaš, Debora S. Marks and Burkhard Rost: FreeContact: ... BMC Bioinformatics (201?)
Libfreecontact0-dev
fast protein contact predictor library - development files
Versions of package libfreecontact0-dev
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.0.21-1ia64,s390,sparc
sid1.0.21-1ia64,s390,sparc
jessie1.0.21-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
upstream1.1
Debtags of package libfreecontact0-dev:
devellibrary
roledevel-lib
Popcon: 0 users (1 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

FreeContact is a protein residue contact predictor optimized for speed. Its input is a multiple sequence alignment. FreeContact can function as an accelerated drop-in for the published contact predictors EVfold-mfDCA of DS. Marks (2011) and PSICOV of D. Jones (2011).

FreeContact is accelerated by a combination of vector instructions, multiple threads, and faster implementation of key parts. Depending on the alignment, 8-fold or higher speedups are possible.

A sufficiently large alignment is required for meaningful results. As a minimum, an alignment with an effective (after-weighting) sequence count bigger than the length of the query sequence should be used. Alignments with tens of thousands of (effective) sequences are considered good input.

jackhmmer(1) from the hmmer package, or hhblits(1) from hhsuite can be used to generate the alignments, for example.

This package contains files necessary for developing applications with libfreecontact.

Please cite: László Kaján, Thomas A. Hopf, Matúš Kalaš, Debora S. Marks and Burkhard Rost: FreeContact: ... BMC Bioinformatics (201?)
Libgenome-1.3-dev
toolkit per sviluppare software bioinformatico (sviluppo)
Versions of package libgenome-1.3-dev
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.3.1-6sparc
jessie1.3.1-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
sid1.3.1-7sparc
stretch1.3.1-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
sid1.3.1-8amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
jessie1.3.1-6sparc
jessie1.3.1-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
sid1.3.1-7sparc
stretch1.3.1-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
sid1.3.1-8amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
Popcon: 0 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

libGenome è un toolkit liberamente disponibile per sviluppare software bioinformatico in C++. È pensato per eliminare le scocciature che accompagnano il lavoro su sequenze genetiche e dati di annotazione.

Tra le altre cose, libGenome può aiutare a:

  • leggere e scrivere file in formato Multi-FastA;
  • leggere e scrivere voci di database in flat-file GenBank;
  • aggiungere, spezzettare, troncare, invertire, fare il complementare, tradurre e in generale manipolare dati su sequenze;
  • accedere alle annotazioni nei flat-file GenBank.

Questo è il pacchetto di sviluppo contenente la libreria con link statico e i file header.

Libgo-perl
perl modules for GO and other OBO ontologies
Versions of package libgo-perl
ReleaseVersionArchitectures
squeeze0.12-1all
wheezy0.13-3all
jessie0.13-3all
sid0.13-3all
jessie0.15-1all
stretch0.15-1all
sid0.15-1all
Debtags of package libgo-perl:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roledevel-lib, program
scopeutility
useanalysing, converting
works-with-formatplaintext, xml
Popcon: 12 users (6 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

This is a collection of perl code for dealing with Gene Ontologies (GO) and Open Biomedical Ontologies (OBO) style ontologies. It is part of the ‘go-dev’ distribution, but this Debian package is made from the CPAN archive. This package contains both scripts (which can be used with no knowledge of perl), and libraries which will be of use to perl programmers using GO or OBO.

Libhtsjdk-java
Java API for high-throughput sequencing data (HTS) formats
Versions of package libhtsjdk-java
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.1.1+dfsg.1-1all
sid2.1.1+dfsg.1-1all
Popcon: 7 users (20 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

HTSJDK is an implementation of a unified Java library for accessing common file formats, such as SAM (Sequence Alignment/Map) and VCF, used for high-throughput sequencing data. There are also an number of useful utilities for manipulating HTS data.

Libmems-1.6-dev
development library to support DNA string matching and comparative genomics
Versions of package libmems-1.6-dev
ReleaseVersionArchitectures
sid1.6.0+4725-1sparc
stretch1.6.0+4725-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
sid1.6.0+4725-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

libMems is a freely available software development library to support DNA string matching and comparative genomics. Among other things, libMems implements an algorithm to perform approximate multi-MUM and multi-MEM identification. The algorithm uses spaced seed patterns in conjunction with a seed-and-extend style hashing method to identify matches. The method is efficient, requiring a maximum of only 16 bytes per base of the largest input sequence, and this data can be stored externally (i.e. on disk) to further reduce memory requirements.

This is the development package containing the statically linked library and the header files.

Libmuscle-3.7-dev
libreria di sviluppo per allineamenti multipli di sequenze proteiche
Versions of package libmuscle-3.7-dev
ReleaseVersionArchitectures
stretch3.7+4565-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
sid3.7+4565-1amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x,sparc
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

MUSCLE è un programma di allineamenti multipli di sequenze proteiche; il nome sta per MUltiple Sequence Comparison by Log-Expectation, confronto di sequenze multiple tramite log-expectation. Nei test fatti dagli autori, MUSCLE ha ottenuto i punteggi più alti tra tutti i programmi sottoposti a diversi benchmark per l'accuratezza degli allineamenti ed è anche uno dei programmi più veloci tra quelli disponibili.

Questa libreria è derivata da MUSCLE originale e trasformata in una libreria.

Questo pacchetto contiene la libreria statica e i file header.

Libncbi6-dev
librerie NCBI per applicazioni biologiche (file di sviluppo)
Versions of package libncbi6-dev
ReleaseVersionArchitectures
squeeze6.1.20090809-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy6.1.20120620-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie6.1.20120620-7ia64,s390,sparc
sid6.1.20120620-7ia64,s390
jessie6.1.20120620-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
sid6.1.20120620-8sparc
stretch6.1.20120620-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
sid6.1.20120620-10amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
Debtags of package libncbi6-dev:
biologynuceleic-acids, peptidic
devellang:c, library
fieldbiology, biology:bioinformatics
roledevel-lib
sciencecalculation
useanalysing, calculating, converting, searching
works-withbiological-sequence
works-with-formatplaintext, xml
Popcon: 1 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Questo pacchetto fornisce le versioni di sviluppo delle librerie C non grafiche di NCBI, insieme ai corrispondenti file header.

Libnhgri-blastall-perl
Perl extension for running and parsing NCBI's BLAST 2.x
Versions of package libnhgri-blastall-perl
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.66-1all
sid0.66-1all
stretch0.66-2all
sid0.66-2all
Debtags of package libnhgri-blastall-perl:
devellang:perl, library
Popcon: 2 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

NHGRI::Blastall will enable usage of BLAST out of a Perl script, if BLAST2 or WU-BLAST are installed locally. Main features are:

  • run BLAST (also via network, which requires blastcl3)
  • BLAST single sequences against each other or against a given library
  • format databases
  • mask out repetitive DNA
  • read, parse and filter existing BLAST reports
Libtfbs-perl
scanning DNA sequence with a position weight matrix
Versions of package libtfbs-perl
ReleaseVersionArchitectures
squeeze0.5.svn.20091128-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.5.svn.20100421-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid0.5.svn.20100421-1s390
sid0.6.0+dfsg-1ia64
jessie0.6.1+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
sid0.6.1+dfsg-1sparc
stretch0.7.0+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
sid0.7.0+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
Debtags of package libtfbs-perl:
fieldbiology, biology:bioinformatics
roledevel-lib
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

The TFBS perl modules comprise a set of routines to interact with the Transfac and Jaspar databases that describe a special family of proteins, the transcription factors. These bind to genomic DNA to initiate (or prevent) the readout of a gene. Once multiple binding sites are known for a transcription factor, these are gathered in a single file and are aligned in order to find position-specific characteristica that might be used to predict such binding events in novel DNA sequences.

If you use TFBS in your work, please cite "Lenhard B., Wasserman W.W. (2002) TFBS: Computational framework for transcription factor binding site analysis. Bioinformatics 18:1135-1136".

Please cite: Boris Lenhard and Wyeth W. Wasserman: TFBS: Computational framework for transcription factor binding site analysis. (PubMed) Bioinformatics 18(8):1135-1136 (2002)
Libvibrant6-dev
librerie NCBI per applicazioni grafiche di biologia (file di sviluppo)
Versions of package libvibrant6-dev
ReleaseVersionArchitectures
squeeze6.1.20090809-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy6.1.20120620-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie6.1.20120620-7ia64,s390,sparc
sid6.1.20120620-7ia64,s390
jessie6.1.20120620-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
sid6.1.20120620-8sparc
stretch6.1.20120620-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
sid6.1.20120620-10amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
Debtags of package libvibrant6-dev:
biologynuceleic-acids, peptidic
devellang:c, library
fieldbiology, biology:bioinformatics, biology:structural
interface3d, x11
roledevel-lib
sciencevisualisation
uitoolkitmotif
useanalysing, calculating, editing, viewing
works-with3dmodel, biological-sequence
works-with-formatplaintext, xml
x11library
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License: DFSG free
Git

Vibrant permette di sviluppare applicazioni grafiche di biologia portabili su Motif, MS-Windows e Mac-OS.

Mcl
algoritmo Cluster di Markov
Versions of package mcl
ReleaseVersionArchitectures
squeeze10-148-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy12-068-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie12-135-2ia64,s390,sparc
sid12-135-2ia64,s390
jessie14-137-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
stretch14-137-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
sid14-137-1amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x,sparc
Debtags of package mcl:
fieldmathematics
roleprogram
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License: DFSG free
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Il pacchetto MCL è un'implementazione dell'algoritmo MCL, fornisce strumenti per manipolare matrici sparse (le strutture dati essenziali dell'algoritmo MCL) e per eseguire esperimenti su cluster.

MCL viene attualmente utilizzato nelle scienze come la biologia (rilevamento di famiglie proteiche, genomica), informatica (cluster dei nodi in reti peer-to-peer) e linguistica (analisi del testo).

The package is enhanced by the following packages: zoem
Please cite: Stijn van Dongen and Cei Abreu-Goodger: Using MCL to extract clusters from networks. (PubMed,eprint) Methods Mol Biol. 804:281-95 (2012)
Python-biopython
libreria Python per bioinformatica (implementata in Python 2)
Versions of package python-biopython
ReleaseVersionArchitectures
squeeze1.54-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.59-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.62-1s390
sid1.62-1s390
jessie1.63-1ia64,sparc
sid1.63-1ia64,sparc
jessie1.64+dfsg-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
stretch1.66+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
sid1.66+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
Debtags of package python-biopython:
devellang:python, library
fieldbiology, biology:bioinformatics
roledevel-lib, shared-lib
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License: DFSG free
Git

Il progetto Biopython è un'associazione internazionale di sviluppatori di strumenti Python disponibili liberamente per i calcoli biologici molecolari.

È uno sforzo collaborativo distribuito per sviluppare librerie e applicazioni Python che si rivolgono verso i bisogni dei lavori in bioinformatica attuali e futuri. Il codice sorgente è reso disponibile sotto la licenza Biopython, che è estremamente liberale e compatibile con pressoché qualsiasi licenza esistente. Il progetto lavora accanto alla Open Bioinformatics Foundation, che generosamente fornisce lo spazio web e CVS per il progetto.

Questo pacchetto è per la versione 2 di Python.

Please cite: Peter J. A. Cock, Tiago Antao, Jeffrey T. Chang, Brad A. Chapman, Cymon J. Cox, Andrew Dalke, Iddo Friedberg, Thomas Hamelryck, Frank Kauff, Bartek Wilczynski and Michiel J. L. de Hoon: Biopython: freely available Python tools for computational molecular biology and bioinformatics. (PubMed,eprint) Bioinformatics 25(11):1422-1423 (2009)
Python-cogent
framework for genomic biology
Versions of package python-cogent
ReleaseVersionArchitectures
squeeze1.4.1-1.2 (non-free)amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.5.1-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.5.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390,s390x,sparc
sid1.5.3-2hurd-i386,ia64,s390,sparc
stretch1.5.3-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
sid1.5.3-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
Debtags of package python-cogent:
biologypeptidic
devellang:python
fieldbiology
roledevel-lib
useanalysing, comparing
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Svn

PyCogent is a software library for genomic biology. It is a fully integrated and thoroughly tested framework for:

  • controlling third-party applications,
  • devising workflows; querying databases,
  • conducting novel probabilistic analyses of biological sequence evolution, and
  • generating publication quality graphics. It is distinguished by many unique built-in capabilities (such as true codon alignment) and the frequent addition of entirely new methods for the analysis of genomic data.
Please cite: Rob Knight, Peter Maxwell, Amanda Birmingham, Jason Carnes, J Gregory Caporaso, Brett C Easton, Michael Eaton, Micah Hamady, Helen Lindsay, Zongzhi Liu, Catherine Lozupone, Daniel McDonald, Michael Robeson, Raymond Sammut, Sandra Smit, Matthew J Wakefield, Jeremy Widmann, Shandy Wikman, Stephanie Wilson, Hua Ying and Gavin A Huttley: PyCogent: a toolkit for making sense from sequence. (PubMed,eprint) Genome Biology 8(8):R171 (2007)
Python-cutadapt
pulisce sequenze biologiche provenienti da letture di sequenziamento ad alte prestazioni
Versions of package python-cutadapt
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.9.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
sid1.9.1-1amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
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License: DFSG free
Git

Cutadapt aiuta nei compiti di pulitura di sequenze biologiche trovando le sequenze adattatore o primer in maniera tollerante agli errori. Può anche modificare e filtrare in vari modi le letture. Le sequenze adattatore possono contenere metacaratteri IUPAC. Inoltre sono gestite letture con estremità accoppiate e anche dati sullo spazio dei colori. Se lo si desidera, si può anche solamente fare il demultiplex dei dati in input, senza rimuovere alcuna sequenza adattatore.

Please cite: Marcel Martin: Cutadapt removes adapter sequences from high-throughput sequencing reads. EMBnet.journal 17(1) (2015)
Python-screed
utilità per sequenze di letture di nucleotidi corte in Python 2
Versions of package python-screed
ReleaseVersionArchitectures
sid0.9-1all
stretch0.9-2all
sid0.9-2all
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Git

Screed analizza file FASTA e FASTQ, genera database e permette di interrogarli. Da questi database possono essere recuperati valori come nome, descrizione e qualità della sequenza e la sequenza stessa.

Questa è la versione per Python 2.

Python3-biopython
libreria Python per bioinformatica (implementata in Python 3)
Versions of package python3-biopython
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.64+dfsg-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
stretch1.66+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
sid1.66+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
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Il progetto Biopython è un'associazione internazionale di sviluppatori di strumenti Python disponibili liberamente per i calcoli biologici molecolari.

È uno sforzo collaborativo distribuito per sviluppare librerie e applicazioni Python che si rivolgono verso i bisogni dei lavori in bioinformatica attuali e futuri. Il codice sorgente è reso disponibile sotto la licenza Biopython, che è estremamente liberale e compatibile con pressoché qualsiasi licenza esistente. Il progetto lavora accanto alla Open Bioinformatics Foundation, che generosamente fornisce lo spazio web e CVS per il progetto.

Questo pacchetto è per la versione 3 di Python.

Please cite: Peter J. A. Cock, Tiago Antao, Jeffrey T. Chang, Brad A. Chapman, Cymon J. Cox, Andrew Dalke, Iddo Friedberg, Thomas Hamelryck, Frank Kauff, Bartek Wilczynski and Michiel J. L. de Hoon: Biopython: freely available Python tools for computational molecular biology and bioinformatics. (PubMed,eprint) Bioinformatics 25(11):1422-1423 (2009)
Python3-cutadapt
pulisce sequenze biologiche provenienti da letture di sequenziamento ad alte prestazioni
Versions of package python3-cutadapt
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.9.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
sid1.9.1-1amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
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License: DFSG free
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Cutadapt aiuta nei compiti di pulitura di sequenze biologiche trovando le sequenze adattatore o primer in maniera tollerante agli errori. Può anche modificare e filtrare in vari modi le letture. Le sequenze adattatore possono contenere metacaratteri IUPAC. Inoltre sono gestite letture con estremità accoppiate e anche dati sullo spazio dei colori. Se lo si desidera, si può anche solamente fare il demultiplex dei dati in input, senza rimuovere alcuna sequenza adattatore.

Please cite: Marcel Martin: Cutadapt removes adapter sequences from high-throughput sequencing reads. EMBnet.journal 17(1) (2015)
R-cran-genetics
pacchetto GNU R per genetica di popolazione
Versions of package r-cran-genetics
ReleaseVersionArchitectures
squeeze1.3.4-1all
wheezy1.3.6-2all
jessie1.3.8-1all
sid1.3.8-1all
jessie1.3.8.1-1all
stretch1.3.8.1-1all
sid1.3.8.1-1all
Debtags of package r-cran-genetics:
devellang:r
fieldbiology, biology:bioinformatics, biology:molecular, biology:structural
useanalysing
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License: DFSG free
Svn

Classi e metodi per gestire dati genetici. Il pacchetto fornisce una libreria per l'ambiente statistico R che contiene classi per rappresentare genotipi e aplotipi dal marcatore singolo fino a marcatori multipli su più cromosomi. Le funzioni comprendono le frequenze degli alleli, marcatura di omo/eterozigoti, marcatura dei portatori di determinati alleli, stima e test per disequilibrium di Hardy-Weinberg, stima e test per linkage disequilibrium, e altro.

NOTA: QUESTO PACCHETTO È ATTUALMENTE OBSOLETO.

Il progetto R-Genetics ha sviluppato un insieme di pacchetti genetici avanzati per sostituire "genetics". Per maggiori informazioni visitare la pagina principale del progetto all'indirizzo: http://rgenetics.org.

R-cran-haplo.stats
pacchetto GNU R per l'analisi degli aplotipi
Versions of package r-cran-haplo.stats
ReleaseVersionArchitectures
squeeze1.4.4-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.5.5-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.6.3-1ia64,s390,sparc
sid1.6.3-1ia64,s390
jessie1.6.11-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
sid1.6.11-1sparc
stretch1.7.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
sid1.7.1-1amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
upstream1.7.6
Debtags of package r-cran-haplo.stats:
devellang:r
fieldbiology, biology:bioinformatics
useanalysing
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Newer upstream!
License: DFSG free
Svn

Questo pacchetto fornisce le routine per l'ambiente statistico GNU R per l'analisi statistica degli aplotipi misurati indirettamente con i caratteri e le covariate quando la fase di associazione è ambigua. I metodi statistici assumono che tutti i soggetti siano non correlati e che gli aplotipi siano ambigui (a causa di una fase di associazione dei marcatori genetici sconosciuta). Le principali funzioni sono: haplo.em, haplo.glm, haplo.score, haplo.power e seqhap.

R-cran-rncl
GNU R interface to the Nexus Class Library
Versions of package r-cran-rncl
ReleaseVersionArchitectures
stretch0.6.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
sid0.6.0-1amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
Popcon: 1 users (5 upd.)*
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License: DFSG free
Svn

This R package provides an interface to the Nexus Class Library which allows parsing of NEXUS, Newick and other phylogenetic tree file formats. It provides elements of the file that can be used to build phylogenetic objects such as ape's 'phylo' or phylobase's 'phylo4(d)'.

R-cran-rnexml
GNU R package for semantically rich I/O for the 'NeXML' format
Versions of package r-cran-rnexml
ReleaseVersionArchitectures
sid2.0.6-1all
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Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

Provides access to phyloinformatic data in 'NeXML' format. The package should add new functionality to R such as the possibility to manipulate 'NeXML' objects in more various and refined way and compatibility with 'ape' objects.

Ruby-bio
strumenti Ruby per la biologia molecolare computazionale
Versions of package ruby-bio
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.4.2-3all
jessie1.4.3.0001-1all
sid1.4.3.0001-1all
jessie1.4.3.0001-2all
sid1.4.3.0001-2all
stretch1.5.0-2all
sid1.5.0-2all
Popcon: 3 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Il progetto BioRuby mira ad implementare con il linguaggio Ruby un ambiente integrato per la bioinformatica. La filosofia di progettazione della libreria BioRuby è KISS (Keep It Simple, Stupid; mantieni le cose semplici, stupido) per massimizzare l'usabilità e l'efficienza come strumento quotidiano per i biologi. Il progetto è nato in Giappone ed è supportato dalla Università di Tokyo (Human Genome Center), dalla Università di Kyoto (Bioinformatics Center) e dalla Open Bio Foundation.

Official Debian packages with lower relevance

Libfreecontact-doc
documentation for libfreecontact
Versions of package libfreecontact-doc
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.0.21-1all
sid1.0.21-1all
jessie1.0.21-3all
stretch1.0.21-4all
sid1.0.21-4all
upstream1.1
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

FreeContact is a protein residue contact predictor optimized for speed. Its input is a multiple sequence alignment. FreeContact can function as an accelerated drop-in for the published contact predictors EVfold-mfDCA of DS. Marks (2011) and PSICOV of D. Jones (2011).

FreeContact is accelerated by a combination of vector instructions, multiple threads, and faster implementation of key parts. Depending on the alignment, 8-fold or higher speedups are possible.

A sufficiently large alignment is required for meaningful results. As a minimum, an alignment with an effective (after-weighting) sequence count bigger than the length of the query sequence should be used. Alignments with tens of thousands of (effective) sequences are considered good input.

jackhmmer(1) from the hmmer package, or hhblits(1) from hhsuite can be used to generate the alignments, for example.

This package contains HTML documentation for libfreecontact.

Please cite: László Kaján, Thomas A. Hopf, Matúš Kalaš, Debora S. Marks and Burkhard Rost: FreeContact: ... BMC Bioinformatics (201?)
Python-biopython-doc
documentazione per la libreria Biopython
Versions of package python-biopython-doc
ReleaseVersionArchitectures
squeeze1.54-1all
wheezy1.59-1all
jessie1.62-1all
sid1.62-1all
jessie1.63-1all
sid1.63-1all
jessie1.64+dfsg-5all
stretch1.66+dfsg-2all
sid1.66+dfsg-2all
Debtags of package python-biopython-doc:
develdoc, lang:python
fieldbiology, biology:bioinformatics
roledocumentation
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License: DFSG free
Git

Documentazione ed esempi su come usare la libreria Biopython.

Questo pacchetto contiene anche i test di unità della suite di test, per permettere la riproduzione dei risultati dei test.

Please cite: Peter J. A. Cock, Tiago Antao, Jeffrey T. Chang, Brad A. Chapman, Cymon J. Cox, Andrew Dalke, Iddo Friedberg, Thomas Hamelryck, Frank Kauff, Bartek Wilczynski and Michiel J. L. de Hoon: Biopython: freely available Python tools for computational molecular biology and bioinformatics. (PubMed,eprint) Bioinformatics 25(11):1422-1423 (2009)
Python-biopython-sql
gestione dello schema di database BioSQL per Biopython (Python 2)
Versions of package python-biopython-sql
ReleaseVersionArchitectures
squeeze1.54-1all
wheezy1.59-1all
jessie1.62-1all
sid1.62-1all
jessie1.63-1all
sid1.63-1all
jessie1.64+dfsg-5all
stretch1.66+dfsg-2all
sid1.66+dfsg-2all
Debtags of package python-biopython-sql:
devellang:python, lang:sql, library
fieldbiology
roledevel-lib
works-withdb
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License: DFSG free
Git

Questa è l'interfaccia di Biopython al database BioSQL (vedere www.biosql.org per i dettagli). Anche BioPerl, BioJava e BioRuby forniscono le loro interfacce nello stesso schema SQL condiviso.

Questo pacchetto è per la versione 2 di Python.

Please cite: Peter J. A. Cock, Tiago Antao, Jeffrey T. Chang, Brad A. Chapman, Cymon J. Cox, Andrew Dalke, Iddo Friedberg, Thomas Hamelryck, Frank Kauff, Bartek Wilczynski and Michiel J. L. de Hoon: Biopython: freely available Python tools for computational molecular biology and bioinformatics. (PubMed,eprint) Bioinformatics 25(11):1422-1423 (2009)
Python3-biopython-sql
gestione dello schema di database BioSQL per Biopython (Python 3)
Versions of package python3-biopython-sql
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.64+dfsg-5all
stretch1.66+dfsg-2all
sid1.66+dfsg-2all
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Git

Questa è l'interfaccia di Biopython al database BioSQL (vedere www.biosql.org per i dettagli). Anche BioPerl, BioJava e BioRuby forniscono le loro interfacce nello stesso schema SQL condiviso.

Questo pacchetto è per la versione 3 di Python.

Please cite: Peter J. A. Cock, Tiago Antao, Jeffrey T. Chang, Brad A. Chapman, Cymon J. Cox, Andrew Dalke, Iddo Friedberg, Thomas Hamelryck, Frank Kauff, Bartek Wilczynski and Michiel J. L. de Hoon: Biopython: freely available Python tools for computational molecular biology and bioinformatics. (PubMed,eprint) Bioinformatics 25(11):1422-1423 (2009)
*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 193664